기획재정부는 법적 안정성을 위하여 금형의 내용연수가 변경되었지만 개정된 「법인세법 시행령」 시행일 이전에 금형의 내용연수를 신고한 경우에는 당초 신고한 내용연수를 계속 적용한다고 해석하였다. 국세청은 기획재정부의 새로운 예규가 나옴에 따라 2023.7.6. 국세법령정보시스템에서 기획재정부의 예규와 상충되는 종전의 국세청 예규를 삭제하였다.

전기발전업을 영위하는 A법인은 전력 생산 및 판매를 위해 2010.12.31.부터 2020.12.31.까지 총 815억원을 투자하여 토지, 건물 및 수상에 태양광 발전설비를 취득하였다. A법인은 태양광 발전설비를 「법인세법 시행규칙」 [별표 6]에 따른 ‘업종별 자산의 기계장치’로 보아 내용연수 15년을 적용하여 감가상각하였다. 그러나 과세관청은 태양광 발전설비를 구축물로 보아 감가상각비 한도초과액을 손금불산입하여 과세하려고 하였다. 태양광 발전설비에 대한 감가상각방법에 대하여 과세관청과 A법인 간에 이견이 있어 과세관청은 국세청에 과세기준자문을 신청하였다.
태양광 발전설비에 대하여 [별표 5]의 구축물로 보는 경우와 [별표 6]의 업종별자산으로 보는 경우 세법상 감가상각방법과 내용연수는 다음과 같이 차이가 있다.

과세기준자문 전까지 국세청은 전기를 생산하는데 사용되는 토지에 정착된 태양광 발전설비는 「법인세법 시행규칙」 [별표 5]의 자산으로 보아 같은 법 시행령 제26조 및 제28조에 의한 감가상각방법과 내용연수에 따른 상각률을 적용한다고 해석하는 예규를 수차례 발표하였다(법인세과-582, 2010.6.25., 외 다수).
그러나 조세심판원은 태양광 발전설비는 태양광을 이용하여 전기를 생산하는 전기판이 핵심장치로서, 햇빛을 받아 직류전기를 생성하는 모듈을 지상에 고정하기 위하여 지지 구조물 위에 전기판을 설치한 것에 불과하고, 회계기준상 구축물로 열거된 교량ㆍ궤도ㆍ갱도 등은 그 자체의 기능이 있으나 태양광 발전설비는 전기판을 지상에 고정하기 위하여 지지 구조물을 사용한 것이므로 이를 구축물로 보기 어려우며, 처분청은 기존 건축물의 외벽 또는 지붕에 부착한 동일 설비는 이미 기계장치로 인정하였는데, 이 설비와 태양광 발전설비를 달리 볼 이유도 없다는 이유로 태양광 발전설비를 구축물로 보아 과세한 것은 잘못이 있다고 결정한 바 있다(조심 2017전4319, 2018.12.12.; 조심 2017전4563, 2018.12.27.).

기존에 국세청예규와 조세심판원의 결정이 충돌하는 상황에서 국세청에서는 조세심판원의 결정을 전격적으로 수용하여 새로운 예규를 발표하였다.

통계청은 전기, 가스, 증기 및 공기 조절 공급업(업종코드 35) 중 전기업(업종코드 351)의 발전업(업종코드 3511)을 화력, 원자력, 수력, 풍력, 태양력, 조력 및 기타 에너지원으로 발전설비를 이용하여 전기를 직접 생산하는 사업체의 산업활동으로 정의하고 있다.
「법인세법 시행규칙」 [별표 6]에서는 35. 전기, 가스, 증기 및 공기조절 공급업의 업종별 자산의 내용연수를 16년(내용연수 범위 12 ~ 20년)으로 규정하고 있다. 태양광 발전설비는 발전업에 사용되는 전기생산설비이므로 기계설비와 같은 자산이다. 따라서 태양광 발전설비를 업종별자산으로 보는 것은 타당한 해석으로 보인다. 국세청은 2023.4.25.과 2023.5.1.에 새로운 예규와 상충되는 종전 예규 7건을 국세법령정보시스템에서 모두 삭제하였다.
태양광 발전설비에 대한 감가상각과 관련하여 종전에 [별표 6]을 적용하던 기업인 경우에는 종전대로 [별표 6]을 적용하면 된다. 그러나 종전에 [별표 5]를 적용하던 기업인 경우에 2023년에 발표된 새로운 예규를 어떻게 적용해야 할 것인지가 문제가 된다. 이에 대해서는 2023년에 신규 취득한 태양광 발전설비와 종전에 [별표 5]를 적용하던 설비로 구분해서 검토해야 할 것 같다.

