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2025년, 부가가치세 제도는 사업자에게 더욱 정교한 세무 관리를 요구하고 있습니다. 특히 매입 세액 공제 요건은 사업자에게 실질적인 세금 절감 효과를 주는 핵심 항목이지만, 그 요건은 매년 조금씩 변경되며 실무상 혼란을 초래하기도 합니다.
올해부터는 전자세금계산서 공제 연장, 전대차 사업자등록 보완, 앱 마켓 등 자료 제출 대상 확대 등 실질적으로 영향을 주는 개정 사항이 다수 반영되었습니다.
공제 요건이 확연히 바뀌었다기 보다는 점진적 개정과 함께 각종 증빙 수취 요구가 강화되었다 보면 될 듯합니다.
따라서 당연히 세금계산서를 수취했다고 해서 모두 공제 받는 시대는 지났으며, “사업과의 직접성”, “적격 증빙의 적시 수취”, “과세 대상과 면세 대상의 구분” 등에 대한 명확한 이해가 선행되어야 하겠습니다.
이번 포스트에서는 2025년을 기준으로 개정된 부가가치세 매입 세액 공제 요건의 주요 변화와 실무 적용 시 유의할 사항을 정리하여, 세무 담당자와 사업자 모두가 실질적으로 활용할 수 있는 내용을 살펴보고자 합니다.

아래에서는 법령을 시작으로 그 내용을 자세히 확인해 보겠습니다.

부가가치세 관련 법령

올해는 동물 혈액 면세가 포함되었고, 전자세금계산서 공제 연장되면서, 전대차 사업자등록이 보완되는 등의 법령 개정이 있었으니 먼저 체크해 보고자 합니다. ■ 부가가치세법
제26조 【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】
① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. (2013. 6. 7. 개정)
5. 의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것과 혈액(치료ㆍ예방ㆍ진단 목적으로 조제한 동물의 혈액을 포함한다) (2024. 12. 31. 개정)

제38조 【공제하는 매입세액】-공제관련 주요조문
① 매출세액에서 공제하는 매입 세액은 다음 각 호의 금액을 말한다. (2013. 6. 7. 개정)
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다) (2014. 1. 1. 개정)
2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액 (2013. 6. 7. 개정)
② 제1항 제1호에 따른 매입 세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. (2013. 6. 7. 개정)
③ 제1항 제2호에 따른 매입 세액은 재화의 수입 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. (2013. 6. 7. 개정)

제47조 【전자세금계산서 발급 전송에 대한 세액공제 특례】
① 재화 및 용역의 공급가액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 개인사업자가 전자세금계산서를 2027년 12월 31일까지 발급(전자세금계산서 발급명세를 제32조 제3항에 따른 기한까지 국세청장에게 전송한 경우로 한정한다)하는 경우에는 전자세금계산서 발급 건수 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 금액을 해당 과세기간의 부가가치세 납부세액에서 공제할 수 있다. 이 경우 공제 한도는 연간 100만원으로 한다. (2024. 12. 31. 개정)

■ 부가가치세법 시행령
제11조 【사업자등록 신청과 사업자등록증 발급 ③ 제1항과 제2항의 신청서에는 다음 표의 구분에 따른 서류를 첨부하여야 하며, 제1항과 제2항에 따른 사업자등록을 신청하려는 사업자가 미성년자인 경우에는 기획재정부령으로 정하는 법정대리인 동의서를 추가로 첨부하여야 한다. (2025. 2. 28. 개정)

구분	첨부서류
2. 사업장을 임차하거나 전차(轉借)한 경우 (2025. 2. 28. 개정)	가. 사업장을 임차한 경우: 임대차계약서 사본 (2025. 2. 28. 개정) 나. 사업장을 전차한 경우: 전대차계약서 사본 및 임대인의 전차동의서(임대차계약서에 전차를 할 때 임대인의 동의가 필요 없다는 특약이 있는 경우 해당 임대차계약서 사본) (2025. 2. 28. 개정)

