제목 공익법인의 상속세 및 증여세 신고시 유의사항
저자 신화섭 - 공인회계사, 신우회계법인 등록일 2017.02.01
목 차
  1. 1. 공익법인
  2. 2. 공익법인과 세법
  3. 3. 공익법인에 대한 사업연도중의 상속세 및 증여세법상 납세협력 의무
  4. 4. 공익법인에 대한 사업연도 종료시 「상속세 및 증여세법」상 납세협력 의무
  5. 5. 공익법인의 상속세 및 증여세법에 따른 결산시 제출서류
  6. 맺으며
현재 우리나라에서 활동하고 있는 공익법인은 아래 표에서 볼 수 있는 바와 같이 약 3만개에 달한다.

<표1> 2013년 사업목적별 공익법인 가동 법인 수 (단위 : 개)
구 분 종교보급 사회복지 교육사업 학술장학 예술문화 의료목적 기타
29,849 17,629 3,135 1,704 3,510 783 817 2,271
(출처 : 국세청)

대부분의 공익법인은 목적사업을 수행하는데 필요한 활동재원을 출연금으로 조달한다. 물론 수익사업을 통하여 재원을 조달하는 경우도 있지만 그 비중이 크지 않다. 세법은 공익법인이 수행하는 공익사업을 장려하기 위하여 출연받은 재산에 대해 상속세나 증여세의 부담을 부과하지 않고 있으나, 출연받은 재산을 일정한 절차에 따라 관리하고 공익목적에 사용하며 사업연도 종료시 사업활동에 대한 내용을 결산하여 보고하도록 하고, 이러한 제반 규정을 지키지 않았을 경우 가산세를 포함하여 상속세나 증여세를 부과하도록 규정하고 있다. 이와 관련된 세법 규정을 전반적으로 살펴보고자 한다.
1. 공익법인
공익법인이란 재단법인이나 사단법인으로서 사회 일반의 이익에 이바지하기 위하여 학자금ㆍ장학금 또는 연구비의 보조나 지급, 학술, 자선에 관한 사업을 목적으로 하는 비영리법인(「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」 제2조)을 말한다.
그런데 「상속세 및 증여세법」 제12조는 ‘종교ㆍ자선ㆍ학술 또는 그 밖의 공익을 목적으로 하는 사업을 하는 법인’을 공익법인이라고 규정하고 있으며 구체적인 범위는 동법 시행령과 시행규칙에서 불특정다수의 이익(공익)을 사업목적으로 하는 법인을 공익법인으로 규정하고 있는데 이는 「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」의 규정보다 공익법인의 범위를 넓힌1) 것으로 세제지원제도의 혜택 범위를 확대하여 민간부문에서 이루어지는 공익사업을 장려하기 위한 것이다.
그러나 외형은 공익법인이지만 실질 내용은 출연자 등에 의해 영리법인과 다를 바 없이 운영되는 등의 같은 폐해도 발생한다. 세법은 이러한 폐해를 막기 위한 여러가지 규정을 두고 있다.
1) 국세청, 2016 공익법인 세무안내, 29쪽
2. 공익법인과 세법
대표적으로 공익법인을 지원하거나 규제하는 규정을 두고 있는 세법은 「법인세법」과 「상속세 및 증여세법」이다. 「법인세법」은 수익사업에서 발생한 소득에 대해서만 과세(「법인세법」 제3조 제3항)하거나, 고유목적 사업준비금을 손금으로 인정(「법인세법」 제29조)하는 등의 제도를 두고 있으며, 「상속세 및 증여세법」은 상속세 과세가액불산입(「상속세 및 증여세법」 제16조)나 증여세 과세가액불산입(「상속세 및 증여세법」 제48조) 제도를 두고 있다. 위 제도는 공익법인의 수입이나 소득형태에 따라 각각 적용된다.

공익법인의 수입이나 소득은 다음과 같이 3가지 형태로 구분할 수 있다.
① 보조금
② 출연재산
③ 운용소득

「보조금 관리에 관한 법률」 제2조는 보조금이란 국가 외의 자가 수행하는 사무 또는 사업에 대하여 국가가 이를 조성하거나 재정상의 원조를 하기 위하여 교부하는 보조금, 부담금, 그 밖에 상당한 반대급부를 받지 아니하고 교부하는 급부금으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다고 정의하고 있으며 보조금의 교부, 반환 및 제재 등을 규정하고 있다. 그에 따라 보조금은 출연금이나 출연받은 재산에 포함되지 않는다(상속증여세과-177. 2013.6.4.).

