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매서운 찬바람이 가시더니, 이제 한낮에는 따스함을 넘어 제법 더운 공기가 부는 계절이 다가왔습니다. 부가가치세 예정신고 기한을 넘어, 이제는 소득세 신고납부의 달까지 가까워지고 있네요.
최근 들어 기부채납과 무상 귀속과 관련하여 여러 사례에 대한 이슈들이 올라오고 있어, 이에 대해 정리하고 세법상 쟁점은 무엇이 있는지 분석해 보는 시간을 가져보고자 합니다. 보통 기부체납(滯納)과 혼동하거나 오인하는 부분이기도 합니다.
특히 지방세 취득세 분야에서는 기부채납과 관련하여 비과세를 유지하다가 반대급부 성과 관련하여서는 비과세를 배제하는 추징 규정이 신설되었습니다. 이와 동시에 무상 귀속하는 부동산에 대해서도 감면 규정을 두어 신고납부 하지 않았을 경우 엄청난 리스크가 부상하고 있음을 인지하고 계셔야겠습니다.
아래에서는 그 의의부터 발생할 수 있는 이슈를, 지방세를 중심으로 자세히 살펴보고자 합니다.

각 기부 관련 내용의 정의

먼저 조세법상 이슈들을 확인하기에 앞서 이해도를 높이기 위한 기부금, 기부채납, 무상양여의 정의를 확인해 봐야겠습니다.

기부채납 관련 조세 법령

기부와 근거한 관련 조항들은 법인세법과 지방세법 등에 각각 흩어져 있습니다. 이러한 조문은 법인세법상 손금과 지방세 관련법에서의 비과세 및 감면 적용 시 필요한 것으로 평소 보기 어려운 조문입니다. 법인세법에서는 기부채납이 아닌 기부금에 대해 나와 있다는 특이점도 있습니다. 아래에서 관련 조항을 살펴보고자 합니다. ■ 법인세법 제24조(기부금의 손금불산입) ① 이조에서 “기부금”이란 내국법인이 사업과 직접적인 관계없이 무상으로 지출하는 금액(대통령령으로 정하는 거래를 통하여 실질적으로 증여한 것으로 인정되는 금액을 포함한다) 을 말한다. ② 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 및 제5항에 따라 이월된 기부금 중 제1호에 따른 특례 기부금은 제2호에 따라 산출한 손금산입 한도액 내에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하되, 손금산입 한도액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다.
1. 특례 기부금: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기부금
가. 국가나 지방자치단체에 무상으로 기증하는 금품의 가액. 다만, 「기부금품의 모집 및 사용에 관한 법률」의 적용을 받는 기부금품은 같은 법 제5조 제2항에 따라 접수하는 것만 해당한다.
■ 조세특례제한법 제72조(조합법인 등에 대한 법인세 과세특례) ① 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 2025년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」제13조 및 같은 법 제55조에도 불구하고 해당 법인의 결산 재무제표상 당기순이익[법인세 등을 공제하지 아니한 당기순이익(當期純利益)을 말한다] 에 「법인세법」제24조에 따른 기부금(해당 법인의 수익사업과 관련된 것만 해당한다) 의 손금불산입액과 같은 법 제25조에 따른 기업 업무추진비(해당 법인의 수익사업과 관련된 것만 해당한다) 의 손금불산입액 등 대통령령으로 정하는 손금의 계산에 관한 규정을 적용하여 계산한 금액을 합한 금액에 100분의 9[해당 금액이 20억 원(2016년 12월 31일 이전에 조합법인 간 합병하는 경우로서 합병에 따라 설립되거나 합병 후 존속하는 조합법인의 합병등기일이 속하는 사업연도와 그다음 사업연도에 대하여는 40억 원을 말한다) 을 초과하는 경우 그 초과분에 대해서는 100분의 12] 의 세율을 적용하여 과세(이하 이조에서 “당기순이익 과세”라 한다) 한다. 다만, 해당 법인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 당기순이익 과세를 포기한 경우에는 그 이후의 사업연도에 대하여 당기순이익 과세를 하지 아니한다.
■ 지방세법 제9조(비과세) ② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 “국가 등”이라 한다) 에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 “귀속 등”이라 한다) 을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다.
1. 국가 등에 귀속 등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각ㆍ증여하거나 귀속 등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우
2. 국가 등에 귀속 등의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상 사용권을 제공받는 경우
■ 지방세특례제한법 제73조의2(기부채납용 부동산 등에 대한 감면) ① 「지방세법」제9조 제2항에 따른 부동산 및 사회기반시설 중에서 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이조에서 “국가 등”이라 한다) 에 귀속되거나 기부채납(이하 이조에서 “귀속 등”이라 한다) 한 것의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 또는 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상 사용권을 제공받는 조건으로 취득하는 부동산 또는 사회기반시설에 대해서는 다음 각호의 구분에 따라 감면한다.
1. 2020년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.
2. 2021년 1월 1일부터 2027년 12월 31일까지는 취득세의 100분의 50을 경감한다. ② 제1항의 경우 국가 등에 귀속 등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각ㆍ증여하거나 국가 등에 귀속 등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우에는 그 감면된 취득세를 추징한다.

