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비영리법인별 회계와 세무 실무

01 종교단체란?
우리나라에는 2011년 말 현재 71개의 종교에 교단(교파)을 합하여 566개의 종교단체가 있으며 이들 각 종교별 교단은 「민법」 제32조의 규정의 의한 사단 또는 재단법인의 형태로 존재하기도 하고 법인격 없는 단체로 존립하기도 하는데 그 정확한 숫자는 알 수 없다.
한편, 종교단체는 다양한 방법으로 사회사업에 참여하고 있는데 라디오나 T.V 그리고 신문사를 보유하고 있기도 하며, 학교ㆍ의료기관ㆍ요양기관 그리고 사회복지법인이나 박물관 등을 보유하고 있는 경우도 있다.

사단법인이나 재단법인 형태의 종교단체는 「민법」 및 「문화체육관광부 및 문화재청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」에 의해 설립 및 운영관리에 대하여 규제를 받는다. 그런데 「문화체육관광부 및 문화재청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」에는 비영리법인이 주무관청에 대하여 매년 사업실적 및 사업계획을 제출하도록 하고 있는 보고의무사항이 2005년 6월 4일에 폐지되었다. 다른 소관 부처 비영리법인의 경우에는 매 사업연도가 끝난 후 2개월 이내에 ① 다음 사업연도의 사업계획과 수입ㆍ지출 예산서 ② 해당 사업연도의 사업실적과 수입ㆍ지출 결산서 ③ 해당 사업연도 말 현재의 재산목록을 제출하도록 되어 있으나 인사혁신처와 문화체육관광부 소관의 비영리법인의 경우에는 동 보고의무 조항이 폐지되어 별도로 사업실적 및 사업계획을 보고할 의무가 없다.
다만, 「민법」 제37조의 규정에 의한 법인사무의 검사 및 감독을 위하여 불가피한 경우에는 법인에게 관계서류ㆍ장부기타 참고자료의 제출을 명하거나 소속공무원으로 하여금 법인의 사무 및 재산상황을 검사하게 할 수는 있다.
02 종교단체의 회계
(1) 사 찰 불교의 대표적인 종단인 조계종의 경우 종단의 회계연도는 매년 1월 1일에 시작하여 12월 31일에 종료하며, 한 회계연도에 속하는 세입세출의 출납에 관한 사무는 다음년도 1월 20일까지 완결하도록 하고 있어 지출원인행위를 기준으로 세입세출을 결산하는 수정현금주의를 택하고 있다.
또한 회계는 단식부기에 의하고 재무제표는 款, 項, 目으로 구분된 세입세출결산서를 사용하고 있고 예산총계주의원칙을 채택하고 있으나, 현물로 수입 또는 출자하는 경우 이를 세입세출예산외로 관리할 수 있도록 하고 있다.
회계는 일반회계와 특별회계, 기금으로 구분하고, 중앙종무기관 산하기관의 본말사와 법인체의 예산과 회계에 관한 사항은 따로 종법으로 정하도록 하고 있다. 특별회계는 특별한 사업을 운영할 때, 특정한 자금을 보유하여 운용할 때, 기타 특정한 세입으로 특정한 세출에 충당함으로써 일반회계와 구분하여 처리할 필요가 있을 때에 설치할 수 있으며, 기금은 중앙종무기관에서는 특정한 목적사업을 위하여 특정한 자금을 운용할 필요가 있을 때에 한하여 종단 보조금, 각종 성금, 희사금 등으로 설치하도록 하고 있으나, 구체적으로 특별회계와 기금을 설치하는 절차 및 승인권자 등이 정하여지지 않았다.
종단이나 사찰의 재산에 관한여 총무원장의 승인을 받지 아니하고 는 매각, 기부, 담보제공, 대여, 인락, 기타 처분을 할 수 없으며, 당해 연도 예산의 범위 내에서 변제할 수 없는 장기채무는 총무원장의 기채승인을 받도록 규정하고 있다.
세입세출예산안은 각 종무기관별로 구분하여 다음 회계년도 개시 60일 전까지 정기중앙종회(예산종회)에 예산편성지침, 세입세출예산 사항별 설명서, 계속비 명세서 등과 함께 제출하도록 하고 있으며, 결산은 각 중앙종무기관의 장이 세입세출의 결산보고서를 작성하여 다음년도 2월 말일까지 총무원 재무부장에게 제출하고, 총무원 재무부장은 중앙종무기관의 세입세출결산서를 총합하여 총괄세입세출결산서와 계속비 결산보고서를 작성하여 종무회의의 의결을 거처 결산 중앙종회에 제출하도록 하고 있다.
각 중앙종무기관이 예산을 집행하고자 할 때에는 지출원인행위와 관련된 서류을 첨부하여 총무원 재무부장에게 청구하고 총무원 재무부장은 이를 접수하여 지출결의서를 작성하여 총무원장의 결재를 받아 사용하도록 하고, 다만, 교육원, 포교원의 지출결의서와 다른 법령이나 규정에 의한 전결사항은 총무원장의 결재를 전결로 대체하도록 하고 있다.
모든 수입과 지출은 적절한 증빙과 장부를 작성하여 보관하도록 하고 있으나 구체적인 증빙의 종류나 장부의 종류, 보존연한 등에 대하여는 별도로 규정하고 있지 않는다.

