1) 쟁점건물은 오랜 기간 주거 목적으로 사용된 공간으로 청구인 역시 임차법인과 그 대표자인 CCC에게 주거목적으로 임대하였고, 공부상 주택으로 되어 있으며, 건물 구조상 공간이 물리적으로 구분되어 있지 않는바, 구체적이고 객관적인 입증자료 없이 처분청이 청구인에게 단독주택 건물의 2분의 1 상당을 사업장으로 사용한 것으로 보아 이 건 양도소득세를 경정ㆍ고지한 것은 위법ㆍ부당하고, 청구인들에게 ｢소득세법｣상의 의무를 이행하지 못한데 정당한 이유가 있으므로 이 건 과세처분 중 가산세 부분을 취소하여야 한다.
2) 공부상 기재사항에 비추어 볼 때 쟁점건물이 주택이라는 것은 부인할 수 없는 사실이다. ① 부동산등기사항전부증명서에 따르면 쟁점건물은 “벽돌구조 기타지붕 단독주택”으로 “1층 단독주택(다가구주택) 75.48㎡”와 “1층 제1종근린생활시설(소매점) 19.04㎡”로 이루어져 있다. ② 또한, 쟁점건물의 일반건축물대장(갑)에 따르면 동 건물의 ‘주용도’는 ‘단독주택’이고, 동 건물의 용도 및 면적에 관한 사항은 부동산등기사항전부 증명서의 기재사항과 동일함을 확인할 수 있다.

1) 청구인은 쟁점건물 중 102호는 본래부터 주거목적으로 신축되어 오랜 기간 주거 목적으로 사용되었고, 처분청이 101호가 주거 목적으로 사용된 사실을 인정하고 있는 사실에 비추어 볼 때 102호가 주거 목적으로 사용되지 않았다고 단정할 수 없으며, CCC의 진술내용에 관한 객관적인 입증자료가 없으며, 처분청이 제출한 건축물대장, 건축물현황도 등만으로는 102호를 주택 외의 용도로 사용하였다고 판단할 수 없다고 주장하고 있으나, 2018.7.3. 사업자등록을 신청한 임차법인의 제출서류인 부동산 월세계약서 내용을 살펴보면 임대인은 청구인 AAA, 사업장면적은 94.52㎡, 보증금은 10,000,000원, 월세는 500,000원이라고 기재되어 있고, 쟁점건물의 전체를 사업장 용도로 사용하였음을 알 수 있으며, 임차법인은 동일날짜인 2018.7.3.에 부동산 월세계약서를 제출하여 OOO세무서장으로부터 상가임대차 확정일자 확인을 받은 것이 확인된다. ① 또한, 사업자등록 신청 시 제출된 첨부서류 중 사업장으로 사용되고 있음을 확인받기 위해 제출한 사진을 보면 조사 당시 사업장으로 사용되고 있던 쟁점건물의 102호의 내부사진과 소파 등 배치가 거의 동일하고, CCC은 2014.4.10. 대전광역시 중구 OOO에 전입하여 현재까지 주소지를 유지하고 있으며, 쟁점건물의 소재지인 대전광역시 유성구 OOO에는 전입한 사실이 없다. ② 임차법인이 2018 ∼ 2020사업연도 법인세 신고 시 제출된 대차대조표에 따르면 쟁점건물의 임차보증금으로 10,000,000원을 계상하고 있었고, 신고서 부속서류인 ‘경비 등의 송금명세서’에 사무실임대료로 500,000원을 임대인 AAA에게 지급하여 법인의 필요경비로 계상하는 등 쟁점건물 전체를 임차법인의 사업장으로 사용했던 것으로 판단됨에도 CCC이 비록 전입신고는 하지 않았지만 대면 확인 시에 101호 부분은 본인이 주거용으로 사용한 것으로 진술함에 따라 청구인에게 유리하도록 101호 부분은 주택으로 보아 1세대 1주택 비과세 처리하였으며, 102호 부분은 주택이 아닌 임차법인의 사업장으로 계속하여 사용해 왔음이 확인되어 실질과세의 원칙에 따라 과세처분한 것으로 당초 처분은 정당하다.
