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1. 법인세 과세소득의 범위

법인세법 제4조에서는 과세소득의 범위를 열거하고 있으며, 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입에 대해 법인세 과세대상으로 하고 있습니다. 다만, 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(법인세법상 수익사업은 제외)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 목적사업에 해당하여 과세소득에서 제외하고 있습니다. 이 경우 해당 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 봅니다.

그러므로 처분일 현재 3년 이상 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 사용하지 않은 유형자산 및 무형자산을 처분하여 얻은 수입은 법인세 과세대상에 해당하는 것입니다.

2. 법인세 과세대상 여부

■ 수익사업에 사용하던 부동산을 목적사업으로 전입한 경우

이전에는 비영리법인이 수익사업에 속하는 부동산을 목적사업으로 전입하여 3년 이상 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 사용한 후 처분하는 경우에는 수익사업에 사용한 기간동안 발생한 양도차액에 대해서도 법인세 과세대상에 해당하지 않았습니다. 법인세법에서는 부동산을 처분일을 기준으로 3년 이상만 고유목적사업에 사용하면 과세를 하지 않았기 때문입니다.

하지만 법률개정으로 2018년 2월 13일 이후 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 고정자산의 취득가액으로 하여 양도차액을 계산하여 목적사업에 전입 이후 발생한 처분 수입만 비과세합니다. 그러므로 수익사업으로 사용한 기간동안 발생한 양도차액에 대해서는 법인세가 과세됩니다. 수익사업에 사용하던 부동산을 목적사업에 전입한 후 처분하는 경우

㉠ 2018.01.31. 시가 1,200 전입한 경우 ※ 비과세 처분수입 ＝ 양도가액－최초 취득시 취득가액 ＝ 1,500－1,000 ＝ 500
그러므로 양도차액 500에 대해 전부 비과세한다.
㉡ 2018.03.01. 시가 1,200 전입한 경우 ※ 비과세 처분수입 ＝ 양도가액－목적사업 전출시 시가 ＝ 1,500－1,200 ＝ 300
그러므로 양도차액 500에 대해서 300은 비과세하고 200에 대해서만 과세한다. 비영리법인이 부동산의 처분일 현재 고정자산을 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 사용하였는지 여부의 판단에 있어 고유목적사업에 사용한 기간은 그 부동산을 취득한 날부터 기산하고, 증여로 인한 취득일 경우에는 소유권이전 등기일을 취득일로 합니다. 그리고 법인격 없는 단체가 법인으로 승인받기 전에 취득한 부동산을 처분하는 경우 법인으로 보는 단체로 승인받기 전부터 사실상 고유목적사업에 직접 사용한 때에는 고유목적사업에 사용한 날부터 기산합니다.
[관련법령]

1) 법인세법 제4조【과세소득의 범위】 ③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다. 1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 통계법 제22조에 따라 통계청장이 작성·고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것 2. 소득세법 제16조 제1항에 따른 이자소득
3. 소득세법 제17조 제1항에 따른 배당소득
4. 주식·신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입
5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다. 6. 소득세법 94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인한 수입
7. 그 밖에 대가를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것
2) 법인세법시행령 제3조【수익사업의 범위】 ② 법 제4조 제3항 제5호 단서에서 “대통령령으로 정하는 수입”이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일(「국가균형발전 특별법」 제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다.

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■ 목적사업에 사용하던 부동산을 수익사업으로 전입한 경우

비영리법인이 목적사업에 속하는 부동산을 수익사업으로 전입하여 사용하던 중 부동산을 양도하는 경우에는 법인세 과세대상이 되는 양도차액은 어떻게 될까요?

앞의 사례와 비교해 본다면 양도일 현재는 수익사업에 사용하고 있으나 고유목적사업에 사용한 기간이 3년 이상인 경우에는 고유목적사업에 사용한 기간동안 발생한 양도차익에 대해서는 법인세 과세대상에서 제외되어야 할 것으로 생각됩니다.

하지만 이 경우 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용하지 않았으므로 취득시점부터 처분시점까지 발생한 보유기간 전체에 대한 양도차액이 법인세 과세대상에 해당합니다.

그러므로 목적사업에 사용하던 부동산을 수익사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 수익사업에 사용하던 부동산을 목적사업에 전입한 후 처분하는 경우보다 과세대상 양도차액이 늘어나는 결과가 발생하게 됩니다. 목적사업에 사용하던 부동산을 수익사업에 전입한 후 처분하는 경우 ※ 과세 처분수입 ＝ 양도가액－최초 취득시 취득가액 ＝ 1,500－1,000 ＝ 500
목적사업 사용기간 동안 발생한 양도차액에 대해서도 과세대상에 해당하므로 전체 양도차액 500에 대해 과세한다.