제121조 【자료제출】
① 법 제75조에 따라 해당 사업자는 기획재정부령으로 정하는 월별 거래 명세를 매 분기 말일의 다음 달 15일까지 국세청장에게 전자적 방법으로 제출하여야 한다. (2024. 2. 29. 개정)
② 법 제75조 제1항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다. (2025. 2. 28. 개정)
영 121조 2항의 개정 규정은 2025. 7. 1. 이후 국내에서 판매 또는 결제를 대행하거나 중개하는 경우부터 적용함. (영 부칙(2025. 2. 28.) 4조)
1. 「정보통신망 이용촉진 및 정보보호 등에 관한 법률」 제2조 제1항 제9호의 게시판을 운영하여 재화 또는 용역의 공급을 중개하는 자로서 국세청장이 고시하는 자 (2025. 2. 28. 개정)
2. 「전기통신사업법」 제2조 제13호에 따른 앱 마켓사업자 (2025. 2. 28. 개정)

부가가치세 공제 관련 묻고 답하기

아래에서는 최근 부가가치세 공제와 관련된 질의와 응답을 모아보았는데요. 잘 살펴보시기를 바랍니다. 회생절차 개시에 따라 법원의 재산보전처분 명령으로 지급이 거절된 어음에 대해 부도 발생일로부터 6개월 이상 지난 어음상 채권으로 대손세액 공제가 가능한지요?

네. 부도 발생일로부터 6개월 이상 지난 어음상의 채권은 해당 채무자에 대한 회생절차 개시 결정이나 회생계획인가 결정에 관계없이 부도 발생일로부터 6개월 이상 지난 날이 속하는 과세기간에 대손세액 공제를 할 수 있습니다. 기한 후 제출 또는 경정청구를 통하여 재고매입세액을 공제받을 수 있나요?

모든 경우가 되는 것은 아닙니다.
그러나 간이과세에서 일반과세로 변경되는 사업자가 일반과세자로 변경되는 날의 직전 과세기간에 대한 확정신고와 함께 일반과세 전환 시의 재고품 등 신고서를 제출하지 아니하고,
직전 과세기간에 대한 부가가치세 확정신고 기한 후 일반과세를 적용받는 최초 과세기간 내에 일반과세 전환 시의 재고품 등 신고서를 제출하거나(기한 후 제출),
일반과세자로 변경 되는 날이 속하는 예정신고기간 또는 과세기간에 대한 경정청구를 통해 재고 매입세액공제를 신청하는 경우 관할세무서장이 장부 또는 세금계산서 등에 의하거나 재고조사 등을 통해 일반과세 전환 시의 재고품 및 감가상각자산을 확인할 수 있는 때에는 재고 매입세액공제가 가능합니다. 거래처가 폐업한 사유로 대손세액공제를 받을 수 있나요?

부가가치세법상 대손세액공제 사유는 법인세법 시행령 제19조의2에 따르는데요. 거래처의 "사업의 폐지" 대손세액공제 사유의 하나이며, 재산 조사 등을 통하여 거래처의 재산이 없다는 것이 객관적으로 입증되어 회수할 수 없는 채권이라면 대손세액공제가 가능하다 할 것입니다. 사업자가 과세사업에 사용하던 노후건물을 철거하고 신축하는 경우 철거 비용 매입 세액은 공제 가능한가요?

사업자가 기존 과세사업에 사용하던 노후 건물을 철거하고 과세사업을 위한 새로운 건물을 신축하는 경우 건물 철거 비용 관련 매입 세액은 매출세액에서 공제할 수 있습니다. (부가가치세과-1316, 2010.10.05., 참조)

변화된 부가가치세 공제 정리!

□ 전자세금계산서 세액공제 연장
소규모 사업자에게 익숙한 전자세금계산서 발급 인센티브 제도가 기존 2024년 말까지 운영될 예정이었으나, 2027년까지 3년 더 연장되었습니다. 전자세금계산서를 발급하면 건당 200원씩, 연 최대 100만 원까지 세액공제를 받을 수 있으며, 이는 소기업의 세무 부담을 완화하고 전자신고 문화를 정착시키기 위한 조치로 해석됩니다.

