(조세금융신문=이상현 기자)  부가가치세가 면제되는 부동산임대업을 영위하다가 과세사업자가 된 경우, 부동산을 팔면서 발생한 부가가치세 매출세액에서 과거 면세기간동안 받지 못한 매입세액공제를 사후에 받아 부가가치세를 줄일 수 있다는 유권해석이 나왔다.

조세심판원은 19일 “공동명의 땅에 건물을 올려 주택임대업을 하다가 부가가치세가 과세되는 비주거용 건물 건설업으로 전환, 법에 따라 면세기간 못받았던 매입세액공제를 받은 불복 사례를 최근 소개했다”면서 이 같이 밝혔다.

A씨는 몇몇 지인들과 공동 명의로 소유해온 땅에 건물을 지어 부동산임대업을 시작하기로 하고 지난 2017년 11월22일 부가가치세 면제사업자로 사업자등록을 했다.

이듬해인 2018년 2월 그 땅에 지하1층∼지상8층의 건축물 공사에 착공했다. 2∼6층은 사무실로 쓰고 7∼8층은 다중주택으로 지어 같은 해 11월29일 건물 사용승인을 받았다.

건물을 짓는 기간인 그 해 3월부터 2019년 3월초까지 자재비 등에 대한 매입 세금계산서 총 44매을 수취했다.

A씨 등은 임대사업용 주택은 면세사업자이므로, 44매의 매입 세금계산서를 모두 면세사업에 관련된 것으로 봐 매입세액공제를 받지 않았다.

A씨 등은 그러던 중 건물사용 승인이 난 지 1년을 못 채운 2019년 11월4일 해당 건물과 토지를 한몫에 팔았다. 같은 날 부가가치세 면제사업자 폐업신청도 했다.

이들은 그런데 폐업신청 당일 비주거용 건물 건설업(업종코드 451104)을 공동으로 영위하는 것으로 부가가치세 과세사업자 등록을 했다. 개업일도 2018년 1월25일로 2년 가까이 소급했다.

문제는 A씨 등이 2020년 1월25일 실시한 ‘2019년 2기 부가가치세 확정신고’ 때 2018년 3월~2019년 3월까지 받아 뒀던 매입세금계산서로 매입세액공제를 신청해 부가세를 신고납부한 것.

A씨 등은 쟁점건물의 양도를 부가가치세 과세대상으로 봐 2019년 제2기 부가가치세를 신고납부하면서 면세사업(주택임대업)에 사용된 쟁점건물을 과세사업(부동산매매업)에 사용한 뒤 불공제된 매입세액의 일부인 쟁점매입세액을 공제받았다.

당초 건물과 토지를 판 돈에 매출부가세가 포함돼 있기 때문에 이 매출세액에서 2018년 3월~2019년 3월까지의 매입세액을 뺀 부가가치세 과세표준에 10% 세율을 곱해 세금을 낸 것이다.

일반인이 생각해도 좀 이상한데, 국세청은 오죽했을까. 국세청은 문제의 건물(및 토지)을 판(공급) 거래에 대해 ‘부가가치세법’ 제43조의 매입세액 특례를 적용할 수 없다고 봤다. 매입 기간에는 해당 건물과 토지가 부가세 면제사업자용이었기 때문이다. 나중에 개업일을 소급해서 해당 기간 못받았던 매입세액공제를 받는다는 점을 납득하기 어려웠다.

국세청은 결국 문제의 매입세액을 공제하지 않기로 결정, 2021년 12월 A씨 등에게 개별적으로 가산세를 포함해 2019년 제2기 부가가치세를 추징(경정고지) 했다.

A씨 등은 이에 불복, 최종 행정조치일로부터 90일을 넘기지 않은 2022년 2월28일 일제히 조세심판원에 조세심판청구를 제기했다.

국세청은 A씨 등이 쟁점건물을 일시적, 잠정적으로 임대하다가 판매한 것에 불과하므로 면세사업에 사용하던 감가상각자산을 과세사업에 전환한 것으로 볼 수 없다는 의견이었다.

하지만 조세심판원은 ‘과세요건 사실에 대한 입증책임은 과세관청에 있다”면서 “청구인들이 쟁점건물을 짧은 기간 임대하다가 매도하였다는 사정만으로는 객관적인 부가세 추징 사유가 되지 않는다”고 밝혔다.

A씨 등이 당초부터 쟁점건물을 판매목적으로 신축해 놓고 주택임대업을 영위하는 것으로 하여 부가가치세 면제사업자로 등록했다가 매입세액공제 특례(‘부가가치세법’ 제43조)를 적용받으려고 과세사업자로 바꿔 등록했다는 객관적 증거가 없다는 취지다.

‘부가가치세법’ 제43조에 따르면, 면세사업에 사용하던 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우 불공제한 매입세액의 일부를 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있다.

이는 과세사업에 사용하던 재화를 면세사업에 사용하는 경우 재화의 공급으로 보아 과세하는 논리와 동일하다. 면세사업에 사용하던 감가상각자산을 과세사업에 사용하는 경우에도 취득 때 공제받지 못했던 매입세액 중 일부를 공제, 과세형평성을 높이기 위해 신설됐다.

심판원은 “A씨 등의 사업자등록이력과 2018년말 기준 표준재무상태표 및 건물임대차내역 등에 따르면, 청구인들은 쟁점건물을 상시 주거용 주택의 임대사업에 사용하고자 신축한 것으로 보인다”고 판단했다.

또 “A씨 등은 스스로도 쟁점건물을 신축하면서 수취한 매입세금계산서의 매입세액을 면세사업에 관련된 매입세액으로 봐 공제받지 않은 것으로 보인다”고 밝혔다.

아울러 A씨 등이 면세사업(주택임대업)에 사용된 쟁점건물을 과세사업(부동산매매업)에 사용한 뒤 불공제된 매입세액의 일부인 쟁점매입세액을 공제받은 점에 대해선 “과세사업 전환 감가상각자산 신고서를 작성제출한 점, 등에 비추어 해당 매입세액은 적법한 매입세액 공제특례 적용대상으로 보는 게 타당하다”고 덧붙였다.

심판원은 결국 “국세청이 쟁점매입세액을 ‘부가가치세법’ 제43조의 매입세액공제 특례 적용대상이 아니라고 봐 과세한 처분은 잘못이 있디”고 최종 판단했다.

[조세금융신문(tfmedia.co.kr), 무단전재 및 재배포 금지]