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Ⅲ. 용도변경 후 양도 시 장기보유특별공제 적용

소득세법 제95조에 규정된 장기보유특별공제 관련 규정은 다음과 같습니다. ㅇ 소득세법 제95조
② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각호에 따른 자산은 제외한다) 으로서 보유기간이 3년 이상 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다) 에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다) 에 다음 표 1에 따른 보유 기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유 기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다. (표 부분 생략)
[표 1]

보유기간	공제율
3년 이상 4년 미만	100분의 6
4년 이상 5년 미만	100분의 8
5년 이상 6년 미만	100분의 10
6년 이상 7년 미만	100분의 12
7년 이상 8년 미만	100분의 14
8년 이상 9년 미만	100분의 16
9년 이상 10년 미만	100분의 18
10년 이상 11년 미만	100분의 20
11년 이상 12년 미만	100분의 22
12년 이상 13년 미만	100분의 24
13년 이상 14년 미만	100분의 26
14년 이상 15년 미만	100분의 28
15년 이상	100분의 30

[표 2]

보유기간	공제율	거주기간	공제율
3년 이상 4년 미만	100분의 12	2년 이상 3년 미만 (보유기간 3년 이상에 한정함)	100분의 8
		3년 이상 4년 미만	100분의 12
4년 이상 5년 미만	100분의 16	4년 이상 5년 미만	100분의 16
5년 이상 6년 미만	100분의 20	5년 이상 6년 미만	100분의 20
6년 이상 7년 미만	100분의 24	6년 이상 7년 미만	100분의 24
7년 이상 8년 미만	100분의 28	7년 이상 8년 미만	100분의 28
8년 이상 9년 미만	100분의 32	8년 이상 9년 미만	100분의 32
9년 이상 10년 미만	100분의 36	9년 이상 10년 미만	100분의 36
10년 이상	100분의 40	10년 이상	100분의 40

⑤ 제2항 단서에도 불구하고 주택이 아닌 건물을 사실상 주거용으로 사용하거나 공부상의 용도를 주택으로 변경하는 경우로서 그 자산이 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 에 해당하는 자산인 경우 장기보유 특별공제액은 그 자산의 양도차익에 제1호에 따른 보유 기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 제2호에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다. <신설 2023.12.31.>

1. 보유 기간별 공제율: 다음 계산식에 따라 계산한 공제율. 다만, 다음 계산식에 따라 계산한 공제율이 100분의 40보다 큰 경우에는 100분의 40으로 한다. 주택이 아닌 건물로 보유한 기간에 해당하는 제2항 표 1에 따른 보유 기간별 공제율 + 주택으로 보유한 기간에 해당하는 제2항 표 2에 따른 보유 기간별 공제율
2. 거주기간별 공제율: 다음 계산식에 따라 계산한 공제율 주택으로 보유한 기간 중 거주한 기간에 해당하는 제2항 표 2에 따른 거주기간별 공제율
⑥ 제5항 제1호 및 제2호에 따른 주택으로 보유한 기간은 해당 자산을 사실상 주거용으로 사용한 날부터 기산한다. 다만, 사실상 주거용으로 사용한 날이 분명하지 아니한 경우에는 그 자산의 공부상 용도를 주택으로 변경한 날부터 기산한다. <신설 2023.12.31>

ㅇ 소득세법 시행령 제159조의4
법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서 및 같은 조 제5항 각호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 각각 1세대가 양도일(주택의 매매계약을 체결한 후 해당 계약에 따라 주택을 주택 외의 용도로 용도변경 하여 양도하는 경우에는 해당 주택의 매매계약일을 말한다) 현재 국내에 1주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2ㆍ제156조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다) 을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 이 경우 해당 1주택이 제155조 제3항 각호 외의 부분 본문에 따른 공동상속주택인 경우 거주기간은 해당 주택에 거주한 공동상속인 중 그 거주기간이 가장 긴 사람이 거주한 기간으로 판단한다.  소득세법 제95조 제5항 및 제6항은 2023.12.31. 법률 제19933호로 개정 시 신설된 조항으로 같은 법률 부칙 제1조 및 제7조에 따라 2025.1.1. 이후 자산을 양도하는 경우부터 적용합니다.