출연재산은 대가관계 없이 무상으로 얻은 재산을 말하는데 민법상 증여받은 재산을 말한다.

운용소득은 출연재산을 운용하여 발생한 수입이나 소득을 말하는데 「법인세법」 제3조 제3항의 수익사업에서 생긴 소득과 기타의 운용소득2)으로 구분3)할 수 있다. 따라서 운용소득은 다시 2가지로 구분된다. 이렇게 구분되는 수입이나 소득형태에 대해 어떻게 세법이 적용되는지를 구분하면 다음과 같다.

<표2> 수입형태별 적용세법
구분 적용 세법
보조금 -
출연재산 상속세 및 증여세법
운용소득 - 수익사업 및 토지 등 양도소득 법인세법
운용소득 - 기타 상속세 및 증여세법
위 표에서 볼 수 있는 바와 같이 운용소득이 수익사업에서 발생한 것인가 아니면 기타 운용소득인가에 따라서 적용되는 세법이 달라지기 때문에 발생한 소득이 어느 것에 해당하는지를 구분하는 것이 매우 중요하다.

공익법인은 민간부문에서 이루어지는 공익사업을 수행하고 있기 때문에 여러가지 세제혜택을 받고 있다. 그런데 공익법인에 대한 정책적 배려에도 불구하고 공익법인 제도를 악용하는 폐해가 발생할 수 있기 때문에 상속세 및 증여세법은 공익법인이 출연받은 재산과 관련하여 당해 재산을 사용할 때 준수하여야 하는 의무와 기타 납세관련 협력의무를 부과하고 있다4). 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등에 사용할 의무, 출연받은 재산의 매각대금을 공익목적사업 등에 사용할 의무, 출연받은 재산의 운용소득을 직접 공익목적 등에 사용할 의무(「상속세 및 증여세법」 제48조) 등이 출연받은 재산의 사용에 대한 준수의무이며, 출연받은 재산 등에 대한 보고서 제출의무(동법 제48조), 외부전문가의 세무확인결과 제출의무(동법 제50조) 등이 납세관련 협력의무이다. 이하 납세관련 협력의무를 사업연도중의 협력의무와 사업연도 종료시 협력의무로 나누어 살펴본다.
2) 수익사업 이외의 사업에서 발생한 소득을 말한다. 수익사업이 있는 경우 구분 경리하여야 하는데 결국 출연금과 보조금을 제외한 나머지의 목적사업에서 발생한 소득을 의미한다.
3) 국세청, 2016 공익법인 세무안내, 126쪽. ‘출연재산과 관련이 없는 수익사업에서 발생한 소득금액은 운용소득에서 제외한다’고 되어 있는데 출연재산과 관련이 없는 운용소득이 있을 수 있는지 의문이다. 왜냐하면 수익사업의 재산은 최초에 공익법인이 고유목적사업재산을 수익사업으로 전출한 재산과 그 재산을 운용하여 증식된 재산으로 구성되기 때문이다.
4) 신화섭ㆍ백은령, 비영리법인 회계와 세무실무, 양서원, 2015, 334쪽
3. 공익법인에 대한 사업연도중의 상속세 및 증여세법상 납세협력 의무
1) 장부의 작성ㆍ비치 의무
공익법인은 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도별로 출연받은 재산 및 공익사업 운용 내용 등에 대한 장부를 작성하여야 하며 장부와 관계있는 중요한 증명서류를 갖춰 두어야 한다. 해당 장부와 중요한 증명서류는 해당 공익법인의 법인세 사업연도의 종료일부터 10년간 보존하여야 한다(「상속세 및 증여세법」 제51조). 또한 장부는 출연받은 재산의 보유 및 운용상태와 수익사업의 수입 및 지출내용의 변동을 빠짐없이 이중으로 기록하여 계산하는 부기 형식의 장부이어야 하며, 동항의 규정에 의한 중요한 증빙서류에는 수혜자에 대한 지급명세가 포함되어야 한다(동법 시행령 제44조).

