청구법인은 연구개발특구의 육성에 관한 특별법(이하 “연구개발특구법”) 제9조 제1항, 같은 법 시행령 제12조의 3 제2항에 따라 2014.9. ‘A’ 기술에 대한 첨단기술기업 지정서(유효기간 2014.10. ~ 2016.10.)를 발급받고 2015.1.경 연구개발특구에 입주하였으며, 2017.9. 다시 ‘B’기술에 대한 첨단기술기업 지정서(유효기간 2017.9. ~ 2019.9.)를 발급받았다. 이후 청구법인은 다시 첨단기술기업 지정을 받지 못하였다.

청구법인은 구 조세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 조세특례제한법”) 제12조의 2(이하 “쟁점조문”) 제1항의 요건을 2015.1.경 만족(첨단기술기업이 연구개발특구에 입주)한 뒤, 같은 조 제2항에 따라 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도인 2015 사업연도로부터 5년 이내에 끝나는 과세연도인 2019 사업연도에 관련 사업의 법인세 50%를 감면받았다.

그런데 처분청은 청구법인의 첨단기술기업 지정의 효력은 2019.9.까지만 유효하므로, 2019 사업연도에는 구 조세특례제한법 제12조의 2 제1항의 요건을 충족하지 못한 것이라고 주장하며 위 2019 사업연도 감면 법인세를 모두 추징하는 내용의 법인세부과처분(이하 “이 사건 처분”)을 하였다.

대상결정은 청구법인이 2017년 첨단기술기업 지정을 받았으므로, 이로부터 3년 내인 2019년에는 100%의 법인세 감면을 받아야 한다고 주장하는 부분에 대하여는 “해당 조문의 ‘감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도’라 함은 해당 첨단기술을 이용하여 최초 소득이 발생하는 것을 뜻하는 것이 아닌 조세특례제한법 시행령 제11조의 2 제1항 제4호에 따른 ‘첨단기술 및 첨단제품과 관련된 산업’에서 최초로 소득이 발생한 과세연도를 의미하는 것”이므로 A, B 모두 같은 C 산업에서 사용되는 기술이기에 A 기술을 사용하여 이미 C 산업에서 최초 소득이 발생하였다면 그때를 기준으로 기산하여야 하므로, 2017년부터 새로 기산할 수 없다고 하였고,²⁾ 청구법인이 일단 2015년에 쟁점조문 제1항에 의하여 감면 요건을 달성한 이상, 쟁점조문 제2항에서 보장된 5년의 감면 기간이 지켜져야 한다는 주장에 관하여는 “쟁점조문은 일정 기간까지 지정을 받은 첨단기술기업은 해당 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도의 경우에는 법인세의 100%에 상당하는 세액을 감면하고 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도의 경우에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있어, 첨단기술기업의 지정 유효기간이 2019.9.경 만료된 청구법인의 경우 2019 사업연도 종료일 현재에는 쟁점조문에서 규정한 감면요건을 충족하고 있지 아니하므로 2019 사업연도에 대한 세액감면을 적용하지 않는 것이 타당”하다고 결정하였다.

법률의 해석에는 다양한 해석 방법론이 제시되고 있으나, 궁극적으로는 법률의 해석을 ‘법문의 가능한 의미’에 따라 해석하는 문언 중심적 해석방법과 입법자의 의도를 비롯하여 법문에 없는 내용을 해석에 포함시키는 목적론적 해석으로 단순화할 수 있다. 하지만 최소한 세법의 해석에 있어서는 조세법률주의에 따라 문언해석이 우선된다.³⁾
대법원은 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 한다(대법원2002두9537, 2003.1.24., 판결 등 참조).