(1) 적용 - 유형 ①

이 경우에는 위 소득세법 제95조 제5항 및 제6항이 적용될 수 있습니다. 따라서, 장기보유 특별공제액은 다음과 같이 계산될 것입니다. 장기보유 특별공제액 = 전체 양도차익 × (보유 기간별 공제율 + 거주기간별 공제율)

* 보유 기간별 공제율 = max(ⓐ, 40%)
ⓐ : (용도변경 전 상가 보유 연수 × 2%) [최대 30% 한도] + (용도변경 후 주택 보유 연수 × 4%) [최대 40% 한도]
* 거주기간별 공제율 = ⓑ
ⓑ : (용도변경 후 주택 거주 연수 × 4%) [최대 40% 한도]

(2) 적용 - 유형 ②

먼저 과세당국의 유권해석을 살펴보겠습니다. ㅇ (재산세과-264, 2009.09.21.) - ⓐ
양도일 현재 1세대 1주택으로 당초 상가 면적이 주택 면적보다 큰 겸용 주택에서 일부 용도변경으로 인해 주택 면적이 상가 면적보다 큰 겸용 주택이 된 경우 건물 전체를 주택으로 보아 장기보유특별공제율을 적용하는 것으로 건물의 양도차익에서 공제할 장기보유 특별공제액은 「소득세법」 제95조 제2항의 건물의 보유기간에 따른 표1과 주택의 보유기간에 따른 표2의 공제율 중 큰 공제율을 적용하여 계산하고 토지의 양도차익에서 공제할 장기보유 특별공제액은 토지의 보유기간에 따른 표1과 주택의 보유기간에 따른 표2의 공제율 중 큰 공제율을 적용하여 계산하는 것임

ㅇ (부동산거래관리과-1405, 2010.11.23.) - ⓑ
주택의 면적이 주택 외의 부분 면적보다 적은 건물을 3년 이상 보유하다가 주택 외의 건물 부분의 일부를 주택으로 용도변경 하여 주택 외의 부분 면적이 주택의 면적보다 적어진 후 해당 건물 및 부수 토지를 용도변경 한 날로부터 3년 이내에 양도한 경우에는 당초 용도변경 전의 주택 외의 부분에 해당하는 건물 및 부수 토지는 양도소득세가 과세하며, 해당 부분의 양도소득금액을 계산함에 있어 장기보유 특별공제액은 「소득세법」 제95조 제2항 표1의 보유 기간별 공제율을 적용하여 계산하는 것입니다.

※ (재산세과-565, 2009.02.17.)
보유기간이 3년 이상인 겸용 주택(주택 면적＞ 상가 면적) 의 겸용 주택의 상가 부분은 「소득세법」 제95조 제2항 「표2」의 보유기간에 따른 공제율을 적용하는 것입니다.

ㅇ (서면부동산-4518, 2017.02.01), (서면부동산-115, 2018.02.13) - ⓒ
주택 면적보다 상가 면적이 큰 상가․주택 겸용 건물(이하 “겸용 건물”이라 함) 의 상가 부분 중 일부를 주택으로 용도변경 하여 상가 면적보다 주택 면적이 더 크게 된 후 용도변경 한 날부터 3년 이내에 해당 겸용 건물을 양도할 때 「소득세법」 제95조 제2항에서 규정한 장기보유특별공제율은 상가와 주택 부분(그 부수 토지 포함)의 양도차익을 구분하여 각각 같은 항 [표1]과 [표2]를 적용하는 것입니다. 즉, 동일한 사안에 대해 시기별로 해석 내용에 차이가 있음을 알 수 있습니다.