(2) 교 회 한국기독교교회협의회(NCCK)에서는 「교회회계와 재무처리기준」을 제62회 정기총회(2013년 11월 18일)에서 제정하였다. 따라서 한국기독교교회협의회 소속의 모든 기독교회는 교회 전체를 하나의 보고실체로 하여 교회에 속한 기도원, 지성전을 포함한 모든 조직 및 동 조직이 영위하고 있는 고유목적사업, 수익사업에 모두 이 기준을 적용하도록 하고 있다. 다만, 이 기준은 2015년도 1월 1일 이후 최초로 시작되는 회계연도부터 적용하도록 하고 있다.
이 「교회회계 및 재무처리기준」(이하 “교회회계기준”)은 한국회계기준원의 「비영리조직 회계처리기준」(안)과 「사회복지법인 및 사회복지시설 재무ㆍ회계 규칙」을 수정ㆍ보완하여 작성하고 제정한 것으로 복식부기회계와 발생주의회계를 근간으로 하고 있지만 직전연도 결산총액이 5억원 이하(당초 제정(안)은 10억원이었음) 인 교회는 단식부기회계에 의할 수 있도록 하고 규정하고 있다. 단식부기회계에서 복식부기회계로 전환할 경우 개시재무상태표는 취득원가 또는 공정가치로 평가하도록 하고, 취득원가 또는 공정가치를 평가하기 어려운 경우에는 국세청장이 정한 기준시가에 의해 평가하도록 규정하고 있다.
교회회계기준이 그 토대로 삼고 있는 한국회계기준원의 「비영리조직 회계처리기준」은 2013년 3월에 초안이 발표된 것으로 그 동안 연구 및 의견수렴과 수차례의 심의 등의 과정을 거쳐 2017년 7월 20일에 최종적으로 제정되어 공표되었다. 이 기준에 대하여 제9절에서 자세히 설명하도록 하겠다.
한편, 교회회계기준이 또 다른 토대로 삼아고 있는 「사회복지법인 및 사회복지시설 재무ㆍ회계 규칙」을 교회 회계의 실정에 맞게 수정ㆍ보완하였는데 그 내용은 제7장부터 제11장까지이며, 주요 내용은 다음과 같다.

