원고들은 ○○그룹에 속해 있는 계열회사들이고, 소외 1은 2005.10.17. 설립된 차량렌탈 및 중고차 매매업을 주요 사업으로 영위하는 비상장법인이다. 소외 1의 대주주였던 소외 2는 2015년경 소외 1의 매각을 추진하였는데, 당시 소외 1 지분 52%에 상당하는 5,698,768주는 소외 2가, 나머지 48%에 해당하는 4,126,932주는 재무적 투자자들(이하 소외 1과 합하여 ‘이 사건 매도인들’)이 각각 나누어 보유하고 있었다.
원고 A는 2015.2.18. 소외 1 인수에 관한 우선협상대상자로 최종 선정되었고, 2015.3.11. 이 사건 매도인들로부터 약 1조 200억 원에 소외 1 발행 주식(이하 ‘이 사건 주식’) 100%를 매수하기로 하는 계약(이하 ‘이 사건 주식 매매계약’)을 체결하였다.
원고 A는 주식 매수자금을 자체적으로 조달하여 단독으로 소외 1을 인수하는 것이 불가능하자 같은 그룹 계열사인 다른 원고들을 투자자로 참여하도록 하였다. 원고들과 소외 2는 2015.5.8. 원고 A가 나머지 원고들에게 이 사건 주식매매계약 상의 매수인 지위 중 일부를 이전하는 내용의 ‘계약상 지위이전 합의’를 체결하여 원고들이 이 사건 주식 중 50%를 인수하기로 하였고, 이에 따라 원고들은 2015.6.3. 다음 표와 같이 이 사건 주식을 취득하였다.


원고 A는 부족한 인수 자금 조달을 위하여 외부투자자 甲, 乙, 丙(이하 ‘이 사건 외부투자자들’)을 유치하였고 이 사건 외부투자자들이 이 사건 주식 982,570주(10.00%), 944,037주(9.61%), 1,059,636주(10.78%)(합계 30.39%, 이하 ‘이 사건 쟁점주식’)에 대한 양수인 지위를 각각 인수하여 주주명부에 주주로 명의개서되었다. 한편, 원고 A는 丁과 주주 간 계약을 체결하여 丁이 이 사건 주식 1,926,607주(19.61%)에 대한 양수인 지위를 인수하고 주주명부에 주주로 명의개서되었다.


이 사건 외부투자자들이 원고 A, B와 체결한 주주 간 계약(이하 ‘이 사건 주주 간 계약’) 및 스왑계약(이하 ‘이 사건 스왑계약’. 이하 이 사건 주주 간 계약과 합하여 ‘이 사건 각 거래’)에 따르면, 이 사건 외부투자자들은 이 사건 쟁점주식의 의결권 행사를 원고 A, B에게 5년간 위임하였으나 원고들은 신주의 발행, 감자, 증자, 정관 변경 등 다양한 경우에 있어 이 사건 외부투자자들에게 반드시 그 결의 이전에 서면으로 통지하여야 했다. 한편 원고 A, B에게 이 사건 쟁점주식에 대한 우선매수권이 부여되었다.
피고들은 원고들이 이 사건 외부투자자들이 인수한 이 사건 쟁점주식을 실질적으로 취득하였고, 그 결과 특수관계에 있는 원고들이 이 사건 주식 총수의 100분의 50을 초과하여 취득함으로써 구 지방세기본법(2016.12.27. 법률 제14474호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같음) 제47조 제2호¹⁾가 정한 과점주주가 되었다고 보아 구 지방세법(2015.12.29. 법률 제13636호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제7조 제5항, 제10조 제4항에 따라 원고들에 대하여 합계 400억 원이 넘는 과점주주 간주취득세를 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’). 1) 현행 지방세기본법 제46조 제2호

지방세법은 “법인의 주식을 취득함으로써 지방세기본법 제46조 제2호에 따른 과점주주(이하 ‘과점주주’)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등을 취득한 것으로 본다”고 규정하여 이른바 과점주주 간주취득세를 규정하고 있다(지방세법 제7조 제5항). 지방세기본법 제46조 제2호는 주주 1명과 그의 특수관계인이 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들을 ‘과점주주’로 규정하고 있다. 즉, 과점주주로서 간주취득세를 부담하기 위해서는 ① 지방세기본법상 특수관계에 있는 자들이 ② 해당 법인 주식의 50%를 초과하여 취득하여야 한다.
따라서 이 사건 처분이 적법한지 판단하기 위해서는 ① 원고들이 지방세기본법상 특수관계인의 지위에 있는지, ② 이 사건 쟁점주식의 소유자가 원고 A, B인지 아니면 이 사건 외부투자자들인지 여부에 대한 판단이 필요하다.²⁾ 2) 피고들은 원고들이 각자의 명의로 취득한 소외 2 주식(지분율 합계 50%) 이외에 이 사건 외부투자자들이 인수한 이 사건 쟁점주식(지분율 합계 30.39%)도 취득함으로써 과점주주가 되었다는 이유로 이 사건 처분을 하였다. 구체적으로 피고들은 원고 A에 대해 외부투자자 甲의 지분 10%, 乙의 지분 9.61%, 합계 19.61%를 합산하여 원고 A의 지분율을 40.38%로 재구성하고, 원고 B에 대해 외부투자자 丙의 지분 10.78%를 합산하여 원고 B의 지분율을 21.58%로 재구성하였다.

