• 가. 학교법인 ○○학원은 2016.7.31. 이사회를 개최하여 그 소유의 서울 강북구 소재 학교용지 673㎡, 그 지상 4층 교육연구시설(이하 위 각 부동산을 합하여 ‘이 사건 각 부동산’이라 한다)에 위치한 ○○대학원대학교를 원고 소유의 경기도 파주시 소재 종교용지 10,225㎡ 및 그 지상 4층 종교시설(이하 ‘이 사건 교환대상 부동산’이라 한다)로 이전하기로 의결하였다.
• 나. 한국감정원의 감정평가결과 ○○학원 소유의 이 사건 각 부동산의 감정평가액은 3,097,556,000원이고, 원고 소유의 이 사건 교환대상 부동산의 감정평가액은 5,743,407,000원이었다.
• 다. ○○학원은 2016.8.30. 교육부장관에게 대학원대학 위치변경계획승인을 신청하였고, 교육부장관은 2017.1.20. ○○학원에 ‘○○학원과 원고는 ○○학원 소유의 이 사건 각 부동산과 원고 소유의 이 사건 교환대상 부동산을 상호 교환하고, 그 차액 2,645,851,000원(이하 ‘쟁점교환차액’이라 한다)은 원고가 ○○학원에 무상출연하여야 함’을 승인조건으로 하여 위치변경계획을 승인하였다.
• 라. 이에 따라 원고와 ○○학원은 2016.11.30. ‘이 사건 각 부동산과 이 사건 교환대상 부동산을 위 감정평가액을 부동산의 가액으로 하여 교환하되, 감정평가 차액 2,645,851,000원(쟁점교환차액)은 원고가 ○○학원에 무상으로 출연(증여)한다’는 내용의 이 사건 계약을 체결하였다.
• 마. 원고는 2017.2.2. 이 사건 각 부동산에 관한 소유권이전등기를 마쳤는데, 이 사건 교환대상 부동산의 감정평가액인 5,743,407,000원을 취득세 과세표준으로 하여 취득세 등을 신고하면서 「지방세특례제한법」 제50조 제1항 본문에 따라 취득세 등을 면제받았다.
• 바. 원고는 2017.9.14. 소외인에게 이 사건 각 부동산을 양도하고, 「지방세특례제한법」 제50조 제1항 단서 제3호 등에 따라 2017.10.10. 피고에게 취득세 과세표준을 5,743,407,000원으로 하여 취득세 229,736,280원, 지방교육세 22,973,620원, 농어촌특별세 11,486,810원 합계 264,196,710원을 신고·납부하였다.
• 사. 원고는 이 사건 각 부동산의 취득세 과세표준이 그 감정평가액인 3,097,556,000원임을 전제로 정당한 세액이 취득세 123,902,240원, 지방교육세 12,390,220원, 농어촌특별세 6,195,110원 합계 142,487,570원이라는 이유로, 2017.10.31. 피고에게 위 신고·납부 세액과의 차액 121,709,140원을 감액하여 달라는 취지의 경정청구를 하였으나, 피고는 2017.12.1. 위 경정청구를 거부(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

제6조 【정의】 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.

• 1. “취득”이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상·무상의 모든 취득을 말한다.

제10조 【과세표준】

• ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.
• ② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.
• ⑤ 다음 각 호의 취득(증여·기부, 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조 제1항 또는 「법인세법」 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.
  • 1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득
  • 2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득
  • 3. 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득
  • 4. 공매방법에 의한 취득

제18조 【취득가격의 범위 등】

• ① 법 제10조 제5항 각 호에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.
  • 5. 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건부담액과 채무인수액

제8조의 2 【재산이전의 보고】 제8조의 규정에 의하여 등기한 학교법인은 지체 없이 재산출연을 증빙할 수 있는 등기사항증명서 및 금융기관의 증명서 등 대통령령이 정하는 서류를 첨부하여 관할청에 재산출연결과를 보고하여야 한다.

