주식매수선택권이란 기업의 설립 또는 발전 등에 기여하거나 기여할 수 있는 임직원 등에게 사전에 약정한 가격으로 주식을 매입하거나 주식매수선택권의 행사가격과 시가와의 차액을 현금 또는 자기주식으로 지급받을 수 있는 권리를 부여한 것을 말한다.
주식매수선택권의 행사가액이 주식의 시가보다 낮은 경우에 회사가 그 차액을 금전으로 지급하는 것을 차액보상형이라고 하고, 회사의 주식을 교부하는 것을 주식결제형(주식결제형에는 신주발행형과 자기주식교부형이 있다)이라고 한다. 기업회계에서는 차액보상형이든 주식결제형이든 주식보상원가를 비용으로 처리한다. 세법에서는 “「상법」 제340조의 2, 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의 3 또는 「소재ㆍ부품ㆍ장비산업 경쟁력강화를 위한 특별조치법」 제56조에 따른 주식매수선택권을 부여받은 경우로서 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 금전 또는 해당 법인의 주식으로 지급하는 경우의 해당 금액과 약정된 주식매수시기에 주식매수선택권 행사에 따라 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우 그 주식의 실제 매수가액과 시가의 차액을 손금으로 인정하는 특례규정을 두고 있다. 이 경우 해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10 범위에서 부여하거나 지급한 경우로 한정하고 있다.

K-IFRS에서는 주식매수선택권을 부여받은 임직원으로부터 제공받은 용역의 공정가치를 신뢰성 있게 측정할 수 없으므로 주식매수선택권의 부여일을 기준으로 부여한 지분상품의 공정가치에 기초하여 주식보상원가를 측정한다. 부여일을 기준으로 공정가치를 측정하므로 부여일 이후의 지분상품의 단위당 공정가치가 변동되어도 이를 반영하지 않는다. 그러나 가득되는 지분상품의 수량은 임직원의 퇴직 등에 따라 변동되므로 보상원가는 다음과 같이 측정한다. 주식결제형 주식매수선택권의 공정가치는 부여일을 기준으로 측정하고, 그 후 공정가치가 변동되어도 재측정하지 않으므로 가득일 이후에는 주식보상비용을 인식하지 않는다.

1) 국세청의 예규 어떤 회사가 임직원에게 손금산입 요건을 갖춘 주식매수선택권을 부여한 후 그 임직원이 주식매수선택권을 행사한 경우 세무조정을 어떻게 해야 하는지를 국세청에 질의하였다. 이에 대하여 국세청은 “내국법인이 신주발행형 주식매수선택권을 부여하여 손금산입을 하는 경우 기업회계기준에 따라 용역제공기간 동안 안분하여 계상한 주식보상비용은 손금불산입(기타) 처분하는 것이며, 해당 주식보상비용의 누적액을 잉여금의 처분으로 보아 주식을 발행하는 사업연도에 손금에 산입하는 것”이라고 회신하였다(서면-2018-법인-0854, 2018.6.21.). 앞의 사례에서 국세청의 예규에 따른 세무조정은 다음과 같다. 이와 같이 세무조정하면 손금산입액은 1,200,000원이 된다. 「법인세법 시행령」 제19조 제19호의 2에서는 약정된 주식의 매수시기에 주식매수선택권을 행사에 따라 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우 그 주식의 실제 매수가액과 시가와의 차액이 손금이라고 규정하고 있으므로 손금은 다음과 같이 산출해야 한다. K-IFRS에서는 주식결제형 주식매수선택권인 경우 행사 당시의 주식의 시가로 보상비용을 재측정하지 않으므로 누적주식보상비용은 1,200,000원이나, 매수 당시의 주가가 당초 추정액보다 상승하였으므로 세무상 손금산입액은 2,000,000원으로 누적주식보상비용과는 800,000원의 차이가 있다. 따라서 회계상 인식한 누적보상비용을 손금에 산입한다는 국세청의 예규는 주식의 실제 매수가액과 시가와의 차액이 손금이라는 「법인세법 시행령」에 위배되어 국세청 예규가 타당한지에 대하여 실무상 논란이 많았다.

