제목 비영리법인에 대한 과세특례
저자 택스넷 등록일 2016.07.01
:::: 세무 ::::
목차
  1. 1. 비영리법인 특징
  2. 2. 비영리법인에 대한 과세특례
  3. 3. 비영리법인 법인세 과세 관련 주요 적용 사례
비영리법인은 영리법인과 달리 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여 ‘각 사업연도 소득’에 대한 법인세가 과세된다. 과세소득의 계산방법은 대부분 영리법인과 동일하나, 과 세소득의 계산 및 과세방법 등에 있어 특례를 두고 있어, 다양한 사례에 대해 비영리법인의 과세특례에 대해 예규, 판결 등을 검토하고자 한다.
1. 비영리법인 특징
1) 개념
비영리법인은 영리를 목적으로 설립된 영리법인과 달리 학술, 종교, 자선, 기예, 사교 등 주로 공익상의 목적으로 설립된 법인이다.
2) 주요 특징
  • ① 구성원의 지분권 및 분배
  • 영리법인의 주주 및 주식에 해당하는 구성원의 지분권이 인정되며 수익사업에서 생긴 이익을 구성원에게 분배하는 반면, 비영리법인은 영리법인의 주주 및 주식에 해당하는 구성원의 지분권이 인정되지 아니하며, 수익사업에서 생긴 이익을 구성 원에게 분배하지 아니한다.
  • ② 청산소득에 대한 과세 여부
  • 법인이 해산에 의하여 소멸하는 경우 그 잔여재산을 정리하는 청산절차를 이행하 며 이러한 청산절차를 통하여 확정된 잔여재산의 가액이 해산등기일 현재 자기자 본총액을 초과하는 경우 그 초과금액을 청산소득이라 한다. 청산소득은 각 사업연 도 소득에 대한 법인세 신고 납부시 과세되지 아니한 미실현소득이나 자산ㆍ부채 의 과소평가, 오류 등에 의해 각 사업연도 소득금액 계산시 누락된 금액 등으로 구 성된다.
    영리법인은 각 사업연도 소득에 대한 법인세와 별도로 청산소득에 대한 법인세에 대해 납세의무가 있으며, 청산소득에 대한 법인세는 청산소득을 과세표준으로 하 여 부과된다.
    그러나, 비영리법인이 해산하는 경우 그 잔여재산은 정관에 정한자에게 귀속되며, 정관에 정하여져 있지 아니한 때에는 유사한 설립목적을 가진 비영리법인에게 기 부하거나 국가에 귀속되므로 구성원에게 분배되지 아니므로 비영리법인에 대해 청 산소득에 대한 법인세를 과세하지 아니한다.
  • ③ 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세 범위
  • 각 사업연도의 소득이란 법인이 사업연도 동안 경제활동을 통해 얻은 이익으로서 영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

    그러나 비영리법인은 법인세법에 열거한 수익사업 또는 사업에서 생긴 소득에 대 해서만 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 납부의무가 있다.
  • ④ 고유목적사업준비금
  • 비영리내국법인이 해당 법인의 고유목적사업* 또는 지정기부금을 지출하기 위하 여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 일정범위 안에서 소득금액 계 산상 손금에 산입한다.
    * 해당 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서, 법인세법 시행령 제2조 제1항에 규정하는 수익사업 외의 사업(한국표준산업분류에 사업에 해당하는 수익사업)

    고유목적사업준비금 설정 가능 비영리법인  

    - 법인세법 제29조 제1항에 따른 비영리내국법인 전체
    - 법인으로 보는 단체 중 다음의 어느 하나에 해당하는 단체
    •법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호에서 규정하는 단체(지정기부금대상단체)
    •법령에 의하여 설치된 기금(농림수산업자 신용보증기금 등)
    •「주택법」 제2조 제2호에 따른 공동주택의 입주자대표회의 또는 자치관리기구  
  • ⑤ 구분경리
  • 구분경리란 사업 또는 수입의 종류별로 수입과 비용을 각각 독립된 계정과목에 의 하여 구분하여 기장하는 것을 의미한다.

    비영리법인의 경우 구분경리 적용할 때 사업을 영위하는 경우 자산ㆍ부채 및 손익 을 당해 수익사업에 속하는 것과 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다.
