제목 비영리법인 법인세 및 지방소득세 신고시 유의사항
저자 김준석 - 공인회계사, 삼덕회계법인 등록일 2017.02.01
목 차
  1. 1. 비영리법인 해당여부를 가르는 기준
  2. 2. 비영리법인의 법인세 납세의무
  3. 3. 비영리법인의 조세법상의 협력의무
  4. 4. 각사업연도소득법인세신고시의 유의사항
  5. 5. 토지 등 양도소득 법인세 과세특례 적용시 유의사항
  6. 6. 비영리법인의 지방소득세 과세표준과 세액신고시 유의사항
납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 비영리법인도 납세의무가 있으면 이 신고의무를 이행하여야 하며 각 사업연도의 소득금액이 없거나 결손금이 있는 법인의 경우에도 적용한다(법법 60).
비영리내국법인은 이자소득*으로서 법인세가 원천징수된 이자소득에 대하여는 위 규정에 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다고 규정하고 있으나(법법 62), 이 경우에는 그 이자소득에 대한 법인세 원천징수세액(지방소득세특별징수액도 마찬가지)을 환급받는 일을 할 수 없게 되는 것이므로 비영리법인에 유익한 특례규정이라고는 할 수 없다.
* “비영업대금”의 이익은 제외하고, 투자신탁의 이익을 포함
1. 비영리법인 해당여부를 가르는 기준
  • 비영리법인이라 함은 학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단으로서 주무관청의 허가를 얻어 설립한 법인을 말한다(민법 32).
  • 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단이란 구성원의 이익을 꾀하거나 법인의 기업이익을 ‘구성원 개인에게 분배하여 경제적 이익을 주는 것’을 목적으로 하지 아니하는 법인을 말하는 것이고 사전적 개념의 영리 즉 재산상의 이익을 꾀하는 일(즉 수익사업)을 하지 않는다는 의미가 아님을 유의하여야 한다.
  • ‘경제적 이익을 준다는 것’은 배당금을 지급하거나 법인의 청산 시에 잔여재산을 구성원(출연자 또는 출자자)에게 분배하는 것을 말하는 것이고, 국가나 지방자치단체가 법인을 설립하고 그 법인이 잉여금을 국가 등의 일반회계에 납입하는 것은 배당금이 분배로 보지 아니하는 해석을 하고 있다.
  • 법인세법의 적용을 받는 “비영리내국법인”이란 「민법」 제32조에 따라 설립된 법인, 「사립학교법」이나 그 밖의 특별법에 따라 설립된 법인으로서 「민법」 제32조에 규정된 목적* 과 유사한 목적을 가진 법인을 말한다.
    * 영리 아닌 사업을 목적
  • 법인이 그 주주(株主)ㆍ사원 또는 출자자(出資者)에게 이익을 배당할 수 있는 법인*은 비영리법인에서 제외된다(대통령령으로 정하는 조합법인 등은 예외임).
    * 법령이나 정관의 내용을 확인할 것
2. 비영리법인의 법인세 납세의무
  • 납세의무의 범위 - 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 아래의 소득 중 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.
    1. 각 사업연도의 소득 - 비영리법인에 법인세 부과함
    2. 청산소득(淸算所得) - 비영리법인에 법인세 부과하지 아니함
    3. 토지(비사업용토지) 등 양도소득 - 비영리법인에도 법인세 부과함(신고누락 가능성 큼)
    4. 미환류소득 - 비영리법인에 법인세 부과하지 아니함
  • 연결법인세 - 비영리법인은 적용의 대상이 아니다.
  • 비영리법인의 각 사업연도소득 - 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 “수익사업”에서 생기는 소득으로 한다.
    1. 제조업, 건설업, 도매업ㆍ소매업, 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등의 사업으로 대통령령으로 정하는 것*
    * 사업자등록을 하여야 하는 사업
    2. 이자소득*
    * 이하 사업자등록 불요하고 고유번호등록을 하면 되는 것임
    3. 배당소득
    4. 주식ㆍ신주인수권 의 양도로 인하여 생기는 수입
    5. 고정자산처분수입 - 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입
    고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업은 제외)에 직접 사용한 것
    6. 기타자산양도수입 - 「소득세법」 제94조 제1항 제2호* 및 제4호**에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입
    * 부동산에 관한권리
    ** 기타자산
    7. 채권매매손익 - 기타 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것*
    * 「소득세법」 제46조 제1항에 따른 채권 등을 매도함에 따른 매매손익
  • 기타의 수익사업소득은 비영리법인에게 법인세가 부과되지 아니한다.
    (예, 복권당첨수입 등의 기타소득)
  • 비영리법인에게도 법인세가 부과되는 ‘토지(비사업용토지) 등 양도소득’은 아래와 같다.
    1. 주택과 부수토지 및 별장 - 양도소득에 100분의 10(미등기 주택은 100분의 40)의 세율
    2. 비사업용 토지 - 양도소득에 100분의 10(미등기 토지는 100분의 40)의 세율
  • 「비사업용토지 등에 대한 법인세의 과세특례규정」(법법 55의2)에 의한 법인세는 비영리법인에게도 부과되는 것이고 수익사업을 전혀 영위하지 않는 비영리법인도 그러하다는 사실을 유의하여야 한다.
3. 비영리법인의 조세법상의 협력의무
아래의 법인세법상의 협력의무는 설령 비영리법인이 수익사업을 영위하지 아니하고 납세의무가 없는 경우*
* 수익사업소득이나 토지양도가 없는 경우에도 이행하여야 하는 것들이다.
(1) 「기부금영수증 발급명세의 작성ㆍ보관 의무 등」(법법 112의2)
  • 기부금영수증 발급명세서 작성보관 - 기부금영수증을 발급하는 법인은, 기부자별 발급명세를 작성하여 발급한 날부터 5년간 보관하여야 한다.
  • 기부자별 발급명세서 제출의무 - 기부금영수증을 발급하는 법인은 보관하고 있는 기부자별 발급명세를 국세청장 등이 요청하는 경우 이를 제출하여야 한다.