물론 목적론적 해석이 보충적으로 사용될 수는 있으나, 이는 제한적으로 사용되어야 할 것이며, 법률의 문언을 그대로 해석하는 경우에 보충적으로 사용하여야 할 것이다.⁴⁾ 하지만 그 경우에도 조세감면의 혜택 등이 유도적 규정인 경우에는 그러한 제도가 의도한 목적이 달성될 수 있는지는 국민이 어느 정도로 국가의 의도에 호응하는가에 달려있기 때문에⁵⁾ 유도적 규정의 해석은 납세자가 그 유도에 반응할 수 있어야 함을 염두에 두어야 할 것이다.
헌법재판소 역시 조세법의 해석을 형벌조항에 준하여 헌법상의 죄형법정주의, 조세법률주의의 원칙상 엄격하게 법문을 해석하여야 하고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석할 수는 없는바, ‘유효한’ 법률조항의 불명확한 의미를 논리적ㆍ체계적 해석을 통해 합리적으로 보충하는 데에서 더 나아가, 해석을 통하여 전혀 새로운 법률상의 근거를 만들어 내거나, 기존에는 존재하였으나 실효되어 더 이상 존재한다고 볼 수 없는 법률조항을 여전히 ‘유효한’ 것으로 해석한다면, 이는 법률해석의 한계를 벗어나 ‘법률의 부존재’로 말미암아 형벌의 부과나 과세의 근거가 될 수 없는 것을 법률해석을 통하여 창설해 내는 일종의 ‘입법행위’로서 헌법상의 권력분립원칙, 죄형법정주의, 조세법률주의의 원칙에 반한다고 설시하고 있다(헌재2009헌바123, 2012.5.31., 결정).

그러므로 예컨대 구 토지초과이득세법 시행령에서 ‘토지의 취득 후 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 경우에는 그 사용이 금지 또는 제한된 날로부터 3년간’ 유휴토지로 보지 않도록 규정하였다면, 문언대로 ‘그 사용이 금지 또는 제한된 날로부터 3년간’ 유휴토지로 보지 않는 것이지, 그 사용 금지 또는 제한이 해제된 경우에는 별도로 규정이 없는 한, 그 사용 금지 또는 제한이 해제된 경우의 토지는 해당 조항이 적용되지 않는다고 해석할 수 없고(대법원96누8659, 1997.2.14., 판결), 구 조세감면규제법에서 ‘투자를 완료한 날’이 속하는 사업연도의 소득세 또는 법인세에서 투자세액을 공제하도록 하고 있다면 문언 그대로 해석하여야 옳은 것이지, 다른 법률 규정에 정해진 바를 참조하여 이를 ‘투자자가 정상상품으로 판매할 수 있는 완성품을 최초로 생산한 날로 하되 다만 2개 이상의 공정으로 이루어지는 일관작업에 소요되는 기계 또는 그 부수장치에 투자한 때에는 그 기계 또는 부수장치에 의한 최초공정에서 완성품을 최초로 생산한 날’로 해석하는 것은 조세법률주의에 반하는 것이며(대법원87누285, 1989.10.24., 판결), 구 자산재평가법이 “재평가세의 과세표준이 되는 금액은 제8조의 규정에 의한 재평가차액에서 재평가일까지의 법인세법의 규정에 의한 이월결손금을 공제한 금액에 의한다.”라고만 규정하고 있을 뿐 이월결손금의 공제순서에 관하여는 정한 바가 없다면, 함부로 구 법인세법시행령의 규정을 유추적용하여 재평가차액에서 공제할 이월결손금을 먼저 발생한 사업연도의 결손금부터 순차로 공제하여야 한다고 해석하여서는 안 되므로, 납세자의 의사를 무시한 채 재평가세를 산출할 수 없다(대법원2002두6781, 2004.5.27., 판결).⁶⁾
쟁점조문은 ‘제1항에 따른 요건을 갖춘 경우’, 감면대상사업에서 최초로 발생한 소득이 발생한 ‘과세연도의 개시일’부터 ‘3년 이내에 끝나는 과세연도’의 경우에는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, ‘그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도’의 경우에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있다.

