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특수관계인인 개인과 법인 간의 부동산 양수도 거래 시 과세문제 (부당행위계산부인 관점의 접근)

BY 김하나    2020.11.01
조회 348
개요
다주택자를 겨냥한 세법개정이 계속되는 가운데 2018년 이후 부동산매매법인 신규설립이 급증하고 있다는 뉴스를 많이 접하고 있다.1) 개인 부동산 투자자들은 절세효과를 노리며 법인으로 부동산을 취득(혹은 출자)하기 시작했고, 급기야 정부는 법인소유 주택에 세부담을 강화하였다(지난 8.4. ‘부동산 3법’ 국회 본회의 통과).
이런 상황 속에서 법인 소유의 부동산을 특수관계인인 개인에게 양도하거나, 개인 소유의 부동산을 특수관계인인 법인에게 양도하는 거래가 발생한다. 이때 특정한 경우에는 특수관계인 간의 양수도 거래가 부당행위로 간주되어 법인세법상뿐만 아니라 소득세법상 과세문제가 발생하게 된다.
이번 이슈분석에서는 특수관계인에 해당하는 개인과 법인 간의 부동산 거래 시 주의할 사항을 부당행위계산부인의 관점에서 살펴보고자 한다. 1) 최근 5년간 부동산 관련 법인사업자 수 참고. 고용진 국회의원 사무실.
부당행위계산부인의 적용요건
부당행위계산부인의 의의
법인세법에서 규정하고 있는 부당행위계산부인 내용을 살펴보면 내국법인2)이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 경우 그 법인의 실제 행위나 계산(부당행위계산3))을 부인하고 정상적인 거래가 있었던 것으로 보아 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산하도록 되어 있다(법인법 §52).
또한 소득세법에서도 배당소득(출자공동사업자의 손익분배비율에 해당하는 금액), 사업소득, 기타소득, 양도소득이 있는 거주자가 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 경우 부당행위계산부인을 적용하여 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다(소득법 §41, §101).
결국 법인세법과 소득세법 모두 부당행위계산부인규정은 특수관계에 있는 자간의 거래에 대해서만 적용된다. 거래 대상을 특수관계인 간의 거래로 한정시킨 이유는 일반적인 제3자와의 거래보다 조세부담을 부당하게 감소시킬 여지가 많기 때문으로 볼 수 있다.
그렇다고 특수관계인이 서로 담합하여 해당 거래를 통해 반드시 조세부담을 감소시키려는 의도가 있어야 하는 것은 아니다. 부당행위계산부인은 조세회피를 방지하는 것뿐만 아니라 조세평등주의를 구현하기 위한 제도이기 때문이다. 따라서 세법상 부당행위계산부인을 적용받는 거래라고 하더라도 법적으로 거래자체가 무효가 되거나 조세범 처벌법에 따라 조세포탈범으로 처벌되지 않는다. 2) 부당행위계산부인의 적용대상(법인세법집행기준 52-0-3) 부당행위계산부인규정은 국내에서 납세의무가 있는 모든 법인에 적용된다. 3) 부당행위계산의 시부인 기준(법인세법집행기준 52-0-2) 특수관계인과의 거래에 있어서 법인의 부당한 행위 또는 계산은 정상적인 사인 간의 거래, 건전한 사회통념 내지 상관행을 기준으로 판정한다.
◈ 부당행위계산부인의 적용(대법원2007두14978, 2010.5.13.) 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령(1998.5.16. 대통령령 제15797호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제46조 제2항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 함.
특수관계인의 범위
현행 세법에서 특수관계인에 대한 규정을 두고 있는 곳은 국세기본법, 법인세법, 상속세 및 증여세법 등4)이다. 각 세법에서 규정하고 있는 특수관계인의 범위가 서로 다르기 때문에 관련 규정을 적용할 때에는 반드시 해당 세법에서 규정하는 특수관계인이 맞는지 확인하여야 한다. 각 세법의 특수관계인 범위를 비교하는 것도 중요한 이슈이지만, 주제에서 벗어나므로 이번 기고에서는 법인세법과 소득세법상의 특수관계인을 중심으로 살펴보기로 한다. 4) ① 부가가치세법상 특수관계인은 개인사업자의 경우 소득세법상 특수관계인, 법인사업자의 법인세법상 특수관계인 규정을 따른다. ② 국제조세조정에 관한 법률(국조법)에서는 이전가격세제의 적용대상이 되는 국외특수관계인에 대하여 규정하고 있다.
