자동완성 열기
자동완성 닫기
예판상세검색
예판 상세검색
생산일자  ~ 최근 1개월 최근 6개월 1년 3년 5년 전체
검색방법
임 의 어 세목 구분
  • 생산일자는 캘린더 선택 또는 직접 입력으로 설정이 가능합니다. (입력 예시: 2018-03-20)
  • 문서번호 또는 임의어 검색을 선택하여 검색할 수 있습니다.
  • 문서번호 검색 시 생산기관 선택 없이 문서번호 전체입력 또는 뒷 번호로 검색하시면 편리합니다.
    예1) 사전법령법인-560 or 560,  예2) 조심2016중4304 or 4304,  예3) 대법원2012두22485 or 2012두22485
  • 임의어 검색 시 세목구분을 활용하여 검색범위를 설정하실 수 있습니다.
원하는 검색 조건을 선택하고 '검색' 버튼을 클릭하세요.
재경실무

법인세법상 부당행위계산의 부인제도(자본거래 제외)

BY 이철재    2021.07.01
조회 177
인쇄
보관
음성으로 듣기
개요
부당행위계산 부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 「법인세법 시행령」 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 인정되는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당해 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도이다.
부당행위계산의 부인은 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 95누8751, 1996.7.26.; 대법원 2005두14257, 2007.12.13.).
부당행위계산의 부인은 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하고자 하는 입법목적을 가지고 있다(2005헌바75/2006헌바7/2006헌바8[병합], 2007.1.17.). 그러나 부당행위계산의 부인에 해당하는 경우에도 사법상 거래가 무효로 되는 것은 아니며, 조세범처벌법에 따라 조세포탈범으로 처벌되는 것도 아니다.
부당행위계산의 부인 중 가지급금에 대한 인정이자에 대해서는 2021년 1월호에 게재하였으니 그 내용을 참고하고, 자본거래에 대한 부당행위계산의 부인은 지면이 부족하여 설명을 생략하였다.
국제거래에 대한 부당행위계산의 부인 규정의 적용 여부
「국제조세조정에 관한 법률」(이하 “국조법”이라고 한다)상 국제거래란 거래 당사자의 어느 한쪽이나 양쪽이 비거주자 또는 외국법인(비거주자 또는 외국법인의 국내사업장 제외)인 거래로서 유형자산 또는 무형자산의 매매ㆍ임대차, 용역의 제공, 금전의 대출ㆍ차용, 그 밖에 거래자의 손익(損益) 및 자산과 관련된 모든 거래를 말한다(국조법 §2 ① 1호). 국제거래에 대해서는 「소득세법」 제41조(부당행위계산)와 「법인세법」 제52조(부당행위계산의 부인)를 적용하지 아니하나, 다음의 거래는 그러하지 아니하다(국조법 §4, 국조령 §4).
  • 자산을 무상(無償)으로 이전(현저히 저렴한 대가를 받고 이전하는 경우는 제외한다)하거나 채무를 면제하는 경우
  • 무수익자산을 매입하였거나 현물출자를 받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우
  • 출연금을 대신 부담한 경우
  • 그 밖의 자본거래로서 「법인세법 시행령」 제88조 제1항 제8호 각목의 어느 하나 또는 같은 항 제8조의 2(자본거래)에 대한 부당행위계산의 부인에 해당하는 경우

국조법은 국외특수관계인과의 거래에 대해서는 국조법 제2장의 「국외특수관계인과의 거래에 대한 과세조정규정」(이를 “이전가격세제”라고도 한다)을 적용하여 정상가격과의 차이에 대하여 과세할 수 있다. 국제거래에 다시 부당행위계산의 부인 규정을 적용하여 과세하면 이중과세의 문제가 발생할 수 있으므로 국제거래에 대해서는 부당행위계산의 부인 규정을 적용하지 않도록 하고 있다(국조법 §4).
이전가격세제의 적용 시 거래상대방인 국외특수관계인은 한쪽이 다른 쪽의 의결권 있는 지분의 50% 이상을 보유하거나 제3자가 양쪽의 지분을 50% 이상 보유하는 경우, 실질지배력이 있는 자 등을 대상으로 하므로 그 범위가 「법인세법」의 특수관계인 범위보다 좁다. 따라서 국제거래의 상대방이 「법인세법」상 특수관계인에는 해당하나, 국조법상 국외특수관계인에 해당하지 않는 경우에는 「법인세법」의 부당행위계산의 부인 규정과 국조법의 이전가격세제가 모두 적용되지 않게 된다.

