부가가치세는 원칙상 공급하는자(판매자)가 신고납부하는 것이지만 예외적으로 공급받는자(구매자)가 어떤 원인에 의하여 공급하는자를 대신하여 납부할 수 있으며 이를 ‘대리납부’라고 합니다.

부가가치세법 제52조는 대리납부두 가지로 규정하고 있습니다. 비거주자 및 외국법인으로부터 용역을 제공받은 경우와 포괄양수도에 따른 대리납부입니다.

첫 번째로 비거주자나 국내 사업장이 없는 외국법인이 공급하는 재화의 경우에는 소비지국 과세원칙에 따라 국내에서 부가가치세가 과세되는 것이며 이 경우 세관장이 공급자를 대신하여 부가가치세를 거래징수하여 납부하고 있습니다. 그러나 수입하는 용역의 경우에는 실체가 없어 세관에서 통관절차를 거칠수가 없으므로 거래여부를 포착하여 부가가치세를 거래징수할 수 없습니다. 이에 부가가치세법 제25조에서 용역을 제공받는 자가 공급자를 대신하여 부가가치세를 거래징수하여 납부하도록 규정하고 있는데 이를 바로 부가가치세 대리납부라고 합니다. 부가가치세법 제52조【대리납부】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로부터 국내에서 용역 또는 권리(이하 이 조 및 제53조에서 "용역등"이라 한다)를 공급(국내에 반입하는 것으로서 제50조에 따라 관세와 함께 부가가치세를 신고ㆍ납부하여야 하는 재화의 수입에 해당하지 아니하는 경우를 포함한다. 이하 이 조 및 제53조에서 같다)받는 자(공급받은 그 용역등을 과세사업에 제공하는 경우는 제외하되, 제39조에 따라 매입세액이 공제되지 아니하는 용역등을 공급받는 경우는 포함한다)는 그 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여야 한다.
     1.「소득세법」제120조 또는「법인세법」제94조에 따른 국내사업장(이하 이 조에서 "국내사업장"이라 한다)이 없는 비거주자 또는 외국법인 2. 국내사업장이 있는 비거주자 또는 외국법인(비거주자 또는 외국법인의 국내사업장과 관련없이 용역등을 공급하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우만 해당한다) 두 번째로 사업용 자산과 함께 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계하여 양도하는 것을 사업의 포괄양도라고 하는데, 사업을 포괄양수도하는 경우 재화의 공급으로 보지 않기 때문에 세금계산서를 발급하지 않아도 됩니다. 다만 사업의 포괄양도가 아닌데도 불구하고 포괄양도로 판단하여 세금계산서를 발급하지 않는다면 양도인은 매출누락으로 과세되고, 양수인은 매입세액을 공제받을 수 없습니다.

반대로 사업의 포괄양도인데도 불구하고 양도자가 세금계산서를 발급하고 부가가치세를 납부한다면 양도자는 매출세액을 환급받을 수 있으나, 양수인은 매입세액을 공제받을 수 없을 뿐만 아니라 초과환급가산세와 납부지연가산세를 부담하게 됩니다.

이렇게 사업의 양도시 포괄양수도인지 여부에 따라 양수자가 예상하지 못한 피해를 보는 문제를 해소하기 위해 양수자의 부가가치세 대리납부제도을 이용할 수 있는 것입니다. 부가가치세법 제52조【대리납부】>