(조세금융신문=이재홍 세무사) 장기보유특별공제는 여러 해에 걸쳐 이루어진 시세상승의 결과가 양도시점에 한꺼번에 실현됨으로써 발생하는 결집효과를 방지하고, 양도차익 중 물가상승으로 인한 부분을 감해주고자 3년 이상 보유한 토지 및 건물의 경우 양도차익의 일정부분을 공제하는 제도다.

1. 공제율의 종류

1) 소득세법상 표1의 공제율(소법 95조 ② 본문)

3년 이상 보유한 토지 및 건물: 보유기간 × 2%(한도 30%)

2) 소득세법상 표2의 공제율(소법 95조 ② 단서)

거주자로서 1세대 1주택(일시적 2주택등 포함)이며, 보유기간 중 2년 이상 거주한 경우: 보유기간 × 4%(40% 한도) + 거주기간 × 4%(40% 한도)

이때 주의할 점은 비거주자는 1세대 1주택이라도 표2의 공제율이 적용되지 않고 표1의 공제율이 적용된다. 특히 실무상 흔한 실수로 해외이주 등으로 인하여 출국일로부터 2년 이내에 양도하여 비과세특례가 적용되는 경우라 할지라도 양도일 현재 비거주자인 것만은 분명하므로 고가주택의 양도차익에 대해 표2의 공제율이 적용되지 않고 표1의 장기보유특별공제율이 적용됨에 특별히 주의하여야 한다(조심 2021서924, 2021.8.25.).

3) 장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세의 과세특례(조특법 97조3)

거주자의 민간건설임대주택으로서 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택을 2024년 12월 31일(매입임대주택은 2020.12.31.)까지 등록한 후 일정 요건을 모두 갖추어 10년 이상 임대한 후 양도하는 경우 임대기간 중 발생하는 양도소득에 대해서는 장기보유특별공제액을 계산할 때 70%의 공제율을 적용한다. 다만, 2022년 12월 31일까지 등록분의 경우에는 8년 이상 임대의 경우 50%, 10년 이상 임대의 경우에는 70% 공제율을 적용한다.

여기서 주의할 점은 임대기간 중에 발생한 양도차익에 대해서만 70%의 공제율을 적용된다는 점이다. 따라서 보유기간 중간에 임대등록한 경우에는 전체 보유기간 중 발생한 양도차익을 기준시가 비율로 안분하여 임대기간 중 발생한 양도차익만 특례공제율(70%)을 적용해야 한다.

4) 6년 이상 임대한 장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례(조특법 97조4)

거주자 또는 비거주자가 민간건설임대주택, 민간매입임대주택 등을 6년 이상 임대한 후 양도하는 경우 일정 요건을 충족하여 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 표1의 공제율(보유기간 × 2%, 한도 30%)에 해당 주택의 임대기간이 6년 이상인 경우 6년인 해부터 매년 추가로 2%씩 공제율을 가산(한도 10%)하여 적용한다. 따라서 임대기간이 10년 이상인 경우 일반 공제율에 추가공제율 최대 10%가 추가된다.

2. 1세대 1주택자로서 2년 거주하지 않아도 표2의 공제율 적용되는 경우

장기보유특별공제율 표2의 공제율(보유기간 × 4% + 거주기간 × 4%)이 적용되기 위해서는 1세대 1주택(2주택이지만 1주택으로 보는 특례 포함)으로서 2년 이상 거주한 경우에 한한다. 다만, 다음의 경우에는 2년 이상 거주하지 않았어도 표2의 공제율 적용이 가능하다.

1) 상생임대주택(소령 155조의3)

2021년 12월 20일~2024년 12월 31일까지의 기간 중에 임대차계약을 체결하고 임대를 개시한 경우로 직전임대차 계약대비 임대료 등의 증가율이 5%를 초과하지 않는 경우로 일정 요건을 충족한 경우에는 2년 이상 거주하지 않았어도 표2의 공제율이 적용된다.

