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원천징수 소득세 징수처분이 판결로 취소된 경우, 과세관청의 원천징수 법인세 징수권에 대한 소멸시효가 완성되었는지

BY 감병욱    2020.12.01
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1. 들어가며
소개할 대법원 판례의 개요는 다음과 같다. 조세피난처에 설립된 회사가 국내 법인의 주식을 양수받았는데, 주식 양도소득의 원천징수 의무를 이행하지 않았다는 이유로 과세관청이 조세피난처에 설립된 회사의 완전모회사의 주식을 100% 인수한 ‘유한 파트너십 LP의 투자자들’이 양도소득의 실질귀속자라는 이유로 해당 투자자들에게 ‘원천징수 소득세’를 징수 고지하였다.
그런데 ‘유한 파트너십 LP의 투자자들’에 대한 소득세가 아닌 ‘유한 파트너십 LP’를 납세의무자로 하는 법인세를 과세하는 것이 타당하다는 취지의 법원 판결이 확정되자, 과세관청은 다시 유한 파트너십 LP에 대해 ‘원천징수분 법인세’를 징수 고지하였고, 유한 파트너십 LP는 이에 불복하였다. 대법원은 유한 파트너십 LP에 대해 고지한 ‘원천징수분 법인세’는 소멸시효가 완성되었으므로, 적법하지 않다는 판단을 내렸다. 이하에서는 사실관계, 판결의 취지 및 판결의 의의에 대해 살펴보고, 법원이 ‘원천징수분 법인세’의 소멸시효가 완성되었다는 판단을 내린 구체적인 법리에 대해 설명하도록 한다.
2. 이 사건 사실관계 및 쟁점
가. 이 사건 사실관계
1) 원고의 제일은행 주식 인수 및 원천징수 불이행
가) 원고는 2005.4.15. 말레이시아 라부안의 법에 의하여 설립된 법인인 BBB(private) Limited(소외 회사)로부터 △△은행 주식회사(△△은행)의 주식 ○○○주(이 사건 주식)를 대금 ○○○원에 양수하였다. 나) 위 양수 당시 원고는 △△은행이 발행한 이 사건 주식의 양도로 인하여 발생한 양도차익(이 사건 양도소득)이 구 법인세법(2005.12.31. 법률 제7388호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제93조 제10호 가목에 정한 국내원천소득으로서 말레이시아 거주자인 소외 회사에게 지급된 것이므로 ‘대한민국과 말레이시아 정부 간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약’(한?말 조세조약) 제13조 제4항에 따라 양도인의 거주지국인 말레이시아에서만 과세된다는 이유로 이 사건 양도소득에 관한 법인세를 원천징수하지 않았다.
2) 1차 징수처분 및 가산세 부과처분, 관련 소송의 경과
가) 피고는 소외 회사가 조세회피목적으로 설립된 명목상의 회사에 불과하고 이 사건 양도소득의 실질적인 귀속자들은 소외 회사의 완전 모회사인 CCC Co.(CCC홀딩스)의 주식을 100% 인수한 케이만 군도의 유한 파트너십인 DDD L.P.(DDD 엘피)의 총 ○○명의 투자자들이라고 보아, 그들 중 한국과 조세조약을 체결하지 않았거나 체결하였다고 하더라도 거주지국 과세가 아닌 원천지국 과세를 규정하고 있는 국가에 거주하는 총 ○개국 ○○명의 투자자들이 얻은 양도소득(이 사건 양도소득의 ○○%이다)에 대하여 소득세를 원천징수하였어야 한다는 이유로, 2006.12.18. 원고에 대하여 2005 사업연도 원천징수분 소득세 ○○○원(가산세 포함)을 납세 고지하였다(1차 징수처분). 나) 원고는 1차 징수처분 및 가산세 부과처분에 불복하여 전심절차를 거쳐 소를 제기하였다. 서울행정법원은 2009.12.30. ‘소외 회사나 CCC 홀딩스(이하 통틀어 ‘소외 회사 등’이라 한다)는 이 사건 주식의 취득 및 양도에 관하여 형식상 거래당사자의 역할만을 수행하였을 뿐 그 실질적 주체는 DDD 엘피에 대한 투자자 ○○명이고, 이러한 형식과 실질의 괴리는 오로지 조세회피의 목적에서 비롯되었으므로, 이 사건 양도소득의 실질적인 귀속자를 DDD 엘피에 대한 투자자 ○○명으로 보고 그들을 납세의무자로 하여 원고에게 원천징수분 소득세를 납세고지한 1차 징수처분 및 가산세 부과처분은 적법하다’는 이유로 원고의 청구를 기각하는 판결을 선고하였고(서울행정법원 2008구합17110 판결, 이하 ‘제1심판결’이라 한다), 원고가 이에 불복하여 항소하였으나 서울고등법원은 2010.8.25. 제1심판결과 같은 취지로 항소 기각 판결을 선고하였다(서울고등법원 2010누3826 판결, 이하 ‘환송 전 원심판결’이라 한다). 