종전에 국세청은 매입세액공제를 받은 재화를 사용인에게 명절선물 등으로 증정하는 경우에는 부가가치세가 과세된다고 해석하였다. 그러나 인천지방법원은 “복리후생비는 임직원의 근로환경 개선 및 사기진작과 근로의욕의 향상 등을 위하여 지출되는 노무비적 성격을 지닌 비용으로서 그것이 과도하지 않고 사회통념상 타당하다고 인정되는 범위 내의 것이면 업무와 관련이 있는 지출로서 「법인세법」상 손금으로 인정됨은 물론 「부가가치세법」상 그에 관한 매입세액은 매출세액에서 공제되는 항목으로 인정된다.”라고 판결하였다(인천지방법원 2015.4.30. 선고 2014구합32312 판결). 관할 세무서는 이 판결을 반영하여 매입세액을 매출세액에서 공제하고 선물구입비를 ‘개인적 공급’으로 보아 매출세액에 가산하여 재경정하였다. 그러나 서울고등법원은 “복리후생비는 임직원의 근로환경개선 및 사기진작과 근로의욕의 향상 등을 위하여 지출되는 노무비적 성격을 지닌 비용으로서 그것이 과도하지 않고 사회통념상 타당하다고 인정되는 범위 내의 것이면 업무와 관련이 있는 지출로서 「법인세법」상 손금으로 인정됨은 물론 「부가가치세법」상 그에 관한 매입세액은 매출세액에서 공제되는 항목으로 인정되며, 이와 같은 복리후생비는 개인적 공급에 해당한다고 보기 어려우므로 이를 매출세액에 가산하여서는 안 될 것이다.”라고 판결하였다. 관할 세무서는 2016.3.17. 원심판결의 취지에 따라 이 사건 처분을 직권으로 일부 취소하는 감액경정결정을 하였다. 이 사건으로 인하여 기획재정부는 2019.2.12.에 「부가가치세법 시행령」을 개정하여 경조사(설날 추석, 창립기념일 및 생일 등을 포함한다)와 관련된 재화로서 사용인 1명당 연간 10만원 이하의 재화를 제공하는 경우에는 개인적 공급으로 보지 않는다는 규정을 신설하였다.
어떤 회사가 구정선물로 7만원(부가가치세 7천원 별도), 추석선물로 8만원(부가가치세 8천원 별도)에 구입한 상품을 임직원에게 증정할 예정인데, 그 회사가 구입한 상품에 대한 매입세액을 부가가치세 신고 시 공제받은 경우 임직원 선물에 대하여 부가가치세를 어떻게 과세해야 하는지를 국세청에 질의하였다. 이에 대하여는 다음과 같은 세 가지의 견해가 있다. 갑설은 선물이 10만원을 초과하는 순간 전액 과세되는 문제가 있고, 을설은 연간 선물액이 동일한 경우에도 구정선물과 추석선물의 구성에 따라 과세액이 달라지는 문제가 있다. 병설은 선물구성과 관계없이 10만원이 과세대상에서 제외되므로 세 가지 견해 중에서 병설이 가장 합리적인 것으로 보인다.

국세청은 질의에 대하여 “사업자가 2019.2.12. 이후 복리후생적인 목적으로 경조사(명절, 창립기념일, 생일 등)와 관련하여 「부가가치세법」 제10조 제1항에 따른 자기생산 취득재화를 사용인에게 대가를 받지 아니하고 연간 수차례 제공하는 경우 제공한 재화의 연간 공급가액(시가) 합계액이 10만원을 초과하게 되는 때 같은 법 제4조 및 같은 법 시행령 제19조의 2에 따라 그 초과액을 공급가액으로 하여 부가치세가 과세된다.”라고 해석하였다(서면-2020-법령해석부가-1774 [법령해석과-2034], 2020.6.30.). 국세청의 해석은 병설에 따른 것으로 합리적이다.