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■ 목적사업에 사용하던 부동산을 수익사업으로 전입하고 처분시점에는 목적사업에 다시 전입하여 3년 이상 사용후 처분하는 경우

비영리법인이 수익사업에 속하는 부동산을 목적사업으로 전입하여 3년 이상 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 사용한 후 처분하는 경우에는 수익사업에 사용한 기간동안 발생한 양도차액에 대해서도 법인세 과세대상에 해당하지 않았습니다. 하지만 법률개정으로 2018년 2월 13일 이후 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 고정자산의 취득가액으로 하여 양도차액을 계산하여 목적사업에 전입 이후 발생한 처분 수입만 비과세합니다. 그러므로 수익사업으로 사용한 기간동안 발생한 양도차액에 대해서는 법인세가 과세된다고 설명드렸습니다.

그럼 수익사업에 사용하기 이전 목적사업에 사용한 기간동안 발생한 양도차액에 대해서도 법인세가 비과세 될까요?

법률에서는 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 생기는 수입에 대해 비과세를 적용해 주고 있습니다. 그러므로 비과세 대상 양도차액 계산시 취득가액은 고유목적사업에 전입시 시가를 취득가액으로 보아 비과세를 적용하므로 결국 최초에 목적사업에 사용한 기간동안 발생한 양도차액에 대해서는 과세대상에 포함됩니다. 목적사업에 사용하던 부동산을 수익사업에 전입한 후 다시 목적사업에 전입한 후 처분하는 경우 ※ 비과세 처분수입 ＝ 양도가액－목적사업 전출시 시가 ＝ 1,500－1,300 ＝ 200
그러므로 양도차액 500에 대해서 200은 비과세하고 300에 대해서만 과세한다. [예규] (사전법규법인-1250, 2023.03.29)

(요지) 수익사업에 전입하기 전까지의 기간동안 발생한 처분수입은 비과세대상에 해당하지 않는 것임
(답변내용) 비영리내국법인이 토지 및 건물(이하 “쟁점부동산”)을 취득한 후 고유목적사업에 사용하다가 수익사업에 전입하여 일정기간 임대업에 사용한 후, 또 다시 고유목적사업에 전입하여 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용 후 처분하는 경우 쟁점부동산의 처분수입 중 쟁점부동산을 취득한 이후부터 수익사업에 전입하기 전까지의 기간동안 발생한 처분수입은 ｢법인세법｣ 제4조 제3항 제5호 단서에 따른 비과세대상에 해당하지 않는 것임

1. 사실관계
질의법인은 경기도 **시 소재 토지 및 건물(‘쟁점부동산’)을 2010년 **월 **일 증여로 취득하였으며, 이후 2022년 *월 **일에 쟁점부동산을 ****에 양도한바, 쟁점부동산의 취득시부터 양도시까지 사용현황은 아래와 같음

연번	기 간	사용 현황	사용 구분	비고
①	’10.**.**. ~ ’16.**.**	교회교육관	고유목적사업	(질의)비과세 여부
②	’16.**.**. ~ ’18.**.**.	임대사업	수익사업	-
③	’18.**.**. ~ ’22.**.**.	교회교육관	고유목적사업	-

2. 질의요지
질의법인이 쟁점부동산을 취득 후 고유목적사업에 사용하다가 수익사업에 전입하여 일정기간 임대업에 사용한 후, 또 다시 고유목적사업에 전입하여 3년 이상 고유목적사업에 직접사용 후 처분하는 경우질의법인이 쟁점부동산을 수익사업에 전입하기 전 과거 고유목적사업에 사용한 기간동안의 처분수입이 비과세되는지 여부

3. 고려해야 할 사항

비영리법인이 목적사업에만 사용한 부동산을 처분하는 경우에는 상관이 없겠지만 목적사업에 사용한 기간동안 발생한 양도차액이 많은 부동산을 수익사업에 전입하여 사용하는 경우에는 목적사업에 사용한 기간동안 발생한 양도차액에 대해서도 법인세가 부과될 수 있습니다. 이 경우 부동산을 수익사업에 전입하여 임대 등을 통해 발생한 수입보다 추후 처분시 양도차액에 대해 발생하는 법인세가 더 클수 있기 때문에 수익사업에 전입시 반드시 이를 고려하여야 합니다.