(조세금융신문=진민경 기자) 조세심판원은 출자주주가 과세이연을 받은 이상 취득세무조정은 필요한 세무조정에 해당되는 것으로 판단, 자산조정계정은 과세이연의 사후관리 일환이므로 사후관리규정에서 적용한 주식의 양도순서를 준용하는 것이 합리적이라고 판단했다. 따라서 심판원은 청구법인이 선택한 기타주식을 양도된 것으로 봐 자산조정계정을 환입하는 것이 타당하다는 심판결정례를 내놨다.

처분개요에 따르면 청구법인은 2016년에 AAA㈜(이하 자법인)의 주주 AAA 등 5명(이하 출자주주)으로부터 자법인주식OOO(이하 출자주식)를 OOO원에 현물출자 받아, 기존에 다른 방법으로 취득한 주식(이하 기타주식)을 더해 지주회사가 되었는데, 출자주주가 출자주식의 양도차익에 대한 과세를 이연 받았음에도, 청구법인은 출자주식의 취득과 관련한 세무조정(이하 취득세무조정)은 하지 않은 채, 2016사업연도 법인세를 신고했다.

청구법인은 이후 2019년 당시 보유하던 자법인주식OOO 중OOO를 처분(이하 쟁점처분)하고, 출자주식의 양도와 관련한 세무조정(이하 양도세무조정)은 필요하다고 보아, OOO원을 익금에 산입해 2019사업연도 법인세신고를 하였다가, 2020.6.8. 양도세무조정은 필요하지 않다며 기 신고납부한 법인세 중 OOO원을 환급해 달라는 경정청구를 제기했다.  

처분청은 법인세법 상 주식처분순서인 평균법에 따르면, 쟁점처분으로 양도된 주식에는 출자주식이 그 보유비율만큼 포함됐으므로 청구법인의 당초 법인세신고는 정당했다며, 2020.8.25. 청구법인의 경정청구를 거부했다.

청구법인은 이에 불복해 2020.11.6. 심판청구를 제기했다.

청구법인에 의하면 당초 취득세무조정이 없었어도 양도세무조정은 필요한 것으로 판단했으나, 양도세무조정이 취득세무조정(△유보)에 대한 상계조정임을 감안, 취득세무조정이 없었던 이상 양도세무조정이 반드시 필요했다고 보기 어렵다. 만약 취득세무조정이 있었더라도 기획재정부 유권해석에 따라 쟁점처분으로 양도된 주식을 기타주식으로 보면, 쟁점처분에 따라 환입될 익금은 없으므로 양도세무조정 또한 필요 없는 것으로 봐 2019사업연도 법인세를 경정해 환급해야한다는게 청구법인 측 주장이다.

처분청에 따르면 취득세무조정이 없었다 하더라도 이는 2016사업연도인 취득당시의 문제일 뿐, 이를 근거로 2019사업연도인 양도당시 법인세법에 따라 적법하게 이행돼야 할 양도세무조정이 면제된다거나 취소변경된다고 볼 수 없다고 판단했다.

또한 처분청은 법인이 보유한 주식의 처분순서는 평균법이 적용되며 설령 주식양도가 아니라 자산조정계정의 환입문제로 접근해도, 주식양도와 그 본질이 동일할 뿐만 아니라 관련규정에서도 자법인주식이 처분된 사업연도에 그 처분된 비율만큼의 자산조정계정을 익금에 산입하라고 규정하고 있으므로, 주식처분 순서를 납세자인 청구법인이 임의로 선택할 수 있는 것은 아니라는 의견을 냈다.

한편 조세심판원은 처분청이 ‘법인세법’ 상 주식평가 및 처분순서는 평균법을 따르므로 쟁점처분으로 양도된 주식에는 출자주식이 그 보유비율만큼 포함돼 함께 양도된 것으로 보아 자산조정계정을 환입하여야 한다는 의견이나, 자산조정계정은 쟁점주식을 세무상 평가하기 위한 것으로 일반적인 주식의 평가방법이나 처분순서를 준용하기 보다는 과세이연 사후관리의 일환으로 봐 사후관리규정에서 적용하는 주식의 양도순서를 준용함이 보다 합리적인 점 등에 비추어, 처분청이 2019사업연도에 양도세무조정은 없는 것으로 하여 법인세를 경정해 환급해 달라는 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단했다.

따라서 심판원은 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ‘국세기본법’ 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의해 주문과 같이 취소결정(조심 2021서0560, 2021.08.12.)을 내렸다.

[주문]

OOO세무서장이 2020.8.25. 청구법인에게 한 2019사업연도 법인세 OOO원의 환급 경정청구의 거부처분은 이를 취소한다.

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