제목 비영리법인의 고유목적사업준비금 손금산입
저자 국세청 등록일 2017.03.08
:::: 세무 ::::
고유목적사업준비금의 손금산입
비영리내국법인이 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금을 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우 일정범위 안에서 소득금액 계산상 손금에 산입할 수 있습니다.

* 법인으로 보는 단체의 경우 지정기부금단체(「법인세법 시행령」제36조①1호), 법령에 의하여 설치된 기금, 공동주택의 입주자대표회의 또는 자치관리기구만 해당합니다.
고유목적사업준비금 설정대상 법인
비영리내국법인은 고유목적사업준비금을 설정할 수 있으나
- 법인으로 보는 단체인 경우에는 지정기부금단체(법인세법§36①1호), 법령에 의하여 설치된 기금, 공동주택의 입주자대표회의 또는 자치관리기구만 해당됩니다.
구분 고유목적사업준비금 고유목적사업비지출액의 회계처리
1. 법인격이 있는 민법상 비영리법인 등 설정가능 고유목적사업준비금의 사용액으로 처리
2. 법인으로 보는 단체 (1) 지정기부금대상단체, 법령상 설치된 기금
(2) 기타단체 설정대상 제외 지정기부금으로 처리
당기순이익과세를 적용받는 조합법인과 청산중에 있는 비영리법인은 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 없습니다.(법인세법통칙29-56…1)

비영리내국법인의 수익사업에서 발생한 소득에 대해 「법인세법」또는「조세특례제한법」에 따라 감면 등을 적용받는 경우*에는 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 없습니다.(「법인세법 시행령」제56조⑧)

- 다만, 고유목적사업준비금만을 적용받는 것으로 수정신고하는 경우에는 가능합니다.

* 비과세.면제, 준비금의 손금산입, 소득공제 또는 세액감면(세액공제는 제외)
고유목적사업준비금 손금산입한도
비영리법인은 수익사업소득의 50%~100%범위내에서 고유목적사업준비금으로 손금 계상할 수 있습니다.
* 기타수익사업소득에서 결손금이 발생한 경우에는 이자소득과 배당소득 등 금액에서 그 결손금을 차감한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입함(법법§29①, 2016.1.1.이후 개시 사업연도부터)
전액(100%) 손금산입
이자소득금액(비영업대금이익 제외, 비영업대금은 50% 준비금 설정 가능)은 전액(100%) 손금 산입 할 수 있습니다.
o 금융보험업을 영위하는 비영리내국법인이 금융보험업을 영위하는 법인에 일시적으로 자금을 예치함에 따라 발생하는 이자소득도 전액 손금 산입합니다.
o 연금 및 공제업 중 특별법에 의하거나 정부로부터 인․허가를 받아 설립된 단체가 기금조성 및 급여사업을 영위하면서 자금을 운용함에 따라 발생하는 이자소득도 전액 손금 산입합니다.
o 주택금융신용보증기금이 보증료의 수입을 운용함에 따라 발생하는 이자소득금액도 전액 손금 산입합니다.
배당소득금액은 전액(100%) 손금 산입하되,
「상속세 및 증여세법」제16조 및 제48조에 의해 상속․증여세가 과세되는 주식 등으로부터 발생한 배당소득금액은 제외합니다.
특별법에 의하여 설립된 비영리법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 회원 및 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자소득은 전액(100%) 손금 산입할 수 있습니다.