2) 청구인은 대법원의 판례(대법원2004두14960, 2005.4.28., 판결)를 들어 쟁점건물의 101호 및 102호가 공부상 주택에 해당할 뿐만 아니라 전 소유자가 약 13년간 주거공간으로 사용되어 102호가 주거목적으로 사용되지 않았다거나 주거기능을 상실하였다고 볼 수 없으므로 쟁점건물 중 단독주택 전체는 주택에 해당한다고 주장하고 있으나, 위 판례는 아파트를 가정보육시설인 놀이방으로 사용한 것인바, 가정보육시설은 개인이 가정 또는 그에 준하는 곳에서 설치ㆍ운영하는 보육시설로 ｢건축법｣상 그 용도가 주택으로 분류되고, 주거기능이 그대로 유지ㆍ관리되고 있어 언제든지 주택으로 사용가능하여 나온 판례로써 2018.7.3.부터 임차법인이 사업자등록을 하여 심리일 현재까지 쟁점건물 소재지에서 계속 사업하고 있는 것이 확인되는 본 건에 적용하는 것은 무리가 있다 할 것이다. ① 청구인은 임대차계약 체결 시 CCC이 쟁점건물의 단독주택부분(101호 및 102호)에서 거주할 것이라고 하였고, 임차인을 CCC에서 임차법인으로 임대차계약을 변경한 것은 근린생활시설 부분 19.04㎡에서 법인을 운영하기 위해 필요한 서류라고 생각하여 이에 협조하였을 뿐이며, 이에 대한 근거로 CCC이 2018.6.11. 보증금 10,000,000원을 송금한 내역과 2018년 7월부터 9월까지 CCC 명의로 임대료 500,000원을 송금한 내역을 제시하고 있으나, 임대차 계약에서 임차인 명의는 상당히 중요한 사항임에도 전체면적 94.25㎡ 중에서 19.04㎡ 면적 때문에 임차인 명의를 변경했다는 것은 이해할 수 없는 주장이고, 설령 청구인의 주장대로 CCC이 주택부분(75.48㎡)은 진짜 주거용으로 사용하고 근린생활시설 부분(19.04㎡)만 법인을 운영하기 위해 사용할 목적으로 임차하였다면 본 건과 같이 임차인을 변경하는 것이 아니라 근린생활시설인 19.04㎡에 대하여 CCC과 임차법인 간에 추가(전대) 임대차 계약을 체결하면 되는 것이다. ② 세무조사 당시 촬영한 사진과 네이버 지도에 등록된 업체 정보사진을 보면 입구에 임차법인의 간판이 크게 부착되어 있고, 102호 출입구 앞에도 임차법인의 명패가 부착되어 있으며, 청구인이 제시한 월세입금내역에 따르면 2018년 10월부터 2020년 12월까지 임차법인의 명의로 임대료 500,000원이 입금된 사실을 확인할 수 있는바, 일반적인 임대인이라면 쟁점건물이 임차법인의 사업장으로 운영되고 있는 것을 몰랐을 리 없다. ③ 통상 법인설립 시에 대표자 명의로 임대차계약을 체결하고, 이후 법원에서 법인등기가 완료되어 법인등록번호가 부여되면 임차인을 법인 명의로 변경한 후 사업자등록을 신청하는 것이 통상적인 절차인바, CCC 역시 법인설립을 위하여 본인 명의로 임대차계약을 체결하여 2018.6.20.에 쟁점건물을 인도받아 2018.6.27. 법원에 법인설립 등기를 하였고, 이후, 임차인을 임차법인으로 변경하는 부동산 월세계약서를 임대인인 청구인 AAA의 서명을 받아 재작성하였으며, 2018.7.3.에 사업자등록을 신청한 것이다. ④ 따라서 CCC은 2018.6.11.에 법인설립이 되지 않았으므로 본인 명의로 보증금을 입금한 것일 뿐이고, 임차법인이 전술한 임차보증금을 임차법인의 대차대조표상 임차보증금(자산)계정으로 계상하였으며, 2018년 10월부터 사무실임대료를 임차법인 명의로 입금하여 법인의 필요경비로 계상하는 등 쟁점건물은 임차법인의 사업장으로 사용되었다. ⑤ 또한, CCC은 전술한 바와 같이 쟁점건물 소재지에 주소지를 이전한 적이 없을 뿐 아니라 임차보증금에 대한 확정일자를 부여받을 시에도 ｢주택임대차보호법｣ 제3조의 6이 아닌 ｢상가건물 임대차보호법｣ 제4조에 따라 쟁점건물의 소재지 관할세무서인 OOO세무서장으로부터 2018.7.3. 확정일자를 부여받았으며, 같은 날 임차법인의 사업자등록 신청 시에 동 계약서를 부속서류로 제출하였다. ⑥ 대법원은 ｢소득세법｣ 제89조 제3호, 같은 법 시행령 제154조 제1항에 정한 ‘주택’에 해당하는지 여부는 건물공부상의 용도구분에 관계없이 실제용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단하여야 한다고 판시(대법원87누584, 1987.9.8., 판결)한바, 처분청은 양도소득세 세무조사 과정에서 쟁점건물의 102호가 쟁점 임대차 계약 후 인도받은 2018.6.20.부터 세무조사일 현재까지 주택이 아닌 임차법인의 사업장으로 사용하고 있는 것을 확인하여 실질과세 원칙에 따라 1세대 1주택 비과세를 부인하였고, 101호은 CCC이 주거용으로 사용하였다는 진술에 따라 주택으로 보아 1세대 1주택 비과세 처리한 당초 처분은 정당하다.