ⓐ 2009년에 생산된 재산세과-264는 전체 보유기간에 대한 표1의 공제율과 주택 보유기간에 대한 표2의 공제율 중 큰 것을 적용하도록 해석하였습니다.
ⓑ 2010년에 생산된 부동산거래관리과-1405과 2009년 생산된 재산세과-565에 따르면, 용도변경 후 3년 이내에 양도하면 표1의 공제율을 적용하고, 3년 이상 경과 후 양도 시에는 용도변경 후에도 계속 상가로 존재하는 부분을 포함한 겸용 주택 전체에 대해 표2 의 공제율을 적용하게 됩니다.
ⓒ 2017년 이후 생산된 서면-2016-부동산-4518, 서면-2018-부동산-0115는 양도차익을 상가와 주택으로 구분하여 계산한 후, 상가에 대해서는 표1의 공제율을 주택에 대해서는 표2의 공제율을 각각 적용하는 것으로 해석하였습니다.
이때, 용도변경으로 인해 증가한 주택 부분에 대해 보유기간을 별도로 산정해야 하는지, 아니면 기존 주택의 보유기간을 동일하게 적용해야 하는지는 명확하게 해석하지 않았습니다. 또한, 표2의 공제율을 적용함에 있어, 거주기간을 산정하는 경우에도 동일한 이슈가 존재합니다.

👀 필자의 견해

1) 주택이 상가보다 큰 경우 겸용 주택 전체에 대해 표2의 공제율을 적용하는지

법원은 시행령 제154조 제3항의 규정은 1세대 1주택 비과세 규정을 적용함에 있어, 전체를 주택으로 볼 것인지를 정하는 규정일 뿐, 이를 근거로 소득세법 제95조의 장기보유특별공제율을 적용할 때도 주택 부분이 주택 외의 부분보다 넓다는 이유로 그 전부를 주택으로 봄과 동시에 그 전체 주택의 보유기간에 해당하는 공제율을 적용하여야 한다는 주장을 배척한 바 있습니다(서울고법2015누36180, 2016. 1. 14., 판결).

따라서, 비록 하급심 판례이지만 이에 반하는 (재산세과-565, 2009.02.17.)은 타당하지 않은 해석이라고 생각됩니다.

2) 전체 양도차익에 대해 단일의 공제율(표1 또는 표2 중 높은 것) 을 적용하는지(ⓐ해석 취지), 상가와 주택의 양도차익을 구분하여 각각 표1과 표2를 적용하는지(ⓒ해석 취지)

소득세법 제95조 제2항은 공제율 적용 방식을 이원화하여, 일반적인 토지, 건물에 대해서는 표1을, 1세대 1주택에 해당하는 건물 및 부수 토지에 대해서는 표2를 적용하도록 규정하고 있습니다.

또한, 2023.12.31. 신설된 소득세법 제95조 제5항은, 주택이 아닌 건물이 용도변경을 통해 1세대 1주택에 해당하는 주택으로 바뀐 경우에는 주택이 아닌 건물의 보유기간에 해당하는 표1의 공제율과 주택의 보유기간에 해당하는 표2의 공제율을 합산하고, 제6항은 주택의 보유기간은 용도변경일로부터 기산하도록 규정하고 있습니다.