  • 교회의 대표자는 운영위원회(당회, 구역회, 공동의회 등)의 결의를 거쳐 매 회계연도 개시 1개월 전까지 교회의 예산편성 지침을 정하고, 예산위원회의 결의를 거쳐 예산을 편성한 다음, 교회 제직(諸職)회의(교회 의결기관)의 의결을 거쳐 확정하도록 하고 있다. 예산의 전용은 운영위원회(당회, 구역회, 공동의회 등)의 결의를 거쳐 항ㆍ목간 전용할 수 있는데, 결산보고시 과목전용조서를 함께 제출하도록 하고 있다.
  • 결산보고서는 운영위원회(당회, 구역회, 공동의회 등)의 결의를 거쳐 교회의 세입ㆍ세출 결산보고서를 작성하여 제직회의에게 제출하여야 한다. 단식부기로 회계처리하는 경우에는 세입ㆍ세출결산서와 기본재산수입명세서 등 각 계정 명세서와 내부감사보고서, 수익사업이 있는 경우 법인세신고서름 첨부하도록 하고 있다. 복식부기로 회계처리하는 경우에는 이외에 재무상태표와 수지계산서 그리고 각 계정 명세서를 첨부하도록 하고 있다.
  • 교회가 헌금 등을 받을 때에는 교회 명의의 금융기관이나 체신관서의 수입전용계좌를 사용해야하고, 성도의 요구가 있을 때에는 「소득세법 시행규칙」 제101조 제20호의2에 따른 기부금영수증 서식 또는 「법인세법 시행규칙」 제82조 제7항 제3호의3에 따른 기부금영수증 서식에 따라 헌금 등의 영수증을 발급하여야 하며, 영수증 발급목록을 별도의 장부로 작성ㆍ비치하여야 하도록 하고 있다.
  • 지출은 상용의 경비 또는 소액의 경비지출을 제외하고는 예금통장에 의하거나 「전자거래 기본법」 제2조 제5호에 따른 전자거래로 행하여야 하는데, 상용의 경비 또는 소액의 경비지출의 범위는 운영위원회(당회, 구역회, 공동의회 등)의 결의를 거쳐 정하도록 하고 있고, 계약에 관한 사무도 각각 그 교회의 대표자(담임목사)가 운영위원회(당회, 구역회, 공동의회 등)의 결의를 거쳐 처리하도록 규정하고 있다.
  • 교회의 감사인은 중간감사와 결산감사를 실시하여 결산보고와 감사보고를 공동의회에 보고해야 한다.
03 종교단체의 세무
(1) 상속세 및 증여세 납세의무 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업은 공익법인 등에 해당한다. 따라서 상속재산 중 공익법인이 상속인이나 피상속인으로부터 출연받은 재산가액 또는 출연자로부터 공익법인이 무상으로 출연받은 재산의 가액은 상속세 또는 증여세 과세가액 불삽입하여 상속세 및 증여세납세의무가 없다. 다만, 상속세 및 증여세법에서 정한 각종 납세 의무사항과 조세 협력의무를 이행해야 한다.
  • 재산세과-852, 2010.11.17
    “종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업”을 운영하는 종교단체는 공익법인 등에 해당하는 것이며, 이 경우 종교단체가 공익법인 등에 해당하는지 여부는 법인으로 등록했는지에 관계없이 당해 종교단체가 수행하는 정관상 고유목적사업에 따라 판단하는 것임. 한편, 공익법인에 해당하는 종교단체가 재산을 출연 받아 그 출연 받은 날부터 3년 이내에 직접공익목적사업에 사용하는 경우에는 증여세가 과세되지 아니하는 것이며, 직접 공익목적사업에 사용하는 것이란 정관상 고유목적사업에 사용하는 것을 말하는 것임.
  • 서면4팀-2050, 2004.12.15
    「상속세및증여세법 시행령」 제12조 제1호의 규정에 의하여 공익법인에 해당하는 종교단체가 재산을 출연받아 그 출연받은 날부터 3년이내에 직접공익목적사업에 사용하는 경우 같은법 제48조의 규정에 의하여 증여세가 과세되지 아니하는 것이며, 종교단체가 명의신탁한 재산을 명의신탁해지하여 실질소유자인 종교단체 명의로 환원하는 경우에는 이를 증여로 보지 아니하는 것이며, 부동산을 타인명의로 등기하는 경우에는 부동산실권리자명의등기에관한법률에 의하여 과징금이 부과될 수 있음.
  • 서면상속증여-2312, 2015.11.27
    개인 명의로 등기된 부동산을 교회 명의로 등기이전한 경우로서 그 이전된 부동산이 당초부터 교회의 소유임이 확인되는 경우에는 증여세가 과세되지 아니하는 것이며, 당초부터 개인의 소유임이 확인되는 경우에는 증여세가 과세되는 것임(법규재산2013-454, 2013.12.10 참조)

