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비영리법인별 회계와 세무 실무

01 종교단체란?
우리나라에는 2011년 말 현재 71개의 종교에 교단(교파)을 합하여 566개의 종교단체가 있으며 이들 각 종교별 교단은 「민법」 제32조의 규정의 의한 사단 또는 재단법인의 형태로 존재하기도 하고 법인격 없는 단체로 존립하기도 하는데 그 정확한 숫자는 알 수 없다.
한편, 종교단체는 다양한 방법으로 사회사업에 참여하고 있는데 라디오나 T.V 그리고 신문사를 보유하고 있기도 하며, 학교ㆍ의료기관ㆍ요양기관 그리고 사회복지법인이나 박물관 등을 보유하고 있는 경우도 있다.

사단법인이나 재단법인 형태의 종교단체는 「민법」 및 「문화체육관광부 및 문화재청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」에 의해 설립 및 운영관리에 대하여 규제를 받는다. 그런데 「문화체육관광부 및 문화재청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」에는 비영리법인이 주무관청에 대하여 매년 사업실적 및 사업계획을 제출하도록 하고 있는 보고의무사항이 2005년 6월 4일에 폐지되었다. 다른 소관 부처 비영리법인의 경우에는 매 사업연도가 끝난 후 2개월 이내에 ① 다음 사업연도의 사업계획과 수입ㆍ지출 예산서 ② 해당 사업연도의 사업실적과 수입ㆍ지출 결산서 ③ 해당 사업연도 말 현재의 재산목록을 제출하도록 되어 있으나 인사혁신처와 문화체육관광부 소관의 비영리법인의 경우에는 동 보고의무 조항이 폐지되어 별도로 사업실적 및 사업계획을 보고할 의무가 없다.
다만, 「민법」 제37조의 규정에 의한 법인사무의 검사 및 감독을 위하여 불가피한 경우에는 법인에게 관계서류ㆍ장부기타 참고자료의 제출을 명하거나 소속공무원으로 하여금 법인의 사무 및 재산상황을 검사하게 할 수는 있다.
02 종교단체의 회계
(1) 사 찰 불교의 대표적인 종단인 조계종의 경우 종단의 회계연도는 매년 1월 1일에 시작하여 12월 31일에 종료하며, 한 회계연도에 속하는 세입세출의 출납에 관한 사무는 다음년도 1월 20일까지 완결하도록 하고 있어 지출원인행위를 기준으로 세입세출을 결산하는 수정현금주의를 택하고 있다.
또한 회계는 단식부기에 의하고 재무제표는 款, 項, 目으로 구분된 세입세출결산서를 사용하고 있고 예산총계주의원칙을 채택하고 있으나, 현물로 수입 또는 출자하는 경우 이를 세입세출예산외로 관리할 수 있도록 하고 있다.
회계는 일반회계와 특별회계, 기금으로 구분하고, 중앙종무기관 산하기관의 본말사와 법인체의 예산과 회계에 관한 사항은 따로 종법으로 정하도록 하고 있다. 특별회계는 특별한 사업을 운영할 때, 특정한 자금을 보유하여 운용할 때, 기타 특정한 세입으로 특정한 세출에 충당함으로써 일반회계와 구분하여 처리할 필요가 있을 때에 설치할 수 있으며, 기금은 중앙종무기관에서는 특정한 목적사업을 위하여 특정한 자금을 운용할 필요가 있을 때에 한하여 종단 보조금, 각종 성금, 희사금 등으로 설치하도록 하고 있으나, 구체적으로 특별회계와 기금을 설치하는 절차 및 승인권자 등이 정하여지지 않았다.
종단이나 사찰의 재산에 관한여 총무원장의 승인을 받지 아니하고 는 매각, 기부, 담보제공, 대여, 인락, 기타 처분을 할 수 없으며, 당해 연도 예산의 범위 내에서 변제할 수 없는 장기채무는 총무원장의 기채승인을 받도록 규정하고 있다.
세입세출예산안은 각 종무기관별로 구분하여 다음 회계년도 개시 60일 전까지 정기중앙종회(예산종회)에 예산편성지침, 세입세출예산 사항별 설명서, 계속비 명세서 등과 함께 제출하도록 하고 있으며, 결산은 각 중앙종무기관의 장이 세입세출의 결산보고서를 작성하여 다음년도 2월 말일까지 총무원 재무부장에게 제출하고, 총무원 재무부장은 중앙종무기관의 세입세출결산서를 총합하여 총괄세입세출결산서와 계속비 결산보고서를 작성하여 종무회의의 의결을 거처 결산 중앙종회에 제출하도록 하고 있다.
각 중앙종무기관이 예산을 집행하고자 할 때에는 지출원인행위와 관련된 서류을 첨부하여 총무원 재무부장에게 청구하고 총무원 재무부장은 이를 접수하여 지출결의서를 작성하여 총무원장의 결재를 받아 사용하도록 하고, 다만, 교육원, 포교원의 지출결의서와 다른 법령이나 규정에 의한 전결사항은 총무원장의 결재를 전결로 대체하도록 하고 있다.
모든 수입과 지출은 적절한 증빙과 장부를 작성하여 보관하도록 하고 있으나 구체적인 증빙의 종류나 장부의 종류, 보존연한 등에 대하여는 별도로 규정하고 있지 않다.

「사찰예산회계법」은 조계종 종단 산하 모든 사찰의 예산 편성, 집행과 결산 및 이에 따른 회계처리 사항 등을 정하는 데 그 목적이 있다 하겠다. 따라서 회계연도와 단식부기에 의한 회계처리방법 그리고 세입세출결산서 등의 결산 재무제표 등이 모두 「예산회계법」과 동일하나, 다음의 경우와 같이 몇몇 특별히 정하고 있는 사항이 있다.

