기업의 연구개발투자는 새로운 성장원천 발굴과 지속가능한 성장을 위한 필수불가결한 요소이며 나아가 국가경쟁력의 핵심요소다. 정부가 재정지원과 조세지원 등을 통해 민간기업들의 연구개발활동을 촉진하는 이유다. 특히 기업부설연구소에 대한 지원은 기업의 연구개발 지원을 위한 핵심정책 중 하나다.
기업부설연구소 설립 신고제도가 도입된 지 37년만에 국내 기업부설연구소가 4만개를 넘어섰다. 1981년 과학기술처(현재 과학기술정보통신부)는 기업의 연구개발(R&D) 활동을 효율적으로 지원하기 위해 기업부설연구소 설립 신고제를 신설했다. 첫 해 53개가 인정받은 것을 시작으로 2004년 1만개, 2010년 2만개, 2014년 3만개를 돌파하는 등 꾸준한 증가세를 유지하고 있다.

< 기업부설연구소 증가 추이(2000～2018) > 기업부설연구소의 설립 증가는 정부가 2005년부터 국가경쟁력 강화와 중소기업의 연구 개발 능력을 향상시키기 위해 연구소 설립요건을 완화하고 지원책을 강화한 것이 주요 요인으로 보인다. 기업이 연구소를 설립하면 필요한 기술력을 확보하면서도 여러 정책지원과 세제혜택을 누릴 수 있다. 연구개발비 세액공제와 연구활동비, 부동산 관련 지방세와 관세 감면 등을 받을 수 있고 병역특례사업장 지정 시 인력지원 혜택과 정책자금지원도 받을 수 있다.

그 중에서도 기업부설연구소에 대한 지방세 감면은 기업부설연구소 설립 신고제도와 맥을 같이 하고 있다. 기업의 경쟁력 향상을 위한 연구개발 투자를 확대시키고 이를 지원하기 위하여 기업부설연구소용으로 취득하는 부동산에 대한 취득세와 재산세 감면규정은 1982년에 처음 신설되었다. 1984년에는 부동산을 취득한 후 2년 이내에 기업부설연구소로 인정받도록 규정하였고, 1991년에는 그 기간이 2년에서 4년으로 연장되었다. 2004년에는 추징요건이 강화되어 추징 유예기간이 2년에서 4년으로 확대되었으며, 2011년도에는 지방세법이 분법되면서 구 지방세법 제282조 제1항 및 제284조의 규정이 현재의 지방세특례제한법 제46조로 이관되었다. 2015년에는 과세형평성 제고를 위해 대기업, 중견기업, 중소기업 등 기업규모에 따라 감면율을 차등하였고, 기업부설연구소로 인정받아야 하는 기간도 4년에서 2년(승계취득은 1년)으로 조정되었다. 현재 기업부설연구소에 대한 지방세 감면대상자는 기업부설연구소(연구개발전담부서는 제외)를 설치ㆍ운영하려는 기업(개인기업 포함)이고, 감면대상은 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산이다. 부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정된다. 감면율은 2014년까지는 기업규모에 상관없이 취득세와 재산세가 면제되었으나 2015년부터는 기업규모에 따라 차등적으로 적용되고 있다. 2015년과 2016년도에는 취득세와 재산세를 대기업은 25%, 중견기업은 50%, 중소기업은 75%를 적용하였고, 2017년부터는 취득세와 재산세를 대기업과 중견기업에 대해 35%로 적용하면서 수도권 과밀억제권역 내 대기업은 감면대상에서 배제하였다. 중소기업은 취득세 60%, 재산세 50%를 적용하고 있다.