3) 청구인은 항변 시 쟁점건물의 102호가 1세대 1주택 비과세 대상에서 제외하려면 그 사실에 관한 입증책임이 과세관청에 있다고 주장하면서 CCC의 ‘102호를 사업용으로 사용하였다’라는 진술이 처분청의 주장 이외에 이를 뒷받침할만한 구체적이고 객관적인 증거가 없고, 101호와 102호의 내부벽이 트여 있어 두 공간이 서로 완벽하게 분리되지 않은 사실을 알 수 있으며, 처분청 역시 101호가 주거 목적으로 사용된 사실을 인정하고 있는 상황에서 내부벽이 트여 있는 102호가 주거 목적으로 사용되지 않았다고 단정하기는 어렵다고 주장하나, 전술한 바와 같이 쟁점건물의 102호는 임차법인의 사업장으로 사용된 사실이 확인된다.
4) 청구인은 처분청의 사실 판단이 적절하여 쟁점 과세처분이 옳다고 할지라도 임차인이 주거용으로 사용하리라고 밖에 예상할 수 없었으므로 가산세 부분은 취소되어야 한다고 주장하고 있으나, 부동산월세계약서에 임차인이 임차법인으로 되어 있으므로 쟁점건물을 사업장 용도로 사용할 수 있음을 충분히 예상할 수 있었을 것으로 판단되고, 설령 예상하지 못했다 하더라도 가산세 감면 사유는 ｢국세기본법｣ 제48조에 규정되어 있는바, 법령의 부지 또는 오인은 동 규정에서 정하고 있는 정당한 사유에 해당하지 않으므로 청구인의 주장은 이유 없다.

1) (주위적 청구) 쟁점부동산 중 쟁점면적이 사업용으로 사용된 것으로 보아 1세대 1주택 비과세 특례를 배제한 처분의 당부
2) (예비적 청구) 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부

1) 청구인들은 2020.12.28. 50%씩 공유하고 쟁점부동산을 AAA 주식회사에게 13억 5천만원에 양도하고, 쟁점진입로의 양도가액 59,384,736원을 제외한 1,255,615,264원을 양도가액으로 산정하여 쟁점건물과 쟁점부속토지를 주택으로 보아 2021.2.15. 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 각각 신고ㆍ납부하였다.
처분청은 청구인들에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 쟁점건물 중 단독주택 75.48㎡의 2분의 1 상당인 37.74㎡가 사무용으로 사용되고 있는 것으로 확인하여 37.74㎡만을 1세대 1주택 비과세특례를 적용하고, 쟁점면적을 임차법인의 사업장으로 사용된 것으로 보아 2022.7.13. 이 건 양도소득세를 청구인들에게 각각 경정ㆍ고지하였다.
2) 처분청이 제출한 사업자등록신청서 및 제출자료에 따르면 임차법인은 2018.7.3. 쟁점건물을 사업장으로 하여 사업자등록을 신청하였고, 사업장으로 사용되는 쟁점건물의 102호의 사진을 제출하였는바, 임차법인의 소재지는 대전광역시 유성구 OOO이고, 비계ㆍ구조물 해체공사업 등 건설업을 주업종으로 등록하였다.