한편, 종전 겸용 주택이 재개발∙재건축에 따라 새로운 주택으로 바뀐 경우의 장기보유특별공제 적용 방법에 대해 판시한 대법원 판례가 있는데, 그 내용은 다음과 같습니다. ㅇ (대법원2012두28025, 2014.09.04.) 판결 위 규정들의 내용과 1세대 1주택에 대하여 별도로 더 높은 비율의 장기보유특별공제율을 정한 취지 등에 비추어 보면, 장기보유특별공제를 적용하기 위한 보유기간은 소득세법 제94조 제1항 제1호에 규정된 자산을 계속하여 보유한 기간만을 통산하여야 하므로 그것이 멸실되었다가 신축되거나 다른 공제율을 적용하여야 하는 자산으로 변동된 경우에는 그 보유기간을 통산할 수 없음이 원칙이라고 할 것이다. 다만 재건축·재개발 조합원이 기존주택과 토지를 제공하고 취득한 조합원입주권에 기하여 새로운 주택을 취득한 경우에는 소득세법 시행령 제159조의2에 의한 1세대 1주택에 해당하면 기존주택과 조합원입주권 등의 보유기간까지 통산하여 소득세법 제95조 제2항의 〈표2〉에 규정된 장기보유특별공제율을 적용하여야 할 것이나(대법원2006두16854, 2007.06.14., 판결 참조), 상가의 연면적이 주택의 연면적보다 크거나 같은 겸용 주택을 제공하고 취득한 조합원입주권에 기하여 새로운 주택을 취득한 경우에는 종전 겸용 주택의 상가 부분과 그에 상응한 새로운 주택 부분은 이를 1세대 1주택으로 보아 그 보유기간을 통산할 만한 아무런 법률적 근거가 없으므로 종전 겸용 주택의 상가 부분과 새로운 주택 부분은 소득세법 제95조 제2항의 〈표1〉과 〈표2〉에 규정된 장기보유특별공제율을 적용하기 위한 보유기간을 각각 계산하여야 한다. 이러한 점을 고려할 때, ⓐ해석보다 ⓒ해석이 납세자에게 유리하고 합리적인 해석이라고 생각됩니다.

3) 용도변경으로 증가한 주택 부분에 대해 별도로 보유 및 거주기간을 산정하는지, 기존주택 부분의 보유 및 거주기간을 동일하게 적용하는지

가) 보유기간
앞에서 살펴본 바와 같이 다수의 유권해석이 상가가 주택으로 용도변경 된 경우, 그 주택은 용도변경 일에 취득한 것으로 보았습니다. 또한, 소득세법 제95조 제6항은 용도 변경된 주택의 보유기간 기산일을 용도 변경일로 명시하고 있습니다.

한편, 소득세법 시행령 제166조는 재개발∙재건축 주택의 양도차익을 산정할 때, 청산금을 납부한 것이 있는 경우에는 청산금 납부분 양도차익과 기존 건물분 양도차익을 구분하여 계산하도록 규정하고 있습니다. 그 취지는 기존 건물분은 당초 취득일에, 청산금 납부분은 관리처분계획 등 인가일에 각각 취득한 것으로 보아, 1세대 1주택 비과세 및 장기보유특별공제 적용 시 취급을 달리하기 위한 것입니다.

이러한 점을 고려할 때, 용도변경으로 증가한 주택 부분에 대해서는 기존의 주택 부분과 별개로 용도 변경일로부터 보유기간을 기산하는 것이 합리적이라고 생각합니다.

나) 거주기간
거주기간도 보유기간과 같은 이유로 용도변경 후의 보유기간 중 거주한 기간으로 계산하는 것이 타당하다고 생각합니다.

(3) 적용 - 유형 ③

이와 관련된 과세당국의 유권해석 등은 다음과 같습니다. ㅇ (재산세과-3650, 2008.11.06.) - ⓓ
「소득세법」 제95조 제2항의 장기보유 특별공제액을 계산함에 있어 다세대주택을 다가구주택으로 용도변경 하여 당해 다가구주택을 가구별로 분양하지 아니하고 하나의 매매단위로 하여 양도하는 경우(양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에 한함) 표1의 보유기간 계산은 양도하는 자산의 취득일부터 기산하며, 표2의 보유기간 계산은 다가구주택으로의 용도 변경일부터 기산하여 적용하는 것입니다.

ㅇ (재산세과-1412, 2009.07.10.) - ⓔ
「소득세법」 제95조의 장기보유 특별공제액을 계산함에 있어 1세대가 「같은 법」 시행규칙 제74조에 해당하는 다가구주택을 가구별로 분양하지 아니하고 하나의 매매단위로 하여 양도하는 경우로서 양도일 현재 그 다가구주택만을 소유하고 있는 경우 이를 단독주택으로 보아 「같은 법」 제95조 제2항 표2의 장기보유 특별공제액을 적용하는 것입니다. 이 경우 다세대주택을 다가구주택으로 용도변경 한 후 양도하는 때에는 다가구주택으로 용도변경 한 날부터 양도일까지의 보유기간을 계산하여 표2의 보유 기간별 공제율을 적용하는 것입니다.

