제목 비영리법인이 부담한 부가가치세 매입세액 손금대상 여부
저자 택스넷 등록일 2016.11.24
비영리법인이 부담한 부가가치세 매입세액 손금대상 여부
비영리법인이 스포츠센터 등을 운영하면서 부담한 부가가치세 매입세액에 대해 법인의 비용으로 인정받을 수 있는지에 대해 부가가치세법 및 법인세법에 따른 공제 및 손금 여부 등에 대한 관련 예규 등을 실무 경험 많은 세법 전문가가 다각적으로 분석하여 예규 해석기관이 도달한 결과를 추론하여 궁금증 해결에 도움을 주고자 한다.
예규에 따르면, 부가가치세 매입세액은 「법인세법」 제21조 제1호에 따라 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.
1. 사실관계
법인으로 보는 단체의 스포츠센터 운영
  • 스포츠센터의 유지관리를 전문관리업체에 위탁
  • 부가가치세를 포함한 용역대가 지급
2. 쟁점
  • 법인으로 보는 단체가 스포츠센터 유지관리업체인 전문관리업체에 용역대가 지급시 포함된 부가가치세가 「법인세법」상 손금으로 인정되는지 여부
3. 분석내용
1) 아파트 입주자 대표회의에 대한 납세의무 검토
  • 아파트 입주자 대표회의는 「국세기본법」 제13조 제1항 제1호에 해당되지 아니하나, 같은 법 같은 조 제2항각 호의 요건을 갖추어 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 법인으로 보는 단체를 신청하여 승인을 얻은 경우에는 법인으로 보는 단체에 해당하며, 이 경우 아파트 입주자 대표회의는 「법인세법」에 따라 비영리내국법인에 해당한다.
  • 비영리내국법인은 「법인세법」 및 「소득세법」에 따라 원천징수하는 법인세(또는 소득세)를 납부할 의무가 있으며, 각 사업연도 소득 및 토지 등 양도소득에 대해 법인세를 부담한다.
2) 수익사업 여부와 법인세 과세 여부
  • 비영리법인의 각 사업연도 소득은 수익사업에서 생기는 소득을 포함하며 수익사업이란 한국표준산업분류(이하 “한국표준산업분류”라 한다)에 의한 각 사업 중 수입이 발생한 것을 말하며 수익사업에 해당하는 경우 법인세 과세대상에 해당한다.
  • 따라서 비영리법인은 수익사업이 아닌 비수익사업에서 발생한 소득의 경우 법인세 과세대상에 해당하지 아니한다.
3) 비영리법인과 부가가치세 과세 여부
  • 부가가치세는 납세의무자와 담세자로 구분하고, 납세의무자는 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 사업자로 한다.
  • 담세자:부가가치세를 실지로 부담하는 최종소비자
  • 이 경우 영리를 목적으로 하는 사업자와의 경쟁에서 중립성을 유지하기 위해 영리목적의 유무(사업목적 영리 또는 비영리)를 가리지 아니하고 부가가치세를 창출하는 사업자인 경우 납세의무자가 된다.
  • 따라서, 부가가치세 납세의무자는 개인, 법인(국가, 지방자치단체 및 지방자치단체조합 포함)과 법인격이 없는 사단・재단 또는 그 밖의 단체를 포함한다.
  • 그러나 공익단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역에 해당하는 경우에는 면제된다.
  • -예를 들어 공동주택의 입주자 대표회의가 관리비, 장기수선충당금, 하자보증금 등을 금융기관에 예치하고 이자를 받는 경우 부가가치세 납세의무가 없는 것이며, 입주민만이 배타적으로 이용하는 공동주택단지 내 복리시설(입주민을 위한 체육시설 및 독서실 등)을 운영하면서 실비상당액의 이용료를 받는 경우 부가가치세 납세의무자에 해당하지 아니한다.
    -그러나 입주자 대표회의가 계약상 또는 법률상의 원인에 따라 단지 내 장소 및 시설을 임대하거나 다른 사업자와의 업무대행 계약에 따라 전기검침용역을 공급하고 그 대가를 받는 경우, 재활용품을 수집하여 매각하는 경우, 입주자들로부터 관리에 관한 사항을 일임받아 단지 내 주차장을 입주민에게 사용하게 하면서 주차대수가 1차량을 초과하는 세대에 대하여 주차료를 징수하는 경우에는 「부가가치세법」 제3조에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.
  • 부가가치세가 과세되지 아니하는 사업을 영위하는 자(면세사업자 등)가 재화 또는 용역을 공급받고 부담한 부가가치세액은 공제(환급)되지 아니한다.
