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재경실무

공장을 매각하는 경우 비사업용토지로 토지양도소득에 대한 법인세를 추가 납부하여야 하는지? 외

BY 택스넷    2021.04.07
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1. 공장을 매각하는 경우 비사업용토지로 토지양도소득에 대한 법인세를 추가 납부하여야 하는지?
  • Q 지방 중소법인입니다. 경락받은 공장에서 1년 동안 제조업을 영위하다가, 경기악화로 경락받은 토지건물(공장)을 바로 타인에게 매각하는 경우, 비사업용토지로 토지양도소득에 대한 법인세를 추가 납부하여야 하는지?
  • A 토지등 양도소득의 과세특례는 주택과 비사업용토지를 그 대상으로 하는 것으로 “공장건물”은 토지등 양도소득 과세특례 대상에 해당하지 않아 법인세의 추가납부 대상이 아닌 것입니다.
    공장건물의 “부수토지”는 토지 소유기간이 3년 미만인 경우 토지의 보유기간 중 40% 이상 사용하였다면 사업용토지에 해당하는 것으로서 경락받은 공장에서 제조업으로 1년 동안 영위하다가 공장을 매각하는 경우는 “사업용토지”로서 토지등 양도소득에 대한 법인세 납부대상이 아닙니다.
  • 관련예규
  • 법인이 공장건축물 및 법인세법 시행령 제92조의 3 규정의 기간 동안 지방세법 제182조 제1항 제3호의 규정에 의한 재산세 분리과세대상인 부속토지를 보유하다가 그중 일부 토지를 양도하는 경우 법인세법 제55조의 2 제1항 제3호 규정의 비사업용토지로 보지 않는 것임[법인, (법인세과-3261, 2008.11.05.)].
관련법령
  • 법인세법 제55조의 2 【토지등 양도소득에 대한 과세특례】
    • 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 「소득세법」 제88조 제9호에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의 2에서 “토지등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그중 가장 높은 세액을 적용한다.
      • 3. 비사업용토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액
  • 법인세법시행령 제92조의 3 【비사업용토지의 기간기준】
    법 제55조의 2 제2항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.
    • 3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.
      • 가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간
      • 나. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.
2. 미국법인이 직원을 파견하여 국내에서 인적용역을 제공하는 경우 원천징수를 해야 하는지?
  • Q 당사는 미국법인과 설계 관련 자문용역 계약을 체결하였습니다. 해당 용역은 미국법인이 통상적으로 제공하는 ‘인적용역’으로 판단되며 용역수행 방식은 해당 미국법인의 직원 2명이 3개월 단위로 번갈아 입출국하여 역무를 수행합니다. 용역수행 장소는 국내의 당사 사무실이며, 수행기간은 약 1년입니다.
    미국과의 조세조약에 의하면 인적용역의 경우 ‘사업소득’으로 보고 국내사업장이 없는 경우에는 과세하지 않는 것으로 알고 있습니다. 그런데 국내에 고정시설을 보유하지 않지만 용역을 제공하는 기간이 6개월을 초과하는 경우에는 국내 고정사업장이 있는 것으로 보는 것인지? 국내 고정사업장이 있다고 본다면 외국법인이 사업자등록을 하지 않은 경우 원천징수해야 하는지?
  • A 미국법인이 직원을 국내에 파견하여 국내법인이 제공한 장소에서 총 6개월을 초과하는 기간 동안 계속적, 반복적으로 국내에서 사업의 전부 또는 일부를 수행하는 장소는 법인세법 제94조 및 「한ㆍ미 조세협약」 제8조 규정에 따라 미국법인이 국내에 고정사업장을 보유한 것에 해당합니다.
    외국법인이 제공한 용역이 국내 고정사업장을 두고 국내 고정사업장에 귀속되거나 실질적으로 관련되는 경우에는 ‘사업소득’에 해당하는 것입니다.