ㅇ (부동산거래관리과-206, 2012.04.18.) - ⓔ
국내에 3년 이상 보유한 다세대주택을 소유하고 있는 1세대가 해당 다세대주택을 소득세법 시행령 제155조에서 규정하는 다가구주택으로 용도를 변경하여 하나의 매매단위로 하여 양도하는 경우, 다가구주택으로 용도를 변경한 날로부터 3년 이상 보유하고 양도하는 경우에는 단독주택으로 보아 「소득세법 시행령」 제154조 제1항의 규정을 적용합니다. 이 경우 장기보유 특별공제액의 기산일은 다가구주택으로 용도변경 한 날부터입니다.

ㅇ (사전법규재산-1108, 2022.11.08.) - ⓔ
다세대주택을 다가구주택으로 용도변경 하여 「소득세법」 제95조 제2항 표2에 따른 공제율 적용 시 장기보유 특별공제액은 전체 양도차익에 용도변경 일부터 양도일까지의 기간에 대한 공제율을 곱하여 산정하는 것임

ㅇ 양도소득세 집행 기준 95-159의 4-4. - ⓔ
다세대주택을 다가구주택으로 용도변경 한 후 양도하는 경우 보유 기간별 공제율을 적용하고자 할 때 다가구주택으로 용도변경 한 날부터 양도일까지의 보유기간을 계산하여 장기보유특별공제를 적용한다. 즉, ⓓ (재산세과-3650, 2008.11.06.)에서는 표1은 다세대주택을 취득한 날부터 기산하고, 표2는 다가구주택으로 용도변경 한 날부터 기산하는 것으로 해석하고 있습니다. 다만, 그 적용 방식에 있어서, 표1의 공제율과 표2의 공제율 중 큰 것을 적용하는지, 혹은 표1의 공제율과 표2의 공제율을 합산하는 것인지는 명확하지 않습니다.

ⓔ (재산세과-1412, 2009.07.10.)와 그 이후 생산된 해석, 집행 기준 등은 공통으로 다가구주택으로 용도변경 한 날부터 양도일까지의 보유기간을 계산하여 표2의 공제율만 적용한다는 취지로 해석하고 있습니다.

위 ⓓ,ⓔ 두 종류의 해석 중 나중에 생산된 ⓔ가 현재 과세당국의 입장으로 보이지만, 세법해석 정비 등에 반영되지 않아 분명하지는 않습니다.

👀 필자의 견해

ⓔ의 해석(재산세과-1412 등)에 따르게 되면 다음과 같은 문제가 발생합니다.

먼저, 용도 변경일부터 양도일까지의 기간이 짧은 경우에는 표2의 공제율이 전체 기간에 대한 표1의 공제율보다도 낮게 계산되어, 1세대 1주택의 공제율을 적용하는 것이 납세자에게 더 불리하게 되는 불합리한 결과가 나올 수 있습니다.

(재산세과-1412, 2009.07.10.) 등의 해석에 따르면, 용도변경 후 1주택(다가구주택) 상태의 보유기간에 대한 표2의 공제율만 적용되므로, 다주택(다세대주택) 상태의 보유기간에 대해서는 장기보유특별공제가 전혀 적용되지 않는 결과가 됩니다.

따라서, ⓔ의 해석의 타당성에 대해 살펴볼 필요가 있습니다.