  • (1) 사찰예산에 대하여 그 용도를 지정하였는데 ① 사찰의 유지ㆍ관리 및 운영 ② 포교와 사회공익사업 ③ 승려복지사업 ④ 승려와 신도 교육사업 ⑤ 유ㆍ무형 문화재의 보호 및 전승을 위한 사업 ⑥ 기타 불교의 가치 구현을 위한 사업에만 사용하도록 하고 있다.
  • (2) 회계는 일반회계와 특별회계로 구분하는데 일반(경상)회계는 사찰의 기본적인 유지ㆍ관리 및 최소한의 기본사업 수행을 위해 설치하는 회계로 하고, 특별회계는 특정한 목적사업 수행을 위해 설치하는 회계로서 ① 교구본사 특별회계 ② 적립금 특별회계(문화재구역입장료 30%예치금, 임대보증금, 부동산수익금, 퇴직적립금 등) ③ 불사 특별회계(공사구분, 사업별 구분) ④ 템플스테이 특별회계 ⑤ 승려복지 특별회계 ⑥ 직영상가 특별회계 ⑦ 기타사업 및 목적 등의 특별회계(일반회계와 구분되는 특별사업 또는 기간을 정하여 진행되는 특정사업에 대한 별도회계) 등으로 구분하도록 하고 있다.
  • (3) 일반회계와 특별회계 사이, 특별회계와 다른 특별회계 사이에는 서로 차입할 수 없으나, 일시적인 금액의 과부족으로 회계 간의 전용이 필요한 때는 차입할 수 있고, 과부족 금액이 해소되는 즉시 원상태로 회복하도록 하며, 차입기간은 해당 회계연도를 넘길 수 없도록 규정하고 있다. 또한, 일반회계에서 특별회계로 전출할 수 있으나 특별회계에서 일반회계, 특별회계에서 다른 특별회계로는 전출할 수 없으나, 사업이 종료된 특별회계의 잔액은 즉시 일반회계로 계상하도록 하고 있어 구분회계를 엄격히 하도록 하고 있다.
  • (4) 교구본사 이외의 사찰은 11월 말일까지 교구본사에 세입세출예산서를 제출하도록 하고, 교구본사는 교구본사의 세입세출예산서와 교구소속 사찰에서 제출한 세입세출예산서, 교구특별회계예산서를 12월 말까지 총무원에 제출하면 세입세출예산이 확정되는 것으로 규정하고 있다.
  • (5) 교구본사 이외의 사찰은 1월 말일까지 교구본사에 세입세출결산서를 제출하도록 하고, 교구본사는 교구본사의 세입세출결산서와 교구소속 사찰에서 제출한 세입세출결산서, 교구특별회계결산서를 2월 말일까지 총무원에 제출하면 세입세출결산서로 확정되는 것으로 규정하고 있다.
  • (6) 모든 사찰은 정기적으로 회계감사를 받도록 하고 있다. 또한 재정사고 및 재산관련 소송이 제기된 사찰은 공인회계사를 통한 회계감사를 시행하도록 하고 있다. 정기회계감사는 본사가 말사에 대하여 11월에서 12월 중에 실시하고 감사보고서를 본사주지와 피감 사찰에 보고 및 통지하도록 하고 있다. 또한 피감 사찰의 자료제출 거부, 의도적 감사 회피행위, 위법 부당한 사실 등이 있는 경우 징계하도록 규정하고 있다.
  • (7) 이외에 「사찰예산회계법」은 통장 및 통장인장의 관리에 관한 사항, 전산프로그램의 활용에 관한 사항, 회계서류 및 장부의 종류, 영수증의 발급 및 보관과 신용카드 사용에 관한 사항, 임대보증금과 임대수익금 관리에 관한 사항, 문화재구역입장료의 특별회계에 관한 사항, 직영상가 특별회계에 관한 사항, 국고보조금 관리에 관한 사항 등을 규정하고 있다.
  • (8) 일반회계의 세입예산과목은 다음과 같이 예시하고 있다.
    관 항(목)
    기본재산수입 경지수입, 임대수입, 산림수입
    불공수입 기도수입, 재수입, 위패수입, 인등수입, 등수입
    불전수입 불전금, 공양미수입
    4.8수입 4.8수입(불전수입, 등수입, 기타수입)
    사업수입 사업수입(직영주차장수입, 직영상가수입, 기타사업수입)
    법요ㆍ행사수입 법요ㆍ행사수입(방생 및 성지순례수입, 기타행사수입)
    교육연수수입 교육연수수입
    문화재구역입장료수입 문화재구역입장료수입, 성보박물관수입
    기타수입 환수수입, 시주금, 잡수입, 기와수입, 타회계종료이월수입
    특별수입 불용품매각수입, 배상금위약금수입, 기타특별수입
    신도교무금수입 신도교무금수입
    차입금 차입금
    전년도이월금 전년도이월금
    ∙일반회계의 세출예산 과목은 다음과 같이 예시하고 있다.
    관 항(목)
    법요ㆍ행사수입 헌공비, 법요비, 행사비
    종무수행비 및 보시 보시, 특별보시, 잡급비, 퇴직적립금 전출금
    관리운영비 일반운영비(일반수용비, 복리후생비, 출장비, 여비 등), 시설비품관리비, 급식비, 업무추진비
    분담금 분담금(중앙분담금, 교구분담금, 승려복지분담금, 문화재구역입장료분담금, 교육불사특별분담금)
    자산취득비 불구구입비, 비품차량구입비, 부동산매입비
    수익사업비 수익사업비(직영주차장운영비, 직영상가운영비, 기타)
    목적사업비 교육비, 포교비, 역경비, 사회복지비, 승려복지비
    성보관리비 성보관리비(성보유지보수비, 보험료, 성보박물관운영비)
    기타지출 회비, 신도교무금, 기타기관지원비, 반환금, 잡지출, 수수료
    특별회계전출금 특별회계전출금
    차입금상환 차입금상환(차입금상환, 지급이자)
    대여금 대여금
    반환금 반환금
    예비비 예비비
    차년도이월금 차년도이월금

