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비영리법인이 법인 설립등기를 완료한 후에는, 설립등기일로부터 2개월 이내에 사업장 소재지 관할 세무서에 법인 설립신고를 하여야 합니다.
이때 수익사업을 영위하지 않는 비영리법인은 법인 설립신고를 통해 고유번호증을 교부받으며, 수익사업을 영위하는 비영리법인은 고유번호증이 아닌 사업자등록증을 교부받습니다.
또한, 수익사업을 영위하지 않는 비영리법인이 「법인세법」상 수익사업을 새로 시작하는 경우에는 그 개시일부터 2개월 이내에 수익사업 개시신고를 하여야 합니다. 아울러 부가가치세 과세사업을 운영할 경우에는 그 개시일로부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서에 등록해야 합니다.

따라서, 수익사업을 영위하지 않는 비영리법인은 고유번호증을 수익사업을 영위하는 비영리법인은 사업자등록증을 교부받게 됩니다.

1. 회비 수입에 대한 증빙

비영리법인은 목적사업을 운영하기 위해 재원을 마련하여야 하며, 특히 사단법인의 경우 일반적으로 회원들의 회비를 재원으로 하여 목적사업을 운영하고 있습니다.

1) 회비란 무엇인가?

회비란 법인이 사업과 관련한 재화 또는 용역의 대가에 해당하지 않고, 협회나 조합의 회비 규정에 따라 회원 자격으로 납부하는 부담금을 말합니다. 이러한 회비는 일반회비와 특별회비로 구분됩니다.

일반회비는 조합 또는 협회가 법령이나 정관이 정하는 바에 따라 정상적인 회비 징수 방식으로 부과하는 회비를 말하며, 주로 경상경비 충당 등을 목적으로 합니다. 법인 또는 개인사업자가 업무와 관련하여 지출한 일반회비는 전액 비용으로 인정됩니다.

특별회비는 일반회비 이외의 회비를 의미합니다. 다만, 정기적으로 부과된 회비가 경상경비에 충당 후 부족액이 발생하여, 이를 보전하기 위해 정상적인 회비 징수 방식에 따라 추가로 부과하는 회비는 특별회비가 아닌 일반회비로 봅니다.

일반회비가 아닌 특별회비의 경우, 세법 개정으로 인해 2018년 2월 13일 이후 지출분부터는 일반기부금(종전 지정기부금에서 명칭 변경)에 포함되지 않습니다. 따라서 해당 비영리법인이 기부금단체가 아닌 경우, 특별회비를 지급하는 회원사 입장에서는 특별회비가 비지정기부금에 해당하므로 세법상 경비로 인정되지 않습니다.

또한, 기부금단체가 아닌 비영리법인이 특별회비를 수령하는 경우에는 「상속세 및 증여세」에 따른 상속세 및 증여세 과세대상에 해당합니다.

2) 회비에 대한 세금계산서 및 계산서 발행

회비는 사업과 관련된 재화 또는 용역의 대가가 아니라, 회비 규정에 따라 회원 자격으로 납부하는 금액입니다. 따라서 회비 수입은 재화 또는 용역의 대가에 해당하지 않으므로 수익사업으로 보지 않습니다.
다만, 간행물 등의 대가를 회비 명목으로 징수하는 경우에는 이를 수익사업에 해당합니다. 예를 들어, 회비를 납부한 회원들에게 무상으로 간행물 등의 재화나 용역을 제공하면서, 해당 재화 또는 용역이 독립된 상품적 가치가 있다고 인정되는 경우가 있습니다. 이때 그 대가 상당액을 별도의 회비 명목으로 징수하거나, 건전한 사회 통념상 소속 회원에 대한 봉사 수준을 넘어서는 회비를 징수하고 재화 또는 용역을 제공하는 경우에는, 이를 회비 수입으로 보지 않고 재화 또는 용역 제공의 대가로 간주하여 수익사업으로 과세합니다.