    국내에 고정사업장을 가진 것에 해당되는 경우, 미국법인은 사업자등록을 해야 할 의무가 있으며 국내기업으로부터 받는 대가에 대하여 부가가치세, 법인세 등의 신고의무가 있는 것입니다. 다만, 외국법인이 국내에서 통상적인 전문지식 또는 전문기술을 활용하여 전문적 용역을 제공하고 그에 따른 결과보증 및 대가지급도 통상적인 인적용역을 제공한 경우로서 「법인세법」 제93조 제6호에 따른 소득으로 국내 고정사업장이 있음에도 사업자등록을 하지 않았다면 국내에서 대가를 지급하는 자는 「법인세법」 제98조 제8항에 따라 조세조약에 불구하고 국내에서 대가지급 시 해당 연도 지급총액의 20%(지방소득세 별도)를 원천징수하여 신고ㆍ납부하는 것입니다. 다만, 외국법인이 국내 사업장을 「법인세법」 제111조에 따라 사업자 등록을 한 경우에는 국내 사업자 간의 거래로 원천징수가 아닌 「부가가치세법」에 따른 세금계산서 등을 수취하여야 합니다.
  • 관련예규
  • 「국제조세조정에 관한 법률」 제28조에서 외국법인의 국내원천소득의 소득구분에 있어서는 「법인세법」 제93조의 규정에 불구하고 조세조약의 규정이 우선하여 적용됨을 규정하고 있으므로 미국법인이 소속 직원을 통하여 국내에서 「법인세법」 제93조 제6호의 해당하는 인적용역을 제공하고 지급받는 대가는 「한ㆍ미 조세협약」 제8조 및 제18조의 규정에 의하여 사업소득으로 구분되는 것으로 미국법인이 사업자등록을 하지 아니한 경우에도 「법인세법」 제98조 제7항의 규정은 적용되지 아니하는 것입니다[국조, (서면2팀-762, 2007.04.27.)].
  • 일본법인이 일본법인의 고용인을 통하여 용역의 제공이 계속되는 12월의 기간 중 합계 6월을 초과하는 기간 동안 내국법인에게 용역을 제공하는 경우, 동 용역의 수행장소는 「법인세법」 제94조 제2항 제5호의 규정에 의하여 일본법인의 국내 고정사업장에 해당되는 것이며, 당해 외국법인 국내사업장은 「법인세법」 제111조의 규정에 따라 사업자등록을 하고 관련 법인제세 및 부가가치세 등을 신고, 납부하여야 하는 것입니다[국조, (서면2팀-308, 2005.02.18.)].
관련법령
  • 법인세법 제93조 【외국법인의 국내원천소득】
    외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.
    • 6. 국내원천 인적용역소득 : 국내에서 대통령령으로 정하는 인적용역을 제공함으로써 발생하는 소득(국외에서 제공하는 인적용역 중 대통령령으로 정하는 인적용역을 제공함으로써 발생하는 소득이 조세조약에 따라 국내에서 발생하는 것으로 간주되는 소득을 포함한다). 이 경우 그 인적용역을 제공받는 자가 인적용역의 제공과 관련하여 항공료 등 대통령령으로 정하는 비용을 부담하는 경우에는 그 비용을 제외한 금액을 말한다.
  • 법인세법 제94조 【외국법인의 국내사업장】
    • 외국법인이 국내에 사업의 전부 또는 일부를 수행하는 고정된 장소를 가지고 있는 경우에는 국내사업장이 있는 것으로 한다.
    • 제1항에 따른 국내사업장에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 장소를 포함하는 것으로 한다.
      • 5. 고용인을 통하여 용역을 제공하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당되는 장소
        • 가. 용역의 제공이 계속되는 12개월 중 총 6개월을 초과하는 기간 동안 용역이 수행되는 장소
        • 나. 용역의 제공이 계속되는 12개월 중 총 6개월을 초과하지 아니하는 경우로서 유사한 종류의 용역이 2년 이상 계속적ㆍ반복적으로 수행되는 장소
  • 법인세법 제98조 【외국법인에 대한 원천징수 또는 징수의 특례】
    • 외국법인에 건축, 건설, 기계장치 등의 설치ㆍ조립, 그 밖의 작업이나 그 작업의 지휘ㆍ감독 등에 관한 용역을 제공함으로써 발생하는 국내원천소득 또는 제93조 제6호에 따라 인적용역을 제공함에 따른 국내원천소득(조세조약에서 사업소득으로 구분하는 경우를 포함한다)의 금액을 지급하는 자는 그 소득이 국내사업장에 귀속되는 경우에도 제1항에 따른 원천징수를 하여야 한다. 다만, 그 국내사업장이 제111조에 따라 사업자등록을 한 경우는 제외한다.