    비영리법인이 구분경리를 하는 경우에는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포 함한다)의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 한다.
    이와 관련하여 각 사업 또는 수입에 공통되는 익금과 손금 및 자본은 구분경리의 대상에 해당하지 아니하나, 일정한 방법에 의하여 구분계산은 하여야 한다.
  • ⑥ 수익사업과 비영리사업간 자산 전출입

  • 비영리사업 자산을 수익사업에 전입
    (자본의 원입)  
    수익사업 자산을 비영리사업에 지출
    (자본원입액의 반환)  
    비영리법인이 비영리사업에 속하는 자산을 수익 사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액*은 자 본의 원입으로 경리한다   비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 비영리 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금 포함)을 초과하는 금액은 자본원 입액의 반환으로 한다.  
    * 이 경우 자산가액은 시가에 의한다.
2. 비영리법인에 대한 과세특례
1) 이자소득 분리과세 선택
① 선택 특례
비영리법인이 지급받은 이자소득은 지급시 원천징수의무자에 의해 법인세를 원천 징수 방식에 의해 납부하며, 해당 이자소득에 대해 법인세 과세표준에 포함하여 신 고하거나 원천징수에 의해 세부담을 마무리하는 방법을 선택할 수 있다.
② 특례 선택시 적용방법
즉, 비영리법인은 원천징수된 이자소득*(투자신탁수익의 분배금 포함)에 대하여는 과세표준을 신고하지 아니할 수 있으며, 원천징수된 이자소득 중 일부만 과세표준 을 신고하지 아니 할 수도 있다.
* 비영업대금의 이익은 제외한다.
이 경우 과세표준을 신고하지 아니한 이자소득은 비영리법인의 각 사업연도의 소 득금액 계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.
따라서, 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득은 원천징수에 의하여 납세의무가 종결된다.
③ 이자소득만 있는 경우 법인세 과세표준 신고방법 특례
이자소득만 있는 비영리내국법인의 과세표준 신고는 수익사업을 영위하는 비영리 법인과 다르게 다음의 서식*에 법인세 과세표준 신고를 할 수 있다.
이자소득만 있는 비영리법인의 법인세ㆍ농어촌특별세 과세표준(조정계산)및 세액신고서  법인세법 시행규칙 별지 제56호서식  
원천납부세액명세서(갑)(을)   법인세법 시행규칙 별지 제10호서식  
간접투자회사 등의 외국납부세액계산서   법인세법 시행규칙 별지 제11호서식  
농어촌특별세 과세표준 및 세액조정계산서   법인세법 시행규칙 별지 제12호서식  
농어촌특별세과세대상감면세액합계표  법인세법 시행규칙 별지 제13호서식  
고유목적사업준비금조정명세서(갑)(을)   법인세법 시행규칙 별지 제27호서식  
* 대차대조표, 손익계산서, 이익잉여금처분계산서, 세무조정계산서를 첨부하지 아니한다.
④ 사례
  • - 비영리내국법인이 이자소득에 대한 분리과세 원천징수방법은 매 사업연도 마다 법인이 선택하여 적용할 수 있다(서이 46012-10574, 2002.3.21.).
  • - 비영리법인이 법인세 신고시에 과세표준에 산입한 이자소득에 대하여는 신고기 한이 경과한 후, 수정신고 또는 경정청구에 의해 원천징수에 의한 과세방법으로 변경할 수 없다(재법인 46012-87, 1999.6.3.).
2) 조합법인 등에 대한 당기순이익 과세특례
① 특례 개요
신용협동조합, 새마을금고 등 조세특례제한법 제72조에서 열거하는 조합법인은 각 사업연도 소득에 대한 법인세를 당해 법인의 결산재무제표상의 법인세 등 차감 전 당기순이익을 기초로 9(12*)% 세율을 적용하여 과세한다.