수익사업을 운영하는 공익법인은 법인세법의 규정에 따라 구분경리를 하여야 하며 수익사업에 대해 복식회계를 적용하여 장부를 작성하여야 한다. 그런데 위 규정을 보면 수익사업이 없는 공익법인도 복식회계에 의해 장부를 작성하여야 하는 것으로 보인다. 다만 ① 이중으로 대차평균하게 기표된 전표와 이에 대한 증빙서류가 완비되어 제1항의 재산의 보유 및 운용상태와 수입 및 지출내용의 변동을 빠짐없이 기록한 경우와 ② 당해 수입과 지출에 대한 계산서(「부가가치세법」에 의한 세금계산서를 포함한다)와 영수증 등에 의하여 재산의 보유 및 운용상태와 수입 및 지출내용의 변동을 빠짐없이 보관하고 있는 경우에는 장부를 작성ㆍ비치한 것으로 보고 있다.

공익법인이 장부의 작성ㆍ비치 의무를 이행하지 않았을 경우 다음 산식에 의하여 계산된 가산세를 납부하여야 한다(「상속세 및 증여세법」 제78조 제5항).
(해당사업연도 수입금액과 출연재산가액의 합계) × 0.07%
다만 ① 사업연도 종료일 현재 대차대조표상 총자산가액이 5억원 미만이면서 당해 사업연도의 수입금액과 출연받은 재산가액의 합계액이 3억원 미만인 공익법인 ② 불특정다수인으로부터 재산을 출여받은 공익법인 ③ 국가지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인으로서 감사원의 회계검사를 받는 공익법인은 가산세 납부의무가 없다. 이때 총재산가액은 당해 공익법인 등의 고유목적사업과 수익사업 등에 사용된 모든 자산의 가액을 말하며(재산세과-60, 2013.2.25.), 총자산가액을 계산할 때 부동산은 「상속세 및 증여세법」 제60조, 제61조 및 제66조에 따라 평가한 금액과 대차대조표상 가액 중 큰 금액으로 평가하여 계산하여야 한다.
2) 전용계좌 개설ㆍ사용 의무
공익법인은 해당 공익법인의 직접 공익목적사업과 관련하여 받거나 지급하는 수입과 지출의 경우로서 법률에 규정된 경우에는 대통령령으로 정하는 직접 공익목적사업용 전용계좌를 최초로 공익법인에 해당하게 된 날부터 3개월 이내에 개설하여 해당 공익법인의 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다(「상속세 및 증여세법」 제50조의2). 전용계좌는 금융회사 등에 개설한 계좌로서 공익법인의 공익목적사업 외의 용도로 사용되지 않는 것으로 공익법인별로 둘 이상 개설할 수 있다(동법 시행령 제43조의2).

전용계좌의 개설ㆍ사용 의무를 위반하였을 때 다음의 가산세를 납부하여야 한다(「상속세 및 증여세법」 제78조 제10항).
  • 1. 전용계좌 사용의무 대상거래에 해당하는 경우로서 전용계좌를 사용하지 아니한 경우 : 전용계좌를 사용하지 아니한 금액의 1천분의 5
  • 2. 전용계좌의 개설ㆍ신고를 하지 아니한 경우 : MAX[①, ②]
    ① 개설ㆍ신고하지 아니한 각 과세기간 또는 사업연도의 직접 공익목적사업과 관련한 수입금액 총액의 1천분의 5
    ② 전용계좌 사용의무 대상거래금액을 합친 금액의 1천분의 5
공익법인은 상속세 및 증여세 과세가액 불산입 재산의 출연여부와 관계없이 전용계좌 개설ㆍ사용 의무 규정이 적용되며(재산세과-309, 2011.6.27.), 학교법인의 등록금을 받을 목적으로 사용하는 계좌는 전용계좌 개설ㆍ사용 의무대상이 아니다(재산세과-3956, 2008.11.25.). 국가나 지방자치단체로부터 출연받은 재산은 보조금으로서 상속세 및 증여세법에 규정된 전용계좌를 사용하여야 하는 것이 아니라(재산-2789, 2008.9.11.) 보조금관리에 관한법률의 규정에 따라 처리하여야 한다.
4. 공익법인에 대한 사업연도 종료시 「상속세 및 증여세법」상 납세협력 의무
1) 출연재산 등에 대한 보고서 제출의무(제48조 제5항)
과세가액불산입 규정에 따라 공익법인이 재산을 출연받은 경우에는 ① 결산에 관한 서류 ② 그 출연받은 재산의 사용계획 및 진도에 관한 보고서를 사업연도 종료일부터 3개월 이내에 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 하는데 그 내용은 다음과 같다(동법시행령 제41조).

