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A씨는 2002년 3월 상가와 주택의 용도로 사용하기 위하여 4층짜리 겸용주택을 신축하였다. A씨는 1,2층은 상가로 사용하였으며 3,4층은 본인의 거주를 목적으로 사용하였다. 그러던 중 2019년 8월 인근의 부동산 중개업자로부터 해당 건물을 30억 원에 양도하라는 제안을 받았다.
A씨는 양도소득세가 얼마나 나올지 궁금하여 B세무사로부터 상담을 받았다. B세무사는 겸용주택의 경우, 주택의 연면적이 주택 이외의 부분(상가)보다 넓으면 겸용주택 전체를 주택으로 보아 1세대 1주택 비과세 규정을 적용할 수 있다고 설명했다. 다만 **고가주택(양도가액 12억 원 초과)**의 경우에는 「소득세법 제160조」에 따라 주택 외 부분은 주택으로 보지 않으므로 상가 부분은 비과세 대상에서 제외된다는 점을 반드시 유념해야 한다.
즉, 겸용주택의 양도 여부를 판단할 때는 건축물대장상의 구분이 아니라 실제 연면적을 기준으로 한다. 주택 부분이 상가 부분보다 넓어야만 전체를 주택으로 인정받을 수 있으며, 이 경우에만 현행 세법상 1세대 1주택 비과세 적용이 가능하다.

이처럼 비과세 요건이 까다롭기 때문에 더욱 신중한 검토가 필요하다. 다급하게 움직이면 자칫 실수를 범하기 쉽고, 한번 잘못된 판단은 되돌릴 수 없기 때문이다.

최근에는 1,2층은 상가, 3,4층은 주택으로 사용하는 겸용주택에서 전부를 1세대 1주택 비과세로 만들기 위해 주거용으로 설치한 계단이나 옥탑을 추가해 주택면적을 넓히라는 조언이 공공연하게 퍼져 있다.
그러나 이러한 방식은 섣불리 시도할 경우 큰 낭패를 볼 수 있다.
따라서 겸용주택 전부에 대해 1세대 1주택 비과세 규정을 적용받으려면 아래의 사항들을 반드시 확인해야 한다.

1. 계단 또는 옥탑의 설치로 인해 주거에 용하는 면적이 주거 이외의 면적보다 넓어진 경우 용도변경이 있은 날로부터 최소한 2년이 지난 후에 양도해야 비과세 규정을 적용받을 수 있다.

즉, 상가였던 부분이 주택으로 전환된 경우, 전환된 날부터 2년 이상을 보유해야 해당 부분도 주택으로 인정받을 수 있다(재일46014-1724, 1997.07.15). 따라서 주택 면적이 더 넓어져도 2년 경과 요건 충족 전에는 상가 부분 비과세 불가하다는 점을 반드시 확인해야 한다.

1세대 1주택 비과세 특례를 받기 위해서는 2년 이상 주택을 보유(2017년 8월 2일 이후에 취득한 조정대상지역의 주택의 경우 2년의 거주요건 필요)해야 한다. 그러므로 주택의 면적이 상가의 면적보다 넓어져 겸용주택 전부를 주택으로 보아 비과세를 적용하려면 상가 부분 역시 주택으로 보유한 기간이 2년 이상이어야 하는 것이다.

결국 주택의 면적이 주택 이외의 면적보다 넓어진 후 2년이 도과하여야 상가부분의 양도에 대해서도 1세대 1주택 비과세 규정의 적용이 가능한 것이다.

2. 80%의 장기보유 특별공제는 주택부분에 대해서만 적용 가능하다.

장기보유특별공제는 물가상승으로 인하여 보유이익이 과도하게 누적되는 것을 감안하여 부동산의 양도차익 일부를 공제해주는 제도다. 그렇다면 고가겸용주택의 용도 변경 등으로 주택의 연면적이 주택 외의 연면적 보다 넓어진 경우 상가부분에 대한 장기보유특별공제가 문제가 된다.

이에 대해 조세심판원은 “장기보유특별공제는 토지와 건물, 주택의 보유기간에 따라 각각 그에 해당하는 공제율을 적용하는 것이므로 장기보유특별공제율 적용 시 양도일 현재 주택면적이 주택 외 면적보다 크다고 하여 겸용주택 전체 보유기간을 주택보유기간으로 인정하는 것이 아니라 주택면적이 주택 외 면적보다 커서 전체를 주택으로 인정하는 기간만 주택보유기간으로 보는 것이 타당하다고 할 것이다.”라고 하였고
대법원 역시 이와 유사한 사안에 대하여 “장기보유특별공제를 적용하기 위한 보유기간은 소득세법 제94조 제1항 제1호에 규정된 자산을 계속하여 보유한 기간만을 통산하여야 하므로 그것이 멸실되었다가 신축되거나 다른 공제율을 적용하여야 하는 자산으로 변동된 경우에는 그 보유기간을 통산할 수 없음이 원칙이라고 할 것이다.” 라고 판시하였다.
결국 용도변경 또는 옥탑, 계단의 설치로 인하여 주택면적이 주택 외 면적 보다 넓어져 1세대 1주택 비과세 요건을 충족한 고가주택을 양도하는 경우 장기보유 특별공제의 적용은 기존부터 주택이었던 부분에 대해서는 취득 시 부터 양도시까지의 기간에 대해 최대 80%의 장기보유 특별공제를 적용하는 것이고,
상가였음에도 주택의 면적이 더 넓어져 비과세 판정 시 주택으로 의제 된 부분에 대해서는 주택으로 의제 된 시점부터 주택을 보유한 것으로 보아 장기보유 특별공제를 적용하는 것이다.
또한, 주택으로 의제된 부분에 대해서는 의제기간에 ‘최대 80%(연 8%)’을 적용한 결과와, 실보유기간 전체에 ‘최대 30%(연 2%)’를 적용한 결과를 비교하여 더 유리한 공제율을 적용한다(재산-264, 2009.09.21.).

3. 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하기 위해서는 공부상이 아닌 실제 사용용도를 확인하자.

세법은 실질과세의 원칙을 따르고 있으며 사실상의 이용 현황에 따라 비과세 규정을 적용한다.
공부상 용도를 전환하여 주거목적으로 사용하는 면적이 주거 외의 목적으로 사용하는 면적보다 넓어지더라도 실제 주거용도로 사용하는 면적이 주거 외의 용도로 사용하는 면적보다 좁다면 겸용주택 전체에 대해서 비과세 규정을 적용받을 수 없다.

과세관청에서는 현장조사를 통하여 양도소득세 신고내역을 확인하는 경우가 있다. 그러므로 겸용주택 전부에 대해 비과세를 받으려는 경우에는 겸용주택의 사실상 사용 용도를 꼭 확인하도록 하자.
1세대 1주택 비과세가 적용되는 겸용주택의 양도는 실수가 상당히 많이 발생할 수 있는 부분 중 하나다. 그러므로 상기의 세가지 포인트는 물론그 외의 사항에 대해서도 꼼꼼히 챙긴 후 양도 및 신고하도록 하자.