과세사업에 사용하던 재화를 면세사업에 사용하는 경우 재화의 공급으로 보아 과세하는 것과 논리의 일관성을 유지하고 과세형평성을 제고하기 위하여 2007년부터 면세사업에 사용하던 감가상각자산을 과세사업에 사용하는 경우에 취득 시 공제받지 못한 매입세액 중 일정한 금액을 공제하는 제도를 시행하였다. 과세사업 전환 매입세액을 공제받으려면 다음 요건을 모두 충족하여야 한다(부법 §43).
첫째, 면세사업에서 구입 시 매입세액이 불공제된 감가상각자산일 것
둘째, 취득일이 속하는 과세기간 후에 과세사업에 전용할 것
셋째, 과세사업에 전환한 과세기간에 대한 확정신고 시 공제할 것

A법인은 부가가치세가 면제되는 보험업을 영위하는 법인으로 2014년 6월 건물을 취득하며 건물분 매입세액에 대하여 면세사업 관련 매입세액으로 불공제하였다. A법인은 건물에서 보험업을 영위하다가 2019년 제1기 과세기간에 건물 일부를 임대업에 사용하면서 면세사업등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환 시 매입세액공제 특례규정에 따라 매입세액을 공제해야 하나 부가가치세 신고 시 누락하였다. A법인은 2019.9.10.에 관할 세무서에 면세사업등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환 시 매입세액공제 특례규정에 따라 매입세액공제에 대한 관할 세무서에 경정청구를 신청하였다. 이에 대하여는 다음의 두 가지 견해가 있다.

<갑설>  면세사업용 건물의 일부를 과세사업에 전용하였으므로 「부가가치세법 시행령」 제85조 제2항에 따라 다음과 같이 매입세액공제액을 계산한다(부령 §85 ②).
<을설>  건물의 전체 매입세액을 면적비율로 구분하면 실지귀속에 따라 임대 부분의 매입세액을 구분할 수 있다. 면적비율로 임대 부분의 매입세액을 계산한 다음, 그 매입세액에 「부가가치세법 시행령」 제85조 제1항 제1호의 계산식을 적용해야 한다.
관할 세무서는 위의 두 가지 견해 중 어떤 견해가 타당한지에 대하여 국세청에 과세기준자문을 신청하였고, 국세청은 다시 기획재정부에 질의하였다.

이에 대하여 기획재정부는 “사업자가 「부가가치세법」 제39조 제1항 제7호에 따라 취득 시 매입세액이 공제되지 아니한 건물의 일부를 과세사업에 사용하는 경우 과세 면세사업에 사용할 면적 등에 의하여 실지귀속이 분명한 경우에는 실지귀속에 따라 계산한 매입세액에 같은 법 시행령 제85조 제1항 제1호의 계산식을 적용하여 계산한 금액을 공제하는 것이며, 그 실지귀속을 알 수 없는 경우에 한하여 같은 법 시행령 제85조 제3항¹⁾을 적용하여 계산한 금액을 공제한다(기획재정부, 부가가치세제과-112, 2020.2.17.).”라고 해석하였다. 1) 부가가치세법 시행령 제85조 제2항의 오타로 보인다. 부가가치세가 과세되는 사업과 면세되는 사업을 겸영하는 사업자가 건물을 신축 또는 취득하여 그중 일부를 임대사업 등 과세사업에 제공하거나 제공할 예정인 경우에 그 매입세액의 계산은 그 매입세액이 과세사업 또는 면세사업 중 실제로 어느 곳에 귀속되었는지가 분명한 때에는 그 실지귀속에 따라 계산하고 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 안분계산하여야 할 것인바, 이 사건의 경우와 같이 당해 과세기간의 면세사업 공급가액이 없는 경우에는 위 시행령 제61조 제4항에 의하여 과세사업 또는 면세사업으로 제공될 건물의 면적비율에 따라 안분계산함이 타당하다 할 것이다(대법원 87누479, 1988.11.8. 판결 참조).
건물을 처음부터 과세사업과 면세사업에 사용하는 경우에는 실지귀속인 사용면적에 따라 안분계산하였을 것이므로, 건물을 처음에 면세사업에 사용하다가 과세사업에 전환하는 경우에도 사용면적에 따라 과세사업 전환 매입세액을 계산해야 실지귀속에 따른 매입세액공제가 가능하게 된다. 이러한 관점에서 보면 기획재정부의 해석은 실지귀속에 따라 매입세액을 공제하기 위한 합리적인 해석으로 보인다.

