세금이란 국가 또는 지방자치단체가 그 경비에 충당하기 위하여 세법에 따라 국민으로부터 강제로 징수하는 금품을 말한다. 세금은 사업의 수행 또는 자산의 취득 및 보유와 관련하여 강제로 징수되므로 손금에 산입함을 원칙으로 한다. 다만, 그 성질상 비용이 아니거나 조세정책적 이유에 의하여 손금산입하는 것이 바람직하지 않은 것은 예외적으로 손금불산입하고 있다. 법인세법상 손금불산입대상 세금은 다음과 같다.

법인이 원천징수나 거래징수의무를 이행하지 않아서 납부하는 세금은 손금에 산입하지 아니한다. 세법은 성실한 의무이행을 확보하기 위하여 의무를 이행하지 않는 자에게 세금을 추가로 과세하는데, 이를 가산세라고 한다. 간접국세의 징수불이행과 납부불이행으로 부과한 세액과 가산세는 손금에 산입하지 아니한다(법법 §21 1호, 법령 §21).
그러나 국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인에게 지급하는 사용료 등 대가에 대하여 원천징수세액 상당액을 법인이 부담하는 조건으로 용역계약을 체결한 경우에는 그 원천징수세액상당액을 용역대가의 일부로 보아 손금에 산입한다(법기통 19－19…27).

손금항목인 조세는 성격에 따라 자산과 비용으로 적절히 구분해야 한다. 예를 들어, 손금항목인 조세 중에서 취득세와 관세는 자산을 취득하기 위한 조세이므로 자산의 취득가액으로 처리한다.

벌금, 과료(통고처분에 따른 벌금 또는 과료에 상당하는 금액을 포함함), 과태료(과료와 과태금 포함)는 손금불산입항목이다. 벌과금은 불법행위에 대한 제재이므로 이를 손금으로 인정하면 제재의 효과가 감소하여 불법행위를 지원하는 불합리한 결과가 발생한다.
외국정부에 의해 부과된 벌과금도 외국에서 불법행위에 대한 제재 목적으로 부과된 것이므로 국내법에 따라 부과된 벌금과 차별할 이유가 없으므로 손금불산입한다(조심 2014서 3384, 2015.4.15.). 벌과금은 정부에 의하여 법령 위반으로 부과된 것이므로 계약서에 따른 지체상금과는 다르다.

① 법인의 임원 또는 직원이 관세법을 위반하고 지급한 벌과금(법기통 21－0…3 1호)과 그 벌과금 외에 수입재산을 몰수당한 경우 몰수재산의 가액(국심 81서 113, 1981.4.3.), 관세법 위반에 따른 추징금(서면-2015, 2015.8.18.,) ② 업무와 관련하여 발생한 교통사고벌과금(법기통 21－0…3 2호) ③ 「고용보험 및 산업재해보상보험의 보험료 징수 등에 관한 법률」 제24조에 따라 징수하는 산업재해보상보험료의 가산금(법기통 21－0…3 3호) ④ 금융기관의 최저예금지급준비금 부족에 대하여 한국은행법 제60조 제2항에 따른 금융기관이 한국은행에 납부하는 과태금(법기통 21－0…3 4호) ⑤ 국민건강보험법 제80조에 따라 징수하는 연체금(법기통 21－0…3 5호)⑥ 외국의 법률에 따라 납부한 벌금(법기통 21－0…3 6호)

납세자가 납부고지서를 받고 지정된 납부기한까지 세금을 납부하지 않으면 일정한 금액을 추가로 부담해야 한다. 이 경우 추가로 부담하는 금액을 종전에는 가산금이라고 하였으나 2020년부터는 납부불성실가산세와 가산금을 통합하여 납부지연가산세라고 부른다(국기법 §47의 4, 지기법 §55).
납세의무자가 고지된 세금을 지정된 납부기한까지 납부하지 않으면 과세관청은 다시 독촉장을 보내고, 독촉장에 따른 지정 납부기한까지도 세금을 납부하지 않으면 과세관청은 체납자의 재산을 압류하여 매각함으로써 세금을 강제로 징수하게 된다. 과세관청이 강제징수과정에서 체납자의 재산을 압류하고 보관ㆍ운반하며 매각하는데 이때 소요된 비용을 강제징수비라고 한다. 강제징수비를 종전에는 체납처분비라고 하였으나 국세징수법은 2021년부터 강제징수비로 용어를 변경하였다. 그러나 지방세징수법은 체납처분비라는 용어를 사용하고 있다(지기법 §2 22호).
가산금(현행 납부지연가산세)과 강제징수비(지방세법상 체납처분비)는 세금납부 지연에 대한 제재로서 부과한 것이므로 손금에 산입하지 아니한다(법법 §21 3호).