먼저, 원심은 원고들이 지방세기본법상 특수관계인에 해당하지 않는다고 판단하였다. 원고들이 특수관계인에 해당한다는 점은 과세관청인 피고들이 이를 주장ㆍ입증하여야 하는데 특정 원고가 다른 원고들에 대하여 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50 이상을 출자한 관계에 있지 않고, 원고들이 동일한 기업집단에 속한 계열회사라는 것만으로는 지방세기본법상 특수관계가 존재한다고 단정할 수 없으며, 달리 원고들 사이에 법인의 경영에 대한 사실상 영향력 행사를 통한 경영지배관계가 존재한다고 인정할 만한 사정이 없다고 판단한 것이다.
다음으로, 원심은 이 사건 쟁점주식의 취득경위 및 목적, 이 사건 쟁점주식 취득자금의 출처, 이 사건 외부투자자들과 원고들과의 관계, 원고들의 주주권 행사 가부, 이 사건 쟁점주식의 처분권한 등을 종합하여 보면 이 사건 쟁점주식을 취득한 것은 원고 A, B가 아닌 이 사건 외부투자자들이라고 판단하였다.
또한 이 사건 주식매매계약의 인수대금의 규모, 이 사건 주주 간 계약 및 스왑계약의 체결 경위와 내용 및 형식, 이 사건 스왑계약의 목적과 내용, 당시 원고 A, B의 자금조달 사정 및 부채비율 등 재무 여건 등을 종합하면, 원고 A, B가 이 사건 외부투자자들과 체결한 이 사건 주주 간 계약 및 스왑계약이 간주취득세를 회피하기 위한 목적으로 이루어졌다고 보기 어려우므로, 원고 A, B가 이 사건 쟁점주식의 실질 귀속자가 된다고 할 수도 없다고 판단하였다.
따라서 원고들이 지방세기본법상 특수관계에 있고, 이 사건 쟁점주식을 취득한 과점주주임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다고 판단하였다.

대상판결은 심리불속행으로 피고들의 상고를 모두 기각함으로써 원고들이 지방세기본법상 특수관계에 있지 아니하고, 원고 A, B가 이 사건 주식을 취득한 것으로 볼 수 없다는 원심의 결론을 유지하였다.

지방세기본법상 특수관계인의 범위는 국세기본법과 차이가 있는데, 특수관계인 판단에 있어 지배적 영향력의 행사주체를 어느 범위까지 인정할 것인지 여부에 대해서 논란이 있어왔다. 대상판결은 (대법원2020두49324, 2021.5.7.) 판결에 이어서, 지배적 영향력의 행사 주체는 본인이 되어야 한다는 원심의 결론을 유지함으로써 지방세기본법의 문언에 충실한 해석을 하였다. 또한, 과세관청은 이 사건 스왑계약에 따라 원고 A, B가 이 사건 쟁점주식을 실질적으로 취득한 것이라고 해석하였으나, 대상판결은 이 사건 스왑계약에 의하여 발생하는 채권적 권리만으로는 주식의 소유자가 변동된 것으로 볼 수 없고, 제반 사정을 고려하였을 때 이러한 계약이 간주취득세를 회피할 목적으로 체결된 것이 아니므로 원고 A, B는 이 사건 쟁점주식의 실질귀속자가 될 수 없다고 보았다. 애당초 간주취득세 제도 자체가 ‘법인의 과점주주가 되면 당해 법인의 재산을 실질적으로 취득하였다’고 보아 취득세를 과세하는 것으로서 실질과세원칙을 바탕으로 한 것이다. 그런데 여기서 더 나아가 ‘TRS 계약을 체결한 것이 실질적으로 주식을 취득한 것과 동일하다’고 보는 것은 실질과세원칙을 지나치게 적용하여 납세자가 법률관계를 선택할 자유와 예측가능성을 크게 저해할 수 있다. 대상판결은 TRS 계약의 의미를 세법적 측면에서 분석하여 실질과세원칙의 확대 적용에 경종을 울리는 계기가 되었다는 점에서 의미를 가진다.