  • 한ㆍ미 조세협약 제8조 【사업소득】
    • (1) 일방 체약국의 거주자의 산업상 또는 상업상의 이윤은, 그 거주자가 타방체약국에 소재하는 고정사업장을 통하여 동 타방 체약국내에서 산업상 또는 상업상의 활동에 종사하지 아니하는 한, 동 타방 체약국에 의한 조세로부터 면제된다. 동 거주자가 산업상 또는 상업상의 이윤에 대하여 동 타방 체약국이 과세할 수 있으나, 고정사업장에 귀속되는 동 이윤에 대해서만 과세된다.
3. 대표자에게 인정상여로 처분된 소득에 대한 소득세를 대납한 경우 세무처리는?
  • Q 대표자에 인정상여로 처분된 소득에 대하여 소득세 납부할 금액이 발생하여, 회사에서 대납하고 매월급여에서 분할징수를 해야 하는데, 회사 사정으로 공제를 하지 않았습니다. 여기서 발생하는 세무적인 문제사항이 있는지?
  • A 대표가 납부해야 할 근로소득세를 법인이 대납하고 분할 징수하는 경우 다음과 같이 처리합니다.
    첫째, 대납 시 손비로 처리하였다면 손금불산입하고 상여처분하는 것입니다.
    둘째, 대납 시 대여금 처리하였다면 업무무관가지급금으로 보아 지급이자 손금불산입 및 인정이자 계산하고, 특수관계 소멸 시까지 회수하지 않는다면 익금산입하고 상여로 처분하는 것입니다.
    「법인세법」에 따라 처분되는 인정상여에 대하여는 법인세 신고일에 지급한 것으로 보아 연말정산을 다시 하여 소득세를 원천징수하고 다음 달 10일까지 원천세 신고하는 것이며 법인세 신고일 전에 확정된 경우라면 실무상 연말정산할 때 인정상여로 총 소득에 포함해도 되는 것입니다. 즉, 12월말 결산법인인 경우로서 2020년 귀속 법인세 신고 시 소득처분된 상여에 대한 원천징수 시 [2021년 2월 귀속 2021년 3월 지급]으로 하여 2021년 4월 10일까지 원천징수신고 및 납부를 하여야 하며 근로소득지급명세서(수정)분도 2021년 4월 10일까지 제출하여야 하는 것입니다.
관련법령
  • 법인세법기본통칙 19의 2-19의 2…4 【원천세대납액의 대손처리】
    영 제106조 제1항 제1호 본문에 따라 특수관계자에게 처분된 소득에 대한 소득세대납액을 가지급금 등으로 계상한 경우 대손금으로 처리할 수 없다. 이 경우 해당 소득세대납액을 정당한 사유없이 회수하지 아니하는 때에는 4-0…6에 따라 그 특수관계자에게 소득처분한다.
  • 법인세법기본통칙 135-192…3 【인정상여에 대한 연말정산】
    「법인세법 시행령」 제106조의 규정에 의하여 처분되는 상여에 대하여 원천징수할 소득세는 당해 과세기간에 귀속한 동 상여 외의 근로소득과 합산하여 법 제137조 또는 제138조의 규정에 의하여 연말정산을 다시 하여야 한다.
  • 소득세법 제20조 【근로소득】
    • 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
      • 3. 「법인세법」에 따라 상여로 처분된 금액
  • 소득세법집행기준 135-0-1 【근로소득 원천징수시기에 대한 특례】
    • 「법인세법」 제67조에 따라 상여로 소득처분되는 경우에는 다음에 따른 날에 지급한 것으로 보아 원천징수한다.
      • 1. 법인세 과세표준을 결정 또는 경정하는 경우 : 소득금액변동통지서를 받은 날
      • 2. 법인세 과세표준을 신고하는 경우 : 그 신고일 또는 수정신고일
4. 법인의 임원이 직원이 아닌 대표자의 자녀에게 주식 양도 시 특수관계인 해당 여부는?
  • Q 법인 임원 C가 D(법인대표 A와 특수관계인)에게 상기 비상장주식 2,000주를 액면가(시가 1주당 2만원)로 양도하고자 합니다. 이 경우 C와 D는 「소득세법」(양도소득의 부당행위계산)상 특수관계자인지, C와 D는 「상속세 및 증여세법」(저가고가 양도에 따른 이익의 증여)상 특수관계자인지?