사례  국제거래에 대한 규정 적용
내국법인 A가 해당 법인의 주식을 10% 소유한 외국법인 B에게 시가 100억원인 기계장치를 70억원에 양도하려고 한다. 외국법인 B는 내국법인 A와 법인세법상 특수관계인에 해당하나, 국조법상의 국외특수관계자에는 해당하지 않는 경우 기계장치의 양도에 대하여 적용되는 규정은

해답
적용규정이 없으며, 과세문제도 발생하지 않음.
(이유) 국제거래이므로 부당행위계산의 부인 규정을 적용하지 않고 이전가격세제를 적용하여야 한다. 그러나 이전가격세제는 국외특수관계인과의 거래를 대상으로 하므로 국외특수관계인이 아닌 자와의 거래는 적용대상이 아니다(국제세원관리담당관실-2273, 2008.11.20.).
법인세법의 부당행위계산 부인의 적용요건
법인이 특수관계인과 「법인세법 시행령」 제88조 제1항 각 호에 열거된 거래를 함으로써 조세의 부담이 부당히 감소된 경우에 부당행위계산의 부인 규정을 적용한다(법법 §52 ①).

적용대상 법인
「법인세법」의 부당행위계산의 부인 규정은 법인세의 납세의무가 있는 모든 법인에 적용된다. 외국법인이 국내원천소득을 부당하게 감소시킨 경우는 물론이고, 비영리법인이 수익사업의 소득을 부당하게 감소시킨 경우에도 부당행위계산의 부인 규정이 적용된다. 다만, 「조세특례제한법」에 따른 당기순이익 과세 조합법인은 「법인세법」 규정 중 일부 규정1)만 적용하는데, 부당행위계산의 부인 규정은 적용되는 규정으로 열거되어 있지 않았으므로 당기순이익 과세 조합법인에는 부당행위계산의 부인 규정을 적용하지 아니한다(조특법 §72 ①, 조특령 §69 ①). 1) 당기순이익 과세법인에 적용하는 규정(조특법 §72 ①, 조특령 §69①)
법인세법 제19조의 2 제2항(채무보증으로 인하여 발생한 구상채권과 업무무관 가지급금에 대한 대손금 손금불산입)
법인세법 제24조(기부금의 손금불산입)
법인세법 제25조(접대비의 손금불산입)
법인세법 제26조(업무와 관련이 없는 비용의 손금불산입)
법인세법 제27조(업무용 승용차 관련비용의 손금불산입 등 특례)
법인세법 제28조(지급이자의 손금불산입)
법인세법 제33조(퇴직급여충당금의 손금산입)
법인세법 제34조 제3항(채무보증으로 인하여 발생한 구상채권과 업무무관 가지급금에 대한 대손충당금 손금불산입)
특수관계인의 범위
쌍방관계
특수관계를 판단하는 방법에는 일방관계와 쌍방관계가 있다.
납세의무자를 기준으로 하여 일정한 관계에 있는 자만이 특수관계자에 해당한다고 보는 것을 일방관계라고 하고, 납세의무자를 기준으로 하여 거래상대방이 일정한 관계에 해당하는 경우뿐만 아니라 거래상대방을 기준으로 하여 납세의무자가 일정한 관계에 해당하는 경우에도 그 거래상대방이 납세의무자와 특수관계에 해당한다고 보는 것이 쌍방관계이다.
종전에 「법인세법」은 일방관계와 쌍방관계 중 어떤 것을 기준으로 특수관계를 판단하는지에 대한 규정을 두지 않았다. 그러나 대법원은 1991년에 특수관계는 쌍방관계로 판단한다고 판결하였고, 그 후의 대법원과 하급심 판결들이 약 20년간 쌍방관계에 따라 특수관계를 판단해 왔다. 국세청도 1985년에 법인세법 기본통칙으로 쌍방관계로 특수관계를 판단한다고 해석하였고, 납세의무자 사이에서도 이러한 해석이 정착되어 있었다(대법원 88누7248, 1991.5.28.).
그러나 대법원은 2011년에 「법인세법」의 위임을 받은 「법인세법 시행령」에서 특수관계의 범위를 일방관계로 규정하고 있으므로 쌍방관계로 해석하는 것은 문언에 반하여 허용될 수 없으므로 일방관계에 의하여 특수관계를 판단해야 한다고 20년간 판결을 모두 뒤집는 충격적인 판결을 하였다(대법원 2008두150, 2011.7.21.).
기획재정부에서는 특수관계를 계속 쌍방관계로 판단하기 위하여 2012.2.2. 「국세기본법 시행령」과 「법인세법 시행령」을 개정하여 “본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다”라는 쌍방관계에 대한 명문규정을 신설하였다(국기령 §2 20호, 법법 §2 12호).
특수관계인의 구체적인 범위
특수관계인이란 법인과 다음 중 어느 하나의 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 본인도 「국세기본법」 제2조 제20호 각 목 외의 부분 후단에 따라 특수관계인의 특수관계인으로 본다(법법 §2 12호).