다) 원고는 이에 불복하여 상고하였는데, 대법원은 2013.7.11. ‘소외 회사 등을 이 사건 양도소득의 실질적인 귀속자로 볼 수 없다고 본 부분은 정당하나, DDD 엘피가 이 사건 주식을 실질적으로 지배?관리할 능력이 없는 명목상의 영리단체에 불과하다고 할 수 없으므로 DDD 엘피를 구 법인세법상 외국법인으로 볼 수 있는지 심리하여 이 사건 양도소득에 대하여 DDD엘피를 납세의무자로 하여 법인세를 과세하여야 하는지 DDD 엘피의 구성원인 투자자 ○○명을 납세의무자로 하여 소득세를 과세하여야 하는지를 판단하였어야 한다’는 이유로 환송 전 원심판결을 파기하고 이 사건을 서울고등법원에 환송하는 판결을 선고하였다(대법원 2010두20966 판결). 라) 서울고등법원은 2014.1.10. ‘이 사건 양도소득에 관해서는 DDD 엘피를 납세의무자로 하는 법인세를 과세하여야 하고, DDD 엘피의 구성원인 투자자를 납세의무자로 하는 소득세를 부과할 수 없다’고 판단하고, 피고가 이 사건 양도소득의 납세의무자를 DDD 엘피의 투자자 ○○명에서 DDD 엘피로, 세목을 소득세에서 법인세로 각각 변경하는 내용으로 처분사유를 변경한 것에 대하여 ‘원천징수하는 세금에 관한 처분취소소송에서 처분의 근거 세목을 소득세에서 법인세로 변경하는 것은 처분의 동일성을 벗어나는 것으로서 허용될 수 없다’고 판단한 다음 ‘피고의 처분사유 변경이 허용되지 아니하고 종전의 처분사유는 철회되어 그 처분사유가 존재하지 않게 되었으므로 1차 징수처분 및 가산세 부과처분은 위법하다’는 이유로 제1심판결을 취소하고 1차 징수처분 및 가산세 부과처분을 취소하는 판결을 선고하였다(서울고등법원 2013누23272 판결, 이하 ‘환송 후 원심판결’이라 한다). 마) 피고는 이에 불복하여 상고하였는데, 대법원은 2014.9.4. ‘당초의 징수처분에서와 다른 세목으로 처분사유를 변경하는 것은 처분의 동일성이 유지되지 아니하여 허용될 수 없으므로, 같은 취지에서 원심이, 피고가 1차 징수처분의 근거 세목을 소득세에서 법인세로 변경하는 것은 처분의 동일성을 벗어나는 처분사유의 변경으로서 허용되지 아니한다고 판단한 것은 정당하다’는 이유로 상고 기각 판결을 선고하여(대법원 2014두3068 판결) 환송 후 원심판결이 확정되었다.
3) 이 사건 징수처분 및 가산세 부과처분
피고는 2015.4.17. 원고에 대하여 2005 사업연도 원천징수분 법인세 ○○○원(가산세 포함)을 납세고지하였다(이하 ‘이 사건 징수처분’이라 한다).
나. 이 사건의 쟁점
1차 징수처분과 이 사건 징수처분은 모두 동일한 과세원인 및 과세대상에 이미 발생한 원고의 채무에 대한 동일한 이행청구에 불과하므로, 2006.12.18. 원고에 대하여 이 사건 양도소득에 대한 원천징수분 소득세를 납세고지함으로써 이 사건 양도소득에 대한 원천징수분 법인세 징수권(이 사건 징수권)의 소멸시효가 중단되었다고 볼 수 있는지 여부
3. 1심판결 및 2심판결
가. 1심판결(서울행정법원 2016.6.24. 선고 2015구합69614 판결)
1) 원고가 이 사건 양도소득에 대하여 원천징수하는 법인세의 납부의무는 이 사건 주식의 양수대금을 지급한 2005.4.15.에 성립과 동시에 확정되었고, 이에 대한 소멸시효의 기산일은 당해 원천징수세액의 법정납부기한인 2005.5.10.(위 2005.4.15.이 속하는 달의 다음 달 10일이다)의 다음 날인 2005.5.11.이라고 할 것인데, 이 사건 징수처분 및 가산세 부과처분은 그로부터 5년이 경과된 2015.4.17. 이루어졌음이 역수상 명백하다. 따라서 원고의 이 사건 양도소득에 대한 원천징수분 법인세의 납부의무는 이 사건 징수처분 및 가산세 부과처분 이전에 이미 시효가 완성되어 소멸하였으므로, 이 사건 징수처분과 이를 기초로 한 가산세 부과처분은 모두 위법하다. 2) 또한 피고의, 시효중단 주장, 소멸시효기간 연장 주장, 소멸시효 남용 주장, 특례부과제척기간 규정 준용 주장은 모두 이유 없다.
나. 2심판결(서울고등법원 2017.2.2. 선고 2016누54741 판결)
소득의 실질 귀속자를 확정하는 것은 조세의 부과, 징수를 담당하는 과세관청의 권한범위에 속하는 것이므로 과세관청은 스스로의 권한과 판단에 따라 소득의 실질 귀속자나 그의 법적 형태를 파악하여 징수처분을 하여야 할 뿐이고, 그 실질귀속자의 파악이나 판단이 어렵다는 사정이 있다 하여 징수권의 소멸시효의 기산점을 달리 볼 수는 없다.
