(조세금융신문=박청하 기자) 조세심판원은 청구법인인 지식산업센터 설립자가 사업시설용으로 분양했으나, 수분양자가 이외의 용도로 사용하면서 이미 감면받은 취득세 등을 추징한 데 대해 청구법인이 다른 용도로 분양임대한 것이 아니므로 처분청이 추징한 처분은 잘못이 있다는 심판결정례를 내놓았다.

처분개요를 보면 2016년 처분청으로부터 지식산업센터 설립승인을 받은 청구법인이 OOO소재 쟁점토지를 취득한 후, 취득세의 100분의 50을 경감하여 취득세 등을 신고납부하였다. 또 2017년 수탁자와 관리형토지신탁 계약을 맺어 쟁점토지를 신탁하였고, 수탁자는 2019년 쟁점토지 지상에 지식산업센터 000㎡ 및 근린생활시설 000㎡를 신축한 후, 지방세특례제한법에 따라 취득세의 100분의 35를 경감하여 취득세 등 000원을 신고·납부하였다.

처분청은 청구법인에 대한 세무조사 결과, 지식산업센터 중 일부 쟁점공간에 수분양자가 입주 후 입주가능업종을 영위하지 않은 것을 확인하고, 쟁점공간이 차지하는 비율만큼은 쟁점토지에 대해 이미 경감해주었던 취득세를 추징하여야 한다고 판단, 2020년 청구법인에게 취득세와 지방교육세, 농어촌특별세 합계 000원을 부과고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2020.11.20. 심판청구를 제기하였다.

청구법인은 지식산업센터의 신축분양 업무를 위탁받은 수탁자가 쟁점지식산업센터를 분양받은 수분양자들과 지식산업센터를 사업시설용으로 사용하는 내용으로 계약하였고, 그 용도대로 사용하겠다는 계약자 확인서, 사전입주조사서 및 확인사항 등을 받고 분양하였으므로, 청구법인으로서는 지식산업센터를 사업시설용으로 분양하기 위한 의무를 다했다고 주장했다.

수분양자들이 지식산업센터를 다른 용도로 사용한 것은 취득세 등 추징사유인 ‘다른 용도로 분양하는 것’에 해당하지 않으며, 지식산업센터 설립자는 해당 법에 따라 취득세를 감면받고, 지식산업센터의 수분양자들 역시 해당 법에 따라 취득세를 감면받도록 규정하고 있어, 그 감면에 적용되는 조항이 서로 다름에도 이를 연관지어 취득세의 감면 여부를 판단하는 것은 부당하다. 특히, 쟁점지식산업센터 중 쟁점공간은 수분양자가 사업시설용으로 사용 중에 있다고 항변했다.

반면 처분청은 지방세특례제한법 상 감면취지는 지식산업센터를 신·증축하여 사업시설용으로 직접 사용 또는 사업시설용으로 분양 또는 임대하려는 자에게 세제 혜택을 줘 산업의 집적을 활성화하고 지식산업센터를 원활하게 설립할 수 있도록 지원하려는 것으로서, 지식산업센터를 신축하였으나 이를 사업시설용이 아닌 다른 용도로 분양하거나 임대하는 경우에도 그 혜택을 주려는 것은 아니라고 봤다.

처분청은 청구법인이 분양계약을 체결하면서 지식산업센터를 사업시설용으로 사용할 것이라는 계약자 확인서 등을 받았더라도, 그것은 청구법인과 수분양자들 간의 사법상 계약에 불과해 언제든 위배될 여지가 있으며, 수분양자들이 쟁점지식산업센터를 의무 사용기간내 임대, 매각 등을 하여 사업시설용 이외의 용도로 사용하였다면 지방세특례제한법에 따라 감면된 취득세 등을 추징하는 것이 타당하다는 입장이다. 

조세심판원은 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본 결과 처분청은 수분양자들이 쟁점지식산업센터를 사업시설용으로 사용하지 않았다면 청구법인이 다른 용도로 이를 분양임대한 것으로 보아 당초 감면해준 취득세 등을 추징하는 것이 타당하다는 의견이지만 청구법인은 2016년 처분청으로부터 지식산업센터 설립승인을 득한 후, 사업시행자의 지위에서 쟁점토지를 취득하였던 바, 청구법인은 지방세특례제한법 제58조의2 제1항에서 말하는 지식산업센터 설립자에 해당한다고 봤다.

또 청구법인은 2017년 수탁자와 관리형토지신탁 계약을 체결하여 쟁점토지를 신탁한 후 지식산업센터 신축분양 업무를 위탁했고, 수탁자는 쟁점토지 지상에 이 건 지식산업센터를 신축하여 수분양자들에게 분양하면서 수분양자들이 이를 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용으로 사용하는 것을 조건으로 하여 분양한 것으로 확인되는 바, 지식산업센터 설립자인 청구법인이 사업시설용이 아닌 다른 용도로 분양임대했다고 보기 어렵다고 봤다.

지방세특례제한법 제58조의2 제2항에서 ‘다른 용도로 사용하는 경우’를 규정하고 있으나, 이는 지식산업센터 설립자가 아닌 수분양자에게 적용하는 규정이므로 설립자까지 확장하여 적용할 수 없고, 분양 후 사후적으로 발생하는 사유로 인하여 지식산업센터 설립자에게 부여했던 감면혜택까지 추징하는 것은 그 설립자의 관리의무의 범위를 벗어나는 것으로 불합리한 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점지식산업센터를 사업시설용이 아닌 다른 용도로 분양임대한 것으로 보아 처분청이 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다고 판단, 인용결정(조심 2021지0744, 2022.01.25.)을 내렸다.

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