  • 1) 법인 경영에 사실상 영향력을 행사하는 자와 친족 임원의 임면권 행사, 사업방침의 결정 등 해당 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있는 자(상법 제401조의 2 제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다2))와 그 친족, 사실상 영향력을 행사하는 자에는 개인과 법인이 모두 포함된다(재법인 46012-13, 2002.1.18.). 친족이란 다음에 해당하는 사람을 말한다(국기령 §1의 2 ①).
    ① 6촌 이내의 혈족
    ② 4촌 이내의 인척
    ③ 배우자(사실상의 혼인관계에 있는 자 포함)
    ④ 친생자로서 다른 사람에게 친양자 입양된 자 및 그 배우자ㆍ직계비속 2) 상법 제401조의 2(업무집행지시자 등의 책임)
    다음 중 어느 하나에 해당하는 자는 그 지시하거나 집행한 업무에 관하여 제399조(회사에 대한 책임)ㆍ제401조 (제3자에 대한 책임), 제403조(주주의 대표소송) 및 제406조의 2(다중대표소송)의 적용에 있어서 이를 이사로 본다.
    1. 회사에 대한 자신의 영향력을 이용하여 이사에게 업무집행을 지시한 자
    2. 이사의 이름으로 직접 업무를 집행한 자
    3. 이사가 아니면서 명예회장ㆍ회장ㆍ사장ㆍ부사장ㆍ전무ㆍ상무ㆍ이사 기타 회사의 업무를 집행할 권한이 있는 것으로 인정될 만한 명칭을 사용하여 회사의 업무를 집행한 자
  • 2) 주주3)(소액주주 제외)와 그 친족 법인의 주주는 모두 그 법인과 특수관계로 보나, 소액주주는 예외로 한다. 주주에는 개인주주와 법인주주, 내국인주주와 외국인주주를 모두 포함하며, 개인주주인 경우에는 그 친족도 특수관계인으로 본다. 소액주주란 발행주식총수(의결권 없는 주식 제외)의 1% 미만의 주식을 보유하고 있는 주주를 말하나, 지배주주와 특수관계인은 소액주주로 보지 아니한다(법령 §50 ②, 재법인-230, 2003.12.22.).
    종전에는 비상장법인인 경우에는 지배구조가 폐쇄적이라는 이유로 1% 미만의 주식을 보유해도 소액주주로 보지 않았으나 지배주주와 특수관계인이 아닌 한 1% 미만의 주식으로는 법인의 경영에 실질적인 영향력을 행사할 수 없는 점을 감안하여 비상장법인과 상장법인 간의 과세형평을 제고하기 위하여 2003년부터 비상장법인의 경우에도 소액주주를 인정하게 되었다.
    지배주주는 법인의 발행주식총수의 1% 이상의 주식을 소유한 주주로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 주식의 합계가 해당 법인의 주주 중 가장 많은 경우의 해당 주주를 말한다(법령 §43 ⑦). 3) 주주에는 출자자가 포함되며, 주식에는 출자지분이 포함된다.
  • 3) 임원 또는 직원과 생계유지자 법인의 임원과 직원 또는 주주의 직원(주주가 영리법인인 경우에는 임원을, 비영리법인인 경우에는 이사 및 설립자를 말한다)이나, 법인 또는 주주의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께하는 친족은 해당 법인의 특수관계인이다.

    I 임원 또는 직원의 범위 I
    구분 임원 또는 직원의 범위
    해당 법인 임원과 직원
    주주 주주가 영리법인인 경우 임원
    주주가 비영리법인인 경우 이사 및 설립자
    주주가 개인인 경우 모든 직원

    “법인 또는 주주의 금전 기타 재산에 의하여 생계를 유지하는 자”란 법인 또는 주주로부터 급부를 받는 금전ㆍ기타의 재산수입과 급부를 받는 금전ㆍ기타의 재산운용에 의하여 생기는 수입을 일상생활비의 주된 원천으로 하고 있는 자를 말하며, 생계를 함께 하는 친족이란 주주 또는 생계를 유지하는 자와 일상생활을 공동으로 하는 자를 말한다(법통 2-2…1 ①).
  • 4) 1차 지배 법인 해당 법인이 직접 또는 그와 ‘1)부터 3)’까지의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인은 해당 법인의 특수관계인으로 본다. 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우란 다음에 해당하는 경우를 말한다(법령 §2 ⑤, 국기령 §1의 2 ④).
    구분 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우
    영리법인 • 법인의 발행주식총수의 30% 이상을 출자한 경우
    • 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 경우
    비영리법인 • 법인의 이사의 과반수를 차지하는 경우
    • 법인의 출연재산(설립을 위한 출연재산만 해당한다)의 30% 이상을 출연하고 그 중 1인이 설립자인 경우
  • 5) 2차 지배 법인 해당 법인이 직접 또는 그와 ‘1)부터 4)’까지의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인은 해당 법인의 특수관계인으로 본다.
  • 6) 다른 법인을 통해 해당 법인을 지배하는 자 해당 법인에 30% 이상을 출자하고 있는 법인에 30% 이상을 출자하고 있는 개인이나 법인은 해당 법인의 특수관계인으로 본다.
  • 7) 동일기업집단 소속 계열회사와 계열회사의 임원 해당 법인이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 의한 기업집단에 속하는 법인인 경우 그 기업집단에 속한 다른 계열회사 및 계열회사의 임원은 해당 법인의 특수관계인으로 본다.
    사례  특수관계 판정 사례
    다음 자료로 A법인, B법인, C법인의 특수관계 여부를 판단하시오.