* 2015.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터 20억원을 초과하는 금액에 대해 12% 적용
② 특례 적용시 법인세 산출방법
해당 법인의 결산재무제표상 당기순이익*에 「법인세법」 제24조에 따른 기부금(해 당 법인의 수익사업과 관련된 것만 해당)의 손금불산입액과 같은 법 제25조에 따른 접대비(해당 법인의 수익사업과 관련된 것만 해당)의 손금불산입액 등의 손금의 계 산에 관한 규정을 적용하여 계산한 금액을 합한 금액에 100분의 9[해당금액이 20 억원(2016년 12월 31일 이전에 조합법인간 합병하는 경우로서 합병에 따라 설립되 거나 합병 후 존속하는 조합법인의 합병등기일이 속하는 사업연도와 그 다음 사업 연도에 대하여는 40억원을 말한다)을 초과하는 경우 그 초과분에 대해서는 100분 의 12]의 세율을 적용하여 과세한다
* 법인세 등을 공제하지 아니한 당기순이익(當期純利益)
③ 결산재무제표상 당기순이익
결산재무제표상 당기순이익은 「법인세법 시행령」 제79조의 규정에 의한 기업회계기준 또는 관행에 의하여 작성한 결산재무제표상 법인세비용차감 전 순이익을 말한다.
이 경우 당해 법인이 수익사업과 비수익사업을 구분경리한 경우에는 각 사업의 당 기순손익을 합산한 금액을 과세표준으로 한다.
④ 다른 조세특례 적용 여부
조합법인 등에 대하여는 일반법인보다 낮은 세율인 9(12)%의 세율을 적용하는 대 신에 각 사업연도소득에 대한 조세특례제한법상의 대부분의 조세혜택을 적용하지 아니한다.
⑤ 당기순이익 과세포기
법인이 당기순이익과세를 포기한 때에는 그 이후의 사업연도에 대하여는 당기순이 익 과세를 하지 아니한다.
당기순이익 과세를 포기하고자 하는 법인은 다음에 해당하는 기한까지 당기순이익 과세에 관한 포기신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
구분 기 한  
당기순익을 과세를 적용받고 있는 경우   당기순이익 과세를 적용받지 아니하고자 하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일  
신설법인  사업자등록증 교부신청일  
3) 자산 양도소득 과세특례
① 각 사업연도 소득에 대한 과세표준의 신고 제외 가능
비영리내국법인이 법인세 과세대상에 해당하는 부동산ㆍ주식 등의 양도소득이 있 는 경우에는 법인세법 제60조의 규정에 불구하고 각 사업연도 소득에 대한 과세표 준의 신고를 하지 아니할 수 있다.
법인세법 제3조 제2항 제1호의 사업소득에 해당하는 수익사업을 영위하는 비영 리법인은 제외한다.
② 토지ㆍ건물, 주식 또는 출자지분의 양도소득 신고방법
따라서, 비영리법인의 수익사업에 해당하는 토지ㆍ건물, 주식 또는 출자지분의 양 도소득에 대하여는 다음 중 하나의 방법을 선택하여 법인세를 납부할 수 있다.
- 법인세법에 따른 각 사업연도 소득금액에 합산하여 법인세를 납부하는 방법
- 소득세법에 따른 양도소득에 관한 규정을 준용하여 계산한 금액을 법인세로 납부 하는 방법
③ 소득세법에 따른 양도소득에 관한 규정 준용
이 경우 과세표준을 신고하지 아니한 자산의 양도소득은 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 포함하지 아니하나, 소득세법 제92조를 준용하여 계산한 과세 표준에 같은 법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납 부하여야 한다.
「소득세법」 제92조를 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수 입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 「소득세법」 제95조 제2항 (장기보유 특별공제액) 및 제103 조 【양도소득 기본공제】에 따른 금액을 공제하여 계산한다.