부가가치세 과세사업자인 법인이 과세사업의 확장을 통해 시장지배를 강화하기 위하여 동종 업종의 다른 법인의 주식을 취득하면서 외부업체와 금융자문용역계약을 체결하고 해당 주식취득과 관련된 금융자문용역을 제공받고 그에 대한 대가로 수수료 지급하고 세금계산서를 발급받았다. 이 경우 금융자문수수료에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제받을 수 있는가?
국세청은 종전에 과세사업자가 주식을 발행하거나 주식을 매매하는 것과 관련된 매입세액은 주식이 부가가치세 과세대상이 아니므로 사업과 관련이 없다고 해석하였다(부가－3066, 2008.9.16.; 법규과－915, 2009.7.6.; 서삼－2640, 2007.9.19.). 이 해석은 주식은 부가가치세 과세대상 재화가 아니어서 주식을 발행하거나 매각해도 매출세액이 발생하지 않으므로 주식의 발행이나 매매와 관련된 매입세액을 사업과 관련이 없는 매입세액으로 본 것이다.
국세청은 매입세액의 사업관련성을 따지는 데 있어 물물대응의 원칙을 적용하여 주식은 양도 시 부가가치세가 과세되지 않으므로 그 매입세액을 공제하지 않는다고 본다.

법원에서는 과세사업자의 “자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될” 재화 또는 용역의 공급 또는 수입에 대한 부가가치세액에 해당하는 이상 그 전부를 공제대상으로 하되 「부가가치세법」에 불공제대상으로 열거된 경우에만 공제하지 아니한다고 본다. 법원에서는 주식 취득과 관련된 매입세액이라도 사업과 관련된 경우에는 매입세액을 공제한다고 판결한 바 있다. 최근 국세청은 이러한 판례를 반영하여 “사업자가 자기의 과세사업 확장을 통해 시장지배를 강화할 목적으로 타 법인 주식취득과 관련하여 외부업체로부터 금융자문용역을 제공받고 자문수수료를 지급하면서 부담한 부가가치세액은 매출세액에서 공제할 수 있다.”라는 새로운 예규를 발표하였다(기준 2019법령해석부가-0479, 2019.7.11.).
국세청의 새로운 해석은 법원과 같은 해석으로서 실무상 혼선을 방지하기 위한 합리적인 해석으로 보인다.

법인세나 소득세에서는 수익ㆍ비용 대응원칙에 따라 매출원가는 매출을 인식한 과세기간에 인식한다. 그러나 부가가치세에서 매입세액은 그 매입으로 인하여 매출세액이 발생하였는지 여부에 관계없이 재화나 용역을 공급받은 날이 속하는 과세기간에 공제한다.
매입세액을 그 매입으로 인한 매출이 발생한 과세기간에 공제하면 세금계산서 수취분을 매출발생분과 미발생분으로 구분해야 하므로 부가가치세 업무가 너무 복잡하게 된다. 이에 따라 매입세액은 매출 발생 여부에 관계없이 구입한 과세기간에 공제하도록 하였다. 그런데 사업자가 재화를 구입한 과세기간에 매입세액을 공제받은 후 거래처에 증정하는 등의 매입세액불공제 용도로 사용하는 경우가 있다. 재화를 매입세액불공제 용도로 사용하였으므로 당초 공제받은 매입세액을 환수해야 한다. 매입세액을 환수하는 방법은 매입세액을 공제받은 과세기간의 매입세액을 불공제하는 방법과 매입세액 공제를 그대로 인정하고, 상품을 증정할 때 간주공급으로 보아 매출세액으로 과세하는 방법이 있다. ‘당초 매입세액을 불공제하는 방법’은 증정 시 당초 과세기간의 부가가치세를 수정신고해야 하므로 업무가 너무 번거롭다. 이에 따라 부가가치세법은 불공제 용도로 사용한 과세기간에 간주공급으로 과세하는 방법을 채택하고 있는데, 이를 간주공급(또는 재화공급의 특례)라고 한다. 간주공급의 공급가액은 ‘시가’에 의하지만, 감가상각자산인 경우에는 낮은 유통성으로 인하여 거래가격에 의하여 시가를 산정하기 어려운 점을 감안하여, 그 재화의 취득가액을 기준으로 다음과 같이 부가가치세 과세기간의 경과에 비례하여 일정률로 감액된 금액을 시가로 보아 공급가액을 산정하도록 하고 있다. A법인은 2015.3.2.에 AB법인의 소매 생활물자사업부문이 물적분할되어 신설된 법인이다. A법인은 물적분할에 따라 양도자로부터 소매ㆍ생활물자사업에 대한 권리와 의무를 포괄적으로 승계하여 유통업을 영위하고 있으며, 이 포괄승계는 「부가가치세법」 상 사업의 포괄양수도에 해당한다. A법인은 포괄승계받은 지점을 영위하다가 폐업하는 경우 지점의 건물에 대한 간주공급의 공급가액 계산 시 경과된 과세기간의 수를 계산하기 위한 취득일에 대해서는 다음 두 가지 견해 중 어떤 것이 타당한지에 대하여 국세청에 사전답변²⁾을 신청하였다. 2) 사전답변은 납세자가 실명으로 자신과 관련된 특정한 거래의 세무 관련 의문사항에 대해 사전에 구체적인 사실관계를 명시하여 질의할 경우 국세청장이 명확하게 답변하는 제도이다.
<갑설>  사업양도자가 당초 건물을 취득한 날을 기준으로 경과된 과세기간의 수를 계산한다.
<을설>  사업양도를 받은 날을 취득일로 하여 경과된 과세기간의 수를 계산한다.