제28조 【재산의 관리 및 보호】

• ① 학교법인이 그 기본재산을 매도·증여·교환 또는 용도변경하거나 담보에 제공하고자 할 때 또는 의무의 부담이나 권리의 포기를 하고자 할 때에는 관할청의 허가를 받아야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항은 이를 관할청에 신고하여야 한다.
• ② 학교교육에 직접 사용되는 학교법인의 재산 중 대통령령이 정하는 것은 이를 매도하거나 담보에 제공할 수 없다.

제11조 【기본재산의 처분】

• ① 법 제28조 제1항에 따른 학교법인의 기본재산의 매도·증여 또는 교환에 관한 허가신청서 또는 신고서에는 다음의 서류를 첨부하여야 한다.
  • 1. 처분재산명세서
  • 2. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가업자의 감정평가서(교환의 경우에는 쌍방의 재산)
  • 3. 이사회회의록사본
  • 4. 교환재산 또는 처분대금의 처리에 관한 사항을 기재한 서류(교환 또는 매도의 경우에 한한다)
  • 5. 제12조 제2항 각 호에 해당하는 경우에는 그 내용을 증명할 수 있는 서류

교환으로 부동산을 취득하면서 학교법인에게 무상으로 출연한 쟁점교환차액을 취득세 과세표준에 포함할 수 있는지 여부

이 건 계약 체결 시 쌍방의 보유 부동산에 대하여 사전에 감정평가를 실시하여 시가를 확정하였고, 교육부가 쌍방 부동산의 교환 및 위치변경 승인을 하면서 쟁점교환차액을 학교법인에게 무상으로 출연할 것을 조건으로 하였는바 이는 쌍방 부동산의 시가 차액이 2,645,851,000원(쟁점교환차액)임을 확인하고 그 처리방법을 구체화한 것이며, 학교법인이 이 사건 각 부동산의 감정평가액인 3,097,556,000원에 매매한 것으로 볼 때, 이 사건 각 부동산의 실제가치가 3,097,556,000원으로 확인되므로 2017. 9. 28. 원고가 자진납부한 취득세 중 쟁점교환차액에 상당하는 세액에 대한 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

이 사건 각 부동산은 학교법인 소유의 부동산이었고 교육부의 승인이 있어야 매도나 교환을 할 수 있으며 교육부는 원고와의 교환조건으로 교환부동산의 차액을 무상출연하도록 한 것으로, 이 건 계약을 성사시키기 위해서는 교육부의 승인은 법률상 필수절차이므로 교환부동산의 차액은 취득대금 외의 당사자의 약정에 따른 취득자 조건부담액에 해당하는 것이고, 교환의 경우 유상승계취득에 해당된다 할 것이며, 비등가물인 부동산을 인수하는 조건으로 교환하는 경우 과세표준은 당해 조건부담액과 그 부동산의 잔존가치를 합산한 금액으로 보아야 할 것인바, 이 사건 각 부동산의 취득세 과세표준은 이 사건 각 부동산의 감정평가액과 조건부담액인 쟁점교환차액을 합한 금액으로 보는 것이 타당하므로 피고가 원고의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

구 「지방세법」(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부 개정되어 2011.1.1.부터 시행되기 전의 것) 제111조 제5항 제3호는 법인장부 등에 의하여 취득가격이 입증되는 취득에 대하여는 취득세의 과세표준을 사실상의 취득가격에 의하도록 하고, 제111조 제8항의 위임에 따라 구 「지방세법 시행령」(2010.9.20. 대통령령 제22395호로 전부 개정되어 2011.1.1.부터 시행되기 전의 것, 이하 같다) 제82조의 2 제1항 1) 본문은 ‘취득가격은 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다.’고 규정하면서,

그 각호에서 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용(제1호), 할부 또는 연불조건부 계약에 따른 이자 상당액 및 연체료(제2호), 「농지법」에 따른 농지보전부담금, 「산지관리법」에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용(제3호), 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비·수수료(제4호), 취득대금 외에 당사자 약정에 의한 취득자 조건부담액과 채무인수액(제5호), 제1호부터 제5호까지의 비용에 준하는 비용(제6호)을 들고 있다.

