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1. 의의

정부(행정안전부)에서는 현재 우리 경제는 반도체 중심으로 수출 회복세에 있으나, 건설경기 위축과 가계 부채 부담으로 지역 주민이 체감하는 민생 경제는 어려움이 있어, 경제 활성화를 위한 추경 등 신속 집행, 민생회복 소비쿠폰 지급으로 소비·지역경제 등 내수 활성화를 마련하는 계기가 되도록 지방세 정책 방향을 마련하였다.
이에 내년도 시행될 지방세 개정 방향은 비수도권·인구 감소 지역 등에 대한 세제 지원을 통해 투자·고용 촉진과 더불어 지방 부동산 활성화를 통한 국가균형발전을 도모하도록 하였다.
그리고 출산·양육, 서민·취약 계층, 물가 안정을 위한 세제 지원을 강화하여 민생경제 안정등 납세자 권익 보호, 편의 제고 등 납세자 친화적 환경 조성을 마련하고 나아가 지방세 과세 체계를 합리적으로 정비하여 공정한 과세 구현이 이루어지도록 세제 지원을 강화하였다.
이에 여기서는 지방세 관계법 등에서 개정된 내용 중 기업 관련 지방세 개정 사항에 대하여 쟁점을 분석하고 향후 유의하여야 할 사항을 위주로 고찰하기로 한다.

2. 지방세관계법상 주요 개정내용 분석

(1) 세무조사 사전통지 기간 연장(지기법§83) : 15일전→ 20일전(재조사 7일전)

현재는 세무조사 시 획일적으로 조사 개시 전 15일 전에 통지를 하고 있으나, 2026. 1. 1. 이후 세무조사를 사전 통지하는 경우에는 납세자의 예측 가능성을 제고하고 신속한 재조사를 통한 납세자 권익 보호 강화를 위해 지방세도 사전 통지 기한을 국세 규정과 일치하도록 개정된다. [판례] 지방세 세무조사의 재조사 요건(대법원 2024두51202, 2024.11.14.) ① 현지조사 당시세무담당 공무원이 하루 동안 이 사건 토지를 방문하여, 취득세 감면요건과 관련한 토지의 이용현황을 조사하고, 창고관리인과 면담하여 원고와 창고 용도에 대하여 질문하였을 뿐, 그 밖에 납세의무자 등에게 보고를 요구하거나 장부 등의 제출을 요구하지 아니한 점, ② 지방세기본법 제140조 제3항에 따라 납세의무자 등에게 보고를 요구하거나 장부 등의 제출을 요구하지 아니한 채, 단순히 탐문조사, 입회조사, 공부의 열람 등의 조사 등 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 조사일 경우, 이를 재조사가 금지되는 세무조사라고 보기 어렵다고 할 것인바 현지조사는 단순한 토지 이용현황의 확인 및 질의 등 탐문조사, 입회조사에 그쳤을 경우 재조사에 해당하지 아니함

(2) 부당행위계산 과세표준 산정 방식 보완(지법§10의3②)

현재 특수관계자 간의 유상 거래인 경우로서 부당행위계산 적용 대상에 해당하는 경우에는 취득세 과세표준은 시가인정액이 원칙적으로 적용하되 시가인정액을 알 수 없는 경우에는 보충적으로 시가표준액을 적용하도록 개정된다. 따라서 법인세법상 대표이사와 당해 법인 간의 거래가 부당행위계산 요건(3억 원, 5%)을 충족하면 시가 인정액을 적용하나, 시가인정액을 알 수 없는 경우에 해당하는지 여부는 감정 평가를 하지 아니한 경우만을 의미하는 것은 아니라고 보아야 한다.

