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조심2017지1124, 2019.11.13 취소 
【제목】 주택조합 등이 조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지를 기반으로 아파트와 상가 등을 신축하는 사업을 시행한 다음 이를 조합원과 조합원 외의 자에게 분양함으로써 그 토지 중 일부가 조합원에게 귀속되고 나머지가 조합원 외의 자에게 귀속된 경우, 비조합원용 토지 중 제3자로부터 매입한 토지가 차지하는 면적은 그 실지귀속에 따라 가리는 것이 원칙이나, 조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지가 전체적으로 하나의 단일한 사업부지로 사용됨으로써 그 중 어느 것이 조합원에게 귀속되고 어느 것이 조합원 외의 자에게 귀속되는지의 실지귀속을 구분할 수 없다면, 특별한 사정이 없는 한 납세자에게 세무상 불이익이 없도록 제3자로부터 매입한 토지는 비조합원용 토지로 우선하여 산정하여야 할 것임.
【세목】 지방세 【구분】 심판청구
주제어 납세의무자에 관한 특례-자본적지출.주체구조부의 소유자.외국수입리스물건.상속.조합 관심주제어 등록
주문
OOO이 2017.6.26. 청구법인에게 한 경정청구 거부 처분은 이를 취소한다.
이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2010.12.2. 처분청으로부터 OOO 일대 아파트 재건축사업을 위한 주택건설사업계획 승인을 받아 공동주택을 신축하고, 일반분양분 토지를 소유권 이전고시일 다음날(2016.4.23.)에 취득한 것으로 보아 일반분양용 토지 7,260.25㎡ 중 이미 취득세 등을 신고ㆍ납부한 면적(2,127.39㎥)을 제외한 5,132.86㎡에 개별공시지가를 적용하여 계산한 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

나. 청구법인은 2017.5.29. 처분청에 일반분양용 주택부지 7,260.25㎡ 중 3,996.35㎡(이하 \"쟁점토지”라 한다)는 제3자로부터 매입한 토지가 사용되었고 매입 당시 이미 취득세 등을 납부하였으므로 기 납부한 취득세 등 OOO원 중 OOO원을 초과하는 부분은 취소해 달라는 경정청구를 하였으나 처분청은 2017.6.26. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.9.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 조합원으로부터 신탁받은 토지와 별도로 제3자로부터 매입한 토지를 기반으로 아파트를 신축하는 사업을 시행한 다음 이를 조합원과 조합원 외의 자에게 분양함으로써 그 토지 중 일부가 조합원에게 귀속되고 나머지가 조합원 외의 자에게 귀속된 경우 그 실지귀속을 확인할 수 있으면 실지귀속대로 과세하면 되지만, 소유권이전 고시일 현재 청구법인이 취득한 비조합원용 토지 7,260.25㎡에는 처분청으로부터 취득한 국공유지 1,197.4㎡, 현금청산분 유상매입 토지 2,798.95㎡, 조합원으로부터 신탁 받은 토지 85,371.05㎡가 혼재되어 있어 그 실지귀속을 구분할 수 없으므로, 특별한 사정이 없는 한 조합원에게 귀속되지 아니한 비조합원용 토지 면적 7,260.25㎡ 중 제3자로부터 매입한 토지의 면적 합계 3,990.35㎡를 우선하여 차감하고 산정하여야 할 것(대법원 2015.10.29. 선고, 2010두1804 판결, 같은 뜻임)인바, 이미 납부한 취득세 중 제3자 취득분 3,990.35㎡는 비조합원용 토지 면적 계산시 우선하여 차감되지 않아 이중과세 되었으므로 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