① 결산에 관한 서류
  • 대차대조표 및 손익계산서(손익계산서에 준하는 수지계산서 등을 포함) 결산에 관한 서류는 법령에 따라 공익법인이 주무관청에 제출하는 것에 한하므로 결산서류를 주무관청에 제출하는 제도가 없는 경우에는 동 서류를 관할 세무서장에게 제출할 필요가 없다. 공익법인이 수익사업을 영위할 경우 구분경리(「법인세법」 제113조)를 하여야 하므로 제출하는 결산서류는 구분경리된 것이어야 하며, 법인세 신고시 수익사업부문의 결산서류를 제출하였더라도 고유목적사업부문과 총계부문의 결산서류를 추가로 제출하여야 한다5).
② 출연받은 재산 등에 관한 보고서
  • 출연받은 재산의 명세
  • 출연재산(출연재산의 운용소득을 포함한다)의 사용계획 및 진도현황
  • 법 제48조 제2항 제4호 및 같은 항 제5호(제38조 제7항에 해당하는 경우에 한정한다)에 해당하는 경우에는 매각재산 및 그 사용 명세
  • 운용소득의 직접 공익목적사업 사용명세
  • 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 필요한 서류

공익법인의 출연재산 등에 대한 보고서는 시행규칙에 규정된 별지서식에 따라 작성하여 제출하여야 한다. 구체적인 서식에 대해서 후술한다.공익법인이 출연재산 등에 대한 보고서를 제출하지 아니하였거나 제출된 보고서의 내용이 출연재산ㆍ운용소득 및 매각재산 등의 명세를 누락하거나 잘못 기재하여 사실을 확인할 수 없는 경우에는 그 미제출분 또는 불분명한 부분의 금액에 상당하는 상속세액 또는 증여세액의 100분의 1에 상당하는 금액의 가산세를 징수한다.
5) 국세청, 2016 공익법인 세무안내, 88쪽.
2) 외부전문가의 세무확인 받을 의무와 확인결과 제출의무(제50조)
공익법인은 과세기간별 또는 사업연도별로 출연받은 재산의 공익목적사업 사용 여부 등에 대하여 2명 이상의 변호사, 공인회계사 또는 세무사를 선임하여 세무확인(이하 “외부전문가의 세무확인”이라 한다)을 받아야 한다. 다만, 동법 제3항에 따른 회계감사를 받는 공익법인과 사업 운영의 특성 및 출연재산 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 공익법인은 그러하지 아니하다. 또한 외부전문가의 세무확인을 받은 공익법인은 그 결과를 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 보고하여야 한다. 이 경우 관할세무서장은 공익법인의 출연재산의 공익목적사업 사용 여부 등에 관련된 외부전문가의 세무확인 결과를 일반인이 열람할 수 있게 하여야 한다.

① 세무확인 대상 공익법인 사업연도 종료일 현재 대차대조표상 총자산가액이 5억원 이상이거나 해당 사업연도 수입금액과 출연받은 재산가액의 합계액이 3억원 이상인 공익법인(총자산가액 판정시 부동산은 상증법상의 평가액과 대차대조표상의 평가액 중 큰 금액으로 평가)이 대상이다. 이때 총자산가액은 고유목적사업부문과 수익사업부문의 자산을 합계한 것을 말한다(재산세과-60, 2013.2.25.).

