세금계산서는 재화 또는 용역의 공급시기에 발급하는 것이 원칙이다.
공급시기가 도래하기 전에 대가의 전부 또는 일부를 받고 세금계산서를 발급하는 경우에는 그 발급하는 때를 공급시기로 보므로, 공급시기가 도래하기 전에 발급하는 것은 무방하다.

그러나 재화 또는 용역의 공급시기 이후 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 세금계산서를 발급하는 경우 공급자는 공급가액의 1%에 상당하는 ‘세금계산서 지연발급 가산세’를, 공급받는 자는 공급가액의 0.5%에 상당하는 ‘세금계산서 지연수취 가산세’를 물게 된다.

또한, 재화 또는 용역의 공급 시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한이 지난 후 세금계산서를 발급 받았더라도 그 세금계산서의 발급일이 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내이고, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에도 매입세액공제를 받을 수 있다.

• 가. 「국세기본법 시행령」 제25조제1항에 따른 과세표준수정신고서와 같은 영 제25조의 3에 따른 경정 청구서를 세금계산서와 함께 제출하는 경우
• 나. 해당 거래사실이 확인되어 법 제57조에 따라 납세지관할세무서장, 납세지관할지방국세청장 또는 국세청장이 결정 또는 경정하는 경우

다만, 공급자는 공급가액의 2%에 상당하는 세금계산서 미발급 가산세를, 공급받는 자는 공급가액의 0.5%에 상당하는 세금계산서 지연수취 가산세를 물게 된다.

예를 들어 5월 25일 재화를 공급하였으나, 6월 15일에 세금계산서를 발급하였다면, 공급자와 공급받는 자 모두 가산세를 물어야 한다. 또한 과세기간을 달리하여 위 각 목의 요건을 충족하여 다음 해 1월 31일에 세금계산서를 발급하였다면, 공급자와 공급받는 자 모두 가산세를 물고 공급받는 자는 매입세액을 공제 받을 수 있다. 그러나 다음 해 7월 27일에 세금계산서를 발급하였다면 공급자는 가산세를 물고 공급받는 자는 매입세액을 공제받을 수 없다.

세금계산서에 기재하는 내용 중 잘못 기재되었을 경우 가산세 등 불이익을 받게되는 것을 ‘필요적 기재사항’이라 하는데, 필요적 기재사항은 다음과 같다.

• 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
• 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호
• 공급가액과 부가가치세액
• 작성 연월일

필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 않았거나 사실과 다르게 기재된 때에는 그 공급가액에 대해 공급자는 1%, 공급받는 자는 0.5%를 가산세로 물어야 한다.

그러므로 세금계산서를 발급할 때는 재화 또는 용역의 공급시기에 특히 필요적 기재사항을 정확히 기재하여 발급하여야 한다.

다음의 경우에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음달 10일(그 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일)까지 세금계산서를 발급할 수 있다.

• ① 거래처별로 1역월의 공급가액을 합하여 해당 달의 말일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우
• ② 거래처별로 1역월 이내에서 사업자가 임의로 정한 기간의 공급가액을 합하여 그 기간의 종료일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우
• ③ 관계 증명서류 등에 따라 실제거래사실이 확인되는 경우로서 해당 거래일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

사업을 하다 보면 평소 거래를 하지 않던 사람으로부터 시세보다 싸게 물품을 대 줄 테니 사겠냐는 제의를 받아 이를 구입하는 경우가 있다.

이런 경우에는 거래상대방이 정상사업자인지, 세금계산서는 정당한 세금계산서인지 여부를 우선 확인해 보아야 한다. 왜냐하면 거래 상대방이 폐업자이거나, 세금계산서가 다른 사업자 명의로 발급된 때에는 실제 거래를 하였더라도 매입세액을 공제 받을 수 없기 때문이다.

그러므로 거래상대방이 의심스러우면 세금계산서를 받을 때 다음 사항을 반드시 확인해 보는 것이 좋다.

예를 들어 2023년 4월에 물품을 구매하고 세금계산서는 2023년 6월에 받는 경우, 판매자에게는 공급가액의 1%, 매입자에게는 0.5%의 가산세가 부과된다.

예를 들어 2023년 4월에 물품을 구매하고 세금계산서는 과세기간의 확정신고기한이 지난 후인 다음 해인 2024년 2월에 발급받는 경우, 원칙적으로 판매자에게는 공급가액의 2%의 가산세를 물리고, 매입자에게는 매입세액을 공제해 주지 않는다.

