양도인이 상가 건물 등을 양도하고 부가가치세를 납부한 경우 양도가액에서 부가가치세를 포함할 것인지 문제되는데, 실지거래가액으로 자산의 양도차익 산정 시 양도가액은 당해 자산의 양도 당시에 실지 거래된 가액으로 하며, 이 경우 양도가액에는 사업자(양도인)가 매수인으로부터 징수하여 국가에 납부하는 부가가치세는 포함하지 않는 것으로 봄이 일반적이다²⁾.

그러나 간이과세자가 납부한 부가가치세를 납부한 경우 등 몇 가지 경우에 있어서는 부가가치세를 차감할 것인지 여부가 문제된다.

부동산임대업을 포괄적으로 양도 및 양수하는 경우 사업의 포괄양수도는 부가가치세 과세대상이 아니다. 상가를 포괄양수도하면서 부가가치세를 거래징수하지 않은 경우 양도가액에서 부가가치세를 차감할 필요가 없다. 따라서 매매계약서 및 사업 포괄양수도 계약서에 부가가치세는 포괄양수도한다고 기재되어 있어 양도가액에 부가가치세가 포함되어 있지 않으면 양도가액에서 차감하지 않는다³⁾. 만일, 포괄양수도 계약을 하고서 건물 양도 시 거래징수한 부가가치세를 양수자에게 반환하면 양도가액에 산입하지 않는다.

그런데 포괄양수도로 하기로 하면서 거래징수한 부가가치세를 반환하지 않고 양도대가의 일부로 전환시킨 경우에는 양도가액에 산입한다⁴⁾. 양도가액은 실질적으로 자산 양도의 대가로 수령한 금액을 말하기 때문이다.

상가를 매매하면서 매매계약상 매매가액과 별도로 매수인이 부담하기로 약정한 부가가치세를 매도인이 아무런 조건 없이 대신 납부한 경우 대신 납부한 세액은 양도가액에서 차감하지 않는다⁵⁾. 이는 당초 약정에서 부가가치세를 양수인이 부담하기로 하였음에도 매도인이 조건 없이 대납한 것이므로 양도가액은 대납한 가액 이전에 이미 확정된 것이다. 이후 조건 없이 대납한 금액은 별도로 “증여” 등에 해당할 수 있다.

부가가치세법에 따른 간이과세자가 임대용 건물을 양도하고 납부한 부가가치세를 양도가액에서 차감할 수 있는지 여부에 대해 당초 과세관청의 해석은 양도가액에서 차감할 수 있다고 보았다⁶⁾.

그런데 뒤이어 부가가치세법에 따른 간이과세자가 임대용 건물을 양도하고 납부한 부가가치세는 양도차익 계산 시 “양도가액에서 차감하지 않는 것”으로 해석하면서⁷⁾ 기존 해석은 삭제하였다.

이러한 해석의 배경을 들여다보면, 간이과세자의 경우 부가가치세법상 부가가치세의 “거래징수 의무”가 없기 때문에 양도인(공급자)과 양수인(공급받는 자) 중 어느 사람이 부가가치세를 “법적으로 부담”하여야 할 것인지 불분명하다는 점에 기인하는 것으로 생각된다. 왜냐하면, 법적 지급의무 없이 지출된 것은 필요경비로서 공제받거나 양도가액에서 차감할 수 없기 때문이다.

과세관청의 해석에 대해서는 다음과 같은 점을 간과하고 있다는 사실을 말해두고 싶다.

첫째, 양도인(공급자)에게 “거래징수 의무”는 없다고 하더라도 거래징수는 해석상 계약 당사자의 문제로 보고 있을 뿐만 아니라⁸⁾ 해당 과세기간의 공급대가가 4,800만원을 초과하여 납부의무가 면제되지 않는다면 일정한 산식에 따라 산정된 부가가치세를 “법적으로 납부할 의무”가 있다는 점이다. 즉, 어떠한 형태로든 부가가치세 납부 면제금액 이상이면 본인이 법적으로 부담할 세금인 것이다.