② 세무확인 대상에서 제외되는 공익법인
  • 회계감사를 받은 공익법인
  • 자산과 수입금액이 기준에 미달하는 공익법인
  • 불특정다수인으로부터 재산을 출연받은 공익법인
  • 국가ㆍ지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인으로서 감사원의 회계검사를 받는 공익법인으로서 회계검사를 받은 당해연도

세무확인을 하는 규정의 취지에 비추어 국가나 지방자치단체로부터 출연받은 재산 외에 일반개인 등으로부터 출연받은 재산이 없어 사후관리대상 출연재산이 없는 공익법인은 세무확인 대상에서 제외된다(재삼 46014-174, 1999.1.25.).그런데 「상속세 및 증여세법」이 개정되면서 2017년부터 외부감사인에 의한 회계감사를 받은 공익법인은 외부전문가의 세무확인을 받지 않아도 된다는 단서규정이 삭제되었다. 따라서 외부회계감사를 받아야 하는 공익법인도 외부전문가의 세무확인을 받아야 되는 것으로 해석된다. 개정되는 시행령에 이런 문제에 대한 보완 규정이 없다면, 일정한 공익법인은 추가적인 부담을 갖게 되었다.

③ 보고요령 세무확인을 받은 공익법인은 기획재정부령이 정하는 보고서에 의하여 과세기간 또는 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 관할하는 세무서장에게 세무확인 결과를 보고하여야 한다.

④ 세무확인 외부전문가 세무확인 대상의 공익법인으로부터 독립적으로 세무확인업무를 수행할 수 있어야 하기 때문에 세법은 세무확인업무를 할 수 있는 외부전문가의 자격을 제한하여 규정하고 있다(시행령 제43조).

⑤ 세무확인사항
  • 출연받은 재산의 공익목적 사용여부
  • 법 제48조 및 시행령 제37조 및 제39조에 따른 의무사항 이행여부
  • 그 밖에 공익목적사업운영 등에 관하여 기획재정부령이 정하는 것

공익법인이 외부전문가의 세무확인을 받을 의무등을 이행하지 아니할 경우 다음 산식에 의하여 계산한 금액의 가산세를 납부하여야 한다.
MAX{(해당사업연도 수입금액과 출연재산가액의 합계) × 0.07%, 100만원}
3) 외부감사인에 의한 회계감사 받을 의무(제50조)
익법인은 과세기간별 또는 사업연도별로 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제3조에 따른 감사인에게 회계감사를 받아야 한다. 다만 ① 회계감사를 받아야 하는 과세기간 또는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 대차대조표상 총자산가액의 합계액이 100억원 미만인 공익법인, ② 동법 시행령 제12조 제1호 종교사업, 제2호 교육사업을 영위하는 공익법인은 회계감사를 받을 의무를 부담하지 않는다.

회계감사를 받은 공익법인은 감사인이 작성한 감사보고서를 해당 공익법인의 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 3개월 이내에 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 관할 세무서장은 제출받은 감사보고서를 일반인이 열람할 수 있도록 하여야 한다.

외부감사인에 의한 회계감사를 받은 공익법인은 외부전문가의 세무확인 받을 의무와 확인결과를 제출할 의무를 부담하지 않는다(제50조 단서). 그러나 앞에서 설명한 것과 같이 개정된 법에 이 단서조항이 삭제되었다.

회계감사를 받을 의무가 없는 학교법인이 자진하여 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제3조에 따른 감사인에게 회계감사를 받은 경우에도 외부전문가의 세무확인을 받을 의무가 면제된다(재산-2790, 2008.9.11.).

회계감사를 받아야 하는 공익법인이 동 의무를 이행하지 않은 경우 가산세를 부과하는 조항은 없다.

그런데 「상속세 및 증여세법」이 개정되어 2017년부터 외부감사인에 의한 회계감사를 받을 의무가 있는 공익법인이 회계감사를 받지 않을 경우 외부전문가의 세무확인을 받지 않았을 경우와 같은 가산세를 부담한다.
4) 결산서류 등의 공시의무(제50조의3)
총자산가액이 5억원 이상이거나 해당 사업연도 수입금액과 출연받은 재산가액의 합계액이 3억원 이상인 공익법인은 결산서류 등을 해당 공익법인의 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 국세청의 인터넷 홈페이지에 게재하는 방법으로 공시하여야 한다. 다만 종교법인은 공시의무 공익법인에서 제외된다. 공시의무가 없는 공익법인도 자율적으로 결산서류 등을 공시할 수 있다6).