  • 기부금영수증 발급명세서의 제출의무 - 기부금영수증을 발급하는 법인은 해당 사업연도의 기부금영수증 총 발급 건수 및 금액 등이 적힌 기획재정부령으로 정하는 기부금영수증 발급명세서를 해당 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 6개월 이내에 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
  • 대상법인 - 위 의무의 대상 법인은 ‘기부금영수증을 발급하는 법인’이므로 주로 비영리법인이 이에 해당하는 것이고, 특히 비영리법인이 법인세의 납세의무*가 있는지를 가리지 아니하고 단순히 기부금 영수증을 발급하는 법인이면 족한 것이다.
    * 수익사업, 토지 등 양도
(2) 지출증명서류의 수취 및 보관(법법 116)
  • 법인은 각 사업연도에 그 사업과 관련된 모든 거래*에 관한 증명서류를 작성하거나 받아서 제60조에 따른 신고기한이 지난날부터 5년간 보관하여야 한다. 다만, 제13조 제1호에 따라 각 사업연도 개시일 전 5년**이 되는 날 이전에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금을 각 사업연도의 소득에서 공제하려는 법인은 해당 결손금이 발생한 사업연도의 증명서류를 공제되는 소득의 귀속사업연도의 제60조에 따른 신고기한부터 1년이 되는 날까지 보관하여야 한다.
    * 수입거래와 지출거래
    ** 10년으로 개정되어야 함
  • 한편 상증세법상, 공익법인 등은 법인세 사업연도별로 출연 받은 재산 및 공익사업 운용 내용 등에 대한 장부를 작성하여야 하며 장부와 관계있는 중요한 증명서류를 갖춰 법인세 사업연도의 종료일부터 10년간 보존하여야 한다.
  • 지출증명서류 비치를 하지 않아도 되는 경우(법칙 79) - 법인은 각 사업연도에 그 사업과 관련된 모든 거래에 관한 증명서류를 작성하거나 받아서 법인세 신고기한이 지난날부터 5년 간 보관하여야 하나, 다음의 경우에는 그러하지 아니하다(가산세도 부과대상이 아님).
    (8호) 건물(토지를 함께 공급받은 경우에는 당해 토지를 포함하며, 주택을 제외한다)을 구입하는 경우로서 거래내용이 확인되는 매매계약서 사본을 법 제60조의 규정에 의한 법인세과세표준신고서에 첨부하여 납세지관할세무서장에게 제출하는 경우

    (10호) 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 공급받은 재화 또는 용역의 거래금액을 「금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률」에 의한 금융기관을 통하여 지급한 경우로서 법 제60조의 규정에 의한 법인세과세표준신고서에 송금사실을 기재한 경비 등의 송금명세서를 첨부하여 납세지관할세무서장에게 제출하는 경우

    가. 「부가가치세법」 제61조를 적용받는 사업자로부터 부동산임대용역을 제공받은 경우
    나. 임가공용역을 제공받은 경우(법인과의 거래를 제외한다)
    다. 운수업을 영위하는 자(「부가가치세법」 제61조를 적용받는 사업자에 한한다)가 제공하는 운송용역을 공급받은 경우(제7호의 규정을 적용받는 경우를 제외한다) (2013.6.28. 개정)
    라. 「부가가치세법」 제61조를 적용받는 사업자로부터 「조세특례제한법 시행령」 제110조 제4항 각 호의 규정에 의한 재활용폐자원 등이나 「자원의 절약과 재활용촉진에 관한 법률」 제2조 제2호에 따른 재활용가능자원(동법 시행규칙 별표 1 제1호 내지 제9호에 열거된 것에 한한다)을 공급받은 경우(2013.6.28. 개정)
    마. 「항공법」에 의한 상업서류 송달용역을 제공받는 경우
    바. 「공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률」에 따른 중개업자에게 수수료를 지급하는 경우
    사. 「복권 및 복권기금법」에 의한 복권사업자가 복권을 판매하는 자에게 수수료를 지급하는 경우
    아. 「전자상거래 등에서의 소비자보호에 관한 법률」 제2조 제2호 본문에 따른 통신판매에 따라 재화 또는 용역을 공급받은 경우
    자. 그 밖에 국세청장이 정하여 고시하는 경우
    ※ 이 규정에 의한 매매계약서 사본이나 송금명세서의 제출은 법인세과세표준신고서에 제출하여야 하는 것이나 실무상 이를 기억하고 이행하는 것은 쉬운 일이 아니며 결과적으로 법인세분 가산세 부과의 대상이 되는 것을 유의하여야 한다.
(3) 계산서 합계표와 매입처별 세금계산서합계표의 제출
  • 법인은*, 발급하였거나 발급받은 계산서의 매출ㆍ매입처별합계표를 대통령령으로 정하는 기한**까지 납세지(본점소재지) 관할 세무서장에게 제출하여야 한다(법법 120의3).***
    * 영리법인 비영리법인 수익사업영위 여부 불구하고
    ** 매년 2월 10일
    *** 여기서 계산서라 함은 세금계산서 또는 (면세)계산서를 모두 포함한다.
  • 부가가치세가 면제되는 사업을 하는 법인은 재화나 용역을 공급받고, 세금계산서를 발급받은 경우에는 대통령령으로 정하는 기한*까지 매입처별 세금계산서합계표를 납세지(본점소재지) 관할 세무서장에게 제출하여야 한다(법법 120의3).
    * 매년 2월 10일
  • 위의 기한 내에 “매출ㆍ매입처별(과세 또는 면세)계산서합계표”를 규정된 기한까지 제출하지 아니한 경우 또는 제출하였더라도 그 합계표에 대통령령으로 정하는 적어야 할 사항의 전부 또는 일부를 적지 아니하거나 사실과 다르게 적은 경우에는, 공급가액의 100분의 1에 상당하는 가산세를 부과한다.
  • 이 가산세 규정은 비영리법인(수익사업과 관련된 부분은 제외한다)에게는 적용을 하지 아니한다.