조세특례제한법 특례규정에 따라 아래 법인의 수익사업 소득금액은 전액(100%) 손금 산입할 수 있습니다.(「조세특례제한법」제74조①)

사립학교법인, 산학협력단, 평생교육법에 의한 원격대학을 운영하는 비영리법인, 서울대학교 및 발전기금, 인천대학교 및 발전기금, 사회복지법인, 국립대학병원, 서울대학교병원, 서울대학교치과병원, 국립암센타, 지방의료원, 대한적십자병원, 국립대학치과병원, 국립중앙의료원, 해당 법률에 의하여 등록한 도서관․박물관․미술관을 운영하는 법인, 지방문화원, 예술의전당, 국제행사 조직위원회(2014인천아시아경기대회, 2014인천장애인아시아경기대회, 2013충주세계조정선수권대회, 2015광주하계유니버시아드대회, 2018 평창 동계올림픽대회 및 장애인동계올림픽대회, 포뮬러원국제자동차경주대회), 2015경북문경세계군인체육대회,「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 해당 과세연도의 고유목적사업이나 지정기부금에 대한 지출액 중 100분의 80 이상의 금액을 장학금으로 지출한 법인, 공무원연금공단, 사립학교교직원연금공단
* 기획재정부 고시 제2001-11호(국립발레단, 국립오페라단, 국립합창단, 정동극장, 서울예술단, 코리안심포니오케스트라)
80%손금산입
「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 의하여 설립된 법인으로서 고유목적사업 등에 대한 지출액 중 50%이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인은 수익사업에서 발생한 소득의 80%를 준비금으로 손금 산입할 수 있습니다.

수도권 과밀억제권역 및 광역시를 제외하고 인구 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역에 「의료법」 제3조제2항제1호 또는 제3호의 의료기관을 개설하여 의료업을 영위하는 비영리내국법인은 수익사업에서 발생한 소득의 80%를 준비금으로 손금 산입할 수 있습니다.(「조세특례제한법」제74조④)
50%손금산입
상기 외 기타 수익사업에서 발생한 소득은 그 소득의 50%를 준비금으로 손금 산입할 수 있습니다.

ㅁ 기타의 수익사업 소득금액
=당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금, 법정기부금 및 특례기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액)
(-) 소득세법상 이자소득(비영업대금의 이익 제외)
(-) 배당소득금액
(-) 특별법인의 융자금 이자금액
(-) 이월결손금
(-) 법정기부금, 특례기부금
고유목적사업준비금의 사용
고유목적사업준비금은 원칙적으로 결산서에 비용으로 계상한 경우에 한하여 손금에 산입되는 것이나(법인세법§29①)
- 외부회계감사를 받는 비영리내국법인의 경우에는 신고조정에 의하여 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 있습니다.(법인세법§61①)

* 신고조정 : 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액상당액이 해당 사업연도의 이익처분에 있어서 그 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 그 금액을 손금으로 계상한 것으로 봄

경정청구에 의한 추가설정 가능 여부

고유목적사업준비금은 결산상 손금에 계상한 경우에 손금산입하는 것으로 결산시 동 준비금을 손금용인한도액에 미달하게 계상한 경우에는 그 후 국세기본법 제45조의 2의 규정에 의한 경정청구에 의해 과소계상한 준비금상당액을 손금에 산입할 수 없는 것임 (법인46012-46, 1998.01.08)
손금산입 한도초과액의 처리
각 사업연도의 소득금액 계산시 손금불산입하고 그 이후의 사업연도에 있어서 이를 손금으로 추인하지 않습니다. 다만, 동 금액을 환입하여 수익으로 계상한 경우에는 이를 이월익금으로 보아 익금에 산입하지 않습니다.(법인세법기본통칙 29-56…3)
고유목적사업준비금의 사용
고유목적사업준비금은 당해 준비금을 손금산입한 날이 속하는 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 또는 지정기부금의 지출에 사용하여야 합니다.

고유목적사업이란 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 법인세법시행령 제2조 제1항의 수익사업 외의 사업을 말합니다.(법인세법시행령§56 ⑤)

고유목적사업에의 지출은 수익사업에서 발생한 소득으로 당해 비영리법인의 고유목적사업수행을 위하여 실제로 지출(연구비.장학금 등 지급)하는 것을 말합니다.