주택재건축조합이 조합원들로부터 위탁받아 취득한 신탁재산 중 조합원용에 해당하는 부분은 조합원이 취득하는 것으로 간주되어 주택재건축조합에 대해서는 취득세가 부과되지 않고, 위탁받아 취득한 신탁재산 중 조합원에게 귀속되지 아니하는 부분은 조합원이 직접 취득하는 것으로 간주되는 부동산의 범위에서 제외하도록 규정하고 있으며, 비조합원용 부분의 면적은 이전고시 이후 확정되므로 이러한 사정을 반영하여 비조합원용 부동산의 취득시기를 이전고시 다음날로 정해 두었다. 결국 주택재건축조합은 조합원으로부터 신탁받은 토지 중 이전고시에 의하여 비조합원용 부분으로 정해진 면적에 대해서는 이전고시 다음날을 취득일로 하여 취득세 등을 납부하여야 한다. 주택재건축조합이 유상으로 매입하거나 조합원들로부터 신탁받는 등의 방법으로 확보한 사업부지는 관리처분계획에서 정한 바에 따라 이전고시 후 공동주택 및 부대시설 부지가 되거나 도로, 공공용지 등 공공시설의 부지가 되어 지방자치단체 등에게 귀속되고, 그 중 공동주택 및 부대시설의 부지는 다시 조합원에게 분양된 부분과 비조합원인 일반에 분양된 부분으로 구분된다. 여기서 주택재건축조합이 확보한 사업부지는 정비사업의 종료 후 수분양자들이 취득하는 토지나 지방자치단체가 취득하는 토지 등에 개별적으로 대응관계를 이루어 승계되는 것이 아니라 「도시 및 주거환경정비법」에 따라 환지가 있었던 것으로 간주하므로 청구법인은 일반분양분 토지를 환지절차를 거쳐 원시취득(대법원 2015.9.3. 선고, 2015두47065 판결, 같은 뜻임) 하였으므로 일반분양분 토지는 우선 매입토지로 충당되어야 한다는 청구법인의 주장은 환지로서의 성격에 반하여 받아들일 수 없다.

청구법인의 사업 부지에 대해 살펴보면, 총 사업부지 89,367.4㎡는 조합원 신탁분 85,371.05㎡과 제3자 매입분 3,996.35㎡(현금청산 2,798.95㎡, 국공유지 유상취득 291.20㎡, 국공유지 무상취득 906.20㎡)로 구성되어 있고, 이는 이전 고시 후 조합원에게 분양된 토지와 비조합원에게 분양된 토지 및 공공용지 등으로 안분되었다. 과세대상이 되는 비조합원 분양분의 면적은 총 사업부지 89,367.40㎡에서 비조합원 분양분의 면적 7,260.25㎡의 비율을 산정(8.12%, 이하 ‘일반분양비율’이라 한다)하여 조합원 신탁 토지 85,371.05㎡를 일반분양비율로 안분하여 산정한 면적 6,935.58㎡이므로 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

취득세 과세대상인 일반분양분 토지 7,260.25㎡ 중 제3자로부터 취득한 토지 3,996.35㎡에 대한 취득세 등을 신고ㆍ납부하였으므로 나머지 면적에 대하여만 취득세 등을 신고ㆍ납부할 의무가 있다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(가) 청구법인은 2009.5.19. OOO 일대 89,367.4㎡를 사업부지로 하여 신규 공동주택 1,608세대를 공급할 목적으로 결성하여 처분청으로부터 설립인가를 받았다.

(나) 청구법인은 2010.12.2. 처분청으로부터 주택건설사업계획 승인을 받은 후 조합원들로부터 토지 88,170㎡를 신탁 받아 소유권이전등기를 마쳤으며, 신탁받은 토지 외 국공유지 906.2㎡를 무상으로, 291.2㎡를 유상으로 총 1,197.4㎡를 추가로 취득하였다.

(다) 청구법인은 2011.7.4. 처분청으로부터 관리처분계획인가(조합원 1,406세대, 비조합원 162세대, 임대주택 40세대 분양계획)를 받은 후 관리처분계획에 따라 분양신청을 하지 않은 조합원 40세대로부터 토지 지분 총 2,798.95㎡를 2012년부터 유상으로 매입(이하 ‘현금청산’이라 한다)하였으며 이에 대한 취득세 등 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

(라) 청구법인의 사업부지 면적 및 취득세 신고ㆍ납부 현황은 아래 <표1>과 같다.

<표1:생략> 사업부지 면적 및 취득세 신고ㆍ납부 현황

(마) 청구법인은 2015.9.22. 89,367.4㎡의 사업부지에 총 1,608세대의 공동주택을 신축하고 처분청으로부터 준공인가를 받은 뒤, 2016.4.23. 아래 <표2>와 같이 수분양자 등에게 소유권을 이전하기로 하는 내용을 고시하였다.