4. 각사업연도소득법인세신고시의 유의사항
1. 법인세신고의 필수서류
  • 세의무가 있는 비영리내국법인이 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고함에 있어서는 그 신고서 등 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다.
    • 1. 법인세과세표준 및 세액신고서*
      * 별지 제1호 서식의 “법인세 과세표준 및 세액신고서”를 말하며, 이자소득만 있는 비영리법인의 경우에는 대신 제56호 서식의 “법인세 농어촌특별세 과세표준 및 세액신고서”로 대신할 수 있다.
    • 2. 재무제표 - 기업회계기준을 준용하여 작성한 개별 내국법인의 재무상태표ㆍ포괄손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서)
    • 3. 세무조정계산서 - 대통령령으로 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서*
      * 별지 제3호 서식의 법인세과세표준 및 세액조정계산서를 말하는 것임
    • 4. 그밖에 대통령령으로 정하는 서류
  • 무신고에 해당하는 경우 - 법인세과표 신고를 할 때 그 신고서(1호 서식 또는 56호 서식)에 위 제2호(재무제표) 및 제3호(3호 서식의 세무조정계산서)의 서류를 첨부하지 아니하면 이 법에 따른 신고로 보지 아니한다. 다만, 제3조 제3항 제1호* 및 제7호**에 따른 수익사업을 하지 아니하는 비영리내국법인은 그러하지 아니하다.
    * 수익사업
    ** 반복적 채권매매
  • 무신고의 효력 -위 설명한 무신고에 해당하는 경우에는 다음과 같은 조세법의 효력이 발생한다.
    • 1. 결정처분 - 자진신고를 하지 아니하였으므로 과세청이 결정처분을 하여야 함
    • 2. 원천징수세액환급 배제 - 이자소득에 대한 법인세의 원천징수세액이나 지방소득세 특별징수세액의 환부를 하지 아니한다.
    • 3. 수정신고불가 - 당초 본신고가 없으므로 수정신고가 불가하다. 기한 후 신고도 수정신고는 아니다.
    • 4. 감면 등의 배제 - 과표신고를 필수요건으로 하는 감면 등의 규정은 무신고의 경우에는 적용되지 아니한다.
    • 5. 가산세의 부과 -무신고가산세의 부과대상이 된다.
  • 외부조정의 효력 - ‘기업회계와 세무회계의 정확한 조정 또는 성실한 납세를 위하여 필요하다고 인정하여 대통령령으로 정하는 내국법인의 경우 세무조정계산서는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 대통령령으로 정하는 조정반에 소속된 자가 작성하여야 한다(2015.12.15. 신설)’.고 규정하고 있으므로 이에 해당하는 내국법인이 외부조정에 의한 세무조정을 하지 아니하면 필수첨부서류인 제3호 서식의 불비에 해당하여 과세표준의 무신고에 해당한다고 본다.

※ 법령 제97조의2 【외부세무조정 대상법인】
① 법 제60조 제9항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 내국법인”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인(이하 “외부세무조정 대상법인”이라 한다)을 말한다. 다만, 「조세특례제한법」 제72조에 따른 당기순이익과세를 적용받는 법인은 제외한다(2016.2.12. 신설).
  • 1. 직전 사업연도의 수입금액이 70억원 이상인 법인 및 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제2조에 따라 외부의 감사인에게 회계감사를 받아야 하는 법인
  • 2. 직전 사업연도의 수입금액이 3억원 이상인 법인으로서 법 제29조*ㆍ제30조ㆍ제45조 또는 「조세특례제한법」에 따른 조세특례(같은 법 제104조의8에 따른 조세특례는 제외한다)를 적용받는 법인
    * 고유목적사업준비금 손금산입규정임
  • 3. 직전 사업연도의 수입금액이 3억원 이상인 법인으로서 해당 사업연도 종료일 현재 법 및 「조세특례제한법」에 따른 준비금* 잔액이 3억원 이상인 법인
    * 고유목적사업준비금 등
  • 4. 해당 사업연도 종료일부터 2년 이내에 설립된 법인으로서 해당 사업연도 수입금액이 3억원 이상인 법인
  • 5. 직전 사업연도의 법인세 과세표준과 세액에 대하여 법 제66조 제3항 단서에 따라 결정 또는 경정 받은 법인
  • 6. 해당 사업연도 종료일부터 소급하여 3년 이내에 합병 또는 분할한 합병법인, 분할법인, 분할신설법인 및 분할합병의 상대방 법인
  • 7. 국외에 사업장을 가지고 있거나 법 제57조 제5항에 따른 외국자회사를 가지고 있는 법인
2. 재고자산평가방법의 신고(법령 42)
  • 법인이 재고자산의 평가방법을 관할세무서에 신고하고자 하는 때에는 다음 각호의 기한 내에 기획재정부령이 정하는 재고자산 등 평가방법신고(변경신고)서를 납세지관할세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. 이 경우 저가법을 신고하는 경우에는 시가와 비교되는 원가법을 함께 신고하여야 한다.
    • 1. 신설법인과 새로 수익사업을 개시한 비영리내국법인 - 당해 법인의 설립일 또는 수익사업개시일이 속하는 사업연도의 법인세과세표준의 신고기한
    • 2. 제1호의 신고를 한 법인으로서 그 평가방법을 변경하고자 하는 법인은 변경할 평가방법을 적용하고자 하는 사업연도의 종료일 이전 3월이 되는 날
  • 위에 정한 기한 내에 재고자산의 평가방법을 신고하지 아니한 경우에는 납세지관할세무서장이 선입선출법(매매를 목적으로 소유하는 부동산의 경우에는 개별법으로 한다)에 의하여 재고자산을 평가하며 한다.
3. 감가상각방법의 신고(법령 26)
  • 법인이 유형자산의 감가상각방법을 관할세무서에 신고하고자 하는 때에는, 자산구분별로 하나의 방법을 선택하여 기획재정부령이 정하는 감가상각방법신고서를 다음 각호에 규정된 날이 속하는 사업연도의 법인세과세표준의 신고기한까지 납세지관할세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.