1) 장기보유특별공제 표2 적용 요건의 보유기간이 1주택 상태의 보유기간으로 한정되는지

가) 문리해석 측면
1세대 1주택 비과세 요건의 보유기간은 1주택 상태의 보유기간으로 한정되지 않으므로, 취득일부터 양도일까지의 전체 기간 중 주택으로 보유한 기간이 2년 이상이라면 비과세가 가능하다는 점에 대해서는 앞의 Ⅱ-1-(3)에서 살펴보았습니다.

그렇다면, 법령상의 비과세 요건과 장기보유특별공제 표2 적용 요건의 차이를 먼저 비교해 보겠습니다.

구분	해당 규정	내 용
비과세	소득세법 시행령 제154조 제1항 전단	1세대가 양도일(괄호 생략) 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(괄호 생략) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다) 에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(괄호 생략) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]
장특공 표2 적용	소득세법 제95조 제2항	법 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(괄호 생략) 으로 보유기간이 3년 이상인 것 등 – 표1 적용 대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산 – 표2 적용
	소득세법 시행령 제159조의4 전단	대통령령으로 정하는 1세대 1주택 : 1세대가 양도일(괄호 생략) 현재 국내에 1주택(괄호 생략) 을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것

즉, “양도일 현재 1주택 상태일 것”이 공통으로 적용되고, 그 주택의 보유기간(비과세 : 2년,장특공 표2:3년) 과 거주기간세:취득 당시 조정대상지역인 경우에만 2년, 장특공 표2 : 2년) 요건에서 차이가 있는 것입니다.

따라서, 문리해석에 충실할 경우, (비과세 요건의 보유기간은 1주택 상태의 보유기간으로 한정되지 않고 전체 기간 중 주택으로 보유한 기간을 의미한다고 하더라도) 장기보유특별공제 표2 적용 요건의 보유기간은 1주택 상태의 보유기간만을 의미하는 것으로 보기는 어렵다고 생각됩니다.

나) 소득세법 제95조 제5항과의 비교
2023.12.31. 신설된 소득세법 제95조 제5항은, 주택 외의 건물이 주택으로 용도 변경 된 경우에는 주택 외 건물 보유기간에 대한 표1의 공제율과 주택 보유기간에 대한 표2의 공제율을 합산하여 보유기간 공제율을 산정하도록 규정하고 있습니다.

그 취지는 표1 적용 대상 자산이 표2 적용 대상 자산으로 바뀌더라도 각각의 보유기간을 모두 반영하여 공제율을 합리적으로 산정하려는 의도로 이해됩니다.

위와 같은 개정 취지로 비추어 보아, 표1 적용 대상 자산인 다세대주택이 표2 적용 대상 자산인 다가구주택으로 바뀐 경우에도 동일하게 적용하는 것이 타당하다고 생각됩니다.
2) 용도변경 전 보유기간(다주택 상태의 보유기간)이 중과 대상으로 장기보유특별공제가 배제되기 때문에 용도변경 후 보유기간에 대해서만 장기보유특별공제를 적용하는 것인지

소득세법 제95조 제2항이 장기보유특별공제 적용 대상에서 제94조 제7항 각호에 따른 자산¹⁾을 제외하고 있으므로, 중과가 적용되는 자산의 양도에 대해서는 장기보유특별공제 적용이 배제되는 것은 당연합니다. 1) 양도소득세 중과세율이 적용되는 주택(조정대상지역에 있는 주택으로서 각각 1세대 2주택에 해당하는 주택, 1세대가 1주택과 조합원입주권 또는 분양권을 1개 보유한 경우의 해당 주택, 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택, 1세대가 주택과 조합원입주권 또는 분양권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택)
양도소득세 중과 및 장기보유특별공제의 연혁과 취지를 정리해 보면 다음과 같습니다.