    비상장법인 주주현황

    A : 법인 대표자 5,000주(50%)
    B : 법인 임원(이사) 3,000주(30%)
    C : 법인 임원(감사) 2,000주(20%)
    D : A의 자녀 - 법인에 근무하지 않음 0주(0%)
  • A 1) 양도소득세 계산 시 양도가액은 실지거래가액으로 산정하는 것이나, 특수관계자에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때(시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우 한함)에는 시가를 양도가액으로 하여 양도소득세를 과세합니다.
    양도소득 ‘부당행위계산부인’을 적용함에 있어 ‘특수관계자의 범위’는 「국세기본법 시행령」 제1조의 2 제1항 “혈족ㆍ인척 등의 친족관계”, 제2항 “임원ㆍ사용인 등의 경제적 연관관계”, 제3항 제1호 “주주ㆍ출자자 등 경영지배관계”에 따른 특수관계자를 말하는 것으로 정의하고 있습니다.
    감사 C가 대주주 A의 자녀인 D에게 주식을 양도하는 경우, C와 D가 친인척 관계가 아니고, 아래의 관계에 해당되지 않는 경우에는 C와 D는 「소득세법」상 특수관계인에 해당되지 않습니다.
     ① 임원과 그 밖의 사용인
     ② 본인의 금전이나 그 밖의 재산으로 생계를 유지하는 자
     ③ 위 ①, ②의 자와 생계를 함께하는 친족
    ①에서 ‘사용인’은 법인의 사용인을 말하는 것이 아닌 주주 개인에게 고용된 사용인을 말합니다.

    2) 「상속세 및 증여세법」상 고저가 양도에 따른 ‘이익의 증여’에서 규정하고 있는 ‘특수관계인’은 동법 시행령 제2조의 2에 따라 판단하는 것이며, 직원과 직원 또는 주주와 주주가 친족이 아니더라도 주주 1인과 특수관계인이 30% 이상 출자하여 지배하고 있는 법인의 ‘사용인’은 동법 시행령 제2조의 2 제1항 제2호의 규정에 의한 ‘사용인’으로서 특수관계가 성립하는 것입니다.
    이 경우 특수관계는 일방 또는 다른 일방의 입장에서 관계가 성립하면 특수관계가 성립됩니다.
    특수관계인 판정 시 ‘사용인’이라 함은 출자에 의하여 지배하고 있는 ‘법인의 사용인’을 포함하는 것이며, 「상속세 및 증여세법 시행령」 제2조의2 제2항의 규정에 의한 사용인으로서 임원, 상업사용인, 그 밖에 고용계약관계에 있는 자를 말하며, ‘임원’이라 함은 동법 시행령 제12조의 2 제1항 제3호의 규정에 의하여 「법인세법 시행령」 제20조 제1항 제4호의 규정에 의한 임원과 퇴직 후 3년이 지나지 않은 임원이었던 사람으로서 사외이사가 아니었던 사람을 말하는 것입니다.
    감사 C는 D(대표이사 자녀)와 그 특수관계인 A가 30% 이상 출자에 의하여 지배하고 있는 법인의 ‘사용인’에 해당되므로 C와 D는 「상속세 및 증여세법」상 ‘특수관계’가 성립되는 것입니다.
  • 관련예규
  • 「상속세 및 증여세법」 제35조(저가ㆍ고가양도에 따른 이익의 증여 등)의 규정을 적용할 때, 주주 1인 및 그와 특수관계에 있는 자가 30% 이상 출자하여 지배하고 있는 법인의 사용인은 당해 주주 등의 사용인으로서 특수관계에 있는 것입니다[상증, (서면4팀-1165, 2005.07.08.)].
관련법령
  • 상속세및증여세법시행령 제2조의 2 【특수관계인의 범위】
    • 법 제2조 제10호에서 “본인과 친족관계, 경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자”란 본인과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.