    • 1. 신설법인과 새로 수익사업을 개시한 비영리법인 - 그 영업을 개시한 날
    • 2. 제1호 외의 법인이 아래 각호의 구분을 달리하는 고정자산을 새로 취득한 경우에는 그 취득한 날
      가. 건축물과 무형고정자산 : 정액법
      나. 건축물 외의 유형고정자산 : 정률법 또는 정액법
      다. 광업권 또는 폐기물매립시설 : 생산량 비례법 또는 정액법
      라. 광업용 유형고정자산 : 생산량비례법ㆍ정률법 또는 정액법
      마. 개발비 : 관련제품의 판매 또는 사용이 가능한 시점부터 20년 이내의 기간 내에서 연단위로 신고한 내용연수바. 사용수익기부자산가액 : 당해 자산의 사용수익기간
      사. 「전파법」 제14조에 따른 주파수이용권, 「항공법」 제105조의2에 따른 공항시설관리권 및 「항만법」 제16조에 따른 항만시설관리권 : 주무관청에서 고시하거나 주무관청에 등록한 기간 내에서 사용기간
  • 법인이 위의 규정에 의하여 상각방법의 신고를 하지 아니한 경우 당해 감가상각자산에 대한 상각범위액은 다음 각 호의 상각방법에 의하여 계산한다.
    • 1. 제1항 제1호의 자산에 대하여는 정액법
    • 2. 제1항 제2호의 자산에 대하여는 정률법*
      * 이 방법은 기업회계기준상 일반적으로 인정되지 아니하는 방법이므로 적용을 하지 아니하는 것이 유익하다.
    • 3. 제1항 제3호 및 제4호의 자산에 대하여는 생산량비례법
    • 4. 제1항 제6호의 자산에 대하여는 관련제품의 판매 또는 사용이 가능한 시점부터 5년 동안 매년 균등액을 상각하는 방법(2002.12.30. 개정)
    • 5. 제1항 제7호 및 제8호의 자산에 대하여는 동호의 규정에 의한 방법
4.이자소득만 있는 비영리법인의 간편신고방법 등
이자소득만 있는 비영리법인의 법인세 신고는 다음과 같은 간편법을 적용할 수 있다.
  • 과세표준과 세액의 신고서 양식 - 제1호 서식 대신에 제56호 서식에 의하여 신고할 수 있다.
  • 제3호 서식(세무조정계산서)과 제무제표의 첨부를 하지 않아도 된다.
  • 지출증빙(증명서) 불비에 대하여 가산세의 부과를 하지 아니한다.
  • 매입계산서와 매입세금계산서 합계표 미제출의 경우에도 가산세의 규제가 없다.
  • 법인세신고서 지방소득세 신고서상 이자소득은 신고에 포함하지 않을 수 있다.
  • 그러나 이 경우에는 법인세나 지방소득세의 환급 및 환부는 되지 아니한다.
  • 외부세무조정을 하지 않아도 신고의 효력에 문제가 없다(다만, 제56호 서석에는 외부조정자의 기명날인 난이 있다).
5. 고유목적사업준비금 관리
(1) 준비금전입대상법인
  • 비영리내국법인 즉 법인으로 등기된 비영리법인은 모두 다 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는, 법인세법이 정한 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입하는 것이 인정된다.
  • 그러나 등기법인이 아니고 의제법인 즉 법인으로 보는 단체의 경우에는 아래와 같이 대통령령으로 정하는 단체만이 고유목적사업준비금을 손금으로 계상하는 것이 가능하다.
    • 1. 영 제36조 제1항 제1호에 해당하는 지정기부금단체 등
      가. 「사회복지사업법」에 의한 사회복지법인*
      * 법인 아닌 단체는 규정 해당 무
      나. 「유아교육법」에 따른 유치원ㆍ「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 의한 학교, 「근로자직업능력 개발법」에 의한 기능대학, 「평생교육법」 제31조 제4항에 따른 전공대학 형태의 평생교육시설 및 같은 법 제33조 제3항에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설*
      * 법인 아닌 단체에 대하여 적용함
      다. 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ기술진흥단체
      라. 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 문화ㆍ예술단체(「문화예술진흥법」에 의하여 지정을 받은 전문예술법인 및 전문예술단체를 포함한다) 또는 환경보호운동단체
      마. 종교의 보급, 그밖에 교화를 목적으로 「민법」 제32조에 따라 문화체육관광부장관 또는 지방자치단체의 장의 허가를 받아 설립한 비영리법인(그 소속단체를 포함한다)
      바. 「의료법」에 의한 의료법인*
      * 법인 아닌 단체는 규정 해당 무
      사. 「민법」 제32조에 따라 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인 또는 사회적협동조합 중 다음의 요건을 모두 충족한 것으로서 주무관청의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정한 법인
    • 2. 법령에 의하여 설치된 기금
    • 3. 「공동주택관리법」 제2조 제1항 제1호 가목에 따른 공동주택의 입주자대표회의 또는 자치관리기구
  • 따라서 공동주택의 부녀회, 종중이나 기타의 비영리단체(협회 등)는 고유목적사업준비금의 전입이 허용되지 아니한다.
(2) 준비금전입의 회계방법과 구분경리
1) 준비금의 회계방법
  • 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에, 법인세법상 손금으로 인정되는 것이므로 고유목적사업준비금은 비록 법인세법상의 규정이지만 회계상 결산조정을 하여야 하는 대상인 것이다.
  • 손금으로 계상하는 방법으로는 결산조정의 경우가 우선이며, 다만 외부감사의 필요 등에 의하여 잉여금의 처분을 하는 경우에도 손금계상에 준하는 방법의 회계처리를 해야만 한다.
    1) 결산조정의 경우
       차) 고유목적사업준비금전입(비용항목)     대) 고유목적사업준비금(부채계정)
    2) 신고조정의 경우
       차) 미처분이익잉여금(자본계정)               대) 고유목적사업준비금(자본계정
  • 이자소득만 있는 비영리법인의 경우에는 법인세 신고시 재무제표를 첨부하지 않아도 되는 것이며, 미첨부의 경우에는 손금으로 계상한 여부가 신고 상으로는 확인되지 아니한다.
