1. 제안이유

조세특례제한법이 개정되어 기업개선계획에 의한 기업의 분할과 금융지주회사의 설립
에 대하여 조세지원제도가 도입되고, 노인 및 장애인을 대상으로 하는 생계형저축과
증권투자회사가 설정하는 신탁저축의 이자소득 및 배당소득에 대하여는 소득세를 부과
하지 아니하게 됨에 따라 조세지원의 대상이 되는 기업분할의 요건과 소득세를 부과하
지 아니하는 생계형저축 및 신탁저축의 요건을 정하는 등 동법에서 위임된 사항과 그
시행에 관하여 필요한 사항을 정하려는 것임.

2. 주요골자

가. 법인이 기업개선계획에 따라 분할하는 경우 분할로 신설되는 법인의 재무구조개
선을 위하여 당해 신설법인의 영업활동과 직접 관련되지 아니하거나 관련성이 적은 자
산 및 부채를 원래의 법인에 존속시키는 때에도 세제지원을 받을 수 있도록 함(제42조
의2제2항 신설).

나. 금융기관등의 주주인 법인이 당해 주식을 금융지주회사의 주식과 교환하거나 금
융지주회사에 당해 주식을 이전함으로써 발생하는 양도차익에 대하여는 당해 사업연도
에 그 상당액을 손금에 산입하도록 하고, 금융지주회사의 주식을 양도하는 사업연도
에 이를 익금에 산입하도록 함으로써 주식의 양도차익에 대하여 과세의 이연을 받을
수 있도록 함(제48조의2제1항 및 제2항 신설).

다. 금융기관등의 주주인 개인이 당해 주식을 금융지주회사의 주식과 교환하거나 금
융지주회사에 당해 주식을 이전함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 과세
하지 아니하고 당해 금융지주회사의 주식을 양도하는 때에 당초의 양도차익을 감안하
여 양도소득세를 과세하도록 함(제48조의3제1항 신설).

라. 이자소득 및 배당소득에 대하여 소득세가 비과세되는 생계형저축을 노인·장애
인 등이 1인당 2천만원의 한도안에서 거래할 수 있는 1인 1통장인 저축으로
함(제82조의2제1항 신설).
마. 이자소득 및 배당소득에 대하여 소득세가 비과세되는 신탁저축을 1인당 2천만원
의 한도안에서 거래할 수 있는 1인 1통장인 저축으로서 저축계약기간이 1년 이상 3년
이하인 저축으로 함(제82조의3제1항 신설).

바. 기업개선계획에 따라 분할하여 신설하는 법인의 설립등기, 금융지주회사의 출자
에 관한 등기 및 기업구조조정투자회사의 저당권이전에 관한 등기에 대하여 등록세가
면제되는 경우에는 농어촌특별세도 면제하도록 함(부칙 제2항).


대통령령 제16984호
조세특례제한법시행령중개정령

조세특례제한법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제6조의2·제42조의2·제48조의2·제48조의3·제82조의2 및 제82조의3을 각각 다음과
같이 신설한다.

제6조의2(기업의 어음제도개선을 위한 세액공제) 법 제7조의2의 규정에 의하여 소득
세 또는 법인세를 공제받고자 하는 내국인은 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정
하는 세액공제신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

제42조의2(기업개선작업에 의한 분할에 대한 과세특례) ①법 제45조의2제1항에서 대
통령령이 정하는 기업구조조정협약 이라 함은 1998년 6월 25일 208개 금융기관이 합의
하여 체결한 기업구조조정촉진을위한금융기관협약(동협약에 의한 협약운영위원회의 의
결을 거쳐 개정된 것을 포함한다)을 말한다.

②법 제45조의2제1항에서 대통령령이 정하는 요건 이라 함은 다음 각호의 요건을
말한다.
1. 분할법인은 분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 법인일 것
2. 분할법인의 주주가 분할로 신설되는 법인으로부터 받은 분할대가의 전액이 주식
일 것
3. 분할로 신설되는 법인이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인으
로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것
4. 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것일 것(분할로 신설되는
법인의 재무구조개선을 위하여 법 제45조의2제1항의 규정에 의한 기업개선계획에서 정
한 바에 따라 분할로 신설되는 법인의 영업과 직접 관련이 없거나 관련성이 적다고 인
정되는 자산과 부채의 전부 또는 일부를 당해 분할법인에 존속시키고 분할하는 경우
를 포함한다)
5. 분할법인만의 출자에 의하여 분할하는 것일 것

③법 제45조의2제1항의 규정에 의하여 내국법인의 기업개선계획을 승인한 채권금융
기관협의회 또는 기업구조조정위원회는 당해 내국법인의 분할등기일이 속하는 사업연
도의 법인세과세표준 신고기한내에 그 기업개선계획서를 당해 법인의 납세지 관할세무
서장에게 제출하여야 한다.