기부채납 관련 묻고 답하기

아래에서는 조세법에서 기부채납과 관련하여 빈출되는 질문을 정리해 보았는데요. 잘 살펴보시기를 바랍니다. 기부채납을 위해 철거한 기존 건축물의 철거 비용이 수익적 지출인가요? 내국법인이 토지와 건물을 임대용으로 사용하다가 지방자치단체에 기부채납하기 위하여 토지 위에 소재한 기존 건축물을 철거하는 경우 기존 건축물의 철거 비용은 건물의 내용연수를 연장하거나 자산의 가치를 증가시키기 위한 비용에 해당하지 않으므로 수익적 지출로 처리하는 것(서면-2023-법인-3678 [법인세과-942], 2024.06.24.)이라는 예규가 있습니다.
수익적 지출과 자본적지출 처리의 주요 기준은 ①내용연수를 연장이나 ②자산의 가치를 증가 여부에 있습니다. 기부채납이 예정된 토지의 양도소득세 감면이 가능한가요? 「조세특례제한법」제97조의9에 따른 공공 매입임대주택의 주택건설사업자에게 공공 매입임대주택을 건설하기 위한 토지를 양도한 후 당해 토지 중 일부 토지가 공공 매입임대주택 건축허가를 위하여 지방자치단체에 기부채납되는 경우, 당해 기부채납된 토지는 쟁점 특례에 따라 감면받을 수 있는 것입니다(서면법규재산-1630, 2023.06.12.).
이때 LH 등의 주택건설사업자가 발급한 매입약정증명서가 필수 서류입니다. 기부채납 상대방이 지방교육청인 경우에도 국가 및 지방자치단체에 포함되나요? 지방교육청은 법률상 국가나 지방자치단체에 속하지는 않습니다. 다만, 지방세 감면을 적용함에 있어서는 국가 또는 지자체로 보는 해석^*이 있으니 참고 하시면 좋겠습니다. * 사회기반시설에 대한 민간투자법에 의거한 사업 시행자가 학교를 건축하여 국가에 기부채납을 하면서 학교시설 일부를 일정 기간 사용하고 귀속시키는 것으로 협약한 경우라면, 사업 시행자가 취득하는 일부 시설에 대해서도 취득세는 비과세 대상에 해당한다(지방, 세정팀-5272, 2006.10.26.). 기부채납을 인정받아 취득하는 토지에 대해 취득세 비과세로 인정받는 데 필요한 서류는 무엇이 있을까요? 기부채납은 기본적으로 상호 의사표시가 기본으로 기부채납 약정서에 관련 부동산에 대한 기부채납 약정이 있어야 합니다. 존치 기간 1년 이상인 가설건축물(컨테이너)에 대해서도 기부채납 취득세 비과세가 가능할까요? 앞선 답변처럼 기부채납 약정서와 같은 증빙이 확인된다면 가설건축물도 부동산의 범위에 포함되는 이상 비과세 또는 감면 적용이 가능할 것입니다.