(2) 법인세 납세의무 종교단체는 한국표준산업분류상 분류기호 "9491"에 해당하는 불교, 기독교, 천주교, 민족종교 및 기타 종교단체를 말한다.
법인세법에서는 주무관청에 등록된 종교단체(그 소속단체를 포함한다)가 공급하는 용역 중 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업에서 발생하는 수입은 수익사업소득의 범위에서 제외되어 법인세 납세의무가 없다.(「법인세법 시행령」 제2조 제1항 제7호) 다만, 기타 일시 우발적으로 발생하는 이자소득, 배당소득, 고정자산으로 인하여 생기는 수입 등 열거된 소득에 대하여 법인세 납세의무가 있다.
부가가치세가 면제되는 용역은 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조 각 호의 어느 하나에 따른 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비(實費) 또는 무상으로 공급하는 용역을 말한다.(「부가가치세법」 제26조 제1항 제18호)
한국표준산업분류에서는 종교단체가 포교시설과 독립하여 출판, 교육, 의료, 복지사업을 수행할 경우는 그 주된 특성에 따라 별도로 구분하고 있으므로 법인세가 과세 제외되는 수익사업소득에 해당하는 지는 별도로 수행하는 사업의 특성에 따라 달라 질 수 있으므로 각 사안마다 개별적으로 판단해야할 것으로 보인다.
  • 법인세과-122, 2011.02.16
    비영리내국법인이 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업 제외)에 직접 사용한 것은 법인세 과세대상에 해당되지 않는 것이나, 당해 고정자산 명의가 개인 소유로 확인되는 등 사실상 당해 법인이 취득하지 않은 경우에는 당해 법인의 자산으로 보지 않는 것임.
  • 서면2팀-1795, 2006.9.14
    비영리법인은 「법인세법」 제3조에 규정한 수익사업에서 생기는 소득에 대하여만 법인세 납부의무가 있는 것으로, 비영리법인으로 등록한 교회가 증여받은 고정자산(고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 것 제외)을 처분하여 발생한 수입과 취득한 고정자산을 임대업 등 수익사업에 사용하는 경우 수익사업에서 생기는 소득에 대하여 법인세 납부의무가 있는 것임.
  • 서면법규과-841, 2013.07.19, 서면2팀-820, 2005.06.15
    교회가 3년 이상 보유한 토지를 신도들의 사후 매장을 위한 묘지로 사용한다고 하더라도, 묘지 운영이 교회의 고유목적인 종교의 보급 기타 교화를 위하여 직접적으로 필요하다고 볼 수 없으므로 당해 토지의 양도는 수익사업으로 보아 법인세가 과세되는 것임.
  • 법인세과-3549, 2008.11.24
    비영리내국법인으로 승인받은 종교단체가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업 제외)에 직접 사용하는 사택을 양도하는 경우 당해 소득은 수익사업소득에서 제외되어 법인세가 과세되지 않는 것이다.
  • 서면2팀-1009, 2006.06.05
    「국세기본법」 제13조 규정에 의한 법인으로 보는 단체인 종교단체(교회)가 종교의 보급 기타 교화업무를 전업으로 하는 교회의 담임목사가 처분일 현재까지 계속하여 3년 이상 사용하는 사택을 양도하는 경우 수익사업 소득에서 제외되는 것이며, 또한 「법인세법」 제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리법인인 종교단체는 「법인세법」 제62조의 2(비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례)의 규정을 적용받을 수 있는 것임.
  • 법인46012-1998, 1998.07.20
    주무관청에 등록된 종교단체로서 문화재보호법의 규정에 의한 지정문화재(지방문화재를 포함하며, 무형문화재는 제외)를 소유 또는 관리하고 있는 사찰이 경내지내의 건물을 임대하는 용역은 「법인세법」 제1조 단서규정 및 「법인세법 시행령」 제2조 제1항의 규정에 의한 수익사업 또는 수익에서 생긴 소득에 해당하지 아니하는 것으로, 귀 질의의 경우 위 규정에 의한 종교단체가 경내지내의 건물을 임대하는 용역인지 등에 따라 수익사업 해당 여부를 판단하는 것임.
  • 대법원75누173, 1976.4.13
    사찰의 부동산임대행위는 법인의 고유목적사업도 아니고 영리를 목적으로 하는 부동산임대영업에 해당하여 과세대상이 되고 부동산임대에 관한 수입이 사찰의 고유목적사업에 지출 사용된다고 하여 다를 바 없음.
  • 법인세과-550, 2012.09.12
    개인사찰이 불교종단에 사찰등록을 하고 「국세기본법」 제13조 제2항 각호의 요건을 충족하여 ‘법인으로 보는 단체’로 승인을 받아 고유번호를 부여받은 후 임의로 탈종을 한 경우, 해당 개인사찰은 지정기부금단체에 해당하지 아니하는 것임.

