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비영리법인별 회계와 세무 실무

01 의료기관이란?
(1) 정의 및 요건 의료기관이란 의료인(보건복지부장관의 면허를 받은 의사ㆍ치과의사ㆍ한의사ㆍ조산사 및 간호사 등을 말함)이 공중(公衆) 또는 특정 다수인을 위하여 의료ㆍ조산의 업(이하 “의료업”이라 한다)을 하는 곳을 말하는 것으로 다음과 같이 구분한다.(「의료법」 제3조)
구 분 내 용 종 류
병원급 의료기관 주로 입원환자를 대상으로 의료행위를 하는 의료기관 병원, 치과병원, 한방병원, 요양병원, 종합병원
의원급 의료기관 주로 외래환자를 대상으로 각각 그 의료행위를 하는 의료기관 의원, 치과의원, 한의원
조산원 조산사가 조산과 임부ㆍ해산부ㆍ산욕부 및 신생아를 대상으로 보건활동과 교육ㆍ상담을 하는 의료기관 -

병원이나 한방병원은 30개 이상의 병상을, 요양병원은 30개 이상의 요양병상을 갖추어야 한다.(「의료법」 제3조의 2) 종합병원은 100개 이상 병상을 갖추고 다음의 필수진료과목과 전문의를 두어야 한다.(「의료법」 제3조의 3)

  • ① 100병상 이상 300병상 이하인 경우에는 내과ㆍ외과ㆍ소아청소년과ㆍ산부인과 중 3개 진료과목, 영상의학과, 마취통증의학과와 진단검사의학과 또는 병리과를 포함한 7개 이상의 진료과목.
  • ② 300병상을 초과하는 경우에는 내과, 외과, 소아청소년과, 산부인과, 영상의학과, 마취통증의학과, 진단검사의학과 또는 병리과, 정신건강의학과 및 치과를 포함한 9개 이상의 진료과목

(2) 의료기관의 개설 응급환자를 진료하는 경우 등 특별한 경우가 아니면 의료업은 의료기관 내에서만 해야 한다. 의료기관은 「의료법」 제33조 제2항의 규정에 따라 다음 어느 하나에 해당하는 자가 아니면 개설할 수 없다.

  • 1. 의사, 치과의사, 한의사 또는 조산사
  • 2. 국가나 지방자치단체
  • 3. 의료업을 목적으로 설립된 법인(이하 “의료법인”)
  • 4. 「민법」이나 특별법에 따라 설립된 비영리법인
  • 5. 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 준정부기관, 「지방의료원의 설립 및 운영에 관한 법률」에 따른 지방의료원, 「한국보훈복지의료공단법」에 따른 한국보훈복지의료공단

의원급 의료기관은 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고하여야 하며, 병원급 의료기관은 시ㆍ도지사의 허가를 받아야 한다. 의료법인 및 비영리법인(이하 “의료법인등”이라 함)이 의료기관을 개설하려면 그 법인의 정관에 개설하고자 하는 의료기관의 소재지를 기재하여 정관의 변경허가를 얻어야 하고 의료법인등을 설립할 때에는 그 법인의 주된 사무소의 소재지를 관할하는 시ㆍ도지사의 허가를 받아야 한다.
의료법인은 그 법인이 개설하는 의료기관에 필요한 시설이나 시설을 갖추는 데에 필요한 자금을 보유하여야 하며, 기본재산을 처분하거나 정관을 변경하려면 시ㆍ도지사의 허가를 받아야 한다.
기타 의료법인의 운영 등에 관하여 「의료법」에 규정된 것 외에는 「민법」 중 재단법인에 관한 규정을 준용한다.
의료법인은 그 법인이 개설하는 의료기관에서 의료업무 외에 다른 부대사업을 할 수 있다. 이 경우 부대사업으로 얻은 수익에 관한 회계는 의료법인의 다른 회계와 구분하여 계산하여야 하고, 의료기관의 소재지를 관할하는 시ㆍ도지사에게 신고하여야 한다.
02 의료기관의 회계
의료기관 개설자는 의료기관 회계를 투명하게 하도록 노력하여야 한다. 병원의 직전 회계연도의 종료일 기준으로 100병상 이상의 종합병원 개설자는 회계를 투명하게 하기위하여 보건복지부령이 정하는 「의료기관 회계기준 규칙」(보건복지부령 제384호, 이하 "규칙"이라 함)과 「재무제표 세부 작성방법」(보건복지부고시 제2016－206호, 이하 "고시라" 함)을 지켜야 한다.(「의료법」 제62조)
또한, 매 회계연도 종료일로부터 3월 이내에 결산서(재무제표와 그 부속명세서)를 보건복지부장관에게 제출해야 하고, 재무상태표와 손익계산서는 보건복지부장관이 정하는 인터넷사이트(HAS System：Hospital Accounting System)에 공시해야 한다. 다음은 규칙 및 고시의 주요 내용이다.