3) 양도소득세 조사복명서에 따르면 처분청의 조사담당자가 조사당시 쟁점부동산의 임차법인의 대표이사 CCC을 대면하여 확인한바, CCC은 쟁점건물의 102호를 사무실로 사용하였고, 101호는 본인의 주거용으로 사용하였다고 진술하였다. ① 처분청 조사담당자는 CCC의 동의하에 확인일 현재 사무실로 사용하고 있는 102호와 주거용으로 사용하고 있는 101호의 사진을 촬영하여 첨부하였고, 임차법인이 사업자등록 당시 쟁점건물의 102호를 사무실로 사용하고 있음을 입증하기 위해 제출한 사진과 비교한 것으로 확인된다. ② 처분청이 제출한 조사복명서에 따르면, 처분청 조사담당자가 쟁점부동산의 전소유자인 DDD에서 유선으로 확인한바, 101호와 102는 면적이 동일하고, DDD 본인은 쟁점건물을 주택으로 사용하였다고 진술한 것으로 나타난다. ③ 처분청 조사담당자는 청구인 AAA이 처분청에 제출한 위 DDD과의 카카오톡 내용으로 임차법인과 체결한 부동산(상가ㆍ주택) 월세계약서의 특약사항에 의해 주거용으로 사용한 101호에 대하여만 인테리어를 시공한 사실이 확인된다.
4) 청구인은 쟁점건물이 공부상 주택이라는 사실과 주택부분이 서로 연결되어 하나의 공간이라는 사실을 입증하기 위하여 건축물대장과 건물평면도 및 쟁점 건물 내부 사진을 제출하였고, 쟁점건물 전체를 주택으로 임대한 사실과 청구인과 CCC 사이의 임대차계약의 당사자가 변경된 사실을 입증하기 위하여 당초 임대차계약서(2018.6.11.자)와 변경된 임대차계약서(2018년 9월경 작성)를 제출하였으며, 항변 시 쟁점건물이 전소유자가 13년간 주택으로 사용된 사실과 주택부분이 서로 연결되어 하나의 공간이라는 사실을 입증하기 위하여 전소유자인 DDD의 확인서를 제출하였는바, 쟁점건물을 당초 임차인인 CCC에게 주거목적으로 임대되었음을 입증하기 위해 CCC이 청구인 AAA에게 송금한 보증금 및 월세(2018년 8 ∼ 9월)의 금융거래내역을 제출하였다.
5) 처분청은 쟁점건물의 102호가 임차법인의 사업장으로 사용된 사실을 입증하기 위하여 현장확인 시 촬영사진, 건축물대장, 건축물현황도, 전기요금 내역서, 양도소득세 조사종결 보고서, 청구인 AAA과 DDD간의 카카오톡 문자메시지를 제출하였고, 항변 시 임차법인의 사업자등록 신청서 및 제출서류, 상가임대차에 대한 확정일자 내역, 임차법인의 2018 ∼ 2020사업연도 법인세 신고 시 제출된 표준대차대표, 경비 등의 송금명세서, 네이버 위성사진 및 로드뷰 사진을 제출하는바, 처분청이 제출한 청구인들과 CCC의 주민등록등(초)본에 따르면 청구인들과 CCC은 쟁점부동산으로 주소지를 전입한 사실이 없는 것으로 확인된다.
6) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. ① 먼저 ‘쟁점 1)’에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점건물 중 주택 부분이 오랜 기간 주거용으로 사용되었고, 내부구조가 하나의 주거공간으로 사용되고 있어 각각 독립하여 임차할 수 없으며, 청구인들은 주거용으로 쟁점건물 전체를 임대하였으며, 처분청이 제시한 증거만으로 102호가 주거목적으로 사용되지 않았다고 인정하기 어렵다고 주장하나, 청구인들이 쟁점부동산의 매입한 후 쟁점부동산을 임차한 CCC과 청구인들은 쟁점부동산으로 주거를 이전하기 위하여 주민등록 전입신고를 한 사실이 없고, CCC이 쟁점부동산을 사업장으로 하여 법인사업자를 등록하였고, 심판관회의일 현재까지도 쟁점건물이 임차법인의 사업장으로 사용되고 있는 점, 청구인 AAA이 처분청에 제출한 위 DDD과의 카카오톡 내용에 따르면 임차법인과 체결한 부동산(상가ㆍ주택) 월세계약서상 특약사항으로 ‘주택부분에 대한 도배 및 장판을 2018.6.20. 