앞에서 본 바와 같이 이 사건 양도소득에 대하여 원천징수하는 법인세의 납부의무는 이 사건 주식의 양도대금을 지급한 2005.4.15.에 성립함과 동시에 확정되었고, 이에 대한 소멸시효는 당해 원천징수세액의 법정납부기한인 2005.5.10.의 다음 날이라 할 것이므로, 피고 주장과 같이 선행 소송의 판결이 확정되어 소득의 실질 귀속자와 그의 법적 형태가 확정된 2014.9.4.로 볼 수 없다.
4. 대법원 판결(대법원 2020.11.12. 선고 2017두36908 판결)
가. 소멸시효 기산점 관련 주장에 관하여
원심은 제1심판결 이유를 인용하여, 이 사건 양도소득에 대한 원고의 원천징수분 법인세 납부의무의 소멸시효 기산일은 그 법정납부기한 다음 날인 2005.5.11.인데, 이 사건 징수처분 및 가산세 부과처분은 그로부터 소멸시효기간 5년이 경과한 2015.4.17. 이루어졌으므로 위법하다고 판단하였다. 그런 다음 원심은 그 소멸시효 기산일은 선행 소송이 확정되어 이 사건 양도소득의 실질귀속자와 그의 법적 형태가 확정된 2014.9.4.로 보아야 한다는 피고의 주장에 대하여 이 사건 양도소득의 실질귀속자 파악이나 판단이 어렵다는 사정이 있다고 하여 소멸시효 기산일을 달리 볼 수 없다는 등의 이유로 이를 배척하였다.
원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 위와 같은 원심의 판단에 상고이유와 같이 소멸시효 기산점에 관한 법리오해 및 심리미진의 위법이 없다. 한편 피고가 상고이유에서 들고 있는 대법원 판결들은 이 사건과 사안이 다르므로 이 사건에 원용하기에 적절하지 않다.
나. 납세고지에 의한 소멸시효 중단 관련 주장에 관하여
원심은 제1심판결 이유를 인용하여, 피고가 2006.12.18. 원고에게 이 사건 양도소득에 대한 원천징수분 소득세를 납세고지함으로써 이 사건 양도소득에 대한 원천징수분 법인세 징수권(이하 ‘이 사건 징수권’이라 한다)의 소멸시효가 중단되었다는 피고의 주장에 대하여, 세목은 부과처분에서는 물론 징수처분에서도 납세의무의 단위를 구분하는 본질적인 요소이므로 근거 세목이 ‘소득세’인 1차 징수처분과 근거 세목이 ‘법인세’인 이 사건 징수처분은 처분의 동일성이 인정되지 않아 1차 징수처분은 이 사건 징수권의 소멸시효를 중단하는 사유인 ‘납세고지’에 해당한다고 보기 어렵다는 이유로 이를 배척하였다. 원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 위와 같은 원심의 판단에 상고이유와 같이 납세고지에 의한 소멸시효 중단에 관한 법리오해 또는 심리미진의 위법이 없다. 한편 피고가 상고이유에서 들고 있는 대법원 판결들은 이 사건과 사안이 다르므로 이 사건에 원용하기에 적절하지 않다.
다. 응소행위로 인한 소멸시효 중단 관련 주장에 관하여
원심은 제1심판결 이유를 인용하여, 피고가 1차 징수처분 및 가산세 부과처분에 대한 선행 소송에서 응소함으로써 이 사건 징수권의 소멸시효가 중단되었다는 피고의 주장에 대하여, 1차 징수처분과 이 사건 징수권의 근거 세목이 달라 동일한 국세징수권으로 보기 어려우므로, 피고가 이 사건 징수권의 소멸시효 완성 전에 응소행위로써 이 사건 징수권을 행사하였다고 할 수 없고, 선행 소송에서 피고의 처분사유 변경이 허용되지 않고 피고 패소 판결이 확정된 이상 피고가 주장한 이 사건 징수권이 법원에 받아들여졌다고 보기도 어렵다는 이유로 이를 배척하였다. 원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단에 상고이유와 같이 재판상 청구 또는 응소행위로 인한 소멸시효 중단에 관한 법리오해 또는 심리미진의 위법이 없다. 한편 피고가 상고이유에서 들고 있는 대법원 판결들은 이 사건과 사안이 다르므로 이 사건에 원용하기에 적절하지 않다.
라. 채무승인에 의한 소멸시효 중단 관련 주장에 관하여
원심은 제1심판결 이유를 인용하여, 원고가 1차 징수처분 및 가산세 부과처분에 따라 세액을 납부함으로써 이 사건 징수권의 소멸시효가 중단되었다는 피고의 주장에 대하여, 원고가 1차 징수처분 및 가산세 부과처분에 따라 세금을 납부하였다고 하여 그와 동일성이 인정되지 않는 이 사건 징수권의 소멸시효가 중단된다고 볼 수 없다는 이유로 이를 배척하였다. 원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 위와 같은 원심의 판단에 상고이유와 같이 채무승인에 관한 법리오해의 위법이 있다고 할 수 없다.