종전에 국세청은 사업자가 사업양도로 취득한 감가상각자산을 면세사업에 일부 사용하는 때에는 사업양도를 받은 날을 취득일로 하여 의제시가를 계산한다고 해석하였다(부가 22601-1267, 1986.6.30.).
사업의 양도란 사업용 재산을 비롯한 물적 인적시설 및 권리의무 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 승계시키는 것을 뜻한다(대법원 1993.4.27. 선고93누524 판결). 따라서 사업양수인은 사업양수인의 지위를 그대로 승계하므로 간주공급 시 사업양도를 받은 날을 취득일로 한다는 해석이 타당한지 논란이 있었다.
국세청은 사전답변신청에 대하여 “건물의 공급가액을 계산함에 있어 경과된 과세기간의 수는 사업의 양도자가 당초 건물을 취득한 날을 기준으로 하여 산정한다며 종전의 해석과 다른 해석을 하였다(서면-2020-법령해석부가-2141 [법령해석과-1993], 2020.6.26.). 사업양도에 따라 사업양수인은 사업양도인의 지위를 승계하므로 사업양도인의 취득일부터 경과된 과세기간을 계산한다는 국세청의 새로운 해석은 종전 해석보다 합리적인 것으로 보인다.

을회사는 갑회사(지주회사임)의 자회사로서 갑회사가 지분의 100%를 소유하고 있다. 을회사는 모회사인 갑회사와 체결한 ‘관리협약서’ 및 을회사의 ‘자회사 경영관리규정’에 따라 그룹사 경영의 효율성 등을 위하여 갑회사, 을회사 및 그 자회사(이하 “계열사”)에 직원을 파견하여 근무하게 하고 파견 직원에게 지급할 급여 등에 부가가치세를 포함한 금액을 계열사에 청구하여 인건비를 지급받고 이를 용역의 공급대가로 보아 부가가치세를 신고 납부하였다. 이후 갑회사는 그룹 내 계열사 간 인력파견은 용역의 공급에 해당하지 아니하는 것으로 보아 당초 신고 납부한 부가가치세액을 환급해 달라는 취지의 경정청구를 하였다. 관할 세무서는 이에 대하여 국세청에 과세기준자문³⁾을 신청하였다. 3) 과세기준자문이란 지방국세청장ㆍ세무서장 및 주무국장이 납세자와 이견이 있거나 단독으로 판단하기 곤란한 세법해석사항에 대해 과세 전에 국세청장에게 자문하는 것을 말한다.