    해답
    - A법인과 B법인 : B법인은 지분율 1% 이상인 주주이므로 특수관계임.
    - B법인과 C법인 : B법인은 지분율 1% 이상인 주주이므로 특수관계임.
    - A법인과 C법인 : A법인의 입장에서 볼 때 C법인은 주주가 지배적인 영향력을 행사하는 법인이므로 특수관계이고, 쌍방관계에 따라 C법인의 입장에서 A법인도 특수관계임.
부당거래의 유형(법령 §88 ①)
구분 부당거래유형 중요성 기준
매매와 현물출자 ① 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입ㆍ현물출자받은 경우 ② 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 「법인세법 시행령」 제19조 제19호의 2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권4)을 행사 또는 지급에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외한다. 거래금액과 시가와의 차액이 3억원 이상 또는 시가의 5% 이상인 경우
용역제공ㆍ소비대차ㆍ임대차 ③ 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 다음 중 어느 하나에 해당하는 경우에는 부당행위로 보지 아니한다. (가) 「 법인세법 시행령」 제19조 제19호의 2 각목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권의 행사 또는 지급에 따라 금전을 제공한 경우 (나) 주주 등이나 출연자가 아닌 임원(소액주주임원 포함) 및 직원에게 사택(법 소정 임차사택5) 포함)을 제공하는 경우 (다) 연결납세방식을 적용받는 연결법인 간에 연결법인세액의 변동이 없는 등 다음의 요건을 모두 갖추어 용역을 제공하는 경우(2021.2.17. 이후 거래하는 분부터 적용함) 2021년 개정
(a) 용역의 거래가격에 따른 법 제76조의 8에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인 간에 연결법인세액의 변동이 없을 것. 이 경우 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사유로 연결법인세액의 변동이 있는 경우는 변동이 없는 것으로 본다.
「법인세법」 제76조의 14 제1항 제4호에 따른 연결 조정항목의 연결법인별 배분
㉡ 법인세 외의 세목의 손금산입
㉢ 그 밖에 가목 및 나목과 유사한 것으로서 그 영향이 경미하다고 기획재정부장관이 인정하는 사유
(b) 해당 용역의 착수일 등 용역을 제공하기 시작한 날이 속하는 사업연도부터 그 용역의 제공을 완료한 날이 속하는 사업연도까지 법 제76조의 8에 따른 연결납세방식을 적용하는 연결법인 간의 거래일 것
④ 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 높은 이율ㆍ요율이나 임차료로 차용하거나 제공을 받은 경우. 다만, 연결납세방식을 적용받는 연결법인 간에 연결법인세액의 변동이 없는 등 ‘③의 ㈐’의 요건을 갖추어 용역을 제공받은 경우는 제외한다.(2021.2.17. 이후 거래하는 분부터 적용함) 2021년 개정
자본거래 ⑤ 불균등증자에 의한 이익분여 : 법인의 자본을 증가시키는 거래에 있어서 신주(전환사채ㆍ신주인수권부사채 또는 교환사채 등 포함)를 배정ㆍ인수받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기(그 포기한 신주가 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제7항에 따른 모집방법으로 배정되는 경우 제외)하거나 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우 불균등증자에 의하여 법인이 특수관계인에게 이익을 분여한 경우 ⑥ 불균등감자로 인한 이익분여 : 법인의 감자에 있어서 주주 등의 소유주식 등의 비율에 의하지 아니하고 일부 주주 등의 주식 등을 소각하는 경우 ⑦ 불공정합병으로 인한 이익분여 : 특수관계인에 해당하는 법인 간의 불공정합병(분할합병 포함)에 의하여 법인이 특수관계인에게 이익을 분여한 경우. 다만,「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제165조의 4에 따라 합병(분할합병 포함)하는 경우는 제외한다. ⑧ 위 이외의 자본거래로서 증자ㆍ감자, 합병(분할합병 포함)ㆍ분할, 「상속세 및 증여세법」 제40조 제1항에 따른 전환사채 등에 의한 주식의 전환ㆍ인수ㆍ교환 등 법인의 자본(출자액 포함)을 증가시키거나 감소시키는 거래를 통하여 법인의 특수관계인에게 이익을 분여하였다고 인정되는 경우. 기획재정부령이 정하는 주식매수선택권의 행사에 따라 주식을 발행하는 경우는 제외한다. 발행가액(감자대가, 합병대가)과 시가와의 차액이 3억원 이상 또는 시가의 30% 이상인 경우(다만, 신주를 재배정하는 경우에는 중요성 기준 없음)
기타 부당거래 ⑨ 무수익자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우
⑩ 불량자산을 차환하거나 불량채권을 양수한 경우
⑪ 파생상품에 근거한 권리를 행사하지 아니하거나 그 행사기간을 조정하는 등의 방법으로 이익을 분여하는 경우⑫ 출연금 기타 비용 등을 부담한 경우 ⑬ 특수관계인인 법인 간 합병(분할합병 포함)ㆍ분할에 있어서 불공정한 비율로 합병ㆍ분할하여 합병ㆍ분할에 따른 양도손익을 감소시킨 경우. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제165조의 4에 따라 합병(분할합병 포함)하는 경우는 제외한다. ⑭ 그 밖에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우
중요성 기준 없음
4) 「법인세법 시행령」 제19조 제19호의 2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권 등이란 「상법」 제340조의 2, 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의 3 또는 「소재ㆍ부품ㆍ장비산업 경쟁력강화를 위한 특별조치법」 제56조에 따른 주식매수선택권 또는 금전을 부여받거나 지급받은 자에 대한 금액을 말한다. 다만, 해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10 범위에서 부여하거나 지급한 경우로 한정한다. 5) 법 소정 임차사택이란 법인이 직접 임차하여 임원 또는 직원에게 무상으로 제공하는 주택으로서 다음에 해당하는 경우를 제외하고는 임차기간 동안 직원 등이 거주하고 있는 주택을 말한다(법칙 §42의 3).
① 입주한 직원 등이 전근ㆍ퇴직 또는 이사한 후에 해당 법인의 직원 등 중에서 입주 희망자가 없는 경우
② 해당 임차사택의 계약 잔여기간이 1년 이하인 경우로서 주택임대인이 주택 임대차계약의 갱신을 거부하는 경우
부당거래 여부의 판정시기와 익금에 산입할 금액의 판정시기
부당거래 여부의 판정시기
부당행위계산의 부인 규정은 그 행위 당시를 기준으로 하여 법인과 특수관계인 간의 거래(특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래 포함)에 대하여 이를 적용한다. 다만, 불공정합병에 대한 부당행위계산의 부인 규정을 적용하는 경우 특수관계인 법인의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간에 의한다(법령 §88 ②).
특수관계인에게 자산을 양도한 경우 계약 체결시기와 양도시기가 다른 경우 부당행위계산에 해당하는지 여부는 그 대금을 확정짓는 거래 당시를 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2007두14978, 2010.5.13.).