(1) 회계의 일반원칙 1) 구분회계 병원의 개설자가 비영리법인이거나 의료법인인 경우 법인회계와 병원회계는 이를 구분하여야 하고, 동 법인이 2 이상의 병원을 설치ㆍ운영하는 경우에는 각 병원마다 회계를 구분하여야 한다.

2) 회계연도 회계연도는 정부의 회계연도에 따라 매년 1월1일에 시작하여 12월 31일로 종료된다. 다만, 「사립학교법」에 따라 설립된 학교법인이 개설자인 병원의 회계연도는 사립학교의 학년도에 따라 3월1일에 시작하여 2월말일로 종료하는 것으로 한다.

3) 재무제표의 종류 재무제표는 재무상태표, 손익계산서, 기본재산변동계산서(병원 개설자가 개인인 경우 제외), 현금흐름표 및 주석과 주기로 한다.

4) 재무제표의 표시방법 재무제표는 보고식으로 하며, 당해 회계연도분과 직전 회계연도 분을 비교하는 형식으로 작성하여야 한다. 계정과목은 이 규칙과 작성방법에서 정한 계정과목을 사용하여야 하나 계정과목을 정하지 아니한 것은 그 성질이나 금액이 유사한 계정과목으로 통합하여 사용하거나 그 내용을 나타낼 수 있는 적절한 계정과목을 신설하여 사용할 수 있다. 주기는 재무제표상의 해당과목 다음에 그 회계사실의 내용을 간단한 자구 또는 숫자로 괄호 안에 표시하고, 주석은 재무제표상의 해당과목 또는 금액에 기호를 붙이고 난외 또는 별지에 동일한 기호를 표시하여 그 내용을 간결ㆍ명료하게 기재하는 방법으로 한다.

5) 회계의 일반원칙 재무제표는 규칙 및 고시에서 정한 다음의 원칙에 따라 작성하되 규칙 및 고시에서 정하지 아니한 사항에 대해서는 규칙에 반하지 않는 범위 내에서 기업회계기준과 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 회계 관행에 따라 처리한다.
가. 회계처리 및 보고는 신뢰할 수 있도록 객관적인 자료와 증거에 의하여 공정하게 처리하여야 한다.
나. 재무제표의 양식 및 과목과 회계용어는 이해하기 쉽도록 간단ㆍ명료하게 표시하여야 한다.
다. 중요한 회계방침과 회계처리기준 과목 및 금액에 관하여는 그 내용을 재무제표 상에 충분히 표시하여야 한다.
라. 회계처리에 관한 기준 및 추정은 기간별 비교가 가능하도록 매기 계속하여 적용하고 정당한 사유 없이 이를 변경하여서는 아니 된다.
마. 회계처리와 재무제표 작성에 있어서 과목과 금액은 그 중요성에 따라 실용적인 방법에 의하여 결정하여야 한다.
바. 회계처리과정에서 2 이상의 선택 가능한 방법이 있는 경우에는 재무적 기초를 견고히 하는 관점에 따라 처리하여야 한다.
사. 회계처리는 거래의 실질과 경제적 사실을 반영할 수 있어야 한다.

(2) 재무상태표의 계정과목 분류 및 평가 재무상태표의 표시와 계정과목 분류는 유동성 배열법에 따라 구분하는데, 유동성의 분류는 1년을 기준으로 하고 있다. 병원회계의 계정과목의 분류는 거의 일반기업회계기준과 동일하나 업종의 특성상 다음과 같은 독특한 계정과목이 있다.