법인세법상 특수관계인의 범위
법인세법에서는 ‘특수관계인’에 대해 법인과 경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등에 있는 자로 정의하고 있다. 구체적으로 법인과 다음 <표1>의 관계에 있는 자를 말하며, 어느 한 쪽을 기준으로 하여 특수관계인에 해당하면 다른 쪽을 기준으로 하여도 특수관계인에 해당한다. 이것은 특수관계를 쌍방관계로 적용하겠다는 의미로서 ‘갑’이 본인일 때 세법에 따라 ‘을’이 특수관계인이라면 ‘갑’도 ‘을’의 특수관계인이 된다.

<표1> 법인세법상 특수관계인의 범위(법인세법집행기준 52-87-1)
구 분 구체적 범위
영향력 행사자 1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 해당 법인의 경영에 대해 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(「상법」에 따라 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족
주주 등 2. 소액주주등이 아닌 주주 또는 출자자(이하 “비소액주주등”이라 한다)와 그 친족
임원 사용인 생계유지자 3. 다음 어느 하나에 해당하는 자 및 이들과 생계를 함께하는 친족
가. 법인의 임원ㆍ직원 또는 비소액주주등의 직원(비소액주주등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)
나. 법인 또는 비소액주주등의 금전이나 그 밖의 자산에 의해 생계를 유지하는 자
지배적인 영향력 행사자 4. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대해 지배적인 영향력5)을 행사하고 있는 경우 그 법인 5. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제4호까지의 관계에 있는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대해 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인
2차출자 법인 6. 해당 법인에 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인에 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인이나 개인
기타 7. 해당 법인이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 기업집단에 속하는 법인인 경우에는 그 기업집단에 소속된 다른 계열회사 및 그 계열회사의 임원
5) 지배적인 영향력
1. 영리법인인 경우
가. 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자한 경우
나. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 경우
2. 비영리법인인 경우
가. 법인의 이사의 과반수를 차지하는 경우
나. 법인의 출연재산(설립을 위한 출연재산만 해당한다)의 100분의 30 이상을 출연하고 그중 1인이 설립자인 경우

소액주주등은 발행주식총수 또는 출자총액의 1%에 미달하는 주식 또는 출자지분을 소유 하는 주주등을 말하며, 지배주주등은 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 1% 이상의 주식 또는 출자지분을 소유한 주주등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 주식 또는 출자지분의 합계가 해당 법인의 주주등 중 가장 많은 경우의 해당 주주등을 말한다.
그리고 생계유지자와 생계를 함께하는 친족의 범위는 다음과 같다.
구 분 범위
생계유지자 해당 주주등에게 급부로 받는 금전ㆍ기타의 재산수입과 급부로 받는 금전ㆍ기타의 재산운용에 의하여 생기는 수입을 일상생활비의 주된 원천으로 하고 있는 자
생계를 함께하는 친족 주주 등 또는 생계를 유지하는 자와 일상생활을 공동으로 영위하는 친족
소득세법상 특수관계인의 범위
소득세법에서는 국세기본법의 특수관계인의 범위를 따르도록 되어 있다. 국세기본법에서는 본인이 개인인 경우와 법인인 경우를 구분하여 특수관계인을 규정하고 있으나, 소득세법은 본인이 개인인 경우의 특수관계인 규정만을 준용한다(국기령 §1의 2 ①, ②, ③ 1호 준용). 국세기본법상 특수관계인이란 본인과 다음 <표2> 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말하며, 이 경우 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

<표2> 국세기본법상 특수관계인의 범위(국기령 §1의 2)
구 분 구체적 범위
혈족ㆍ인척 등친족관계 1. 6촌 이내의 혈족
2. 4촌 이내의 인척
3. 배우자(사실상의 혼인관계에 있는 자를 포함한다)
4. 친생자로서 다른 사람에게 친양자 입양된 자 및 그 배우자ㆍ직계비속
임원ㆍ사용인 등 경제적 연관관계 1. 임원과 그 밖의 사용인
2. 본인의 금전이나 그 밖의 재산으로 생계를 유지하는 자
3. 제1호 및 제2호의 자와 생계를 함께하는 친족
주주ㆍ출자자 등 경영지배 관계 1. 본인이 개인인 경우 가. 본인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인 나. 본인이 직접 또는 그와 친족관계, 경제적 연관관계 또는 가목의 관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인
2. 본인이 법인인 경우 가. 개인 또는 법인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 본인인 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 개인 또는 법인 나. 본인이 직접 또는 그와 경제적 연관관계 또는 가목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인 다. 본인이 직접 또는 그와 경제적 연관관계, 가목 또는 나목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 그 법인 라. 본인이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 기업집단에 속하는 경우 그 기업집단에 속하는 다른 계열회사 및 그 임원

◈ 특수관계인의 범위 사례 1. 부동산 임대업을 영위하고 있는 개인사업자가 아들이 60%, 기타 타인이 40%를 출자하여 설립된 법인에게 전세금이나 월세를 받지 않고 임대할 때 소득세법상 부당행위계산 규정에 해당되어 정상적인 임대료만큼 소득세를 납부해야 하는지 여부(소득46011-813, 2000.9.29.)