마. 소멸시효 남용 관련 주장에 관하여
원심은 제1심판결 이유를 인용하여, 이 사건 양도소득의 실질귀속자와 그의 법적 형태가 확정된 대법원 2014두3068 판결의 선고일까지 피고가 이 사건 징수권을 행사하는 것을 기대하기 어려웠다는 등의 피고가 주장하는 사정만으로, 원고가 소멸시효 완성을 이유로 조세채무의 이행을 거절하는 것이 현저히 부당하거나 불공평하게 되는 등의 특별한 사정이 있다고 보기 어려우므로, 원고가 이 사건 징수권의 소멸시효 완성을 주장하는 것이 신의성실에 반하는 권리남용에 해당할 수 없다고 판단하였다. 원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 위와 같은 원심의 판단에 상고이유와 같이 권리남용에 관한 법리오해의 위법이 없다.
바. 특례제척기간 관련 주장에 관하여
원천징수분 법인세의 납부의무는 과세관청의 부과권의 행사에 의하지 않고 법률의 규정에 의하여 자동확정되는 것이므로, 거기에 부과권의 제척기간이 적용될 여지가 없다(대법원 1996.3.12. 선고 95누4056 판결 취지 참조). 같은 취지에서 원심이 제1심판결 이유를 인용하여, 이 사건 징수처분에 특례제척기간에 관한 구 국세기본법(2018.12.31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제26조의 2 제2항 제1호의 규정이 적용되지 않는다고 판단한 것은 정당하고, 상고이유와 같이 특례제척기간에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.
5. 대법원 판결의 의의
가. 사안의 경과
본건은 해외 조세피난처에 설립된 명목회사가 국내 법인의 주식을 취득한 경우, 이에 따른 양도소득이 누구에게 귀속되는지가 문제된 사안이다. 이에 대해 과세관청은 해외 조세피난처에 설립된 명목회사의 주주에 해당하는 DDD 엘피가 아닌 DDD 엘피의 투자자들에게 양도소득이 귀속되었다고 보아 이들 투자자들에 대한 ‘원천징수분 소득세’를 고지하였다. 그런데 과세관청의 투자자들에 대한 ‘원천징수분 소득세’ 징수처분은 다음과 같은 대법원 판결로 배척되었다.
○ 대법원 2013.7.11. 선고 2010두20966 판결
(1) 외국의 법인격 없는 사단/재단 기타 단체가 구 소득세법(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제119조 또는 구 법인세법(2005.12.31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것) 제93조에서 규정한 국내원천소득을 얻어 이를 구성원인 개인들에게 분배하는 영리단체에 해당하는 경우, 구 법인세법상 외국법인으로 볼 수 있다면 그 단체를 납세의무자로 하여 국내원천소득에 대하여 법인세를 과세하여야 하고, 구 법인세법상 외국법인으로 볼 수 없다면 거주자의 경우와 동일하게 단체의 구성원들을 납세의무자로 하여 그들 각자에게 분배되는 소득금액에 대하여 소득세를 과세하여야 한다. 그리고 여기서 그 단체를 외국법인으로 볼 수 있는지 여부에 관하여는 구 법인세법상 외국법인의 구체적 요건에 관하여 본점 또는 주사무소의 소재지 외에 별다른 규정이 없는 이상 단체가 설립된 국가의 법령 내용과 단체의 실질에 비추어 우리나라의 사법(私法)상 단체의 구성원으로부터 독립된 별개의 권리․의무의 귀속주체로 볼 수 있는지 여부에 따라 판단하여야 할 것이다(대법원 2012.1.27. 선고 2010두5950 판결 등 참조).
(2) 그런데 앞서 본 바와 같은 DDD 엘피의 설립 및 소외 회사 등을 통한 이 사건 주식의 취득 경위, 그리고 적법하게 채택된 증거에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 DDD 엘피는 공동사업을 통한 이익의 분배를 목적으로 설립된 단체로서 일상업무를 집행하며 무한책임을 지는 파트너(General Partner)와 투자한도 내에서만 책임을 지는 파트너(Limited Partner)로 구성되어 있는 사실, 소외 회사가 이 사건 주식을 취득한 후 DDD 엘피가 BBBB은행의 실질적인 지배주주로서 자신에게 우호적인 인물들을 사외이사로 선임하여 BBBB은행의 경영에 참여한 점 등을 종합하여 보면, DDD 엘피는 이 사건 주식의 인수를 통하여 BBBB은행의 경영에 참가하여 그 기업가치를 증대시킨 다음 이 사건 주식을 양도하는 방법으로 높은 수익을 얻으려는 뚜렷한 사업목적을 가지고 설립된 영리단체로서, 오로지 조세를 회피할 목적으로 설립된 것으로 볼 수는 없으므로, DDD 엘피가 이 사건 주식을 실질적으로 지배․관리할 능력이 없는 명목상의 영리단체에 불과하다고 할 수 없다. 따라서 원심으로서는 그 설립지인 EEE군도의 법령 내용과 단체의 실질에 비추어 DDD 엘피를 우리나라의 사법(私法)상 단체의 구성원으로부터 독립된 별개의 권리․의무의 귀속주체로 볼 수 있는지, 즉 DDD 엘피를 구 법인세법상 외국법인으로 볼 수 있는지를 심리하여 이 사건 양도소득에 대하여 DDD 엘피를 납세의무자로 하여 법인세를 과세하여야 하는지 아니면 DDD 엘피의 구성원들인 투자자 281명을 납세의무자로 하여 소득세를 과세하여야 하는지를 판단하였어야 했다.