종전에 국세청은 모회사가 자회사에 직원을 파견하는 것은 인력공급업에 해당하므로 부가가치세가 과세된다고 여러 차례 해석하였다(부가가치세과-682, 2010.6.1. 외 다수). 그러나 조세심판원은 그룹 내 관계회사 간 파견제도는 그룹 인력교류 활성화를 통해 우수인재의 적재적소 활용 및 인재육성을 도모하고 관계회사 간 업무협조 및 이해증진을 바탕으로 그룹사 모두의 시너지 극대화를 목적으로 하고 있을 뿐 영리목적이 없고, 원 소속회사로서는 파견회사가 파견자에게 직접 급여를 지급하므로 파견에 따른 부가가치를 창출하지 않으며, 직원을 파견한 목적이 영리 목적이 아닌 그룹사 간의 업무효율화를 도모하기 위하여 한 것이라는 점과 파견직원에 대한 부담금을 파견회사(자회사)에서 종국적으로 부담한다는 점에서 사실상 파견직원으로서 지급받는 급여 등에 해당하는 것으로 보이므로, 그룹 계열사 간 인력교류를 인력공급업을 영위하고 있는 것으로 본 것은 잘못이 있다고 결정하였다(조심 2016중2517, 2016.12.12., 조심 2014서4772, 2015.1.23., 조심 2014서4842, 2015.1.23.).
조세심판원에서 계열사 간에 직원 파견을 부가가치세 과세대상이 아니라고 계속 결정하고 있는 점을 고려하여 2020년 5월 국세청은 국세법령정보시스템에서 계열사 간의 직원 파견을 부가가치세 과세대상이라고 해석한 종전의 예규 3건을 모두 삭제하였다.
국세청은 사전답변에 대하여 “사업자가 지주회사와 체결한 ‘관리협약서’ 및 지주회사의 ‘자회사 경영관리규정’에 근거하여 그룹의 실익증진 및 경영의 효율성 등을 위해 직원을 그룹 내 계열사에 파견하여 근무하게 하고, 해당 계열사로부터 파견 직원의 인건비를 지급받는 경우 해당 인건비는 「부가가치세법」 제4조에 따른 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니한다(기준-2020-법령해석부가-0044 [법령해석과-1567], 2020.5.26.).”는 종전과 다른 해석을 하였다. 국세청의 새로운 해석은 조세심판원의 결정을 반영한 것으로 실무상의 혼란을 방지하기 위한 합리적인 해석으로 보인다.

「체육시설의 설치ㆍ이용에 관한 법률」(이하 “체육시설법”)에 따라 구청에 ‘체력단련장업’으로 신고하여 사업을 운영하고 있는 A법인은 체력단련장에서 발생한 모든 매출에 대하여 부가가치세 과세대상으로 보아 부가가치세를 신고 납부하였으나 프로그램 중 일부는 자격을 갖춘 체육지도자가 회원에게 1:1로 제공하는 운동지도용역(Personal Training, 이하 “PT용역”)은 면세되는 교육용역에 해당하므로 부가가치세를 감액경정해 달라는 취지로 경정청구를 하였다. 관할세무서는 국세청에 체육시설법에 따라 신고한 체력단련장에서 개인운동지도용역(PT)을 제공하는 경우 면세되는 교육용역에 해당하는지 여부에 대하여 과세기준자문을 신청하였다.

