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비영리법인은 목적사업을 운영하기 위한 재원을 마련하기 위하여, 비영리법인의 본질에 반하지 아니하는 범위 내에서 수익사업을 영위할 수 있으며, 이러한 수익사업에서 발생한 소득금액에 대해서도 법인세를 납부해야 합니다.
그러나 비영리법인은 수익사업을 운영하여 소득이 발생하는 경우, 고유목적사업준비금을 통해 법인세 부담을 절감할 수 있으며, 이렇게 적립된 고유목적사업준비금은 5년 이내에 고유목적사업 등에 사용하여야 합니다.

여기서 ‘고유목적사업 등에 사용’에는 고유목적사업에 직접 소요되는 인건비를 지출하는 경우도 포함됩니다. 다만, 비영리법인 중 일정 요건에 해당하는 경우에는 임원 및 직원에게 지급하는 인건비 중 8천만 원을 초과하는 금액에 대해서는 고유목적사업준비금을 사용한 것으로 보지 않습니다.
이제 인건비 한도가 적용되는 비영리법인에 대해 알아보겠습니다.

1. 고유목적사업준비금이란?

비영리법인이 수익사업에서 발생한 소득금액을 법인의 고유목적사업 또는 일반기부금에 지출하기 위하여 일정 금액을 고유목적사업준비금으로 적립한 경우, 한도 내에서 이를 법인의 경비로 인정합니다.

비영리법인은 목적사업에 사용하기 위해 수익사업을 영위하므로, 수익사업에서 발생한 소득금액 전부에 법인세를 부과하지 않습니다. 대신, 발생한 소득금액의 일정 부분을 고유목적사업준비금으로 적립하는 것을 허용하여 법인세를 줄일 수 있도록 하고 있습니다.

2. 고유목적사업준비금 설정 대상 법인

고유목적사업준비금 제도는 「법인세법」에 따른 것으로, 법인세법상 비영리내국법인에만 적용됩니다. 따라서 등기된 비영리법인과 의제법인인 비영리법인 중 대통령령으로 정하는 단체에만 적용이 가능하며, 개인이 비영리사업을 하거나 비영리외국법인의 경우에는 고유목적사업준비금의 적립이 인정되지 않습니다.

1) 등기된 비영리법인

비영리법인 중 법인격이 있는 법인은 고유목적사업준비금을 설정하여 손금에 산입할 수 있습니다. 다만, 비영리내국법인이 이자소득에 대하여 원천징수 방법을 선택한 경우에는 해당 이자소득을 지급받을 때 원천징수로 납세의무가 종결되므로, 그 이자소득에 대해서는 고유목적사업준비금을 설정할 수 없습니다.

2)「국세기본법」제13조 제1항 및 제2항에 따른 ‘법인으로 보는 단체’ 중 다음의 법인

‘법인으로 보는 단체’ 중 「법인세법시행령」제39조 제1항 제1호에 해당하는 기부금 단체, 법령에 따라 설치된 기금, 「공동주택관리법」제2조 제1항 제1호 가목에 따른 공동주택의 입주자대표회의·임차인대표회의 또는 이와 유사한 관리기구에 한합니다.

3. 고유목적사업준비금 한도계산

비영리내국법인이 각 사업연도의 결산을 확정할 때, 그 법인의 고유목적사업이나 일반기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는, 다음에 따른 금액의 합계액의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입합니다.

①「소득세법」제16조 제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액 ②「소득세법」제17조 제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 상속세 및 증여세법 제16조 또는 같은 법 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식 등으로부터 발생한 배당소득금액은 제외한다. ③ 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서, 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액 ④ ①부터 ③에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득(이하 “그 밖의 수익사업소득”이라 함)에 50%(공익법인의 설립·운영에 관한 법률에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업 등에 대한 지출액 중 50% 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 80%)를 곱하여 산출한 금액
비영리법인이 손금에 산입할 수 있는 고유목적사업준비금은 법인의 종류에 따라 그 한도액을 달리하고 있습니다.

4. 고유목적사업준비금의 사용

비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금은 해당 준비금을 손금산입한 날이 속하는 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날까지 당해 비영리법인의 고유목적사업 또는 일반기부금에 사용하여야 합니다.

1) 고유목적사업

‘고유목적사업’이란 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립 목적을 직접 수행하는 사업으로서, 「법인세법 시행령」제3조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 외의 사업을 말합니다. 고유목적사업준비금의 사용에 해당하는 경우는 다음과 같습니다.

① 비영리내국법인이 해당 고유목적사업 수행에 직접 소요되는 유형자산 및 무형자산 취득비용(자본적 지출 포함하며, 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용하지 않고 처분하는 경우 제외) 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액 ② 특별법에 의하여 설립된 법인(해당 법인에 설치되어 운영되는 기금 중 「국세기본법」제13조에 따라 ‘법인으로 보는 단체’를 포함)으로서, 건강보험·연금관리·공제사업 및 제3조 제1항 제8호에 따른 사업을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 따라 기금 또는 준비금으로 적립한 금액 ③ 의료법인이 의료기기 등 기획재정부령으로 정하는 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액, 의료 해외 진출을 위하여 기획재정부령으로 정하는 용도로 지출하는 금액 및 기획재정부령으로 정하는 연구 개발사업을 위하여 지출하는 금액 ④「농업협동조합법」에 의한 농업협동조합중앙회가 법 제29조 제2항에 따라 계상한 고유목적사업준비금을 회원에게 무상으로 대여하는 금액 ⑤ 농업협동조합중앙회 등이 상호금융예금자보호기금 등에 출연하는 금액 ⑥「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」제166조에 따라 설립된 제주국제자유도시개발센터가 같은 법 제170조 제1항 제1호, 같은 항 제2호 라목·마목(관련 토지의 취득·비축을 포함) 및 같은 항 제3호의 업무에 지출하는 금액

2) 일반기부금의 지출

‘일반기부금’이란 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 중, 사회복지·문화·예술·교육·종교·자선·학술 등 공익성을 고려하여 대통령령이 정하는 기부금을 말합니다.

