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국세청에서는 기부자와 기부금 단체 등의 납세 편의를 위해 홈택스에 전자기부금 영수증 발급 시스템을 구축하여 2021년 1월 1일 이후 기부분부터 기부금 영수증을 전자로 발급할 수 있도록 하고 있습니다. 그리고 2025년 1월 1일 이후의 기부금에 대해서는 일정 요건을 갖춘 공익법인이라면 부금 영수증을 발행하는 경우, 반드시 전자기부금 영수증으로 발행하도록 의무화하였습니다.

1. 전자기부금 영수증 제도의 도입

(1) 도입 이전

전자기부금 영수증 제도가 도입되기 이전에는 어떻게 기부금 증빙 처리를 했는지 살펴보겠습니다. 기부금 단체에서는 기부금 영수증을 종이로 발급하거나, 홈택스를 통해 기부금 수령단체 자료 제출 신청 후 관할세무서의 승인을 받아 연말정산 간소화 서비스에 소득공제 및 세액공제 증명자료를 제출해야 했습니다.

기부자의 경우에도 기부금 단체가 소득공제 및 세액공제 증명자료를 제출한 경우에 한해서 연말정산 간소화 서비스를 통해 확인이 가능했고, 그렇지 않은 경우 연말정산에 필요한 기부금 영수증을 기부금 단체에 일일이 종이로 요청하여 과세 관청에 제출해야 했습니다.
<연말정산 소득공제 및 세액공제 증명자료 제출> 근로자가 연말정산에 필요한 영수증을 일일이 수집하는 불편을 해소하기 위해 기부금 영수증 발급기관은 개인이 기부한 기부금 중 전자기부금 영수증 발급분을 제외하고 증명자료를 홈택스로 제출(1.1 ~ 1.7)할 수 있습니다. 이렇게 간소화 서비스에 기부금 자료를 제출하기 위해서는 사전에 홈택스를 통해 기부금 단체 자료 제출 신청이 필요합니다.

※ 자료 제출 신청 방법 : 국세청 홈택스 로그인 ⇒ 장려금·연말정산·기부금 ⇒ 연말정산 간소화 ⇒ 영수증 발급처 자료 제출 중 기부금 수령단체 자료 제출 신청
※ 자료 제출 방법 : 국세청 홈택스 로그인 ⇒ 장려금·연말정산·기부금 ⇒ 연말정산 간소화 ⇒ 영수증 발급처 자료 제출 중 자료 제출하기

(2) 도입 이후

전자기부금 영수증 제도 도입 이후에는 기부자가 기부금 단체에 기부하면 기부금 단체에서 기부금 영수증을 전자 발행하고 해당 자료는 자동으로 연말정산 간소화 서비스에 반영이 됩니다. 이에 따라 기부금 단체는 별도로 홈택스에 소득공제 및 세액공제 증명자료를 제출할 필요가 없어졌으며, 기부자도 기부금 단체에서 별도로 기부금 영수증을 받아 이를 제출할 필요가 없어졌습니다.

