「법인세법」은 법인의 순자산 증가를 법인의 소득으로 보아 법인세를 과세한다(법인세법 제15조, 제19조). 따라서 법인은 국내에서 벌어들인 소득뿐만 아니라 외국에서 벌어들인 소득에 대하여도 법인세 납세의무를 부담한다. 그런데 법인이 외국에서 벌어들인 소득에 대하여는 그 원천지국에서도 세금을 납부해야 하므로 이중과세의 문제가 발생한다. 이러한 이중과세는 법인의 외국투자를 막거나 법인이 과다한 세금 부담을 이유로 효율적인 투자안을 포기하도록 하는 부정적인 효과를 가져온다. 따라서 「법인세법」은 이러한 불합리를 시정하기 위하여 내국법인의 국외원천소득에 부과된 직접외국납부세액에 대하여 해당 외국납부세액이 차감되기 전의 소득을 기준으로 법인세를 산정한 후(즉, 외국납부세액의 손금 산입을 부인), 다시 직접외국납부세액을 법인세액에서 공제하는 방식으로 이중과세 문제를 해결한다(세액공제방식, 법인세법 제21조 제1호, 제57조 제1항 제1호). 이렇게 하면 국내ㆍ국외에서 발생한 전체적인 세전(稅前) 소득을 기준으로 내국법인이 부담해야 하는 총 세액을 산정할 수 있다. 또한 내국법인이 부담하는 전체적인 세 부담을 동일하게 유지하면서, 대한민국과 외국정부가 해당 세액을 나누어 가져가는 효과를 거둘 수 있다.
한편, 내국법인이 외국에 직접 투자하여 소득을 얻는 것이 아니라 외국에 자회사를 세워 소득을 얻는 경우는 한 단계의 세금이 더 추가된다. 외국자회사가 우선 외국에서 법인세를 납부해야 하고, 내국법인이 외국자회사로부터 배당을 받을 때 한 차례 더 외국에서 법인세를 납부해야 하기 때문이다. 그러나 내국법인이 직접 투자를 하든, 외국자회사를 통해 투자를 하든 실질에 있어서는 차이가 없다. 그리고 세금으로 인해 납세자가 다른 형식을 선택하도록 하는 것은 경제적인 관점에서 효율적이지 않다. 따라서 「법인세법」은 이 경우 외국자회사가 외국에서 납부한 세금도 내국법인이 직접 납부한 외국법인세액과 동일하게 취급하도록 하여 이중과세를 조정하고 있다. 즉, 내국법인이 외국자회사를 통하여 투자를 한 후 배당금을 받는 경우 그 배당금에 대응하는 외국납부세액(간접외국납부세액)을 내국법인이 직접 부담한 외국납부세액과 동일하게 보아, 해당 외국납부세액을 과세표준에 산입하여(익금 산입) 법인세를 산정한 후, 다시 해당 간접외국납부세액을 법인세액에서 공제하는 방식으로 이중과세 문제를 해결한다(세액공제방식, 법인세법 제15조 제2항 제2호, 제57조 제4항).

이 사건에서 피고가 이 사건 거부처분을 한 가장 주된 이유는 지방소득세의 과세표준과 법인세의 과세표준이 동일하게 산정되어야 한다는 것이었다. 즉, 원고가 이 사건 직접/간접외국납부세액을 손금 부인(또는 익금 산입)하여 법인세 과세표준을 신고한 이상, 지방소득세 과세표준도 이와 동일하게 산정되어야 한다는 것이었다.
이러한 피고의 주장과 관련된 지방소득세의 규정은 구 「지방세법」(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되고 2019.12.31. 법률 제16855호로 개정되기 전의 것. 이하 “구 지방세법”) 제103조의 19이다. 구 지방세법 제103조의 19는 “내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」 제13조에 따라 계산한 금액으로 한다.”고 규정하였다. 피고는 이 사건에서 구 지방세법 제103조의 19의 “「법인세법」 제13조에 따라 계산한 금액”이 「법인세법」에 따라 신고된 과세표준과 동일한 금액을 의미한다고 주장하였다.