5. 고유목적사업 지출로 보지 아니하는 과다 인건비

다음의 법인이 임원 및 직원에게 지급하는 「소득세법」제20조 제1항 각 호의 소득금액의 합계액(이하 “총급여액”이라 하며, 해당 사업연도의 근로기간이 1년 미만인 경우에는 총급여액을 근로기간의 월수로 나눈 금액에 12를 곱하여 계산한 금액으로 합니다. 이 경우 개월 수는 태양력에 따라 계산하되, 1개월 미만의 일수는 1개월로 합니다.) 중 8천만 원을 초과하는 경우, 그 초과하는 금액은 고유목적사업 지출로 보지 않습니다.

<기존법령>
①「법인세법」제29조 제1항 제2호에 따라 수익사업소득(그 밖의 수익사업소득)의 50%를 초과하여 고유목적사업준비금으로 손금산입하는 비영리내국법인
→「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서, 고유목적사업 등에 대한 지출액 중 50% 이상의 금액을 장학금으로 지출하여 그 밖의 수익사업소득에 대해 80% 한도를 적용한 비영리내국법인
②「조세특례제한법」제74조 제1항 제2호 및 제8호에 따라 수익사업 소득의 50%를 초과하여 고유목적사업준비금으로 손금산입하는 비영리내국법인
→「사회복지사업법」에 따른 사회복지법인 및 「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서, 해당 과세 연도의 고유목적사업이나 「법인세법」제24조 제3항 제1호에 따른 일반기부금 지출액 중 80% 이상을 장학금으로 지출하여 그 밖의 수익사업소득에 대해 100% 한도를 적용한 비영리내국법인
<추가법령> 2025년 2월 28일이 속하는 사업연도에 인건비를 지출하는 경우부터 적용

③ 해당 사업연도와 직전 5개 사업연도 동안, 그 밖의 수익사업소득 합계액의 50%를 초과하여 고유목적사업준비금으로 손금산입한 비영리내국법인

해당 사업연도와 직전 5개 사업연도 동안 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득 중 고유목적사업준비금으로 손금산입한 금액의 합계액	〉 50%
해당 사업연도와 직전 5개 사업연도 동안 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득의 합계액

→ 이전에는 위 ①, ②에 해당하는 경우에만 해당 사업연도에 한하여 인건비 한도 규정이 적용되었습니다. 그러나 추가 법령에 따라, 위 ①, ② 이외에 법률에 따라 해당 사업연도와 직전 5개 사업연도 동안 그 밖의 수익사업소득 합계액의 50%를 초과하여 고유목적사업준비금으로 손금산입한 비영리내국법인도 인건비 한도가 적용됩니다.
즉, 해당 사업연도에는 ‘그 밖의 수익사업소득’에 50%의 한도를 적용했더라도, 직전 5개 사업연도 중 그 밖의 수익사업소득에 50%를 초과하여 고유목적사업준비금을 손금산입한 경우에는 인건비 한도가 적용됩니다.
결과적으로, 해당 사업연도에 그 밖의 수익사업에 대해 50%를 초과하여 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 경우, 해당 사업연도뿐만 아니라 향후 5년간 인건비 한도가 계속 적용됩니다.

다만, 해당 법인이 사업연도의 법인세 과세표준을 신고하기 전에 임원 및 종업원의 인건비 지급 규정에 대해 주무관청의 승인을 받은 경우에는 과다 인건비 규정을 적용하지 않습니다.

6. 과다 인건비에 대한 처리

그 밖의 수익사업소득에 50%를 초과하여 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리내국법인은, 임원 및 직원에게 지급하는 총급여액이 8천만 원을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 고유목적사업 지출로 보지 않으므로 임원 및 직원에게 지급하는 총급여액을 8천만 원 이하로 줄이거나 법인세 부담은 늘어나겠지만 그 밖의 수익사업소득에 50%를 초과하여 고유목적사업준비금을 손금산입하지 말고 50%만 손금에 산입하는 것을 고려해 볼 수 있습니다.
<관련예규> 수익사업 소득의 50%만을 고유목적사업준비금으로 손금산입한 경우 법인령§56⑪ 적용여부(기획재정부, 법인세제과-268, 2024.05.14.)

[요지] 사회복지법인이 수익사업에서 발생한 소득의 50%를 고유목적사업준비금으로 손금산입한 경우, 해당 사회복지법인이 지급하는 인건비에 대해 법인령§56⑪은 적용되지 아니함

[질의내용]
○ 사회복지법인이 수익사업에서 발생한 소득의 50%를 고유목적사업준비금으로 손금산입한 경우, 해당 사회복지법인이 지급하는 인건비에 대해 법인세법시행령 제56조 제11항(‘인건비 제한 규정’)이 적용되는지
(1안) 수익사업소득의 50% 이하를 손금에 산입하였으므로 적용되지 아니함
(2안) 사회복지법인에 대해서는 고유목적사업준비금 설정률과 관계없이 적용됨
[회신] 귀 질의의 경우 제1안이 타당합니다. 끝.