‘취득가격’에는 과세대상물건의 취득시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 직접비용인 해당 물건 자체의 가격은 물론 그 이외에 실제로 해당 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나(취득자금이자, 설계비 등) 그에 준하는 취득절차비용(소개수수료, 준공검사비용 등)도 간접비용으로서 이에 포함된다 할 것이나, 그것이 취득의 대상이 아닌 물건이나 권리에 관한 것이어서 당해 물건 자체의 가격이라고 볼 수 없는 것이라면 과세대상물건을 취득하기 위하여 당해 물건의 취득시기 이전에 그 지급원인이 발생 또는 확정된 것이라도 이를 당해 물건의 취득가격에 포함된다고 보아 취득세 과세표준으로 삼을 수 없다.

• 1) 사업자가 수용에 따라 토지소유자에게 지급하는 지장물 보상금 및 이주비 등 보상금[(대법원95누4155, 1996.01.26.) 판결]
  원고법인이 「공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법」 및 「토지수용법」에 의하여 하동화력발전소 부지인 이 사건 토지를 협의 또는 수용에 의하여 취득함에 있어서 토지소유자 등에게 지급하였거나 지급하기로 한 비용 중 토지보상금은 직접 비용으로서 이 사건 토지의 취득을 위하여 거래상대방인 주민 등에게 이 사건 토지의 취득시기 이전에 지급하였거나 지급하기로 한 것이라 할지라도 과세대상물건인 이 사건 토지를 취득함에 있어서 토지 자체의 가격으로 지급되는 것이 아니라 취득의 대상이 아닌 물건이나 권리에 관하여 그 지급원인이 발생 또는 확정된 것이므로 이 사건 토지에 대한 취득세의 과세표준인 취득가격에 포함되지 아니한다 할 것이다.
  
  
• 2) 사업성 검토 컨설팅 용역비[(대법원2009두22034, 2011.1.13.) 판결]
  소외 회사가 원고에게 제공한 용역이 이 사건 건축물의 신축에 필요한 인·허가나 이 사건 건축물의 신축을 위한 자금의 대출에 관한 자문이거나, 또는 단순히 분양과 관련된 것이 아니라 이 사건 건축물의 신축 여부를 결정하기 위한 전제로서의 사업성 검토 등을 포함하고 있다면, 이러한 컨설팅 용역비는 이 사건 건축물의 신축에 필요불가결한 준비행위로서 건축물 취득 전에 이루어진 직·간접적인 부대비용에 해당한다고 볼 수 있다.
  
  
• 3) 취득일 이후 공사비[(대법원2013두7681, 2013.09.12.) 판결]
  위 취득가격에는 과세대상물건의 취득시기 이전에 지급원인이 발생 또는 확정된 비용만 포함되고, 이 비용은 건축공사 도급계약의 체결이나 공사대금 지급의 약정이행기가 도래하였다는 것 또는 그때까지 이미 지급한 공사대금 금액을 의미하는 것이 아니라, 취득시기까지 실제 공사가 완료된 부분의 기성고 금액을 뜻한다. 취득일 이후의 공사로 인한 부분은 독립적으로 취득세의 과세대상이 되는 경우에 한하여 주체구조부 소유자 또는 수분양자 등에게 별도로 취득세를 부과할 수 있을 뿐이다.
  
  
• 4) 신탁수수료[(대법원2009두23075, 2011.01.13.) 판결]
  건설회사가 아파트 신축사업을 위하여 금융기관으로부터 건축자금을 대출받고 대출금이자와 대출취급수수료를 지급하고, 부동산신탁회사와 미분양 아파트의 신탁계약을 체결하면서 신탁수수료를 지급한 사안에서, 대출금 이자는 건설자금에 충당한 금액이고, 대출취급수수료는 토지의 취득을 위하여 그 매입대금을 대출받으면서 대출에 관한 수수료로 지급된 것으로서, 토지의 취득가격에 포함시킨 것은 적법하고, 신탁수수료는 아파트의 신축·분양사업과 관련된 차입금 및 분양대금 등의 자금을 투명하게 관리하기 위하여 자금관리를 신탁하고 이에 대한 대가로 지급한 수수료로서 아파트 신축·분양사업 전체에 관한 자금관리비용일 뿐 위 아파트의 취득과는 무관한 비용이라 할 것이므로, 아파트 취득가격에 포함시킨 것은 위법하다.

