공익법인회계기준은 ｢상속세 및 증여세법｣ 제50조 제3항에 따라 회계감사를 받거나 결산서류 등을 공시하는 공익법인에 적용되는 회계기준이다. 여기서 공익법인이란 『상속세 및 증여세법』 제16조 제1항 및 동법 시행령 제12조와 시행규칙 제3조에서 규정한 공익법인 등을 말하는 것으로, 『공익법인설립 및 운영에 관한 법률』에 따른 공익법인과 다른 개념임을 유의해야 한다. 일반적으로 『상속세 및 증여세법』 에 따른 공익법인이 『공익법인설립 및 운영에 관한 법률』에 따른 공익법인보다 더 포괄적이고 범위가 넓다고 보아야 한다. 한편, 영리법인과 대비되는 『법인세법』 제1조 제2호에서 규정하고 있는 비영리법인은 어떤 형식으로든 당해 법인의 이익을 구성원에게 분배하지 않은 조직을 말하는 것으로 『상속세 및 증여세법』 에 따른 공익법인은 기본적으로 비영리법인임을 전제로 하기 때문에 비영리법인의 범위가 더 크다고 할 수 있다.
공익법인회계기준은 ｢상속세 및 증여세법｣ 제50조의 4 및 동법 시행령 제43조의 4에 따라 제정된 것인 바, 일반기업회계기준과 대비하여 다음과 같은 특징이 있다.

1. 기본 재무제표

공익법인회계기준에서 기본재무제표는 ①재무상태표, ②운영성과표, ③주석 등 3종이며, 재무제표 구성요소로는 자산, 부채, 순자산, 수익, 비용으로 구성되어 있다. 따라서 자본변동표는 기본재무제표가 아니나, 순자산의 변동에 관한 사항은 주석사항으로 기재하도록 하고 있다. 또한, 현금흐름표의 경우에도 기본재무제표에서 빠져있으나, 대부분의 비영리조직은 자체적으로 현금흐름표와 비슷한 현금주의에 의한 세입세출결산서 또는 자금계산서 등을 작성하고 있어 현금흐름에 대한 내용을 간접적으로 알 수 있다. 따라서 공익법인 회계감사 시 착안할 점은 이들 현금주의에 따라 작성하는 부속명세서들과 공익법인회계기준에 따라 발생주의에 따라 작성하는 기본 재무제표의 차이를 조정하여 재무제표 상호간의 연관 관계에 파악하는 것이 중요하다는 것이다. 즉, 자금계산서나 세입세출결산서 상의 현금의 잔액이 재무상태표의 현금잔액과 일치하지 않을 경우 전반적으로 제시된 재무제표에 대한 신뢰성이 떨어질 것이므로 감사의 범위를 확대할 것을 고민해야 한다.

2. 재무제표의 작성 목적과 작성단위

영리법인과 다르게 공익법인회계기준의 재무상태표의 작성 목적은 첫 번째가 정관상 목적사업을 지속적으로 수행할 수 있는 지의 여부에 대한 정보를 전달하는 것이고, 운영성과표는 사업수행 성과를 평가하는 것이다. 두 번째가 재무건전성과 관리자의 책임 수행 정도를 파악하는 것이다. 이러한 재무제표의 작성목적 때문에 구분회계가 적절히 이루어 졌는지가 중요하다. 즉, 재무제표는 목적사업부문과 기타사업부문으로 ① 구분하여 작성하고, 구분하여 표시하되 ② 공인법인 전체를 하나의 보고실체로 보아 통합하여 작성하도록 하고 있다.

(1) 회계단위별 구분회계

일반적으로 구분회계는 하나의 회계실체에 회계단위가 구분되어 있어 각 회계단위별로 자금과 장부 등이 구분되어 운용 또는 작성되고 있는 것을 말한다. 많은 비영리조직의 경우 회계단위별로 구분하여 재무제표를 작성하고 보고하였다. 예를 들면 “법인회계－(갑)시설회계－(을)시설회계－(…)시설회계－수익사업회계” 등으로 회계단위를 구분하여 재무제표를 작성하고 보고하였으며, 각 회계단위별로 회계처리 방법(단식부기, 복식부기)과 인식기준(현금주의, 발생주의)이 다를 수 있으므로 이를 통일하여 하나의 회계원칙에 따라 재무제표가 작성되고 있는지 검토하는 것이 중요하다. 또한 많은 비영리조직이 본점이 외에 다수의 분사무소나 지부 또는 지점 등을 운영하고 있는 경우가 많은데, 이를테면 ○○협회 중앙회가 있고 각 지방마다 △△시 ○○협회가 자금과 회계가 독립적으로 구분되어 운영되고 있는 경우가 많다. 따라서 공익법인 회계감사 시에 각 회계단위별로 구분회계가 적절한지 파악하는 것이 중요하다. 즉, 어느 특정 거래가 A회계단위의 장부에 기표되는 것이 타당한지, 아니면 B회계단위에 기표되는 것이 적정한지 판단해야 하는데, 예를 들어 후원자가 A회계단위에 후원하였다면 A의 장부에 기표하고 자금도 A회계단위에서 운용되는 것이 타당하나 만약 후원자를 기망하여 B회계단위에서 기표하고 자금을 운용한다면 후원목적 이외의 용도로 사용하여 자칫 업무상 횡령이 될 수 있기 때문이다.

○ [ 관련 判例 : 대법원 2003. 5. 30. 선고 2002도235 판결 ]
타인으로부터 용도가 엄격히 제한된 자금을 위탁 받아 집행하면서 그 제한된 용도 이외의 목적으로 자금을 사용하는 것은 그 사용이 개인적인 목적에서 비롯된 경우는 물론 결과적으로 자금을 위탁한 본인을 위하는 면이 있더라도 그 사용행위 자체로서 불법영득의 의사를 실현한 것이 되어 횡령죄가 성립하는바, 사립학교법 제29조 및 같은 법 시행령에 의해 학교법인의 회계는 학교회계와 법인회계로 구분되고 학교회계 중 특히 교비회계에 속하는 수입은 다른 회계에 전출하거나 대여할 수 없는 등 용도가 엄격히 제한되어 있기 때문에 교비회계자금을 다>