- 수익사업에서 발생한 소득을 단순히 고유목적사업회계로 전출하는 금액은 고유목적사업을 위하여 지출한 금액으로 보지 아니하나,

- 조세특례제한법 제74조 제1항 제1호의 규정을 적용받는 사립학교법인 등은 일반 비영리법인과 달리 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계로 전입한 경우에도 이를 비영리사업에 지출한 것으로 봅니다.(「법인세법 시행규칙」제74조의76④)
고유목적사업준비금의 사용범위
① 고유목적사업에 직접 소요되는 고정자산 취득비용 및 인건비 등 필요경비
② 기금 또는 준비금에의 적립
➥특별법에 의해 설립된 건강보험․연금관리․공제사업 등을 영위하는 법인에 한함
③ 사립학교법에 의한 학교법인 등이 수익사업에 속하는 자산을 비영리 사업회계에 전출한 금액도 고유목적사업에 사용한 것으로 인정
④ 의료법인이 의료기기 등 고정자산을 취득하기 위해 지출하는 금액과 기획재정부령으로 정하는 연구개발사업을 위하여 지출하는 금액
ⅰ) 병원 건물 및 부속토지
ⅱ) 의료기기법에 따른 의료기기
ⅲ) 보건의료기본법에 따른 보건의료정보의 관리를 위한 정보시스템 설비
  cf) ⅱ)와 ⅲ)의 내용은 2007.3.30. 이후 최초로 지출하는 분부터 적용
☞ 이 규정을 적용 받고자 하는 의료법인은 손금으로 계상한 고유목적 사업준비금 상당액을 의료발전회계로 구분경리 하여야 함
 - 의료발전회계란 고유목적사업준비금의 적립 및 지출에 관하여 다른 회계와 구분하여 독립적으로 경리하는 회계를 말함
⑤ 농업협동중앙회가 회원에게 무상 대여하는 금액
⑥농협중앙회,수협중앙회등이 상호금융예금자보호기금 등에 출연하는 금액
⑦ 지정기부금의 지출
준비금의 환입(익금산입)
손금산입한 고유목적사업준비금 잔액은 아래 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 익금에 산입합니다.

① 해산한 때 (「법인세법」제29조③에 따라 고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외)
② 고유목적사업을 전부 폐지한 때
③ 법인으로 보는 단체가 국세기본법 제13조 제3항의 규정에 의하여 승인 취소되거나 거주자로 변경된 때
④ 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 때(5년 내 사용하지 아니한 잔액에 한함)
⑤ 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 고유목적사업준비금의 잔액 중 일부를 환입하여 익금으로 계상한 경우(익금으로 계상한 잔액으로 한정하며, 여러 사업연도에 손금으로 계상한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 경우에는 먼저 계상한 사업연도의 잔액부터 차례로 환입하여 익금으로 계상한 것으로 본다)

* 다만 2011.1.1. 이후 최초로 해산하는 비영리법인이 사업에 관한 모든 권리와 의무를 다른 비영리법인에게 포괄적으로 양도하고 해산하는 경우 준비금 잔액을 승계할 수 있음(「법인세법」제29조 제3항)
이자상당액의 납부  
고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리법인이 5년 내에 고유목적사업 등에 사용하지 아니하거나 5년이 되기 전에 당해 준비금을 환입하는 경우(상기 “준비금 환입”의 ④,⑤) 이자상당액을 당해 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 합니다.
 
이자상당액 = 법인세액의 차액 × 기간(일수) × 3/10,000  

o 법인세액의 차액 : 당해 고유목적사업준비금의 잔액을 손금에 산입한 사업연도에 그 잔액을 손금에 산입함에 따라 발생한 법인세액의 차액

o 기간(일수) : 손금에 산입한 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 익금에 산입한 사업연도의 종료일까지의 기간
신고시 제출할 서류  
ㅁ 고유목적사업준비금 조정명세서[별지 제27호(갑), (을)]

<이자상당액 납부시>
○ 공제감면세액 및 추가납부세액합계표[별지 제8호(을)]
  ➥ 4. 추가납부세액란 작성
○ 추가납부세액계산서(6)[별지 제8호 부표6]