(3) 회원제 골프장 승계취득 과세 합리화(지§13⑤) : 원시→원시+승계 중과세

현재 회원제 골프장에 대하여 신·증설로 새로이 취득하는 경우에는 중과세 대상으로 하고 있으나, 승계 취득하는 경우 중과세 여부가 명확하지 아니하여 과세 형평성 차원에서 사업 양수도, 합병·분할 등으로 승계 취득하는 경우에도 중과세되도록 개정된다.
그런데 회원제 골프장에 대한 취득세 중과세 강화로 인한 승계 취득 시에는 취득세 가 중과세되나, 회원제 골프장의 주식을 인수하면서 과점주주가 되는 경우 회원제 골프장에 대한 과점주주의 의제 취득 시 중과세 대상에 해당하는지 여부가 쟁점이다. 현행 규정상 회원제 골프장에 대하여 원시 취득하는 경우에는 중과세 대상에 해당하나, 승계 취득에 해당하는 경우에는 중과세 대상으로 보지 아니할 뿐만 아니라, 간주취득인 과점주주의 의제 취득 시에도 중과세 적용 대상이 아닌 것이다. 이와 같이 과점주주에 대한 중과세 세율 적용은 과세 대상 물건에 대해 누구에게도 중과세되는 사치성 재산에 대하여는 중과세 세율을 적용하나, 회원제 골프장은 일정 요건을 구비하는 경우 중과세되므로, 과점주주에 대하여는 별개의 권리·의무자이므로 중과세 대상에서 제외하도록 하여야 한다.(행자부, 세정-1031, 2007.4.4., 참조) 그러므로 회원제 골프장이라도 신설·증설하는 경우에 한정하여 취득세가 중과세되는 만큼, 과점주주의 경우 간주 취득을 하는 것이기 때문에 신·증설하는 회원제 골프장을 취득하는 것이 아닌 이상 중과세 대상이 아니라고 보는 것이 합리적이다.(대법원 2000두3375, 2001.9.4., 참조). [사례] 과점주주에 대한 골프장 중과세 적용 판단(행자부 세정-1031, 2007.4.4.) 회원제골프장은 그 시설을 갖추어 체육시설의설치·이용에관한법률의 규정에 의하여 체육시설업의 등록을 하는 경우와 등록을 하지 아니하더라도 사실상 골프장으로 사용하는 경우에 취득세 중과세대상이 된다고 보아야 할 것으로 비록 A가 甲법인의 과점주주가 된 이후 甲법인이 소유 토지를 회원제골프장으로 조성하였다고 하여 A가 甲법인이 운영하는 회원제골프장을 등록하였다거나 사실상 사용하였다라고 볼 수는 없다 하겠으므로 과점주주인 A에 대하여 취득세를 중과세할 수는 없는 것임. 개정 시에는 회원제 골프장을 취득 시 최초·승계 취득에 대하여 중과세 대상에 해당하는 것이므로 간주 취득인 과점주주가 되는 경우에도 회원제 골프장 중과세 적용 대상에 해당하지 아니한다. 왜냐하면 과점주주의 취득은 주식을 승계 취득하는 형식이지만 해당 주식발행법인의 부동산 등을 취득하는 것으로 의제하기 때문이다. 또한 개정시 『회원제 골프장을 신설이나 승계취득하는 경우』에 해당하는 경우 중과세 되는 바 사업양수도 뿐만 아니라 현물출자, 법인합병, 분할의 경우에도 중과세 대상에 해당하는 것이다.

(4) 시가인정액 평가 차이 수정신고 시 가산세 규정 보완(지법§21③)

현재 납세자가 무상 취득 시 시가인정액으로 신고하고 수정 신고를 하는 경우, 가산세 감면은 무신고 가산세, 과소신고 가산세만 하고 있으나 무신고 가산세는 제외하고 과소신고 가산세와 납부지연가산세를 감면하도록 개정된다.

(5) 육아휴직자 대체 인력 주민세 종업원분 과표 공제 신설(지령§78의2) : 출산 전·후 휴가자, 육아휴직자 대체 인력 급여

현재 출산전·후 휴가 기간 및 육아휴직 기간의 급여에 대하여 주민세 종업원분을 비과세하고 있으나 저출산 시대에 대응하고 일·가정 양립 문화 확산 및 대체인력 채용 활성화에 기여하기 위하여 출산 전·후 휴가자, 육아휴직자 대체인력 급여에 대하여 주민세 종업원분 과세표준에서 공제하도록 개정된다.