4) 비영리법인이 부담한 부가가치세 매입세액 공제 여부
  • 수익사업에 해당하는 경우
  • 비영리법인이 부담한 부가가치세는 수익사업의 매출세액에서 공제되는 매입세액에 해당한다.
  • 비수익사업에 해당하는 경우
  • 부가가치세가 과세되지 아니하는 사업을 영위하는 자(면세사업자 등)가 재화 또는 용역을 공급받고 부담한 부가가치세액은 공제(환급)되지 아니한다.
5) 비영리법인이 부담한 부가가치세 손금산입 여부
법인이 부담한 부가가치세의 매입세액은 손금불산입 대상이나 부가가치세가 면제되거나 그 밖에 법령에서 정하는 경우의 세액은 손금에 산입할 수 있다. 이와 관련하여 비영리법인이 부담한 부가가치세에 대한 손금산입에 대해 살펴보면 다음과 같다.
  • 수익사업 관련
  • 비영리법인의 경우 「법인세법」 제3조 제3항에 따른 수익사업의 소득에 대하여 같은 법 제2조 제1항 및 제3조 제1항에 따라 각 사업연도 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다.
    • (매출세액에서 차감된 매입세액) 비영리법인이 부담한 부가가치세는 수익사업의 매출세액에서 차감되는 매입세액에 해당하며, 이 경우 해당 매입세액은 손금산입 대상에 해당하지 아니한다.
    • (매출세액에서 공제되지 아니한 매입세액) 매출세액에서 공제되지 아니한 매입세액이더라도 「법인세법 시행령」 제22조 및 「법인세법 시행규칙」 제11조에서 규정한 매입세액에 해당하지 아니한 경우 「법인세법」에 따른 손금산입 대상에 해당하지 아니한다.
  • 비수익사업 관련
  • • 비영리법인의 경우 비수익사업에 대해서는 각 사업연도 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 없으므로 비영리법인이 부담한 매입세액은 손금산입 대상에 해당하지 아니한다.
4. 관계법령 및 사례
  • 국세기본법 제13조【법인으로 보는 단체】제1항, 제2항, 제4항
  • 아파트 입주자 대표회의 세법 관련 지위
    • (아파트 입주자 대표회의) 「주택법」 제43조 제3항에 의하여 입주자가 입주자 대표회의를 구성하고 공동주택의 관리방법을 결정하여 관할시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고
    -「국세기본법」 제13조 제1항 제1호에 해당되지 아니함
    법인격 없는 단체로서 단체의 대표자 또는 관리인이 선임되어 있고 이익의 분배방법 및 비율이 정하여져 있지 아니하여 「소득세법 시행규칙」 제2조의 규정에 의하여 그 단체를 1거주자로 보는 경우에는 그 단체의 대표자 또는 관리인 명의로 고유번호 부여(소득46011-195, 2000.02.09).
    -같은 법 같은 조 제2항의 각 호의 요건을 갖추어 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 법인으로 보는 단체를 신청하여 승인을 얻은 경우에는 법인으로 보는 단체에 해당한다(징세과-564, 2009.06.17).
  • 법인세법 제1조【정의】제1호∼제2호
  • 법인세법 제2조【납세의무】제1항, 제5항
  • 법인세법 제3조【과세소득의 범위】제1항, 제3항
  • 법인세법 시행령 제2조【수익사업의 범위】제1항
    • 비영리내국법인의 수익사업의 범위 적용 사례
      비영리내국법인의 수익사업은 「법인세법 시행령」 제2조 제1항에 따른 한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말하며, 같은 법 시행규칙 제1조에 따라 그 사업활동이 각 사업연도의 전기간에 걸쳐 계속하여 행하여지는 사업 외에 상당기간에 걸쳐 계속적으로 행하여지거나 정기적 또는 부정기적으로 상당횟수에 걸쳐 행하여지는 사업을 포함한다(서면법령법인-2231, 2016.03.15).
      • 지방자치단체로부터 위탁받은 노인전문병원의 의료사업
      -비영리내국법인이 지방자치단체와 위ㆍ수탁협약을 체결하여 수탁운영하는 노인전문병원의 의료사업은 「법인세법 시행령」 제2조(수익사업의 범위) 제1항의 수익사업에 해당한다(법규법인2014-107, 2014.03.31).
      • 폐전자제품 회수 업무 등을 대행하는 사업
      -○○공제조합이 전기ㆍ전자제품 재활용의무생산자 및 전기ㆍ전자제품 판매업자가 납부한 분담금으로 폐기물 회수ㆍ인계ㆍ재활용의무를 이행하는 사업을 영위하는 경우 해당 사업은 「법인세법」 제3조 제3항의 규정에 따른 수익사업에 해당한다(서면법령법인-2495, 2016.04.06).