주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록되거나 신고된 학교, 학원, 강습소, 훈련원, 교습소 또는 그 밖의 비영리단체에게 제공하는 교육용역은 부가가치세 면세대상이다. 이와 같이 교육용역에 부가가치세를 면제하는 것은 정부의 허가나 인가 또는 등록이나 신고, 시설기준의 유지 등을 통해 그 교육관련시설에 관한 지도 감독을 받도록 하여 제도권 내에서 교육을 하는 것을 지원하겠다는 의미로 보인다. 체육시설법 등에 따라 주무관청(구청장)에 등록 또는 신고하고 주무관청(구청장)으로부터 시설기준 등에 관한 지도 감독을 받는 경우에는 교육 관련 시설도 면세대상이 될 수 있다. 다만, 체육시설의 경우 그 설치 목적이 주로 대중으로 하여금 체육시설을 이용하고 그 대가를 받는 것이라면 이는 체육시설에 해당할 뿐 교육시설로 볼 수 없으므로 일부 교습을 실시하는 경우가 있다고 하더라도 그것이 체육시설 설치의 주된 목적이 아니어서 부가가치세 면세대상이라고 할 수 없다. 그러나 체육시설업자가 체육교습을 위한 목적에서 체육시설을 설치한 것으로써 이용자 또는 이용의 실제 등에 비추어 체육교습이 주된 것이고 그에 부수하여 체육시설이 이용되는 것이라면, 이는 종래 체육교습을 위한 사설강습소에 해당하는 교육관련시설에서 이루어진 교육용역에 해당하므로 부가가치세 면세대상으로 보아야 한다. 체육시설이 부가가치세 면세대상인 교육시설인지 아니면 부가가치세 과세대상인 체육시설인지 여부는, 체육시설의 설치 목적이 주로 체육교습을 위한 것인지 또는 시설이용을 위한 것인지, 실제로 이용자들의 대부분이 체육교습자인지 아니면 교습을 받지 않는 일반 고객인지, 이용자들이 이용시간 대부분 교습을 받으면서 체육시설을 이용하는지 또는 이용시간 중에 스스로 체육시설을 이용하다가 간간이 교습만을 받는지, 단순히 시설만을 이용하는 가격이 별도로 정해져 있는지 또는 수강료에서 교습비가 차지하는 비중이 순수한 체육시설 이용료에 비하여 상당한지 등을 종합하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단하여야 할 것이다(서울행정법원-2019-구합-77606, 2020.3.27.).
국세청은 헬스클럽의 경우 일반인 고객들은 시설을 이용하기 위한 목적으로 등록하는 것이고, 운영방법의 한 형태로 고객유치를 위해 전문트레이너를 고용하여 잘못된 자세교정이나 운동방법 등을 알려주는 PT용역을 병행하여 제공하는 것이며, PT는 체력단련장을 이용하는 고객들의 선택사항이고 부수적인 것이며, 자세교정이나 운동방법을 알려주는 정도에 그치는 것이어서 “지식, 기술 등을 가르치는 것”으로 볼 수 없어 부가가치세 면세대상인 교육용역에 해당되지 아니한다고 보아 다음과 같이 부가가치세 과세대상이라고 해석하였다. 이와 동일한 취지의 행정소송이 제기되어 2020.3.27.에 서울행정법원에서 1심 판결이 났다. 서울행정법원에서는 “사업장의 설치 목적은 주로 체육시설이용을 위한 것이고, 회원들에게 각종 체육시설을 제공한 후 이에 대한 대가를 지급받는 것을 주된 사업 목적으로 하여 사업장이 운영되었으므로, 이 사건 사업장이 교육관련 시설에 해당하지 않는다.”라고 판결하여 국가가 승소하였다. 현재 서울고등법원에서 2심 재판이 진행 중에 있다.

A법인은 거래처 부도 등의 사유로 매출채권을 회수할 수 없는 경우에 대비하여 대손사유 발생 시 회수불능 채권금액 중 일부를 지급받기로 하는 보험에 가입하였다. A법인은 보험에 가하여 회수불능하게 되면 보험금을 지급받을 수 있는 채권도 대손충당금 설정대상인지에 대하여 국세청에 사전답변을 신청하였다.

국세청은 “내국법인이 거래처 부도 등의 대손사유로 매출채권을 회수할 수 없는 경우에 대비하여 대손사유 발생 시 회수불능 채권금액 중 일부금액을 지급받기로 하는 보험에 가입한 경우, 「법인세법 시행령」 제61조 제2항에 따른 “채권잔액”은 해당 매출채권의 장부가액 전체 금액을 기준으로 계산한다(사전-2020-법령해석법인-0475, 2020.6.11.)”라고 해석하였다.
「법인세법」상 대손충당금 한도액은 해당 사업연도 종료일 현재의 외상매출금 대여금, 그 밖에 이에 준하는 채권의 장부가액의 합계액(“채권잔액”)의 100분의 1에 상당하는 금액과 채권잔액에 대손실적률을 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액으로 한다. 대손충당금 한도액 계산 시 채권에는 외상매출금 대여금, 그 밖에 이에 준하는 채권 중 회수가 불확실한 것만 포함하는 것이 아니므로 100% 회수가능성이 있는 채권도 대손충당금 설정대상에 포함한다. 예를 들어, 국가 및 공공단체에 대한 채권은 100% 회수가능성이 있는 그 채권이나 대손충당금 설정대상 채권에 포함한다(법인22601-84, 1988.1.14.)고 해석하고 있으므로 국세청에서는 보험에 가입된 채권도 대손충당금 설정대상 채권에 포함한다고 본 것이다.