자산의 양도가액은 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 ‘실지거래가액’이라고 한다)에 따른다(구 「소득세법」 제96조 제1항). 이처럼 양도소득세의 과세표준인 양도차익을 산정할 때에 기준이 되는 ‘실지거래가액’이란 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 실제로 약정된 금액을 말한다.

원고는 2017.2.2. 이 사건 각 부동산에 관한 소유권이전등기 후 장부상에 이를 자산으로 계상할 것인데, 회계학상 ‘자산(유동자산과 고정자산)’이란 과거의 거래나 사건의 결과로서 기업이 소유하고 있는 경제적 자원을 총칭하는 말로써, 특정 실체에 의해 획득, 지배되는 예상 가능한 미래의 경제적 효익을 말하며, 이러한 자산의 본질은 용역잠재력이라 할 수 있다.

회계학상 자산은 세 가지 요건을 갖추어야 하는바, 첫째, 경제적 자원이어야 한다. 즉, 현금 또는 현금 등가물일 것, 미래에 판매될 수 있는 것, 장래의 영업활동 시 활용될 수 있을 것이어야 한다. 둘째, 취득가액을 객관적으로 측정할 수 있어야 한다. 셋째, 경제적 자원에 대한 소유권이 있어야 한다.

이 사건 당시의 「지방세법 시행령」 제18조 제1항 제5호의 규정에서 취득가액에 대한 간접비용 중 하나로 ‘취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건부담액과 채무인수액’을 규정하고, 나아가 ‘이에 준하는 비용’까지 규정하고 있다.

대상판결 사건은 비특수관계자 사이인 원고인 교회와 학교법인 OO 학원과의 거래의 이 사건 각 부동산(감정평가액 3,097,556,000원)과, 원고 소유의 이 사건 교환대상 부동산(감정평가액 5,743,407,000원)을 교환하는 계약을 체결하면서 쟁점교환차액 상당액(2,645,851,000원)을 학교법인인 OO학원에 무상 출연하는 경우로서, 원고가 이 차액을 무상출연하지 않았다면, 이 사건 각 부동산을 취득할 수 없었을 것이므로, 쟁점교환차액은 원고가 이 사건 각 부동산을 취득하기 위하여 지급한 조건부담액¹⁾으로서 취득세 과세표준에 포함된다는 1심 및 항소심 법원의 판단과 같이 위 규정의 ‘취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자의 조건부담액”으로 볼 여지도 있겠다.²⁾

그러나, 이 건 계약 체결 시 쌍방의 보유 부동산에 대하여 사전에 감정평가를 실시하여 시가를 확정하였고, 교육부가 쌍방 부동산의 교환 및 위치변경승인을 하면서 원고가 쟁점교환차액을 학교법인에게 무상으로 출연할 것을 조건으로 하였는바, 이는 쌍방 부동산의 시가 차액이 쟁점교환차액임을 확인하고 그 처리방법을 구체화한 것이고, 쟁점교환차액 상당액이 당해 취득 물건 자체의 가격이나 실지의 거래대금 그 자체라고 볼 수 없고, 회계학상의 자산의 세 가지 요건을 갖추었다고도 볼 수 없으며, 「지방세법」 제10조 및 같은 법 시행령 제18조 제1항 각호에 열거된 취득가액의 범위인 제5호(취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건부담액과 채무인수액) 및 제7호(이에 준하는 비용)의 어느 경우에도 해당하지 아니한다고 볼 수 있는 점에서 대상판결은 쟁점교환차액 상당액이 취득가액에 포함되는 간접비용에 해당하지 않는다는 점을 확인한 판결이라 할 수 있으나, 그 이유를 명확히 설시하지 아니한 아쉬움이 있다.