R&D 비용에 대한 절세 방법 알아보기

BY 김수종 2024-12-05

조회 1298 3

고민해 대리는 이사회에서 지금까지 생산한 제품의 업그레이드를 하기 위해 연구진을 확보하고 드디어 연구소를 설립한다고 발표한 후로 매일 기초자료 수집과 정리로 출근해서 퇴근할 때까지 시간 가는줄 모르고 일하고 있습니다.

세무사님, 안녕하세요? 흔히 R&D 비용을 지출하면 절세할 수 있다고 해서 내용을 살펴보기는 했는데, 전체적인 밑그림을 그리고 작업을 진행하면 좋겠어요. 여러 자료를 찾아서 읽어보았는데 내용이 한눈에 들어오질 않아요. 주의할 내용도 찿아보기 쉽지 않구요.

아무래도 내용도 쉽지 않지만 실무 적용시 주의할 사항들이 여러 가지인데 주의사항까지 찾아보는 것은 더 어렵겠죠.

이사님들은 제가 다 알고 찾을거라 생각하는 것 같아요. 그래서 늘 힘들게 느껴지고요. 그래도 너무 힘들다고 했더니 간단하게 요약해서 보고서를 작성해달라고 하셨어요.

그러면 조세특례제한법 제10조 【연구·인력개발비에 대한 세액공제】의 내용을 전체적으로 설명드릴께요. 아무래도 전제 내용을 설명하려니 저 혼자 하는 얘기가 길어질 듯 하네요. 일단 전체를 설명드리고 주의할 내용은 별도로 정리해드릴게요.

첫째, 연구인력개발비의 분류입니다.

① 조세특례제한법 시행령 별표6에서는 일반연구인력개발비 세액공제를 받을 수 있는 비용의 범위를 규정하고 있습니다. 연구개발의 경우 크게 자체연구개발과 위탁및공동연구개발로 구분하여 세액공제를 인정하는 비용의 범위를 규정합니다.
② 시행령 별표7에서 신성장원천기술의 범주를 총14가지로 구분하여 규정하고 있고 이 범주에 해당하는 비용에 대해서는 신성장원천기술연구개발비로 인정하여 세액공제를 일반연구인력개발비 보다 좀 더 많이 적용받을 수 있습니다.
③ 시행령 별표7의2에서 국가전략기술의 범주를 총7가지로 구분하여 규정하고 있고 이에 해당하는 경우에는 국가전략기술연구개발비로 신성장원천기술연구개발비 보다 좀 더 많이 세액공제를 적용받을 수 있습니다.
지금까지 설명드린 내용을 구분하여 정리해보면 다음과 같이 정리할 수 있습니다.

<연구인력개발비의 구분>

연구인력 개발비	신성장 원천기술 연구개발비	① 미래형자동차 ② 지능정보 ③ 차세대소프트웨어 및 보안 ④ 콘텐츠 ⑤ 차세대전자정보디바이스 ⑥ 차세대방송통신 ⑦ 바이오·헬스	⑧ 에너지·환경 ⑨ 융복합소재 ⑩ 로봇 ⑪ 항공·우주 ⑫ 첨단소재·부품·장비 ⑬ 탄소중립 ⑭ 방위산업
	국가 전략기술 연구개발비	① 반도체 ② 이차전지 ③ 백신 ④ 디스플레이	⑤ 수소 ⑥ 미래형 이동수단 ⑦ 바이오의약품
	일반연구 인력개발비	위의 신성장원천기술과 국가전략기술로 분류되지 않은 연구개발비와 인력개발비 중 시행령 별표6에 나열된 비용

※ 위의 구분 중 신성장원천기술연구개발비와 국가전략기술연구개발비는 2024.12.31. 발생분까지만 이와 같이 구분하여 분류하고 세액공제를 적용합니다. 연말 세법 개정시 적용시기가 연장되는 경우에는 계속하여 위와 같이 구분되지만 현재는 올해 연말까지만 적용되니 주의하세요.

둘째, 위와 같이 구분된 연구개발비는 다음의 공제율을 적용하여 공제세액을 계산합니다.

① 신성장원천기술연구개발비의 공제율

기업유형에 따른 공제율과 매출액 대비 신성장원천기술연구개발비 비율을 합한 비율을 공제율로 적용합니다. 공제율 = 기업유형별 비율 + 매출액 대비 신성장원천기술연구개발비 비율 ㉠ 기업유형별 비율

중소기업	중소기업외의 경우
중소기업	코스닥상장 중견기업	그 외 경우
30%	25%	20%

㉡ 매출액 대비 신성장원천기술연구개발비 비율 Min(ⓐ, ⓑ)
ⓐ (신성장원천기술 연구개발비 ÷ 해당 과세연도 수입금액) × 3
ⓑ 10%(코스닥상장 중견기업의 경우 15%) ※ 여기서 해당과세연도의 수입금액이란 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말합니다.

② 국가전략기술연구개발비의 공제율

기업유형에 따른 공제율과 매출액 대비 국가전략기술연구개발비 비율을 합한 비율을 공제율로 적용합니다. 공제율 = 기업유형별 비율 + 매출액 대비 국가전략기술연구개발비 비율 ㉠ 기업유형별 비율

중소기업	중소기업외의 경우
40%	30%

㉡ 매출액 대비 국가전략기술연구개발비 비율 Min(ⓐ, ⓑ)
ⓐ (국가전략기술 연구개발비 ÷ 해당 과세연도 수입금액) × 3
ⓑ 10% ※ 여기서 해당과세연도의 수입금액이란 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말합니다.