I 특수관계 판정기준일 사례 I
거래유형 특수관계 판정기준일
임대차거래 임대차계약일 기준(법집 52-88-5)
주식양도거래 거래가액이 매매계약일 현재 확정된 경우 매매계약일 기준(법집 52-88-5)
주식매수선택권 행사 주식매수선택권 부여 당시 기준*(대법원2010두1484, 2010.5.27.) * 미공개 내부정보로 인하여 단기간 내에 주가가 상승할 것이 예상되는 경우임에도 이를 반영하지 아니한 채 행사가격을 약정하였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 부당행위계산의 부인대상이 될 수 있음.
익금에 산입할 금액의 판정시기
「법인세법」은 부당행위에 해당하는 경우 익금에 산입할 금액의 산정의 기준시기에 대한 규정을 두고 있지 않다. 그러나 대법원은 자산의 매매 시 부당행위계산의 부인에 따라 익금에 산입할 금액은 특별한 사정이 없는 한 자산의 취득시기를 기준으로 한다고 판결하였다(대법원 2007두14978, 2010.5.13.; 대법원88누5273, 1989.6.13.).
시가의 입증책임
「법인세법」의 부당행위계산의 부인은 부당거래를 판정하는 기준으로 시가를 사용한다. 시가의 입증책임은 과세관청에게 있다(대법원2003두12493, 2004.10.27.; 대법원 86누378, 1987.4.14.).
부당행위계산의 부인의 중요성 기준
부당행위계산의 부인 규정을 적용할 때 시가를 산정하는 데 어려움이 있다. 이에 따라 매매ㆍ현물출자ㆍ용역제공ㆍ소비대차ㆍ임대차(앞의 부당거래 유형에 관한 도표의 ①∼④의 거래) 및 이에 준하는 거래는 중요성 기준에 해당하지 않으면 부당거래로 보지 아니한다(법령 §88 ③). 자본거래는 별도의 중요성 기준을 두고 있고, 그 밖의 거래(⑨∼⑭)는 중요성에 관계없이 무조건 부당거래로 본다.
[중요성 기준] ①과 ② 중 어느 하나에 해당하는 경우
① 금액기준 : 시가와 거래금액의 차액 ≥ 3억원
② 비율기준 : ( 시가와 거래금액과의 차액 / 시가 ) ≥ 5%
상장주식은 시가산정의 어려움이 없으므로 중요성 기준을 두고 있지 않다(법령 §88 ④). 따라서 주권상장법인이 발행한 주식을 거래한 경우에는 시가와 거래금액의 차이가 중요하지 않은 경우에도 부당행위로 본다(법령 §88 ④).
부당거래 판정기준
부당행위계산의 부인 규정을 적용할 때 건전한 사회통념 및 상관행과 시가를 기준으로 부당거래 여부를 판단한다. 시가란 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것 포함)을 말한다(법법 §52 ②).
일반적인 시가산정방법
시가란 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다. 다만, 주권상장법인이 발행한 주식을 다음 중 어느 하나에 해당하는 방법으로 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조의 2 제2항에 따른 거래소(이하 “거래소”라 한다) 최종시세가액(거래소 휴장 중에 거래한 경우에는 그 거래일의 직전 최종시세가액)으로 하며, 사실상 경영권의 이전이 수반되는 경우6) 에는 「상속세 및 증여세법」 제63조 제3항을 준용하여 그 가액의 20%를 가산한다(법령 §89 ①).(2021.2.17. 이후 거래하는 분부터 적용함). 2021년 개정 ① 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조의 2 제4항 제1호에 따른 증권시장 외에서 거래하는 방법 ② 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제393조에 따른 거래소의 증권시장업무규정에서 일정 수량 또는 금액 이상의 요건을 충족하는 경우에 한정하여 매매가 성립하는 거래방법 6) “사실상 경영권의 이전이 수반되는 경우”란 다음 중 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다(법칙 §42의 6 ①).
① 「상속세 및 증여세법」 제63조 제3항에 따른 최대주주 또는 최대출자자가 변경되는 경우
② 「상속세 및 증여세법」 제63조 제3항에 따른 최대주주등 간의 거래에서 주식등의 보유비율이 1% 이상 변동되는 경우
시가가 불분명한 경우의 시가 판단
시가가 불분명한 경우에는 다음의 순서로 시가를 판정한다(법령 §89 ②). ① 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인 등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등 및 가상자산은 제외한다. 「상법」 제298조에 따라 법원이 선임한 검사인은「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 의한 감정평가법인 등이 아니므로 법원검사인의 감정가액은 시가로 보지 아니한다(법집 52-89-1 ③). ② 「상속세 및 증여세법」 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의 2ㆍ제39조의 3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액7) 7) 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가할 때 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때 “직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 “직전 6개월”로 본다(법령 §89 ② 2호).
구분 시가판정순서
주식 ① 시가 → ② 상증세법상 평가액
위 이외의 자산 ① 시가 → ② 감정평가법인의 감정가액 → ③ 상증세법상 평가액
상기의 규정을 적용할 수 없는 경우 임대차와 용역제공의 경우의 시가
자산(금전은 제외한다) 또는 용역을 제공할 때 ‘(1)과 (2)’를 적용할 수 없는 경우에는 다음에 따라 계산한 금액을 시가로 한다(법령 §89 ④).