그러나 「지방세법」은 단순히 「법인세법」 제13조에 따라 지방소득세의 과세표준을 계산하도록 하고 있을 뿐이므로, 위와 같은 구 지방세법 제103조의 19의 문언만으로는 지방소득세 과세표준이 반드시 법인세 과세표준과 일치하여야 한다고 단정하기 어렵다. 예를 들어 2014.1.1. 개정 전 「지방세법」은 “「소득세법」과 「법인세법」에 따라 신고하거나 결정ㆍ경정된 소득세 및 법인세로서 납세의무자가 납부하여야 할 세액의 총액”에 10%의 세율을 적용하여 지방소득세를 산정하도록 하였다. 만약 구 지방세법이 이와 유사한 형식으로 규정하고 있다면 법인세에서 신고ㆍ결정ㆍ경정된 과세표준 또는 세액이 지방소득세에도 동일하게 적용된다고 볼 수 있을 것이다. 그러나 구 지방세법은 단순히 “「법인세법」 제13조에 따라” 지방소득세 과세표준을 산정하도록 하고 있을 뿐이므로, 위와 같은 2014.1.1. 개정 전 「지방세법」과 동일하게 취급하기는 어렵다.²⁾
이와 관련하여 대상판결은 구 지방세법 제103조의 19를 목적론적으로 해석할 경우, 피고의 주장과 같이 내국법인이 외국납부세액에 대한 세액공제방법을 택한 경우 지방소득세 과세표준 산정 시 해당 외국납부세액을 손금 부인(또는 익금 산입)할 수 있는 특별한 사정이 있는지를 살펴보았다.³⁾ 그러나 대상판결은 원천지국의 법인세율이 우리나라의 법인세율보다 높은데도 지방소득세에서 외국납부세액공제를 하지 아니하면 이중과세의 문제가 남게 되는 점, 지방소득세는 법인세와 전체적인 구조와 목적에서 차이를 보이는 별개의 세금인 점, 입법자의 의도가 관련된 세액공제 등을 전혀 고려하지 않은 상태에서 지방소득세의 과세표준을 언제나 법인세의 과세표준과 일치시키려는 것이었다고 단정하기 어려운 점을 종합적으로 고려할 때 피고의 주장과 같이 목적론적인 해석을 하기는 어렵다고 판단하였다.
결국, 문언해석으로도, 목적론적 해석으로도, 피고의 주장과 같이 구 지방세법 제103조의 19를 확대해석하여 지방소득세의 과세표준이 반드시 법인세의 과세표준과 일치해야 한다고 보기는 어렵다. 대상판결의 견해에 찬동한다. 2) 참고로, 2019.12.31. 개정된 현행 「지방세법」 제103조의 19는 “법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」 제13조에 따라 계산한 법인세의 과세표준과 동일한 금액으로 한다.”고 규정하였다. 그러나 이러한 개정 후 「지방세법」의 문언 역시 신고ㆍ결정ㆍ경정으로 확정된 법인세 과세표준을 준용하는 것이 아니라, 「법인세법」 제13조에 따라 과세표준을 산정하도록 하고 있다. 따라서 위에서 살펴본 것과 동일하게 「지방세법」 제103조의 19의 문언만으로는 지방소득세 과세표준이 반드시 신고ㆍ결정ㆍ경정되어 확정된 법인세 과세표준과 일치하여야 한다고 볼 수 없는 문제가 여전히 남아 있다고 생각된다. 3) 이와 관련된 자세한 내용은 김주성 판사, ‘외국납부세액의 법인지방소득세 과세표준 산입 여부’, 법원 특별소송실무연구회 2019.6.3.자 발표자료 33면 내지 49면 참조.