  • 납세의무가 있는 법인은 장부를 갖추어 두고 복식부기 방식으로 장부를 기장하여야 하며, 장부와 관계있는 중요한 증명서류를 비치ㆍ보존하여야 하는 것이나 다만, 비영리법인은 제3조 제3항 제1호 및 제7호의 수익사업(비영리외국법인의 경우 해당 수익사업 중 국내원천소득이 발생하는 경우만 해당한다)을 하는 경우로 한정하는 것이므로(법법 112), 이자소득만 있는 비영리법인은 이 복식회계의 의무가 없는 것이므로 장부에 위의 회계처리를 하는 것을 반드시 강제하지 아니하는 것이다.
2) 준비금의 구분경리
  • 고유목적사업준비금의 전입은 수익사업회계에서 발생한다. 그 고유목적사업준비금은 비수익사업 즉 고유목적사업에 지출을 하여야 하는 것이므로 그 준비금은 수익사업회계에서 비수익사업회계로 송금(전출)을 하여야 하고 비수익사업회계가 목적사업에 그 준비금을 지출하여야 하는 것이다.
  • 위 각 거래단계별로 구분하여 회계를 하여야 하는 것이므로 수익사업과 비수익사업의 구분경리가 필요하게 된다.
    1) 수익사업의 준비금 적립
    차) 고유목적사업준비금전입(비용항목)     대) 고유목적사업준비금(부채계정)
    2) 준비금의 송금
    <수익사업회계>
    차) 고유목적사업준비금(부채자본계정)     대) 예금
    <비수익사업회계>
    차) 예금                                                대) 고유목적사업준비금수입
                                                                   (수입계정인 수익사업전입금)
    3) 비수익사업의 준비금 사용(지출)
    <비수익사업회계>
    차) 목적사업비(지출계정)                        대) 예금
  • 구분경리의 이행여부는 거래의 실질에 의하여 판단하는 것이므로 국세기본법 등 세법상의 실질거래에 관한 법규에 의한 실질거래의 입증을 위하여는 단순히 위의 회계처리의 구분만이 아니고 동 준비금의 금원의 적립, 이동 및 지출에 대한 실질거래에 대한 금융거래의 증빙(거래통장기록을 말함)을 갖춰야 한다. 비영리법인의 자금원은 이 고유목적사업준비금만이 있는 것이 아니고 국가보조금, 후원금(기부금), 회비, 교비, 차입금, 잉여금수입 등 다양하기 때문이다.
  • 즉 위 상자표상의 송금은 수익사업의 ‘비전용계좌’에서 비수익사업의 ‘전용계좌’로 송금을 하는 일이 필수적인 거래이다(상증세법상의 전용계좌규정을 참고).
(3) 준비금의 사용처와 사용방법
  • 고유목적사업준비금은 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금에 지출하기위하여 적립한 것이므로 지출, 즉 사용처는 목적사업 또는 지정기부처(공익성기부처)에의 기부에만 사용이 가능한 것이다.
  • “고유목적사업”이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 영 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 외의 사업을 말한다. 즉 고유목적사업준비금의 적립액은 설령 그 적립 후 수익사업에 결손이 발생하여 자금이 긴급히 필요한 경우에도 적립액을 수익사업에 다시 환수 또는 투자가 허용되지 아니하는 것이다. 굳이 환수 또는 투자를 한 금액은 목적사업 사용실적이 아닌 것이므로 추후 이 미사용에 대한 법인세추징과 이자상당액가산의 부담을 지는 것이다.
  • 위 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다.
    • 1. 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용(자본적 지출을 포함한다) 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액
    • 2. 특별법에 의하여 설립된 법인(당해 법인에 설치되어 운영되는 기금 중 「국세기본법」 제13조의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체를 포함한다)으로서 건강보험ㆍ연금관리ㆍ공제사업 및 제2조 제1항 제8호에서 규정된 사업을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액
    • 3. 의료업을 영위하는 비영리내국법인이 의료기기 등 기획재정부령으로 정하는 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액과 기획재정부령으로 정하는 연구개발사업을 위하여 지출하는 금액
    • 4. 「농업협동조합법」에 의한 농업협동조합중앙회가 법 제61조 제1항의 규정에 의하여 계상한 고유목적사업준비금을 회원에게 무상으로 대여하는 금액
    • 5. 「농업협동조합법」에 의한 농업협동조합중앙회가 「농업협동조합의 구조개선에 관한 법률」에 의한 상호금융예금자보호기금에 출연하는 금액
    • 6. 「수산업협동조합법」에 의한 수산업협동조합중앙회가 「수산업협동조합의 구조개선에 관한 법률」에 의한 상호금융예금자보호기금에 출연하는 금액
    • 7. 「신용협동조합조합법」에 의한 신용협동조합중앙회가 동법에 의한 신용협동조합예금자보호기금에 출연하는 금액
    • 8. 「새마을금고법」에 의한 새마을금고연합회가 동법에 의한 예금자보호준비금에 출연하는 금액
    • 9. 「산림조합법」에 의한 산림조합중앙회가 동법에 의한 상호금융예금자보호기금에 출연하는 금액
    • 10. 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제166조에 따라 설립된 제주국제자유도시 개발센터가 같은 법 제170조 제1항 제1호, 같은 항 제2호 라목ㆍ마목(관련 토지의 취득ㆍ비축을 포함한다) 및 같은 항 제3호의 업무에 지출하는 금액 (2016.1.22. 개정)
  • 지정기부금지출이란, 「법인세법시행령」 제36조에 의한 지정기부금으로 지출을 하는 것을 의미한다. 비록 타인을 위하여 지출을 하더라도 그 사업이 법령이나 정관상의 목적사업에 해당하는 지출이라면 이는 지정기부금의 지출로 보는 것이 아니고 위의 목적고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 지출 즉 목적사업비지출로 보는 것이 타당하다.