둘째, 양도자가 납부한 부가가치세만큼은 일반과세자와의 “형평성” 문제가 발생할 수 있다는 점이다. 즉, 면제점 이상의 부가가치세에 대해 거래 당사자 중 “양수인”이 부담한다면 그 금액만큼 사실상 양수인이 부담하여 국가에 납부하는 것이 되므로 이러한 점에서 일반과세자와 달리 취급할 필요가 없는 것이다. 형평성을 잃게 된다는 지적이 설득력이 있는 것이다.

셋째, 양도자가 납부한 부가가치세만큼은 하나의 거래 대금에 대해 “이중과세” 문제가 발생할 수 있다는 점이다. 즉, “양도인”이 부가가치세를 부담한다면 그 역시 본인이 부담하여 국가에 납부하는 것이므로 그 금액만큼은 부가가치세와 양도소득세를 동시에 부담하게 되어 ‘이중과세’로 볼 소지가 있게 된다. 억울하면 간이과세자를 포기하고 일반과세자로 전환하라는 얘기는 정답이 될 수 없다.

건물을 취득하면서 부담하는 부가가치세를 이후 해당 건물 양도 시 취득가액에 포함하여 공제받을 수 있는지 여부는 기존에 쟁점들이 존재하였으나, 대법원 판결 이후 명문규정이 마련되거나 해석상 어느 정도 정리되었으므로 간략히 소개하기로 한다. 국민주택 규모를 초과하는 주택 부분에 대한 부가가치세 부분은 큰 쟁점이 없어 설명을 생략하기로 한다.

사업용 건물을 취득하면서 건물분에 대한 부가가치세 부담 금액에 대해 일반과세자로 사업자등록을 하여 매입세액을 공제받은 경우 이후 해당 건물 등을 양도하더라도 공제받은 부가가치세는 양도차익 산정 시 필요경비로 공제받지 못한다⁹⁾. 오히려 취득가액에 가산하면 동일 원인에서 이중의 혜택이 부여되는 것이다.

사업용 자산의 취득과 관련하여 부담한 부가가치세 중 부가가치세법상 간이과세자인 사업자로서 공제받지 못한 매입세액은 당해 자산의 취득가액에 포함되는 것으로 해석한다¹⁰⁾. 양도자가 실질적으로 부담하고 납부한 부분에 대해 양도가액 차감을 인정하지 않는 것과는 다른 해석이라는 점이 흥미롭다.

폐업 시 잔존재화로 하여 “매출세액”을 납부한 경우에 2015년 2월 3일 소득세법 시행령(이하 “소득령”) 개정으로, 부가가치세법 제10조 제6항에 의하여 납부하였거나 납부할 부가가치세(폐업 시 잔존재화)는 취득가액에 포함하는 것으로 명문규정을 두고 있다(소득령 §163 ① 1호).

이러한 개정 전에는 과세관청은 필요경비 규정은 열거규정으로 일반사업자가 납부하는 폐업 시 잔존재화에 대한 부가가치세액은 당해 자산의 양도차익 계산 시 필요경비에 해당되지 않는다고 본 반면¹¹⁾, 대법원은 폐업 시 잔존재화는 매입세액으로 공제받은 부가가치세액의 일정 부분을 실질적으로 다시 부담한 것이므로 취득 부대비용에 포함된다고 판단하였다¹²⁾.

2018년 2월 13일 이후 양도분부터는 면세사업 전환으로 납부한 부가가치세를 양도차익 산정 시 필요경비로 인정한다(소득령 §163 ① 1호). 이러한 명문규정 마련 전에 과세관청의 해석은 일반과세자로서 사업용 건물을 취득하여 부가가치세 매입세액 공제를 받은 후 해당 자산을 “면세전용”함에 따라 부가가치세 (간주)매출세액으로 납부한 경우 면세전용 매출세액은 양도자산의 필요경비에 해당하지 않는다고 보았다¹³⁾.