1) 재무상태표의 계정과목 분류체계 요약 재무상태표의 계정과목 분류 체계를 요약하면 다음과 같다.
요소 유동성 계정과목
자산 유동자산 당좌자산 현금 및 현금성자산, 국고보조금, 단기금융상품, 단기매매증권, 의료미수금, 단기대여금, 대손충당금, 미수금, 미수수익, 선급금, 선급비용, 선급제세, 본지점, 이연법인세자산 및 기타의 당좌자산
재고자산 약품, 진료재료, 급식재료, 저장품, 의료부대물품
기타유동자산 다른 계정에 속하지 아니하는 유동자산
비유동자산 투자자산 장기금융상품, 투자유가증권, 장기대여금, 장기대여금대손충당금, 퇴직보험예치금, 보증금 및 기타투자자산
유형자산 토지, 건물, 구축물, 기계장치, 의료장비, 차량운반구, 공기구비품, 건설 중인 자산, 기타유형자산, 감가상각누계액 및 국고보조금
무형자산 영업권 및 산업재산권
기타비유동자산 이연법인세자산
부채 유동부채 매입채무, 단기차입금, 미지급금, 선수금, 예수금, 미지급비용, 미지급제세, 유동성장기부채, 선수수익, 예수보증금, 단기부채성충당금, 임직원단기차입금, 이연법인세부채 및 기타의 유동부채
비유동부채 장기차입금, 외화장기차입금, 금융리스미지급금, 장기성매입채무, 퇴직급여충당금, 이연법인세부채 및 임대보증금
고유목적사업준비금 고유목적사업준비금
의료발전준비금 의료발전준비금
자본 기본금(기본재산) 법인기본금, 기타기본금
자본잉여금 자산재평가적립금, 기타자본잉여금
기타포괄손익누계액 재평가잉여금, 해외사업환산손익
이익잉여금(결손금) 차기이월잉여금(결손금), 당기순이익(순손실)

2) 의료미수금의 분류 의료미수금은 진료행위로 인하여 발생한 외상매출금과 받을어음 등으로 보험자단체 등의 청구미수금과 환자본인부담금미수액을 포함한다. 입원환자 재원기간 중 발생한 미수금은 재원미수금, 퇴원환자로부터 발생한 미수금은 퇴원미수금, 외래환자로부터 발생한 미수금은 외래미수금, 기타의료수익의 미수금은 기타의료수익미수금으로 구분하고, 이들 재원미수금 등을 다시 환자의 종류에 따라 건강보험미수금, 의료급여미수금, 자동차보험미수금, 산재보험미수금, 일반환자미수금 및 건강검진미수금 등으로 구분한다.
국민건강보험 등의 적용을 받아 진료비의 일부 또는 전부가 보험자단체에 의하여 지불되는 환자에 대하여 청구한 진료비의 일부가 삭감되는 경우에는 보험자단체의 심사가 완료되어 수납할 금액이 확정된 시점을 기준으로 하여 이미 계상된 의료미수금과 의료수익을 상계 처리한다. 이 경우 의료수익 삭감액에 대한 세부내역을 주석으로 기재하여야 한다.
삭감된 진료비중 보험자단체에 이의 신청하여 일부 또는 전부가 수납될 경우에는 수납된 시점에 의료수익이 수납액만큼 발생한 것으로 회계 처리한다. 따라서 이의신청 시는 회계처리하지 않으며 이의신청장부에 비망으로 기록한다.

3) 재고자산의 분류
  • ① 약품 계정은 진료목적으로 보유하고 있는 일반약품, 주사약품, 마취약품, 마약, 소독약품, 약국재료(조제를 위한 약포장지ㆍ약병ㆍ연고튜브ㆍ약조제기기ㆍ실험정보실재료 등 간접재료 포함) 등으로 구분하는데, 약품매입시 또는 대금결재시의 에누리ㆍ할인ㆍ할증ㆍ판매장려금 등은 약품매입액에서 차감하여 계상한다.
  • ② 진료재료 계정은 1년 이내에 사용되는 진료목적으로 보유한 각종 재료와 진료용구를 말하는데 방사선재료, 검사재료, 수술재료, 치과재료, 의료소모품, 혈액, 동위원소재료 등으로 분류한다.
  • ③ 급식재료 계정은 급식을 위한 채소류ㆍ육류ㆍ생선류ㆍ미곡류 등의 재료와 급식용구(접시, 수저 등) 등으로 구분한다.
  • ④ 저장품 계정은 약품, 진료재료 및 급식재료 이외의 사무ㆍ수선ㆍ청소ㆍ냉난방을 위한 저장품으로 사무용ㆍ관리용 사무용품(장부ㆍ각종서식ㆍ인쇄물ㆍ문방구류), 기계부품 등 수선용부품, 냉난방을 위한 유류, 인쇄물, 청소용구ㆍ청소용품 등 환경용품, 직원복리를 위한 제복ㆍ포상용 상품 등으로 구분한다.
  • ⑤ 의료부대물품 계정은 의료부대수익을 위하여 보유하고 있는 장의용품, 매점용품 등을 말한다.