(6) 비수도권 중소기업 주민세 종업원분 과표 공제 신설(지령§78의2)

현재 식비 등 소득세 비과세 항목에 대하여 비과세하고 있으나, 비수도권(수도권 내 인구 감소 지역 포함)에 소재하는 중소기업의 숙련 인력 이직 방지를 위하여 3년 이상 장기근속자에 대한 장기근속수당에 대하여 1인당 월 급여액의 10%(월 36만원 한도) 범위 내 에서 주민세 종업원분 과세표준 공제 제도를 신설한다.

(7) 법인지방소득세 외국납부세액 개선(지법§103의19②) : 간접투자 외국납부세액 추가

현재 외국납부세액에 대하여 공제하고 있으나, 간접 외국납부세액에 대하여는 공제되지 아니하고 있어(조심 2021지633, 2021.12.16., 참조) 법인세법(§57의2)의 규정을 반영하여 간접 외국납부세액에 대하여도 공제하도록 개정하고 2026. 1. 1. 이후 과세표준 신고분부터 적용된다. [사례] 간접외국납부세액의 법인지방소득세 공제 대상 판단 외국납부세액의 공제 등을 규정한 「법인세법」제57조 제1항 및 제4항은 동일한 소득에 대한 국가 간의 중복과세를 방지하여 내국법인의 조세부담을 감경하려는 데에 그 취지가 있는 것인바(서울고법 2018누33038, 2018.6.12., 판결, 참조), 국가 간의 중복과세 문제가 발생하지 않는 경우라면 외국납부세액의 공제 등이 반드시 적용되어야 한다고 보기 어려운 점, 회계상으로 비용처리가 가능한 직접외국납부세액과 달리 간접외국납부세액은 외국법인세액이 차감된 후 수입배당액의 순액이 유입되는 것이므로 회계상으로 비용처리할 금액이 없어「법인세법」제21조에 따라 손금불산입 될 금액도 없으므로, 그 자체로 이미 그 외국납부세액이 손금에 산입된 효과가 나타나는 점, 처분청의 직권경정에 따라 간접외국납부세액이 익금을 구성하지 않게 된 이상, 이를 한 번 더 손금에 산입할 경우 중복공제의 효과가 나타날 뿐만 아니라 「법인세법」제19조 제2항에서 수익과 직접 관련된 것이어야 한다는 손금의 일반적인 개념에도 부합하지 않는 것으로 보이는 점 등에 비추어 간접외국납부세액을 손금에 산입하지 아니하여야 함(조심 2021지633, 2021.12.16.)

(8) 재산세 도시지역분 비과세 대상 범위 축소(지법§112) : 공공시설용지→ 공공시설용 토지 중 실시계획의 인가를 받기 전까지

현재 「국토계획법」에 의한 지형도면이 고시된 공공시설용지에 대하여는 재산세 도시지역분을 비과세 대상으로 하고 있으나, 공공시설을 설치·정비 또는 개량하기 위한 토지로서 「국토계획법」제88조에 따른 실시계획의 인가를 받기 전까지 토지에 한하여 재산세 도시지역분 비과세 대상으로 하도록 범위를 축소 개정된다.
지법(§112)의 규정에 의거 「국토계획법」제6조제1호에 따른 도시지역 중 해당 지방의회의 의결을 거쳐 고시한 재산세 도시지역분 적용 대상 지역 안에 있는 토지, 건축물 또는 주택을 과세 대상으로 하나, 도시지역분 적용대상 지역 안에 있는 토지 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따라 지형도면이 고시된 공공시설용지 또는 개발제한구역으로 지정된 토지 중 지상 건축물, 골프장, 유원지, 그 밖의 이용시설이 없는 토지는 도시지역분 재산세 과세대상에서 제외한다.
따라서 과세대상제외 범위는 ①「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따라 지형도면이 고시된 공공시설용지, ② 개발제한구역으로 지정된 토지 중 지상건축물, 골프장, 유원지, 그 밖의 이용시설이 없는 토지를 과세제외하는 것이므로 공공시설용 토지의 경우 지형도면 고시만 있는 경우 도시지역분 재산세 과세대상에서 제외되는 것이므로 반드시 지상 건축물 등 시설이 있어야 하는 것은 아니라고 볼 것이다.(조심 2023지4749, 2024.3.6., 참조)
또한 「도시 및 주거환경정비법」에 의해 지정된 정비구역 내 공공시설용지는 비과세 대상에서 제외되지 아니한다.(대법원 2024두56405, 2025.1.9., 참조) [사례] 항만부두 도시지역분 재산세의 과세범위(조심 2023지4749, 2024.3.6.) 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따라 지형도면이 고시된 공공시설용지는 개발제한구역으로 지정된 토지와는 달리 당해 토지에 지상건축물 등의 이용시설이 존재하는지 여부를 불문하고 재산세 도시지역분의 과세대상에서 제외하는 것이 타당한바(대법원 95누7154, 1996.5.28., 판결, 조심 2016지1, 2016.9.13., 등) 공공시설용지(“항만”)인 쟁점토지는 그 지상에 이용시설이 있는지 여부와 관계없이 재산세 도시지역분 과세대상에서 제외하는 것이 타당함