      • 대가관계 없이 지원받은 국고보조금 및 지원금
      -비영리내국법인이 대가관계 없이 지원받은 국고보조금 및 지원금은 수익사업에 해당하지 아니하는 것이며, 휘장 사용대가로 받는 후원금, 방송권 판매수입, 광고대행료, 선수단 숙식비, 선수단 수송비는 수익사업에 해당한다(서면법령법인-3046, 2016.04.19).
  • 법인세법 시행규칙 제1조【수익사업의 범위】
  • 수익사업에 속하는 것비수익사업에 속하는 것
    • 학교법인의 임야에서 발생한 수입과 임업수입
    • 학교부설연구소의 원가계산 등의 용역수입
    • 학교에서 전문의를 고용하여 운영하는 의료수입
    • 주무관청에 등록된 종교단체 등의 임대수입. 다만, 「법인세법 시행령」 제2조 제1항 제7호*주)에 해당되는 경우는 제외한다.
    • *주) 주무관청에 등록된 종교단체(그 소속단체를 포함한다)가 공급하는 용역 중 「부가가치세법」 제26조 제1항 제18호에 따라 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업
    • 전답을 대여 또는 이용하게 함으로써 생긴 소득
    • 정기간행물 발간사업. 다만, 특별히 정해진 법률상의 자격을 가진 자를 회원으로 하는 법인이 그 대부분을 소속회원에게 배포하기 위하여 주로 회원의 소식, 기타 이에 준하는 내용을 기사로 하는 회보 또는 회원명부(이하 “회보 등”이라 한다) 발간사업과 학술, 종교의 보급, 자선, 기타 공익을 목적으로 하는 법인이 그 고유목적을 달성하기 위하여 회보 등을 발간하고 이를 회원 또는 불특정 다수인에게 무상으로 배포하는 것으로서 통상 상품으로 판매되지 아니하는 것은 제외한다.
    • 광고수입
    • 회원에게 실비제공하는 구내식당 운영수입
    • 급수시설에 의한 용역대가로 받는 수입
    • 운동경기의 중계료, 입장료
    • 회원에게 대부한 융자금의 이자수입
    • 유가증권 대여로 인한 수수료수입
    • 조합공판장 판매수수료수입
    • 교육훈련에 따른 수수료수입
    • 징발보상금
    • 일시적인 저작권의 사용료로 받은 인세수입
    • 회원으로부터 받는 회비 또는 추천수수료(간행물 등의 대가가 포함된 경우에는 그 대가상당액을 제외한다)
    • 외국원조수입 또는 구호기금수입
    • 업무와 직접 관계없이 타인으로부터 무상으로 받은 자산의 가액
  • 부가가치세법 제2조【정의】제1호∼제3호
    • 부가가치세법에 따른 사업성
      ‘사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자’란 부가가치를 창출하여 낼 수 있는 정도의 사업형태를 갖추고 계속적이고 반복적인 의사로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 뜻한다. 또한 소득세의 과세대상인 사업소득은 영리를 목적으로 독립된 지위에서 계속ㆍ반복적으로 행해지는 사회적 활동인 사업에서 발생하는 소득을 말한다(대법원84누629, 1984.12.26).
  • 부가가치세법 제11조【용역의 공급】제1항
    • 부가가치세 납세의무 적용 사례
      • 공동주택의 입주자 대표회의가 헬스장 등을 설치하여 동 시설을 실질적으로 관리 운영하면서 입주자만이 배타적으로 사용하도록 하고 이용자들로부터 실비상당액의 회비를 받는 경우 부가가치세 납세의무가 없다(부가가치세제과-814, 2009.12.11).
      • 분양아파트 자치관리기구가 임대아파트 입주자로부터 관리비를 받는 경우에는, 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 사업자에 해당하지 아니하여 부가가치세가 과세되지 아니하한다(제도46015-12603, 2001.08.08).
      • 아파트 의결기구인 입주자 대표회의에서 아파트 내에 광고물을 부착하도록 하고 광고주로부터 대가를 받는 경우 등에 대해서는 부가가치세를 납부할 의무가 있는 것으로 이 경우 「부가가치세법」 제5조 규정에 의하여 사업자등록을 하여야 한다(부가가치세과-889, 2013.09.27).
      • 아파트 입주자 대표회의가 이동통신회사에게 그 아파트의 옥상에 통신 중계기를 설치하도록 하고 사용료를 받는 경우, 그 아파트 입주자 대표회의는 사업자등록을 하여야 하는 것이며, 세금계산서는 사업자등록이 된 사업자가 재화 또는 용역의 공급에 대하여 교부하여야 한다(부가가치세과-1651, 2011.12.29.).
