고용지원 조세특례의 최저한세 적용

조세특례제한법에서는 다양한 유형의 조세특례를 지원하고 있습니다. 중소기업에 대한 조세지원, 연구인력개발활동․투자활동에 대한 조세지원, 고용 창출, 지방 이전 등에 대한 조세지원 등을 규정하고 있습니다.
일견 다양한 조세지원이 있는 것처럼 보이지만 막상 적용하려다 보면 수도권과밀억제권역의 투자에 대해서는 투자세액공제를 배제하고, 일정한 세액공제와 세액감면에 대해서는 중복지원을 배제하는 등의 제한이 많습니다. 이러한 배제 등을 합하여 조세특례제한이라고 부릅니다.
특히 중소기업특별세액감면을 적용 받는 경우에는 세액공제 중 상당수와 중복지원을 할 수 없도록 규정하고 있어서 중소기업에게는 많은 제약이 되고 있습니다. 다만 고용지원 조세특례는 세액공제와 세액감면의 중복지원 배제 대상 특례에서 제외하므로, 다수의 고용지원 조세특례를 동시에 적용할 수 있는 기회를 가질 수 있습니다. 고용지원 조세특례 등 중복지원의 배제에 해당하지 않는 조세특례 다수를 동시에 감면 받더라도 최후의 제한이 기다리고 있습니다. 바로 최저한세입니다.
최저한세(minimum tax)란 납세자가 감면 등을 적용 받은 후의 세액이 일정 수준에 미치지 못하는 경우 그 미달하는 세액에 대해서 감면 등을 적용하지 않는 제한 규정입니다. 예를 들면 중소기업은 각종 감면 전 과세표준에 7%의 세율을 곱한 금액을 최저한세액으로 하여 동 금액 이상을 납부하여야 합니다.
그러나 최저한세에 해당하는 경우에도 중소기업의 연구인력개발비 세액공제는 최저한세의 대상이 아니므로 최저한세액에서 R&D 세액공제액을 차감할 수 있습니다. 따라서 실제 공제감면 후의 부담세액인 결정세액이 0원이 되는 경우도 흔히 볼 수 있습니다.
실제 부담세액이 0원이 되더라도 여러 세액공제와 감면을 동시에 적용하려면 일정한 순서가 있습니다. 세법에서 정해 놓은 적용 방법도 있고, 최적의 절세 효과를 누리기 위하여 따라야 하는 순서도 있습니다.
이번 칼럼에서는 세법상 규정된 공제감면의 적용 순서와 절세를 위한 최적의 적용 순서를 살펴보겠습니다. 그리고 그 순서에 관련된 원칙을 다수의 고용지원 조세특례 사례에 적용해 보도록 하겠습니다.

최저한세 대상 감면 우선 적용의 원칙

세법상 규정된 공제감면의 적용 순서에서 가장 먼저 고려해야 할 사항은 최저한세 대상 감면 우선 적용의 원칙입니다. 최저한세 대상으로 열거된 감면 등과 그밖에 최저한세 대상으로 열거되지 아니한 감면 등이 동시에 적용되는 경우, 그 적용 순위는 최저한세 대상으로 열거된 감면 등을 먼저 적용하여 감면합니다(조특법 §132 ③).
예를 들어 중소기업의 일반 연구인력개발비 세액공제는 최저한세 적용 대상이 아니고, 고용증대기업 세액공제는 최저한세 적용 대상이므로 고용증대기업 세액공제를 먼저 적용하여야 합니다.
만약 중소기업의 일반 연구인력개발비 세액공제가 전년도에 발생하고 고용증대기업 세액공제가 당해 연도에 발생하더라도 고용증대기업 세액공제를 우선 적용합니다.
이러한 적용 방법은 다음 단락에서 보게 될 세액공제의 이월공제에 대한 일반 원칙과는 다른 결론임에 주의하여야 합니다. 당해 연도 세액공제 금액과 이월된 미공제 금액이 중복되는 경우에 이월된 미공제 금액을 먼저 공제하고 그 이월된 미공제 금액 간에 중복되는 경우에는 먼저 발생한 것부터 차례대로 공제하는 것이 일반 원칙입니다(조특법 §144 ②).
그러나 동 적용 순서에 관한 규정은 동일 종류의 세액공제가 중복되는 경우에 적용하는 것이고 서로 다른 종류의 세액공제가 중복되는 경우에 적용되는 것이 아님에 유의하여야 합니다. 따라서 위에서 제시한 예에서는 세액공제의 이월공제에 대한 일반 원칙이 적용되지 아니하고 최저한세 대상 감면 우선 적용의 원칙에 따라 고용증대기업 세액공제를 우선 적용하여야 합니다.

법인세법상 공제 감면 적용 순서

조세특례제한법에 따라 최저한세 대상 감면을 우선적으로 추려 내었다면 그 공제 감면을 대상으로 법인세법상 공제 감면 적용 순서를 적용하여야 합니다.
법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우에 그 적용 순위는 별도의 규정이 있는 경우 외에는 다음을 순서로 합니다(법인세법 §59 ①).
① 각 사업연도의 소득에 대한 세액감면(면제 포함)
② 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제 ③ 이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 해당 사업연도 중에 발생한 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있을 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제함 ④ 사실과 다른 회계처리로 인한 경정에 따른 세액공제(법법 §58의 3). 이 경우 해당 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있을 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제합니다. 세액감면이나 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제를 당해 사업연도에 적용하지 않는다면 이월되지 않고 소멸되므로, 납세자게 유리하도록 소멸되는 공제․감면을 먼저 적용하기 위함입니다.

이외 기업 선택의 자유

최저한세 적용으로 감면 등이 배제되는 경우에는 위의 2가지 세법상 규정된 원칙을 제외하고는 기업이 임의로 감면 배제 항목을 선택할 수 있습니다.
기업의 선택 시에는 차년도 이후의 소득금액을 예상하여 직접감면과 간접감면, 세액공제의 이월여부 등을 판단기준으로 함이 바람직합니다. 특히 발생 연도가 동일한 공제․감면>