2) 공동상속주택 소수지분권자(소령 159의4)

「소득세법 시행령」 제155조 제3항에 해당하는 공동상속주택인 경우 표2의 공제율을 적용할지 여부를 판단하는 거주기간 2년은 공동상속주택을 소유한 것으로 보는 지분율이 가장 큰 상속인 등이 거주한 기간으로 판단하며, 공제율 계산시 거주기간도 공동주택을 소유한 것으로 보는 사람이 거주한 기간으로 계산한다(기획재정부재산-960, 2020.8.12.). 따라서 공동상속주택의 소수지분권자는 공동주택을 소유한 것으로 보는 상속인이 2년 이상 거주를 했다면 해당 주택에 거주하지 않아도 표2의 공제율이 적용된다.

3) 양도인은 근무상 형편으로 거주하지 않았지만 나머지 세대원이 2년 이상 거주한 경우

양도인 본인이 근무상 형편 등 부득이한 사유로 인해 양도하는 주택에 거주하지 못한 경우라도 나머지 세대원이 거주한 기간을 해당 1세대가 거주한 것으로 보아 「소득세법 시행령」 제159조의3에 따른 표2의 적용을 위한 2년 거주여부를 판단한다(사전법령해석재산 2020-1054, 2020.12.7.).

3. 보유기간의 계산(소법 95조 ④)

장기보유특별공제를 적용함에 있어서 보유기간은 취득일부터 양도일까지의 기간으로 한다. 다만 다음의 예외가 있으므로 주의를 요한다.

1) 이월과세시

배우자 또는 직계존비속으로부터 증여 후 10년(2022.12.31.이전 증여분은 5년) 이내 양도하는 경우에는 취득가액 이월과세가 적용되며, 이때 장기보유특별공제는 수증자가 증여받은 날이 아닌 증여자의 취득일부터 기산한다.

2) 「도정법」상 재개발재건축 등으로 청산금 납부하고 완공 후 양도한 경우

① 기존부동산분 양도차익: 종전부동산의 취득일부터 관리처분계획등 인가일까지의 기간

② 청산금납부분 양도차익: 관리처분계획등 인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

3) 리모델링으로 증축한 고가주택에 대한 장기보유특별공제 및 양도소득세율 적용방법

「주택법」 제2조 제25항 나목에 따른 리모델링(증축)에 해당하는 경우인 공동주택을 각 세대의 주거전용면적의 30퍼센트 이내에서 증축하는 리모델링의 경우 증축한 고가주택의 장기보유 특별공제액 및 양도소득세율 계산 시, 리모델링 전후 주택의 면적을 구분하지 않는다고 해석하고 있다(기획재정부재산-429, 2023.3.10.).

4. 입주권 양도시 장기보유특별공제 적용여부

조합원입주권의 경우에는 기존부동산의 취득시부터 관리처분계획인가일까지의 보유기간에 대해서만 장기보유특별공제가 적용되며, 관리처분계획인가일 이후 권리부분의 보유기간에 대해서는 장기보유특별공제가 적용되지 않는다.

관리처분계획인가 후 주택이 멸실되지 않았고 아직 분양계약도 이루어지지 않은 경우라도 입주권으로 전환되었음이 분명하다. 이때 양도계약서상 주택의 양도로 잘못 표시되어 있어 신고시에 이를 확인하지 못하고 관리처분계획인가일이 아닌 양도일까지 장기보유특별공제를 적용하였다가 기획감사시 추징되는 사례가 빈번히 발생하고 있어 주의를 요한다.

5. 양도차익과 양도차손이 동시 발생시 장기보유특별공제 적용 방법

1) 건물과 부수토지 일괄양도시

건물과 부수토지를 일괄 양도하는 경우로 건물부분에서는 양도차손, 토지부분에서는 양도차익이 발생하는 경우 토지부분에 대한 양도차익에 대해 장기보유특별공제를 적용하여야 한다.

즉, 양도차손 통산 후의 양도차익에 대해 장기보유특별공제를 적용하면 안된다. 양도차익인 자산에 대해서만 장기보유특별공제를 적용 후 양도차손을 통산하는 것이 장기보유특별공제액이 많아져 납세자에게 더 유리하다.

