구 지방세특례제한법 제78조는 제4항에서 산업단지 등에서 산업용 건축물을 건축하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세 등을 경감하면서, 제5항에서 정당한 사유 없이 그 ‘취득일부터’ 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우(제1호) 등에는 감면된 취득세 등을 추징하도록 규정하고 있다.

이 사건에서 원고는 “이 사건 토지를 취득한 날인 2015.3.18.부터 2016.6.30.까지 이 사건 토지를 해당 용도로 직접 사용하지 못한 ‘정당한 사유’가 존재하고, 그 ‘정당한 사유가 소멸한 날부터’ 3년 내인 2019.5.16. 이 사건 토지 위에 공장건물을 완공하여 사용승인을 받아 이 사건 토지를 해당 용도로 직접 사용하였으므로 구 지방세특례제한법 제78조 제5항 제1호에서 정한 감면된 취득세 추징의 요건이 성립하지 아니한다.”는 주장을 하였다.

결국, 이 사건에서는 구 지방세특례제한법 제78조 제5항 제1호의 감면취득세 추징의 제외사유로서 ‘정당한 사유’가 존재하는 경우, 감면취득세 추징 유예기간의 ‘기산일’을 언제로 볼 것인지가 문제된다(즉, ① 정당한 사유가 존재한다면, 그 ‘정당한 사유가 소멸한 날부터’ 유예기간이 기산되는 것인지, 아니면 ② 정당한 사유가 존재한다고 하더라도, 여전히 부동산 ‘취득일부터’ 유예기간이 기산되는 것인지가 문제된다).

원고의 이 사건 토지 취득일은 2015.3.18.이지만 그 당시 이 사건 토지를 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 데에 정당한 사유가 있었고, 그 정당한 사유는 2016.6.30. 소멸하였다. 그런데 원고는 그로부터 3년 내인 2019.5.16. 공장건물 사용승인을 받아 이 사건 토지를 해당 용도로 직접 사용하였으므로, 구 지방세특례제한법 제78조 제5항 제1호에서 정한 감면된 취득세 추징의 요건이 성립하지 아니하였다[(부산고법2021누10517, 2022.6.8.) 판결].

• (1) 구 지방세특례제한법 제78조 제4항 제1호, 제2호 (가)목은 사업시행자 외의 자로서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 산업단지 등에서 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 경감한다고 정하고, 이 사건 추징규정은 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년(이하 ‘유예기간’이라 한다)이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다. 이 사건 추징규정을 둔 입법취지와 문언에 비추어 보면, 사업시행자 외의 자가 산업단지 등에서 취득하여 취득세를 감면받은 부동산을 정당한 사유 없이 유예기간이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않았는지 여부는 특별한 사정이 없는 한 그 ‘취득일’을 기준으로 기산하여 판단하여야 한다.


• (2) 원심은, 그 판시 증거들을 종합하여 이 사건 토지는 소외 회사의 산업단지 조성공사가 마무리 된 2016년 4월 무렵부터 사용가능하였다는 사실을 인정한 다음 원고가 이러한 사정을 과실 없이 알 수 없었다는 등의 이유를 들어 당초 이 사건 토지에 관한 매매계약에서 정한 토지사용가능일인 2016. 6.30.에 이르러서야 비로소 원고가 이 사건 토지를 사용할 수 있었다고 보아야 하고, 그때로부터 3년이 경과하기 전인 2019.5.16. 이 사건 토지 위에 완공된 공장건물에 대한 사용승인을 받음으로써 이 사건 토지를 해당 용도로 직접 사용하였으므로, 이와 다른 전제의 이 사건 처분은 위법하다고 판단하였다.


• (3) 그러나 앞서 본 이 사건 추징규정의 내용 및 법리에 비추어 보면 원심의 이러한 판단은 그대로 받아들이기 어렵다. 즉 원심의 판단과 같이 원고가 2016.6.30. 전에는 이 사건 토지를 사용할 수 없어 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 데에 정당한 사유가 있었다고 보더라도, 원고가 이 사건 토지를 취득한 2015.3.18.부터 3년의 유예기간이 경과한 2018.3.18.까지 이 사건 토지를 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 이상, 2016.6.30.부터 2018.3.18.까지 이 사건 토지를 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 데에도 정당한 사유가 있는지 여부를 심리하여 이 사건 처분의 적법 여부를 판단하였어야 한다.


• (4) 그런데도 원심은 이 부분에 대한 아무런 심리 없이 취득일이 아닌 2016.6.30.부터 3년이 경과하기 전에 원고가 이 사건 토지를 직접 사용하였다는 이유만으로 이 사건 처분이 적법하다고 판단하고 말았다. 원심의 이러한 판단에는 이 사건 추징규정이 정한 정당한 사유에 관한 법리를 오해하는 등으로 심리를 다하지 아니하여 판결 결과에 영향을 미친 잘못이 있다.

감면된 취득세 추징의 제외사유로서 ‘정당한 사유’의 의미에 대하여, 대법원은 “구 지방세법 제107조에서 정하고 있는 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 비영리사업자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함된다. 이때 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 비영리사업자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법 취지를 충분히 고려하면서, 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상ㆍ사실상의 장애사유 및 장애 정도, 당해 비영리사업자가 부동산을 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하는 것이 타당하다.”고 판시하고 있다[(대법원2012두20311, 2013.9.12.) 판결 등].