  • 법정기부금(법법 24 ②에 의한)은 고유목적사업준비금의 사용처에 해당하지 아니한다. 입법취지는 다소 애매하다고 할 것이나, 원래는 법정기부금은 지정기부금의 범위 내에 있는 것이므로 법정기부금도 지정기부금으로 보아 목적사업준비금을 사용하는 것이 가능한 것이 타당할 것이나, ‘제1항*과 제29조**는 다음 각 호의 기부금(이하 “법정기부금”이라 한다)에 대하여는 적용하지 아니한다(법법 24 ②).’고 규정하고 있으므로 결과적으로 법정기부금에는 이 준비금의 지출을 할 수 없는 것이다.
    * 지정기부금손금산입한도규정임
    ** 고유목적사업준비금 손금산입규정임
  • 지출이란, 지출행위를 말하는 것이므로 고유목적사업준비금계좌에서 금원이 인출되어 지불에 쓰이는 것을 의미할 것이다. 원론 상으로는 대금의 미지급(외상매입), 어음발행(지급어음), 리스채무(금융리스차입금)의 발생 등은 비록 목적사업을 위한 거래라 하더라도 실제 지출이 아직 아니고 그 미지급채무의 결제를 위한 지출에 가서 비로소 동 준비금의 사용실적이 되는 것이다.
(4) 준비금 미사용에 대한 추징
  • 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 즉 감면세액 미사용에 대한 법인세추징의 대상이 되는 것이다.
    • 1. 해산한 경우
    • 2. 고유목적사업을 전부 폐지한 경우
    • 3. 법인으로 보는 단체가 승인 취소되거나 거주자로 변경된 경우
    • 4. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 경우
    • 5. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 고유목적사업준비금의 잔액 중 일부를 환입하여 익금으로 계상한 경우
  • 위 제4호 및 제5호에 따라 고유목적사업준비금의 잔액을 익금에 산입하는 경우에는 이자 상당액을 해당 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 한다.
  • 특히 이 미사용준비금을 환입하는 데 대한 법인세의 추징은 이자상당액의 가산을 수반하는 것이므로 비영리법인의 조세부담이 커지는 결과가 되는데 일반적으로는 비영리법인이 동 준비금을 미사용하는 일이 없을 것으로 보는 것이 타당하다.
  • 그러나 실질거래를 따져보면 목적사업에 지출한 자금원천이 다양하고 혼재되어 있어 법인의 사업연도말에 잔존한 이월자금 중에는 목적사업준비금이 전입 후 5년이 지난 것이 섞여있을 수 있거나 혹은 명확하게 미사용 사실이 금융거래 확인결과 드러날 수 있는 것이다.
  • 예를 들어 수입원이 목적사업준비금 1,000원, 기부금 2,000원 이며 연말 현재 미사용액이 600원이라면 실질거래 입증상 연말 미사용 준비금상당액은 600 × 1,000/(1,000 + 2,000) = 200원에 상당하며 이 준비금이 전입 후 5년이 경과한 것이라면 이는 환입에 의한 추징 및 이자상당액가산의 대상이 되는 것이다.
  • 비영리법인이 만기 5년 이상인 정기예금을 예입하였으며 매년 지급받아야할 이자소득을 인출하여 목적사업에 사용하지 않고 정기예금의 원본에 산입하는 것으로 예금계약을 한 경우라면 이자소득은 5년이 되는 날에도 목적사업에 사용하지 아니한 것이 명백하다. 이 경우에도 준비금환입에 의한 추징과 이자상당액가산이 발생한다.
  • 준비금을 목적사업에 지출한 것으로 처리를 하였으나 5년이 되는 연도에 그 지출이 목적 지출이 아닌 것으로 과세청이 경정을 하는 경우에도 역시 미사용준비금의 환입이 발생할 수 있는 것이다.
(5) 준비금과 상증세법상의 목적사업사용의 비교
  • 법인세법상의 고유목적사업준비금의 사용처에 대한 규정과 상증세법상의 운용소득사용처에 대한 규정이 상이 하고 상증세법상의 운용소득에는 당연히 법인세법상의 고유목적사업준비금사용액 중 대부분이 포함되는 것이므로 문제가 발생한다.
    용도별 구분 상증세법 법인세법
    관련영역 운용소득사용 여부 고유목적사업준비금 사용
    직접공익목적사업 법령상의 목적사업 사용가능(근거규정 무) 사용가능(근거규정 유)
    정관상의 목적사업 사용가능 사용가능
    주무관청허가출연 법정기부금 사용가능 사용불가(법인세추징)
    지정기부금 사용가능 사용가능
    관리비 수선비, 전기료, 전화료 등 사용가능 사용가능
    기타의 관리비 사용뷸가(증여세추징) 사용가능
    수익사업(정관상목적사업인)출연 사용가능(해석사례) 사용불가(법인세추징)
    기타의 지출 사용불가(증여세추징) 사용불가(법인세추징)
  • 특히 법정기부금의 지출에 고유목적사업준비금의 사용은 안되나 운용소득의 사용은 가능한 것으로 되어 있으며 직접공익목적을 위한 관리비 지출(수선비, 전기료, 전화료 등을 제외하고는)은 고유목적사업준비금의 사용처로는 인정되나 운용소득의 사용처로는 인정되지 아니하는 것은 문제이다.
  • 수익사업에 사용이 가능한가에 대한 점에 있어서도 상증세법은 운용소득을 수익사업에 사용이 가능하다고 해석한 사례가 있어 그 법의 규정에도 부합하지 아니하고 법인세법상 사용을 허용하지 않는 규정과도 상위한 문제가 있다.
(6) 준비금관련 수정신고 등
1) 원천징수분리과세이자소득에 대한 수정신고 등
  • 고유목적사업준비금을 결산조정하지 아니한 법인이 수정신고에 의하여 준비금을 설정하는 것은 인정되지 아니한다. 특히 원천징수이자소득에 대하여 원천징수분리과세한 법인이 수정신고에 의하여 과세표준신고서에 전입하는 것이 인정되지 아니한다.