[판례] 도시지역분 재산세 비과세와 장기미집행 토지의 범위 재산세 도시지역분 비과세 대상이 되기 위해서는 ‘국토계획법 제2조 제13호에서 정하는 공공시설을 위한 토지일 것’, ‘국토계획법에 따라 지형도면의 고시가 된 토지일 것’이라는 요건을 모두 갖추면 되는 것이고, 달리 구 지방세법이 도시정비법에 의해 지정된 정비구역 내 공공시설용지를 위 비과세 대상에서 배제하고 있다는 등의 사정을 발견할 수 없다. 결국 이 부분 피고의 주장은 구 지방세법 제112조 제3항에서 정한 ‘국토계획법에 따라 지형도면의 고시가 된 토지’에 ‘도시정비법에 의하여 지형도면의 고시가 된 토지’는 포함되지 않는 것으로 해석해야 한다는 취지는 부당하다(대법원 2002두6781, 2004.5.27., 판결 등 참조).(대법원 2024두56405, 2025.1.9.)
[재산세와 도시지역분 재산세 과세대상 비교]

(9) 신탁재산관련 특례보완(지특법§2①8) : 담보신탁의 경우 위탁자의 직접사용 포함

현재 소유자와 수탁자가 신탁재산을 목적 사업에 사용하는 경우 직접 사용으로 보아 감면을 적용하고 있으나, 소유자나 수탁자가 직접 사용에 해당하지 아니하므로 취득세 감면 추징 대상에 해당하는 문제가 있다. 이에 부동산의 실소유자인 위탁자가 부동산을 감면 목적에 맞게 사용하는 사실상의 실태가 동일하다면 형식적 소유권 이전에 따른 신탁 활용 시 불이익이 없도록, 담보신탁의 경우 위탁자가 사용하더라도 감면 대상에 해당하도록 개정된다.
취득의 주체를 신탁재산이 아닌 일반 재산에 대하여 당초 소유자로 보는 경우이므로, 당초 소유자는 신탁재산에 있어서는 위탁자로 보는 것이고, 위탁자를 기준으로 볼 때 현행 규정상 위탁자가 신탁재산을 사용하더라도 직접 사용하는 것으로 볼 수 없는 문제가 있다. 따라서 신탁재산의 경우 소유 주체는 수탁자로, 대부분 금융기관이므로 금융기관이 현실적인 사용을 할수 없는 실정을 고려하여야 한다. 대외적으로는 신탁재산의 소유권 귀속이 수탁자에게 있어서 수탁자 소유 재산에 해당하지만, 등기 명의상 「지방세특례제한법」(지특법)(§2① 제8호)의 규정상 소유자의 범위는 당초 위탁자와 등기 소유자인 수탁자를 모두 포함하므로, 수탁자 명의의 재산을 위탁자가 사용하더라도 직접 사용으로 보아야 타당한 것이다.(행안부, 지방세특례제도과-1793, 2022.8.12., 참조) [사례] 노인복지시설에 대한 신탁시 직접사용 판단(행안부, 지방세특례제도과-1793, 2022.8.12) 2022년 「지방세특례제한법」(법률제18656호, 2022.1.1.시행)은 제2조제1항제8호의 “직접 사용”의 정의를 개정하여 이 법 시행(’22.1.1.) 이후 납세의무가 성립하는 경우 「신탁법」에 따른 신탁 관계인인 위탁자 뿐만 아니라 수탁자가 그 재산을 목적에 맞게 사용하는 경우에도 “직접 사용”에 포함되는 것으로 적용 범위를 확대하였는바, 「노인복지법」에 따라 위탁자 명의로 노인복지주택을 설치신고하고, 수탁자 명의로 건축물을 사용승인 받아 노인복지주택으로 사용하는 경우, 「지방세특례제한법」제178조에서 규정하고 있는 추징제외 요건인 신탁등기 후 소유자 또는 수탁자가 목적사업에 “직접 사용”하는 부동산에 해당된다 할 것임.