‘제1항에 따른 요건을 갖춘 경우’라 함은 쟁점조문 제1항 각 호에 해당하는 기업으로서 연구개발특구에 입주한 기업을 뜻한다. 감면대상사업에서 최초로 발생한 소득이 발생한 ‘과세연도의 개시일’이라 함은 법인세의 과세연도 개시일이라고 해석이 될 수밖에 없다. 이때부터 ‘3년 이내에 끝나는 과세연도’라 함은 과세연도의 개시일로부터 3년 이내의 과세연도를, ‘그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도’라 함은 그 후 2년 이내의 과세연도를 뜻하는 것이 그 문언상 명확하다.

이를 이 사건에 대입하면 청구법인이 쟁점조문 제1항의 요건을 갖춘 2015.1.경의 ‘과세연도 개시일’인 ‘2015 과세연도’부터 ‘3년 이내에 끝나는 과세연도’인 ‘2017 과세연도’, ‘그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도’는 ‘2019 과세연도’가 되므로, 2019 과세연도에도 쟁점조문에 따라 법인세가 감면된다고 해석함이 자연스럽다. 따라서 문언해석상 청구법인은 쟁점조문에 따른 감면 혜택을 받아야 함이 타당하다.

한편, 목적론적 해석을 보충적으로 적용하여 보더라도, 유도적 규정인 쟁점조문이 효과를 발휘하기 위해서는, 법문이 유도하는 바에 따라 행위한 청구법인을 보호해야 한다는 점 및 첨단기술기업으로 지정을 받은 이후 일정 시간을 경과하여야 그로 인한 매출이 발생한다는 점 등을 고려하여 본다면, 목적론적으로 해석에 비추어 보더라도 청구법인이 쟁점조문에 따른 감면 혜택을 받을 수 있어야 한다고 생각된다.

조세심판원은 이미 쟁점조문과 유사한 구조인 구 벤처기업육성에 관한 특별조치법(2016.12.20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것, 이하 “벤처기업법”)에 대한 감면조항인 조세특례제한법 제6조 제2항에 대하여 해당 조항이 “벤처기업법상 벤처기업으로서 창업 후 3년 이내에 일정 기한까지 벤처기업으로 확인받은 경우, 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다”고 규정하고, 그 단서로 “다만 감면기간 중 벤처기업의 확인이 취소된 경우에는 취소일이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다”라고만 규정이 되어 있다면, 감면기간 중 ‘유효기간이 만료된 경우’에는 적용배제 사유가 없는바, 문언대로 감면 기간 동안의 조세감면을 보장하여야 하고, 법문의 규정도 없이 유효기간이 만료된 과세연도의 감면을 적용하지 않을 수 없다고 결정하고 있다[(조심2008서4180, 2009.6.23.) 결정, (조심2016중1262, 2016.10.24.) 결정, (조심2018서2607, 2018.12.27.) 결정].