  • 또한 비영리법인이 법인세과세표준신고시 과세표준에 산입한 이자소득에 대하여는 신고기한이 경과한 후 수정신고 또는 경정청구에 의하여 다시 원천징수에 의한 과세방법으로 변경할 수 없다(법인 46012-638, 1998.3.14.).
2) 과소계상한 준비금에 대한 감액경정 등
  • 법인세신고시 고유목적사업준비금의 손금산입한도액을 잘못 계산하여 법인세환급신고하였다가, 당초 법인세신고시 고유목적사업준비금의 손금산입한도액을 잘못 계산하였다 하여 추가로 환급하여야 한다는 경정청구를 하였는바, 이를 인정한 예(국심 2000서2105, 2001.2.26.)를 볼 수 있으나 원칙상 손금에 산입하는 고유목적사업준비금은 비영리법인이 결산상 손금에 계상한 경우에 손금산입하는 것으로 당해 비영리법인이 결산시 준비금을 손금용인한도액에 미달하게 계상한 경우에는 그 후 「국세기본법」 제45조의2의 규정에 의한 경정청구에 의해서 그 과소 계상한 준비금상당액을 손금에 산입할 수 없는 것이다(법인세과-101, 2014.3.5.).
  • 국세의 감액경정청구는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때 또는 결손금액 또는 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때에 할 수 있는 것으로 정하고 있기 때문이다.
5. 토지 등 양도소득 법인세 과세특례 적용시 유의사항
1. 과세물건의 범위
(1) 주택 및 별장
  • 대통령령이 정하는 주택 및 별장을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 10(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액을 법인세로 부과한다.
  • 사택 - 과세 제외 대상 사택은 다음과 같다.
    • 주주 등이나 출연자가 아닌 임원(소액주주인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 제공하는 사택 및 그 밖에 무상으로 제공하는 법인소유의 주택으로서 사택제공기간 또는 무상제공기간이 10년 이상인 주택
    • 저당권의 실행으로 인하여 취득하거나 채권변제를 대신하여 취득한 주택으로서 취득일부터 3년이 경과하지 아니한 주택(2006.2.9. 개정)
    • 그 밖에 부득이한 사유로 보유하고 있는 주택으로서 기획재정부령으로 정하는 주택 ‘기획재정부령으로 정하는 주택’이란 「주택법」에 따른 대한주택보증주식회사가 같은 법 시행령 제107조 제1항에 따라 매입한 주택을 말한다(법칙 45의 2, 2009.3.30. 개정).
  • 별장 - 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양ㆍ피서ㆍ위락 등의 용도로 사용하는 건축물을 “별장”이라 하며 다만, 「지방자치법」 제3조 제3항 및 제4항에 따른 읍 또는 면에 있으면서 대통령령으로 정하는 범위 및 기준에 해당하는 농어촌주택(그 부속토지를 포함한다)은 제외한다.
    “대통령령으로 정하는 범위 및 기준에 해당하는 농어촌주택(그 부속토지를 포함한다)”이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 주택과 그 부속토지를 말한다(개정법령 제92조의10, 2015.2.3.).
    • 1. 건물의 연면적이 150제곱미터 이내이고 그 건물의 부속토지의 면적이 660제곱미터 이내일 것
    • 2. 건물과 그 부속토지의 가액이 기준시가 2억원 이하일 것(2015.2.3. 개정)
    • 3. 「조세특례제한법」 제99조의4 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한 지역에 소재할 것
    개정규정은 이 영 시행(2015.2.3.) 이후 양도하는 분부터 적용함(2015.2.3. 대통령령 개정; 제26068호 부칙 1 본문ㆍ9)
(2) 비사업용토지
  • 비사업용 토지란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간 동안* 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지**를 말한다(법법 55의2 ②).
    토지의 구분 비사업용 범위 사업용의 범위
    논ㆍ밭ㆍ과수원 ① 농업이 주업이 아닌 토지
    ② 도시지역 농지
    ① 도시지역 외의 주업인 농지
    임야 ① ‘우’ 사업용 외의 임야 ① 산림보호구역 임야
    ② 임업이 주업인 임야
    목장용지 ① 축산업주업인 기준면적 초과 토지
    ② 축산업 주업 아닌 목장용지
    ① 축산업주업인 기준면적 이내 토지
    그 밖의 토지 ① 별장부속토지 ① 법인 업무용 토지
    ② 운동장, 주차장, 하치장, 적치장
    * “기간기준”
    ** “항목기준”
  • 비영리법인의 적용제외대상 - 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 「지방세법 시행령」 제22조에 따른 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 토지는 비사업용토지에 해당하지 아니하여 과세대상이 아니다.
    「지방세법 시행령」 제22조 【비영리사업자의 범위】
    법 제11조 제1항 제2호 단서에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”란 각각 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다(2014.1.1. 개정).

    • 1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체
    • 2. 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법」 또는 「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자 및 「평생교육법」에 따른 교육시설을 운영하는 평생교육단체
    • 3. 「사회복지사업법」에 따라 설립된 사회복지법인
    • 4. 양로원ㆍ보육원ㆍ모자원ㆍ한센병자치료보호시설 등 사회복지사업을 목적으로 하는 단체 및 한국한센복지협회
    • 5. 「정당법」에 따라 설립된 정당
2. 비영리법인에의 적용
(1) 비영리법인과 과세특례
  • 토지 등 양도소득에 대한 과세특례는 비영리법인의 토지 등의 양도에도 적용되는 것이고 특히 수익사업용 자산이 아닌 토지 등의 양도에 대하여도 적용되는 것이다.
  • 비영리법인의 수익사업에 대한 각 사업연도소득에 대한 법인세과세시에는 수익사업용 토지 등 자산의 양도 또는 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 사용하지 아니한 고정자산의 양도에 대하여 법인세과세대상으로 하는 점과 다른 점이다.
  • 비수익사업용 토지의 양도에 대하여 과세특례를 적용하여 산출한 법인세와 법인분 지방소득세(구 소득할주민세)를 비수익사업의 회계로 구분경리하여야 한다.
