• 1) 원고는 회원의 공동이익 증진과 건전한 발전을 목적으로 ООО조합법에 의해 설립된 비영리법인이다.


• 2) ООО지방국세청장은 2013.5.27.부터 같은 해 10.23.까지 원고에 대한 법인제세 통합조사를 실시한 후 피고인 ООО세무서장에게 조사결과 통보를 하였는데 이 중 개발비 부분에 대해서만 살펴보기로 한다.


• 3) 원고는 한국채택국제회계기준 도입을 위한 시스템(이하 ‘이 사건 시스템’)을 구축하는 과정에서 원고 소속 근로자들로 구성된 이 사건 시스템 개발팀을 조직하였다.


• 4) 원고는 2008사업연도, 2010사업연도, 2011사업연도에 이 사건 시스템 개발팀 소속 근로자들에게 지급한 급여를 영업비용으로 회계처리하여 손금산입하였으나, 법인세법 시행령 제24조 제1항 제2호 (바)목에 따라 위 급여는 무형자산인 개발비로 계상한 후 감가상각을 하여야 하므로, 감가상각 한도초과액은 손금불산입되어야 한다고 피고인 ООО세무서장은 주장하고 있다.

종래의 구 법인세법 시행령(2002.12.30. 대통령령 제17826호로 개정되기 전의 것) 제24조 제1항 제2호 (바)목은 감가상각의 대상이 되는 무형자산인 개발비를 ‘신제품ㆍ신기술의 연구 또는 개발활동과 관련하여 비경상적으로 발생한 비용으로서 미래의 경제적 효과와 이익을 기대할 수 있는 것’으로 정의하여 연구비와 개발비를 구별하지 않고 비경상적으로 발생한 비용을 자산화 하도록 강제하였다. 그러나 2002.12.30. 대통령령 제17826호로 개정된 법인세법 시행령 제24조 제1항 제2호 (바)목은 기업회계기준이 제시하는 요건을 모두 갖춘 개발비만을 무형자산으로 인식하도록 한 기업회계기준과 세무회계를 일치시켜 납세자의 편의를 증진하기 위한 목적으로 감가상각의 대상이 되는 무형자산인 개발비의 정의를 ‘상업적인 생산 또는 사용 전에 재료ㆍ장치ㆍ제품ㆍ공정ㆍ시스템 또는 용역을 창출하거나 현저히 개선하기 위한 계획 또는 설계를 위하여 연구결과 또는 관련 지식을 적용하는데 발생하는 비용으로서 당해 법인이 개발비로 계상한 것’으로 변경하였다.

위와 같은 법인세법 시행령의 개정은 과세관청이 내국법인의 각 사업연도 소득금액을 계산함에 있어 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용한 경우 이를 존중하여야 한다는 기업회계 존중 원칙( 국세기본법 제20조, 법인세법 제43조)을 따른 것이므로, 내국법인이 기업회계기준이 제시하는 개발비 요건을 모두 갖추었음이 이론의 여지없이 명백한 비용을 개발비로 회계처리하지 않고 영업비용으로 회계처리하였다는 특별한 사정이 존재하지 않는 이상 과세관청이 함부로 이를 개발비로 계상하는 것은 허용될 수 없다.

원고가 이 사건 시스템을 구축하는 과정에서 원고 소속 근로자들로 구성된 이 사건 시스템 개발팀을 조직한 사실, 원고가 2008 사업연도, 2010 사업연도, 2011 사업연도에 이 사건 시스템 개발팀 소속 근로자들에게 지급한 급여를 영업비용으로 회계처리한 사실, 그런데 원고가 이 사건 시스템 구축작업 중 일부를 외부 정보시스템통합개발업체에 위탁하고 그에 대한 대가로 지급한 용역대금을 영업비용이 아니 무형자산인 개발비로 회계처리한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.

K-IFRS 제1038호 문단66 제1항, 제2항은 “무형자산의 창출에 소비된 용역원가나 무형자산의 창출을 위하여 발생한 종업원급여 등은 무형자산의 원가로 인식한다.”고 규정하고 있다. 원고 스스로 외부 정보시스템통합개발업체에 이 사건 시스템 구축작업 중 일부를 위탁하고 그에 대한 대가로 지급한 용역대금을 무형자산인 개발비로 회계처리한 것에 비추어 보면, 이 사건 시스템 개발팀 소속 근로자들에게 지급한 급여 역시 개발비로 회계처리하는 것이 K-IFRS에 부합한다고 볼 여지가 있기는 하다.