2) 재개발재건축 주택 양도시

관리처분계획인가 직전에 기존부동산을 취득하는 경우 관리처분 당시 평가액이 취득가액보다 낮은 경우가 있다. 관리처분계획인가 전 부분에서 양도차손이 발생하는 경우 양도차손 통산과 장기보유특별공제의 적용순서에 따라 소득금액이 달라지는 문제가 있다.

이 경우 일차적으로 관리처분계획인가 전 양도차손과 관리처분계획인가 후 양도차익 중 기존부동산분 양도차익을 통산하여 기존부동산 양도차익(또는 양도차손)을 구하고, 이차적으로 기존부동산분 및 청산금납부분 중 양도차익인 부분에 대해서만 장기보유특별공제를 적용해야 한다고 판단된다.

6. 장기보유특별공제 배제

미등기 양도자산의 경우나 2018년 4월 1일 이후 1세대 2주택 이상자의 경우로 조정대상지역에 있는 주택을 양도하는 경우에는 장기보유특별공제가 배제된다. 다만, 다주택중과 유예기간(2022.5.10.~2024.5.9.)중에 다주택자가 조정대상지역에 있는 주택을 양도하더라도 장기보유특별공제가 적용된다.

7. 고가겸용주택의 장기보유특별공제 적용

2022년 1월 1일 이후 양도하는 고가 겸용주택(주택 및 상가의 전체 양도가액이 12억원 초과)의 경우 주택부분이 상가부분보다 더 크더라도 주택부분만 1세대 1주택 비과세가 적용되며, 고가주택에 해당하는 경우 주택부분에 대해서만 표2(최대 80%)의 장기보유특별공제율을 적용한다. 상가부분은 표1(최대 30%)의 장기보유특별공제율을 적용해야 한다.

8. 매매특약에 따라 잔금청산 전 주택을 멸실하거나 상가로 용도변경한 경우

종전 예규에서는 매매계약일 현재 상황에 따라 계약일 현재 1세대 1주택자의 경우에는 취득일부터 계약일까지의 기간에 대해 표2의 장기보유특별공제율을 적용하였다.

다만, 최근 변경된 예규에서는 주택에 대한 매매계약을 체결하고 매매특약에 따라 잔금청산 전에 주택을 멸실(기획재정부 재산세제과-1543, 2022.12.20.)하거나 주택외의 용도로 변경(기획재정부재산-1322, 2022.10.21.)하는 경우 장기보유특별공제 판정시 양도일(잔금청산일) 현재 현황에 따라 양도물건을 판정한다.

따라서 양도일(잔금청산일) 현재 나대지 또는 상가이므로 비과세가 적용되지 않고, 표2의 장기보유특별공제율을 적용할 수 없다. 변경된 예규는 예규 형성일(용도변경의 경우에는 2022.10.21., 멸실의 경우에는 2022.12.20.) 이후 매매계약 체결하는 분부터 적용된다.

9. 주택을 근린생활시설로 용도변경 후 양도시 장기보유특별공제율 계산

2주택인 상태에서 1주택을 근린생활시설로 용도 변경하여 사용하다가 이를 양도하는 경우의 보유기간은 당해 건물의 취득일부터 양도일까지의 기간 중 근린생활시설로 사용한 기간으로 한다(재산-903, 2009.5.8.).

1주택자인 상태에서 그 주택을 근린생활시설로 용도변경하고 이후에 양도하는 경우 그 건물의 취득일부터 양도일까지 보유기간에 따른 소득세법 제95조 제2항 표1공제율 적용한다(사전법령해석재산 2021-971, 2021.8.31.).

[프로필] 이재홍 세무사

이재홍세무사사무소 대표

(전)서울시 중구청 지방세심의위원

(전)성동세무서 국세심사위원

서울시립대학교 세무전문대학원 석사(세무회계 전공)

안수남외 2인 양도소득세(광교이택스) 저자

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