2) 기획재정부의 새로운 예규 벤처기업이며 코스닥 상장법인인 A법인이 신주발행형 주식매수선택권을 부여하였으며, 연도별 회계처리 및 세무조정 내역은 다음과 같다. A법인은 기업회계기준에 따라 주식보상비용을 계상한 후 법인세 신고 시 해당 주식보상비용을 손금불산입(기타)하였으나 2017∼2018 사업연도의 법인세 신고 시 임직원의 주식매수선택권 행사와 관련한 별도의 세무조정을 하지 않았다. 그 후 A법인은 주식매수선택권 행사 시점의 시가와 행사가액의 차액 전액을 손금산입해 달라고 경정청구를 하였다. 국세청은 앞에 발표한 예규가 「법인세법 시행령」과 달라서 문제가 있다는 점을 인지하고 기획재정부에 “임직원에게 신주발행형 주식매수선택권을 부여한 경우로서 약정된 주식매수 시기에 임직원이 주식매수선택권을 행사함에 따라 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우 회계상 상계된 주식보상비용 누적액을 손금산입하는 것인지, 아니면 행사시점의 시가와 행사가액의 차액을 손금산입하는 것인지”를 질의하였다. 기획재정부는 행사시점의 시가와 행사가액의 차액을 손금산입하는 것이 타당하다고 회신하였다(기획재정부, 법인세제과-1204, 2020.9.4.). 기획재정부의 예규는 「법인세법 시행령」 제19조 제19호의 2에 따른 타당한 해석이다.

과도한 조세지원을 축소하기 위하여 2010년부터 「조세특례제한법」에 열거된 법률에 따라 연구개발 관련 출연금을 받아 연구개발비로 지출하는 경우 세액공제를 배제하고 있으며, 2013년부터는 국가, 지방자치단체, 공공기관 및 지방공기업으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비로 지출하는 경우 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제를 배제하고 있다. 그런데, 특이하게도 「조세특례제한법」에서는 출연금을 지급받은 경우 연구개발비에서만 출연금을 차감하고 인력개발비에서는 출연금을 차감하라는 규정이 없다. 출연금을 지급받은 경우 연구개발비보다 인력개발비를 우대해 주기 위해 정부가 의도적으로 규정을 그렇게 만든 것으로 생각되지는 않는다. 아마도 입법상 오류나 미비인 것으로 보인다.
이에 따라 국세청은 그 입법상 오류나 미비를 예규로 보완하기 위하여 “훈련수당 등의 인력개발비를 지출한 후 국가로부터 전액 훈련지원금으로 수령하는 경우 출연금을 인력개발비 지출액에서 차감해서 연구ㆍ인력개발비 세액공제액을 계산한다”는 예규를 발표하였다(기준-2018-법령해석법인-0260, 2018.11.14.).
국세청의 예규는 연구개발비에서만 출연금을 차감하지 않도록 한 것은 입법상 오류나 미비이므로 그러한 규정이 없어도 인력개발비에서도 출연금을 차감하는 것이 합리적이라고 본 것 같다. 그러나 종전의 「조세특례제한법 시행령」 [별표 6]에서는 연구ㆍ인력개발비를 1호에서 “연구개발”을, 2호에서 “인력개발”로 구분하여 규정하고 있고 「조세특례제한법 시행령」 제8조는 출연금을 받아 연구개발비로 지출하는 금액만 배제하도록 하고 있으므로, 해당 예규의 적법성에 논란이 있었다. 이러한 논란이 있는 점을 고려하여 2019.2.12. 「조세특례제한법 시행령」을 개정하여 인력개발비에서도 출연금을 차감하도록 명문화하였다(조특령 §8 ① 2호).

1) 사건의 개요 A법인은 사용인(훈련생)에게 「근로자직업능력 개발법」 제24조에 따라 직업능력개발훈련을 실시하면서 훈련비, 식비 등의 교육훈련비(이하 “훈련수당”이라 한다)를 지급하였고, 고용노동부로부터 훈련실시 및 훈련수료에 따른 정해진 훈련지원금을 수령하였다. A법인은 사용인(훈련생)에게 지급한 훈련수당이 인력개발비에 해당한다고 보아 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제를 하여 2014∼2017사업연도 법인세를 신고하였다.
관할지방국세청장은 법인세 통합조사를 실시한 결과, 인력개발비에서 국가로부터 지원받은 출연금을 차감해서 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제을 계산하는 것으로 보아 관할 세무서에 법인세 경정자료를 통보하였고, 관할 세무서는 법인세를 추징하였다. A법인은 이에 대하여 조세심판원에 심판청구를 하였다.