과세표준 = 양도차익 – 장기보유 특별공제액 – 양도소득 기본공제
양도차익 = 양도가액 – 필요경비
4) 정비사업조합(구 재건축조합) 과세특례
2003.7.1. 시행되는 도시 및 주거환경 정비법에서 종전에 세법상 거주자로 보던 재건 축조합(동법 시행 이전에 주택건설촉진법에 의하여 설립된 재건축조합 포함)에 대해 정비사업조합과 조합원에 대한 과세체계상의 문제점을 해소하고 세부담을 완화하기 위하여 2003.12.30. 조특법에 정비사업조합*에 대한 과세특례 규정을 신설하였다
* 의무적으로 법인격을 부여, 정비사업법인으로 등기
2003.6.30. 이전에 설립된 정비사업조합   2003.7.1. 이후 설립된 정비사업조합*  
공동사업자로 보아 소득세법 적용   비영리법인으로 보아 수익사업에 대하여만 과세  
* 조세특례제한법 제104조의7 제1항 단서에 의해 법인세를 신고한 전환정비사업조합[2003년 6월 30일 이전에 「주택건설촉진법」 (법률 제6852호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제44조 제1항에 따라 조합설립의 인가를 받은 재건축조합으로서 「도시 및 주거환 경정비법」 제18조에 따라 법인으로 등기한 조합] 포함
5) 고유목적사업준비금 손금산입
① 손금산입하는 경우 감면 적용 배제
해당 비영리 내국법인의 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 법인세법 또는 「조세 특례제한법」에 따른 비과세ㆍ면제, 준비금의 손금산입, 소득공제 또는 세액감면(세 액공제 제외)을 적용받지 아니한다.
② 소득원천 등에 따른 준비금 설정한도
구분 대 상  
100% 설정 대상 소득   소득세법에 따른 이자소득과 배당소득*
* (제외대상) 비영업대금의 이익 및 상속세 및 증여세법에 의하여 상속세(또는 증여세) 과세대상에 포함된 주식 등으로부터 발생한 배당 소득
특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액
「사립학교법」에 따른 학교법인 등 조세특례제한법 제74조 제1항에 따른 법인의 수익사업에서 발생한 소득*
* 「도서관법」에 따라 등록한 도서관을 운영하는 법인 및 「박물관 및 미술관 진흥법」에 따라 등록한 박물관 또는 미술관을 운영하는 법인은 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당
※ 「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 해당 과세연도의 고유목적사업이나 지 정기부금에 대한 지출액 중 100분의 80 이상의 금액을 장학금으로 지출한 법인 가능  
80% 설정 대상 소득   「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 수입금액(전액 고유목적사업준비금을 설정할 수 있는 소득은 제외)  
50% 설정 대상 소득   그 밖의 수익사업에서 발생하는 소득 
③ 손금에 산입한 준비금 사용 및 익금산입
비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업 등에 지 출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례 로 상계(相計)하여야 한다.

손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 고유목적사 업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적 사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)에 해당하게 된 경우 그 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액 을 계산할 때 익금에 산입한다.
④ 준비금 사용 대상 고유목적사업등의 범위
준비금 사용 대상 고유목적사업 등에는 고유목적사업과 고유목적사업에 지출 또는 사용하는 것으로 보는 다음에 해당하는 금액 등을 포함한다.
  • ㉮ 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비 용* 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액
  • * 법인세법 시행령 제31조 제2항에 따른 자본적 지출 포함
  • ㉯ 특별법에 의하여 설립된 법인(당해 법인에 설치되어 운영되는 기금중건강보 험ㆍ연금관리ㆍ공제사업 등을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고 유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액
  • ㉰ 의료업을 영위하는 비영리내국법인(이하 “의료법인”)이 의료기기 등 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액과 연구개발사업을 위하여 지출하는 금액
  • 구분 지출 대상  
    고정자산  • 병원 건물 및 부속토지
    • 「의료기기법」에 따른 의료기기
    • 「보건의료기본법」에 따른 보건의료정보의 관리를 위한 정보시스템 설비 
    연구개발사업  「조세특례제한법 시행령」 별표 6 제1호 가목에 따른 자체연구개발사업과 같은 호 나목에 따른 위탁 및 공동연구개발사업  
6) 수익사업 범위에서 제외되는 고정자산 처분 수입
비영리법인에게 과세되는 수익사업의 범위에는 고정자산의 처분으로 인한 수입도 포 함되나 고정자산처분일 현재 3년 이상 계속하여 당해 고유목적사업에 직접 사용하는 것의 처분으로 인한 수입은 제외한다.

이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.
3. 비영리법인 법인세 과세 관련 주요 적용 사례
1) 수익사업 중 금융ㆍ보험 관련 서비스업의 범위
① 과세대상 수익사업 범위 및 제외대상
비영리법인에게 과세되는 수익사업의 범위에는 통계청장이 고시하는 한국표준산 업분류(이하 “한국표준산업분류”라 한다)에 의한 금융 및 보험 관련 서비스업을 포 함하나, 다음의 사업은 과세대상 수익사업의 범위에서 제외한다.