      • 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자
        • 가. 본인이 개인인 경우 : 본인이 직접 또는 본인과 제1호에 해당하는 관계에 있는 자가 임원에 대한 임면권의 행사 및 사업방침의 결정 등을 통하여 그 경영에 관하여 사실상의 영향력을 행사하고 있는 기획재정부령으로 정하는 기업집단의 소속 기업[해당 기업의 임원(「법인세법 시행령」 제40조 제1항에 따른 임원을 말한다. 이하 같다)과 퇴직 후 3년(해당 기업이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조에 따른 공시대상기업집단에 소속된 경우는 5년)이 지나지 않은 사람(이하 “퇴직임원”이라 한다)을 포함한다]
      • 6. 본인, 제1호부터 제5호까지의 자 또는 본인과 제1호부터 제5호까지의 자가 공동으로 발행주식총수 또는 출자총액(이하 “발행주식총수등”이라 한다)의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인
    • 제1항 제2호에서 “사용인”이란 임원, 상업사용인, 그 밖에 고용계약관계에 있는 자를 말한다.
    • 제1항 제2호 및 제39조 제1항 제5호에서 “출자에 의하여 지배하고 있는 법인”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.
      • 1. 제1항 제6호에 해당하는 법인
      • 2. 제1항 제7호에 해당하는 법인
      • 3. 제1항 제1호부터 제7호까지에 해당하는 자가 발행주식총수등의 100분의 50 이상을 출자하고 있는 법인
5. 고용유지 지원금은 중소기업특별세액감면대상 소득에 해당하는지?
  • Q 당사는 제조업을 영위하는 중소기업으로, 2020년 코로나로 인한 고용유지 지원금을 받았습니다.
    코로나로 인해 직원 감축을 하지 않고 고용을 유지하는 기업체에 지원하는 고용유지 지원금은 소득 구분에서 감면대상 소득에 포함되어 감면을 받을 수 있는지?
    전력비, 전력기금을 따로 구분하지 않고 포함해 세금계산서를 발급할 수 있는지, 만약 따로 구분하여야 한다면 전력기금과 상하수도요금을 합해서 계산서를 발급해도 아무 문제가 없는지?
  • A 일자리 안정자금 지원금은 국고보조금의 성격으로서 해당 법인은 영업외수익으로 익금산입하여야 하는 것이고, 이 금액은 근로자 인건비의 보조금 성격으로 해당 사업과 관련있는 사업으로 보아 해당 사업이 감면대상 사업이라면 감면대상 소득으로 보아야 한다는 심판사례가 있으나, 국세청은 국가로부터 지원받는 일자리창출지원금, 전문인력지원금은 감면대상 소득에 해당하지 않는다고 해석하고 있으므로 경영난 속에서도 감원 대신 휴직이나 일시휴업으로 고용을 계속 유지하는 기업체에 지원하는 고용유지 지원금의 경우 감면대상 소득에 해당하지 않는 것입니다.
  • 관련예규
  • 「사회적기업 육성법」에 따라 사회적기업으로 인증받은 내국법인이 국가 등으로부터 지원받는 일자리창출지원금, 전문인력지원금 등은 「조세특례제한법」 제85조의 6 제1항의 법인세가 감면되는 “해당사업에서 발생한 소득”에 해당되지 않는 것임[법인, (서면법인-1768, 2020.11.09.)[법인세과-4028]].
  • 「장애인고용촉진 및 직업재활법」에 따라 장애인 표준사업장으로 인증받은 내국법인이 국가 등으로부터 지원받는 장애인 고용장려금, 장애인 고용관리비용 등은 「조세특례제한법」 제85조의 6 제1항의 법인세가 감면되는 “해당사업에서 발생한 소득”에 해당되지 않는 것임[조특, (서면법인-778, 2020.08.26.)[법인세과-3076]].
  • 청구법인이 「사회적기업 육성법」에 따라 수령하여 해당 사업의 인건비로 사용한 쟁점고용지원금은 「조세특례제한법」 제85조의 6 제1항의 법인세 감면소득으로 보는 것이 타당함[법인, (조심2017중2515, 2017.07.26.)].
관련법령
  • 조세특례제한법 제85조의 6 【사회적기업 및 장애인 표준사업장에 대한 법인세 등의 감면】
    • 「사회적기업 육성법」 제2조 제1호에 따라 2022년 12월 31일까지 사회적기업으로 인증받은 내국인은 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(인증을 받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 법인세 또는 소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.



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