당해 거주자가 주주ㆍ출자자도 아니고 대표자도 아닌 법인은 특수관계법인에 해당하지 아니하는 것이므로, 그 법인과의 거래에 대하여는 부당행위계산부인을 적용하지 아니하는 것임.
2. 거주자가 법인의 주주이더라도 단독 또는 친족 등의 출자지분합계가 50% 미만이고, 대표자도 아닌 경우, 당해 법인과 거주자는 특수관계자에 해당하지 않음(인용, 심사소득2002-0212, 2002.9.6.).
당해 거주자와 법인 사이에 특수관계자에 해당하려면 당해 거주자가 단독으로 또는 당해거주자가 당해 주식을 소유하는 상태에서 앞의 (1)내지 (3)에 해당하는 자6)와 공동으로 총발행주식 또는 총출자지분의 50/100 이상을 출자하였거나 당해 거주자가 대표자인 법인이어야 할 것이다.
그런데 청구인과 청구외 ◇◇◇, ○○○은 (1) 내지 (3)의 관계에 있는 자들이 아니므로 이들 각 개인별로 총발행주식의 100분의 50 이상을 청구외법인에 출자하였는지 여부를 기준으로 특수관계자 해당 여부를 판단하여야 할 것이고, 이에 해당하는지를 보면, 청구인과 청구인의 처, 청구인의 자가 보유하는 청구외법인의 지분을 합산한다고 하더라도 33.34%로서 100분의 50 이상을 출자하고 있지 아니하므로 청구인과 청구외법인은 특수관계 있는 자에 해당되지 않는다 할 것이고, 또한 청구인은 청구외법인의 대표자도 아니며 청구외법인의 주식을 100분의 50 이상을 소유한 사실이 없었음을 법인등기부등본 등 관계서류에 의하여 알 수 있다.
3. 부당행위계산부인규정을 적용함에 있어서 대표자라 함은 법인 등기부상 등재 여부와는 관계없이 임원의 임면권 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상의 영향력을 행사하고 법인을 실질적으로 지배하고 있는 사실상의 대표자를 의미함(서면인터넷방문상담1팀-1607, 2005.12.28.). 6) 소득세법 시행령 제98조 개정 전의 내용으로 현재는 국세기본법 시행령 제1조의 2 제3항 제1호.
부당거래의 유형
특수관계인 간에 이루어진 거래로서 법인세법상 열거된 여러 거래형태를 남용하여 조세부담을 부당하게 감소시킨 경우 부당행위계산부인규정이 적용된다. 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우는 다음 <표3>과 같다. 본 기고에서 논의하고 있는 특수관계인인 개인과 법인 간의 부동산 양도ㆍ양수 시 적용받을 수 있는 거래형태는 법인이 특수관계인인 개인으로부터 고가매입하거나, 특수관계인인 개인에게 저가양도하는 경우로 압축된다. 또한 부당행위계산부인규정은 그 행위 당시를 기준으로 하여 해당 법인과 특수관계인 간의 거래(특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다.

<표3> 법인세법상 부당행위계산의 유형(법인령 §88)
구 분 부당행위계산의 유형
고가매입ㆍ저가양도 1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우 3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 주식매수선택권7)등의 행사 또는 지급에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외 3 의 2. 특수관계인인 법인 간 합병(분할합병을 포함)ㆍ분할에 있어서 불공정한 비율로 합병ㆍ분할하여 합병ㆍ분할에 따른 양도손익을 감소시킨 경우. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제165조의 4에 따라 합병(분할합병을 포함한다)ㆍ분할하는 경우는 제외
저리대여ㆍ고리차용 6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.