  • - 「예금자보호법」에 의한 예금보험기금 및 예금보험기금채권상환기금을 통한 예금 보험 및 이와 관련된 자금지원ㆍ채무정리 등 예금보험제도를 운영하는 사업
  • - 「농업협동조합의 구조개선에 관한 법률」 및 「수산업협동조합법」에 의한 상호금융 예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업
  • - 「새마을금고법」에 의한 예금자보호준비금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금 보험제도를 운영하는 사업
  • - 「금융회사부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률」 에 따른 구조조정기금을 통한 부실자산 등의 인수 및 정리와 관련한 사업
  • - 「신용협동조합법」에 의한 신용협동조합예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금 지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업
  • - 「산림조합법」에 의한 상호금융예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업
② 쟁점
비영리법인 직접대부사업과 관련하여 발생된 대부이자수익과 대응원가(비용)를 비 영리사업의 수익과 비용에 계상하였고 대행대부사업과 관련하여 대행금융기관으 로부터 수취한 간접대부사업(대행대부사업) 재원(기금)의 약정이자만이 수익으로 발생하고 있어 동 이자를 필요경비가 없는 이자소득으로 수익사업의 소득에 계상 하고 법인세법상의 규정에 의거 고유목적사업준비금을 100% 설정하여 법인세를 신고
비영리법인  과세관청  
• 실업대책사업과 관련하여 법인이 운영하 는 직접대부사업에 대해 고유목적사업으 로서 비수익사업으로 회계처리
• 지급이자, 외환차손익, 인건비 등 간접대 부사업관련 경비를 청구법인이 비수익사 업의 비용으로 계리하였으나 이를 수익 사업과 관련한 경비로 인정
• 외화채무금액에서 발생한 외환환산이익 과 외화환산손실에 대해 고유목적사업으 로 회계처리  
• 직접대부사업이 법인세법 제3조 제2항 제1호의 수익사 업에 해당한다 하여 동 대부사업과 관련한 수익(이자 소득)을 각 사업연도 법인소득금액계산시 익금에 가산
• 간접대부사업(금융기관대행대부사업) 관련 금융기관으 로부터 수취한 대행 대부금 이자소득이 사업수입금액 에 해당하게 되어 비영리법인이 당초 해당 이자소득과 관련하여 100% 설정한 고유목적사업준비금을 부인하 는 결과가 되는 모순
• 외화채무금액에서 발생한 외환환산이익과 외화환산손 실에 대해 수익사업과 비수익사업의 공통손익으로 보 아 직접대부(수익사업)와 관련한 부분에 대하여는 수익 사업의 익금과 손금으로 산입  
③ 판단 및 근거
  • ㉮ 수익사업 해당 여부
  • 직접대부사업은 다음에 해당하는 판단근거에 의해 한국표준산업분류에 따른 금 융 및 보험 관련서비스업에 해당한다.
    • - 금융기관이 아닌 청구법인이 직접대부사업을 영위하여 대부이자를 정기적으 로 수입한 사업활동을 한국표준산업분류에 의하여 분류할 경우, 금융 및 보 험 관련 서비스업 중 【금융업 중 그 외 기타 여신금융업】으로 분류할 수 있다.
    • - 비영리법인의 명의로 ****채권을 발행하고 정부로부터 ******회계자금을 차입하며 *****은행으로부터 차관자금을 재차입하는 등의 방법으로 사업 자금을 조달하고, 그 자금을 독자적으로 관리ㆍ운용하여 온 점
    • - 비영리법인이 사업 자금을 이용하여 직접대부사업 및 간접대부사업의 방식으 로 실업자에게 금원을 대부하면서 그에 대한 이자를 지급받았고, 해당 사업 자금 중 상당 부분을 차지하는 여유자금을 금융기관에 예탁ㆍ운용하여 이자 등을 지급받은 점
    • - 비영리법인이 직접대부사업 및 간접대부사업을 실시함에 있어서 대부대상자 의 자격요건 등을 독자적으로 결정하고, 이 사건 사업 자금의 차입금리 등을 고려하여 직접대부사업 및 간접대부사업의 대부이자율을 결정하였던 점
  • ㉯ 직접대부사업 관련 경비 및 외화채무금액에서 발생한 외환환산이익과 외화환산손실
  • 사업에서 발생한 이자 등 수입과 사업비용 및 외화환산손익 전부를 각 사업연도의 익금 및 손금에 산입ㆍ통산하여 원고의 각 사업연도 소득을 계산하여야 한다고 판단하였다.