다만, 공급시기가 속하는 확정신고기한의 다음 날부터 1년 이내에 세금계산서를 발급받으면 수정신고ㆍ경정청구 또는 과세관청의 결정ㆍ경정으로 매입세액 공제가 가능하다.

만약 매입자가 매입세액을 공제 받을 수 없는 데도 매입세액을 공제하여 신고하면, 매입세액의 10%에 해당하는 신고불성실 가산세 및 공급가액의 0.5%에 상당하는 매입처별 세금계산서합계표 불성실 가산세와 함께 과소 납부금액에 대한 납부지연가산세가 부과된다. 위에서 보는 바와 같이 세금계산서는 반드시 재화 또는 용역의 공급시기에 주고 받아야 불이익을 받지 않는다.

설령 재화 또는 용역의 공급시기에 대금을 지급하지 못하더라도 세금계산서는 제때에 주고받아야 한다.

세금계산서 발급의무가 있는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그에 대한 세금계산서를 발급하지 않는 경우, 재화 또는 용역을 공급받은 사업자(매입자)가 관할세무서장의 확인을 받아 세금계산서를 발급할 수 있는 제도다.

경제적으로 우월한 지위에 있는 재화 또는 용역의 공급자가 과세표준이 노출되지 않도록 하기 위하여 세금계산서를 발급하지 않는 사례를 방지하기 위한 것이다.

일반과세자(2021년 7월 1일 공급분부터 세금계산서 교부의무가 있는 간이과세자 포함)로부터 재화나 용역을 공급받는 자는 매입자발행세금계산서를 발행할 수 있다.

• 1) 세금계산서 발급의무가 있는 사업자가 세금계산서를 발급하지 않는 경우(사업자의 부도ㆍ폐업, 공급계약의 해제ㆍ변경 등으로 사업자가 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서를 발급하지 아니한 경우 포함) 매입자(신청인)는 그 재화 또는 용역의 공급 시기가 속하는 과세기간의 종료일로부터 1년 이내에^* 거래사실확인신청서에 대금결제 등 거래사실 입증자료를 첨부하여 신청인의 관할 세무서장에게 거래사실의 확인을 신청하여야 한다.
  • 거래사실 입증책임은 매입자에게 있으므로 대금 결제 등 증빙자료(영수증, 거래명세표, 거래사실 확인서 등)를 확보하여야 한다.
  * 2024년 2월 29일 이후 거래 사실의 확인을 신청하는 경우부터 적용(2024년 2월 28일 이전: 6개월 이내 신청)
• 2) 신청인 관할세무서장은 신청인이 제출한 자료를 공급자 관할세무서장에게 송부한다.


• 3) 공급자 관할세무서장은 신청일의 다음 달 말일까지 공급자의 거래사실여부를 확인하고 그 결과를 공급자와 신청인 관할세무서장에게 통보한다.


• 4) 공급자 관할세무서장으로부터 거래사실확인 통지를 받은 신청인 관할세무서장은 즉시 신청인에게 그 결과를 통지하고, 그 통지를 받은 신청인은 매입자발행세금계산서를 발행하여 공급자에게 교부하여야 한다. 다만, 신청인 및 공급자가 관할세무서장으로부터 거래사실 확인통지를 받은 경우에는 매입자발행세금계산서를 교부한 것으로 본다.


• 5) 신청인이 부가가치세 신고 또는 경정청구 시 매입자발행세금계산서합계표를 제출한 경우, 매입자발행세금계산서에 기재된 매입세액을 공제받을 수 있다.

매입자가 세금계산서를 발급하기 위하여 세무서장에게 거래사실 확인신청하는 경우에는 다음과 같은 제한이 있다.

• 거래건당 공급대가(부가가치세 포함)가 5만 원 이상이어야 한다.

사업자가 사업과 관련하여 재화 또는 용역을 공급받고 부가가치세액이 별도로 구분되는 신용카드매출전표, 현금영수증 등을 사업자 명의로 발급 받은 경우 그 부가가치세액은 공제할 수 있는 매입세액에 해당한다.