한편, 이후 조세특례제한법 제6조 제2항은 2016.12.20. 법률 제14390호로 개정되어 같은 항 제2호에서 ‘유효기간의 만료일’이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다고 규정하였다. 관련하여 조세심판원은 벤처기업법상 벤처기업으로 확인받은 기업이 확인받은 날로부터 4년 이내에 취득하는 부동산에 대하여 취득세 감면을 하여주는 지방세특례제한법 제58조의 3 제1항의 해석과 관련하여, “「조세특례제한법」(2016.12.20. 법률 제14390호로 개정된 것) 제6조 제2항 제2호에서는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조 제2항에 따른 벤처기업확인서의 유효기간이 만료된 경우(해당 과세연도 종료일 현재 벤처기업으로 재확인받은 경우는 제외한다)에는 소득세 또는 법인세의 감면을 적용하지 아니한다고 규정하고 있으나 창업벤처중소기업에 대한 취득세 등의 감면을 규정한 「지방세특례제한법」에는 위와 같은 규정이 없는 점, 청구법인과 같이 정당하게 창업벤처중소기업으로 인정받아 4년의 감면기간을 부여받은 기업에 대하여 법령에 근거 없이 4년의 감면기간을 축소하거나 박탈하는 것은 조세법률주의 원칙상 타당하지 아니하고, 「지방세특례제한법」 제58조의 3에서 벤처기업확인서상 유효기간이 만료된 경우 창업벤처중소기업에 대하여 취득세 등의 감면을 배제하겠다는 규정이 없으므로 청구법인이 벤처기업확인서상 유효기간이 만료된 이후에 쟁점부동산을 취득하였다 하더라도 취득세 등의 감면대상이 아닌 것으로 보기 어려운 점”을 토대로 비추어 보면 벤처기업확인서 유효기간이 만료된 이후 취득한 부동산이라고 하더라도 법문언대로 벤처기업으로부터 확인받은 날로부터 4년 이내에 취득한 부동산이라면 취득세 감면이 적용되어야 한다고 결정하였다(조심2019지2529, 2020.7.1., 결정).

조세심판원은 이처럼 법문언에 반하여 목적론적 해석 등을 통하여 감면요건을 축소해석하는 것을 인정하지 않고 있었으나, 대상결정은 기존 조세심판원의 입장을 바꾸어 쟁점조문과 같이 특정한 요건을 갖춘 뒤 일정한 기간 동안 조세를 감면해주는 조문은 해당 특정한 요건이 지속되는 동안에만 감면이 가능한 것이라는 해석론을 펼치고 있다.

쟁점조문과 관련하여서는 국세청의 질의회신이 존재하는데, 해당 예규는 「대덕연구개발특구 등의 육성에 관한 특별법」 제9조에 따라 첨단기술기업으로 지정받은 기업이 조세특례제한법 제12조의 2 세액감면을 적용받는 감면기간 중에 첨단기술기업 지정의 유효기간이 만료되어 첨단기술기업에 해당하지 않는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도부터 같은 법의 세액감면을 적용받을 수 없는 것임. 다만, 해당 기업이 잔존감면기간 중에 첨단기술기업으로 다시 지정받은 경우에는 그 재지정일이 속하는 사업연도부터 잔존감면기간 동안 동 감면을 적용받을 수 있는 것임’이라고 답변하고 있다(법규법인 2011-13, 2011.1.14.).

하지만 국세청의 질의회신이 예규로서 대외적으로 공표되었다고 하더라도 이는 불특정의 납세자를 상대로 일반적으로 공표한 세법 해석에 관한 견해 표명에 불과하여 법규적 효력이 있다고 할 수 없어(대법원80누47, 1980.9.9., 판결), 예규에 따른 행위가 반드시 적법하다고 할 수는 없고 그 적법 여부는 일반 국민에 대하여 구속력을 가지는 법률 등 법규성이 있는 관계 법령의 규정을 기준으로 판단하여야 한다.⁷⁾
또한 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적견해의 표명이 있었거나, 국세청 기본통칙 또는 예규가 제정 공표되었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수도 없다[(대법원86누96, 1987.5.26.) 판결, (대법원97누4661, 2000.9.29.) 판결].

따라서 앞서 살펴본 바와 같이 조세법률주의의 원칙에 비추어 쟁점조문의 해석은 법률의 문언을 논리적이고 합리적으로 해석하여야 하고, 쟁점조문과 유사한 사안에서 조세심판결정들⁸⁾도 벤처기업에 대한 감면제도와 관련하여 “유효기간 만료일이 14일 경과하였다고 하여 벤처기업의 실체가 바뀌었다고 보기는 어려운 점, 관련 법령에서 창업벤처기업이 감면기간 중 유효기간 만료된 경우에는 법인세 감면을 적용하지 아니한다고 규정하고 있지 아니한 점 등을 감안할 때” 벤처기업 유효기간이 만료한 사업연도에 감면을 배제할 사유는 없다고 하면서 위 국세청 질의회신과는 다르게 판단하고 있으므로, 쟁점조문에 대한 과거 국세청 예규를 참조할 것은 아니라고 생각한다.