제48조의2(금융지주회사의 설립 등에 대한 법인의 과세특례) ①법 제52조의2제1항의
규정에 의한 법인세 과세의 이연은 금융기관등의 주주가 당해 금융기관등의 주식을 금
융지주회사의 주식과 교환한 날 또는 금융지주회사에 이전한 날 현재의 당해 금융기관
등의 주식의 시가(법인세법 제52조제2항의 규정에 의한 시가를 말한다)에서 그 교환
일 또는 이전일 전일의 장부가액을 차감한 금액(이하 이 조에서 양도차익 이라 한다)
을 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입하는 방법에 의한다. 이 경우
그 금액은 당해 주식의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.

②제1항의 규정에 의하여 계상한 압축기장충당금은 당해 금융지주회사의 주식을 양
도(주식의 교환 또는 주식의 이전으로 인하여 취득한 주식외에 다른 방법으로 취득한
주식이 있는 경우에는 주식의 교환 또는 주식의 이전으로 인하여 취득한 주식을 먼저
양도하는 것으로 본다)하는 사업연도에 이를 익금에 산입하되, 일부 주식을 양도하는
경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 익금에 산입한다.


주식의 교환 또는 이전으로 인하여 취득한
금융지주회사의 주식중 양도한 주식 수
──────────────────── ×압축기장충당금
주식의 교환 또는 이전으로 인하여 취득한
금융지주회사의 주식 수


③법 제52조의2제2항의 규정에 의한 법인세의 추징은 제1항 및 제4항의 규정에 의
하여 손금에 산입한 금액중 당해 사업의 폐지일 또는 그 인가가 취소된 날 현재 익금
에 산입하지 아니한 압축기장충당금 전액을 익금에 산입하는 방법에 의한다.

④제1항 및 제2항의 규정은 법 제52조의2제3항의 규정에 의한 법인세의 과세의 이연
에 관하여 이를 준용한다.
이 경우 압축기장충당금으로 계상하여야 할 금액은 제1항의 규정에 의하여 과세를 이
연받은 금액에 그 과세의 이연을 받은 중간지주회사의 주식을 당해 중간지주회사를 지
배하는 금융지주회사의 주식과 교환함으로써 발생한 양도차익의 합계액으로 하고, 당
해 중간지주회사주식의 교환으로 인하여 취득한 금융지주회사의 주식을 양도하는 사업
연도에 당해 압축기장충당금을 익금에 산입한다.

⑤제35조제8항의 규정은 법 제52조의2제1항 및 제3항의 규정을 적용받고자 하는 금
융기관등의 주주(법인에 한한다)의 주식이전 또는 주식교환에 관한 명세서의 제출에
관하여 이를 준용한다.

제48조의3(금융지주회사의 설립 등에 대한 거주자등의 과세특례) ①거주자 또는 비거
주자(이하 이 조에서 거주자등 이라 한다)가 법 제52조의2제1항의 규정에 의하여 금
융기관등의 주식을 금융지주회사의 주식과 교환하거나 금융지주회사에 이전하는 경우
당해 금융기관등의 주식을 이전 또는 교환함으로써 발생하는 소득(이하 이 조에서 주
식과세이연금액 이라 한다)에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 당해 금융지
주회사의 주식의 양도(주식의 교환 또는 주식의 이전으로 인하여 취득한 주식외에 다
른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 교환 또는 주식의 이전으로 인하여
취득한 주식을 먼저 양도하는 것으로 본다)에 대하여는 금융지주회사의 주식의 취득가
액에서 주식과세이연금액을 차감한 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다.

②거주자등은 금융지주회사로 설립된 내국법인이 사업을 폐지하거나 그 인가가 취소
된 경우에는 과세의 이연을 받은 금액중 당해 사업의 폐지일 또는 그 인가가 취소된
날 현재 양도하지 아니한 당해 금융지주회사의 주식에 상당하는 금액에 소득세법 제
104조제1항의 규정에 의한 세율(비거주자는 당해 비거주자의 주식양도시 적용되는 세
율)을 곱하여 계산한 금액을 당해 금융지주회사의 사업폐지일 또는 인가취소일이 속하
는 과세연도의 과세표준신고와 함께 납부하여야 한다.

