「신탁법」에 의한 신탁으로 소유권이 이전된 토지에 이후 지목변경이 있는 경우 중과세 납세의무자가 위탁자인지 아니면 수탁자인지가 문제가 된다. 이에 대해 대법원은 「신탁법」에 의한 신탁으로 수탁자에게 소유권이 이전된 토지에 있어 「지방세법」 제7조 제4항이 규정한 지목변경에 대한 취득세 납세의무자는 수탁자로 봄이 타당하고, 위탁자가 토지의 지목을 사실상 변경하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다[(대법원2010두2395, 2012.6.14.) 참조]라고 판시하고 있다.¹⁾ 이러한 판례 등에 의하여 신탁재산에 대한 지목변경 시 납세의무자는 수탁자이다(「지방세법 운영예규」 7－8)라고 해석하고 있다.

토지나 건축물을 취득한 후 5년 이내에 해당 토지나 건축물이 사치성 재산(예 : 회원제 골프장)에 해당되는 경우 그 취득자에게 취득세 중과세율을 적용하는 것인 바, 비록 신탁계약으로 수탁자에게 명의가 이전된 후에 사치성 재산으로 지목이 변경되었다고 하더라도 수탁자의 경우 형식적인 취득자로서 취득세를 비과세하고 있는 점에 비추어 볼 때 해당 토지의 실질적인 소유자는 여전히 위탁자라고 할 것인 점, 지목변경에 따른 중과세율 적용과 같이 수탁자를 납세의무자로 볼 경우 ‘취득한 후 5년 이내’를 수탁일부터 다시 기산하게 되므로 과도하게 연장되는 한편, 수탁자는 비과세 대상으로 중과세하려는 입법취지가 훼손될 우려가 있는 점, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 허용된다고 할 것[(대법원2007두4438, 2008.02.15.) 참조]인 점 등을 종합적으로 고려해 볼 때 해당 토지의 실질적인 소유자인 위탁자를 취득세 중과세율 적용대상으로 봄이 타당하다(지방세운영과-3622, 2012.11.11.)라고 해석한 바 있었다.

과세관청은 상기 대법원 판례와 다르게 사실상의 소유자인 위탁자를 중과세 취득세 납세의무자라고 해석하여 문제가 되고 있었다. 왜냐하면 「신탁법」 상의 신탁계약에 의하여 수탁자 명의로 신축한 건축물의 취득세 중과세 대상 여부는 수탁자를 기준으로 판단해야 하는 점[(대법원2001두4979,2003.06.13.) 판결 등 참조]에서 본점용으로 사용하는 자가 수탁자가 아닌 위탁자라면 건축물분에 대해서는 취득세 중과세 대상으로 보기는 곤란하기 때문이다.

최근 대법원에서 부동산의 신탁에 있어서 수탁자 앞으로 소유권이전등기를 마치게 되면 대내외적으로 소유권이 수탁자에게 완전히 이전되고 위탁자와의 내부관계에 있어서 소유권이 위탁자에게 유보되어 있는 것도 아니므로[(대법원2004두8767, 2005.07.28.) 판결 등 참조], 수탁자가 ○○리조트로부터 이 사건 각 토지를 신탁받아 그 소유권이전등기까지 마친 이상 이 사건 각 토지의 소유권은 대내외적으로 수탁자인 원고에게 완전히 이전되었다고 할 것이고, 비록 원고가 직접 이 사건 각 토지의 지목을 변경하는 행위를 한 것은 아니라고 하더라도 ○○리조트의 이 사건 지목변경 행위는 소유자인 원고인 수탁자가 ○○리조트로 하여금 이 사건 각 토지를 관리하게 한 데 따른 것으로서 위와 같이 사실상 지목이 변경된 이 사건 각 토지의 소유권 역시 수탁자에게 있는 것이라 할 것이어서, 위 지목변경으로 인한 토지의 가액증가에 대한 간주취득자 역시 수탁자라고 보아야 하는 것이다[(대법원2016두50754, 2019.10.31.) 판결, (대법원2016두52248, 2019.10.31.) 판결]라고 판시하고 있다.

조세심판원은 종합부동산세 부과 여부(재산세 분리과세 적용 시 종합부동산세가 적용되지 아니함)에 대해 위탁자인 시행법인이 산업단지개발실시계획의 승인을 받아 과세기준일 현재 신탁회사에 신탁한 토지에 위탁자인 시행법인이 산업단지조성공사를 시행하고 있는 경우라도 재산세 분리과세 적용대상이라고 결정한 바 있었다(조심2017서1182, 2017.11.03.).²⁾

조세심판원[(조심2015지723, 2015.6.30.) 참조]은 건축 중에 신탁하여 수탁자가 설립승인을 받은 경우에도 수탁자가 사업시행자 명의와 사업부지 소유권 및 건축주 명의를 위탁자로부터 수탁자로 변경한 경우에는 수탁자가 감면요건을 충족하게 되므로 감면을 적용받을 수 있다. 위탁자나 수탁자가 지방세 감면대상 설립자 요건을 충족하지 못한 시점에 부동산을 취득하게 되면 감면이 적용되지 아니하는 것으로 결정하고 있다.

그리고 대법원(대법원2016두53951, 2017.01.12.)서 “원고 ○○씨티가 이 사건 토지 상에 아파트형공장을 설립하기 위해 한국산업단지공단과 입주계약을 체결하고, 이 사건 토지를 취득하였음은 앞서 본 바와 같고, 갑 제6호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고 ○○씨티가 2008.12.29. 아파트형공장 신축을 위한 건축허가까지 받은 사실이 인정되는 바, 원고 ○○씨티가 지식산업센터 설립사업의 마무리 단계에서 위 지식산업센터의 소유권을 원고 한국자산신탁에 신탁하였다는 사정만으로 지식산업센터의 설립자로서 위 센터에 입주할 자격을 상실한다고 보는 것은 지식산업센터의 원활한 설립을 지원하기 위한 산업집적법의 취지에 어긋나는 해석으로서 허용되지 아니한다”라고 판시하였다.

최근 대법원에서는 일괄적으로 위탁자가 사업시행자인 신탁 부동산에 대한 감면요건 충족여부 판단에 대하여 지방세특례제한법 제54조 ‘관광단지개발 사업시행자’가 ‘관광단지개발사업을 시행하기 위하여 취득하는 부동산’ 감면규정과 관련하여 문리해석상 그 부동산 취득자가 ‘관광단지개발 사업시행자’여야만 한다 할 것인데, 비추어 보면 수탁자이자 납세의무자인 원고가 관광단지개발 사업시행자인 경우에만 이 사건 특례규정이 적용된다고 봄이 상당하다고 판시하였고,³⁾ 「지방세특례제한법」 제78조 산업단지개발사업의 시행자가 취득하는 부동산 감면도 동일한 취지에서 신탁재산에 대한 감면요건 충족 여부를 판단해야 한다고 일관되게 판시하고 있다.⁴⁾
대법원(대법원2018두59427, 2019.10.31.)은 수탁자가 취득세 납세의무자이고, 감면요건도 수탁자가 갖추어야만 감면이 되고, 재산세 분리과세대상에 관한 「지방세법」 규정이나 감면조항이 그 적용대상을 ‘사업시행자’로 한정하여 명시하고 있는 이상 ‘사업시행자가 납세의무자인 경우’에만 적용된다⁵⁾라고 판시하고 있다.