가. 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 금전을 제공하는 경우
나. 주주등이나 출연자가 아닌 임원(소액주주등인 임원을 포함한다) 및 직원에게 사택(기획재정부령으로 정하는 임차사택을 포함한다)을 제공하는 경우
7. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율ㆍ요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우
자본거래 8. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자본거래로 인하여 주주등(소액주주등은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)인 법인이 특수관계인인 다른 주주등에게 이익을 분여한 경우
가. 특수관계인인 법인 간의 합병(분할합병을 포함한다)에 있어서 주식등을 시가보다 높거나 낮게 평가하여 불공정한 비율로 합병한 경우. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제165조의 4에 따라 합병(분할합병을 포함한다)하는 경우는 제외한다.
나. 법인의 자본(출자액을 포함한다)을 증가시키는 거래에 있어서 신주(전환사채ㆍ신주인수권부사채 또는 교환사채 등을 포함한다. 이하 이 목에서 같다)를 배정ㆍ인수받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기(그 포기한 신주가 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제7항에 따른 모집방법으로 배정되는 경우를 제외한다)하거나 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우
다. 법인의 감자에 있어서 주주등의 소유주식등의 비율에 의하지 아니하고 일부 주주등의 주식등을 소각하는 경우
8 의 2. 제8호 외의 경우로서 증자ㆍ감자, 합병(분할합병을 포함한다)ㆍ분할, 「상속세 및 증여세법」 제40조 제1항에 따른 전환사채등에 의한 주식의 전환ㆍ인수ㆍ교환 등 자본거래를 통해 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우. 다만, 제19조 제19호의 2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등 중 주식매수선택권의 행사에 따라 주식을 발행하는 경우는 제외한다.
기타 2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우 4. 불량자산을 차환하거나 불량채권을 양수한 경우 5. 출연금을 대신 부담한 경우 7 의 2. 파생상품에 근거한 권리를 행사하지 아니하거나 그 행사기간을 조정하는 등의 방법으로 이익을 분여하는 경우 9. 그 밖에 위에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우
시가의 범위
‘시가’를 기준으로 부당행위 여부 판단
부당행위계산의 부인규정을 적용할 때에 ‘시가’를 기준으로 하여 부당행위 여부를 판단한다. 이때, 그 판단기준이 되는 ‘시가’란 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함)을 말하는 것으로, 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격으로 한다.
‘시가’가 불분명한 경우
시가가 불분명한 경우에는 다음 순서로 계산한 금액을 시가로 본다.
자산 시가의 범위
주식 등 「상속세 및 증여세법」 제38조부터 제39조의 3까지, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조를 준용하여 평가한 가액
위 외의 자산 • 1순위 : 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정가액이 2 이상인 경우에는 그 감정가액의 평균액. 다만, 감정평가사의 경우 감정가액이 5억원 이하로 한정) • 2순위 : 「상속세 및 증여세법」 제38조부터 제39조의 3까지, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조를 준용하여 평가한 가액
부당행위의 중요성 기준
부당거래의 유형 중 실무상 시가산정에 어려움이 있는 고가매입ㆍ저가양도ㆍ저리대여ㆍ고리차용의 경우와 이에 준하는 거래는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 5%에 상당하는 금액 이상인 경우에만 중요한 차이로 보아 부당거래로 본다.
①과 ② 어느 하나에 해당하는 경우에만 부당행위계산부인을 적용한다.
① 금액기준 : 시가 – 거래가액(또는 거래가액 – 시가) ≥ 3억원
② 비율기준 : 시가 – 거래가액(또는 거래가액 – 시가) ≥ 시가 × 5%
부당행위계산부인의 효과
부인금액의 익금산입
법인과 특수관계인 간 거래가 부당행위계산부인의 요건을 충족하면 해당 법인이 취한 행위 및 계산은 부인되며, 해당 법인이 부당하게 계상한 금액과 세법에 의하여 정당하게 계산한 금액과의 차이를 법인의 각 사업연도 소득금액계산상 익금에 산입한다.