기부채납 이슈와 쟁점 해설

○ 비영리법인(의료법인)에 대한 기부채납과 세금
[사실관계]
- 공익사업 목적으로 영위하는 비영리법인 의료법인에게 건물(토지) 기부채납
- 건물 가액은 200억, 부채는 100억

[질의]
- 1. 단순 건물(200억)을 기부채납 시 납부해야할 세금이 없는 것으로 알고 있는데, 건물에 대한 부채 150억은 기부채납 시 양도자가 이득을 본 것으로 간주하여 부담부 양도소득세를 납부해야 하는지 여부 - 2. 다른 세금 발생 여부

[해설]
- 아래와 같은 부담부증여에 따른 양도소득세가 발생하게 됩니다.
[양도소득세 계산 방법(납세의무자: 증여자)] - 소득세법시행령 제159조
○ 양도가액: 상속세 및 증여세법 제60조부터 제66조까지의 규정에 따라 평가한 가액 × 채무액 ÷ 증여재산 가액
○ 취득 가액: 취득 당시 실지거래가액(단, 양도가액을 기준시가에 따라 산정한 경우에는 취득 당시 기준시가) × 채무액 ÷ 증여재산 가액
○ 기타 필요경비 : 실제 기타 필요경비 × 채무액 ÷ 증여재산 가액
○ 양도차익 : 양도가액 - 취득 가액 - 기타 필요경비 - 간단한 사례 예시를 통해 양도차익 과정을 확인해 보시면 좋을 듯 합니다.
증여재산 가액 400,000,000원인 아파트, 채무액(전세보증금) 350,000,000원, 취득 당시 거래가액: 300,000,000원, 기타 필요경비: 10,000,000원
1. 양도가액 = 400,000,000 × (350,000,000/400,000,000) : 350,000,000원(전세보증금, 즉 채무액)
2. 취득가액 = 300,000,000 × (350,000,000/400,000,000) : 262,500,000원
3. 양도차익 = 양도가액 – 취득가액 - 기타 필요경비 = 350,000,000–262,500,000-10,000,000=77,500,000원
○ 취득세 기부채납(비과세) vs무상양여(감면)
[사실관계]
- A 법인은 건설업을 고유목적으로 하는 법인
- 2024년 고속도로 확장공사에 따라 시가표준액 약 10억 상당의 30필지에 대해 OO도에 무상 귀속 및 기부채납 발생함에 따라 비과세 처리

[질의]
- 상기 사실관계의 경우 취득세 비과세가 맞는지 여부

[해설]
○ 2015년 말까지는 국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 경우에는 반대급부가 있는지, 실제 기부채납을 이행했는지 등에 관계없이 지방세법 제9조 제2항에 다른 비과세를 적용하였습니다.
- 그러나 2016년부터는 기부채납 비과세의 불합리함을 개선하기 위하여 반대급부가 있는 경우나 기부채납을 이행하지 않는 경우, 즉, 순수 기부채납이 아닌 경우에는 비과세를 배제하도록 지방세법을 개정하였고, 개정 초기 급격한 세 부담 완화를 위하여 무상양여나 무상 사용권을 받는 반대급부가 있는 경우에 한하여는 감면 규정에 포함하는 것으로 지방세특례제한법 제73조의2(기부채납용 부동산 등에 대한 감면)를 신설하였습니다. - 즉, 다시 말하면 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산 및 사회기반시설에 대해서는 취득세를 면제(지방세법 제9조 제2항)하나, - 국가 등에 귀속 또는 기부채납의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 또는 사회기반시설을 무상으로 양여받는 조건으로 취득하는 부동산 또는 사회기반시설 등에 대하여는 2020년까지는 100% 감면(2019년부터 최소납부세제 적용), 2021년도에는 50%를 감면하는(지방세특례제한법 제73조의2 제1항) 것입니다. ○ 따라서 A 법인의 무상 귀속 및 기부채납 사안의 경우 반대급부 없이 OO도에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산이라면, 지방세법 제9조 제2항에 따라 비과세 대상에 해당할 것이나, 그렇지 않다면 감면 처리함이 타당할 것입니다.
- 다만, 반대급부 성은 각 상황에 따라 종합적으로 고려되어야 할 것으로 반드시 전문가와 상의 후 신고해야 가산세 등의 위험으로부터 벗어날 수 있다고 보입니다.