□ 동물용 혈액 면세 신설
2025년 1월부터는 치료·예방·진단 목적에 한해서 동물 혈액 공급이 부가세 면세 대상에 포함됩니다. 기존에는 의약품에 한정된 면세 범위가 있었지만, 최근 반려동물 의료 수요 증가에 발맞춰 동물 의료재의 면세 확대가 이루어진 것입니다.

□ 명의 위장사업자 가산세 강화
허위로 타인 명의를 빌려 사업을 운영하는 명의 위장사업자에 대한 가산세율이 상향되었습니다. 일반과세자는 기존 1%에서 2%로, 간이과세자는 0.5%에서 1%로 인상되었습니다. 이는 사업자등록을 악용한 탈세·편법거래를 억제하려는 취지입니다.

□ 조세 포탈 사업자에 대한 수시 부과 도입
새롭게 도입된 부가가치세법 제57조의2에서는 거짓 세금계산서 발급, 이중장부 등으로 탈세 혐의가 있는 사업자에게는 예외적으로 수시로 부가세를 부과할 수 있는 법적 근거가 마련되었습니다. 과거에는 정기신고 이외엔 부과가 어려웠지만, 앞으로는 탈루 위험이 높을 경우 국세청이 선제 대응할 수 있게 됩니다.

□ 외국인 숙박 부가세 환급 대상 확대
2025년 4월부터는 외국인이 이용하는 콘도미니엄 형태의 숙박시설도 부가가치세 환급 대상에 포함됩니다. 관광진흥법상 등록된 숙박시설이라면 콘도형 숙소도 환급이 가능해지며, 국내 관광산업 활성화를 위한 세제 지원이 확대된 것입니다.

□ 사업장 전대차 신고 요건 강화
2025년 2월 28일부터는 타인의 사업장을 임차해서 사용하는 경우(전대차)의 사업자등록 시, 전대차 계약서뿐 아니라 임대인의 동의서 등 추가 서류 제출이 의무화됩니다. 이는 위장사업장 문제를 차단하고, 사업자등록의 진정성을 확보하기 위한 제도입니다.

□ 앱 마켓·해외 플랫폼 결제 대행 자료 제출 확대
2025년 7월부터는 구글 플레이, 앱스토어 같은 플랫폼형 결제 대행사업자(PG사)는 매출자료 제출 의무가 확대됩니다. 특히 해외 앱 마켓·결제 대행 플랫폼도 포함되며, 국외 매출의 과세 투명성 제고를 위한 조치로 보입니다.

시사하는 바 및 요약

2025년부터 부가가치세 제도에는 실무적으로 주목할 만한 변화들이 도입되었습니다. 매입세액공제 요건이나 간이과세 기준은 기존과 유사하게 유지되는 반면, 면세 범위 확대, 전자세금계산서 혜택 연장, 탈세 방지를 위한 장치 보강 등 세무 환경의 투명성과 공정성을 높이기 위한 제도적 보완이 주로 이뤄졌습니다.

마치면서

이번 포스트에서는 2025년 변화된 부가가치세 공제 관련 내용을 중심으로 살펴보았습니다.
2025년의 부가가치세 개정은 세수 확보보다는 거래의 투명성과 공정성을 높이는 방향에 중점을 두고 있습니다. 실무자라면 전자세금계산서 인센티브와 탈세 리스크 관리, 그리고 위장사업자 등록에 대한 점검이 필요하며, 반려동물 산업이나 숙박업체 관계자라면 면세 범위 확대에 주목할 필요가 있습니다.

벌써 2025년도 반이 지나가 버렸습니다. 이어지는 하반기가 상반기보다도 풍성하게 이루어지를 바라며, 다음에는 더 알찬 내용으로 찾아뵙겠습니다. 감사합니다.