1. 감면 신고의 법적 성격

이번 컬럼에서는 당초 신고시 적법하게 신청된 감면을, 납세자의 선택에 따라 수정신고를 통해 취소하는 것이 허용되는지 여부를 검토해 보고자 합니다. 먼저 감면 신고의 법적 성격을 보자면, 감면 신고는 일반적으로 공제/감면의 필수 요건에 해당하지 않습니다. 좀 더 상세히 보자면, 원칙적으로 소득세 또는 법인세의 감면은 그 감면요건이 충족되면 당연히 감면되고 감면신청이 있어야만 감면되는 것은 아닙니다. 그 감면신청에 관한 규정은 납세의무자로 하여금 과세표준 및 세액의 결정에 필요한 서류를 정부에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과하므로 감면신청서의 제출이 없다고 하더라도 법 소정의 감면요건에 해당되는 경우에는 법인세 등을 감면하여야 합니다(대법원 2003두773, 2004.11.12. 참조). 다음에서는 각 특례별로 감면신청을 협력의무로 본 사례를 정리해 보았습니다.

● 법 제7조 중소기업 특별세액감면의 감면요건을 충족하는 경우 당초 신청이 없어도 수정신고나 경정청구에 의하여 감면이 가능하며 감면의 종류를 변경하는 경정청구나 수정신고도 가능하다(서면법규과－72, 2014.1.27.).
● 법 제10조의 2 연구개발 관련 출연금 등의 과세특례에서 내국법인이 출연금등익금불산입명세서를 제출하지 아니한 경우에도 본 과세특례를 적용받을 수 있다(법인세과－935, 2011.11.21.). 또한 내국법인이 연구개발출연금 등을 지급받은 사업연도에 익금산입하여 법인세의 과세표준 및 세액을 신고한 경우에는 경정청구를 통하여 익금불산입할 수 있다(법인세과－455, 2011.7.11.).
● 법 제11조 연구인력개발비 세액공제의 세액공제신청서등의 제출의무는 단순한 협력의무에 불과하므로, 공제신청을 하지 않음으로써 신고한 세액이 신고하여야 할 세액을 초과하는 경우에는 경정청구를 통해 공제 가능하다(법인 46012－1919, 1999.5.21.). 세액공제액이 최저한세 적용 등으로 이월된 경우, 세액공제 방법을 당기분 방식에서 증가분 방식으로 변경하여 경정청구할 수 있다(서이 46012－11806, 2003.10.17.).
● 법 제18조 외국인기술자 소득세 감면에서 조세감면신청은 감면의 필수적 요건이 아닌 협력의무이므로, 당해 소득이 감면대상임이 확인되면 감면한다(서면2팀－462, 2004.3.16.).
● 법 제63조 수도권과밀억제권역 외 지역이전 중소기업에 대한 세액감면을 적용받은 법인이 감면요건 미비로 감면이 배제됨에 따라 중소기업 특별세액감면을 적용받고자 하는 경우, 경정결정 시 감면신청서를 제출하고 감면요건이 충족된다면 동 세액감면을 적용받을 수 있다(법인－3087, 2008.10.24.). 법 제6조 창업중소기업 세액감면 요건을 충족하지 못하여 중소기업 특별세액감면을 적용받고자 하는 경우에도 동일하다(서면2팀－229, 2005.2.1.).

참고로 경정청구기한이 경과하였으나 이월공제기간 내의 것으로서 공제요건이 충족되었음이 확인된 때에는 공제대상 여부를 과세관청의 결정 또는 경정에 의합니다(서면2팀－1772, 2005.11.4.). 경정청구기한이 경과한 경우에도 과세관청의 경정 등에 따라 공제 받을 수 있음에 유의하여야 합니다. 반면에 조특법 제30조의 5 창업자금에 대한 증여세 과세특례, 제30조의 6 가업 승계 증여세 과세특레 및 제32조 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세 특례 등에서 감면 신청은 협력의무가 아닌 필수요건입니다. 이월과세특례에서는 조세부담이 개인에서 법인으로 전가되므로 납세자의 명확한 의사표시가 요구됩니다. 따라서 특례신청이 단순한 협력의무라 할 수 없고, 그 신청이 특례를 적용받기 위한 필수요건이 됨에 유의하여야 합니다(국심 2005중3473, 2006.6.26.).

2. 감면 신청의 취소 여부

감면 신청은 원칙적으로 공제감면을 위한 필수요건이 아니라 협력의무에 불과하지만, 납세자가 동 감면 신청을 자유롭게 취소할 수 있는지 여부가 문제됩니다.

(1) 종전 삭제된 예규

종전 예규(제도46012-11123, 2001.5.15.)에서는 감면 취소가 수정신고 사유에 해당하지 않고, 적법한 납세자의 신청을 취소하는 것은 납세자의 임의적 선택에 따르므로 허용될 수 없다고 보았습니다. 이와 유사하게 과세관청에서는 합병법인 및 피합병법인이 적격합병에 따른 과세특례를 신청한 후 과세특례를 적용받지 않는 것으로 경정청구 및 수정신고를 할 수 없다고 해석하였습니다(서면법규-336, 2014.4.9.).
[삭제된 예규] (제도46012-11123, 2001.5.15.)
국세기본법 제45조 규정에 의한 수정신고는 같은법 같은조 제1항 각호의 사유가 발생하였을 경우에만 적용하는 것이므로 당초 신고시 적법하게 신청된 조세특례제한법상의 조세감면을 임의로 취소하고 다른 조세지원을 변경 적용받을 수는 없는 것이며, 조세특례제한법 제63조 및 같은법 제63조의 2의 규정을 적용함에 있어서 같은 조문에서 정한 요건을 갖춘 경우에 같은 법률에 의해 법인세를 감면받을 수 있는 것이므로 이에 해당되는 지에 대하여는 실질내용에 따라 판단할 사항임.

(2) 존속 예규

그러나 과세관청은 위의 예규를 2018년 6월에 삭제하고, 수정신고를 통한 세액감면신청의 전부 취소를 허용하는 유권해석(서면법령기본-2003, 2017.9.8.)을 유지하기로 하였습니다. 필자의 의견으로는 첫째, 감면 신청 여부가 납세자의 선택이므로 감면 취소 여부도 납세자가 선택할 수 있다고 보아야 하며, 둘째, 감면을 취소하게 되면 세액이 증가하므로 국세기본법상 수정신고 사유에 당연히 포함>