그러나 K-IFRS 제1038호 문단21 제2항은 “자산의 원가를 신뢰성 있게 측정할 수 있는 경우에만 이를 무형자산으로 인식한다.”고 규정하고, 문단51 제2항, 문단57 제6항은 “기업이 내부적으로 창출한 무형자산의 원가를 신뢰성 있게 결정하는 것은 어렵다. 무형자산을 내부적으로 창출하기 위한 원가를 일상적인 경영관리활동에서 발생하는 원가와 구별하기 어려운 경우가 있기 때문이다. 따라서 개발활동에서 발생한 무형자산은 개발과정에서 발생한 지출을 신뢰성 있게 측정할 수 있는 기업의 능력이 있는 경우 등에만 이를 무형자산으로 인식한다.”고 규정하고 있다. 피고는 이 사건 시스템 개발팀 소속 근로자들이 2008사업연도, 2010사업연도, 2011사업연도에 이 사건 시스템 구축업무만을 수행하고 다른 업무를 수행하지 아니하였으므로, 이들에게 지급한 급여를 신뢰성 있게 측정할 수 있다고 주장한다. 그러나 을 제17, 18호증의 각 기재만으로는 이 사건 시스템 개발팀 소속 근로자들이 위 기간에 이 사건 시스템 구축업무만을 수행하고 다른 업무를 수행하지 아니하였음을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 이 사건 시스템 개발팀 소속 근로자들이 위 기간에 이 사건 시스템 구축업무 이외에 다른 업무도 수행하였다면 위 기간에 이들에게 지급한 급여 중 이 사건 시스템 구축업무에 대한 대가로 지급한 부분만을 신뢰성 있게 측정하는 것은 사실상 불가능하다고 보인다. 위와 같은 사정을 고려하면, 원고가 위 기간에 이 사건 시스템 개발팀 소속 근로자들에게 지급한 급여가 K-IFRS 제1038호가 제시하는 무형자산인 개발비의 요건을 모두 갖추었음이 이론의 여지없이 명백하다고 볼 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 부분 손금불산입은 위법하다.

구 법인세법 제23조는 제1항 본문에서 “고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각사업연도 손금으로 계상한 경우에만 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 ‘상각범위액’이라 한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 손금에 산입하지 아니한다.”라고 규정하고, 제3항에서 “제1항에 따른 고정자산은 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 자산으로 한다.”고 규정하고 있다(2008.12.26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 구 법인세법 및 2010.12.30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 구 법인세법 제23조 제1항, 제2항도 같은 취지이다). 그 위임을 받은 구 법인세법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23589호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제24조 제1항은 “법 제23조 제3항에서 ‘건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 자산’이란 다음 각 호의 고정자산(이하 ‘감가상각자산’이라 한다)을 말한다.”라고 규정하고, 그 제2호 (바)목(이하 ‘이 사건 개발비 규정’이라 한다)에서 개발비를 감가상각자산의 하나로 정하면서 ‘상업적인 생산 또는 사용 전에 재료ㆍ장치ㆍ제품ㆍ공정ㆍ시스템 또는 용역을 창출하거나 현저히 개선하기 위한 계획 또는 설계를 위하여 연구결과 또는 관련지식을 적용하는 데 발생하는 비용으로서 당해 법인이 개발비로 계상한 것’으로 정의하고 있다.

한편 구 법인세법 시행령 제31조 제1항(이하 ‘이 사건 즉시상각의제 규정’이라 한다)은 “법인이 감가상각자산을 취득하기 위하여 지출한 금액과 감가상각자산에 대한 자본적 지출에 해당하는 금액을 손금으로 계상한 경우에는 이를 감가상각한 것으로 보아 상각범위액을 계산한다.”라고 규정하고 있다.

위 각 규정의 문언과 체계 및 입법 취지 등에 비추어 보면, 이 사건 즉시상각의제 규정의 적용 대상인 감가상각자산은 구 법인세법 시행령 제24조 제1항 각 호의 고정자산을 의미한다. 그런데 이 사건 개발비 규정에 의하면 위 규정에서 정한 비용을 당해 법인이 개발비로 계상한 경우에만 감가상각자산인 개발비가 될 수 있다. 따라서 당해 법인이 이 사건 개발비 규정에서 정한 비용을 지출하였더라도 개발비로 계상하지 않은 경우에는 위 규정에 따른 감가상각자산을 취득하였다고 볼 수 없고, 이에 대하여 이 사건 즉시상각의제 규정을 적용하여 감가상각 한도초과액을 손금에 산입하지 않는 것은 허용될 수 없다.

원심은, 법인이 기업회계기준에 따른 개발비 요건을 모두 갖추었음이 명백한 비용을 개발비로 회계처리하지 않고 영업비용으로 회계처리하였다는 특별한 사정이 존재하지 않는 이상, 과세관청이 함부로 이를 감가상각자산인 개발비로 취급하는 것은 허용될 수 없다고 전제하였다. 그런 다음 원심은, 이 사건 인건비가 기업회계기준에 따른 개발비 요건을 모두 갖추었음이 명백하지 않다는 이유로, 이 사건 인건비 중 감가상각 한도초과액에 해당하는 부분을 손금에 산입하지 않은 처분사유가 위법하다고 판단하였다.