[사례] 신탁이전에 따른 감면 추징사유(조심 2017지351, 2017.8.23.) 처분청은 신탁법상 신탁으로 소유권을 이전한 것은 매각·증여한 경우에 해당한다는 의견이나, 신탁법상의 신탁행위는 재산의 사용·수익·처분의 권리를 배타적으로 양도하는 일반적인 소유권의 이전과는 다르게 볼 수 있는 점, 청구인이 수탁법인으로부터 대가를 받고 쟁점부동산의 소유권을 이전하였다거나 수탁법인이 대가를 지급하여 취득하였다고 보기는 어려운 점, 청구인이 쟁점부동산의 지상에 산업용 건축물을 취득하여 사용하고 있는 점 등에 비추어 청구인이 신탁을 원인으로 수탁자에게 소유권이전등기를 한 것을 직접 사용기간 내에 매각·증여한 경우로 볼 수 없음.
※ 조세심판원 결정(조심 2018지3493, 2019.6.28., 조심 2016지153, 2016.11.25., 조심 2016지1272, 2017.9.18., 조심 2017지103, 2017.10.18., 조심 2016지432, 2017.1.5., 외 다수)도 동일한 취지임.

(10) 사권 제한 토지 등에 대한 감면 정비(지특법§84)

현재 사권 제한 토지의 감면 범위에는 「국토계획법」에 따라 도시·군계획시설로 도시·군관리계획의 결정 및 그 지형도면이 고시된 경우에만 감면 대상으로 하고 있으나(행안부 지방세특례제도과-1991, 2021.8.30.참조) 「국토계획법」 이외 다른 법률에 따라 도시·군관리계획의 결정이 의제되는 경우도 감면 대상에 포함하되, 실시계획이 진행된 경우에는 감면 대상에서 제외하도록 개정된다.
「국토계획법」상의 도시관리계획의 집행에 대하여 별도의 명문 규정이 없으나, 『집행』의 의미는 도시계획 결정 고시 이후 『①도시계획시설 사업계획 인가일 기준』 인지, 『② 공사 완료 공고』가 된 시점으로 볼 것인지가 쟁점이다. 이는 『집행』이라는 표현이 행위를 의미하므로 그 행위를 개시한 날을 기준으로 집행일로 볼 것인지, 아니면 그 행위를 종료한 날을 기준으로 집행 여부를 판단할 것인지의 문제이다.