공시대상 결산서류는 다음과 같으며 시행규칙의 서식에 따라 작성하여야 한다.
  • 기부금품의 모집 및 지출명세서
  • 주식 등의 출연ㆍ취득ㆍ보유 및 처분 명세서
  • 출연자 및 이사 등 주요 구성원 현황 명세서
  • 출연받은 재산의 공익목적사용 현황
  • 대차대조표, 손익계산서(손익계산서에 준하는 수지계산서 등을 포함)
  • 외부회계감사 대상 공익법인의 경우 감사보고서


국세청장은 공익법인이 결산서류 등을 공시하지 아니하거나 그 공시 내용에 오류가 있는 경우에는 해당 공익법인에 대하여 1개월 이내의 기간을 정하여 공시하도록 하거나 오류를 시정하도록 문서로서 요구할 수 있다. 요구를 이행하지 아니하는 공익법인에 대하여는 법에 따라 가산세를 부과하고 해당 공익법인의 주무부장관에게 관련 사실을 통보하여야 한다.

세무서장등은 공익법인이 제50조의3에 따른 결산서류 등을 공시하지 아니하거나 공시 내용에 오류가 있는 경우로서 국세청장의 공시 또는 시정 요구를 지정된 기한까지 이행하지 아니하는 경우에는 공시하여야 할 과세기간 또는 사업연도의 종료일 현재 그 공익법인의 자산총액의 1천분의 5에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 공익법인이 납부할 세액에 가산하여 부과한다.
5) 기부금영수증 작성ㆍ보관ㆍ제출 의무(「법인세법」 제112조의2)
기부금영수증을 발급하는 공익법인은 대통령령으로 정하는 기부자별 발급명세를 작성하여 발급한 날부터 5년간 보관하여야 하며, 보관하고 있는 기부자별 발급명세를 국세청장, 지방국세청장 또는 납세지 관할 세무서장이 요청하는 경우 이를 제출하여야 한다. 또한 해당 사업연도의 기부금영수증 총 발급 건수 및 금액 등이 적힌 기획재정부령으로 정하는 기부금영수증 발급명세서를 해당 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 6개월 이내에 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

기부금영수증은 기부하는 자가 기부금 세액공제, 기부금 필요경비산입 또는 기부금 손금용인을 받는데 필요한 서류7)로서 다음의 내용을 모두 포함하여야 한다.

  • 기부자의 성명, 주민등록번호 및 주소(기부자가 법인인 경우에는 상호, 사업자등록번호와 본점 등의 소재지)
  • 기부금액
  • 기부금 기부일자
  • 기부금영수증 발급일자
  • 그 밖에 기획재정부령이 정하는 사항

기부금영수증을 발급하는 법인이 기부금영수증을 사실과 다르게 적어 발급(기부금액 또는 기부자의 인적사항 등 주요사항을 적지 아니하고 발급하는 경우를 포함)하거나 기부자별 발급명세를 작성ㆍ보관하지 아니한 경우에는 다음의 금액을 산출세액 또는 결정세액에 가산하여 징수한다. 이 경우 산출세액 또는 결정세액이 없는 경우에도 가산세를 징수하며, 「상속세 및 증여세법」 제78조 제3항에 따라 보고서 제출의무를 이행하지 아니하거나 같은 조 제5항에 따라 출연받은 재산에 대한 장부의 작성ㆍ비치 의무를 이행하지 아니하여 가산세가 부과되는 경우 기부자별 발급명세를 작성ㆍ보관하지 않은 경우의 가산세는 적용하지 않는다.

  • 기부금영수증의 경우
    가. 기부금액을 사실과 다르게 적어 발급한 경우 : 사실과 다르게 발급된 금액[영수증에 실제 적힌 금액(영수증에 금액이 적혀 있지 아니한 경우에는 기부금영수증을 발급받은 자가 기부금을 손금 또는 필요경비에 산입하거나 기부금세액공제를 신청한 해당 금액으로 한다)과 건별로 발급하여야 할 금액과의 차액을 말한다]의 100분의 2에 해당하는 금액
    나. 기부자의 인적 사항 등을 사실과 다르게 적어 발급하는 등 가목 외의 경우 : 영수증에 적힌 금액의 100분의 2에 해당하는 금액
  • 기부자별 발급명세의 경우 : 작성ㆍ보관하지 아니한 금액의 1천분의 2
7) 국세청, 2016 공익법인 세무안내, 105쪽.
6) 계산서합계표등 자료제출 의무
① 세금계산서 합계표 제출 세금계산서를 발급받은 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합, 그 밖에 대통령령으로 정하는 자는 매입처별 세금계산서합계표를 해당 과세기간이 끝난 후 25일 이내에 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 하는데, 공익법인도 이 규정의 적용을 받는다. 또한 부가가치세가 면제되는 사업을 하는 공익법인은 재화나 용역을 공급받고 세금계산서를 발급받은 경우에는 매년 2월 10일까지 매입처별 세금계산서합계표를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다(「법인세법」 제120조의3).
이러한 의무를 이행하지 않은 경우 가산세를 부담하게 되지만, 국가 및 지방자치단체, 비영리법인(제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업과 관련된 부분은 제외한다)은 가산세를 부과하지 않는다(「법인세법」 제76조 제9항).