• 개인사업자는 사업관련 경비 지출용으로 쓰는 사업자 본인 명의의 신용카드를 홈택스에 등록할 수 있다(법인의 경우 법인명의의 신용카드는 별도의 등록절차 없음).
• 이 경우 개인사업자는 부가가치세 신고 시 “신용카드매출전표 등 수령명세서”에 거래처별 합계 자료가 아닌 등록한 신용카드로 매입한 합계금액만 기재하면 매입세액공제를 받을 수 있어 편리하다.
• 법인사업자의 경우 법인명의의 신용카드는 그 자체가 사업용 신용카드에 해당하므로 홈택스에 별도로 등록할 필요가 없다.

• 신용카드매출전표 등에 의하여 매입세액을 공제받으려면 사업자 본인 명의로 발급받아야 하고, 타인 명의의 신용카드매출전표는 매입세액을 공제받을 수 없다.
• 다만, 종업원 및 가족 명의의 신용카드매출전표를 수취하는 경우에도 당해 사업자의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액임이 객관적으로 확인되는 경우에는 매입세액을 공제받을 수 있다.
• 또한, 법인 소속 임직원 명의의 개인카드로 사업용 물품을 구입하는 경우에는 신용카드매출전표 등 수령명세서에 거래처별 합계자료를 제출하여야 매입세액을 공제받을 수 있다.

부가가치세 납부세액은 매출세액에서 사업자가 물품 등을 구입할 때 부담한 부가가치세, 즉 매입세액을 공제하여 계산하는 것이 원칙이다.

그러나 예외적으로 부가가치세가 면제되는 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물ㆍ임산물 등의 원재료를 구입, 이를 제조ㆍ가공하여 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업자에 대하여는 원재료를 구입할 때 직접 부담한 부가가치세는 없지만, 한도액 내에서 그 구입가액의 일정율에 해당하는 금액을 매입세액으로 의제하여 매출세액에서 공제받을 수 있도록 하고 있는데, 이를 ‘의제매입세액 공제제도’ 라 한다.

법인사업자의 경우 해당 과세기간에 공급하는 면세 농산물 등과 관련된 사업에 대한 과세표준의 30퍼센트(2025년 12월 31일 까지 50%)에 해당하는 금액에 공제율을 곱한 금액으로 하고, 개인사업자 중 음식업자의 경우에 2025년 12월 31일까지 과세표준이 1억 원 이하인 경우 75%, 1억 원 초과 2억 원 이하인 경우 70%, 2억 원 초과인 경우 60%에 해당하는 금액에 공제율을 곱한 금액으로 한다.(개인사업자 중 기타업종은 과세표준 2억 원 이하 65%, 2억 원 초과 55%)

일반과세자가 부가가치세 면제를 받고 구입한 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물 또는 임산물을 원재료로 사용하여, 제조ㆍ가공한 재화 또는 용역의 공급이 부가가치세가 과세되는 경우에 적용한다.

사업자가 공급한 재화 또는 용역에 대한 외상매출금 및 기타 매출채권(부가가치세가 포함된 것)의 전부 또는 일부가 거래상대방의 부도ㆍ파산 등으로 대손되어 부가가치세를 회수할 수 없게 된 경우에는, 그 징수하지 못한 부가가치세액을 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제하여 주는데, 이를 ‘대손세액 공제’라 한다.

대손세액 공제제도는 거래상대방으로부터 부가가치세를 회수하지 못한 경우에 기업의 세부담을 완화시켜 주기 위한 제도이므로, 부가가치세를 신고ㆍ납부하지 아니한 부분에 대하여는 대손세액 공제를 받을 수 없다.

사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급한 후 그 공급일로부터 10년이 지난 날이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 확정되는 대손세액에 한하여 공제받을 수 있다.

대손세액공제를 받기 위해서는 다음 각 호의 사유에 해당하여야 한다

• ① 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생계획인가의 결정 또는 법원의 면책결정에 따라 회수불능으로 확정된 채권
• ② 법원의 회생계획인가 결정에 따라 채무를 출자전환하는 경우
• ③ 상법ㆍ어음법ㆍ수표법ㆍ민법에 따른 소멸시효가 완성된 채권
• ④ 채무자의 파산, 강제집행, 형의집행, 사업의 폐지, 사망, 실종 또는 행방불명으로 회수할 수 없는 채권
• ⑤ 부도발생일로부터 6개월 이상 지난 수표 또는 어음상의 채권 및 외상매출금
• ⑥ 중소기업의 외상매출금 및 미수금으로서 회수기일이 2년 이상 지난 외상매출금 등
• ⑦ 회수기일이 6개월 이상 지난 채권 중 채권가액이 30만원 이하(채무자별 채권가액의 합계액을 기준)인 채권