2. 전자기부금 영수증 제도의 효과

전자기부금 영수증을 발급하기 위해서는 기부금 단체가 발급 권한을 홈택스에 신청해야 하며, 과세 관청에서는 세법에 따른 기부금 단체 여부를 확인한 후 승인 처리합니다. 승인 처리가 완료되면 기부금 단체는 홈택스를 통해 전자기부금 영수증을 발급할 수 있으며, 이를 통해 종이 기부금 영수증 발송·관리 비용 등이 감축되고, 전자기부금 영수증에 대해서는 기부자별 발급명세서의 작성·보관·제출 의무 및 기부금 영수증 발급 합계표 제출 의무가 면제됩니다.
① 기부자별 발급명세서 작성·보관·제출 의무
기부자에게 기부금 영수증을 발급하는 법인은 기부자의 성명, 주민등록번호 및 주소, 기부 금액 등이 포함된 기부자별 발급명세서를 작성하여 발급한 날부터 5년간 보관하여야 하고 과세 관청이 요구하는 경우 제출하여야 합니다. 다만, 전자기부금 영수증을 발급하는 경우에는 그러하지 않습니다.
기부자별 발급명세서를 작성·보관하지 아니한 경우에는 작성·보관하지 않은 금액의 0.2%를 가산세로 부과합니다. 다만, 상속세 및 증여세법 제78조 제3항에 따라 보고서 제출 의무를 이행하지 아니하거나 같은 조 제5항에 따라 장부의 작성·비치 의무를 이행하지 아니하여 가산세가 부과되는 경우에는 적용하지 않습니다.
② 기부금 영수증 발급명세서
기부금 영수증을 발급하는 법인은 해당 사업연도의 기부금 영수증 총발급 건수 및 금액 등이 적힌 기부금 영수증 발급명세서를 해당 사업연도의 종료일이 속의 달의 말일부터 6개월 이내에 관할 세무서장에게 제출하여야 합니다. 다만, 전자기부금 영수증을 발급하는 경우에는 그러하지 않습니다.
기부금 영수증을 발급하는 자가 기부금 영수증을 사실과 다르게 발급하거나 기부자의 인적 사항 등을 사실과 다르게 적어 발급하는 경우 다음의 가산세를 부과합니다. ① 기부 금액을 사실과 다르게 적어 발급한 경우 : 사실과 다르게 발급된 금액[영수증에 실제 적힌 금액(영수증에 금액이 적혀 있지 아니한 경우에는 기부금 영수증을 발급받은 자가 기부금을 손금 또는 필요경비에 산입하거나 기부금 세액공제를 받은 해당 금액으로 한다) 과 건별로 발급하여야 할 금액과의 차액을 말한다] 의 5% ② 기부자의 인적 사항 등을 사실과 다르게 적어 발급하는 등 ① 외의 경우: 영수증에 적힌 금액의 5% 기부금 단체는 홈택스에 아이디, 공인인증서, 간편인증 등 다양한 방식으로 로그인하여 기부금 영수증을 개별 또는 일괄로 발급할 수 있습니다. 개별 발급은 기부 건별로 기부자, 기부 일자 등 기부 내역을 직접 입력하여 발급하는 방법이며, 기부자가 동의하는 경우 주민등록번호 대신 기부자가 등록한 휴대 전화번호를 이용하여 기부금 영수증을 발급할 수 있습니다.

일괄 발급은 기부금 단체가 기부금 관리 프로그램 자료(엑셀 파일) 를 변환하거나 홈택스에서 제공하는 엑셀 서식을 내려받아 기부금 내역을 작성·업로드하는 발급 형태로 다수의 기부금 내역을 한 번에 발급할 수 있습니다.
또한 기부금 단체가 전자기부금 영수증 발급을 누락한 경우, 기부자가 홈택스에서 전자기부금 영수증 발급을 요청하고 기부금 단체가 기부 내역을 확인한 후 기부자의 요청에 따라 전자기부금 영수증을 발급하는 것도 가능합니다.
※ 전자기부금 영수증 발급 방법 : 국세청 홈택스 로그인 ⇒ 장려금·연말정산·기부금 ⇒ 전자기부금 영수증 ⇒ (기부금 단체용) 발급 ⇒ 전자기부금 영수증 개별 발급/일괄 발급
기획재정부장관이 지정·고시한 단체는 전자기부금 영수증 발행 시 기부금 공제 대상 기부금 단체 근거 법령은 "일정 요건을 충족하는 비영리법인 등으로서 국세청장의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정하여 고시한 법인에 지출하는 기부금( 법인세법시행령 제39조 제1항 제1호 바목)"에 해당합니다.

이렇게 전자기부금 영수증을 발급하고자 하는 경우에는 사전에 전자기부금 영수증 발급 권한을 신청해야 합니다. 다만, 기획재정부장관이 지정·고시한 단체의 경우 국세청에서 발급 권한을 일괄로 부여하여 별도의 신청이 필요하지 않으며, 그 외 종교단체, 사회복지법인 등의 경우에는 전자기부금 영수증 발급 권한 신청이 필요합니다.