개정일	2003.12.30.	2005.12.31.	2008.12.26.	2012.1.1.	2014.1.1.	2017.12.19
적용 시기	2004.1.1. 이후 양도분부터	2007.1.1. 이후 양도분부터	2009.1.1. 이후 양도분부터	2012.1.1. 이후 양도분부터	2014.1.1. 이후 양도분부터	2018.4.1. 이후 양도분부터(*)
중과	적용(3주택 이상)	적용(2주택 이상)	완화	완화	폐지	적용(2주택 이상)
장특공	배제(3주택 이상)	배제(2주택 이상)	배제(2주택 이상)	적용	적용	배제(2주택 이상)
개정취지	주택 양도차익을 양도세로 흡수, 장기보유 유인 제거로 매도 촉진	부동산 투기수요 억제로 부동산시장 안정화	거래동결 효과(Lock-in Effect) 해소	주택거래활성화	부동산시장 정상화	부동산 투기 억제

즉, 부동산 경기변동에 따라 거래 촉진 또는 억제를 유도할 목적으로 중과와 장기보유특별공제를 전략적으로 활용하고 있습니다. 또한, 적용 방식에 있어서도, 개정 규정 시행과 함께 그동안 발생한 전체 양도차익과 전체 보유∙거주기간에 대해 중과/장특공을 전부 적용하거나 전부 배제하는 방식을 택하고 있습니다.

예를 들면, 2004.1.1.부터 2008.12.31.까지 발생한 양도차익에 대해서는 중과를 적용하고, 2009.1.1.부터 2018.3.31.까지 발생한 양도차익에 대해서는 중과를 적용하는 방식이 아니라, 2004.1.1.부터 2008.12.31.까지의 기간 중 양도하면 그간 발생한 양도차익 전체를 중과하고, 2009.1.1.부터 2018.3.31.까지의 기간 중 양도하게 되면 전체 양도차익에 대해 중과를 배제하는 방식입니다. 장특공의 적용 방식도 동일합니다.

왜냐하면, 개정 규정 시행과 함께 전체 양도차익, 전체 보유∙거주기간에 대해 중과/장특공을 적용하거나 배제하는 후자의 방식이 시장의 즉각적인 반응을 끌어내어, 거래 촉진 또는 억제 효과를 거둘 수 있기 때문입니다.

따라서, 양도 당시에 다주택에 해당하면 전체 양도차익에 대해 중과가 적용되고, 장기보유특별공제는 적용되지 아니합니다. 또한, 중과가 폐지되면 전체 양도차익에 대해 중과가 배제되고, 전체 보유∙거주기간에 대해 장특공이 적용됩니다.

이러한 중과/장특공 적용 구조에 비추어 보면, 용도변경 전 기간은 다주택에 해당하여 중과 대상이므로 해당 기간은 장기보유특별공제를 적용하지 않고, 용도변경 후 1세대 1주택에 해당하는 보유∙거주기간에 대해서만 장기보유특별공제(표2)를 적용한다는 논리는 타당성을 결여한 것으로 생각합니다.
3) 입법적 보완 필요
앞의 1), 2)에서 살펴본 바와 같이 ⓔ의 해석(재산세과-1412 등) 은 법령의 문언에 대한 문리해석에도 부합하지 않고 다른 규정과의 조화로운 해석에 비추어도 부당하다고 생각됩니다.

그런데도, 그것이 입법자의 의도라고 한다면, 이는 유권해석으로 운영할 것이 아니라 법령으로 명확히 규정하여 법적 안정성을 제고할 필요가 있다고 생각됩니다.

(4) 적용 - 유형 ④

『다가구주택 → 다세대주택 → 다가구주택』으로 용도변경 시의 장기보유특별공제 관련 유권해석 사례 등은 조회되지 아니합니다.

👀 필자의 견해

이 유형에 대해서는 앞의 『(3) 적용 – 유형 ③』의 검토 내용과 동일한 이유로, 양도일 현재 1세대 1주택에 해당하는 경우로서(즉, 다가구주택 외 다른 주택을 보유하지 않음), 전체 보유기간 중 주택으로 보유한 기간을 통산하여 3년 이상인 경우에는 장기보유특별공제를 적용하되, 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 경우에는 표2의 공제율을 적용하고, 2년 미만이면 표1의 공제율을 적용하는 것이 타당하다고 생각됩니다.