(조세금융신문=김용주 변호사) 1. 사안의 개요

원고 ㈜S(‘원고 S’)는 원고 2, 원고 3이 주주인 비상장법인이고, ㈜ST(‘ST’)는 소외인과 원고 S 및 ST가 주주인 비상장법인이며, 원고 2, 원고 3은 소외인의 아들과 배우자이다. 원고 S는 2010년 4월경 ST를 흡수합병하였고(‘이 사건 합병’), 그 결과 원고S가 보유하던 ST 주식 165,932주(‘이 사건 포합주식’)와 ST가 보유하던 자기주식 40,000주(‘이 사건 자기주식’)에 대하여 합병신주 합계 51,050주(=41,134주 + 9,916주)가 배정되어 원고 S가 이를 보유하게 되었다.

강동세무서장 등은 원고 S와 ST가 이 사건 합병과정에서 원고 S의 주식을 시가보다 높게 평가하고 ST의 주식을 시가보다 낮게 평가하여 ST 주식에 대하여 합병신주를 적게 배정함으로써 ST의 주주들이 특수관계에 있는 원고 S의 주주들에게 이익을 분여하였다고 보았다.

이에 청주세무서장은 이 사건 포합주식 및 이 사건 자기주식과 관련하여 2013년 7월 1일 원고 S에게 구 법인세법(2010. 12.30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제52조, 구 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 제8호 (가)목, 제89조 제5항, 제6항에 따라 원고 S의 2010 사업연도 법인세와 ST의 2010 의제사업연도 법인세를 부과하였고(‘이 사건 법인세 부과처분’), 강동세무서장은 2013년 7월 5일 원고 2, 원고 3에게 구 「상속세 및 증여세법」(2011. 12. 31. 법률 제11130호로 개정되기 전의 것) 제38조 제1항, 구 「상속세 및 증여세법 시행령」(2012. 2. 2. 대통령령 제23591호로 개정되기 전의 것) 제28조 제3항 내지 제6항에 따라 각 증여세를 부과하였다(‘이 사건 증여세 부과처분’).

2. 관련 규정

구 법인세법 제52조 제1항은 ‘내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계에 있는 자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도 소득금액을 계산할 수 있다’고 규정하고, 같은 조 제4항의 위임에 따른 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 (가)목은 ‘특수관계자인 법인 간에 불공정한 비율로 합병하여 주주인 법인이 특수관계자인 다른 주주에게 이익을 분여한 경우’를 구 법인세법 제52조 제1항에서 정한 ‘조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우’의 하나로 규정하고 있다. 그리고 구 법인세법 시행령 제89조는 제5항에서 ‘제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 해당 법인의 각 사업연도 소득금액을 계산한다’고 규정하고, 제6항에서 ‘제5항의 규정에 의하여 익금에 산입할 금액의 계산에 관하여는 그 유형에 따라 구 상증세법 제38조, 구 상증세법 시행령 제28조 제3항 내지 제6항 등을 준용한다’고 규정하고 있다.

한편, 구 상증세법 제38조는 제1항에서 특수관계에 있는 법인의 합병으로 인하여 합병당사법인의 대주주가 일정한 이익을 받은 경우에는 그 이익에 상당하는 금액을 증여재산가액으로 하도록 규정하고, 제2항에서 위 이익에 상당하는 금액은 합병당사법인의 주주가 소유하는 주식에 대하여 합병 직후와 합병 직전을 기준으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액의 차액으로 하도록 규정하고 있다.

그 위임을 받은 구 상증세법 시행령 제28조는 구상증세법 제38조 제2항의 규정에 의한 평가가액의 차액은 다음의 산식, 즉 ‘합병 후 신설 또는 존속하는 법인의 1주당 평가가액-{주가가 과대평가된 합병당사법인의 1주당 평가가액×(주가가 과대평가된 합병당사법인의 합병 전 주식 수÷주가가 과대평가된 합병당사법인의 합병 후 주식 수)}×주가가 과대평가된 합병당사법인의 대주주의 합병 후 주식 수’에 따라 계산하되(제3항, 제4항), 여기서 ‘합병 후 신설 또는 존속하는 법인의 1주당 평가가액’은 그 법인이 비상장법인인 경우에는 ‘주가가 과대평가된 합병당사법인의 합병 직전 주식가액과 주가가 과소 평가된 합병당사법인의 합병 직전 주식가액을 합한 가액을 합병 후 신설 또는 존속하는 법인의 주식 수로 나눈 가액’으로 하도록 규정하고 있다(제5항 제2호).