원심판결 이유를 앞에서 본 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 원심의 이 부분 이유 설시에 다소 미흡한 부분이 있지만, 상기 처분사유가 위법하다고 판단한 원심의 결론은 정당하다. 원심판결에 상고이유 주장과 같이 법인세법상 개발비 처리 및 증명책임에 관한 법리를 오해하는 등의 잘못이 없다.

사건의 핵심은 비용으로 계상한 개발비 상당액이 일시에 비용으로 인정이 되는지, 아니면 무형자산인 개발비로 보아 내용연수에 걸쳐 감가상각을 하여야 하므로 한도초과액은 손금불산입되어야 하는지 여부이다.

피고인 세무서장은 원고가 한국채택국제회계기준 도입을 위해 지급하고 손금에 산입한 시스템개발팀 인건비는 감가상각자산인 개발비에 해당하므로 감가상각 한도초과액은 손금에 산입될 수 없다고 주장하고 있다.

이와 반대로 원고는 구 법인세법 시행령 제24조 제1항 제2호 (바)목은 감가상각의 대상이 되는 무형자산인 개발비를 ‘당해 법인이 개발비로 계상한 것’으로 한정하고 있으므로, 원고가 이 사건 시스템 개발팀 소속 근로자들에게 지급한 급여를 영업비용으로 회계처리한 이상, 즉 무형자산인 개발비로 계상을 하지 않은 이상, 과세관청이 자의적으로 이를 감가상각의 대상이 되는 무형자산인 개발비로 계상하는 것은 허용될 수 없다고 주장하고 있다.

2021년 2월 17일 시행령 개정 전인 구 법인세법 시행령 제24조 제1항 제2호 (바)목에서 규정하고 있는 개발비의 정의는 원고가 주장한 바와 같이 ‘상업적인 생산 또는 사용 전에 재료ㆍ장치ㆍ제품ㆍ공정ㆍ시스템 또는 용역을 창출하거나 현저히 개선하기 위한 계획 또는 설계를 위하여 연구결과 또는 관련 지식을 적용하는데 발생하는 비용으로서 당해 법인이 개발비로 계상한 것’으로 규정하고 있었다. 나아가 법인세법 기본통칙 법인세법 기본통칙³⁾에서도 “법인이 당해 개발비로 계상하지 아니한 금액은 그 지급이 확정된 사업연도의 손금에 산입한다.”고 하여 개발비를 당기비용으로 처리할 것인지 자산으로 처리할 것인지는 납세자가 스스로 판단한다는 점을 규정하고 있다. 나아가 관련 예규⁴⁾ 또한 개발비를 감가상각자산으로 계상하지 않은 경우에는 그 지급이 확정된 사업연도의 손금으로 계상해야 한다는 입장이었다. 따라서 비용으로 처리한 개발비 금액은 감강상각자산에 해당되지 않기 때문에 구 법인세법 시행령 제31조 제1항에서 규정한 즉시상각의제 규정 또한 적용할 수 없다고 할 것이다.

상기와 동일한 논리로 대상판례에서도 다음과 같이 판시하여 납세자 편을 들어주었다. 이 사건 즉시상각의제 규정의 적용 대상인 감가상각자산은 구 법인세법 시행령 제24조 제1항 각 호의 고정자산을 의미한다. 그런데 이 사건 개발비 규정에 의하면 위 규정에서 정한 비용을 당해 법인이 개발비로 계상한 경우에만 감가상각자산인 개발비가 될 수 있다. 따라서 당해 법인이 이 사건 개발비 규정에서 정한 비용을 지출하였더라도 개발비로 계상하지 않은 경우에는 위 규정에 따른 감가상각자산을 취득하였다고 볼 수 없고, 이에 대하여 이 사건 즉시상각의제 규정을 적용하여 감가상각 한도초과액을 손금에 산입하지 않는 것은 허용될 수 없다.

한편 2021년 2월 17일 법인세법 시행령 개정 시 개발비 요건이 보완되었는데, 종전 해당 법인이 ‘개발비로 계상한 것’에서 ‘기업회계기준에 따른 개발비 요건을 갖춘 것’으로 개정하였다. 따라서 현재 시점으로는 비록 납세자가 개발비 금액을 일시에 손금에 산입하였다고 하더라도 기업회계기준상 개발비 요건을 충족한다면 상기 과세관청 논리대로 즉시상각의제 규정을 적용하여 감가상각 한도초과액을 손금에 산입하지 아니할 수 있을 것이다.