    • - 사업 자금을 이용하여 실업자에게 일정한 이자율로 금원을 대부하고 그로부 터 대부금에 대한 이자를 지급받는 수익사업이라는 경제적 실질을 가지는 것 으로 비영리법인의 그와 같은 이자수입은 해당 사업 활동에서 직접 발생한 소 득인 점
    • - 비영리법인 사업 자금 중 여유자금을 금융기관에 예탁ㆍ운용하는 것은 이 사 건 사업 활동과 관련하여 사업에 투입할 자금이나 회수한 대부금을 사업 투입 시까지 일시적으로 보관ㆍ운용하는 성격을 가지는 것이고, 그 과정에서 발생 한 비영리법인의 이자 등 수입은 이 사건 사업 활동과 관련하여 발생한 소득 인 점
    • - 사업비용은 사업 자금의 조달을 위하여 차입되어 사업 자금으로 실제 사용 중 이거나 사용을 위하여 보관 중인 차입금에 대한 지급이자 및 사업 활동 과정 에서 지출된 인건비 등의 비용으로서 그 전부가 사업 활동과 관련하여 지출된 것인 점
    • - 차관자금 재차입금 외화환산손익은 사업 자금의 조달을 위하여 차입된 외화 채무와 관련하여 발생한 것으로서 사업 활동과 직접 관련이 있는 손익인 점
2) 비영리법인이 수익사업을 영위하지 아니한 기간에 토지 양도소득이 발생한 경우
① 개요
② 쟁 점
비영리법인  과세관청  
• 비영리내국법인의 자산양도소득에 대 한 과세특례를 정한 법인세법 제62조 의2는 자산의 양도 당시 비영리내국법 인이 법인세법 제3조 제2항 제1호에서 정한 사업을 영위하지 않았다면 당연 히 적용   • 과세특례는 자산의 양도일이 속하는 사업연도 단위별로 적용
• 비영리내국법인이 사업연도 중에 법인세법 제3조 제2항 제1호에서 규정하는 사업을 영위하게 되는 경우 당해 사 업연도에 발생한 자산양도소득 전부에 대하여 법인세법 제62조의2를 적용할 수 없음  
③ 판단 및 근거
비영리내국법인이 다음과 같은 사유로 수익사업을 영위하지 아니하던 기간에 토지 의 양도로 인한 양도소득이 발생하였으므로 그 후 같은 사업연도 내에 수익사업을 영위하였더라도 위 양도소득에 대하여 과세특례조항*을 적용할 수 있다.
* 양도소득 과세표준에 양도소득세의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부
  • - 법인세법 제62조의2 제1항은 비영리내국법인(법인세법 제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인 제외)은 토지 또는 건물의 양도 로 인하여 발생하는 소득(이하 ‘자산양도소득’이라 한다)이 있는 경우에는 법인세 법 제60조 【과세표준 등의 신고】 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하 지 아니할 수 있다고 규정한 점
  • - 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법 제92조 【양 도소득과세표준의 계산】의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조 (양도소득세의 세율) 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납 부하여야 한다고 정하고 있는 점
  • - 법인세법 제3조 제2항 제1호는 제조업, 건설업, 부동산임대업 등의 수익사업(이 하 ‘수익사업’이라 한다)을 열거하고 있는 점
  • - 수익사업을 영위하지 않는 비영리내국법인이 해당 토지를 양도한 후 같은 사업 연도 내인 12월경 수익사업인 부동산임대업을 개시한 사실 등을 인정한 다음, 법인세법 제62조의2 제1항 소정의 ‘수익사업을 영위하는 비영리내국법인’은 위 규 정의 문언 체계상 ‘양도소득이 발생할 당시 수익사업을 영위하는 비영리내국법 인’이라고 새기는 것이 자연스러운 점