(2) 교 회 한국기독교교회협의회(NCCK)에서는 「교회회계와 재무처리기준」을 제62회 정기총회(2013년 11월 18일)에서 제정하였다. 따라서 한국기독교교회협의회 소속의 모든 기독교회는 교회 전체를 하나의 보고실체로 하여 교회에 속한 기도원, 지성전을 포함한 모든 조직 및 동 조직이 영위하고 있는 고유목적사업, 수익사업에 모두 이 기준을 적용하도록 하고 있다. 다만, 이 기준은 2015년도 1월 1일 이후 최초로 시작되는 회계연도부터 적용하도록 하고 있다.
이 「교회회계 및 재무처리기준」(이하 “교회회계기준”이라 함)은 한국회계기준원의 「비영리조직 회계처리기준(안)」과 보건복지부령 제152호 「사회복지법인 및 사회복지시설 재무ㆍ회계 규칙」을 수정ㆍ보완하여 작성하고 제정한 것으로 복식부기회계와 발생주의회계를 근간으로 하고 있지만 직전연도 결산총액이 5억원 이하[당초 제정(안)은 10억원이었음] 인 교회는 단식부기회계에 의할 수 있도록 규정하고 있다. 단식부기회계에서 복식부기회계로 전환할 경우 개시재무상태표는 취득원가 또는 공정가치로 평가하도록 하고, 취득원가 또는 공정가치를 평가하기 어려운 경우에는 국세청장이 정한 기준시가에 의해 평가하도록 규정하고 있다. 이 기준의 구성은 다음과 같다.
제1장 총칙(제1조～제10조)
제2장 재무상태표(제11조～제25조)
제3장 운영성과표(제26조～제40조)
제4장 현금흐름표(제41조～제46조)
제5장 자산ㆍ부채의 평가(제47조～제52조)
제6장 재무제표에 대한 주석(제53조～제56조)
제7장 단식부기회계(제57조～제63조)
제8장 계약과 물품관리(제64조～제69조)
제9장 헌금 등 수입금의 관리(제70조～제71조)
제10장 예산과 결산(제72조～제85조)
제11장 감사(제86조～제93조)
부칙(제1조～제3조)
교회회계기준이 그 토대로 삼고 있는 한국회계기준원의 「비영리조직 회계처리기준(안)」은 2013년 3월에 초안이 발표된 것으로 그 동안 연구 및 의견수렴과 수차례 심의 등의 과정을 거쳐 2017년 7월 20일에 최종적으로 제정되어 공표되었다.

한편, 교회회계기준이 또 다른 토대로 삼아고 있는 「사회복지법인 및 사회복지시설 재무ㆍ회계 규칙」을 교회 회계의 실정에 맞게 수정ㆍ보완하였는데 그 내용은 제7장부터 제11장까지이며, 주요 내용은 다음과 같다.

  • ① 교회의 대표자는 운영위원회(당회, 구역회, 공동의회 등)의 결의를 거쳐 매 회계연도 개시 1개월 전까지 교회의 예산편성 지침을 정하고, 예산위원회의 결의를 거쳐 예산을 편성한 다음, 교회 제직(諸職)회의(교회 의결기관)의 의결을 거쳐 확정하도록 하고 있다. 예산의 전용은 운영위원회(당회, 구역회, 공동의회 등)의 결의를 거쳐 항ㆍ목간 전용할 수 있는데, 결산보고시 과목전용조서를 함께 제출하도록 하고 있다.
  • ② 결산보고서는 운영위원회(당회, 구역회, 공동의회 등)의 결의를 거쳐 교회의 세입ㆍ세출 결산보고서를 작성하여 제직회의에게 제출하여야 한다. 단식부기로 회계처리하는 경우에는 세입ㆍ세출결산서와 기본재산수입명세서 등 각 계정 명세서와 내부감사보고서, 수익사업이 있는 경우 법인세신고서름 첨부하도록 하고 있다. 복식부기로 회계처리하는 경우에는 이외에 재무상태표와 수지계산서 그리고 각 계정 명세서를 첨부하도록 하고 있다.
  • ③ 교회가 헌금 등을 받을 때에는 교회 명의의 금융기관이나 체신관서의 수입전용계좌를 사용해야하고, 성도의 요구가 있을 때에는 「소득세법 시행규칙」 제101조 제20호의2에 따른 기부금영수증 서식 또는 「법인세법 시행규칙」 제82조 제7항 제3호의3에 따른 기부금영수증 서식에 따라 헌금 등의 영수증을 발급하여야 하며, 영수증 발급목록을 별도의 장부로 작성ㆍ비치하여야 하도록 하고 있다.
  • ④ 지출은 상용의 경비 또는 소액의 경비지출을 제외하고는 예금통장에 의하거나 「전자거래 기본법」 제2조 제5호에 따른 전자거래로 행하여야 하는데, 상용의 경비 또는 소액의 경비지출의 범위는 운영위원회(당회, 구역회, 공동의회 등)의 결의를 거쳐 정하도록 하고 있고, 계약에 관한 사무도 각각 그 교회의 대표자(담임목사)가 운영위원회(당회, 구역회, 공동의회 등)의 결의를 거쳐 처리하도록 규정하고 있다.
  • ⑤ 교회의 감사인은 중간감사와 결산감사를 실시하여 결산보고와 감사보고를 공동의회에 보고해야 한다.
03 종교단체의 세무
(1) 상속세 및 증여세 납세의무 1) 종교단체에 출연한 재산의 증여세 과세여부 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업은 공익법인 등에 해당한다. 따라서 상속재산 중 공익법인이 상속인이나 피상속인으로부터 출연받은 재산가액 또는 출연자로부터 공익법인이 무상으로 출연받은 재산의 가액은 상속세 또는 증여세 과세가액 불삽입하여 상속세 및 증여세납세의무가 없다. 다만, 상속세 및 증여세법에서 정한 각종 납세 의무사항과 조세 협력의무를 이행해야 한다.
종교단체가 공익법인 등에 해당하는지 여부는 법인으로 등록했는지에 관계없이 당해 종교단체가 수행하는 정관상 고유목적사업에 따라 판단한다. 한편, 공익법인에 해당하는 종교단체가 재산을 출연받아 그 출연받은 날부터 3년 이내에 직접공익목적사업에 사용하는 경우에는 증여세가 과세되지 아니하는 것이며, 직접 공익목적사업에 사용하는 것이란 정관상 고유목적사업에 사용하는 것을 말한다.(재산세과－852, 2010. 11.17.)