③ 일반연구인력개발비의 공제율

㉠ 위 ‘①’의 신성장원천기술연구개발비 또는 ‘②’ 국가전략기술연구개발비에 해당하지 아니하거나 신성장원천기술연구개발비 또는 국가전략기술연구개발비 공제율을 선택하지 않은 경우에는 다음의 공제율을 적용합니다. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 당해연도 발생액 기준에 해당하는 금액을 공제액으로 합니다.

구분	직전연도 발생액 초과액 기준		당해연도 발생액 기준
구분	해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비를 초과하는 경우 초과발생액에 공제율 적용		해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 공제율 적용
공제액	해당 과세연도 일반연구인력개발비 – 직전 과세연도 일반연구인력개발비	중소기업 50%	해당 과세연도 일반연구 인력개발비 발생액	중소기업 25%
		중견기업 40%		중소기업이 시행령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 다음 구분에 따른 비율
		그 외 기업 25%

※ 중소기업이 시행령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 다음 구분에 따른 비율을 공제율로 적용합니다. 여기서 ‘최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우’란 종소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도가 경과된 경우를 말합니다. 즉, 중소기업 유예제도를 적용받아 유예기간 중에는 중소기업의 공제율 25%를 적용하고 유예기간이 종료한 후의 경우 다음과 같이 적용합니다.

㉠ 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지	15%
㉡ ‘㉠’의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지	10%
㉢ 중견기업이 ‘㉡’에 해당하지 아니하는 경우	8%
㉣ ‘㉠’부터 ‘㉢’까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우	Min(ⓐ, ⓑ) ⓐ 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 50% ⓑ 2%

㉡ 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액은 다음과 같이 계산합니다.

4년간 평균발생액 =	해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구인력개발비 합계액	x 해당 과세연도의 개월 수 x	1
	해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구인력개발비가 발생한 과세연도의 수 (그 수가 4 이상인 경우 4로 한다)		12

셋째, 연구개발비 중 연구원의 인건비는 주요 세액공제대상 연구개발비인데 다음에 해당하는 연구원의 인건비는 세액공제 대상 인건비에서 제외하니 주의하여야 합니다.

<세액공제 대상에 제외되는 연구원>

주주인 임원으로서	1. 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하게 되는 자
	2. 당해 법인의 주주로서 「법인세법 시행령」 제43조 제7항에 따른 지배주주 등 및 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주
	3. 제2호에 해당하는 자(법인을 포함한다)와 「소득세법 시행령」 제98조 제1항 또는 「법인세법 시행령」 제2조 제5항에 따른 특수관계인. 이 경우 「법인세법 시행령」 제2조 제5항 제7호에 해당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다.

넷째, 연구원의 인건비에는 사회보험료 회사부담금도 포함합니다.

즉, 국민연금, 건강보험 및 장기요양보험, 고용보험, 산재보험의 회사부담금을 포함한다는 것입니다. 특히, 2024년부터는 산재보험의 회사부담금이 포함된다는 점 주의하세요.

다섯째, 연구비 중 회사가 지원받은 금액이 있다면 이는 공제세액 계산시 연구비에서 제외하여야 하는데 지원금 모두를 제외하는 것은 아니고 다음의 법률에 따라 지원받은 금액을 연구비에서 제외하여야 합니다.

연구개발비에서 제외하는 출연금 수령액 등	다음의 법령에 따라 수령한 출연금 수령액 ① 「산업기술혁신 촉진법」 ② 「정보통신산업 진흥법」 ③ 「중소기업기술혁신 촉진법」 ④ 「소재·부품·장비산업 경쟁력 강화 및 공급망 안정화를 위한 특별조치법」 ⑤ 「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」 ⑥ 「기초연구진흥 및 기술개발 지원에 관한 법률」
국가, 지방자치단체,「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비 또는 인력개발비로 지출하는 금액

연구개발비에서 제외하는
출연금 수령액 등

다음의 법령에 따라 수령한 출연금 수령액
① 「산업기술혁신 촉진법」
② 「정보통신산업 진흥법」
③ 「중소기업기술혁신 촉진법」
④ 「소재·부품·장비산업 경쟁력 강화 및 공급망 안정화를 위한 특별조치법」
⑤ 「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」
⑥ 「기초연구진흥 및 기술개발 지원에 관한 법률」

국가, 지방자치단체,「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 출연금 등의
자산을 지급받아 연구개발비 또는 인력개발비로 지출하는 금액

세무사님, 지금까지는 연구인력개발비의 구분과 각 구분별 공제액을 알려주셨는데 실무 적용시 더 주의할 내용이 있을까요?

주의할 내용은 이것 말고도 많이 있지만 법인세 신고시 연구인력개발비 세액공제를 적용할 경우에는 법인의 주주명부를 꼭 확인하세요. 그 이유는 앞서 설명한 주주인 임원 중 요건을 충족한 경우에는 연구원일지라도 제외하여야 하기 때문입니다.
그리고, 당해 연도에 새로 입사한 직원을 연구원으로 발령하는 경우가 있는데, 예를들어 입사일자는 2024.7.1.인데 연구원으로 발령한 일자가 2024.10.1.이라면 세액공제 대상이 되는 연구원의 인건비 중 7월, 8월, 9월의 인건비는 제외하고 발령일 이후에 발생한 금액만 세액공제 대상 인건비로 파악하여야 합니다.

오 그렇군요! 지금까지 설명해주신 내용 잘 요약하면 보고서 쓰는게 쉽겠어요.

도움이 되었다니 다행이네요~

세무사님, 오늘도 고맙습니다.

그래요, 다음에 뵐게요!

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