(3) 그런데도 원심은 이에 관하여 심리하지 아니한 채 DDD 엘피에 대한 투자자 281명을 이 사건 양도소득에 대한 소득세 납세의무자로 보고 한 이 사건 처분이 적법하다고 판단하고 말았으니, 이러한 원심판단에는 외국의 법인격 없는 단체의 과세에 대한 법리 등을 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결에 영향을 미친 위법이 있고, 이 점을 지적하는 취지가 포함된 상고이유의 주장은 이유 있다.
이러한 대법원 판결에 대해 과세관청은 투자자들에 대한 ‘원천징수분 소득세’ 징수처분과 DDD 엘피에 대한 ‘원천징수분 법인세’ 징수처분은 처분의 동일성이 유지되므로, 소송 과정에서 당초 투자자들에 대한 ‘원천징수분 소득세’ 징수처분을 DDD 엘피에 대한 ‘원천징수분 법인세’ 징수처분으로 변경할 수 있다고 주장하였다. 그러나 대법원은 이러한 과세관청의 주장을 다음과 같은 이유로 배척하였다.

○ 대법원 2014.9.24. 선고 2014두3068 판결
징수처분의 취소를 구하는 항고소송에서도 과세관청은 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 처분사유를 교환․변경할 수 있으나(대법원 2013.7.11. 선고 2011두7311 판결), 세목은 부과처분에서는 물론 징수처분에서도 납세의무의 단위를 구분하는 본질적인 요소라고 봄이 상당하므로, 당초의 징수처분에서와 다른 세목으로 처분사유를 변경하는 것은 처분의 동일성이 유지되지 아니하여 허용될 수 없다고 할 것이다. 같은 취지에서 원심이, 피고가 이 사건 징수처분의 근거 세목을 소득세에서 법인세로 변경하는 것은 처분의 동일성을 벗어나는 처분사유의 변경으로서 허용되지 아니한다고 판단한 것은 정당하고, 거기에 상고이유의 주장과 같은 처분사유 변경의 한계에 관한 법리 오해의 위법이 없다. 그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다. 앞선 판결과 같이, 당초 투자자들에 대한 ‘원천징수분 소득세’ 징수처분을 소송과정에서 DDD 엘피에 대한 ‘원천징수분 법인세’ 징수처분으로 변경하는 것이 불가능하게 되자, 과세관청은 다시 원고에게 DDD 엘피에 대한 ‘원천징수분 법인세’ 징수처분을 하게 된다.

그런데 기본적으로 법인세 징수처분에는 국세징수권 소멸시효가 적용되므로, 두 번의 대법원 판결이 있은 후 원고에게 DDD 엘피에 대한 ‘원천징수분 법인세’ 징수처분을 하게 되면, 이는 5년의 국세징수권 소멸시효가 완성된 이후의 징수처분이라는 문제점이 있다. 따라서 DDD 엘피에 대한 ‘원천징수분 법인세’ 징수처분에 대해 납세자(원고)는 소송과정에서 국세징수권 소멸시효의 완성을 주장하였고, 과세관청은 이러한 주장을 소멸시효 기산점, 소멸시효 중단 등의 법리로 대응하였다. 대법원은 최종적으로 과세관청의 주장을 배척하고, ‘원천징수분 법인세’에 대한 소멸시효가 완성되었으므로, DDD 엘피에 대한 ‘원천징수분 법인세’ 징수처분은 위법하다고 판단하였다. 이러한 법원의 판단을 구체적으로 다음에서 설명하겠다.
나. 원천징수하는 법인세에 적용되는 소멸시효의 법리
일반적인 세목(법인세, 소득세 등)은 과세기간의 종료(소득세의 경우 매년 12.31.)로 성립하고, 신고 또는 부과처분에 의해 세액이 확정된다. 그런데 이러한 일반적인 세목과는 달리 원천징수하는 법인세(소득세도 마찬가지)는 소득금액을 지급하는 때에 성립하고, 납세의무가 성립하는 때에 특별한 절차 없이 세액이 확정된다. 따라서 원천징수의무자가 법인세를 원천징수하지 않아, 과세관청이 원천징수 법인세에 대해 원천징수의무자에게 고지하였다 하더라도, 이는 세액을 확정시키는 효력이 있는 부과처분이 아니라, 이미 확정된 세액을 징수하는 징수처분에 불과하다. 결국 원천징수하는 법인세의 경우, 세액 확정에 대해 적용되는 국세부과 제척기간 적용 가능성이 원천적으로 배제되며, 확정된 세액에 대한 징수처분의 소멸시효만이 문제될 뿐이다.