2) 종교단체 부동산의 명의신탁 교회재산에 대한 명의신탁을 해지하여 교회명의로 환원시 즉, 개인 명의로 등기된 부동산을 교회 명의로 등기이전한 경우로서 그 이전된 부동산이 당초부터 교회의 소유임이 확인되는 경우에는 증여세가 과세되지 아니하는 것이며, 당초부터 개인의 소유임이 확인되는 경우에는 증여세가 과세된다.(상속증여세과－01236, 2015.11.27.)
종교단체가 명의신탁한 재산을 명의신탁해지하여 실질소유자인 종교단체 명의로 환원하는 경우에는 이를 증여로 보지 아니하는 것이며, 부동산을 타인명의로 등기하는 경우에는 「부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률」에 의하여 과징금이 부과될 수 있다.(서면인터넷방문상담4팀－2050. 2004.12.15.)
또한, 종중원 명의로 등기된 토지를 종중 명의로 등기이전한 경우로서 그 이전된 토지가 당초부터 종중의 소유임이 확인되는 경우에는 증여세가 과세되지 아니하는 것이나 당초부터 종중원 소유임이 확인되는 경우에는 증여세가 과세된다. 해당 토지가 당초부터 종중의 소유인지 또는 종중원의 소유인지 여부는 종중 회칙(규약) 및 회의록과 재산목록 등에 의거 해당 부동산의 사실상 소유자, 소유형태 등 구체적인 사실을 확인하여 판단할 사항임이다.(법규재산2013－454, 2013.12.10.)

(2) 법인세 납세의무 1) 종교단체에서 공급하는 용역에 대한 수익사업 여부 종교단체는 한국표준산업분류에 “9191 종교단체：불교, 기독교, 천주교, 민족종교 및 기타 종교 계통의 중앙종단, 지역종단, 포교소 등을 말한다.”라고 규정하고 있다. 「법인세법」에서는 주무관청에 등록된 종교단체(그 소속단체 포함)가 공급하는 용역 중 「부가가치세법」 제26조 제1항 제18호에 따라 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업에서 발생하는 수입은 수익사업소득의 범위에서 제외되어 법인세 납세의무가 없다.(「법인세법 시행령」 제2조 제1항 제7호) 다만, 기타 일시 우발적으로 발생하는 이자소득, 배당소득, 고정자산으로 인하여 생기는 수입 등 열거된 소득에 대하여는 법인세 납세의무가 있다.
「부가가치세법」 제26조 제1항 제18호에 따라 부가가치세가 면제되는 용역은 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조 각 호의 어느 하나에 따른 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비(實費) 또는 무상으로 공급하는 용역을 말한다.
한국표준산업분류에서는 종교단체가 포교시설과 독립하여 출판, 교육, 의료, 복지사업을 수행할 경우는 그 주된 특성에 따라 별도로 구분하고 있으므로 법인세가 과세 제외되는 수익사업소득에 해당하는지는 별도로 수행하는 사업의 특성에 따라 달라질 수 있으므로 각 사안마다 개별적으로 판단해야 할 것으로 보인다.

2) 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입의 과세 비영리내국법인이 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업 제외)에 직접 사용한 것은 법인세 과세대상에 해당되지 않는다. 따라서 비영리법인으로 등록한 교회가 증여받은 고정자산(고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 것 제외)을 처분하여 발생한 수입과 취득한 고정자산을 임대업 등 수익사업에 사용하는 경우 수익사업에서 생기는 소득에 대하여 법인세 납부의무가 있다.(서면2팀－1795, 2006.9.14.)
비영리내국법인으로 승인받은 종교단체가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업 제외)에 직접 사용하는 사택을 양도하는 경우(법인－3549, 2008.11.24.)와 「국세기본법」 제13조 규정에 의한 법인으로 보는 단체인 종교단체(교회)가 종교의 보급 기타 교화업무를 전업으로 하는 교회의 담임목사가 처분일 현재까지 계속하여 3년 이상 사용하는 사택을 양도하는 경우(서면2팀－1009, 2006.6.5.)에는 수익사업 소득에서 제외된다. 다만, 교회가 3년 이상 보유한 토지를 신도들의 사후 매장을 위한 묘지로 사용한다고 하더라도, 묘지 운영이 교회의 고유목적인 종교의 보급 기타 교화를 위하여 직접적으로 필요하다고 볼 수 없으므로 당해 토지의 양도는 수익사업으로 보아 법인세가 과세된다.(서면 법규과－841, 2013.7.19.)

3) 부동산임대소득의 경우 사찰의 부동산임대행위는 법인의 고유목적사업도 아니고 영리를 목적으로 하는 부동산임대영업에 해당하여 과세대상이 되고 부동산임대에 관한 수입이 사찰의 고유목적사업에 지출 사용된다고 하여 다를 바 없다.(대법원75누173, 1976.4.13.) 다만, 주무관청에 등록된 종교단체로서 「문화재보호법」의 규정에 의한 지정문화재(지방문화재를 포함하며, 무형문화재는 제외)를 소유 또는 관리하고 있는 사찰이 경내지 내의 건물을 임대하는 용역은 수익사업 또는 수익에서 생긴 소득에 해당하지 아니하는 것으로, 종교단체가 경내지내의 건물을 임대하는 용역인지 등에 따라 수익사업 해당 여부를 판단한다.(법인46012－1998, 1998.7.20.)