최근 예규 및 판례

지금까지 기부채납 등의 정의 등에 대하여 살펴보았는데요. 이제는 유권해석이나 판례에서 해당 사례 관련 이러한 기부채납 이슈에 대해 어떻게 해석하고 판결했는지를 확인해 보겠습니다. 쟁점 기부채납은 부가가치세 면제 대상이므로 쟁점 기부채납과 관련된 매입 건들을 매입세액공제 대상이 아니라고 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부 조심-2022-서-7076 귀속 연도 : 2016 생산 일자 : 2024.03.11.
[요지]
청구 법인이 심판 청구한 쟁점 기부채납과 관련된 매입 건들은 개정법률 시행 전에 이미 종료된 과세기간의 매출세액에서 공제되어 신고·납부되었는바, 처분청이 쟁점 기부채납은 부가가치세 면제 대상이므로 쟁점 기부채납과 관련된 매입 건들도 매입세액공제 대상이 아니라고 보아 경정청구를 거부한 처분은 「국세기본법」제18조 제2항의 소급과세 금지 원칙, 「부가가치세법」제38조 제2항의 매입 세액의 공제 시기 규정 및 위 대법원 판례의 취지에 어긋난다고 판단됨

해설
심판례의 판결 내용을 보면 대법원은 2019.10.31.이 건과 유사한 사안에 대하여 기부채납거래는 과세거래이며 해당 기부채납과 사업 관련성이 인정되는 매입 세액은 공제되어야 한다고 판결한 점(대법원 2018두54125, 2019.10.31., 판결), 「조세특례제한법」은 2020.12.29. 민간투자법 제2조 제8호에 따른 사업 시행자가 부가가치세가 면제되는 사업을 할 목적으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 사회기반시설 또는 사회기반시설의 건설 용역은 영세율의 적용 대상에서 제외하는 것으로 개정된 점, 「국세기본법」제18조 제2항은 국세를 납부할 의무가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제21조 제2항 제4호는 부가가치세의 경우 과세기간이 끝나는 때 납세의무가 성립된다고 규정하고 있는 점, 「부가가치세」제38조 제2항은 “매입 세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다”고 규정하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인이 심판 청구한 쟁점 기부채납과 관련된 매입 건들은 개정법률 시행 전에 이미 종료된 과세기간에 재화 또는 용역의 제공이 이루어진 건으로 해당 과세기간의 매출세액에서 공제되어 신고·납부되었는바, 처분청이 쟁점 기부채납은 부가가치세 면제 대상이므로 쟁점 기부채납과 관련된 매입 건들도 매입세액공제 대상이 아니라고 보아 경정청구를 거부한 처분은 「국세기본법」제18조 제2항의 소급과세 금지 원칙, 「부가가치세법」제38조 제2항의 매입 세액의 공제 시기 규정 및 위 대법원 판례의 취지에 어긋난다고 판단하였습니다.
소급과세 금지는 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 않도록 하는 것이 원칙으로 신소 당시와 법문 적용 시점을 잘 살피면 합법적인 테두리에서 환급이 가능한 사안도 있음을 확인할 수 있습니다.
개발사업에서 무상 귀속 토지의 비과세 적용 여부 및 범위에 관한 회신 (부동산세제과-563, 2025.02.26.)
[질의 요지]
① 개발사업을 추진하는 과정에서 사업 시행자가 국가 등에 새로 설치하는 정비기반시설을 무상 귀속(기부채납)하면서, 국가 등 소유의 용도 폐지되는 정비기반시설을 무상양여받는 경우 무상 귀속과 무상양여 간에 반대급부가 성립하는지 여부 ② 반대급부가 있는 것으로 본다면 ｢지방세법｣ 제9조 제2항 단서에 따라 취득세 비과세가 배제되는 부동산의 범위
[답변 요지]
① 사업 시행자가 국가 등으로부터 무상으로 양여받는 경우에는 세법상 반대급부가 존재하는 것으로 해석하여 취득세 비과세를 배제하고 과세(감면) 하는 것이 타당함 ② 취득세 과세 대상이 되는 부동산의 범위는 사업부지 전체 면적 중 무상 귀속 비율을 적용하여 계산하는 방식이 합리적일 것으로 판단됨
해설
유권해석 내용을 보면 대법원에서 도시정비법을 해석함에 있어 '사업 시행자가 새로 설치한 정비기반시설을 국가 또는 지방자치단체가 취득하는 것'과 '용도가 폐지된 정비기반시설을 사업 시행자가 취득하는 것' 사이에 대가관계가 있다고 볼 수 없다고 판단(대법원 2019두53075, 2020.1.16., 판결 참조) 함을 이유로 반대급부가 없다고 주장하나, 이는 교환과 유사한 유상계약에 의한 취득이라는 주장에 대해 대가관계를 인정하지 않고 무상으로 취득한 것으로 보아야 한다고 판단한 것이며,
- 「지방세법」상 용어의 해석은 개별법 규정에 구속되어 판단되어야 할 것은 아니고 어디까지나 세법의 독자적인 입장에서 그 입법취지에 비추어 판단할 수 있는바(대법원 92누15994, 1993.8.24., 전원합의체 판결 참조) 라며 그 독자적 해석론을 보이고 있습니다. 대법원에서 사업 시행자가 취득하는 기부채납 시설을 대가관계가 없는 즉, 반대급부가 없음으로 보았으나 행정안전부는 독자설을 기반으로 무상 귀속 토지의 비과세 적용은 어렵고 과세 대상임을 확인하였습니다. 사실상 이견이 존재할 것으로 보이는 해석입니다. 개발사업을 추진하는 사업 시행자는 공공성을 바탕으로 사업을 하고 반대급부가 있다고 보려면 그러한 목적에서 사업이 이루어져야 하는 것으로 일반적인 영리 목적 시행 사업과 그 결이 다르다고 할 수 있기 때문입니다.
최근 처분청의 적극적인 과세 움직임이 있는 만큼 과세 예고가 있을 경우 전문가와 충분히 상의하여 대처하실 것을 권유합니다.
쟁점 토지는 국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 토지이므로「지방세법」제9조 제2항에 따라 취득세를 비과세하여야 한다는 청구주장의 당부 (조심2022지692, 2024.04.03.)
처분청이 2019.7.26. 고시한 이 건 산업단지계획 승인 및 지형도면(○○시 고시 제2019-202호)에서 청구법인은 쟁점 토지를 취득하여 국가 등에 기부채납하고 국가 등으로부터 토지 205,226㎡를 무상으로 양여받는 것으로 나타나므로 쟁점 토지는 기부채납의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산을 무상으로 양여받는 조건으로 취득한 것으로 보는 것이 타당하다 할 것임.