그러므로 일반적인 회비 수입은 목적사업에 해당하지만, 재화 또는 용역의 대가성이 인정되는 경우에는 수익사업에 해당할 수도 있습니다.
법인세법 기본통칙 4-3…3【수익사업과 비수익사업의 구분】 비영리내국법인의 수익사업과 비수익사업은 해당 사업 또는 수입의 성질을 기준으로 구분한다. 수익사업에 속하는 것과 비수익사업에 속하는 것을 예시하면 다음과 같다.

1. 수익사업에 속하는 것
가. 학교법인의 임야에서 발생한 수입과 임업수입
나. 학교부설연구소의 원가계산 등의 용역수입
다. 학교에서 전문의를 고용하여 운영하는 의료수입
라. 주무관청에 등록된 종교단체 등의 임대수입. 다만, 영 제3조 제1항 제7호에 해당되는 경우는 제외한다.
마. 전답을 대여 또는 이용하게 함으로써 생긴 소득
바. 정기간행물 발간 사업. 다만, 특별히 정해진 법률상의 자격을 가진 자를 회원으로 하는 법인이 그 대부분을 소속 회원에게 배포하기 위하여 주로 회원의 소식, 그밖에 이에 준하는 내용을 기사로 하는 회보 또는 회원명부(이하 "회보 등"이라 한다) 발간사업과 학술, 종교의 보급, 자선, 그밖에 공익을 목적으로 하는 법인이 그 고유목적을 달성하기 위하여 회보 등을 발간하고 이를 회원 또는 불특정 다수인에게 무상으로 배포하는 것으로서 통상 상품으로 판매되지 아니하는 것은 제외한다. 사. 광고수입
아. 회원에게 실비 제공하는 구내식당 운영수입
자. 급수시설에 의한 용역대가로 받는 수입
차. 운동경기의 중계료, 입장료
카. 회원에게 대부한 융자금의 이자수입
타. 유가증권대여로 인한 수수료수입
파. 조합공판장 판매수수료수입
하. 교육훈련에 따른 수수료수입
2. 비수익사업에 속하는 것
가. 징발보상금
나. 일시적인 저작권의 사용료로 받은 인세수입
다. 회원으로부터 받는 회비 또는 추천 수수료(간행물 등의 대가가 포함된 경우에는 그 대가 상당액을 제외한다)
라. 외국원조수입 또는 구호기금수입
마. 업무와 직접 관계없이 타인으로부터 무상으로 받은 자산의 가액
법인세법 기본통칙 4-3…4【간행물 등의 대가를 회비 명목으로 징수하는 경우의 수입금액계산】 ① 비영리내국법인이 간행물 등을 발간하여 직접적인 대가를 받지 아니하고 회비 등의 명목으로 그 대가를 징수하는 경우에는 다음 각호에 따라 수입금액을 계산한다.
1. 회원으로부터 그 대가를 받지 아니하고 별도의 회비를 징수하는 경우에는 그 회비 중 해당 간행물 등의 대가 상당액을 수입금액으로 본다.
2. 회원 이외의 자로부터 그 대가를 받지 아니하고 회비 등의 명목으로 금전을 수수하는 경우에는 그 수수하는 금액을 수입금액으로 본다. ② 제1항에서 "회비 등의 명목으로 그 대가를 징수하는 경우"라 함은 다음 각호에서 규정하는 것으로 한다.
1. 회원에게 배포한 간행물 등이 독립된 상품적 가치가 있다고 인정되는 것으로서 그 대가 상당액을 별도의 회비 명목으로 징수하는 경우
2. 건전한 사회통념에 비추어 보아 소속 회원에게 봉사하는 정도를 넘는 회비를 징수하고 간행물 등을 배포하는 경우 이러한 회비에 대하여, 회원이 법인이나 개인사업자인 경우 회비 납부 시 세금계산서 또는 계산서를 요청하는 경우가 있습니다. 이는 영리사업을 운영하는 사업자의 경우, 3만 원을 초과하는 지출에 대해서는 세법에서 정한 지출증빙을 수취하여 보관해야 하기 때문입니다.