4) 지정기부금단체 해당 여부 개인사찰이 불교종단에 사찰등록을 하고 「국세기본법」 제13조 제2항 각호의 요건을 충족하여 ‘법인으로 보는 단체’로 승인을 받아 고유번호를 부여받은 후 임의로 탈종을 한 경우, 해당 개인사찰은 지정기부금단체에 해당하지 않는다.(법인세과－550, 2012. 09.12.)
개별적으로 주무관청에 등록되지 않는 종교단체라도 소속한 교파의 총회 또는 중앙회 등의 명의로 등기 또는 등록되어 있는 종교단체에 지출한 금품은 기부금특별공제대상이 된다.(소득22601－316, 1991.3.7.)
거주자가 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립되어 주무관청에 등록된 단체에 소속되어 있는 교회 등 개별종교단체에 지출하는 기부금은 기부금특별공제를 받을 수 있는 것이나, 이 경우 기부금영수증 외에 개별 교회가 소속한 교파의 총회나 중앙회 등이 주무관청에 등록되어 있음을 증명하는 서류를 제출하여야 한다.(서면인터넷방문상담1팀－243, 2007.2.15.)

(3) 부가가치세 납세의무 앞서 종교단체의 법인세 납세의무에서 살펴보았듯이 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 종교단체가 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업 또는 비영리법인의 사업으로 종교, 자선 등 공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비(實費) 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역은 부가가치세가 면세된다.(「부가가치세법」 제45조 제1호)

1) 경내지 및 경내지 안의 건물과 공작물의 임대용역 「문화재보호법」에 따른 지정문화재(지방문화재를 포함하며, 무형문화재는 제외)를 소유하거나 관리하고 있는 종교단체(주무관청에 등록된 종교단체로 한정)의 경내지(境內地) 및 경내지 안의 건물과 공작물의 임대용역도 부가가치세가 면세(「부가가치세법 시행령」 제45조 제3호) 되는데, 경내지 또는 경내건물 및 공작물에 대한 정확한 정의와 범위에 대하여 규정되어 있지 않다. 다만, 「불교재산관리법(1987.11.28. 폐지)」 제4조에 따른 경내건물 및 경내지의 정의는 다음과 같다.

  • ① 경내건물이라 함은 불교의 전법, 포교, 법요집행 및 신자의 교화육성의 목적 실현과 승니지주(僧尼止住)를 위한 건물 및 공작물(부속건물 및 공작물을 포함)을 말한다.
  • ② 경내지라 함은 불교의 전법, 포교, 법요집행 및 신자의 교화육성의 목적 실현과 승니지주(僧尼止住)를 위하여 필요한 다음에 게기하는 토지를 말한다.

1. 경내건물이 지상물로 되어 있는 일획의 토지(입목죽 기타 건물 이외의 정착물을 포함)
2. 삼배로로서 사용되는 토지
3. 불교의 의식행사를 위하여 사용되는 토지(불공용 및 수도용 경목지등을 포함)
4. 정원, 산림 기타 존엄 또는 풍치의 보존을 위하여 사용되는 사찰 또는 불교단체 소유의 토지
5. 역사, 고기 등에 의거하여 밀접한 연고가 있는 토지로 당해 사찰 또는 단체의 관리에 속한 토지
6. 경내건물과 전 각호에 게기한 토지의 재해방지를 위하여 사용되는 토지

재단법인 대한○○○ 유지재단이 ○○시 지방유형문화재 제○○호인 ○○ ○○○성당의 경내지에 위치한 ○○○회관 (○○시 ○○구 ○○동 3－7, 3－4 소재건물)을 임대하고 받는 대가는 부가가치세가 면제된다.(부가1265.1－2481, 1983.11.26.)
주무관청에 등록된 종교단체가 동 종교단체 소재지의 경내입장료를 직접 징수하거나 동 경내입장료징수권을 타인에게 위탁하고 그 수탁자로부터 받는 수입금에 대하여는 부가가치세가 면제된다.(조법1265.2－212, 1983.3.2.)

2) 기타 수익사업에 대한 부가가치세 과세 여부 주무관청에 등록된 종교 등 공익단체의 경우에도 ① 소유부동산의 임대 및 관리사업 ② 자체기금 조성을 위하여 생활필수품, 고철 등과 같이 계속적으로 운영ㆍ관리하는 수익사업과 관련하여 공급하는 재화 또는 용역에 대하여는 면세하지 아니한다.(「부가가치세법 기본통칙」 26－45－2) 즉, 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 개인, 법인, 법인격 없는 사단ㆍ재단 기타 단체는 부가가치세를 납부할 의무가 있는 것이며, 교회가 비주거용 건물임대용역을 제공하고 대가를 받는 경우에는 부가가치세가 과세된다.(서면인터넷방문상담3팀－9, 2006.1.2.)

한편, 종교단체(교회)가 주차장을 설치ㆍ운영하며 그 이용자로부터 대가를 받는 경우에는 부가가치세가 과세되나, 주무관청에 등록된 종교단체(교회)가 당해 교회건물에 설치된 주차장을 이용하는 교인 등으로부터 그 고유의 사업목적을 위하여 자율적인 이용료로 헌금을 받는 경우에는 부가가치세가 면제된다.(부가46015－2376, 1995.12.20.)

또한 「장사 등에 관한 법률」에 의하여 사설납골시설을 설치한 자가 납골시설을 설치한 후 유골을 수장해 주는 대가로 받는 사용료 또는 관리비 등은 부가가치세가 면제된다.(부가46015－534, 2001.03.21.) 즉, 사설납골당 및 납골시설 등을 설치한 자가 제공하는 묘지 및 화장업 관련 용역에 대하여는 사업주체를 가리지 않고 부가가치세가 과세되지 아니한다.(서면인터넷방문상담3팀－1700, 2004.08.20.)

