물류창고의 일정 공간을 확보한 화주에게 ‘화물보관 및 작업계약’에 따라 창고시설의 유지ㆍ보안ㆍ안전ㆍ관리 용역을 제공한 경우 물류사업에 직접 사용한 것으로 보아 감면이 되는지 여부가 쟁점이 되고 있습니다.

• 구 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것)

제71조 【물류단지 등에 대한 감면】

• ① 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제27조에 따른 물류단지개발사업의 시행자가 같은 법 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지를 개발하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 그 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감한다.
• ② 제1항에 따른 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 과세기준일 현재 물류사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 그 부동산을 취득한 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감한다.

제178조 【감면된 취득세의 추징】 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

• 1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
• 2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

제2조【정의】

• ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
  • 8. “직접 사용”이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. (2014.1.1. 신설)

이 대법원판례는 현행 「지방세특례제한법」 제2조 제1항 제8호의 규정인 “직접 사용”의 정의가 신설된 이후의 법조문에 대한 판시내용으로, 대법원판례의 취지에 따르면 처분청이 2014.1.1. 개정된 「지방세특례제한법」 제2조 제1항 제8호에 따라 원고는 □□에 이 사건 토지 및 건물을 단순히 임대한 것에 지나지 아니하므로 원고가 위 부동산을 물류사업에 직접 사용한 것으로 볼 수 없다고 주장하나, ① 이 사건 계약의 경우 원고가 □□을 위하여 □□의 물품을 보관하고 그에 대하여 필요한 관리업무를 하여 주는 것을 주된 내용으로 삼고 있고, 월간 화물보관 및 작업료가 매월 정산되며, 원고가 □□의 화물 등 물품에 대하여 화재보험을 가입하는 등 통상적인 임대차계약 관계와는 구별되는 요소가 상당수 포함되어 있는 점, ② 원고가 이 사건 토지 및 건물의 유지ㆍ보수를 넘어서 □□ 측의 안전을 배려하여 주기 위한 소방안전, 전기안전, 경비용역 등과 같은 업무도 약정에 따라 수행하여 온 점, ③ 원고와 계열사는 이 사건 토지 및 건물 등을 일체로 □□에 제공하면서 대표이사를 포함한 원고의 직원들은 보세창고 내부통제시스템(화물관리규정)에 근거하여 보세창고 관리책임을 부담하는 등 □□에 보관ㆍ관리 용역을 제공한 점, ④ 최근 소셜커머스 업체, 온라인쇼핑몰, 홈쇼핑 등의 발달로 물류량이 급격히 증가하여 창고가 부족하게 됨에 따라 화주가 물류창고업자에게 화물을 넘겨주어 임의로 보관하게 하는 위탁방식에서 화주가 물류창고의 일정 공간을 확보한 상태에서 화물의 보관을 의뢰하는 방식으로 물류창고에 대한 화물보관 방식이 변화하는 가운데 물류창고를 위수탁창고와 임대창고로 구분하여 그 중 후자를 물류사업에서 배제하는 것은 물류사업의 현실에 부합하지 아니하는 점 등을 들어 이 사건 계약을 임대차계약으로 볼 수는 없으며, 원고는 이 사건 토지 및 건물을 물류시설운영업(창고업) 자체에 직접 사용하였다고 봄이 타당하다라고 판시하고 있다.

그리고 ‘직접 사용’의 의미는 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 물류사업에 사용하는 것이면 충분하고, 그 사용 방법이 원고 스스로 그와 같은 용도에 사용하거나 혹은 제3자에게 임대 또는 위탁하여 그와 같은 용도에 사용하는지 여부는 가리지 아니한다고 봄이 타당하다[(대법원84누297, 1984.07.24.); (대법원2008두15039, 2011.01.27.) 등 참조]. 따라서 ‘직접 사용’의 범위는 원고의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하면 된다[(대법원2000두3238, 2002.04.26.); (대법원2001두878, 2002.10.11.) 등 참조]. 나아가 개정 「지방세특례제한법」의 조문 규정 형식과 내용을 보더라도 제178조는 추징 사유로 물류시설을 매각 또는 증여하는 경우와 이를 물류시설이 아닌 다른 용도로 사용하는 경우를 규정하고 있을 뿐이고 물류시설로 사용할 것을 전제로 임대하는 경우에 관하여는 규정하고 있지 아니한 점, 위 법은 각종 취득세 감면규정을 두면서 임대용 부동산을 감면대상에서 제외할 경우에는 명문으로 이를 밝히고 있는데(위 법 제14조, 제21조, 제23조, 제47조, 제48조, 제53조, 제88조 등 참조) 위 법 제71조 제2항은 물류사업과 관련하여 임대용 부동산을 감면대상에서 제외한다고 규정하고 있지 아니한 점 등에 비추어 ‘직접 사용’의 의미는 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 물류사업에 사용하는 것이면 충분하고, 그 사용 방법이 원고 스스로 그와 같은 용도에 사용하거나 혹은 제3자에게 임대 또는 위탁하여 그와 같은 용도에 사용하는지 여부는 가리지 아니한다고 봄이 타당하다[(대법원84누297, 1984.07.24.); (대법원2008두15039, 2011.01.27.) 등 참조]라고 판시하고 있다.