  • 1) 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우
    (자산의 시가 × 50% - 전세금ㆍ임대보증금) × 정기예금이자율* ×  임대일수
    365(윤년(366)
    * 정기예금이자율은 연 1.2%를 말한다(법칙 §6).[2021.1.1. 전에 개시한 사업연도분에 대해서는 규칙 제6조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정(연 1.8%)에 따름] 2021년 개정
  • 2) 건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우
    해당 용역원가(직접비 및 간접비를 포함함) + 용역원가 × 수익률*
    * 수익률이란 해당 사업연도 중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간의 일반적인 용역제공거래를 할 때의 수익률 (기업회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 말한다(법령 §89 ④ 2호). 2021년 개정
    수익률 = ( 매출액 - 원가 ) / 원가
금전의 대여 및 차입의 시가
☞ 월간조세 2021년 1월호 법인의 가지급금 관련 세무 참조할 것
자산의 매매에 대한 부당행위계산의 부인과 기부금의제 규정의 비교
법인이 자산을 시가보다 저가로 양도하거나 시가보다 고가로 매매하는 경우 그 거래상대방이 특수관계인인 경우에는 부당행위계산의 부인 규정을 적용하고, 특수관계인이 아닌 경우에는 기부금의제 규정을 적용한다. 부당행위계산의 부인 규정과 기부금의제 규정을 비교하면 다음과 같다.
구분 부당행위계산의 부인 기부금의제
규정 법인세법 제52조 법인세법 시행령 제35조
거래상대방 특수관계인인 경우 특수관계인이 아닌 경우
중요성 기준 시가와 거래금액의 차액이 3억원 이상이거나 시가 대비 5% 이상인 경우 시가와 거래금액의 차액이 시가 대비 30% 이상인 경우
세무조정 시가와의 거래금액과의 차액을 부당행위계산의 부인으로 보아 세무조정 정상가액(시가의 70%부터 130%까지의 가액)을 벗어난 금액을 기부금으로 보아 세무조정
거래상대방에 대한 과세 배당, 상여, 기타소득으로 소득처분된 경우 소득세와 지방소득세 과세 일정한 요건에 해당하면 「상속세 및 증여세법」 제35조에 따라 증여세 과세
양도소득세와 종합소득세의 이중과세조정
개인이 특수관계인 법인에게 자산을 고가로 양도한 경우의 이중과세조정
개인이 특수관계인 법인(외국법인 포함)에게 자산을 고가로 양도한 경우로서 양도자에게 배당ㆍ상여ㆍ기타소득으로 처분된 금액이 있는 경우에는 양도소득세 계산 시 시가를 양도가액으로 한다(소법 §96 ③). 배당 등으로 소득처분된 금액에는 종합소득세가 과세되므로 그 부분이 다시 양도소득에 포함되어 양도소득세가 다시 과세되는 것을 방지하기 위하여 시가(실제양도가액 - 배당ㆍ상여ㆍ기타소득으로 처분된 금액)를 양도가액으로 보는 것이다.