(2) 토지 등 양도소득 계산과 고유목적 사업준비금
  • 토지 등 양도소득은 토지 등의 양도금액에서 양도당시의 장부가액을 차감한 금액으로 하는바, 비영리법인의 경우도 마찬가지이며 토지 등 양도소득 법인세 과세특례 규정에서의 양도소득에 대하여 고유목적 사업준비금의 손금산입을 하지 아니한다.
6. 비영리법인의 지방소득세 과세표준과 세액신고시 유의사항
1. 법인지방소득세의 안분 신고 및 납부
  • 둘 이상의 지방자치단체에 법인의 사업장이 있는 경우에는 대통령령으로 정하는 기준에 따라 법인지방소득세를 안분하여 그 소재지를 관할하는 지방자치단체의 장이 각각 부과한다(개정지법 89 ②, 2014.1.1.).
  • 안분산식 - 법인지방소득세를 안분하는 금액은 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 빼고 제3호의 금액을 더한 후 제4호의 금액을 뺀 것으로 한다. 이 경우 특별시ㆍ광역시 안에서 둘 이상의 구에 사업장이 있을 때에는 본점 또는 주사무소(본점 또는 주사무소가 없는 경우에는 행정자치부령으로 정하는 주된 사업장을 말한다) 소재지를 관할하는 구청장에게 일괄 납부하여야 한다(2014.3.14. 개정지령 제88조).
2. 적용 및 해설
  • 법인지방소득세 표준산출세액 - 법 제103조의21(연결법인의 경우에는 법 제103조의35를 말한다)에 따라 계산한 금액으로 한다. 다만, 과세표준에 적용하는 세율은 관할 지방자치단체의 법인지방소득세 세율에도 불구하고 법 제103조의20 제1항에 따른 법인지방소득세의 표준세율로 한다.
  • 법인의 총 종업원 수 - 해당 법인의 사업연도 종료일 현재의 종업원 수로 한다.
  • 건축물 연면적 - 해당 법인의 사업연도 종료일 현재 사업장으로 직접 사용하는 「건축법」 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물(이와 유사한 형태의 건축물을 포함한다)의 연면적으로 한다. 다만, 구조적 특성상 연면적을 정하기 곤란한 기계장치 또는 시설(수조ㆍ저유조ㆍ저장창고ㆍ저장조ㆍ송유관ㆍ송수관 및 송전철탑만 해당한다)의 경우에는 그 수평투영면적으로 한다.
3. 적용사례
  • 미분양 주택과 상가는 안분대상 아님 - 건설법인이 사업연도종료일 현재 미분양상태로 소유하고 있는 주택과 상가를 당해 법인의 사업장으로 직접 사용하고 있지 아니한 이상, 법인세할 안분대상 건축물연면적에 산입하여 안분할 수 없다(지방세정팀-2114, 2006.5.25.).
  • 직접 사용하는 건축물이 없는 공사현장은 안분대상아님 - 법인의 사업연도종료일 현재 해당 법인의 종업원 및 직접 사용하는 건축물이 없는 공사현장이라면 「지방세법 시행령」 제130조의5 제2항 규정에 의한 법인세할 주민세 안분대상 사업장에서 제외된다(세정과-867, 2004.4.20.).
  • 직접 사용하는 건축물 - 법인세할 주민세의 안분기준이 되는 건축물면적에 대하여는 「지방세법 시행령」 제130조의5에서 당해 법인의 사업연도종료일 현재 사업장으로 ‘직접사용’하는 건축물의 연면적으로 하고 있으므로, 지방산업단지조성과정에서 매장문화재의 발굴조사를 위하여 용역계약을 체결하고 문화재발굴조사기관에 귀 법인이 신축한 가설건축물을 제공하여 문화재발굴조사기관의 사업장으로 사용하는 경우라면 그 건축물은 귀 법인에서 직접사용한다고 볼 수 없고 문화재발굴조사기관의 사업장에 해당하는 것이다(세정 13407-620, 2000.5.15.).
  • 임대면적과 공실은 제외됨 - 사업연도종료일 현재 타인에게 임대하였거나 임대하지 못하고 비어 있는 건축물은 건축물의 연면적산정범위에서 제외되는 것이며, 사업장으로 직접사용하고 있는 건축물의 연면적은 법인세할 주민세의 안분대상면적에 포함된다(세정 13407-8, 1999.10.12.).
  • 법인세할 주민세 안분대상에 포함되는 구축물의 범위 - 「지방세법 시행령」 제130조의5 제2항의 규정에 의하면 법인세할 주민세 안분계산시의 ‘건축물연면적’에는 건물이 없고 기계장치 또는 구축물이 있는 경우에는 그 수평투영면적이 포함되는 것인바, 이는 토지의 정착물로서의 모든 구축물이 해당되는 것이므로 사업장의 모든 포장도로 및 포장차량하치장의 수평투영면적이 법인세할 안분대상면적에 포함된다(세정 13407-1159, 1995.11.15.).
  • 파견근로자 - 종업원 수 계산시 종업원의 근무지는 본래의 소속된 근무지를 말하나 파견근무의 경우에는 급여 등을 본래의 소속된 근무지에서 지급하더라도 그 파견지를 근무지로 본다(지세칙 175-2).
  • 임대건축물 - 또한 당해 법인의 사업연도종료일 현재 사업용으로 직접 사용하는 건축물에는 법인이 타인에게 임대하고 있는 건축물은 이에 포함되지 아니한다(지세칙 175-3). 안분산식 적용상 당해 임대건축물은 임대인의 사업장이 아니고 임차인의 사업장에 해당한다.
  • 비영리법인의 안분산식 - 안분산식상 건축물연면적은 비영리법인의 경우 수익사업이 발생하는 사무소에 국한하지 아니한다고 해석하므로(세정 13407-401, 1995.5.2.), 비수익사업 관련 건축물의 연면적도 포함하여 연면적비례를 산출하여야 한다.