종전에 자본준비금은 결손보전과 자본전입의 용도로만 사용할 수 있었으나, 2011.4.14. 「상법」이 개정되어 적립한 자본준비금 및 이익준비금의 총액이 자본금의 1.5배를 초과하는 경우에는 주주총회의 결의에 따라 그 초과하는 금액의 범위에서 자본준비금 및 이익준비금을 감액하여 배당 등의 재원으로 사용할 수 있다(상법 461조의 2). 「상법」 제461조의 2에 따라 주주총회의 결의에 따라 자본준비금을 감액하여 받은 배당은, 법인주주는 익금에 산입하지 아니하고 개인주주는 배당소득으로 보지 아니한다. 다만, 자본전입 시 의제배당으로 과세하는 자본준비금의 배당은 그러하지 아니한다(법법 §18 8호, 소령 §26의 3 ⑥). 이와 같이 자본준비금을 감액하여 받는 배당을 과세하지 아니하는 것은 주식발행초과금, 감자차익 등의 자본준비금은 주주가 납입한 금액이므로 그 금액을 감액하여 받는 배당은 투자금을 환급받은 것에 불과하기 때문이다.
A법인은 2019.12.30. 「상법」 제461조의 2에 따라 주주총회 결의로 자본준비금인 주식발행초과금 중 일부를 감액하여 이익잉여금에 이입하였다. 이에 따라 이익잉여금은 본래의 이익잉여금과 주식발행초과금의 감액으로 인한 이익잉여금으로 구성되었다. A법인은 2020.2.10. 이사회를 통하여 이익잉여금으로 전환한 자본준비금 감액분 중 일부를 재원으로 현금배당하기로 의결하고, 2020.3.24. 정기주주총회에서 해당 감액 자본준비금을 배당재원으로 사용하는 것을 확정하였다. A법인은 이익잉여금에 있는 주식발행초과금의 감액으로 인한 이익잉여금을 재원으로 하여 배당하기로 결의한 경우에 이를 인정하여 배당소득을 과세하지 않는지에 대하여 국세청에 사전답변을 신청하였다.

내국법인이 「상법」 제461조의 2에 따라 자본준비금을 감액한 금액과 당기순이익으로 구성된 미처분이익잉여금을 재원으로 배당을 하는 경우 종전에 국세청은 먼저 발생한 잉여금을 먼저 배당한 것으로 본다고 해석하였다(서면법령법인-2052, 2016.1.18.). 그러나 기획재정부는 자본준비금, 이익준비금과 이익잉여금이 있는 내국법인이 「상법」 제461조의 2에 따라 자본준비금을 감액한 금액을 주주총회 결의에 따라 배당하는 경우, 당해 내국법인의 주주는 주주총회 결의에 따라 자본준비금을 감액한 금액을 배당받은 것으로 보는 것이며, 동 배당금을 지급받은 당해 내국법인의 주주는 「법인세법」 제18조 제8호에 따라 그 배당금을 지급받은 사업연도의 익금에 산입하지 아니한다(기획재정부, 법인세제과-676, 2016.7.12.)고 해석하였다. 국세청에서는 기획재정부의 예규와 동일한 예규(서면-2016-법인-4413 [법인세과-2408], 2016.9.19.)를 발표하고 기획재정부의 예규와 상충되는 기존 예규를 국세법령정보시스템에서 삭제한 바 있다.
국세청은 이 사전답변 신청에 대하여 기존의 기획재정부의 예규를 참조하라고 답변하였다(사전-2020-법령해석법인-0194 [법령해석과-1071], 2020.4.7.).

천재지변으로 생기는 이재민을 위한 구호금품의 가액은 법정기부금에 해당한다. 이 경우 천재지변에는 「재난 및 안전관리 기본법」 제60조에 따라 특별재난지역으로 선포된 경우 그 선포의 사유가 된 재난을 포함한다(법령 §38 ①). 정부는 2020.3.15. 코로나19 감염 피해 확산으로 인하여 대구ㆍ경산ㆍ청도ㆍ봉화지역을 「재난 및 안전관리 기본법」 제60조에 따른 특별재난지역으로 선포하였다.
코로나19 대구지역 거점병원으로서 질병퇴치를 위해 전력투구하고 있는 A법인에 전국에서 질병치료 목적으로 기부금과 위문품(음식, 마스크, 속옷 등의 물품)을 보내왔다. A법인은 코로나19와 관련하여 국세청에 다음과 같은 내용에 대하여 사전답변을 신청하였다.