I 개인이 특수관계인 법인에게 고가로 양도한 경우의 이중과세 조정 사례 I
개인이 특수관계인 법인으로부터 자산을 저가로 양수한 경우의 이중과세조정
개인이 특수관계인 법인(외국법인 포함)으로부터 자산을 시가보다 저가로 매입한 경우로서 양수자에게 상여ㆍ배당ㆍ기타소득으로 처분된 금액이 있으면 그 개인이 저가로 매입한 자산을 양도하여 양도소득세를 계산하는 경우 실제취득가액에 상여ㆍ배당ㆍ기타소득으로 처분된 금액을 더한 금액을 취득가액으로 한다(소령 §163 ⑩ 2호). 저가매입 시 소득세가 과세된 금액이 자산 양도 시 다시 양도소득에 포함되어 이중과세되는 것을 방지하기 위하여 실제취득가액에 저가매입 시 배당 등으로 소득처분된 금액을 더한 금액을 양도소득세 계산 시 취득가액으로 보는 것이다.

I 개인이 특수관계인 법인으로부터의 자산을 저가로 매입한 경우의 이중과세 조정 사례 I
부당행위계산의 부인 사례
자산의 저가양도의 경우 부당행위계산의 부인 사례
㈜甲이 대표이사 乙에게 토지(장부가액 8억원)를 장부가액에 양도하고 다음과 같이 회계처리하였다.
(차) 현 금  8억원        (대) 토 지  8억원
토지의 시가는 불분명하나, 감정평가법인의 감정가액은 10억원이고, 개별공시지가는 9억원이다. 이 자료로 ㈜甲에 대한 세무조정을 하시오.

해답
  • (1) 부당행위계산의 부인 요건 검토 (가) 특수관계 여부 : 법인과 대표이사는 특수관계 → 충족
    (나) 부당행위 여부
    ⓐ 양도가액 : 8억원
    ⓑ 시가 : 10억원
    ⓒ 비율기준 : = 20%(중요)
  • (2) ㈜甲의 세무조정
    익금산입 및 손금불산입 손금산입 및 익금불산입
    과목 금액 소득처분 과목 금액 소득처분
    저가양도 2억원 상여
자산의 고가매입의 경우 부당행위계산의 부인 사례
㈜甲과 개인주주 乙(지분율 5%)의 다음 자료를 참고로 ㈜甲에 대한 세무조정을 하시오.
1) ㈜甲은 제21기 사업연도(1.1~12.31.) 초에 개인주주 乙로부터 시가 7억원인 건물을 10억원에 매입하고 다음과 같이 회계처리하였다.
(차) 건 물  10억원        (대) 현 금  10억원

2) ㈜甲은 제21기 사업연도 말에 건물에 대한 신고내용연수 10년을 적용하여 1억원의 감가상각비를 계상하였다.
(차) 감 가 상 각 비  1억원        (대) 감가상각누계액  1억원