(①견해:『도시계획시설사업계획인가일』 기준)로 보아야하는 논거는 다음과 같다.
첫째, 지방세법상 건축 중인 경우를 판단함에 있어서 건축공사의 착공 개시하는 시점을 기준으로 건축 중인 것으로 판단하는 점(대법원 2016두58406, 2017.3.15., 참조)에 비추어 집행 행위 개시 시점을 기준으로 판단하는 것이 타당하다는 점이다.
둘째, 국토부 유권해석 (국토부, 도시정책과－2081, 2012.4.3., 국토해양부, 도시정책과－4072, 2011.6.28.)¹⁾에서는 「국토계획법」제86조 및 제88조에 따라 사업시행자 지정 및 실시계획 인가에는 사업시행기간(착수예정일 및 준공예정일)이 포함되므로 실시계획인가 등이 이루어졌다면 도시계획시설 사업은 집행 중인 것으로 볼 수 있다라고 해석하고 있기 때문이다. 1) [사례] 도시관리계획의 장기미집행토지의 범위
유원지 결정 후 조성계획에 맞게 국토의계획및이용에관한법률 제86조 및 제88조에 따라 사업시행자 지정 및 실시계획인가를 득하고 사업을 시행하였다면 해당 시설에 대하여는 집행된 시설이라 볼 수 있으나, 그렇지 않은 경우에는 미집행된 시설이라 판단됨.(국토해양부, 도시정책과－4072, 2011.6.28.)
이에 반하여 (②견해: 『공사완료공고』가 된 시점 기준)로 보아야 한다는 논거는 다음과 같다.
첫째 도시계획시설의 집행이라 함은 일반적으로 사회통념상 토지의 전부가 도시계획시설로 되었다고 볼 만한 정도로 이행되었음을 의미한다고 보아야 한다는 점이다.
둘째, 행자부 유권해석(행자부 지방세특례제도과-1533, 2016.07.05.참조)에 따르면, 미집행 여부와 관련하여 도시계획시설의 거의 전부가 집행되었다고 볼 수 있는지 여부는 개별적·구체적 사안에 따라 잔여 면적, 그것이 전체 면적에서 차지하는 비율, 잔여 면적이 남게 된 경위 등 제반 사정을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다고 보고 있기 때문이다. [사례] 도시관리계획의 미집행 판단(행자부, 지방세특례제도과-1533, 2016.07.05.) 도시계획시설의 집행이라 함은 일반적으로 사회통념상 토지의 전부가 도시계획시설로 되었다고 볼 만한 정도의 이행되었음을 뜻한다고 보아야 하고, 도시관리계획 결정·고시된 당해 토지는 이미 학교가 건립되어 도시계획시설로 집행되었다 하더라도, 도시관리계획 결정·고시된 당해 토지는 잔여부분은 미분양 용지로서 당해 토지의 이용가능성이 배제되거나, 토지소유자가 토지를 종래 허용된 용도대로도 사용할 수 없는 경우에는 장기간 미집행된 토지로 보아 감면 대상으로 보는 것이 타당하다.

[판례] 사권제한토지의 감면 대상(대법원 2024두35439, 2024.6.17.) 지특법 제84조 제2항 개정규정은 그 적용대상에 관하여 ‘지형도면의 고시가 된 후 과세기준일 현재 미집행된’이라는 새로운 요건을 부가한 것으로서, 이는 개정 전 조항이 당초 도시관리계획 용도대로 집행이 완료된 토지도 그 감면대상에 포함시키고 있음을 전제로, 그 집행이 완료된 토지를 감면대상에서 제외하기 위하여 개정된 것임(대법원 2018다287287, 2019.4.23., 참조). ’미집행된 토지‘인 경우에 한하여 감면대상이 된다. 아직 정비공사 등이 이루어지고 있으나 아직 완료되지 않은 상태의 토지는 감면대상인 ‘미집행 토지’에 해당한다고 할 것인바, 정비사업은 준공인가를 받아 소유권이전고시가 이루어졌으므로, 재산세의 과세기준일인에는 도시관리계획의 용도대로 집행이 완료되지 않아 감면대상임.