종전에는 공과금을 손금불산입하되, 대통령령에 정하는 것만을 손금에 산입하는 열거주의(positive system) 규정을 채택하고 있었다. 그 당시 보험회사가 보험감독원에 납부한 계쟁출연금을 손금산입하였는데, 국세청은 계쟁출연금이 대통령령에 열거되어 있지 않다는 이유로 손금불산입하였고, 보험회사는 이에 대하여 불복청구를 한 후 기각되자 행정소송을 제기하였다. 보험회사는 행정소송 중 공과금을 열거주의로 규정한 법인세법 규정이 위헌인지에 대한 헌법소원심판을 청구하였다.
헌법재판소는 공과금이란 “국가 또는 공공단체에 의하여 국민 또는 공공단체의 구성원에게 강제적으로 부과되는 모든 공적부담”(대법원 89누 5386, 1990.3.23.)으로 법인의 일정한 사업이나 자산의 존재, 거래 등의 행위에 수반하여 강제적으로 부과되는 것이기 때문에 사업경비의 성격을 띠는 것이므로, 공과금은 법인세법상 손금에 산입됨이 원칙이고 예외적으로 그 성질상 비용성을 갖지 않거나 조세정책적 또는 기술적 이유에 의하여 손금에 산입함이 바람직하지 않아 법률이 정한 경우에 한하여 손금산입이 부정되는 것이 소득에 대한 과세로서의 법인세법의 본질 및 구조에 부합한다고 할 것이므로, 대통령령이 정하는 것 이외의 공과금은 손금에 산입하지 아니한다는 법인세법 규정은 있지도 않은 소득에 대하여 과세한다는 점에서 실질적 조세법률주의에 위배되어 위헌이라고 결정하였다(헌재 96헌바 36 내지 49[병합], 1997.7.16.).헌법재판소의 위헌결정에 따라 공과금을 모두 손금에 산입하되, 다음의 두 가지만 손금불산입하도록 법인세법을 개정하여 지금까지 시행해 오고 있다(법법 §21 4호ㆍ5호).① 법령에 따라 의무적으로 납부하는 것이 아닌 공과금② 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금

법인세법은 공과금을 손금에 산입하는 것을 원칙으로 한다. 다만, 법령에 따라 의무적으로 납부하는 것이 아닌 공과금과 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 의무에 대한 제재로서 부과하는 공과금만 손금불산입한다. 실무상 어떤 공과금이 손금불산입 대상인지는 공과금을 부과하는 근거 법령의 내용을 검토해서 판단하여야 한다. 손금불산입대상 공과금의 사례는 다음과 같다.

① 수도권정비계획법에 따라 건축물의 건축자가 납부하는 과밀부담금은 당해 자산의 취득원가에 산입한다(재법인 46012-5, 1997.1.11.). ② 법인이 건물을 신축함에 있어 하수도법 제32조에 따라 하수종말처리시설의 설치 또는 사용에 따라 납부하는 원인자부담금은 건물의 취득가액에 산입한다(법인 46012-1453, 1997.5.29.). ③ 내국법인이 보유한 토지에 대하여 「개발이익환수에 관한 법률」에 따라 부담하는 개발부담금은 토지에 대한 자본적 지출로 보아 토지가액에 가산한다. 그러나 개발부담금이 부과되기 전에 토지를 양도한 경우 양도일이 속하는 사업연도에 개발부담금 상당액을 추산하여 토지의 원가로 손금산입하고 그 후 실제로 부과된 개발부담금과의 차액이 발생한 경우 그 차액은 부과일이 속하는 사업연도의 손금 또는 익금에 산입한다(법인 46012-4582, 1995.12.15., 법기통 40－71…14). ④ 주택건설사업을 영위하는 법인이 시공중인 공사와 관련하여 대도시권 「광역교통관리에 관한 특별법」에 의하여 납부하는 광역교통시설부담금은 공사원가에 포함된다(서면2팀-2445, 2004.11.25.).