<표2:생략> 사업부지 분양 현황

(바) 청구법인은 2016.4.29. 비조합원 일반분양분 토지(7,260.25㎡)를 소유권 이전고시일 다음 날에 취득한 것으로 보아 기 신고ㆍ납부한 현금청산분 토지 지분 중 해당면적 2,127.39㎡를 제외한 5,132.86㎡에 공시지가를 적용하여 계산한 OOO원을 과세표준으로 하여 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

(사) 청구법인은 2017.5.29. 처분청에 비조합원용 토지 총면적 7,260.25㎡에는 제3자 취득분 3,996.35㎡가 우선 사용된 것으로 보아 사업부지 매입 당시 이미 취득세를 납부하였으므로 기 납부한 취득세 등 OOO원 중 OOO원을 초과하는 부분은 취소해 달라는 경정청구를 하였으나 처분청은 2017.6.26. 이를 거부하였다.

(아) 청구법인의 총 사업부지 면적은 89,367.4㎥, 조합원 신탁부지 면적은 85,371.05㎥, 제3자 매입 면적은 3,996.35㎥, 비조합원 일반분양 면적은 7,260.25㎥이며, 조합원의 신탁토지 중 일반분양비율로 안분한 면적은 6,935.58㎥[85,371.05㎥×7,260.25㎥/89,367.4㎥(일반분양비율)]로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

「지방세법」 제7조 제8항에서 「주택법」 제11조에 따른 주택조합과 「도시 및 주거환경정비법」 제16조 제2항에 따른 주택재건축조합(이하 이 장에서 "주택조합등"이라 한다)이 해당 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부동산(공동주택과 부대시설ㆍ복리시설 및 그 부속토지를 말한다)은 그 조합원이 취득한 것으로 보되 다만, 조합원에게 귀속되지 아니하는 부동산(이하 이 장에서 "비조합원용 부동산"이라 한다)은 제외한다고 규정하고 있다.

위의 규정에서 정한 주택조합 등이 조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지를 기반으로 아파트와 상가 등을 신축하는 사업을 시행한 다음 이를 조합원과 조합원 외의 자에게 분양함으로써 그 토지 중 일부가 조합원에게 귀속되고 나머지가 조합원 외의 자에게 귀속된 경우, 비조합원용 토지 중 제3자로부터 매입한 토지가 차지하는 면적은 그 실지귀속에 따라 가리는 것이 원칙이나, 조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지가 전체적으로 하나의 단일한 사업부지로 사용됨으로써 그 중 어느 것이 조합원에게 귀속되고 어느 것이 조합원 외의 자에게 귀속되는지의 실지귀속을 구분할 수 없다면, 특별한 사정이 없는 한 납세자에게 세무상 불이익이 없도록 제3자로부터 매입한 토지는 비조합원용 토지로 우선하여 산정하여야 할 것(대법원 2015.10.29. 선고 2010두1804 판결, 같은 뜻임)이다.

처분청은 이 건 경정청구 거부처분이 정당하다는 의견이나, 청구법인은 2012년 등에 이 건 재건축사업을 추진하기 위하여 조합원 외의 제3자로부터 토지 3,996.35㎡를 취득한 후 취득세 등을 신고ㆍ납부한 점, 청구법인은 이 건 재건축사업을 시행하여 아파트 등을 신축하고 소유권이전고시일의 다음날인 2016.4.23. 비조합원용 토지 7,260.25㎡를 취득한 후 위 토지 중 5,132.86㎡에 대한 취득세 등을 신고ㆍ납부한 점, 청구법인은 이 건 재건축사업의 시행을 위하여 토지의 일부는 조합원으로부터 신탁받고, 일부는 제3자로부터 유상으로 취득한 후 그 지상에 공동주택을 신축하여 일부는 조합원에게 일부는 비조합원에게 이전하였으나, 제3자로부터 취득한 토지가 조합원 또는 비조합원에게 귀속되었는지 여부가 불분명한 점, 위와 같이 제3자로부터 취득한 토지의 실지 귀속이 불분명한 경우 동 토지는 비조합원용 토지로 우선하여 산정하는 것이 타당한 점, 청구법인이 취득한 토지 중 조합원용 토지는 조합원이 취득한 것으로 의제되어 청구법인은 취득세 등의 납세의무가 없고 비조합원용으로 취득한 토지에 대하여만 취득세 등의 납세의무 있는바, 청구법인은 비조합원용으로 취득한 토지 7,260.25㎡에 대하여만 취득세 등의 납세의무가 있으나, 비조합원용으로 산정되는 제3자로부터 취득한 토지 3,996.35㎡에 대하여는 이미 취득세 등을 신고ㆍ납부하였으므로 청구법인에게 7,260.25㎡에서 3,996.35㎡를 차감하여 산정한 면적을 초과하는 부분에 대하여 취득세 등을 다시 신고ㆍ납부하도록 하는 것은 불합리한 것으로 보이는 점 등에 비추어,