(4) 종교인소득에 대한 소득세 납세의무
종교관련 조사자가 받은 금액 필요경비
2천만원 이하 종교관련종사자가 받은 금액의 100분의 80
2천만원 초과 4천만원 이하 1,600만원＋2천만원을 초과하는 금액의 100분의 50
4천만원 초과 6천만원 이하 2,600만원＋4천만원을 초과하는 금액의 100분의 30
6천만원 초과 3,200만원＋6천만원을 초과하는 금액의 100분의 20

1) 종교인소득에 대한 납세의무 개요 「소득세법」은 2015년 12월 15일 개정을 통하여 종교인소득을 신설하고 ① 종교관련종사자(또는 “종교인”이라 함)가 ② 종교의식을 집행하는 등 종교관련종사자로서의 활동과 관련하여 ③ 대통령령으로 정하는 종교단체로부터 받은 소득은 기타소득으로 2018.1.1.부터 과세하도록 규정하고 있다.(「소득세법」 제21조 제1항 제26호) 다만, 종교단체에서 종교인의 선택에 따라 기타소득 또는 근로소득으로 원천징수할 수 있으며, 원천징수하지 아니한 경우 종교인이 다음 해 5월말까지 종합소득세 과세표준확정신고를 하여야 한다. 원천징수를 하지 아니한 종교단체의 경우 종교인소득 지급명세서를 다음해 3월 10일까지 관할 세무서에 제출하여야 하며 제출하지 않은 경우 미제출가산세를 부담한다. 종교인 소득에 대하여 기타소득이나 근로소득으로 원천징수한 종교단체는 다음 해 2월분 소득을 지급할 때 종교인 소득에 대하여 연말정산을 실시하여 종교인의 납세의무를 확정지을 수 있다. 다만, 종교인이 종교인소득 이외에 다른 소득이 있는 경우 추가로 종합소득세 과세표준 확정신고를 하여야 한다.

2) 과세대상 소득의 범위 가. 종교관련종사자(종교인)의 범위
종교관련종사자란 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준직업분류에 따른 종교관련종사자를 말한다.(「소득세법」 제12조 제5호 아목)
한국표준직업분류에 따른 종교관련 종사자란 종교적인 업무에 종사하거나 특정 종교의 가르침을 설교하고 전파하는 사람을 말하며, 이 소분류의 직업은 다음의 2개 세분류로 구성되어 있다.
  • ① 성직자 : 종교예식이나 의식을 집행하고 관장하며 신자들에게 정신적, 도덕적 지도를 하는 사람으로 교리의 해설과 설교를 하며, 종교의식을 집행한다.(목사, 신부, 승려, 교무, 그 외 성직자)
  • ② 기타 종교관련 종사자 : 해당 종교의 한 구성원으로 성직자를 보조하고 제반 종교적 활동을 수행한다. 수녀는 천주교회에서 신부를 보조하거나 수녀원 등에서 제반 종교적 활동을 수행한다. 그 외 종교기관이나 종교단체 종사자로 종교적인 업무를 담당하거나 특정 종교의 가르침을 설교하고 전파하는 일을 한다.(수녀 및 수사, 전도사, 그 외 종교관련 종사자)
따라서 종교단체의 행정업무를 담당하는 행정실장 및 직원 등이 지급받는 금원은 종교인소득이 아니라 근로소득에 해당한다.

나. 종교단체의 범위 및 구분회계
종교단체란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자 중 종교의 보급이나 교화를 목적으로 설립된 단체(그 소속 단체 포함)로서 해당 종교관련 종사자가 소속된 단체(이하 “종교단체”라 함)를 말한다.(「소득세법 시행령」 제41조 제14항) 종교단체는 소속 종교관련 종사자에게 지급한 금액 및 물품(비과세 소득금액 및 물품 포함)과 그밖에 종교 활동과 관련하여 지출한 비용을 구분하여 기록ㆍ관리하여야 한다.
  • ① 「민법」 제32조에 따라 설립된 비영리법인
  • ② 「국세기본법」 제13조에 따른 법인으로 보는 단체
  • ③ 「부동산등기법」 제49조 제1항 제3호에 따라 부동산등기용등록번호를 부여받은 법인 아닌 사단ㆍ재단
따라서 소속된 종교단체에서 받지 않고 다른 종교단체에서 종교인이 수령한 금원은 종교인소득이 아닌 것으로 보아야 한다.

다. 종교관련종사자로서의 활동의 범위
종교인 소득은 종교관련종사자로서의 활동과 관련하여 지급받는 금원을 말한다. 이는 종교예식이나 의식을 집행하고 관장하며 신자들에게 교리를 해설 또는 설교하고 전파하는 행위 그리고 종교적인 업무를 담당하거나 성직자를 보조하는 일이 이에 해당한다 할 수 있다. 따라서 이와 같은 활동의 범위에서 벗어난 활동의 대가로 지급받는 금원은 종교인소득이 될 수 없는 것으로 보아야 한다.
다만, 종교관련종사자가 그 활동과 관련하여 현실적인 퇴직 이후에 종교단체로부터 정기적 또는 부정기적으로 지급받는 소득으로서 「소득세법」 제42조의 2 제4항 제4호에 따라 현실적인 퇴직을 원인으로 종교단체로부터 지급받는 소득에 해당하지 아니하는 소득은 종교인소득에 포함한다.

