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재개발·재건축 사업 절차에서 조합원의 종전부동산은 관리처분계획인가일을 기점으로 부동산을 취득할 수 있는 권리인 조합원입주권으로 전환되며, 이후 준공(사용승인)을 통해 신축주택으로 최종 변환됩니다. 조합원입주권은 「소득세법」상 주택이 아닌 부동산을 취득할 수 있는 권리로 분류됨에도 불구하고, 1세대 1주택 비과세 및 장기보유특별공제 적용에 있어 주택과 유사한 특례를 적용받는 등 복잡한 세법 규정을 가지며, 실무적으로는 양도차익을 관리처분계획인가일 전후로 이원화하여 산정하는 방식, 장기보유특별공제 적용 대상 양도차익의 범위 및 보유기간 계산, 1세대 1주택 특례 적용 시 거주기간 산정 쟁점, 그리고 세율 적용을 위한 보유기간 판정 등에 유의하여야 합니다.

이하에서는 재개발·재건축 조합원입주권의 세법상 지위와 전환 시점을 먼저 살펴본 후 양도소득세의 핵심 계산 요소인 양도차익, 장기보유특별공제, 세율 적용 방법을 각 상황별로 구분하여 살펴보겠습니다.

1. 조합원입주권의 세법상 지위 및 전환 시점

(1) 조합원입주권의 정의

양도소득세에서 조합원입주권이란 「도시 및 주거환경정비법」(이하 "도정법")에 따른 관리처분계획의 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」(이하 "소규모주택정비법")에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 말합니다. 이는 정비사업조합의 조합원(원조합원)으로서 취득한 것과 그 조합원으로부터 승계 취득한 것을 모두 포함합니다.

(2) 다른 권리와의 세법상 지위 비교

세법은 부동산을 취득할 수 있는 권리 중 조합원입주권과 분양권을 별도로 정의하여 1세대 1주택 비과세 판정, 다주택자 중과세율 판정 시 주택 수에 포함시키는 등 사실상 주택에 준하여 특별하게 취급하고 있습니다.

(3) 자산의 전환 시점

조합원입주권 양도소득세 계산의 대전제는 종전부동산이 조합원입주권으로, 그리고 조합원입주권이 신축주택으로 전환되는 시점을 명확히 하는 것입니다.

① 종전부동산 → 조합원입주권 (권리 전환)

종전부동산(주택, 토지 등)이 조합원입주권(권리)으로 전환되는 시점은 사업의 근거 법령 및 시기에 따라 다릅니다. 구체적으로 재개발·재건축사업에서 조합원의 종전부동산이 조합원입주권으로 전환되는 시기는 도도시정비법 시행 이전인 2003년 6월 29일 이전에는 「주택건설촉진법」상의 사업계획승인일, 도시정비법 시행 이후에는 2003년 6월 30일 이후부터 2005년 5월 30일 이전까지는 사업시행인가일, 2005년 5월 31일 이후에는 관리처분계획인가일을 기준으로 판정합니다. 즉, 재개발·재건축사업 조합원의 종전부동산은 관리처분계획인가일을 기준으로 부동산을 취득할 수 있는 권리로 전환되며, 여기서 관리처분계획인가일은 지방자치단체의 공보에 고시한 날을 의미합니다. 반면, 소규모주택정비법에 따른 자율·가로주택정비사업, 소규모재개발사업 및 소규모재건축사업은 관리처분계획이 사업시행계획인가에 포함되기 때문에 사업시행계획인가일을 기준으로 종전부동산이 조합원입주권으로 전환됩니다.


반면, 소규모주택정비법에 따른 자율·가로주택정비사업, 소규모재개발사업 및 소규모재건축사업은 관리처분계획이 사업시행계획인가에 포함되기 때문에 사업시행계획인가일을 기준으로 종전부동산이 조합원입주권으로 전환됩니다.

② 조합원입주권 → 신축주택 (부동산 전환)

조합원입주권은 준공일에 신축부동산으로 전환되며, 「소득세법」상 자기가 건설한 건축물에 해당하여 그 취득시기는 「소득세법 시행령」 제162조 제1항 제4호에 따라 사용승인서 교부일, 사실상의 사용일, 임시사용승인을 받은 날 중 빠른 날로 판단합니다.

이때 도시정비법상 ‘준공인가증’이 ‘사용승인서’에 해당하며, 실무상 건축물대장의 ‘사용승인일’을 기준으로 삼는 경우가 많습니다. 다만, 판례는 대장상 날짜가 내부결재일이라면 실제 ‘사용승인서(준공인가증) 교부일’을 기준으로 보아야 한다고 판시한 바 있습니다.

또한, 상속으로 입주권을 승계취득하고 분양대금 잔금을 납부한 경우에는 잔금지급일을 취득시기로 보아야 하며 「소득세법 시행령」 제162조 제1항 제4호의 적용이 부적절하다고 본 대법원 판례도 있으므로 유의해야 합니다.