다. 본건에서 소멸시효 계산
본건에서 원고가 양도소득에 대하여 원천징수하는 법인세의 납부의무는 주식 양수대금을 지급한 2005.4.15.에 성립과 동시에 확정되었고, 이에 대한 소멸시효의 기산일은 당해 원천징수세액의 법정납부기한인 2005.5.10.(위 2005.4.15.이 속하는 달의 다음 달 10일이다)의 다음 날인 2005.5.11.이다. 그런데 본건에서 법인세 징수처분은 그로부터 5년이 경과된 2015.4.17. 이루어졌으므로, 5년의 소멸시효는 이미 완성된 이후에 법인세 징수처분이 이루어진 것이다. 따라서 소멸시효가 중단되거나, 소멸시효의 기산점이 달리 계산되지 않는 한, 해당 법인세 징수처분은 소멸시효 완성 이후의 처분으로 위법하게 된다.
라. 시효중단의 법리 및 이에 대한 과세관청의 주장과 법원의 판단
1) 시효중단 사유
법률상 시효중단 사유는 다음과 같다.
국세기본법 제28조 제1항
1. 납세고지
2. 독촉 또는 납부최고(納付催告)
3. 교부청구
4. 압류

민법 제168조
1. 청구
2. 압류 또는 가압류, 가처분
3. 승인
2) 납세고지로 인한 시효중단에 해당하는지
과세관청은, 당초 원천징수 소득세 징수처분과 원천징수 법인세 징수처분은 모두 동일한 과세원인 및 과세대상에 이미 발생한 원고의 채무에 대한 동일한 이행청구에 불과하므로, 2006.12.18. 원고에 대하여 이 사건 양도소득에 대한 원천징수분 소득세를 납세고지함으로써 이 사건 양도소득에 대한 원천징수분 법인세 징수권의 소멸시효가 중단되었다고 주장하였다.
그러나 법원은, 국세징수권의 소멸시효는 납세고지로 인하여 중단되고(국세기본법 제28조 제1항 제1호), 이러한 소멸시효 중단의 효과가 발생하려면 납세고지가 징수의 대상인 국세와 과세단위가 동일한 것에 대한 것이어야 하는데, 소득세와 법인세는 근거 세목이 달라 원천징수 소득세 징수처분과 원천징수 법인세 징수처분이 동일하다고 볼 수 없다고 판단하였다.
3) 재판상 청구(응소)로 인한 시효중단에 해당하는지
과세관청은 1차 징수처분 및 가산세 부과처분에 대한 선행 소송(선행 소송)에 응소하였고 그 소송 중에 소득세 원천징수에서 법인세 원천징수로 처분사유를 변경하였으며, 선행 소송에서 피고에게 이 사건 징수권이 없음을 이유로 하여 패소 판결이 선고된 것은 아니므로 피고의 응소행위로써 이 사건 징수권의 소멸시효가 중단되었다고 주장하였다.

법원은, 시효중단사유의 하나인 ‘재판상의 청구’라 함은, 권리자가 시효를 주장하는 자를 상대로 소로써 권리를 주장하는 경우뿐 아니라 시효를 주장하는 자가 원고가 되어 소를 제기한 데 대하여 피고로서 응소하여 그 소송에서 적극적으로 권리를 주장하고 그것이 받아들여진 경우도 포함되나, 피고로서 응소한 권리자가 적극적으로 자신의 권리를 주장하지 않고 다른 주장을 한 경우에는 권리행사가 있다고 볼 수 없어 그로 인하여 소멸시효가 중단되지 않는다고 할 것이라는 법리를 설시한 후, 소득세 징수권과 법인세 징수권도 근거 세목이 달라 동일한 국세징수권으로 보기 어려우므로, 피고가 법인세 징수권의 소멸시효 완성 전에 응소행위로써 법인세 징수권을 행사하였다고 할 수 없고, 또한 선행 소송에서 처분사유 변경이 허용되지 않고 피고 패소 판결이 확정된 이상 피고가 주장한 법인세 징수권이 법원에 의하여 받아들여졌다고 보기도 어려우므로, 피고의 응소행위로 인하여 법인세 징수권의 소멸시효가 중단되었다고 할 수 없다고 판단하였다.
4) 채무승인(세금 납부)으로 인한 시효중단에 해당하는지
과세관청은, 원고가 1차 징수처분 및 가산세 부과처분에 따라 이 사건 주식 양수대금의 지급일인 2005.4.15. 납세의무가 성립한 세액의 일부인 ○○○원을 납부하였으므로 이로써 이 사건 양도소득에 대한 원천징수분 법인세액 전부에 대한 시효중단의 효력이 발생하였다고 주장하였다. 그러나 법원은 원고가 이 사건 소득세 징수권 행사의 일환으로 이루어진 1차 징수처분 및 가산세 부과처분에 따라 세금을 납부하였다고 하여 이 사건 소득세 징수권과 동일성이 인정되지 않는 이 사건 징수권의 소멸시효가 중단된다고 할 수 없다고 판단하였다.