3) 비과세 종교인소득 기타소득 중 다음 중 어느 하나에 해당하는 소득은 종교인소득으로 비과세된다.(「소득세법 제12조 제5호 아목)

가. 종교관련종사자가 받는 다음의 학자금
종교관련종사자가 소속된 종교단체의 종교관련종사자로서의 활동과 관련있는 교육ㆍ훈련을 위하여 받는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 학교 또는 시설의 입학금ㆍ수업료ㆍ수강료, 그밖의 공납금을 말한다.
  • ① 「초ㆍ중등교육법」 제2조에 따른 학교(외국에 있는 이와 유사한 교육기관 포함)
  • ② 「고등교육법」 제2조에 따른 학교(외국에 있는 이와 유사한 교육기관 포함)
  • ③ 「평생교육법」 제5장에 따른 평생교육시설

나. 종교관련종사자가 받는 다음의 식사 또는 식사대
  • ① 소속 종교단체가 종교관련 종사자에게 제공하는 식사나 그 밖의 음식물
  • ② 위 ①에서 규정하는 식사나 그 밖의 음식물을 제공받지 아니하는 종교관련종사자가 소속 종교단체로부터 받는 월 10만원 이하의 식사대

다. 종교관련종사자가 받는 다음의 실비변상적 성질의 지급액
  • ① 일직료ㆍ숙직료 및 그밖에 이와 유사한 성격의 급여
  • ② 여비로서 실비변상 정도의 금액(종교관련종사자가 본인 소유의 차량을 직접 운전하여 소속 종교단체의 종교관련종사자로서의 활동에 이용하고 소요된 실제 여비 대신에 해당 종교단체의 규칙 등에 정하여진 지급기준에 따라 받는 금액 중 월 20만원 이내의 금액 포함)
  • ③ 종교관련종사자가 소속 종교단체의 규약 또는 소속 종교단체의 의결기구의 의결ㆍ승인 등을 통하여 결정된 지급 기준에 따라 종교 활동을 위하여 통상적으로 사용할 목적으로 지급받은 금액 및 물품
  • ④ 종교관련종사자가 천재ㆍ지변이나 그 밖의 재해로 인하여 받는 지급액

라. 종교관련종사자가 받는 다음의 6세 이하 보육수당
종교관련종사자 또는 그 배우자의 출산이나 6세 이하(해당 과세기간 개시일을 기준으로 판단한다) 자녀의 보육과 관련하여 종교단체로부터 받는 금액으로서 월 10만원 이내의 금액

마. 종교관련종사자가 받는 사택제공 이익 등

4) 종교인소득금액 가. 종교인소득 필요경비
종교인소득에 대하여는 다음 표에 따른 금액을 필요경비로 공제한다. 이 경우 종교관련 종사자가 받은 금액은 비과세소득을 제외한 금액으로 한다. 다만, 실제 소요된 필요경비가 다음 표에 따른 금액을 초과하면 그 초과하는 금액도 필요경비에 산입한다.(「소득세법 시행령」 제87조 제3호)
종교관련 종사자가 받은 금액 필요경비
2천만원 이하 종교관련종사자가 받은 금액의 100분의 80
2천만원 초과 4천만원 이하 1,600만원＋2천만원을 초과하는 금액의 100분의 50
4천만원 초과 6천만원 이하 2,600만원＋4천만원을 초과하는 금액의 100분의 30
6천만원 초과 3,200만원＋6천만원을 초과하는 금액의 100분의 20

나. 종교인소득금액
종교인소득금액은 종교관련종사자가 해당 과세기간에 받은 금액(비과세소득 제외) 중 상기 표에 따른 필요경비를 공제한 금액으로 한다.
종교관련 종사자가 받은 금액 종교인소득금액
2천만원 이하 총수입금액×20%
2천만원 초과 4천만원 이하 총수입금액×50%－600만원
4천만원 초과 6천만원 이하 총수입금액×70%－1,400만원
6천만원 초과 총수입금액×80%－2,000만원
단, 실제 소요된 필요경비가 상기 표에 따른 금액을 초과하면 그 초과하는 금액도 필요경비에 산입하여 종교인소득금액을 산정한다.

5) 종교인소득의 신고ㆍ납부 방법 가. 종교단체가 원천징수를 하지 않는 경우
종교인소득을 지급하는 종교단체는 예외적으로 원천징수를 하지 않을 수 있으며, 이 경우 종교인소득을 지급받은 종교인은 다음해 5월말까지 종합소득과세표준을 신고하여야 한다.(「소득세법 제155조의 6) 다만, 종교인소득을 지급하고 원천징수를 하지 않은 종교단체는 다음 해 3월 10일까지 지급명세서를 제출하여야 하며, 미제출시 가산세가 부과된다.

나. 종교단체가 원천징수하는 경우
  • ① 원천징수세액의 계산방법
    종교인소득을 지급하는 종교단체는 종교인의 선택에 따라 ㉠ 종교인소득 간이세액표 또는 ㉡ 근로소득 간이세액표의 해당 세액에 개인지방소득세 특별징수분 100분의 10에 해당하는 금액을 원천징수하고 지급한다.
    • ㉠ 종교인소득 간이세액표의 해당세액은 종교단체가 종교인소득(기타소득)으로 지급시 종교관련종사자가 연간 지급받는 금액 또는 월 지급액에 대하여 필요경비, 기본공제 및 세액공제 수준을 반영하여 원천징수할 세액을 계산한 금액이다. 종교인소득 간이세액표에서 월 급여액은 비과세 소득을 제외한 금액으로 하며, 전체 공제대상 가족 수는 기본공제대상자(본인 포함)에 해당하는 부양가족의 수를 말한다. 만약 공제대상 가족 중 추가공제(경로우대 및 장애인공제)가 있는 경우와 20세 이하의 자녀가 있는 경우 공제대상 가족 수에 해당 가족수를 가산한다.
    • ㉡ 근로소득 간이세액표는 원천징수의무자가 근로자에게 매월분 급여를 지급하는 때에 원천징수해야 하는 세액을 연말정산시 추가납부 등에 따른 근로자의 부담을 분산하기 위해 급여수준 및 가족 수별로 정한 표이다. 근로소득으로 원천징수하는 경우에는 근로소득간이세액표에 따른 세액의 80%, 100%, 120% 중에서 선택할 수 있으며(원천징수의무자에게 ‘소득세 원천징수세액 조정신청서'를 제출하여야 함), 원천징수방식을 변경한 이후에는 재변경 전까지 계속 적용한다.(단, 변경한 과세기간에는 재변경 불가)
  • ② 원천징수세액의 신고 및 납부 방법
    종교인소득을 원천징수한 종교단체는 다음달 10일까지 원천징수이행상황신고서를 세무서에 제출하고 소득세 원천징수 세액과 지방소득세 특별징수분을 금융기관에 납부한다. 다만, 종교단체의 경우에는 상시고용인원에 관계없이 반기별 납부를 신청하여 승인을 받고 원천징수한 세액을 매 반기의 마지막 달의 다음달 10일까지(7월 10일, 1월 10일) 신고ㆍ납부할 수 있다.
  • ③ 연말정산 및 지급조서 제출
    근로소득이나 기타소득으로 원천징수한 자는 모두 연말정산을 하여야 한다. 즉, 종교인소득을 지급하고 그 소득세를 원천징수하는 자는 해당 과세기간의 다음 연도 2월분의 종교인소득을 지급할 때(2월분의 종교인소득을 2월 말일까지 지급하지 아니하거나 2월분의 종교인소득이 없는 경우에는 2월 말일로 함), 또는 해당 종교관련종사자와의 소속관계가 종료되는 달의 종교인소득을 지급할 때 해당 과세기간의 종교인소득에 대하여 연말정산하여 원천징수하고, 3월 10일까지 원천징수이행상황신고서와 지급명세서 등을 제출한다.
    반기별 납부 원천징수의무자인 경우 지급명세서 등은 3월 10일까지 제출하고 원천징수이행상황신고서(상반기 지급분＋연말정산분)는 반기별 원천징수 내역을 포함하여 7월 10일까지 제출한다.
  • ④ 종합소득세 과세표준 확정신고
    종교인소득을 연말정산한 후 원천징수되는 기타소득으로서 종교인소득 또는 근로소득만 있는 자는 과세표준확정신고를 하지 아니할 수 있다. 다만, 다른 소득이 있는 경우에는 다음해 5월말까지 종합소득과세표준을 확정신고하여야 한다.