해설
산업단지의 개발사업 시행자가 쟁점 토지를 취득하여 국가 등에 기부채납하기로 하였으므로 쟁점 토지를 취득세 비과세 대상으로 보아야 한다고 주장하나, 처분청이 2019.7.26. 고시한 이 건 산업단지계획 승인 및 지형도면(김해시 고시 제2019-202호)에서 청구법인은 쟁점 토지를 취득하여 국가 등에 기부채납하고 국가 등으로부터 토지 205,226㎡를 무상으로 양여받는 것으로 나타나므로 쟁점 토지는 기부채납의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산을 무상으로 양여받는 조건으로 취득한 것으로 보아 감면 대상으로 보았습니다.
그러나 조심 2024지 (20241217) 판결례에서는 용도폐지 기반 시설인 쟁점 부동산을 자신의 부담으로 새로이 신설되는 기반 시설로 대체하여 다시 기부채납 하는 역할만 하였을 뿐, 이 과정에서 국가 등으로부터 어떠한 이득을 얻거나 반대급부를 받았다고 보기는 어렵다고 하면서 유사 사안에 대해 반대급부가 없다고 보아 비과세 처리하였습니다. 현재까지 유사 사안에 대해 여러 이견이 있고 사실관계 등을 종합 검토해 보아야 할 것으로 심도 있는 검토가 요구됩니다.

마치면서

이번 포스트에서는 그동안 잘 다루어지지 않았던 기부채납과 무상양여를 통한 여러 가지 사안을 확인해 보았는데요. 기부채납에 대해서는 법인세 및 특히 지방세 관련법에서 비과세 및 감면을 규정하고 있으나 최근 비과세와 감면에 대해 다툼이 부상하고 있는 만큼 주의 깊게 살펴보셔야겠습니다.
벌써 2025년의 2분기가 빠르게 지나가고 있네요. 이어지는 소득세 신고도 잘 준비하시길 바라며 다음에 더 발전된 내용으로 찾아뵙겠습니다. 감사합니다.