부인금액의 소득처분
부당행위계산부인으로 인하여 익금산입되거나 손금불산입된 금액에 대하여 그 귀속자에 따라 배당, 상여, 기타소득, 기타사외유출로 처분한다. 법인은 귀속자에 대한 소득을 지급한 것으로 보아 원천징수하여야 하며, 소득의 귀속자는 소득세법에 따라 종합소득 합산과세로 반영하여야 한다.
① 배당 : 귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외)인 경우
② 상여 : 귀속자가 임원 또는 직원인 경우
③ 기타사외유출 : 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우
④ 기타소득 : 귀속자가 위 외의 자인 경우
부당행위계산부인과 사법효과
부당행위계산부인은 법인과 그 특수관계 있는 상대방과의 사이에 적법하게 성립된 거래 자체를 부인하는 것은 아니다. 따라서 부당행위계산부인은 과세소득계산의 문제에만 국한될 뿐 행위 또는 계산의 사법상 법률효과를 부인하거나 변경시키지 않는다.
특수관계인인 개인과 법인의 부동산거래 시 과세문제
법인세법상 부당행위계산부인
개인과 법인이 법인세법상 시가에 해당하는 금액으로 부동산을 양도ㆍ양수하는 경우에는 정당한 거래로 인정되어 부당행위계산부인규정이 적용되지 않는다. 하지만 법인이 특수관계인인 개인으로부터 고가매입하거나 법인이 특수관계인인 개인에게 저가양도하는 경우에는 부당행위로 보아 시가와 거래가액 차액이 3억원 이상이거나 시가의 5%에 상당하는 금액 이상인 경우 법인세법상 부당행위계산부인이 적용된다. 이때, 법인은 차액에 대하여 익금산입(손금불산입)하여 적법한 시가로 거래했을 경우 인정받아야 할 소득금액만큼 재계산되며, 귀속자인 개인은 법인과의 관계에 따라 배당 또는 상여로 처분하여 부당이익에 대해 소득세로 과세된다.
소득세법상 양도소득의 부당행위계산부인 및 양도가액 결정
개인의 입장에서 특수관계인인 법인으로부터 시가보다 높은 가격으로 부동산을 매입(고가매입)하거나, 시가보다 낮은 가격으로 부동산을 양도(저가양도)한 때 소득세법상 양도소득의 부당행위계산부인에 해당이 된다(소득법 §101).8) 이 경우 개인의 양도소득계산에 있어서 그 취득가액과 양도가액을 ‘시가’에 의해 계산하여야 한다. (거래상대방인 특수관계인인 법인은 부당한 조세회피가 없었으므로 법인세법상 부당행위계산부인은 적용되지 않는다.)
반면 법인세법상 부당행위계산부인 대상이 되는 거래인 법인이 특수관계인인 개인에게 고가매입ㆍ저가양도한 부동산 거래는 개인의 입장에서는 고가매입과 저가양수한 사례가 되어 소득세법상 부당행위계산부인은 적용될 여지가 없다. 8) 시가와 대가(거래가액)의 차액이 시가의 5% 이상이거나 3억원 이상인 경우에만 부당행위계산부인규정 적용(2007.2.28. 이후)
특수관계인 간 거래 법인 입장 개인 입장
개인이 법인에게 양도 고가매입 고가양도
법인이 개인에게 양도 저가양도 저가매입

그러나 개인의 양도소득세를 계산할 때 양도가액 또는 취득가액으로 인정받을 수 있는 실지거래가액은 법인세법상 소득처분받은 금액을 고려하여야 이중과세문제가 해결될 수 있다.원칙적으로 소득세법상 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따르도록 되어 있다. 그러나 거주자가 자산을 양도하는 경우로서 다음 중 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 가액을 해당 자산의 양도 당시의 실지거래가액으로 본다(소득법 §96). ① 법인세법상 특수관계인에 해당하는 특수관계법인에 양도한 경우로서(외국법인을 포함하며, 이하 이 항에서 “특수관계법인”이라 한다) 해당 거주자의 상여ㆍ배당 등으로 처분된 금액이 있는 경우에는 법인세법상 시가 ② 특수관계법인 외의 자에게 자산을 시가보다 높은 가격으로 양도한 경우로서 상속세 및 증여세법 제35조에 따라 해당 거주자의 증여재산가액으로 하는 금액이 있는 경우에는 그 양도가액에서 증여재산가액을 뺀 금액
상속세 및 증여세법상 이익의 증여 규정
개인과 법인 간에 재산을 양수하거나 양도하는 경우로서 그 대가가 ‘시가’에 해당하여 그 법인의 거래에 대하여 부당행위계산부인이 적용되지 않는 경우 상속세 및 증여세법상 저가양수 또는 고가양도에 따른 이익의 증여 규정을 적용하지 않는다. 다만, 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 상속세 또는 증여세를 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.