1) 2023년에 신규 취득한 태양광 발전설비
2023년에 신규 취득한 태양광 발전설비는 새로운 예규에 따라 [별표 6]의 업종별자산으로 보아 감가상각방법과 내용연수를 정해서 신고해야 할 것이다.

2) 종전에 [별표 5]를 적용하던 태양광 발전설비
종전에 [별표 5]를 적용하던 태양광 발전설비인 경우에 2022년까지의 사업연도분에 대하여 [별표 6]에 따라 계산한 감가상각비와 종전에 결산상 계상한 금액과의 차액을 추가로 손금에 산입해달라는 경정청구는 감가상각비가 결산조정사항인 점을 고려하면 불가능한 것으로 보인다. 2023년부터 종전에 적용하던 감가상각방법과 내용연수를 [별표 6]의 업종별자산으로 보아 변경하는 것이 가능한지 여부는 2023년 결산 시 국세청에서 그와 관련된 예규나 나올 것으로 예상된다.

「조세특례제한법」제29조의 7 【고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제】 제1항 제1호에서는 청년등 상시근로자에 대한 고용증대세액공제를, 제2호에서는 청년등 외 상시근로자에 대한 고용증대세액공제를 규정하고 있다. 고용이 증가한 경우 1차 연도에 세액공제를 받은 후 중소기업과 중견기업은 그 후 2년간, 그 밖의 기업은 1년간 더 공제를 받을 수 있다. 다만, 공제받은 후 최초로 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 전체 상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 고용증대세액공제를 적용하지 아니하고, 청년등 상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 청년등 상시근로자에 대한 고용증대세액공제를 적용하지 아니한다. 이 경우 1차 연도에 청년등 상시근로자에 대한 세액공제를 받은 후 2차 연도에 1차 연도에 비하여 전체 상시근로자는 증가하였으나 청년 등 상시근로자가 감소한 경우 2차149 연도에 청년등 상시근로자에 대한 고용증대세액공제는 적용받을 수 없다. 그러면 2차 연도부터 잔여공제기간에 청년등 외 상시근로자에 대한 고용증대세액공제를 적용받을 수 있는지가 문제가 된다.

A법인은 수도권 내 중소기업으로 ‘청년등 상시근로자’ 및 ‘청년등 상시근로자 외 상시근로자’의 수는 다음과 같다.
A법인의 2020년에 청년등 상시근로자는 4명이 증가하였으나 전체 상시근로자는 3명이 증가하였으므로 A법인은 청년등 상시근로자 증가인원수 4명에 대하여 전체 상시근로자 증가인원수 3명을 한도로 2020사업연도에 3,300만원의 고용증대세액공제를 적용받았다.
그런데 A법인의 2021년에는 다음과 같이 최초로 공제받은 2020사업연도에 비하여 청년등 상시근로자는 감소하였으나 전체 상시근로자는 증가하였다.
A법인은 고용증대세액공제를 최초로 공제받은 사업연도(2020 사업연도)의 다음 사업연도에 전체 상시근로자수는 증가하였으나 「청년등 상시근로자수」가 감소한 경우 2차 연도에 고용증대세액공제액의 계산방법에 대하여 국세청에 사전답변을 신청하였다.

국세청은 「조세특례제한법」제29조의 7 제1항에 따라 법인세를 최초로 공제받은 사업연도(2020)의 다음 사업연도(2021) 중 “상시근로자의 수” 및 “청년등 상시근로자 외 상시근로자의 수”는 증가하고, “청년등 상시근로자의 수”는 감소한 경우 2021사업연도에 청년등 상시근로자에 대한 고용증대세액공제를 적용하지 아니하되, 청년등 외 상시근로자에 대한 고용증대세액공제는 2020사업연도에 “최초로 공제를 받은 세액”이 없으므로 2021사업연도에는 “추가로 공제를 받을 세액”이 없다(사전-2022-법규법인-0343, 2022.10.13.)고 답변하였다.

기획재정부는 국세청의 사전답변을 뒤집는 다음과 같이 새로운 예규를 발표하였다.

1차 연도에 청년등 상시근로자에 대한 고용증대세액공제를 적용받은 후 2차 연도에 전체 상시근로자는 증가하였으나 청년등 상시근로자가 감소한 경우 청년등 상시근로자에 대한 고용증대세액공제를 적용하지 않고, 청년등 외 상시근로자에 대한 고용증대세액공제도 적용하지 않는 경우 1차 연도부터 청년등 외 상시근로자에 대한 세액공제를 적용받는 경우보다 세액공제액이 감소하는 경우도 있어 납세자에게 억울한 사례가 발생한다. 기획재정부는 2차 연도부터는 청년등 외 상시근로자에 대해 적용받을 수 있도록 하여 납세자에게 억울한 사례가 생기지 않도록 배려한 것으로 보인다.
만일, 앞의 사례의 경우 2021년의 2차 연도로서 적용받는 고용증대세액공제는 다음과 같다.