2) 납세자와 국세청의 의견
3) 조세심판원의 결정 조세심판원은 “조세법률주의의 원칙상 과세요건 또는 비과세ㆍ감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 중 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다 할 것인바(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 등), 위와 같이 2019.1.1. 개정된 「조세특례제한법 시행령」 제8조의 개정이유에서 정부가 지원한 인력개발비가 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상에서 제외됨을 “명확화” 한다고 되어 있다 하더라도 이는 법문언이 정한 그 명시적 의미에 앞선다고 할 수 없다. 「조세특례제한법」 제9조 제5항에서 “연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육ㆍ훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다”고 규정하여 ‘연구개발’과 ‘인력개발’의 개념을 명확히 구분하고 있다. 2013.2.15. 동 규정 개정 시 정부가 지원한 연구개발비를 세액공제하는 것은 과도한 조세지원이라 하여 세액공제 대상에서 제외하였으나, 당시 인력개발비는 세액공제 대상에서 제외하지 않은 점, 2019.2.12. 동 규정이 개정되면서 인력개발비가 세액공제 제외 대상에 추가되었으나, 동 개정규정은 2019.1.1.부터 적용되는 것으로 부칙에 규정된 점 등에 비추어 “처분청이 청구법인의 2014~2017사업연도 연구ㆍ인력개발비 세액공제액(쟁점인력개발비 관련)을 「조세특례제한법」 제10조에 따른 연구ㆍ인력개발비 세액공제 적용 대상에 해당하지 않는 것으로 보아 부인하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다”(조심-2019-부-1051, 2020.5.21.)고 결정하였다.

4) 조세심판원 결정의 의미 국세청이나 기획재정부에서 법령의 규정이 미비이거나 논리에 맞지 않는 경우 논리적으로 해석한다고 법령과 다른 해석을 하는 경우가 있다. 이 사건에서 조세심판원은 그렇게 하지 말라는 것이다. 조세심판원의 결정은 “조세법률주의의 원칙상 과세요건 또는 비과세ㆍ감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 중 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석해야 한다”는 것을 일깨워준 결정이다. 또한 조세심판원의 결정은 2019.2.12. 「조세특례제한법」이 개정되기 전의 사업연도(2018년 이전 사업연도)에만 적용될 수 있다는 점에 유의해야 한다.

1) 사건의 개요 A법인은 B조선에 대한 채권을 보유하고 있었는데, B조선은 2013.1.28. 회생계획인가의 결정을 받았다. A법인은 B조선이 회생절차가 진행 중인 사실을 알면서도 회생법원에 채권을 신고하지 아니하였고, B조선의 관리인도 A법인을 회생채권자목록에 기재하지 아니하였다. A법인은 B조선 관리인을 상대로 지방법원에 매매대금의 반환을 구하는 소를 제기하였는데, 법원은 A법인의 청구를 기각하는 내용의 판결을 선고하였고, 위 판결은 이에 대한 원고의 항소가 기각됨으로써 2018.8.4. 그대로 확정되었다. 그러자 A법인은 2018.9.27. 관할 세무서에 해당 채권을 대손금으로 하여 B조선에 대한 회생계획인가의 결정이 있은 2013년 사업연도의 손금에 산입하는 내용의 법인세 경정청구를 하였고, 이에 대하여 관할 세무서는 A법인이 스스로 이 사건 매매대금 반환채권을 포기하였으므로 대손금에 해당되지 않는다는 이유로 경정청구를 거부하였다. A법인은 국세청에 심사청구를 하였으나 국세청은 청구법인은 정당한 사유없이 정리채권을 법원에 신고하지 아니함으로써 쟁점채권에 대한 권리의 행사를 포기한 것으로 판단되므로 이는 채권의 임의포기에 해당하는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분에 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다는 이유로 기각 결정하였다(심사법인2019-0018, 2019.10.8.). 이에 A법인은 행정소송을 제기하였다.