      • 사업자가 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하고 그 대가를 받는 경우에는 부가가치세가 과세되는 것이나, 「부가가치세법 시행령」 제45조 제1호 규정에 따라 공익단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역에 해당하는 경우에는 면제되는 것이며, 이 경우 부가가치세 면제 여부는 공익단체 해당 여부, 고유의 사업목적 및 대가의 실비 여부 등에 따라 사실판단할 사항이다(부가가치세과-800, 2014.09.30).
      • 국립대학교가 사업상 스포츠센터를 설치하여 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(통계청 고시 제2000-1호)에 규정된 ‘종합 오락운동시설 운영업(88395)’을 영위하는 경우에는 「부가가치세법」 제12조 제1항 제18호*주)의 규정을 적용할 수 없다(부가가치세과-1488, 2010.11.12).
      *주) 재화 또는 용역의 공급에 대하여 부가가치세가 면제되는 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역
  • 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】제1항∼제3항
  • 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】제1항, 제2항
  • 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위
    「법인세법 시행령」 • 제48조【공동경비의 손금불산입】
    • 제49조 제3항
    업무무관자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용, 유지비, 수선비 및 이와 관련되는 비용
    • 제50조【업무와 관련이 없는 지출】
    • 수익사업을 영위하지 않는 비영리법인의 매입세액 공제(환급) 가능 여부
      • 부가가치세가 과세되지 아니하는 사업을 영위하는 자(면세사업자 등)가 재화 또는 용역을 공급받고 부담한 부가가치세액은 공제(환급)되지 아니한다(서삼46015-10839, 2002.05.21).
      • 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 개인 및 법인과 단체 등이 재화나 용역을 공급받으면서 거래징수 당한 부가가치세는 환급받을 수 없다(서면3팀-783, 2006.04.28).
      • 사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 그 공급을 받는 자가 비영리단체라 하더라도 부가가치세를 거래징수하여야 하며, 부가가치세가 과세되는 사업을 영위하지 아니하는 자가 재화 또는 용역을 공급받고 부담한 부가가치세액은 공제(환급)되지 아니한다(부가가치세과-307, 2011.03.28).
  • 법인세법 제21조【세금과 공과금의 손금불산입】
  • 법인세법 시행령 제22조【부가가치세 매입세액의 손금산입 등】제1항∼제2항
  • 당해 법인이 부담한 사실이 확인되는 매입세액으로서 손금산입이 가능한 경우
    「부가가치세법」 제36조 제1항부터 제3항까지의 규정에 의한 영수증을 교부받은 거래분에 포함된 매입세액으로서 매입세액 공제대상이 아닌 금액
    • 부동산 임차인이 부담한 전세금 및 임차보증금에 대한 매입세액
    • 매입세액 관련 손금산입 여부
      • 법인이 세금계산서를 교부받지 못함으로써 공제받지 못한 부가가치세 매입세액은 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액 계산상 이를 손금에 산입하지 아니하는 것이고, 당초 공제받지 못한 부가가치세 매입세액을 환급받을 경우 익금에 산입하지 아니한다(서면법인-1980, 2016.03.18).
      • 부가가치세의 매입세액은 구 「법인세법 시행령」 제24조의2 및 같은 법 시행규칙 제10조의2의 규정에 해당하는 경우를 제외하고는 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어 손금에 산입할 수 없다(법인46012-3339, 1996.12.03).
5. 검토결과 및 시사점
1) 검토결과
비영리내국법인은 「법인세법」 제3조 제3항에 따른 수익사업의 소득에 대하여 같은 법 제2조 제1항 및 제3조 제1항에 따라 각 사업연도 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있으므로, 수익사업의 경우 매출세액에서 공제되지 아니한 매입세액이더라도 「법인세법 시행령」 제22조 및 「법인세법 시행규칙」 제11조에서 규정한 매입세액에 해당하지 아니한 경우 「법인세법」에 따른 손금산입 대상에 해당하지 아니하며 비수익사업의 경우 부가가치세 매입세액은 같은 법 제21조 제1호에 따라 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.
2) 시사점
비영리법인이 부담한 부가가치세 매입세액의 경우 수익사업 및 비수익사업에 해당하는지 먼저 검토하여야 하며, 비수익사업의 경우 각 사업연도 소득에 대한 법인세 납부의무가 없어 부가가치세 신고납부시 매입세액을 공제받지 못한 경우라도 매입세액은 손금산입 대상이 아니며 수익사업의 경우 「법인세법 시행령」 제22조 및 「법인세법 시행규칙」 제11조에서 규정한 매입세액에 해당하는지 여부를 판단하여야 한다.