A법인은 2017 ~ 2021사업연도 법인세 신고 시, 「조세특례제한법」제29조의 7 고용증대세액공제를 누락하여 경정청구하였고, 2022년 8월에 경정청구가 인용되어 법인세 환급결정을 받고 이에 따라 농어촌특별세 및 납부불성실가산세(납부지연가산세)를 고지받았다. 이에 국세청에 법인세 경정청구가 인용되어 법인세 감면을 받는 경우, 법인세 경정청구 인용 결정에 따라 감면된 법인세에 대한 농어촌특별세를 납부하는 경우, 과다납부된 법인세를 농어촌특별세의 기납부세액으로 볼 수 있는지 여부에 대하여 질의하였다.

국세청은 종전에 “납세자가 농어촌특별세에 대한 본세의 법정신고기한까지 농어촌특별세 과세표준신고서를 제출하지 아니하고 그 세액을 납부하지 아니한 경우에는 「국세기본법」제47조의 2에 따른 무신고가산세와 같은 법 제47조의 5에 따른 납부불성실가산세가 적용된다고 수차례 해석하였다(징세과-1201, 2011.11.28.; 징세과-1202, 2011.11.28.; 징세과-1249 2011.12.9.).

2011.12.31. 법률 제11124호로 개정되고, 2012.1.1. 이후 최초로 개시하는 과세기간분부터 시행되는 「국세기본법」제47조의 2 및 제47조의 3의 개정내용에 의하면, 무신고가산세 및 과소신고가산세의 적용에 있어 「농어촌특별세법」에 따른 신고는 제외하는 것으로 명시하고 있는데, 국세청이 발간한 2012년 개정세법 해설에서는 부가세목(surtax)으로서의 특성을 감안하여 가산세 체계를 단순화하고 납세자의 가산세 부담을 완화하기 위한 것임을 개정사유로 밝히고 있다.
처분청은 경정청구를 통하여 본세인 법인세를 감면받으면서 당초 납부하지 아니한 농어촌특별세를 납부하게 되는 경우 납부불성실가산세를 적용하여야 한다는 의견이나, 법인세와 농어촌특별세가 별개의 세목이라 하더라도 농어촌특별세는 법인세의 부가세로서 청구법인이 법인세를 과다하게 납부함으로 인하여 농어촌특별세가 과소하게 납부된 것이므로 서로 밀접한 관계가 있는 점, 납세자가 이미 국가에 납부한 법인세액은 세목을 달리하여 납부되었다 하더라도 처분청이 변경하여 과세하는 농어촌특별세의 기납부세액으로 보아 납부불성실가산세를 부과하지 않는 것이 합리적인 점 등에 비추어 처분청이 농어촌특별세에 납부불성실가산세를 가산하여 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다(조심 2014전764, 2014.4.24., 같은 뜻임). 다만, 별론으로 처분청은 청구법인의 2013사업연도 법인세 OOO원을 환급하면서 국세환급가산금을 가산하였으나, 가산한 국세환급가산금에는 농어촌특별세의 기납부세액으로 인정받은 금액 OOO원에 상당하는 국세환급가산금이 포함되어 있으므로 이를 차감하여 국세환급가산금을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

기획재정부는 조세심판원의 결정을 참고하여 종전 유권해석(조세정책과-699, 2014.9.26.)을 참고하라고 회신하였다(기획재정부, 조세정책과-1197, 2023.5.23.).
기획재정부의 예규에 따라 법인세 환급세액을 농어촌특별세의 기납부세액으로 공제하면 미납부세액이 없을 것이므로 납부지연가산세는 부과되지 않을 것으로 보인다.
2023.6.29. 국세청은 기획재정부의 예규와 상충되는 종전의 예규를 모두 국세법령정보시스템에서 삭제하였다.

국세청은 종전에는 학교법인에 수익용 기본재산으로 출연된 기부금의 법정기부금인지 여부에 대한 질의에 대하여 「법인세법」제24조 제2항 제4호 가목에 의하여 내국법인이 「사립학교법」에 의한 사립학교에 시설비ㆍ교육비ㆍ장학금 또는 연구비로 지출하는 기부금은 법정기부금에 해당되는 것(법인세과-788, 2009.7.14.)이라고 회신하였다.

기획재정부는 다음과 같이 국세청의 종전 예규를 뒤집는 예규를 발표하였다.

기획재정부의 새로운 예규가 발표됨에 따라 2023.5.9.에 국세청은 이와 상충되는 종전의 예규를 국세법령정보시스템에서 삭제하였다.