2) 부산지방법원의 판결 「법인세법 시행령」 제19조의 2 제1항 제5호는 회생계획인가의 결정에 따라 회수불능으로 확정된 채권이라고 규정하고 있을 뿐 회생계획에 포함된 채권으로 한정하고 있지 아니하므로 원고의 이 사건 매매대금 반환채권은 시행령 제19조의 2 제1항 제5호에 규정된 채권에 해당한다. 다음으로 원고가 이 사건 매매대금 반환채권을 포기하였는지 여부에 관하여 본다. 이 사건 회생절차 당시 조사위원인 C회계법인은 B조선의 채무액은 117억 2,700만원이고, 현금유입액은 채무액보다 많은 117억 8,000만원이어서 회생계획안의 수행이 가능하다는 조사보고서를 회생법원에 제출한 사실, 원고와 B조선 사이의 민사소송에서 B조선은 원고가 이 사건 회생절차에서 채권신고를 하지 아니한 것은 B조선의 회생계획인가를 통하여 C중공업의 매각가치를 높이고 원활한 매각을 기대하였기 때문이라는 내용의 준비서면을 제출한 사실 등을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에다가 원고가 거액의 이 사건 매매대금 반환채권을 포기할 만한 어떠한 사정이 기록상 전혀 보이지 않는 점을 보태어 보면, 이 사건 회생절차 당시 원고는 이 사건 매매대금 반환채권을 회생채권으로 신고하면 B조선의 채무액이 현금유입액을 훨씬 상회하게 되어 회생계획안이 인가되지 않을 수 있고, 그렇게 되면 회생계획안이 인가되는 경우보다 이 사건 매매계약의 이행이나 이 사건 매매대금을 반환받을 가능성이 더 희박해질 수 있다는 고려하에 자신의 채권을 신고하지 아니하였을 개연성도 있으므로, 원고가 이 사건 회생절차에서 이 사건 매매대금 반환채권을 신고하지 아니한 사정만으로는 원고가 이 사건 매매대금 반환채권을 포기하였다고 단정할 수 없고, 달리 이를 인정할만한 증거가 없다(부산지방법원-2018-구합-25364, 2020.6.12.). 국세청은 항소를 포기하여 이 사건은 납세자 승소로 종결되었다.

3) 판결의 의미 회생채권이 포함되는 채권을 채권자가 회생법원에 신고하지 않는 경우에도 그 채권이 회생절차에 따라 회수불능하게 되면 대손금으로 인정된다는 것이다. 다만, 회생채권으로 신고하지 않은 합리적인 이유가 없으면 국세청은 채권의 임의포기로 보아 이를 접대비로 보아 부인할 수 있으므로 회생법원에 신고하지 않은 합리적인 이유가 있어야 할 것이다.

1) 국세청의 예규 스포츠의류판매업을 하는 개인사업자 갑은 사업자단위과세사업자로서 두 개의 사업장(A사업장과 B사업장)이 있다. 사업장 각각의 연간 공급가액 합계액은 10억원 이하이나, 두 사업장의 공급가액을 합한 연간 공급가액 합계액은 10억원을 초과한다. 갑은 사업자단위과세사업자로 등록한 개인사업자의 경우 10억원 초과 여부를 판정할 때 각각의 사업장별 공급가액을 기준으로 하는지 아니면 전체 사업장의 공급가액을 기준으로 하는지를 국세청에 질의하였다.
국세청은 “사업자단위과세사업자로 등록한 개인사업자로서 직전 연도의 공급가액 합계액이 10억원을 초과하는지 여부는 직전연도의 주사무소와 종된 사업장의 공급가액 합계액을 기준으로 판정한다고 해석하였다(서면-2019-법령해석부가-2832, 2019.11.29.).