그리고 해당 거래에 대하여 법인세법상 부당행위계산부인이 적용되는 경우로서 그 차익에 대하여 소득세법상 소득세가 과세되는 때에는 증여세를 부과하지 않도록 규정하고 있다(상증법 §4의 2 ③).
적용대상
부당행위
계산유형
① 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우(법인령 §88 ① 1호)
② 무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우(법인령 §88 ① 2호)
③ 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우(법인령 §88 ① 3호)
연도별 2007.2.27. 이전 2007.2.28.∼2009.2.3. 2009.2.4. 이후
소득처분 상여ㆍ배당 등 기타사외유출 상여ㆍ배당 등
과세방법 소득세 과세 증여세 과세 소득세 과세

◈ 저가양도 부당행위계산이 조세법률주의 원칙에 위배되는지 여부(국승, 서울행정법원2005구합36028, 2006.9.6.) 저가양도 시 시가와 양도가액과의 차액에 대하여 양도자에게 양도소득세를 부과하고, 양수자에게 증여세를 부과하는 것이 동일한 담세력의 원천에 대하여 중복적으로 과세하는 결과를 가져온다 하더라도 이중과세금지원칙에 위배된다고 할 수 없음.
사례연구
법인이 특수관계인인 개인(대표이사)으로부터 부동산을 고가매입한 경우
① 법인 : 고가매입 ◀────────────────── ② 개인(대표이사) : 고가양도
거래부동산 시가 : 20억원
양도가 : 30억원
  • 법인의 입장 : 고가매입 - 법인세법상 부당거래유형 중 고가매입유형으로 시가와 거래가액의 차이가 3억원 이상이거나 시가의 5%에 상당하는 금액 이상인 경우(중요성기준 검토) 부당행위계산부인을 적용한다.
    ☞ 30억원(대가) – 20억원(시가) = 10억원(차이 3억원 이상 또는 20억원 × 5% = 1억원 이상)
    - 세무조정 : 차이금액 10억원에 대하여 익금산입하고 양도자인 특수관계인인 개인(대표이사)에게 상여로 소득처분한다(인정상여에 대한 원천징수의무 있음). - 사후관리 : 법인은 고가매입한 건물에 대해 시가와 대가의 차액인 10억원을 손금산입(-유보)하고 자산매각 시까지 사후관리한다. 회계상 건물과대계상으로 인해 기말시점 감가상각비가 과다하게 반영되는 경우 세법상 취득가액을 기준으로 감가상각한도를 계산하고 시부인하여 손금불산입(유보)한다.
  • 개인(대표이사)의 입장 : 고가양도 - 소득세법상 고가양도는 부당행위계산부인으로 보지 않는다. 그러나 법인세법상 부당행위계산부인이 적용되어 법인으로부터 상여처분된 10억원을 근로소득으로 보아 종합소득세 합산신고하여야 한다. - 양도가액 : 개인이 자산을 특수관계법인에게 고가로 양도한 경우로서 해당 거주자에게 상여로 처분된 금액이 있으면 그 개인이 양도소득세를 계산할 때 상여로 소득처분된 금액을 차감한 금액을 양도가액으로 한다. 따라서 대표이사가 양도소득세를 신고하는 경우 양도가액 30억원에서 인정상여 10억원을 뺀 20억원(시가)을 양도가액으로 한다. - 증여세과세 여부 : 이 거래는 상속세 및 증여세법상 시가와 대가의 차이가 30% 이상 발생하므로 고가양도에 따른 이익의 증여 규정에 해당하여 증여세 과세대상이지만, 법인세법에 의하여 소득처분되어 소득세가 과세된 금액은 별도로 증여세가 과세되지 않는다.