(3) 부가가치세 납세의무 앞서 종교단체의 법인세 납세의무에서 살펴보았듯이 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 종교단체가 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업 또는 비영리법인의 사업으로 종교, 자선 등 공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비(實費) 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역은 부가가치세가 면세된다.
또한, 「문화재보호법」에 따른 지정문화재(지방문화재를 포함하며, 무형문화재는 제외한다)를 소유하거나 관리하고 있는 종교단체(주무관청에 등록된 종교단체로 한정한다)의 경내지(境內地) 및 경내지 안의 건물과 공작물의 임대용역도 부가가치세가 면세되는데, 경내지 또는 경내건물 및 공작물에 대한 정확한 정의와 범위에 대하여 규정되어 있지 않다.(「부가가치세법」 제26조 제1항 제18호, 「부가가치세법 시행령」 제45조 제3호)
종교단체의 수익사업소득에 대하여 부가가치세가 과세되는데 경우가 있는데 이에 대하여 살펴보면 다음과 같다.
  • 「부가가치세법 기본통칙」 26-45-2 공익단체의 계속적 수익사업
    주무관청에 등록된 영 제37조에 따른 종교 등 공익단체의 경우에도 다음 예시하는 경우와 같이 계속적으로 운영관리하는 수익사업과 관련하여 공급하는 재화 또는 용역에 대하여는 면세하지 아니한다.
    1. 소유부동산의 임대 및 관리사업. 다만, 영 제37조 제2호에 해당하는 경우를 제외한다
    2. 자체기금 조성을 위하여 생활필수품, 고철 등을 공급하는 사업
  • 부가1265.1-2481, 1983.11.26
    재단법인 대한○○○ 유지재단이 ○○시 지방유형문화재 제00호인 ○○ ○○○ 성당의 경내지에 위치한 ○○○회관 (○○시 ○○구 ○○동 3-7, 3-4 소재건물)을 임대하고 받는 대가는 부가가치세가 면제된다.
  • 서면3팀-1700, 2004.08.20, 부가46015-173, 2001.01.26
    사설납골당 및 납골시설 등을 설치한 자가 제공하는 묘지 및 화장업 관련 용역에 대하여는 사업주체를 가리지 않고 부가가치세가 과세되지 아니하는 것임.
  • 부가46015-2376, 1995.12.20
    종교단체(교회)가 주차장을 설치ㆍ운영하며 그 이용자로부터 대가를 받는 경우에는 부가가치세가 과세되나, 주무관청에 등록된 종교단체(교회)가 당해 교회건물에 설치된 주차장을 이용하는 교인 등으로부터 그 고유의 사업목적을 위하여 자율적인 이용료로 헌금을 받는 경우에는 부가가치세가 면제된다.
  • 서면3팀-9, 2006.01.02
    영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 개인, 법인, 법인격 없는 사단ㆍ재단 기타 단체는 부가가치세를 납부할 의무가 있는 것이며, 교회가 비주거용 건물임대용역을 제공하고 대가를 받는 경우에는 부가가치세가 과세되는 것임.

(4) 종교인소득에 대한 소득세 납세의무 소득세법은 2015년 12월 15일 개정을 통하여 종교인소득을 신설하고 종교관련 종사자가 종교의식을 집행하는 등 종교관련 종사자로서의 활동과 관련하여 대통령령으로 정하는 종교단체로부터 받은 소득은 기타소득으로 2018.1.1.부터 과세하도록 규정하고 있다.(「소득세법」 제21조 제1항 제26호) 이때 대통령령으로 정하는 종교단체란 종교를 목적으로 「민법」 제32조에 따라 설립된 비영리법인 및 그 소속 단체(이하 “종교단체”)를 말한다. 다만, 종교단체에서 근로소득으로 원천징수하거나 과세표준확정신고를 한 경우에는 해당 소득을 근로소득으로 본다.

1) 비과세소득 다음 중 어느 하나에 해당하는 종교인소득은 소득세가 비과세된다.(「소득세법」 제12조 제5호 아목)
  • 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준직업분류에 따른 종교관련종사자(이하 “종교관련종사자”라 한다)가 받는 학자금(고등학교이하 각급 및 대학교, 평생교육시설의 입학금, 수험료, 수강료, 공납금 등)
  • 종교관련종사자가 받는 식사나 그 밖의 음식물 또는 10만원 이하의 식사대
  • 종교관련종사자가 받는 대통령령으로 정하는 실비변상적 성질의 지급액으로 일직료, 숙직료, 여비 또는 20만원 이내의 자가운전보조금, 종교의식 등에 사용되는 의복 및 그 밖의 물품
  • 종교관련종사자 또는 그 배우자의 출산이나 6세 이하(해당 과세기간 개시일을 기준으로 판단한다) 자녀의 보육과 관련하여 종교단체로부터 받는 금액으로서 월 10만원 이내의 금액
  • 종교관련종사자가 무상 또는 저가로 제공하는 사택 또는 임차사택을 제공받아 얻는 이익