3. 대법원 2021. 9. 30. 선고 2017두66244 판결

원고 S는 합병법인이 합병 전 보유하던 피합병법인의 주식에 대하여 합병신주를 배정받아 자기주식으로 보유하게 되는 경우, 구 상증세법 시행령 제28조가 정한 방법에 따라 합병에 따른 증여이익을 계산하면 합병법인의 합병 전 주식가액에 이미 반영되어 있는 피합병법인의 주식가액이 다시 반영되는 결과 합병법인의 주식가액이 과대평가되므로, 합병법인이 합병 전 보유하던 피합병법인의 주식을 소각한 경우와 마찬가지로 그 주식가액을 합병법인의 주식가액에서 공제하여 합병에 따른 증여이익을 계산하여야 함에도, 이와 다른 전제에서 구 상증세법 시행령 제28조가 정한 방법을 그대로 따라 합병에 따른 증여이익을 계산하여 한 이 사건 법인세 부과처분과 이 사건 증여세 부과처분은 위법하다고 주장하였다.

그러나 이 사건 원심법원은 “원고 S가 이 사건 포합주식에 대하여 합병신주를 배정받아 이를 자기주식으로 상당한 기간 보유한 이상, 이에 대하여 합병신주를 배정받지 않거나 합병신주를 배정받아 합병과 동시에 이를 소각한 경우와 동일하게 취급할 수 없고, 그러한 자기주식에도 양도성과 자산성이 있어 이를 다른 주주들이 소유한 주식과 달리 취급할 이유가 없다는 등의 이유로, 구 상증세법 시행령 제28조가 정한 방법에 따라 합병에 따른 증여이익을 계산하여 한 이 사건 법인세 부과처분과 이 사건 증여세 부과처분은 적법하다”고 판단하였고, 대법원도 원심의 판단을 지지하였다.

한편, 원고 2, 원고 3은 합병 전 원고 S의 주식을 소유함으로써 이 사건 포합주식과 이 사건 자기주식을 간접적으로 소유하고 있었으므로, 이 사건 포합주식과 이 사건 자기주식에 대하여 합병신주가 공정한 합병비율에 비하여 적게 배정됨으로써 원고 2, 원고 3이 얻게 된 이익은 자기가 자기에게 분여한 이익에 불과하고, 따라서 위 이익에 대하여 원고 2, 원고 3에게 증여세를 부과하거나 원고 S와 ST에게 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세를 부과할 수 없다고 주장하였다.

그러나 이 사건 원심법원은 “법인의 주주가 그 지분 범위 내에서 해당 법인의 자산에 대한 권리를 보유하더라도 그 자산 자체를 주주가 소유하는 것으로 볼 수 없으므로 이 사건 포합주식과 이 사건 자기주식에 대하여 합병신주가 적게 배정됨에 따라 원고 2, 원고 3이 얻은 이익에 대하여는 증여세를 부과할 수 있고, 이익을 분여한 원고 S와 ST에 대하여는 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세를 부과할 수 있다”고 판단하였고, 대법원도 원심의 판단을 지지하였다.

4. 검 토

원고들 주장의 핵심은 원고 2, 원고 3이 원고 S와 ST를 통하여 합병 전부터 이미 ST 순자산 중 일부를 원고 S의 주식 형태로 보유하고 있었으므로, 지배구조의 변경이 있더라도 원고 2, 원고 3이 보유한 원고 S의 주식가치는 변함이 없다는 것으로 보인다.

그런데 이 사건 포합주식과 이 사건 자기주식에 대하여 원고 S의 합병신주가 과소 배정된 결과, 합병 후 원고 S가 보유한 자기주식수는 공정한 합병비율이 적용되었을 경우에 비하여 적어졌으며, 원고 S의 자기주식 가치 또한 적어졌다. 또한 이 사건 포합주식과 이 사건 자기주식에 대하여 배정된 합병신주는, 피합병법인이 합병 전 보유하던 합병법인의 주식이 합병으로 인하여 합병법인의 자기주식이 된 경우와는 달리, 법인세법상 자산에 해당하고, 이를 처분할 경우 자본거래가 아니라 손익거래에 해당한다고 보아야 할 것이다(대법원 1992. 9. 8.선고 91누13670 판결 참조).

이처럼 이 사건 합병으로 인하여 이 사건 포합주식과 이 사건 자기주식이 원고 S의 자기주식으로 바뀌면서 그 가치가 줄어들었다면 그에 상응하는 만큼 원고 2, 원고 3이 보유한 합병 후인 원고 S의 주식가치는 증가한 것으로 볼 수 있을 것이다(서울행정법원 2014구합63664).

[프로필] 김용주 법률사무소 런 대표변호사

(현)사단법인 한국프로스포츠협회 감사
(전)사단법인 한국프로배구연맹 감사
(현)법률신문 판례해설위원
고려대학교 대학원 석사과정 수료(행정법 전공)
The University of British Columbia, School of Law(Visiting Scholar in Taxation)

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