2) 국세청의 예규를 뒤집는 기획재정부의 예규 기획재정부는 “사업자단위과세사업자로 등록한 개인사업자로서 직전 연도의 재화 또는 용역의 공급가액의 합계액이 10억원을 초과하는지 여부는 직전연도의 주사무소와 종된 사업장의 사업장별 공급가액을 기준으로 판단한다”는 국세청 예규와 상반되는 예규(기획재정부 부가가치세제과-352, 2020.8.12.)를 발표하였다.
국세청은 사업자단위과세사업자인 경우에 사업장이 하나라고 보아 전체 공급가액 합계액을 기준으로 10억원 초과 여부를 판단한다고 보았다. 그러나 기획재정부는 사업자단위과세사업자는 사업장이 여러 개가 있으나 이를 사업자단위적용사업장에서 합쳐서 신고ㆍ납부를 하는 것뿐이라고 본 것이다. 사업자단위과세사업자에게 부가가치세 신고 시 사업장별 부가가치세 과세표준 및 납부세액(환급세액) 신고명세서(별지 제28호 서식)를 제출하도록 한 점을 보면 사업자단위과세사업자의 사업장이 한 개가 아님을 알 수 있다.
따라서 사업장을 단위로 공급가액을 판단하라는 기획재정부의 예규는 「부가가치세법 시행령」 제88조 제3항에서 사업장을 기준으로 10억원을 초과하는지를 판단하도록 한 것에 부합하는 해석이다.

종전에 기획재정부는 공급자의 부담으로 건물을 철거한 경우에는 부가가치세를 과세대상이 아니나, 공급받는 자가 철거한 경우에는 양도 당시 건물기능이 상실되지 않은 한 부가가치세를 과세한다고 해석하였다(재소비 46015-31, 2000.1.8.). 그러나 대법원은 매매 당시 철거예정인 건물은 매도자와 매수자 중 누가 철거하든 건물의 양도대가는 철거보상금이므로 부가가치세 과세대상이 아니라고 판결하였고, 그 후 조세심판원에서도 유사한 결정이 반복해서 나왔다. 이에 따라 기획재정부는 “사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물을 일괄양도하면서 계약서에 토지 및 건물가액을 구분 표시하되, 건물가액은 없는 것으로 하고 양수인이 양도받은 건물을 철거한 경우 매매계약 체결 당시 건물철거가 예정되어 있고, 실제 철거되었으며, 계약서에 구분표시된 건물의 가액(0원)이 정상적인 거래 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에는 건물의 공급가액은 0원이다”라고 종전의 해석을 변경하였다(기획재정부, 부가-267, 2012.5.24.). 그 후 국세청도 동일한 내용의 예규를 발표한 바 있다(사전-2016-법령해석부가-0419, 2016.10.6., 사전-2018-법령해석부가-0729, 2018.11.28.). 그런데 2018.12.31.에 「부가가치세법」이 개정되면서 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령이 정하는 방법에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 나는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다는 규정이 신설되었다(부법 §29 ⑨).
철거예정인 건물을 공급하는 경우 2018.12.31. 「부가가치세법」의 개정 후에도 철거예정 건물의 공급가액을 0원으로 할 수 있다는 종전의 대법원 판례, 조세심판례, 예규가 유효한지가 논란이 된다.

국세청은 「부가가치세법 시행령」 개정 이후 다음과 같은 예규를 발표하였다.

납세자가 실지거래가액으로 구분한 가액이 기준시가 등 「부가가치세법 시행령」이 정한 안분계산가액과 30% 이상 차이가 나는 경우에는 「부가가치세법 시행령」이 정한 방법으로 안분계산한 가액을 공급가액으로 하도록 「부가가치세법」을 개정하여 2019.1.1. 이후 공급분부터 적용하도록 하였다. 그런데, 기획재정부에서 발표한 개정요강에는 그 규정의 개정취지는 “자산별 가액의 자의적인 구분을 통한 조세회피 방지”라고 되어 있다. 매매계약 체결 당시 건물철거가 예정되어 있고, 실제 철거되었으며, 계약서에 구분표시된 건물의 가액(0원)이 정상적인 거래 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에는 그 건물의 가치는 0(영)인 것이 합당한 것이고 자의적인 구분이 아니므로 국세청 예규의 타당성에 대한 의문이 있다. 이 부분은 다시 기획재정부의 예규가 나와야 할 것이고 기획재정부의 예규에서도 국세청과 동일하게 해석한다면 조세심판원이나 법원의 판결이 나와서 정리가 되어야 할 것으로 보인다.