2) 종교인소득의 필요경비 종교인소득에 대하여 비과세소득을 제외하고 다음 표에 따른 금액을 필요경비로 공제한다. 다만, 실제 소요된 필요경비가 다음 표에 따른 금액을 초과하면 그 초과하는 금액도 필요경비에 산입한다.(「소득세법 시행령」 제87조 제3호)
종교관련 조사자가 받은 금액 필요경비
2천만원 이하 종교관련종사자가 받은 금액의 100분의 80
2천만원 초과 4천만원 이하 1,600만원+2천만원을 초과하는 금액의 100분의 50
4천만원 초과 6천만원 이하 2,600만원+4천만원을 초과하는 금액의 100분의 30
6천만원 초과 3,200만원+6천만원을 초과하는 금액의 100분의 20

3) 종교인소득의 원천징수 및 연말정산 종교인소득을 지급하는 자는 근로소득(간이세액) 또는 기타소득(원천징수세율 20%)으로 원천징수 한다. 다만, 근로소득 또는 기타소득으로 원천징수를 하지 않을 수 있으며, 이 경우 지급받은 자는 종합소득과세표준을 신고해야한다.(「소득세법」 제155조의 6)
근로소득이나 기타소득으로 원천징수한 자는 모두 연말정산을 하여야한다. 즉, 종교인소득을 지급하고 그 소득세를 원천징수하는 자는 해당 과세기간의 다음 연도 2월분의 종교인소득을 지급할 때(2월분의 종교인소득을 2월 말일까지 지급하지 아니하거나 2월분의 종교인소득이 없는 경우에는 2월 말일로 한다), 또는 해당 종교관련종사자와의 소속관계가 종료되는 달의 종교인소득을 지급할 때 해당 과세기간의 종교인소득에 대하여 연말정산하여 원천징수하고, 3월 10일까지 지급명세서를 제출한다.(「소득세법」 145조의 3)
종교인소득을 연말정산한 후 원천징수되는 기타소득으로서 종교인소득만 있는 자는 과세표준확정신고를 하지 아니할 수 있다.(「소득세법」 제73조 제1항)

4) 종교인의 퇴직소득 종교관련종사자가 현실적인 퇴직을 원인으로 종교단체로부터 지급받는 소득은 퇴직소득으로 보아 2018.1.1. 이후 지급하는 분부터 소득세를 과세한다.(「소득세법 시행령」 제42의 2 제4항 제4호)

(5) 지방세 특례 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하고, 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용(종교단체 또는 향교가 제3자의 부동산을 무상으로 해당 사업에 사용하는 경우를 포함)하는 부동산(건축물의 부속토지를 포함)에 대해서는 재산세(도시지역분 재산세 포함) 및 지역자원시설세를 각각 면제한다. 다만, 다음의 경우에는 면제된 취득세를 추징하며, 재산세는 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다.(「지방세특례제한법」 제50조 제1항, 제2항)

1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우
2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

사찰림(寺刹林)과 「전통사찰의 보존 및 지원에 관한 법률」 제2조 제1호에 따른 전통사찰이 소유하고 있는 경우로서 같은 조 제3호에 따른 경내지(境內地)에 대해서는 재산세(도시지역분 재산세 포함)를 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다.(「지방세특례제한법」 제50조 제5항)
종교단체의 취득세 면제에 대하여 현행 판례는 종교단체가 소속 교역자의 사택용으로 부동산을 취득한 경우에 이를 종교단체가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 것으로 보기 위해서는 적어도 그 교역자가 당해 종교단체의 필요불가결한 중추적 지위에 있음을 요하고 있다.(대법원97누14644, 1997.12.12, 대법원89누2608, 1989.11.14 판결 등 참조) 따라서 중추적 지위에 있지 않은 교역자(원로목사, 부목사, 전도사 또는 종무보조업무자 등)가 사용하는 사택은 취득세 및 재산세 면제대상이 아닌 것으로 보아야 한다.