[판례] 장기미집행여부와 사권제한 토지 감면적용(대법원 2024두35439, 2024.6.17.) 지특법 제84조 제2항 개정규정은 그 적용대상에 관하여 ‘지형도면의 고시가 된 후 과세기준일 현재 미집행된’이라는 새로운 요건을 부가한 것으로서, 이는 개정 전 조항이 당초 도시관리계획 용도대로 집행이 완료된 토지도 그 감면대상에 포함시키고 있음을 전제로, 그 집행이 완료된 토지를 감면대상에서 제외하기 위하여 개정된 것이다(대법원 2018다287287, 2019.4.23., 판결 참조). 2017년부터 2020년까지의 재산세에 관하여는 개정된 법률이 적용되므로, 이 사건 토지가 ’미집행된 토지‘인 경우에 한하여 감면대상이 된다. 아직 정비공사 등이 이루어지고 있으나 아직 완료되지 않은 상태의 토지는 감면대상인 ‘미집행 토지’에 해당한다고 할 것인바, 이 사건 정비사업은 2020. 8. 29. 준공인가를 받아 2021. 5. 18. 소유권이전고시가 이루어졌으므로, 2020년 귀속 재산세의 과세기준일인 2020. 6. 1.에는 도시관리계획의 용도대로 집행이 완료되지 않아 감면대상이다. 토지의 용도는 도로, 소공원, 녹지로서 구 국토계획법에서 정하는 공공시설을 위한 용지에 해당되어 고시가 공공시설용지인 토지에 관한 ‘국토계획법에 따른 지형도면 고시’에 해당한다면, 재산세 도시지역분이 비과세되어야 한다. 감면규정에 따르면 ‘국토계획법 제2조 제13호에 따른 공공시설을 위한 토지일 것’, ‘그 토지가 국토계획법에 따라 지형도면의 고시가 된 토지일 것’이라는 요건을 모두 갖추면 재산세 도시지역분 비과세 대상이 되고, 달리 도시정비법에 의하여 지정된 정비구역 내 공공시설용지의 경우를 비과세 대상에서 배제하고 있지 않다.
※ 조세심판원 결정(조심 2023지5294, 2024.9.10.)도 동일한 논지임

[사례] 도시 및 주거환경정비법에 따른 사권제한 토지의 범위 「국토의 계획 및 이용에 따른 법률」제2조 제7호에 따라 도시계획시설(공원)로 지정된 것이 아니라, 「도시 및 주거환경정비법」에 따라 정비기반시설로 지형도면이 고시되었으므로「지방세특례제한법」제84조 제1항에서 규정하고 있는 사권제한 부동산에 해당하지 않는다(행안부, 지방세특례제도과-1991, 2021.8.30.)

(11) 중과세율 적용 배제 특례에 대한 사후관리 강화(지특법§180의2) : 취득 후 2년 내에 특례 대상이 아니게 되는 경우 추징

현재 리츠, 부동산펀드, PFV의 경우 취득세 중과세를 배제하고 있으나, 일정 기간(2년) 내 특례 대상이 아니게 되는 경우에 대한 추징 규정이 없어, 중과세 추징할 수 있도록 개정된다.

(12) 국가전략기술 기업부설연구소 감면 대상 확대(지특법§46)

현재 기업부설연구소에 대하여 기업의 규모에 따라 차등 감면을 적용하고 있으나, 지역 균형 발전을 위한 비수도권 소재 기업부설연구소에 대한 지원 확대 및 국가전략기술 감면 확대를 통한 국가·기업 경쟁력 제고차원에서 『외교·안보 측면의 전략적 중요성이 인정되고, 국민경제 등에 미치는 영향이 크며, 미래 혁신의 기반이 되는 기술(반도체·이차전지, 백신 등 7개 분야 71개 기술)』에 대한 기업부설연구소에 대하여 추가 15%감면을 확대하도록 개정된다.

(13) 인구감소지역 주민 고용 시 법인지방소득세 세액공제 신설(지특법§§167의5)

지역 균형 발전을 도모하고 인구감소지역 일자리 확대를 위해 해당 지역에 소재하는 기업이 지역 주민을 우선 고용하는 경우, 고용한 과세연도에 한정하여 법인지방소득세 세액공제 제도(1인당 45만원(중소기업 70만원))가 신설된다. 이 경우 지역 주민의 범위는 고용 시점에 해당 법인 소재 인구감소지역에 6개월 이상 주소를 둔 사람을 의미한다.