상기에서 보는 바와 같이 대법원은 일관되게 ‘직접 사용’의 의미를 유지하여 관련법령 등에서 임대가 불가피한 경우에는 임대의 경우에도 직접 사용으로 보아 감면을 하고 있다는 점에 유의하여야 할 것이다.

임대용 부동산이 임대업을 영위하는 감면대상 법인이 직접 사용하던 자산의 범위에 포함되는지 여부를 판단하면 첫째, 임대용 부동산은 소유주인 해당 법인이 사용권을 행사하는 것이 아니기 때문에 고유업무에 직접 사용한 것이 아니므로 감면대상이 아니라고 보는 견해가 있고, 둘째, 임대용 부동산은 고유업무에 직접 사용한 것이 아니더라도 고유업무에 포함되어 있으면 감면대상에 해당하는 것이라고 보는 견해가 있다.

‘직접 사용’의 의미는 당해 재산의 사용용도가 직접 그 고유의 업무에 사용하는 것이면 족하다 할 것이고 그 사용의 방법이 스스로 그와 같은 용도에 제공하거나 혹은 제3자에게 임대 또는 위탁하여 그와 같은 용도에 제공하는지 여부를 가리지 아니한다 할 것이므로[(대법원84누297, 1984.07.24.); (대법원73누154, 1973.10.23.) 등 참조] 건물 등을 취득한 후 공익재단에 임대한 것만으로는 추징사유에 해당하지 아니한다(대법원2008두15039, 2011.01.27.)라고 판시한 바 있고, 일부 감면규정에서 ‘직접 사용’에는 해당 재산을 제3자에게 임대 또는 위탁하여 자신의 사업에 사용하는 것도 포함하는 것이지만, 이 경우 임대 또는 위탁하는 방법으로 당해 사업에 부동산을 직접 사용한다고 보기 위해서는 당해 사업자가 해당 부동산을 그 사업수행에 직접 사용하는 것으로 볼 수 있을 정도의 제3자에 대한 지휘, 통제 및 관리 감독의 권한을 가지고 있어야 할 것이다(조심2013지318, 2014.01.27.)라고 결정하고 있다.

따라서 감면규정의 취지에 따라 직접 사용자가 소유자 기준인지 아니면 소유자 이외에도 사용자 기준인지를 파악하여야 하지만, 이는 해석 등에 의존하고 있는 것으로 판단되는데, 동일한 규정을 다르게 해석하고 있어서^*4) 어느 해석에 맞추어야 하는지 혼란을 주고 있어서 판단하기가 쉽지 아니하므로 법 규정에 이를 명확히 할 필요가 있다고 본다.

물류사업용 부동산에 대한 취득세 등의 감면은 지방세특례제한법령에 따라야 하므로 다른 법령의 내용을 그대로 적용할 수 없는 점은 맞으나, 물류사업에 관련법령의 취지를 배제하여 감면을 적용함에는 무리가 있다고 판단된다. 이 대법원판례가 관련법령의 취지와 운영방식을 고려하여 판시한 점에 유의할 필요가 있다고 본다. 따라서 물류시설을 제3자에게 위탁 또는 임대하여 운영하는 경우에는 취득세와 재산세 감면이 적용될 수 있으므로 경정청구나 불복제기를 하여야 할 것이다.

이 대법원판례는 현행 「지방세특례제한법」 제2조 제1항 제8호의 규정인 ‘직접 사용’의 정의가 신설된 2014.1.1. 이후의 법조문에 대한 판시내용이라는 점에 큰 의미가 있다.

이 판례를 갖고서 일반적인 추징규정인 「지방세특례제한법」 제178조가 적용되는 경우와 추징 규정에 따른 용도에 ‘임대 포함’이라는 문구가 없는 경우에도 이를 확대하여 적용할 수 있는 것으로 해석되어질 수 있으나, 오랫동안의 판례와 해석 등에 이를 일반화하기에는 어려움이 있을 것으로 판단된다. 그리고 이 판례는 관련법령의 취지와 운영방식을 고려하여 판시하였다는 점에서도 일반화하기에 어려움이 있다는 것이다.

참고로, 취득세 감면적용 시 ‘직접 사용’이라는 문구가 아닌 ‘사용’이라는 문구가 있는 규정(「지방세특례제한법」 제20조, 제42조, 제44조 등)이 있어서 소유자와 대표자(운영자)가 다른 경우에도 취득세가 감면이 되는 것으로 해석하고 있다. 그런데 추징규정에서는 ‘직접 사용’으로 규정되어 있어서 법조문상 제3자가 그 해당 용도에 사용하는 경우에는 무조건 추징이 되는 것으로 해석되어진다는 점에서 문제가 될 수 있지만,^*5) 이는 법 제정 시에 이러한 문제점을 인식하지 못한 것으로 판단되는바, 이 법조문을 개정할 필요가 있다고 판단된다. 예를 들어 일반적인 추징규정인 「지방세특례제한법」 제178조 제2호 ‘해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우’를 ‘해당 용도로 직접 사용(사용으로 규정되어 있는 조문은 사용)한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우’로, 같은 법 제42조 제1항 제2호 ‘해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우’를 ‘해당 용도로 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우’로 개정하여야 할 것이다.