2. 조합원입주권의 양도차익 산정 (원조합원)

(1) 기본 계산구조

조합원입주권의 양도차익은 종전부동산이 조합원입주권으로 전환되는 관리처분계획인가일을 기준으로 관리처분계획인가전 양도차익(①)과 관리처분계획인가후 양도차익(②)을 구분하여 산정한 후 합산한 가액으로 하며, 청산금의 납부 또는 수령 여부에 따라 구체적인 계산방법이 달라집니다.

• [상황 1] 분양가액이 종전부동산의 권리가액을 초과하여 청산금을 납부한 경우라면 관리처분계획인가전 양도차익은 [(권리가액 - 취득가액) - 기타필요경비]로, 관리처분계획인가후 양도차익은 [양도가액 - (권리가액 + 납부한 청산금) - 기타필요경비]로 계산합니다.
• [상황 2] 분양가액이 종전부동산의 권리가액에 미달하여 청산금을 지급받은 경우라면 관리처분계획인가전 양도차익은 [(권리가액 - 취득가액 - 기타필요경비) × (권리가액 - 지급받은 청산금) ÷ 권리가액]으로, 관리처분계획인가후 양도차익은 [양도가액 - (권리가액 - 지급받은 청산금) - 기타필요경비]로 계산합니다.
• 즉, 청산금을 납부한 경우와 지급받은 경우 모두 관리처분계획인가일 전·후로 양도차익을 구분하여 계산한 후 각각의 금액을 합산하여 조합원입주권의 전체 양도차익을 산정하지만, 청산금을 지급받은 경우에는 관리처분계획인가전 양도차익(①)을 계산할 때 지급받은 청산금에 상당하는 비율을 제외하고, 관리처분계획인가후 양도차익(②)을 계산할 때 권리가액에서 지급받은 청산금을 차감한다는 점에서 청산금을 납부한 경우와 차이점이 있습니다.

(2) 기존건물과 그 부수토지의 평가액

위 양도차익 산식에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이란 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 관리처분계획에 의하여 정하여진 가격(그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격)을 말합니다.

즉, 「소득세법 시행령」 제166조 제4항에 따라 조합원입주권의 양도차익 산정 시 적용할 기존건물과 그 부수토지의 평가액이란 종전부동산의 권리가격을 말하며, 권리가액이 없는 경우에는 관리처분계획인가일 전후 각 3개월 이내의 매매사례가액, 감정평가액, 기준시가를 순차로 적용하여 산정한 가액으로 합니다.

(3) 기존건물과 그 부수토지의 취득가액을 확인할 수 없는 경우

기존건물과 그 부수토지의 취득가액을 확인할 수 없는 경우에는 “기존건물과 그 부수토지의 평가액 × (취득일 현재 기존건물과 그 부수토지의 소득세법 제99조 제1항 제1호에 따른 기준시가 ÷ 관리처분계획인가일 현재 기존건물과 그 부수토지의 소득세법 제99조 제1항 제1호에 다른 기준시가” 산식에 따라 계산한 환산가액을 종전부동산의 취득가액으로 합니다.

즉, 종전부동산의 취득가액을 확인할 수 없는 경우에는 「소득세법 시행령」 제166조 제3항에 따라 종전부동산의 권리가액을 관리처분계획인가일 현재 종전부동산의 기준시가로 나눈 후 취득일 현재 종전부동산의 기준시가를 곱하여 계산한 환산취득가액을 종전부동산의 취득가액으로 하며, 이와 같이 환산가액으로 종전부동산의 취득가액을 산정한 경우에는 실제 지출한 기타필요경비(자본적지출액 및 양도비) 대신​ 「소득세법 시행령」 제163조 제6항에 따른 필요경비(개산공제액)을 추가로 공제합니다.

3. 장기보유특별공제 적용

장기보유특별공제는 재개발·재건축 세무 실무에서 가장 복잡하고 쟁점이 많은 부분입니다. 적용 대상 양도차익의 범위와 보유기간(특히 거주기간)의 기산점이 상황별로 모두 다릅니다.

기존에는 장기보유특별공제가 토지·건물 양도 시만 적용되고 부동산을 취득할 수 있는 권리에는 적용되지 않았으나, 「소득세법」 제95조 제2항 본문에 2013.1.1. 이후 양도하는 조합원입주권에 관리처분계획 인가 전의 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 적용하는 것으로 개정되었습니다(단, 승계조합원의 입주권 제외).

참고로, 여기서 원조합원이란 관리처분계획인가일(권리변환 기준일) 전 부터 기존부동산을 소유하던 조합원을 말하며, 관리처분계획인가일(권리변환 기준일) 이후 조합원으로부터 조합원입주권을 매매, 상속, 증여 등으로 승계 취득한 자를 승계조합원이라고 합니다.