전까지 임대인이 완료하기로 함’에 따라 주거용으로 사용한 101호에 대하여만 인테리어를 시공한 점, 청구인들의 양도소득세 조사 시 처분청이 임차법인의 대표자인 CCC을 대면하여 확인한바, CCC은 쟁점건물의 102호를 사무실로 사용하였고, 101호는 본인의 주거용으로 사용하였다고 진술하였으며, 처분청의 조사담당자는 CCC의 동의하에 확인일 현재 사무실로 사용하고 있는 102호와 주거용으로 사용하고 있는 101호의 사진을 촬영하여 첨부하였고, 임차법인의 사업자등록 당시 제출된 서류에 따르면 임차법인은 쟁점건물의 102호를 사무실로 사용하고 있음을 입증하기 위해 쟁점건물의 사진을 제출하였는바, 위 양도소득세 조사 시 촬영한 사진이 이와 유사하여 쟁점건물의 102호가 주택 용도로 사용된 것으로 보이지 아니하는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점건물의 일부를 임차법인의 사업장으로 사용된 것으로 보아 1세대 1주택 비과세 특례의 적용을 배제하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 과세처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
② 다음으로 ‘쟁점 2)’에 대하여 살피건대, 청구인은 처분청의 사실 판단이 옳다고 하더라도 청구인들에게는 양도소득세 신고ㆍ납부 의무를 적법하게 이행하지 못한데 ‘쟁점 1)’에서와 같이 정당한 사유가 있으므로 가산세는 취소되어야 한다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하는 것이고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는바(대법원 2004.9.24. 선고 2003두10350 판결), 부동산월세계약서에 임차인이 임차법인으로 되어 있어 쟁점건물을 사업장 용도로 사용할 수 있음을 충분히 예상할 수 있고, 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하는 것이며, 법령의 부지 또는 오인은 ｢국세기본법｣상 가산세를 감면할 정당한 사유에 해당하지 않으므로 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

양도소득세는 납세자 스스로 자진해서 신고 및 납부하도록 되어있는 신고납세 항목이므로 실무적으로는 다양한 사례가 발생할 수밖에 없다. 이번 심판례와 같이 세무대리인을 통해서 신고를 하거나, 혹은 납세자 스스로 신고를 했다고 하더라도 신고 단계에서 충분한 검증과 검토가 이루어지지 않았거나, 특정 사유로 인해 신고단계에서 명확한 분석이 이루어지지 않았다면, 신고납부일 종료 일 후 빠르면 6개월 이내, 길면 2 ~ 3년 이후에도 언제든지 소명 요구 혹은 세무조사가 발생할 수 있다.

아파트나 다세대주택처럼 주거용 사용이 명확한 부동산이 아닌, 일부 상가주택이나, 단독주택, 다가구주택 등은 꼭 신고 및 세액계산 단계에서 양도소득세 비과세에 대한 검토가 중요하게 된다. 세무대리인 혹은 납세자가 의도했건, 의도하지 않았건, 비과세라고 생각했던 부분 때문에 무신고 하게 되면 추후 비과세가 아님으로 판명되는 본 사례처럼 ‘무신고’에 대한 가산세를 20% 적용하게 되므로 아무리 비과세라고 생각이 된다고 하더라도 충분한 검토 후 신고행위는 꼭 필요하다. 그렇게 되면 추후 비과세가 아님으로 판명되더라도 ‘무신고’ 가산세가 아닌, 과소신고 가산세 10%를 적용받게 되므로 본세에 따라서 적게는 몇십 ~ 몇백만원 크게는 수천만원 이상 차이가 나게 되는 중요한 요소이다.
｢국세기본법｣에서 규정하는 실질과세원칙은 세법 적용에 전반적으로 영향을 주게 되며 양도소득세 계산 시 공부와 실질이 다른 경우 실질로 판단한다는 다소 주관적인 요소가 있으므로 항상 분쟁의 씨앗이 되곤 한다. 따라서 실무적으로는 본 사례의 과세관청이 어떠한 시각을 가지고 검증하는지 사전에 확인하여 아래의 중요한 사항들을 검토할 필요가 있다.

양도소득세 신고내용에 오류가 있는 경우 상황 및 내용에 따라 심한 경우 납세자와 세무대리인의 소송까지 번지는 문제가 있으므로 불미스러운 송사에 휘말리지 않도록 납세자는 본인의 상황을 올바르게 고지하고, 세무대리인은 다시 한 번 검토 및 확인하는 올바른 신고문화의 정착이 중요하며, 과세관청의 입장에서도 신고 당시에 오류 및 탈루의 내용을 즉각적으로 검증하는 체계 및 시스템이 없으므로 이러한 사실을 납세자 및 국민적인 홍보 내용으로 전파할 수 있는 요소가 있다면 보다 원활한 세무행정의 기반이 될 것이다.