5) 채무승인(묵시적 인정)으로 인한 시효중단에 해당하는지
과세관청은, 원고가 2005.4.15. 이 사건 양도소득을 지급함으로써 원천징수분 법인세의 납세의무가 있음을 인식하고 있었고, 선행 소송에서 ‘이 사건 양도소득은 국내원천소득인데 원고가 비과세 면제신청을 하여 원천징수를 하지 못하였다’고 주장함으로써 이 사건 양도소득을 법인세로 원천징수할 의무가 원고에게 있음을 묵시적으로 인정하였으므로, 이러한 채무승인으로서 이 사건 징수권의 소멸시효가 중단되었다고 주장한다.
그러나 법원은, 원고가 선행 소송에서 주위적으로 말레이시아 라부안에서 설립된 소외 회사가 이 사건 양도소득의 실질 귀속자이므로 한․말 조세조약에 따라 이 사건 양도소득은 대한민국의 과세대상이 아니라고 주장하고, 예비적으로 CCC 또는 DDD 엘피의 국내사업장이 존재하므로 이 사건 주식의 양도소득은 위 국내사업장에 귀속하는 소득에 대한 법인세로서 직접 부과하였어야 한다고 주장한 사실을 인정할 수 있으므로, 이러한 사실관계에 비추어 보면, 원고가 선행 소송에서 피고에게 DDD 엘피를 납세의무자로 하는 법인세 원천징수의무를 승인하였다고 보기 어렵고, 또한 원고가 조세조약에 따른 비과세 면제신청을 한 점으로 보아 원고가 이 사건 양도소득에 대한 원천징수분 법인세의 납세의무가 있음을 인식하였다고 보기도 어렵다고 판단하였다.
6) 소결론
이처럼 법원은 과세관청의 시효중단 주장을 모두 배척하였다.
마. 과세관청의 시효연장 주장에 대한 법원의 판단
본과세관청은, 선행 소송에서 피고에게 이 사건 징수권이 있음을 인정한 환송 후 원심 판결이 확정되어 이 사건 징수권의 소멸시효가 10년으로 연장되었으므로, 10년의 소멸시효 기간 내에 이루어진 이 사건 징수처분은 적법하다고 주장하였다.
이에 대해 법원은, 구 국세기본법 제27조 제2항에 따라 준용되는 민법 제165조 제1항은 ‘판결에 의하여 확정된 채권은 단기의 소멸시효에 해당한 것이라도 그 소멸시효는 10년으로 한다’고 규정하고 있고, 여기서 채권이 확정된다는 것은 채권의 존재가 기판력에 의하여 확정되는 것을 의미하므로, 위 규정에 따라 소멸시효가 10년으로 연장되려면 연장 대상인 채권의 존재 자체가 확정판결의 소송물이 되어야 하는데, 선행 소송의 소송물은 ‘1차 징수처분 및 가산세 부과처분의 위법성’이었고, 1차 징수처분의 처분사유를 법인세 원천징수로 변경하는 것이 허용되지 않았으므로, 선행 소송에서 이 사건 징수권의 존재가 판결로 확정되었다고 할 수 없고, 또한 위 규정은 재판상 청구로 인하여 소멸시효가 중단되어 있던 권리가 판결로 확정되면 그 이후부터 새로이 진행하는 소멸시효기간이 10년으로 연장되는 경우를 상정한 것인데, 앞서 본 바와 같이 이 사건 징수권의 소멸시효가 중단되지 않아 2010.5.10. 소멸시효가 완성된 이상 그 이후에 환송 후 원심판결이 확정되었다고 하더라도 이 사건 징수권의 소멸시효기간이 연장될 여지는 없다고 판단하였다.
바. 과세관청의 소멸시효 남용 주장에 대한 법원의 판단
과세관청은, 유한 파트너십에 대한 과세 시 납세의무자와 적용될 조세조약의 결정 기준 등에 관한 OECD 모델조약 주석서의 입장, 과세관청의 실무, 1차 징수처분 및 가산세 부과처분에 대한 제1심 판결과 환송 전 원심판결의 입장, 유사 사건에서의 제1심 판결과 항소심 판결의 입장 및 선행 소송의 대법원 판결(2010두20966)이 최초로 유한 파트너십의 투자자가 아닌 유한 파트너십 자체를 소득의 실질적 귀속자로 보아야 한다는 취지의 판단을 한 점 등의 사정을 고려하면, 1차 징수처분에 대한 판결이 확정될 때까지는 객관적으로 피고가 소멸시효 완성 전에 정확한 납세의무자를 특정하여 이 사건 징수권을 행사하는 것을 기대하기 어려웠고, 선행 소송에서 대법원의 최종 판결(2014두3068)이 선고되어 이러한 사실상의 장애사유가 해소된 때로부터 상당한 기간 내에 이 사건 징수처분을 하였는데도, 원고가 소멸시효 완성을 주장하는 것은 신의성실에 반하는 권리남용으로서 허용될 수 없다고 주장하였다.