◈ 법인이 개인에게 부동산을 고가매입한 사례 1. 법인이 특수관계자인 임원으로부터 부동산을 저가 매입한 경우 부당행위계산부인규정이 적용되지 아니하는 것임(서면인터넷방문상담2팀-199, 2006.1.25.). 2. 특수관계자로부터 부동산 고가매입에 따른 차액을 부당행위계산부인한 처분의 당부(일부인용, 국심2007서5252, 2009.2.16.)청구법인이 대표이사로부터 쟁점부동산을 시가보다 고가매입한 것으로 보아 부당행위계산부인규정을 적용하여 시가 초과액을 손금불산입하고 대표이사에게 상여처분하여 소득금액변동통지한 처분은 정당함.
◈ 법인이 특수관계법인에게 부동산을 매입한 사례 1. 청구법인이 쟁점부동산을 시가보다 고가로 매입한 것으로 보아 시가 초과분에 상당하는 쟁점매입세액을 불공제한 처분의 당부(인용, 조심-2016-중-2157, 2016.8.23.)
처분청은 쟁점부동산의 매입 당시 시가를 비교부동산의 거래금액을 토지와 건물의 기준시가 비율로 환산하는 방법으로 산정하였으나, 쟁점부동산과 비교부동산은 거래경위, 건물의 면적, 방향, 용도 및 개별공시지가 등이 서로 상이하여 단순히 인접한 위치에 있다는 이유만으로 매매사례로 보기는 어려운 점, 쟁점부동산보다 비교부동산의 위치가 우월하여 토지의 개별공시지가가 높음에도 건물의 시가 산정과 관련 없는 토지를 포함함에 따라 시가가 왜곡된 것으로 보이는 점, 「부가가치세법 시행령」 제62조 제3호에서 시가가 불분명할 경우 「법인세법 시행령」 제89조 제2항 및 이에 따른 「상속세 및 증여세법」 제61조 내지 제66조에 의하여 산정하도록 규정하고 있어 「상속세 및 증여세법」 제60조에 의한 방법인 매매사례가액은 법적 근거가 없는 점, 쟁점부동산 거래가액은 감정평가액과 인근 부동산의 시세를 감안하여 합의한 것이라는 청구주장이 설득력이 있어 보이고 그 시가를 적정하게 반영하지 못하였다고 볼 만한 증빙이 제시되지 아니한 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점부동산을 시가보다 고가로 매입한 것으로 보아 초과분에 상당하는 쟁점매입세액을 불공제하고 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
2. 청구법인이 쟁점자산을 고가매입하였다고 보아 부당행위계산부인규정을 적용하여 과세한 처분의 당부(조심-2016-서-0629, 2017.2.28.)
쟁점자산은 계속적ㆍ반복적 거래 가격도 없고, 감정가액도 없는 점 등에 비추어 쟁점자산의 시가는 장부가액으로 보는 것이 타당하다고 할 것인바, 처분청이 부당행위계산부인규정을 적용하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없음.
법인이 특수관계인인 개인(주주)에게 부동산을 저가양도한 경우
① 법인 : 저가양도 ──────────────────▶ ② 개인(주주) : 저가매입
거래부동산 시가 : 20억원
양도가 : 10억원
  • 법인의 입장 : 저가양도 - 법인세법상 부당거래유형 중 저가양도로 시가와 거래가액의 차이가 3억원 이상이거나 시가의 5%에 상당하는 금액 이상인 경우(중요성기준 검토) 부당행위계산부인을 적용한다.
    ☞ 20억원(시가) – 10억원(대가) = 10억원(차이 3억원 이상 또는 20억원 × 5% = 1억원 이상)
    - 세무조정 : 차이금액 10억원에 대하여 익금산입하고 양수자인 특수관계인 개인(주주)에게 배당으로 소득처분한다(인정배당에 대한 원천징수의무 있음). - 부당행위계산부인을 통해 법인의 세무상 자산양도가액은 정상적인 시가인 20억원으로 보아 소득금액을 재계산 한다.