(1) 원조합원의 장기보유특별공제

① 적용 대상

「소득세법」 제95조 제2항 본문에 따라 '관리처분계획인가전 양도차익(2.(1)의 ①)'에 대해서만 장기보유특별공제가 적용됩니다. 관리처분계획인가후 양도차익(입주권 프리미엄)은 적용 대상이 아닙니다.

 ② 보유기간 계산

적용 대상 양도차익에 대한 보유기간은 '기존부동산의 취득일'부터 '관리처분계획인가일'까지의 기간으로 계산합니다(「소득세법 시행령」 제166조 제5항 제1호).

 ③ 공제율

원칙적으로 「소득세법」 제95조 제2항 [표 1]의 공제율(보유기간별 연 2%, 최대 30%)을 적용합니다. 다만, 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하는 고가 조합원입주권(양도가액 12억원 초과)에 해당하는 경우에는 [표 2]의 공제율(보유기간 및 거주기간별 각각 연 4%, 최대 80%)을 적용합니다.

(2) 승계조합원의 장기보유특별공제

 「소득세법」 제95조 제2항 본문은 조합원입주권의 장기보유특별공제 적용 시 "조합원으로부터 취득한 것(승계조합원)은 제외한다"고 명시하고 있습니다. 따라서 승계조합원이 조합원입주권 상태로 양도하는 경우에는 장기보유특별공제를 적용받을 수 없습니다.

(3) 1세대 1주택 [표 2] 공제율 적용 쟁점 (고가 조합원입주권)

 1세대 1주택 고가 조합원입주권에 해당하여 [표 2]의 높은 공제율을 적용받기 위해서는 2년 이상 거주 요건을 충족해야 합니다. 이 거주기간 산정 방식이 실무상 중요 쟁점이 됩니다.  이에 대해 과세관청 유권해석(사전법규재산2023-141, 2023.11.30.)은 2단계로 나누어 판단합니다.

4. 세율 적용

(1) 세율 적용을 위한 보유기간

조합원입주권 양도 시 세율 적용을 위한 보유기간은 원조합원과 승계조합원의 기산일이 다릅니다.

(2) 보유기간별 세율

위에서 계산된 보유기간에 따라 「소득세법」 제104조 제1항에 따른 다음의 세율이 적용됩니다.

(3) 다주택자 중과세율 적용 여부

조합원입주권은 1세대 1주택 비과세 또는 다주택자 중과세율 판정 시 주택 수에는 포함되지만, 조합원입주권 자체를 양도하는 경우에는 조정대상지역 내 다주택자에 대한 중과세율이 적용되지 않습니다(양도소득세 집행기준 104-167의4-2).

5. 계산 사례

(1) [사례 1] 청산금을 납부한 경우

⦁ 양도가액 : 1,500,000,000원
⦁ 분양가액 : 1,000,000,000원
⦁ 권리가액(종전부동산 평가액) : 800,000,000원
⦁ 납부한 청산금 : 200,000,000원 (= 10억 - 8억)
⦁ 종전부동산 취득가액 : 500,000,000원
⦁ 기타필요경비 : 0원
⦁ 종전부동산 취득일 ~ 관리처분계획인가일 보유기간: 10년 이상 (2년 이상 보유 충족)
⦁ 1세대 1주택 비과세 요건 미충족

(2) [사례 2] 청산금을 수령한 경우

⦁ 양도가액 : 1,500,000,000원
⦁ 분양가액 : 600,000,000원
⦁ 권리가액(종전부동산 평가액) : 800,000,000원
⦁ 수령한 청산금 : 200,000,000원 (= 8억 - 6억)
⦁ 종전부동산 취득가액 : 500,000,000원
⦁ 기타필요경비 : 0원
⦁ 종전부동산 취득일 ~ 관리처분계획인가일 보유기간: 10년 이상 (2년 이상 보유 충족)
⦁ 1세대 1주택 비과세 요건 미충족

6. 관련 유권해석

(1) 양도차익 산정 관련

(2) 장기보유특별공제 계산 관련

(3) 세율 적용 관련

(4) 그 밖의 주요 유권해석

맺음말

재개발·재건축 조합원입주권의 양도소득세는 양도 주체(원조합원 또는 승계조합원) 및 청산금 수수 여부에 따라 계산 구조가 달라지는 복잡한 영역입니다. 특히 장기보유특별공제는 원조합원의 관리처분계획인가 전 양도차익에만 한정되며, 승계조합원은 조합원입주권 상태로 양도하는 경우 장기보유특별공제를 전혀 적용받을 수 없습니다.
또한 1세대 1주택 [표 2] 공제율 적용을 위한 거주기간 산정 방식 역시 실무상 쟁점이 되므로 각별한 주의가 필요합니다.
앞서 살펴본 내용을 참고하여 실무에 도움이 되시기를 바랍니다.