이에 대해 법원은, 피고가 주장하는 사정만으로는 원고가 소멸시효 완성을 이유로 조세채무의 이행을 거절하는 것이 현저히 부당하거나 불공평하게 되는 등의 특별한 사정이 있다고 보기 어렵다. 따라서 원고가 이 사건 징수권의 소멸시효 완성을 주장하는 것은 신의성실원칙에 반하는 권리남용에 해당한다고 할 수 없다고 판단하였다.
사. 과세관청의 특례부과제척기간 규정 준용 주장에 대한 법원의 판단
과세관청은, 국세징수에 대하여 특례부과제척기간에 관한 국세기본법 제26조의 2 제2항 제1호가 준용되어야 하므로, 환송 후 원심판결이 확정된 2014.9.4.로부터 1년 이내에 한 이 사건 징수처분은 적법하다고 주장하였다.
법원은, 원고가 이 사건 양도소득에 대하여 원천징수하는 법인세의 납부의무는 과세관청의 부과권 행사에 의하지 아니하고 법률의 규정에 의하여 자동 확정되는 것이므로, 부과권의 제척기간에 관한 국세기본법 제26조의 2 제2항 제1호의 규정이 적용될 여지가 없고, 설령 국세 징수처분에 대하여 특례부과제척기간 규정이 준용될 수 있다고 하더라도, 이 사건 징수처분은 1차 징수처분과 세목이 달라 과세단위가 동일하지 않으므로 1차 징수처분 및 가산세 부과처분을 취소한 환송 후 원심판결의 취지에 따라 그 판결이 확정된 날부터 1년이 지나기 전까지 할 수 있는 ‘경정결정 그 밖에 필요한 처분’에 해당하지 않는다고 판단하였다.
아. 과세관청의 시효 기산점 주장에 대한 법원의 판단
과세관청은, 외국투자단체가 관련된 거래의 경우 OECD 보고서, 과세당국의 유권해석과 과세실무는 모두 소득의 귀속자를 투자단체가 아니라 그 투자단체의 구성원인 투자자라고 보고 있는 점, 대법원은 외국투자단체가 관련된 거래에서 그 재산에 관한 소득은 재산을 실질적으로 지배/관리하는 자에게 귀속된 것으로 봄으로써 사안에 따라 소득의 실질 귀속자를 판단하고 있고, 이에 따라 소득의 실질 귀속자가 외국투자단체와 그 구성원 중 누가 되는 가는 대부분의 사안에서 과세관청의 처분 당시에는 확정되기 어렵고, 사안에 따라 법원의 판단을 받아야 확정된다는 점 등을 고려하면, 이 사건 징수권의 소멸시효의 기산점은 선행 소송의 판결이 확정되어 소득의 실질 귀속자와 그의 법적 형태가 확정된 2014.9.4.로 보아야 할 특별한 사정이 있다고 주장하였다.

이에 대해 법원은, 소득의 실질 귀속자를 확정하는 것은 조세의 부과, 징수를 담당하는 과세관청의 권한범위에 속하는 것이므로 과세관청은 스스로의 권한과 판단에 따라 소득의 실질 귀속자나 그의 법적 형태를 파악하여 징수처분을 하여야 할 뿐이고, 그 실질귀속자의 파악이나 판단이 어렵다는 사정이 있다 하여 징수권의 소멸시효의 기산점을 달리 볼 수는 없는데, 앞에서 본 바와 같이 이 사건 양도소득에 대하여 원천징수하는 법인세의 납부의무는 이 사건 주식의 양도대금을 지급한 2005.4.15.에 성립함과 동시에 확정되었고, 이에 대한 소멸시효는 당해 원천징수세액의 법정납부기한인 2005.5.10.의 다음날이라 할 것이므로, 피고 주장과 같이 선행 소송의 판결이 확정되어 소득의 실질 귀속자와 그의 법적 형태가 확정된 2014.9.4.로 볼 수 없다고 판단하였다.
자. 맺으며
본건은 외국계 은행인 스탠다드차타드의 제일은행 인수와 관련하여 세금을 부과할 수 있는지에 대한 판단으로, 2006년 처음 세금이 부과되었고, 대법원에서 패소하자 2015년 다시 과세관청이 세금을 부과한 사안이다. 2015년 과세관청의 법인세 징수처분에 대한 징수권 소멸시효가 완성되었다는 법원의 판단은, 기존 판례와도 부합하는 지극히 당연한 것으로 보인다. 과세관청은 당초 소득세 징수처분이 적법하지 않다는 대법원 판결에 따라, 이미 소멸시효가 완성된 법인세 징수권을 행사하여, 원고에 대해 법인세 징수처분을 하게 된 것이다.
다만 당초 소득세 징수처분이 적법하지 않다는 대법원 판결은, DDD 엘피가 조세회피 목적으로 설립되었는지에 대한 입증책임을 과세관청에게 지우고 있는데(2010두20966), 과연 외국계 금융기관이 조세의 부담을 절감하기 위해 여러 단계에 걸친 투자구조를 만드는 행위에 대한 과세관청의 과세와 관련하여, 법원이 과세관청에 너무나 과도한 입증책임을 지우는 것이 아닌가 하는 아쉬움이 남는다.



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