※ 전자기부금 영수증 발급 권한 신청 : 국세청 홈택스 로그인 ⇒ 장려금·연말정산·기부금 ⇒ 전자기부금 영수증 ⇒ (기부금 단체용) 발급 ⇒ 전자기부금 영수증 발급 권한 신청

3. 전자기부금 영수증 의무 발급 대상

전자기부금 영수증 제도는 납세자의 편의를 위해 도입된 제도로 이전까지는 발행 여부를 선택할 수 있었습니다. 하지만 법률 개정으로 해당 사업연도의 직전 사업연도에 받은 기부금에 대하여 발급한 기부금 영수증 금액의 총합계액이 3억 원 이상인 기부금 단체는 기부금 영수증을 다음 연도 1월 10일까지 전자기부금 영수증으로 발급해야 합니다.

결국 2024년도에 받은 기부금에 대해 발급한 기부금 영수증 금액의 총합계액이 3억 원 이상이면 2025년 기부금에 대해 기부금 영수증을 발급하는 경우 2026년 1월 10일까지 반드시 전자분으로 발급해야 합니다. 그러므로 2024년도에 발급한 기부금 영수증 금액의 총합계액이 3억 원 미만이면 기부금 영수증 발행 시 2025년에는 기존과 동일하게 종이 또는 전자를 선택할 수 있습니다.
<관련 법령> 법인세법 제112조의 2【기부금 영수증 발급 명세의 작성·보관 의무 등】
① 기부금 영수증을 발급하는 법인은 대통령령으로 정하는 기부자별 발급 명세를 작성하여 발급한 날부터 5년간 보관하여야 한다. 다만, 전자기부금 영수증을 발급한 경우에는 그러하지 아니하다. ② 기부금 영수증을 발급하는 법인은 제1항에 따라 보관하고 있는 기부자별 발급 명세를 국세청장, 지방국세청장 또는 납세지 관할 세무서장이 요청하는 경우 이를 제출하여야 한다. 다만, 전자기부금 영수증을 발급한 경우에는 그러하지 아니하다. ③ 기부금 영수증을 발급하는 법인은 해당 사업연도의 기부금 영수증 총발급 건수 및 금액 등이 적힌 기획재정부령으로 정하는 기부금 영수증 발급 합계표를 해당 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 6개월 이내에 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 전자기부금 영수증을 발급한 경우에는 그러하지 아니하다. ④ 기부금 영수증을 발급하는 법인은 해당 사업연도의 직전 사업연도에 받은 기부금에 대하여 발급한 기부금 영수증 금액의 총합계액이 3억 원 이상의 금액으로서 대통령령으로 정하는 금액을 초과하는 경우에는 해당 사업연도에 받은 기부금에 대하여 그 기부금을 받은 날이 속하는 연도의 다음 연도 1월 10일까지 전자기부금 영수증을 발급하여야 한다. (2024.12.31. 신설)
법인세법 시행령 제155조의 2【기부금 영수증 발급 명세의 작성·보관 의무 등】
① 법 제75조의 4 제2항에서 “대통령령으로 정하는 전자적 방법”이란 국세청장이 구축한 전자기부금 영수증 발급 시스템을 이용하는 방법을 말한다. ② 국세청장은 납세 관리상 필요한 범위에서 전자기부금 영수증 발급 신청, 발급 방법 등에 필요한 세부적인 사항을 정할 수 있다. ③ 법 제112조의 2 제1항에서 "대통령령으로 정하는 기부자별 발급 명세"란 다음 각호의 내용이 모두 포함된 것을 말한다.
1. 기부자의 성명, 주민등록번호 및 주소(기부자가 법인인 경우에는 상호, 사업자등록번호 및 본점 등의 소재지)
2. 기부 금액
3. 기부금 기부 일자
4. 기부금 영수증 발급 일자
5. 그밖에 기획재정부령이 정하는 사항 ④ 법 제112조의 2 제4항에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 3억 원을 말한다. (2025.2.28. 신설)