  • 개인(주주)의 입장 : 저가매입 - 소득세법상 저가양수는 부당행위계산부인으로 보지 않는다. 그러나 법인세법상 부당행위계산부인이 적용되어 법인으로부터 배당처분된 10억원을 배당소득으로 보아 종합소득세 합산신고하여야 한다. - 취득가액 : 개인이 자산을 특수관계법인으로부터 저가로 매입한 경우로서 해당 거주자에게 배당으로 처분된 금액이 있으면 그 개인이 저가로 매입한 자산을 양도하여 양도소득세를 계산할 때에 배당으로 소득처분된 금액을 취득가액에 더한다. 따라서 해당부동산을 양도할 때 취득가액은 10억원에 인정배당 10억원을 더한 20억원(시가)이 된다. - 증여세과세 여부 : 이 거래는 상속세 및 증여세법상 시가와 대가의 차이가 30% 이상 발생하므로 저가양수에 따른 이익의 증여 규정에 해당하여 증여세 과세대상이지만, 법인세법에 의하여 소득처분되어 소득세가 과세된 금액은 별도로 증여세가 과세되지 않는다.

◈ 법인이 개인에게 부동산을 저가양도한 사례 1. 부동산을 특수관계자에게 시가보다 저가로 양도한 것으로 보아 부당행위계산부인하고, 양도 당시의 기준시가를 시가로 보아 양도차익을 산정한 처분은 정당함(기각, 조심2009서4282, 2010.6.29.). 가. 청구인은 1997.9.7. 서울○○지방법원으로부터 1,312백만원에 경락받은 서울특별시 ○○구 ○○동 ***-* 소재 대지 1,358.7㎡와 건물 2,868.74㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2005.5.30. 청구인과 특수관계에 있는 주식회사 ○○플라스틱에게 매매대금 2,400백만원에 양도하고 2005.8.1. 취득가액을 1,292백만원, 양도가액을 2,400백만원으로 하여 양도소득 과세표준 예정신고를 하였다. 나. 처분청은 2009년 4월 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 청구인이 실지양도가액으로 신고한 2,400백만원은 기준시가 2,611백만원보다 저가이므로 부당행위계산부인대상이 된다고 보아, 양도가액을 기준시가인 2,611백만원으로 취득가액은 실거래가액인 1,292백만원으로 하여 2009.9.4. 청구인에게 2005년도 귀속 양도소득세 122,079,950원을 경정ㆍ고지하였다. 2. 쟁점부동산 거래는 개인과 법인 간의 거래로 소득세법상 부당행위계산규정 적용 시 시가산정방법은 법인세법을 준용하여야 함(국승, 서울행정법원2013구단6964, 2013.8.28.).
당초 특수관계자와의 거래 당시부터 매수자가 일정기간이 경과한 시점에 제3자에게 양도하기로 약정한 경우는 특수관계 없는 제3자와 거래한 가액을 당초 특수관계자간 거래 당시의 시가로 볼 수 있음. 이 사건 부동산에 관하여 이 사건 거래에서 정한 매매가액이 8억원인 반면, 이 사건 거래일인 2011.8.20.로부터 2개월 정도 경과한 2011.10.26. 이루어진 사건 외 거래에서 정한 매매가액이 12억원인 사실은 앞서 본 바와 같으므로 다른 특별한 사정이 없는 한, 원고는 특수관계자인 소외 법인에 이 사건 부동산을 저가양도함으로써 부당하게 양도소득세의 부담을 감소시켰다고 할 것이다.
3. 청구법인과 대표이사 간의 부동산 거래는 부당행위계산부인 대상임(기각, 조심2011구1968, 2013.5.31.).
청구법인들은 쟁점토지를 기준시가 이하로 양도해야 할 특수한 경제적 사정 및 합리적이고 정당한 사유 등을 찾을 수 없는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구법인들의 쟁점토지 매매계약서상 양도가액은 부당행위계산 부인대상에 해당하는 것이라 할 것임.
4. 특수관계자에게 토지를 저가양도한 행위의 부당행위계산부인 해당 여부(국승, 인천지방법원2007구합3989, 2008.8.28.)
법인이 부동산을 취득한 지 1개월 사이에 경영이 악화되었다는 사정을 찾아 볼 수 없음에도 특수관계에 있는 자에게 취득가액의 절반에도 미치지 못하는 가액으로 매도한 것은 부당행위에 해당함.
5. 특수관계자에게 토지 저가양도에 따른 부당행위계산부인(국승, 대전지방법원2009구합1374, 2010.5.26.)
특수관계에 있는 법인에게 토지를 적정한 시가에 의하지 아니하고 개별공시지가로 양도한 거래가액은 경제적 합리성을 결한 비정상적인 거래로 부당행위에 해당하므로 감정기관 2곳의 산술평균 감정가액을 적정한 시가로 봄은 정당함.



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