  • - 과세특례조항이 적용되면 법인세법 제62조의2 제7항에 따라 자산양도일이 속하 는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여 야 하므로 자산양도시점을 기준으로 과세특례조항의 적용 여부를 선택할 수 있 어야 하는 점
3) 고정자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용 여부
① 개요
② 쟁 점
비영리법인  과세관청  
• 교육사업 등을 고유목적사업으로 하여 설립된 비영 리내국법인으로서 정관에서 정하고 있는 교육사업을 위해 해당 토지 취득
• 해당 토지를 대학 설립 목적에 사용하였으며, 보유기 간 중 수익사업 목적에 사용하거나 수익이 발생되지 아니함
• 교육사업은 내부의사결정이 아닌 정부 간 합의에 따 라 대외에 공표한 사업으로서 토지는 단순히 시세차 익을 위해 취득한 것이 아니며, 불가피하게 양도(수 용)하였으나 고유목적사업을 계속하기 위하여 대체 토지를 취득의 하였으므로, 고유목적사업에 사용된 것으로 보아야 함  
• 토지 처분 직전 환경부 건축제한지역 고시, 산림청 휴양림조성부지로 고시됨에 따라 처분일 현재 계속하여 3년 이상 고유목적 사업(대학설립)에 사용한 토지로 볼 수 없음
「법인세법」 제3조 제2항 제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항에서 고유목적사업에 직접 사용할 것을 명시하였고, ‘고유목적사 업에 직접 사용한’ 시점은 건물이 준공되어 정관상의 고유목적사업에 실질적으로 공한 때를 말하는 것이므로 고유목적사업에 사 용되지 아니함  
③ 판단 및 근거
고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 경우 비 영리법인의 과세소득에서 제외되나, 비영리법인의 경우 다음과 같이 사유로 해당 토지 처분 당시 3년 이상 계속 고유목적사업에 직접 사용하지 않았으므로 그 처분 으로 생긴 수입을 비과세소득으로 볼 수 없다고 판단하였다.
  • - 법인세법 제3조 제2항 제5호 괄호 규정이 ‘고유목적사업에 직접 사용하는 고정 자산’이라고 규정함으로써 그 문언상으로도 비과세대상이 될 수 있는 범위를 어 느 정도 한정하고 있는 점
  • - 일정한 범위 내에서 비영리내국법인의 고정자산 처분 수입에 대하여 비과세하도 록 규정한 것은 비영리내국법인으로 하여금 상당한 기간 동안 부동산과 같은 고 정자산을 고유목적사업에 직접 사용하도록 유도하는 데에 그 취지가 있는 점
  • - 고유목적 사업에 직접 사용하지 못한 데 대하여 정당한 사유가 있는지 여부에 따 라 달리 본다는 규정을 두고 있지 아니한 이상이 해당 토지의 처분대금을 비영리 법인의 법인세 과세소득으로 보아야 하는지에 관하여 비영리법인이 해당 토지를 직접 사용하지 못한데 ‘정당한 사유’가 있는지 여부를 따질 필요가 없다고 판단되 는 점(대법원 2005두14370, 2006.7.27. 판결)
  • - 소득세법ㆍ지방세법ㆍ조세특례제한법 등도 비영리단체의 자산에 관하여 비과세 를 규정하는 경우 일정한 기간 동안 그 고유목적사업에 직접 사용할 것을 요건으 로 하고 있는 점
4) 비영리법인의 고유목적사업준비금 임의 환입
① 개요
(비영리법인) 학교법인으로서 x3사업연도 및 x5사업연도의 법인세 신고시 각각 고 유목적사업준비금을 고유목적사업에 지출한 것으로 신고하였다.