그러나 사업자가 비영리법인에 지급하는 회비는 지출증빙 수취 의무가 없으므로, 세법상 적격증빙(세금계산서·계산서)이 아닌 영수증을 수취하더라도 가산세 없이 경비 처리할 수 있습니다. 따라서 비영리법인은 이 규정에 따라 세금계산서나 계산서를 발행하지 않고 영수증을 발행해야 합니다.

또한, 「법인세법 시행령」제158조 제1항 제1호를 따르면, 비영리법인은 수익사업과 관련된 부분을 제외하고는 법정 지출증명서류의 수취 및 보관 의무가 없다고 명시되어 있습니다.
법인세법시행령 제158조【지출증명서류의 수취 및 보관】 ① 법 제116조 제2항 각호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 사업자"란 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 사업자를 말한다.
1. 법인. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인은 제외한다.
가. 비영리법인(제3조 제1항의 수익사업과 관련된 부분은 제외한다)
나. 국가 및 지방자치단체
다. 금융보험업을 영위하는 법인(「소득세법 시행령」제208조의 2 제1항 제3호의 규정에 의한 금융·보험용역을 제공하는 경우에 한한다)
라. 국내사업장이 없는 외국법인
법인세법 해석편람[주제 : 121-1-12 비영리법인이 받는 회비는 계산서 교부 대상 아님] 법인이 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 공급받는 자에게 계산서를 작성·교부하여야 하는 것이나 비영리내국법인이 고유목적사업에 사용하기 위하여 당해 법인의 회원으로부터 재화 또는 용역의 공급대가에 해당되지 아니하는 회비를 수령하는 경우에는 계산서를 작성·교부하지 아니한다.(법인46012-1095, 1999.3.25.) 비영리법인이 수익사업에 해당하지 않는 회비에 대하여 세금계산서나 계산서를 발행하고도 법인세 신고를 하지 않는 경우, 과세관청은 해당 발행 사실을 근거로 하여 비영리법인이 실제로는 수익사업에 해당하는 재화 또는 용역을 제공하였음에도 법인세 신고를 누락한 것이 아닌지 소명을 요구할 수 있습니다.
물론 과세관청에는 회비에 대해 세금계산서나 계산서를 잘못 발행한 것임을 소명하면 되지만, 이를 확인하는 절차가 업무상 번거로울 수 있습니다. 특히 계산서가 아닌 세금계산서를 발행하여 상대방이 이를 근거로 매입세액공제를 받은 경우에는, 가산세 등 추가적인 세금 문제가 발생할 수도 있습니다.

2. 비영리법인이 제공하는 재화 또는 용역에 대한 증빙

비영리법인이 대가를 받고 재화 또는 용역을 제공하는 경우가 있습니다. 예를들어 학술연구단체가 학술연구용역을 제공하고 이에 대한 대가를 받고 이에 대한 증빙으로 세금계산서 또는 계산서를 발행해 주는 경우가 있습니다.

고유번호증을 가지고 있는 비영리법인이 세금계산서 또는 계산서를 발행하기 위해서는 수익사업개시신고를 통해 사업자등록증으로 정정교부를 받아야 합니다.

1) 수익사업 여부

비영리법인의 정관을 보면 일반적으로 정관에 목적사업과 수익사업을 구분하여 열거하거나 사업 전부를 목적사업으로 열거하는 경우가 있습니다. 비영리법인 정관에 목적사업으로 열거되어 있고 해당 사업이 영리목적이 아니고 실제 발생한 경비를 충당할 수 있는 실비수준으로 수입이 발생하는 경우 법인세법상 비수익사업(목적사업)으로 생각하는 경우가 있습니다. 하지만 법인세법상 수익사업의 범위는 법에 열거되어 있으며, 실제 수익성이 있느냐를 기준으로 수익사업 여부에 대해 판단하지 않습니다.