(14) 빈집 정비 및 활용 촉진을 위한 지원 확대(지특법 §75의6)

빈집의 정비‧활용을 지원하기 위하여, 빈집 철거 후 토지에 대한 재산세를 감면하고, 철거 후 토지에 신축하는 주택‧건축물에 대하여 취득세 감면하도록 신설된다.
[빈집에 대한 활용과 세제지원 내용]

(15) 주택 취득 후 중과세 제외 요건 미충족 시 절차 개선(지법§20)

현재는 주택을 취득한 후 중과세에서 제외되었다가 사후적 추징 요건에 해당하게 되는 경우 신고 절차가 미비하여 주택 취득 후 사후적 사유 발생에 따라 중과세 대상에 해당하게 되었을 때 자발적인 신고·납부를 유도하고 가산세 부담 완화할 수 있도록 절차를 정비하여, 2026. 1. 1. 이후 중과 요건 미충족 사유가 발생하는 분부터 적용된다.

(16) 성실신고확인서 제출 법인에 대한 신고·납부 기한 연장(지법§§103의23①)

현재 성실신고확인서를 제출하는 법인에 대하여는 법인지방소득세 신고·납부 기한을 4개월을 5개월로 1개월 연장하도록 개정된다.

3. 유의점

행정안전부에서 발표한 2026년도 시행 지방세 개편 방안은 『인구 감소 위기 대응을 위한 국가 균형 발전과 지역경제 활성화』을 우선 과제로 하여 지역 기업과 주민 생활의 안정을 지원하고 납세 편의를 개선하는 등 납세자 친화적 환경을 조성하는 지방세제 개편 방안을 마련하였다는 점에서 긍정적인 평가를 하고 있다. 그런데 일부 지방세 개편 내용 중 기업과 관련된 세제에 대하여는 기업 입장에서 세부담 차원에서의 대응이 필요하다.

첫째, 회원제 골프장에 대한 중과세 범위가 확대된다. 종전에는 회원제 골프장에 대한 승계 취득이나 법인합병 등에 대하여는 중과세 대상에 해당되지 아니하였으나, 개정후에는 내년부터 중과세 대상에 해당한다. 특히 적격 합병을 통한 회원제 골프장 취득 시에는 특례세율(4%-2%=2%)이 적용되어 감면은 적용되지 아니하고 중과세가 이루어지기 때문에 유의하여야 한다.

둘째. 도시지역분 재산세의 과세 대상이 확대된다. 현재 「국토계획법」에 의한 지형도면이 고시된 공공시설용지에 대하여는 재산세 도시지역분을 비과세 대상으로 하고 있으나, 개정 후에는 공공시설을 설치·정비 또는 개량하기 위한 토지로서 「국토계획법」제88조에 따른 실시계획의 인가를 받기 전까지의 토지로 한정하여 감면되므로, 감면 범위가 축소되는 점을 유념하여야 한다.

셋째, 사권 제한 토지에 대한 감면 축소된다. 현재 「국토계획법」 에 의거 도시·군계획시설로 도시·군관리계획이 결정되고 그 지형도면이 고시된 경우에만 감면 대상으로 하고 있으나, 개정 후에는 국토계획법 이외의 다른 법률에 따라 도시·군관리계획의 결정이 의제되는 경우도 감면 대상에 포함하되, 도시·군관리 실시계획이 진행된 경우에는 감면 대상에서 제외하도록 감면이 축소되는 점을 유념하여야 한다.

넷째 리츠 등 중과세율 적용 배제 특례에 대한 사후 관리가 강화된다. 리츠, 부동산펀드, PFV의 경우 과밀억제권역 내 대도시 취득세 중과세를 배제하고 있으나, 일정 기간(2년) 내 특례 대상이 아니게 되는 경우에 대한 추징 규정이 없어 중과세를 추징 할 수 있도록 개정되는 것이므로, 추징 사유 발생일로부터 60일 이내에 신고·납부를 하지 아니할 경우 가산세 등 불이익을 받게 되는 점을 유의하여야 한다.

따라서 기업에서는 상기에 언급한 2026년도 시행 기업 관련 주요 지방세 개정 사항을 면밀히 검토하여 적극적으로 대응할 필요가 있다.