○ 대법원 2013.7.11. 선고 2010두20966 판결
(1) 외국의 법인격 없는 사단/재단 기타 단체가 구 소득세법(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제119조 또는 구 법인세법(2005.12.31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것) 제93조에서 규정한 국내원천소득을 얻어 이를 구성원인 개인들에게 분배하는 영리단체에 해당하는 경우, 구 법인세법상 외국법인으로 볼 수 있다면 그 단체를 납세의무자로 하여 국내원천소득에 대하여 법인세를 과세하여야 하고, 구 법인세법상 외국법인으로 볼 수 없다면 거주자의 경우와 동일하게 단체의 구성원들을 납세의무자로 하여 그들 각자에게 분배되는 소득금액에 대하여 소득세를 과세하여야 한다. 그리고 여기서 그 단체를 외국법인으로 볼 수 있는지 여부에 관하여는 구 법인세법상 외국법인의 구체적 요건에 관하여 본점 또는 주사무소의 소재지 외에 별다른 규정이 없는 이상 단체가 설립된 국가의 법령 내용과 단체의 실질에 비추어 우리나라의 사법(私法)상 단체의 구성원으로부터 독립된 별개의 권리․의무의 귀속주체로 볼 수 있는지 여부에 따라 판단하여야 할 것이다(대법원 2012.1.27. 선고 2010두5950 판결 등 참조).
(2) 그런데 앞서 본 바와 같은 DDD 엘피의 설립 및 소외 회사 등을 통한 이 사건 주식의 취득 경위, 그리고 적법하게 채택된 증거에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 DDD 엘피는 공동사업을 통한 이익의 분배를 목적으로 설립된 단체로서 일상업무를 집행하며 무한책임을 지는 파트너(General Partner)와 투자한도 내에서만 책임을 지는 파트너(Limited Partner)로 구성되어 있는 사실, 소외 회사가 이 사건 주식을 취득한 후 DDD 엘피가 BBBB은행의 실질적인 지배주주로서 자신에게 우호적인 인물들을 사외이사로 선임하여 BBBB은행의 경영에 참여한 점 등을 종합하여 보면, DDD 엘피는 이 사건 주식의 인수를 통하여 BBBB은행의 경영에 참가하여 그 기업가치를 증대시킨 다음 이 사건 주식을 양도하는 방법으로 높은 수익을 얻으려는 뚜렷한 사업목적을 가지고 설립된 영리단체로서, 오로지 조세를 회피할 목적으로 설립된 것으로 볼 수는 없으므로, DDD 엘피가 이 사건 주식을 실질적으로 지배․관리할 능력이 없는 명목상의 영리단체에 불과하다고 할 수 없다. 따라서 원심으로서는 그 설립지인 EEE군도의 법령 내용과 단체의 실질에 비추어 DDD 엘피를 우리나라의 사법(私法)상 단체의 구성원으로부터 독립된 별개의 권리․의무의 귀속주체로 볼 수 있는지, 즉 DDD 엘피를 구 법인세법상 외국법인으로 볼 수 있는지를 심리하여 이 사건 양도소득에 대하여 DDD 엘피를 납세의무자로 하여 법인세를 과세하여야 하는지 아니면 DDD 엘피의 구성원들인 투자자 281명을 납세의무자로 하여 소득세를 과세하여야 하는지를 판단하였어야 했다.
(3) 그런데도 원심은 이에 관하여 심리하지 아니한 채 DDD 엘피에 대한 투자자 281명을 이 사건 양도소득에 대한 소득세 납세의무자로 보고 한 이 사건 처분이 적법하다고 판단하고 말았으니, 이러한 원심판단에는 외국의 법인격 없는 단체의 과세에 대한 법리 등을 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결에 영향을 미친 위법이 있고, 이 점을 지적하는 취지가 포함된 상고이유의 주장은 이유 있다.
이러한 대법원 판결에 대해 과세관청은 투자자들에 대한 ‘원천징수분 소득세’ 징수처분과 DDD 엘피에 대한 ‘원천징수분 법인세’ 징수처분은 처분의 동일성이 유지되므로, 소송 과정에서 당초 투자자들에 대한 ‘원천징수분 소득세’ 징수처분을 DDD 엘피에 대한 ‘원천징수분 법인세’ 징수처분으로 변경할 수 있다고 주장하였다. 그러나 대법원은 이러한 과세관청의 주장을 다음과 같은 이유로 배척하였다.

○ 대법원 2014.9.24. 선고 2014두3068 판결
징수처분의 취소를 구하는 항고소송에서도 과세관청은 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 처분사유를 교환․변경할 수 있으나(대법원 2013.7.11. 선고 2011두7311 판결), 세목은 부과처분에서는 물론 징수처분에서도 납세의무의 단위를 구분하는 본질적인 요소라고 봄이 상당하므로, 당초의 징수처분에서와 다른 세목으로 처분사유를 변경하는 것은 처분의 동일성이 유지되지 아니하여 허용될 수 없다고 할 것이다. 같은 취지에서 원심이, 피고가 이 사건 징수처분의 근거 세목을 소득세에서 법인세로 변경하는 것은 처분의 동일성을 벗어나는 처분사유의 변경으로서 허용되지 아니한다고 판단한 것은 정당하고, 거기에 상고이유의 주장과 같은 처분사유 변경의 한계에 관한 법리 오해의 위법이 없다. 그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다. 앞선 판결과 같이, 당초 투자자들에 대한 ‘원천징수분 소득세’ 징수처분을 소송과정에서 DDD 엘피에 대한 ‘원천징수분 법인세’ 징수처분으로 변경하는 것이 불가능하게 되자, 과세관청은 다시 원고에게 DDD 엘피에 대한 ‘원천징수분 법인세’ 징수처분을 하게 된다.

그런데 기본적으로 법인세 징수처분에는 국세징수권 소멸시효가 적용되므로, 두 번의 대법원 판결이 있은 후 원고에게 DDD 엘피에 대한 ‘원천징수분 법인세’ 징수처분을 하게 되면, 이는 5년의 국세징수권 소멸시효가 완성된 이후의 징수처분이라는 문제점이 있다. 따라서 DDD 엘피에 대한 ‘원천징수분 법인세’ 징수처분에 대해 납세자(원고)는 소송과정에서 국세징수권 소멸시효의 완성을 주장하였고, 과세관청은 이러한 주장을 소멸시효 기산점, 소멸시효 중단 등의 법리로 대응하였다. 대법원은 최종적으로 과세관청의 주장을 배척하고, ‘원천징수분 법인세’에 대한 소멸시효가 완성되었으므로, DDD 엘피에 대한 ‘원천징수분 법인세’ 징수처분은 위법하다고 판단하였다. 이러한 법원의 판단을 구체적으로 다음에서 설명하겠다.