(과세관청) x3사업연도에 준비금을 고유목적사업으로 지출하였다고 신고한 금액 중 일부를 준비금에서 지출한 것이 아니라 학교발전기금에서 지출한 사실과, x5사업 연도에 준비금을 고유목적사업에 지출하였다고 신고한 금액 중 일부를 준비금에서 지출한 것이 아니라 국가보조금 및 기부금에서 지출한 사실을 각각 확인하여 준비 금의 임의환입으로 보아 익금에 산입하여 법인세 과세
② 쟁 점
비영리법인  과세관청  
준비금의 임의환입은 세법에서 부여된 기간의 이 익을 포기하고 임의환입으로 처리한 경우에 한하 여 임의환입으로 보는 것이므로 준비금을 의무사 용 기한내에 사용한 것으로 회계처리하였으나 이 를 의무사용기한(5년) 내에 바로 잡아 준비금을 회 복시킨 후 5년 내에 이를 적법하게 사용하였다면 이는 준비금을 목적사업에 사용한 것으로 보아야 하므로 임의환입으로 보아 법인세를 과세한 처분 은 부당   손금에 산입한 준비금을 「법인세법」 제29조 제3항 제4호의 기한이 경과되기 전에 고유목적사업에 실 제 지출한 사실없이 지출한 것으로 준비금에서 상 계하는 회계처리를 한 경우, 상계한 준비금은 같은 법 기본통칙 29-56…5에 의하여 상계한 사업연도 의 익금에 해당하는 것이고, 준비금의 환입은 장부 상 기말잔액을 기준으로 환입여부를 판단하는 것 으로 준비금을 감소한 회계처리는 임의환입하겠 다는 의사가 있는 것이므로 해당사업연도의 익금 에 산입하여 과세한 처분 정당  
③ 판단 및 근거
비영리법인이 고유목적사업준비금으로 계상하여 손금에 산입한 금원을 환원하여 익금에 산입한 것으로 인정할 수 있으려면 해당 금액을 고유목적사업준비금에서 차감하였다는 사정 외에 실질적으로 수익사업에 지출 전용하는 등 고유목적사업에 지출하지 않겠다는 사정이 드러나야 한다고 판단하였다.
  • - 회계처리가 실질과 다른 임의적 변경에 불과한 이상 그로써 고유목적 사업준비 금을 감액하는 효과가 생길 리 없고, 임의환입 회계처리에도 불구하고 x2 사업 연도 및 x4 사업연도의 고유목적 사업준비금은 그 회계처리 이전 상태 그대로 남아 있다고 보아야 할 것이며, 그 후 위 각 사업연도 고유목적 사업준비금을 환 원하는 것으로 회계처리를 재차 정정하였다고 하여도 마찬가지라 할 것임
  • - 비영리법인이 이전 사업연도에 고유목적사업준비금으로 계상하여 손금에 산업 한 금원을 법령에 정한 기간 내에 고유목적사업비로 사용하지 아니하고 환원하 여 익금에 산업함으로써 법인세 과세이연의 혜택을 포기하고 익금산업에 따른 법인세 및 과세이연된 동안의 법인세 이자상당액을 납부한다는 것은 법인의 해 산, 고유목적사업의 폐지 등과 같은 불가피한 사정이 있는 이외에는 매우 이례적 인 것이므로, 비영리법인이 고유목적사업준비금으로 계상하여 손금에 산입한 금 원을 환원하여 익금에 산입한 것으로 인정할 수 있으려면 비영리법인이 해당 금 원을 고유목적사업준비금에서 차감하였다는 사정 이외에 실질적으로 수익사업 에 지출ㆍ전용하는 등 더 이상 고유목적사업에 지출하지 아니하겠다는 사정이 회계처리과정에서 분명히 드러나야 할 것임
  • - 고유목적 사업준비금 액수를 감액 처리한 것 자체가 익금 산업의 근거가 되는지 에 관해서는 국세청 통칙 외에는 법적 근거가 없는 점*
  • * 국세청의 기본통칙은 과세관청 내무에 있어서 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하고 법원이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아니고, 따라서 법인세법 기본통칙 규정의 법규적 효력 인정하지 아니함
  • - 그 적립 이후 5년 내 미사용의 경우에는 그것을 이유로 익금산입을 하여 법인세 부과처분을 할 수 있을 것이라는 점
④ 심리불속행 제도
상고이유에 중대한 법령위반에 관한 사항 등 상고심을 법률심으로 순화시키기에 걸맞는 사유가 포함되어 있지 않으면 상고이유의 당부에 대해 더 이상 본안심리를 속행하지 아니하고 판결로 상고기각하여 추려내는 제도이다.
비영리법인의 과세특례와 관련하여 전반적인 관련 규정 및 자주 쟁점이 되는 내용의 판례 등을 전반적으로 살펴 보았다.
이를 참고하여 관련 업무처리에 참고가 되었으면 바램이다.