대상결정은 첨단기술기업의 지정 유효기간이 2019.9.경 만료되었다면, 2019 사업연도에는 쟁점조문의 감면요건을 충족하는 것이 아니므로, 2019 사업연도에 대한 세액감면을 적용하지 않는 것이 타당하다고 결정하고 있다.

그런데 쟁점조문은 일정 기한까지 첨단기술기업으로 지정을 받은 기업이 연구개발특구에서 감면 대상 사업을 하는 경우에는 관련 소득 최초 발생 과세연도 개시일부터 5년 내에 끝나는 과세연도에 대하여 감면혜택을 준다고 하고 있어, 문언해석상 관련 법령에서 달리 정하고 있지 않은 한 2019 사업연도를 배제하기는 어려워 보인다.⁹⁾ 문언을 넘어서 관련 소득 최초 발생 과세연도 개시일부터 5년째의 과세연도에 첨단기술기업 지정 유효기간이 만료되었다는 사유로 해당 과세연도의 감면을 배제하려면 다른 특별한 사정이 필요할 것이다.
이에 대하여 쟁점조문에 따른 감면기간 도중에 첨단기술기업 지정의 유효기간이 만료하는 경우에는 첨단기술기업에게 감면 혜택을 주고자 하는 입법 취지에 반하게 된다거나, 따라서 첨단기술기업이라는 지위가 유지되어야만 쟁점조문에 따른 혜택을 받을 수 있다는 견해가 가능할 수 있다.

그러나 쟁점조문의 문언상 일정한 기간 내에 첨단기술기업으로 지정된 기업을 감면 대상으로 하고 있지, 감면 기간 동안 첨단기술기업의 지위를 유지할 것을 요구하고 있지는 않으므로 위와 같은 반론은 쟁점조문의 문언에 반하는 것으로 보이며, 조세법률주의에 따른 문언해석이 우선인 세법해석에서는 이러한 목적론적 해석은 보충적으로만 이루어져야 할 것이다.

또한 이와 같은 쟁점조문으로 인하여 청구법인으로서는 첨단기술과 관련한 연구, 연구개발특구에의 입주, 실제 관련 사업의 시행을 하게 되고, 입법자는 그에 따른 정책 목표를 달성하게 되는바, 입법자는 해당 행위를 유도하고 그에 따른 혜택을 주기 위하여 상당한 기간 동안의 감면 혜택을 부여하고 있는 것으로도 보이므로, 목적론적 해석으로도 청구법인은 쟁점조문에 따른 감면 혜택을 받을 수 있다고 해석함이 타당하다고 생각된다.

참고로 쟁점조문은 2021.12.28. 법률 제18634호로 개정되어 조세특례제한법 시행령 제11조의2 제2항에 따라 첨단기술기업의 지정이 취소된 과세연도에는 감면 혜택을 받지 못하도록 개정되었고, 쟁점조문의 위임에 따라 조세특례제한법 시행령 제11조의 2 제2항이 2023.2.28. 대통령령 제33264호로 신설되어 첨단기술기업의 지정 유효기간이 만료된 과세연도에도 감면 혜택을 받지 못하도록 개정되어, 문언해석상 아예 위와 같은 경우에 청구법인이 첨단기술기업의 지정이 만료된 과세연도에 조세 감면 혜택을 받지 못하도록 바뀌었다.

따라서 쟁점조문이 개정되기 전의 법인세 감면이 문제되는 이 사건에서는 대상결정이 조세법률주의에 위배하여 쟁점조문을 확장해석하는 것으로서 위법하다고 본다.