6) 종교인의 퇴직소득 종교관련종사자가 현실적인 퇴직을 원인으로 종교단체로부터 지급받는 소득은 퇴직소득으로 보아 2018.1.1. 이후 지급하는 분부터 소득세를 과세한다.(소령 §42의 2 ④ 4호)

(5) 지방세 과세특례 1) 종교단체 또는 향교에 대한 지방세특례 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하고, 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용(종교단체 또는 향교가 제3자의 부동산을 무상으로 해당 사업에 사용하는 경우를 포함)하는 부동산(건축물의 부속토지를 포함)에 대해서는 재산세(도시지역분 재산세 포함) 및 지역자원시설세를 각각 면제한다. 다만, 다음의 경우에는 면제된 취득세를 추징하며, 재산세는 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다.(「지방세특례제한법」 제50조 제1항, 제2항)

1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우
2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

사찰림(寺刹林)과 「전통사찰의 보존 및 지원에 관한 법률」 제2조 제1호에 따른 전통사찰이 소유하고 있는 경우로서 같은 조 제3호에 따른 경내지(境內地)에 대해서는 재산세(도시지역분 재산세 포함)를 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다.(「지방세특례제한법」 제50조 제5항)
  • 대법원2011두15183, 2012.05.24
    선교단체 대표자 사택으로 사용한 경우 종교사업을 수행함에 있어 필요불가결한 중추적 지위에 있다고 보이지 않고, 그 사업에 직접 사용되는 것이라고 할 수 없다.선교단체 대표자 사택으로 사용한 경우 종교사업을 수행함에 있어 필요불가결한 중추적 지위에 있다고 보이지 않고, 그 사업에 직접 사용되는 것이라고 할 수 없다.
  • 대법원2009두4708, 2009.05.28
    교회의 부목사 사택으로 제공된 부동산들은 교회의 목적 사업에 직접 사용되는 것이라고 할 수 없다.
  • 서울고법2002누6325, 2005.01.13
    종교단체가 교역자의 사택용으로 부동산을 취득한 경우 종교단체의 사업에 직접사용하고 있다 하여 취득세, 등록세를 비과세하기 위하여는 교역자가 당해 종교단체에서 필요불가결한 중추적 지위에 있어야 한다. 이와 달리 납세의무자는 단순한 종무보조업무에 종사함으로서 이와 같은 전제에서 한 처분은 적법하다.
  • 대법원2016두37430, 2016.07.07
    직선거리 200m 초과한 경우 부설주차장 설치기준에 불부합하여 종교시설의 부설주차장으로 볼 수 없다.
  • 조심2012지815, 2014.02.17
    종교단체로 등록하지 아니한 채 사실상 종교목적 사업을 수행하고 있는 경우에 종교 사업을 목적으로 하는 단체로 볼 수 있다.

2) 사택용 부동산을 취득한 경우 지방세특례 적용 여부 종교단체의 취득세 면제에 대하여 현행 판례는 종교단체가 소속 교역자의 사택용으로 부동산을 취득한 경우에 이를 종교단체가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 것으로 보기 위해서는 적어도 그 교역자가 당해 종교단체의 필요불가결한 중추적 지위에 있음을 요하고 있다.(대법원 97누14644, 1997.12.12.; 대법원 89누2608, 1989.11.14.) 따라서 중추적 지위에 있지 않은 교역자(원로목사, 부목사, 전도사 또는 종무보조업무자 등)가 사용하는 사택은 취득세 및 재산세 면제대상이 아닌 것으로 보아야 한다. (대법원 2011두15183, 2012.05.24.; 대법원 2009두4708, 2009.05.28.; 서울고등법원 2002누6325, 2005.01.13.)

3) 고유업무에 사용하지 못한 정당한 사유에 해당하는지 여부 토지를 취득할 때 이미 유예 기간 안에 고유 업무에 사용할 수 없는 법령상ㆍ사실상의 장애 사유를 알고 있었고, 취득 후에 당해 토지를 고유 업무에 사용하지 못한 것도 동일한 사유 때문이라면 취득 전에 존재한 외부적 사유가 충분히 해소 가능한 것이고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 고유 업무에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 외부적 사유는 당해 토지를 고유 업무에 사용치 못한 정당한 사유가 될 수 없다.(대법원 2000두10038, 2002.4.26.).

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