(질의 1) 「법인세법」 제24조 제3항 제3호 및 같은 법 시행령 제38조 제1항에 따르면 “특별재난지역 선포의 사유가 된 재난으로 생기는 이재민 구호금품 가액”은 법정기부금에 해당하는바, 특별재난지역 선포일 전에 지출한 기부금에 대하여도 법정기부금으로 볼 수 있는지 여부 (질의 2) 코로나19 관련 기부금품을 수령하여 자원봉사자 및 의사ㆍ간호사의 숙식비, 인건비, 각종 진료소모품 구입비 등으로 사용하는 경우에도 해당 기부금품을 이재민을 위한 구호금품 가액으로 볼 수 있는지 여부 (질의 3) 특별재난지역으로 선포된 지역 외 지역의 코로나19 퇴치를 위하여 지출하는 기부금의 경우에도 법정기부금으로 볼 수 있는지 여부

국세청은 기획재정부에 질의하였고, 기획재정부는 질의1, 질의2, 질의3 모두 법정기부금에 해당한다고 답변하였다(기획재정부 법인세제과-324, 2020.3.24.). 기획재정부의 해석은 「법인세법 시행령」 제38조 제2항에서 “천재지변에는 「재난 및 안전관리 기본법」 제60조에 따라 특별재난지역으로 선포된 경우 그 선포의 사유가 된 재난”을 포함하다고 규정하고 있고, 특별재난지역으로 선포된 원인이 코로나19로 인한 점을 고려한 관대한 해석으로 보인다.

종전에는 이월결손금은 각 사업연도 소득금액의 범위에서 공제하였다. 그러나 이월결손금이 있더라도 소득이 발생하는 경우 최소한의 법인세를 부담하도록 하기 위하여 2016년부터 이월결손금 공제한도를 적용했다. 결손금 공제한도는 지속적으로 축소되어 2019년부터는 각 사업연도 소득금액의 60%를 한도로 한다. 다만, 중소기업, 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」 제245조에 따라 법원이 인가결정한 회생계획을 이행 중인 법인 등 일정한 법인은 이월결손금 공제한도를 적용하지 아니한다.
건설업을 영위하고 있는 A법인은 2010년에 법원으로부터 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따라 기업회생절차 인가결정을 받은 후 2012년 2월에 기업회생절차 종결결정을 받았으나 회생계획에 따라 2011년부터 2020년까지 상환계획을 이행 중에 있다. A법인은 「법인세법 시행령」 제10조에서 규정하는 회생계획을 이행 중인 법인에 해당하여 이월결손금 전액(100%) 공제가 가능한지를 국세청에 질의하였다.

회생계획에 따른 변제가 시작되면 법원은 관리인 목록에 기재되어 있거나 신고한 회생채권자 또는 회생담보권자 중 어느 하나에 해당하는 자의 신청에 의하거나 직권으로 회생절차종결의 결정을 한다(채무자 회생 및 파산에 관한 법률 제283조 제1항). 회생절차가 종결되면 관리인의 권한이 소멸되고 사업경영과 재산처분권은 채무자에게 환원되며 채무자는 법원의 감독으로부터 벗어나게 된다. 그러나 회생절차가 종결되어도 회생계획이 정한 바에 따라 그 이행을 완료할 책임이 있다.
국세청은 “「조세특례제한법」 제5조 제1항에 따른 중소기업이 아닌 내국법인이 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」 제245조에 따라 법원의 회생계획 인가결정을 받고 회생계획에 따른 변제를 시작한 후 회생계획 이행을 완료하기 전에 같은 법 제283조 제1항에 따라 회생절차 종결결정을 받았으나 법원이 인가 결정한 회생계획을 이행 중인 경우, 「법인세법 시행령」 제10조 제1항 제1호의 ‘법원이 인가 결정한 회생계획을 이행 중인 법인’에 해당한다(서면-2019-법령해석법인-4303 [법령해석과-1775], 2020.6.11.)”라고 해석하였다. 국세청의 해석은 법원이 회생절차종결결정을 하더라도 그 법인은 법원이 인가결정한 회생계획을 이행 중에 있다는 점을 고려한 합리적인 해석이다.