• (1) 종전 대법원은 ① 지방세법 제127조 제1항 제1호, 같은 법 시행령 제94조 제1항, 제79조 제1항 제16호의 각 규정에 의하여 등록세를 당초 비과세하였다가 위 규정에 의하여 다시 과세하기 위해서는 등기일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 사업에 직접 사용하지 아니할 경우에 한한다 할 것이고, 어떤 토지에 대하여 등기 당시부터 관계 법령에 의한 사용의 제한 또는 금지가 있었던 경우에는 그 제한 또는 금지가 계속되는 한에 있어서는 사업에 직접 사용하지 못함에 정당한 사유가 있다고 할 것이며, 그러한 경우에는 관계 법령에 의한 사용의 제한 또는 금지가 해제된 날로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 그 사업에 직접 사용하지 아니하고 위 기간을 경과할 때 비로소 과세할 수 있다고 풀이함이 상당하다고 판시한바 있고[(대법원91누13281, 1992.6.23.) 판결], ② 출연받은 재산을 부득이한 사유로 그 출연 받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니한 공익법인 등은 늦어도 부득이한 사유가 소멸한 날부터 3년 이내에는 출연 받은 재산을 직접 공익목적사업 등에 사용하여야 할 것이므로 공익법인 등이 부득이한 사유가 소멸한 날부터 다시 3년이 경과하도록 출연 받은 재산을 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하거나, 부득이한 사유가 소멸한 날부터 3년이 경과하기 전이라도 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등에 사용할 수 없는 것으로 확정된 때에는 특별한 사정이 없는 한 상증세법 제48조 제2항 제1호를 적용하여 증여세를 과세할 수 있다고 봄이 타당하다고 판시한 바 있다[(대법원2011두12580, 2013.6.27.) 판결].


• (2) 반면, 대상판결에서 대법원은 원고가 2016.6.30. 전에는 이 사건 토지를 사용할 수 없어 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 데에 정당한 사유가 있었다고 보더라도, 원고가 이 사건 토지를 취득한 2015.3.18.부터 3년의 유예기간이 경과한 2018.3.18.까지 이 사건 토지를 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 이상, 2016.6.30.부터 2018.3.18.까지 이 사건 토지를 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 데에도 정당한 사유가 있는지 여부를 심리하여 이 사건 처분의 적법 여부를 판단하였어야 한다고 판시하고 있다.


• (3) 이와 같이, 대법원의 종전 판결과 대상판결의 판시 내용을 살펴보면, 정당한 사유가 존재하는 경우 감면취득세 추징 유예기간의 기산일에 대하여, 종전 판결은 정당한 사유가 존재한다면 그 ‘정당한 사유가 소멸한 날부터’ 유예기간이 기산되는 것으로 보고 있고, 대상판결은 정당한 사유가 존재한다고 하더라도 여전히 부동산 ‘취득일부터’ 유예기간이 기산되는 것으로 보고 있어, 마치 양 판결이 정면으로 배치되는 것처럼 보이기도 한다.
  다만 양 판결은 구체적인 사실관계에 있어서는 차이가 있다. 즉, ① 종전 판결 사안은 부동산을 취득한 당시부터 이를 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 존재하였고, 그 정당한 사유의 존재기간이 추징의 유예기간을 초과하고 있는 사안인 반면 ② 대상판결 사안은 부동산을 취득한 당시부터 이를 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 존재하였으나, 그 정당한 사유의 존재기간(1년 3개월)이 추징의 유예기간(3년)에 미달하고 있는 사안이다.

대상판결은 구 지방세특례제한법 제78조 제5항 제1호의 감면취득세 추징의 제외사유로서 ‘정당한 사유’가 존재하는 경우, 감면취득세 추징 유예기간의 ‘기산일’은 (정당한 사유의 존재에도 불구하고) 원칙적으로 해당 부동산의 ‘취득일’이라는 점을 확인해 주었다는 점에서 의의가 있다, 그리고 이러한 결론은 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 ‘법문대로’ 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다는 점에서 일견 타당해 보인다[(대법원2008두11372, 2009.8.20.) 판결 등].

다만, 다음과 같은 점은 여전히 의문으로 남는다.

첫째, 앞서 살펴본 바와 같이, 대상판결 사안은 원고가 이 사건 토지를 취득한 당시부터 이를 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 존재하였으나, 그 정당한 사유의 존재기간(1년 3개월)이 추징의 유예기간(3년)에 미달하고 있는 경우이므로, 만약 그 정당한 사유의 존재기간이 추징의 유예기간을 초과하고 있는 경우에도 동일한 결론을 내릴 것인지는 유사한 쟁점에 대한 종전 대법원 판결 내용 등에 비추어 볼 때, 단정 짓기 어려워 보인다.

둘째, 대상판결은 (일단 이 사건 토지를 취득한 2015.3.18.부터 2016.6.30.까지는 정당한 사유가 인정되지만) “2016.6.30.부터 2018.3.18.까지 이 사건 토지를 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 데에도 정당한 사유가 있는지 여부를 심리하여 이 사건 처분의 적법 여부를 판단하였어야 하는데, 원심이 그 부분에 대한 아무런 심리 없이, 취득일이 아닌 2016.6.30.부터 3년이 경과하기 전에 원고가 이 사건 토지를 직접 사용하였다는 이유만으로 이 사건 처분이 적법하다고 판단함으로써 심리를 다하지 아니하여 판결 결과에 영향을 미친 잘못이 있다.”고 지적하며 파기ㆍ환송을 하였는바, 과연 ‘2016.6.30.부터 2018.3. 18.까지’ 이 사건 토지를 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 데에도 정당한 사유가 있는지 여부에 따라, 대상판결이 설시하고 있는 감면취득세 추징 유예기간의 기산일에 관한 법리가 달라지는 것인지, 그리고 이 사건 처분의 위법성 인정 여부가 달라지는 것인지는 확인하기 어려워 보인다.

이에 따라 향후 대상판결의 파기환송심 및 상고심을 비롯하여, 이 부분에 대한 법원의 판단을 계속하여 주목함으로써 보다 명확한 법리를 확인할 필요가 있다고 할 것이다.