(조세금융신문=김용주 변호사) 1. 사안의 개요

원고는 2009년 12월 14일 및 2010년 2월 16일 남대문세무서장의 원고에 대한 2009년 귀속 종합부동산세 등 부과처분에 따른 금액을 납부하였고, 2010년 12월 14일 및 2011년 2월 15일 2010년 귀속 종합부동산세 등을 신고납부하였다.

또한 원고는 과세물건의 추가를 이유로 한 남대문세무서장의 제1차 증액경정처분에 따라 증가된 2009년 및 2010년 귀속종합부동산세 등을 2012년 11월 30일에 과세물건의 면적변동 및 과세유형의 변경을 이유로 한 남대문세무서장의 제2차 증액경정처분에 따라 증가된 종합부동산세 등을 2009년 귀속분은 2014년 6월 13일에 2010년 귀속분은 2015년 6월 15일에 각 추가로 납부하였다.

그 후 원고 등이 남대문세무서장 등을 상대로 제기한 종합부동산세 부과처분 등 취소 청구의 소의 판결이 확정됨에 따라 남대문세무서장은 2016년 3월 25일 및 2016년 3월 28일 종합부동산세 세액 계산시 공제할 재산세액이 과소 산정되었음을 이유로 원고에게 초과 납부한 2009년 및 2010년 귀속 종합부동산세 등의 금액을 환급금(이하 ‘이 사건 환급금’)으로 결정하고 그 금액 및 환급가산금(이하 ‘이 사건 환급가산금’)을 지급하였다.

당시 남대문세무서장은 이 사건 환급가산금을 국세기본법 시행령 제43조의3 제1항 제1호 단서에 따라 2009년 및 2010년 귀속 종합부동산세의 각 마지막 납부일 다음날부터 순차적으로 기산하여 산정하였다.

2. 관련규정

구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것) 제52조는 “세무서장이 국세환급금을 지급할 때에는 대통령령으로 정하는 국세환급가산금 기산일부터 지급결정을 하는 날까지의 기간과 대통령령으로 정하는 이자율에 따라 계산한 금액(이하 ‘국세환급가산금’)을 국세환급금에 가산하여야 한다”고 규정하고 있다.

그 위임에 따라 국세기본법시행령 제43조의3 제1항 제1호 본문은 ‘착오납부, 이중납부 또는 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정(제5호에 해당하는 경우는 제외한다)하거나 취소함에 따라 발생한 국세환급금’의 경우 ‘국세 납부일의 다음날’을 원칙적인 기산일로 규정하면서도, 같은 호 단서는 예외적으로 ‘그 국세가 2회 이상 분할납부된 것인 경우’에는 ‘그 마지막 납부일의 다음날’부터 국세환급가산금을 기산하되, ‘국세환급금이 마지막에 납부된 금액을 초과하는 경우’에는 ‘그 금액이 될 때까지 납부일의 순서로 소급하여 계산한 국세의 각 납부일의 다음날’을 국세환급가산금 기산일로 정하고 있다.

3. 대법원의 판단

대법원은 “위와 같은 관련 규정의 내용과 체계 및 국세환급가산금은 국세환급금에 대한 법정이자로서의 성질을 가진 지급금이라는 점 등을 고려하면, 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 취소함에 따라 발생한 국세환급금의 경우 국세환급가산금의 기산일은 국세기본법 시행령 제43조의3 제1항 제1호 단서에 따라 ‘그 국세가 2회 이상 분할 납부된 경우’ 등이 아닌 이상 같은 호 본문에 따라 ‘국세 납부일의 다음날’로 봄이 타당하다.”고 하면서, “동일한 과세기간 및 세목의 국세에 대하여 당초 신고 또는 부과에 따른 납부 이후에 증액경정처분 및 그에 따른 납부가 이루어진 경우 국세환급가산금의 기산일은 국세기본법 시행령 제43조의3 제1항 제1호 본문에 따라 각각의 국세환급금이 발생한 국세 납부일의 다음날로 보아야 한다”고 판단하였다(대법원 2020. 3. 12. 선고2018다264161 판결 참조).

4. 평가

위 사안에서는 종합부동산세를 최초의 부과처분에 따라 납부 또는 신고납부한 후 제1, 2차 증액경정처분에 따라 납부한 경우가 국세기본법 시행령 제43조의3 제1항 제1호 단서의 ‘2회 이상 분할납부된 경우’에 해당하는지가 쟁점이 되었다.

이에 대해 대법원은 1납세자가 당초의 신고 또는 부과나 각 증액경정처분마다 그에 따른 각각의 세액을 별도로 납부한 것일뿐 국세기본법 시행령 제43조의3 제1항 제1호 단서의 ‘분할납부’에 해당한다고 보기 어렵고, 2과세처분이 판결 또는 직권에 의해 취소된 경우에 취소의 효력은 그 취소된 국세부과처분이 있었을 당시에 소급하여 발생하므로(대법원 1995.9. 15. 선고 94다16045 판결, 대법원 2013. 3. 14. 선고 2012다51097 판결 등 참조), 증액경정처분 이후 전체 세액 중 일부가 경정 또는 취소됨에 따라 발생한 국세환급금의 경우 그 취소사유에 따른 환급세액이 각 신고 또는 부과에 따라 납부한 각각의 세액 중 일부로 특정된다면 그 국세환급금은 각각의 납부일에 소급하여 발생한 것으로 보아야 하며, 3과세표준과세액을 증액하는 증액경정처분이 당초 신고나 결정에서의 과세표준과 세액을 그대로 둔 채 탈루된 부분만을 추가로 확정하는 처분이 아니라 이를 포함하여 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이라 하더라도, 이로써 당초 신고나 결정에 따라 이미 이루어진 납부 등에 관한 실체적 법률관계까지 실효된다고 볼 수 없다는 점을 근거로 삼고 있다.

이에 따르면 원고는 2009년 및 2010년 귀속 종합부동산세 등을 최초의 신고 또는 부과처분과 제1, 2차 증액경정처분에 따라 각각 납부한 것 일뿐 각 증액경정처분에 따른 세액을 ‘분할납부’하였다고 볼 수는 없다. 그 때문에 이 사건 환급금의 환급가산금 기산일은 국세기본법 시행령 제43조의3 제1항 제1호 본문에 따라 각 국세납부일의 다음날로 보아야 할 것이다. 또한 이 사건 환급금은 최초 부과처분 및 신고, 제1, 2차 증액경정처분에 따른 각 납부분 중 각 재산세액 과소공제분 만큼 발생한 것이므로 그 각각의 금액을 납부한 다음날이 그 환급가산금의 기산일이 되어야 할 것이다. 이는 납세의무자에게 유리한 타당한 판결이라 하겠다.

[프로필] 김용주 법무법인 (유한) 서울센트럴 변호사
사단법인 한국프로스포츠협회 감사 대한배구협회 스포츠공정위원

 법률신문 판례해설위원
전) 서울특별시 성동구·마포구 법률고문변호사
고려대학교 대학원 석사과정 수료(행정법전공)
The University of British Columbia, School of Law(Visiting Scholar in Taxation

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