③제1항의 규정은 법 제52조의2제3항의 규정에 의한 양도소득세의 과세의 이연에 관
하여 이를 준용한다.
이 경우 과세의 이연을 받는 금액은 제1항의 규정에 의하여 과세의 이연을 받은 금액
에 그 과세의 이연을 받은 중간지주회사의 주식을 당해 중간지주회사를 지배하는 금융
지주회사의 주식과 교환함으로써 발생한 양도차익의 합계액으로 하고, 당해 중간지주
회사의 주식과 교환함으로써 취득한 금융지주회사의 주식을 양도하는 때에 양도소득세
를 과세한다.

④법 제52조의2제1항 및 제3항의 규정을 적용받고자 하는 거주자등은 주식이전일 또
는 주식교환일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 다음 각호의 사항을 기재한
주식양도차익과세이연신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 거주자등의 성명·주소 및 주민등록번호(비거주자의 경우에는 납세번호)
2. 교환하거나 이전한 금융기관등(중간지주회사를 포함한다)의 주식의 수량·취득시
기·취득가액 및 양도가액
3. 금융기관등(중간지주회사를 포함한다)의 주식을 교환하거나 이전하는 대가로 취
득한 금융지주회사의 주식의 수량·취득시기 및 취득가액
4. 제1항 및 제3항의 규정에 의한 주식과세이연금액
제82조의2(생계형저축의 요건 등) ①법 제88조의2제1항에서 대통령령이 정하는 저축
이라 함은 금융실명거래및비밀보장에관한법률 제2조제1호 각목의 금융기관이 취급하
는 저축(신탁·보험·공제·증권저축·채권저축 등을 포함한다)으로서 1인당 계약금
액 2천만원 한도안에서 거래할 수 있는 1인 1통장인 저축(이하 이 조에서 생계형저
축 이라 한다)을 말한다.

②생계형저축을 취급하는 금융기관은 생계형저축통장 또는 거래카드의 표지·속지
또는 거래내역서 등에 생계형저축 이라는 문구를 표시하여야 한다.

③생계형저축을 취급하는 금융기관은 당해 저축계약을 체결 또는 해지하거나 그 권
리를 이전하는 분에 대하여 분기별로 매분기 종료일의 다음달 말일까지 재정경제부령
이 정하는 생계형저축명세서를 원천징수 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

④제81조제5항 내지 제7항의 규정은 생계형저축에 관하여 이를 준용한다.
제82조의3(비과세신탁저축의 요건 등) ①법 제88조의3제1항에서 대통령령이 정하는
저축이라 함은 다음 각호의 요건을 갖춘 저축(이하 이 조에서 비과세신탁저축 이라
한다)을 말한다.

1. 저축계약기간이 1년 이상 3년 이하일 것. 다만, 저축계약기간 경과 후 발생하는
이자소득 또는 배당소득으로서 저축가입일부터 3년을 초과한 후 발생하는 소득에 대하
여는 법 제88조의3의 규정을 적용하지 아니한다.

2. 1인당 계약금액 2천만원 한도 안에서 거래할 수 있는 1인 1통장일 것

②법 제88조의3제2항 단서에서 대통령령이 정하는 부득이한 사유 라 함은 제80조제5
항 각호의 1에 해당하는 사유를 말한다.

③비과세신탁저축을 취급하는 금융기관은 비과세신탁저축통장 또는 거래카드의 표지
·속지 또는 거래내역서 등에 비과세신탁저축 이라는 문구를 표시하여야 한다.

④비과세신탁저축을 취급하는 금융기관은 당해 저축계약을 체결 또는 해지하거나 그
권리를 이전하는 분에 대하여 분기별로 매분기 종료일의 다음달 말일까지 재정경제부
령이 정하는 비과세신탁저축명세서를 원천징수 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑤제81조제5항 내지 제7항의 규정은 비과세신탁저축에 관하여 이를 준용한다.
대통령령 제16693호 조세특례제한법시행령중개정령 부칙 제17조제2항중 손실 을 이
익으로 한다.


부 칙

①(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제48조의2 및 제48조의3의 개정규
정과 부칙 제2항중 금융지주회사에 관한 부분은 금융지주회사법의 시행일부터 시행한
다.

②(다른 법령의 개정) 농어촌특별세법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제4조제6항제1호중 제119조제1항제2호(법인세법 제44조제1항 각호의 요건을 충족
한 합병의 경우에 한한다)·제10호 를 제119조제1항제2호(법인세법 제44조제1항 각호
의 요건을 충족한 합병의 경우에 한한다)·제10호 및 제18호 내지 제20호 로 한다.

③(다른 법령의 개정에 따른 적용례) 부칙 제2항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로
등기하는 분부터 적용한다.