법인세법 제4조 및 법인세법시행령 제3조에서는 과세소득의 범위에 대해 열거하고 있습니다. 비영리법인이 계약 등에 의하여 그 대가를 받지 않는 연구 및 개발용역의 경우에는 수익사업으로 보고 있지 아니하며, 비영리법인이 국가 등으로부터 출연금의 형태로 지원받는 보조금 등을 법인세법 제4조 제3항의 비영리법인의 수익사업에 해당하지 않는 고유목적사업의 수행에 사용하는 경우에는 당해 출연금은 비영리법인의 수익사업에 해당되지 않습니다. 법인세법 제4조 【과세소득의 범위】 ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.
1. 각 사업연도의 소득
2. 청산소득
3. 제55조의 2에 따른 토지 등 양도소득 ② 제1항 제1호를 적용할 때 연결법인의 각 사업연도의 소득은 제76조의 14 제1항의 각 연결 사업연도의 소득으로 한다. ③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.
1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」제22조에 따라 통계청장이 작성·고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것
2.「소득세법」제16조 제1항에 따른 이자소득
3.「소득세법」제17조 제1항에 따른 배당소득
4. 주식·신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입
5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.
6.「소득세법」제94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인한 수입
7. 그 밖에 대가를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것
법인세법시행령 제3조 【수익사업의 범위】 ① 법 제4조 제3항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.
1. 축산업(축산 관련 서비스업을 포함한다) 외의 농업
2. 연구개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발 용역을 제공하는 사업을 제외한다) 보조금에 대한 법률 등에 따라 목적사업과 관련하여 정부기관 등으로부터의 국고보조금을 지원받아 주관기관 또는 참여기관으로서의 연구 및 개발용역을 수행하는 경우에는 계약 등에 의하여 그 대가를 받는 연구 및 개발용역의 경우에 해당하지 않으므로 수익사업으로 볼 수 없으나 연구 및 개발용역을 위탁을 받아 진행하고 그 결과물의 귀속이 해당 연구 및 개발용역을 수행한 기관에 있지 않고 자금을 지원한 정부기관 등에만 귀속된다면 이는 대가를 받는 연구 및 개발용역에 해당하므로 수익사업에 해당됩니다.

이처럼 비영리법인이 수익사업에 해당하는 재화 또는 용역을 제공하는 경우 세금계산서 또는 계산서를 발행해야 합니다.

2) 세금계산서 VS 계산서

비영리법인의 경우 세금이 면제된다고 생각해 계산서를 발행하는 경우를 많이 볼 수 있습니다. 하지만 세금계산서 또는 계산서 발행대상 여부는 비영리법인이 제공하는 재화 또는 용역이 부가가치세 과세대상에 해당하느냐에 따라 달라지게 됩니다.

우리나라 세법에서는 국민의 복지, 후생, 공익, 문화 활성 기타 조세정책적인 목적으로 일정한 재화 및 용역을 공급하는 사업자에 대하여는 부가가치세를 면제하여 주고 있어 부가가치세 납세의무가 발생하지 않습니다. 이러한 면세되는 재화 또는 용역에 대해서는 부가가치세법 제26조에 열거되어 있습니다. 세법에서 면세로 열거되어 있는 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 계산서를 발행하여야 하며, 그 외의 경우에는 세금계산서를 발행해야 합니다.

사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자로 부가가치를 창출해 낼 수 있는 정도의 사업형태를 갖추고 계속적이고 반복적인 의사로 재화 또는 용역을 공급한다면 사업자로 보아 비영리법인의 경우에도 납세의무를 집니다.

그러므로 비영리법인이 세금계산서 또는 계산서를 발행하기 위해서는 고유번호증이 아닌 사업자등록증으로 교부를 받아야 하며, 특히 세금계산서를 발행하기 위해서는 부가가치세 과세사업자로 사업자등록증을 교부받아야 합니다. 비영리법인이 과세사업자로 사업자등록이 된 상태에서 세금계산서를 발행하는 경우에만 해당 재화 또는 용역을 제공받은 자가 과세사업에 사용하는 경우 매입세액공제를 받을 수 있으므로 주의가 필요합니다.