대손세액공제를 받으려는 사업자는 위의 대손사유가 발생한 과세기간의 부가가치세 확정신고서에 대손세액공제신고서와 대손사실을 증명하는 서류를 첨부하여 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

정부에서는 폐자원의 수집을 원활하게 하여 환경보전을 도모할 목적으로 재활용폐자원 및 중고자동차를 수집하는 사업자가 면세사업자, 간이과세자(2021년 7월 1일 이후부터는 영수증을 발급하여야 하는 간이과세자), 개인 등 세금계산서를 발급할 수 없는 자로부터 폐자원 및 중고자동차를 매입하여 제조 가공하거나 이를 공급하는 경우,

재활용폐자원은 매입가액의 3/103(다만, 2014년 1월 1일부터 2015년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 5/105, 중고자동차는 10/110)을 매출세액에서 공제할 수 있도록 하고 있는데, 이를 ‘재활용폐자원 등에 대한 매입세액공제’라 한다.

재활용폐자원 등의 매입세액공제를 받을 수 있는 사업자와 범위는 다음과 같다.

• 「폐기물관리법」에 의하여 폐기물중간처리업 허가를 받은 자 또는 폐기물 재활용 신고를 한 자
• 「자동차관리법」에 따라 자동차매매업 등록을 한 자
• 「한국환경공단법」에 따른 한국환경공단
• 조세특례제한법시행령 제110조 제4항 제2호의 중고자동차를 수출하는 자
• 기타 재활용폐자원을 수집하는 사업자로서 재생재료 수집 및 판매를 주된 사업으로 하는 자

고철, 폐지, 폐유리, 폐합성수지, 폐합성고무, 폐금속캔, 폐건전지, 폐비철금속류, 폐타이어, 폐섬유, 폐유, 중고자동차

① 재활용폐자원 등의 매입세액공제 신고서
② 매입처별세금계산서합계표 또는 영수증

• 일반규모 미등록자로부터 매입하여 공제받는 경우
• 사망자, 노숙자, 해외이주자 등으로부터 매입하여 부당공제 받는 경우
• 일반과세자로부터 매입하여 공제 받는 경우
• 재활용폐자원 매입세액 공제한도를 초과한 경우
• 공제 신고서상 공급자의 주민등록번호가 사실과 다른 경우

재고매입세액은 재고납부세액의 반대의 경우로 간이과세자에서 일반과세자로 변경되는 경우 신고한 재고품, 건설중인 자산 및 감가상각자산의 재고매입세액신고 후, 관할세무서장의 승인을 얻은 날이 속하는 예정신고기간 또는 확정신고기간의 매출세액에서 공제하여 주는 제도이다.

즉, 간이과세자이었을 때 공급대가의 0.5%(2021년 6월 30일 이전 수취분은 매입세액의 부가율)만큼만 공제받았으므로 이를 일반과세자이었을 경우로 간주하여 공제받지 못한 부분을 추가 공제해 주는 것이다.

① 상품, 제품(반제품 및 재공품 포함)
② 재료, 부재료
③ 건설중인 자산
④ 감가상각자산(건물ㆍ구축물은 10년 이내의 것, 기타 감가상각자산은 2년 이내의 것)

간이과세자가 일반과세자로 변경되는 경우에는 그 변경되는 날 현재에 있는 재고품(상품, 제품, 재료), 건설중인 자산 및 감가상각자산에 대하여 일반과세 전환 시의 재고품등 신고서를 작성하여 그 변경되는 날의 직전 과세기간에 대한 신고와 함께 각 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

부가가치세가 면제되는 재화나 용역을 공급하는 사업자를 면세사업자라 하는데 면세사업자는 운송료, 포장비 등 매입할 때 부담한 부가가치세를 공제 받지 못하기 때문에 부가가치세를 원가에 산입하여 가격경쟁력이 불리하게 된다. 이러한 불이익을 제거하기 위하여 부가가치세법에서는 수출하는 경우와 같이 영세율이 적용되는 경우에 한하여 면세를 포기하고 과세사업자로 적용받을 수 있도록 하고 있다.

면세포기를 신고한 사업자는 신고한 날로부터 3년간 부가가치세를 면제받지 못하며 3년이 지난 뒤 부가가치세를 면제받으려면 면세적용신고서를 제출하여야 하며 면세적용신고서를 제출하지 아니하면 계속하여 면세를 포기한 것으로 본다.