법인세법에서 규정하고 있는 부당행위계산부인 내용을 살펴보면 내국법인²⁾이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 경우 그 법인의 실제 행위나 계산(부당행위계산³⁾)을 부인하고 정상적인 거래가 있었던 것으로 보아 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산하도록 되어 있다(법인법 §52).
또한 소득세법에서도 배당소득(출자공동사업자의 손익분배비율에 해당하는 금액), 사업소득, 기타소득, 양도소득이 있는 거주자가 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 경우 부당행위계산부인을 적용하여 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다(소득법 §41, §101).
결국 법인세법과 소득세법 모두 부당행위계산부인규정은 특수관계에 있는 자간의 거래에 대해서만 적용된다. 거래 대상을 특수관계인 간의 거래로 한정시킨 이유는 일반적인 제3자와의 거래보다 조세부담을 부당하게 감소시킬 여지가 많기 때문으로 볼 수 있다.
그렇다고 특수관계인이 서로 담합하여 해당 거래를 통해 반드시 조세부담을 감소시키려는 의도가 있어야 하는 것은 아니다. 부당행위계산부인은 조세회피를 방지하는 것뿐만 아니라 조세평등주의를 구현하기 위한 제도이기 때문이다. 따라서 세법상 부당행위계산부인을 적용받는 거래라고 하더라도 법적으로 거래자체가 무효가 되거나 조세범 처벌법에 따라 조세포탈범으로 처벌되지 않는다. 2) 부당행위계산부인의 적용대상(법인세법집행기준 52-0-3) 부당행위계산부인규정은 국내에서 납세의무가 있는 모든 법인에 적용된다. 3) 부당행위계산의 시부인 기준(법인세법집행기준 52-0-2) 특수관계인과의 거래에 있어서 법인의 부당한 행위 또는 계산은 정상적인 사인 간의 거래, 건전한 사회통념 내지 상관행을 기준으로 판정한다.

현행 세법에서 특수관계인에 대한 규정을 두고 있는 곳은 국세기본법, 법인세법, 상속세 및 증여세법 등⁴⁾이다. 각 세법에서 규정하고 있는 특수관계인의 범위가 서로 다르기 때문에 관련 규정을 적용할 때에는 반드시 해당 세법에서 규정하는 특수관계인이 맞는지 확인하여야 한다. 각 세법의 특수관계인 범위를 비교하는 것도 중요한 이슈이지만, 주제에서 벗어나므로 이번 기고에서는 법인세법과 소득세법상의 특수관계인을 중심으로 살펴보기로 한다. 4) ① 부가가치세법상 특수관계인은 개인사업자의 경우 소득세법상 특수관계인, 법인사업자의 법인세법상 특수관계인 규정을 따른다. ② 국제조세조정에 관한 법률(국조법)에서는 이전가격세제의 적용대상이 되는 국외특수관계인에 대하여 규정하고 있다.

특수관계인 간에 이루어진 거래로서 법인세법상 열거된 여러 거래형태를 남용하여 조세부담을 부당하게 감소시킨 경우 부당행위계산부인규정이 적용된다. 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우는 다음 <표3>과 같다. 본 기고에서 논의하고 있는 특수관계인인 개인과 법인 간의 부동산 양도ㆍ양수 시 적용받을 수 있는 거래형태는 법인이 특수관계인인 개인으로부터 고가매입하거나, 특수관계인인 개인에게 저가양도하는 경우로 압축된다. 또한 부당행위계산부인규정은 그 행위 당시를 기준으로 하여 해당 법인과 특수관계인 간의 거래(특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다.

개인과 법인이 법인세법상 시가에 해당하는 금액으로 부동산을 양도ㆍ양수하는 경우에는 정당한 거래로 인정되어 부당행위계산부인규정이 적용되지 않는다. 하지만 법인이 특수관계인인 개인으로부터 고가매입하거나 법인이 특수관계인인 개인에게 저가양도하는 경우에는 부당행위로 보아 시가와 거래가액 차액이 3억원 이상이거나 시가의 5%에 상당하는 금액 이상인 경우 법인세법상 부당행위계산부인이 적용된다. 이때, 법인은 차액에 대하여 익금산입(손금불산입)하여 적법한 시가로 거래했을 경우 인정받아야 할 소득금액만큼 재계산되며, 귀속자인 개인은 법인과의 관계에 따라 배당 또는 상여로 처분하여 부당이익에 대해 소득세로 과세된다.

개인의 입장에서 특수관계인인 법인으로부터 시가보다 높은 가격으로 부동산을 매입(고가매입)하거나, 시가보다 낮은 가격으로 부동산을 양도(저가양도)한 때 소득세법상 양도소득의 부당행위계산부인에 해당이 된다(소득법 §101).⁸⁾ 이 경우 개인의 양도소득계산에 있어서 그 취득가액과 양도가액을 ‘시가’에 의해 계산하여야 한다. (거래상대방인 특수관계인인 법인은 부당한 조세회피가 없었으므로 법인세법상 부당행위계산부인은 적용되지 않는다.)
반면 법인세법상 부당행위계산부인 대상이 되는 거래인 법인이 특수관계인인 개인에게 고가매입ㆍ저가양도한 부동산 거래는 개인의 입장에서는 고가매입과 저가양수한 사례가 되어 소득세법상 부당행위계산부인은 적용될 여지가 없다. 8) 시가와 대가(거래가액)의 차액이 시가의 5% 이상이거나 3억원 이상인 경우에만 부당행위계산부인규정 적용(2007.2.28. 이후)