해답
  • (1) 부당행위계산의 부인 요건 검토 (가) 특수관계 여부 : ㈜甲과 지분율이 5%인 개인주주는 특수관계 → 충족
    (나) 부당행위 여부
    ⓐ 시가 : 7억원
    ⓑ 매입가액 : 10억원
    ⓒ 차이 : 3억원 → 중요성 요건 충족
  • (2) ㈜甲의 세무조정
    익금산입 및 손금불산입 손금산입 및 익금불산입
    과목 금액 소득처분 과목 금액 소득처분
    고가매입 300,000,000 배당 건물 300,000,000 유보
    건물 30,000,000* 유보
    * 건물의 감가상각비 부인 : 감가상각비 × ( ∆유보/취득가액) = 1억원 × ( 3억원/10억원) = 30,000,000
저가임대의 경우 부당행위계산의 부인 사례
㈜甲이 주주인 개인 乙(지분율 30%)에게 상가를 임대하고 있다. 상가의 임대조건은 다음과 같으며, 임대료의 시가는 불분명하다.
1) 임대기간 : 2021.1.1.∼2021.12.31.
2) 건물의 시가 : 임대계약일의 시가는 불분명하나, 감정평가법인의 감정가액은 10억원이며, 국세청장의 고시가격은 7억원이다.
3) 乙은 해당 상가에서 빙수전문점을 하고 있으며, 장부를 기장하여 계산한 소득으로 종합소득세를 신고하고 있다.
4) 임대보증금 : 2억원
5) 월임대료 : 200,000원(매월 말 지급 약정)
6) 기획재정부령이 정하는 정기예금이자율 : 1.2% ㈜甲의 제21기 사업연도(2021.1.1.~2021.12.31.)에 임대료 2,400,000원을 수익으로 계상한 경우 ㈜甲의 세무조정을 하시오.
해답
  • (1) 부당행위계산의 부인 요건 검토 (가) 특수관계 여부 : 乙은 지분율이 1% 이상이므로 ㈜甲과 특수관계임.
    (나) 부당행위 여부
    ⓐ 적정임대료
    (자산의 시가 × 50% - 전세금ㆍ임대보증금) × 정기예금이자율 × (임대일수/365)
    = (10억원 × 50% - 2억원) × 1.2% × (365/365)
    = 3,600,000
    ⓑ 실제 임대료 : 2,400,000
    ⓒ 차이 : 1,200,000 → = 33%(중요성 기준 충족)
  • (2) 세무조정
    익금산입 및 손금불산입 손금산입 및 익금불산입
    과목 금액 소득처분 과목 금액 소득처분
    저가임대료 1,200,000 기타사외유출

    기타사외유출로 소득처분하는 이유 乙이 임대료를 적정임대료 3,600,000원보다 1,200,000원 적게 지급하였으므로 그 만큼 사업소득의 필요경비를 적게 계상하였고, 이에 따라 사업소득이 증가하였을 것이다. 저가임대료 1,200,000원은 사업소득에 포함되어 과세되므로 이중과세를 방지하기 위하여 기타사외유출로 소득처분한다.
저가 용역 제공의 경우 부당행위계산의 부인 사례
㈜갑이 제21기 사업연도(2021.1.1.∼2021.12.31.)에 대주주(지분율 60%)가 30%를 출자한 내국영리법인에 용역을 제공하고 용역대가 12억원을 매출로, 용역원가 10억원을 공사원가로 회계처리하였다.
해당 건설용역의 시가는 불분명하나, 제21기 사업연도에 특수관계 없는 자에게 제공한 유사용역의 기업회계기준에 따른 매출과 매출원가의 내역은 다음과 같다.
이 자료로 ㈜갑에 대한 세무조정을 하시오. 다만, 특수관계인이 아닌 제3자 간의 일반적인 용역제공거래를 할 때의 수익률은 확인되지 아니한다.

해답
  • (1) 부당행위계산의 부인 요건 검토 ① 특수관계 여부 : 법인과 그 법인의 주주(지분율 1% 이상)가 중대한 영향력을 행사(지분율 30% 이상)하는 다른 법인은 특수관계임. ② 부당행위계산의 부인대상 여부
    (가) 용역의 시가
    시가 = 용역의 원가 + 용역의 원가 × 수익률
    = 10억원 + 10억원 × (30억원/100억원) = 13억원
    (나) 실제용역대가 : 12억원
    (다) 차이 : 1억원 → (1억원/13억원) = 7.6%(중요성 요건 충족)
  • (2) ㈜甲의 세무조정
    익금산입 및 손금불산입 손금산입 및 익금불산입
    과목 금액 소득처분 과목 금액 소득처분
    저가제공 1억원 기타사외유출*
    * 저가제공이익이 내국영리법인의 각 사업연도 소득을 구성하므로 기타사외유출로 소득처분한다.



최신 실무해설