청구법인은 전체 비조합원용 토지 7,260.25㎡에서 제3자로부터 취득하여 취득세 등을 이미 신고ㆍ납부한 토지 3,996.35㎡를 제외한 나머지 면적에 대하여만 취득세 등을 신고ㆍ납부하는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 거부처분을 한 것은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제6항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 지방세법

제7조(납세의무자 등) ⑧ 「주택법」 제11조에 따른 주택조합과 「도시 및 주거환경정비법」 제16조 제2항에 따른 주택재건축조합(이하 이 장에서 "주택조합등"이라 한다)이 해당 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부동산(공동주택과 부대시설ㆍ복리시설 및 그 부속토지를 말한다)은 그 조합원이 취득한 것으로 본다. 다만, 조합원에게 귀속되지 아니하는 부동산(이하 이 장에서 "비조합원용 부동산"이라 한다)은 제외한다.

제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.

② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

③ 건축물을 건축(신축과 재축은 제외한다)하거나 개수한 경우와 대통령령으로 정하는 선박, 차량 및 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다. 이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령으로 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부, 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조 제1항 또는 「법인세법」 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득

2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득

3. 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

4. 공매방법에 의한 취득

5. 「부동산 거래신고에 관한 법률」 제3조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제6조에 따라 검증이 이루어진 취득

(2) 지방세법 시행령

제18조(취득가격의 범위 등) ① 법 제10조 제5항 각 호에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

제20조(취득의 시기 등) ⑦ 「주택법」 제11조에 따른 주택조합이 주택건설사업을 하면서 조합원으로부터 취득하는 토지 중 조합원에게 귀속되지 아니하는 토지를 취득하는 경우에는 「주택법」 제49조에 따른 사용검사를 받은 날에 그 토지를 취득한 것으로 보고, 「도시 및 주거환경정비법」 제16조 제2항에 따른 주택재건축조합이 주택재건축사업을 하면서 조합원으로부터 취득하는 토지 중 조합원에게 귀속되지 아니하는 토지를 취득하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제54조 제2항에 따른 소유권이전 고시일의 다음 날에 그 토지를 취득한 것으로 본다.

(3) 도시 및 주거환경정비법

제54조(이전고시 등) ① 사업시행자는 제52조 제3항 및 제4항의 규정에 의한 고시가 있은 때에는 지체없이 대지확정측량을 하고 토지의 분할절차를 거쳐 관리처분계획에 정한 사항을 분양을 받을 자에게 통지하고 대지 또는 건축물의 소유권을 이전하여야 한다. 다만, 정비사업의 효율적인 추진을 위하여 필요한 경우에는 당해 정비사업에 관한 공사가 전부 완료되기 전에 완공된 부분에 대하여 준공인가를 받아 대지 또는 건축물별로 이를 분양받을 자에게 그 소유권을 이전할 수 있다.

② 사업시행자는 제1항의 규정에 의하여 대지 및 건축물의 소유권을 이전하고자 하는 때에는 그 내용을 당해 지방자치단체의 공보에 고시한 후 이를 시장ㆍ군수에게 보고하여야 한다. 이 경우 대지 또는 건축물을 분양받을 자는 고시가 있은 날의 다음 날에 그 대지 또는 건축물에 대한 소유권을 취득한다.

제55조(대지 및 건축물에 대한 권리의 확정) ① 대지 또는 건축물을 분양받을 자에게 제54조 제2항의 규정에 의하여 소유권을 이전한 경우 종전의 토지 또는 건축물에 설정된 지상권ㆍ전세권ㆍ저당권ㆍ임차권ㆍ가등기담보권ㆍ가압류 등 등기된 권리 및 주택임대차보호법 제3조제1항의 요건을 갖춘 임차권은 소유권을 이전받은 대지 또는 건축물에 설정된 것으로 본다.

② 제1항의 규정에 의하여 취득하는 대지 또는 건축물중 토지등소유자에게 분양하는 대지 또는 건축물은 「도시개발법」 제40조의 규정에 의하여 행하여진 환지로 보며, 제48조 제3항의 규정에 의한 보류지와 일반에게 분양하는 대지 또는 건축물은 「도시개발법」 제34조의 규정에 의한 보류지 또는 체비지로 본다.

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