그러나 개인의 양도소득세를 계산할 때 양도가액 또는 취득가액으로 인정받을 수 있는 실지거래가액은 법인세법상 소득처분받은 금액을 고려하여야 이중과세문제가 해결될 수 있다.원칙적으로 소득세법상 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따르도록 되어 있다. 그러나 거주자가 자산을 양도하는 경우로서 다음 중 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 가액을 해당 자산의 양도 당시의 실지거래가액으로 본다(소득법 §96). ① 법인세법상 특수관계인에 해당하는 특수관계법인에 양도한 경우로서(외국법인을 포함하며, 이하 이 항에서 “특수관계법인”이라 한다) 해당 거주자의 상여ㆍ배당 등으로 처분된 금액이 있는 경우에는 법인세법상 시가 ② 특수관계법인 외의 자에게 자산을 시가보다 높은 가격으로 양도한 경우로서 상속세 및 증여세법 제35조에 따라 해당 거주자의 증여재산가액으로 하는 금액이 있는 경우에는 그 양도가액에서 증여재산가액을 뺀 금액

개인과 법인 간에 재산을 양수하거나 양도하는 경우로서 그 대가가 ‘시가’에 해당하여 그 법인의 거래에 대하여 부당행위계산부인이 적용되지 않는 경우 상속세 및 증여세법상 저가양수 또는 고가양도에 따른 이익의 증여 규정을 적용하지 않는다. 다만, 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 상속세 또는 증여세를 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.
그리고 해당 거래에 대하여 법인세법상 부당행위계산부인이 적용되는 경우로서 그 차익에 대하여 소득세법상 소득세가 과세되는 때에는 증여세를 부과하지 않도록 규정하고 있다(상증법 §4의 2 ③).

• ① 법인의 입장 : 고가매입 - 법인세법상 부당거래유형 중 고가매입유형으로 시가와 거래가액의 차이가 3억원 이상이거나 시가의 5%에 상당하는 금액 이상인 경우(중요성기준 검토) 부당행위계산부인을 적용한다.
  ☞ 30억원(대가) – 20억원(시가) = 10억원(차이 3억원 이상 또는 20억원 × 5% = 1억원 이상) - 세무조정 : 차이금액 10억원에 대하여 익금산입하고 양도자인 특수관계인인 개인(대표이사)에게 상여로 소득처분한다(인정상여에 대한 원천징수의무 있음). - 사후관리 : 법인은 고가매입한 건물에 대해 시가와 대가의 차액인 10억원을 손금산입(-유보)하고 자산매각 시까지 사후관리한다. 회계상 건물과대계상으로 인해 기말시점 감가상각비가 과다하게 반영되는 경우 세법상 취득가액을 기준으로 감가상각한도를 계산하고 시부인하여 손금불산입(유보)한다.
• ② 개인(대표이사)의 입장 : 고가양도 - 소득세법상 고가양도는 부당행위계산부인으로 보지 않는다. 그러나 법인세법상 부당행위계산부인이 적용되어 법인으로부터 상여처분된 10억원을 근로소득으로 보아 종합소득세 합산신고하여야 한다. - 양도가액 : 개인이 자산을 특수관계법인에게 고가로 양도한 경우로서 해당 거주자에게 상여로 처분된 금액이 있으면 그 개인이 양도소득세를 계산할 때 상여로 소득처분된 금액을 차감한 금액을 양도가액으로 한다. 따라서 대표이사가 양도소득세를 신고하는 경우 양도가액 30억원에서 인정상여 10억원을 뺀 20억원(시가)을 양도가액으로 한다. - 증여세과세 여부 : 이 거래는 상속세 및 증여세법상 시가와 대가의 차이가 30% 이상 발생하므로 고가양도에 따른 이익의 증여 규정에 해당하여 증여세 과세대상이지만, 법인세법에 의하여 소득처분되어 소득세가 과세된 금액은 별도로 증여세가 과세되지 않는다.

• ① 법인의 입장 : 저가양도 - 법인세법상 부당거래유형 중 저가양도로 시가와 거래가액의 차이가 3억원 이상이거나 시가의 5%에 상당하는 금액 이상인 경우(중요성기준 검토) 부당행위계산부인을 적용한다.
  ☞ 20억원(시가) – 10억원(대가) = 10억원(차이 3억원 이상 또는 20억원 × 5% = 1억원 이상) - 세무조정 : 차이금액 10억원에 대하여 익금산입하고 양수자인 특수관계인 개인(주주)에게 배당으로 소득처분한다(인정배당에 대한 원천징수의무 있음). - 부당행위계산부인을 통해 법인의 세무상 자산양도가액은 정상적인 시가인 20억원으로 보아 소득금액을 재계산 한다.
• ② 개인(주주)의 입장 : 저가매입 - 소득세법상 저가양수는 부당행위계산부인으로 보지 않는다. 그러나 법인세법상 부당행위계산부인이 적용되어 법인으로부터 배당처분된 10억원을 배당소득으로 보아 종합소득세 합산신고하여야 한다. - 취득가액 : 개인이 자산을 특수관계법인으로부터 저가로 매입한 경우로서 해당 거주자에게 배당으로 처분된 금액이 있으면 그 개인이 저가로 매입한 자산을 양도하여 양도소득세를 계산할 때에 배당으로 소득처분된 금액을 취득가액에 더한다. 따라서 해당부동산을 양도할 때 취득가액은 10억원에 인정배당 10억원을 더한 20억원(시가)이 된다. - 증여세과세 여부 : 이 거래는 상속세 및 증여세법상 시가와 대가의 차이가 30% 이상 발생하므로 저가양수에 따른 이익의 증여 규정에 해당하여 증여세 과세대상이지만, 법인세법에 의하여 소득처분되어 소득세가 과세된 금액은 별도로 증여세가 과세되지 않는다.