② 계산서 합계표 제출 공익법인이 재화나 용역을 공급하면 계산서나 영수증을 작성하여 공급받는 자에게 발급하여야 한다. 이렇게 발급하였거나 발급받은 계산서의 매출ㆍ매입처별합계표(이하 “매출ㆍ매입처별 계산서합계표”라 한다)를 매년 2월 10일까지 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 이러한 의무를 이행하지 않은 경우 가산세를 부담하게 되지만, 국가 및 지방자치단체, 비영리법인(제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업과 관련된 부분은 제외한다)은 가산세를 부과하지 않는다(「법인세법」 제76조 제9항).
5. 공익법인의 상속세 및 증여세법에 따른 결산시 제출서류
공익법인은 지금까지 살펴본 내용을 법정 서식을 작성하여 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 각각의 경우 작성하여야 하는 법정 서식을 정리하면 다음과 같다.

① 출연재산보고에 대한 서류목록 출연받은 재산이 있는 모든 공익법인은 다음의 서류를 작성해서 제출하여야 한다. 이때 관련 법령에 따라 주무관청에 제출하는 결산서류가 있는 경우 대차대조표 및 손익계산서(손익계산서에 준하는 수지계산서 등을 포함) 등의 서류를 함께 제출하여야 한다.

  • 공익법인 출연재산 등에 대한 보고서
  • 출연재산ㆍ운용소득ㆍ매각대금의 사용계획 및 진도 내역서
  • 출연받은 재산의 사용명세서
  • 출연재산 매각대금 사용명세서
  • 운용소득의 사용명세서
  • 주식(출자지분)보유명세서
  • 이사 등 선임명세서
  • 특정기업광고 등 명세서

② 외부전문가 세무확인 서류목록 공익법인 중 총자산가액 5억원 이상이거나 해당 사업연도의 수입금액과 출연받은 재산가액의 합계액이 3억원 이상인 공익법인은 외부전문가의 세무확인을 받아야 하는데 이와 관련된 서류목록은 다음과 같다.

  • 공익법인 등의 세무확인서
  • 공익법인 등의 세무확인 결과집계표
  • 출연자 등 특수관계인 사용수익명세서
  • 수혜자선정 부적정명세서
  • 재산의 운용 및 수익사업내역 부적정명세서
  • 장부의 작성ㆍ비치 의무 불이행 등 명세서
  • 보유부동산 명세서

③ 회계감사보고서 외부전문가의 세무확인을 받아야 하는 공익법인 중에서 총자산가액이 100억원 이상인 공익법인은 외부감사인에게 회계감사를 받아 회계감사보고서를 제출하여야 한다. 이때 외부전문가의 세무확인을 받을 의무가 면제되지만, 상속세 및 증여세법이 개정되어 해당 단서조항이 삭제되었다.
맺으며
지금까지 공익법인의 납세협력의무에 대해 살펴보았다. 공익법인이 출연받은 재산을 공익목적에 사용하여야 하는 본래적 의미의 의무가 가장 중요하다. 그런데 출연받은 재산에 대해 세부담을 면제하여 주는 세법의 입장에서 세부담을 면제한 취지에 따라 공익법인이 출연받은 재산을 관리하고 사용하였는지를 확인하는 것도 중요하다. 그런 목적에 따라 세법이 공익법인에게 요구하는 것이 납세협력의무이다. 따라서 공익법인은 세법의 규정을 잘 살펴서 납세협력의무를 제대로 이행할 수 있도록 하여야 할 것이다.