4) 유형자산의 분류 및 평가 유형자산 중 토지는 병원이 보유하는 업무용과 비업무용 토지를 모두 포함하도록 하고 있어 일반기업회계기준과 상이하다. 의료기기 계정은 환자진료를 위해 사용되는 의료기구나 용구(병실침대 포함)를 포함하여 표시하도록 하고 있다. 도서나 예술품(그림 등) 등은 기타유형자산으로 분류하도록 하고 있다.
자산을 증여받은 경우 시가로 평가하여 계상하도록 하는데 이 경우 시가는 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가액에 의함을 원칙으로 하되, 토지의 경우는 동법 제3조의 규정에 의한 당해 토지의 공시지가(당해 토지의 공시지가가 없는 경우는 동법 제9조의 규정에 의하여 산정한 개별토지의 가격)에 의하여 평가할 수 있도록 하고 있다.
또한 시설투자목적 등 자본적 지출에 충당할 목적으로 받은 국고보조금은 이를 취득자산에서 차감하는 형식으로 표시하고 당해 자산의 내용연수에 걸쳐 상각금액과 상계하며, 당해 자산을 처분하는 경우에는 그 잔액을 당해 자산의 처분손익에 차감 또는 부가하도록 하고 있다.
한편, 유형자산의 인식시점 이후에는 원가모형이나 재평가모형 중 하나를 회계정책으로 선택하여 유형자산 분류별로 동일하게 적용하도록 하고, 감가상각방법과 내용연수 등은 주석에 기재하도록 하고 있다.

5) 부채의 계정과목 분류 및 평가 부채는 유동부채와 비유동부채로 분류하는데 고유목적사업준비금을 결산서에 인식하는 경우 해당 고유목적사업준비금은 유동부채 및 비유동부채와는 별도로 구분하여 표시하도록 하고 있다.

6) 자본계정의 분류 자본계정과목은 자본금의 개념이 없기 때문에 기본금, 자본잉여금, 기타포괄손익누계액, 이익잉여금(결손금)으로 구분하고 기본금은 다시 병원설립을 위하여 출연한 법인기본금과 병원증축 등을 위해 출연한 금액 중 미등기금액 또는 이익잉여금의 기본금대체액(정부로부터 받는 출연금 포함) 기타기본금으로 구분하도록 하고 있다. 다만, 의료법인이나 비영리법인이 개설하지 않은 개인이 개설한 종합병원의 경우에는 총자산에서 총부채를 차감한 순액으로 표시하도록 하고 있다.

(3) 손익계산서의 계정과목 분류 및 인식 병원회계의 수익과 비용은 그것이 발생한 기간에 배분되도록 처리하고, 다만 수익은 실현시기를 기준으로 계상하고 미실현수익은 당기의 손익계산에 산입 하지 아니함을 원칙으로 하도록 하고 있다. 또한, 연구가 1년 이상 진행되는 경우 당해 연구용역에 대한 수익은 진행기준에 따라 인식하도록 하고 있다. 손익계산서의 구조는 다음과 같다.

Ⅰ. 의료수익
Ⅱ. 의료비용 		(1)입원수익 (2)외래수익 (3)기타의료수익
(1)인건비 (2)재료비 (3)관리운영비
Ⅲ. 의료이익(손실)
Ⅳ. 의료외수익
Ⅴ. 의료외비용
의료부대수익, 이자수익 등
의료부대비용, 이자비용 등
Ⅵ. 법인세차감전순이익(순손실)
Ⅶ. 법인세비용(소득세등)
실제 납부할 세액과 이연법인세 변동액
Ⅷ. 고유목적사업준비금설정전 당기순이익
Ⅸ. 고유목적사업준비금 전입액
Ⅹ. 고유목적사업준비금 환입액
Ⅺ. 당기순이익(손실)

1) 의료수익 입원환자 진료에 따른 제반 의료수익은 입원수익으로 하고 외래환자진료에 따른 제반 의료수익은 외래수익으로 기표한다. 입원수익과 외래수익은 환자 종류별로 보험ㆍ급여ㆍ산재ㆍ일반ㆍ자보수익 등으로 구분 가능하며, 사전에 정한 할인율에 따라 특정기관 및 개인에게 진료비를 에누리 또는 할인해 준 금액, 극빈환자 등을 위한 자선진료에 따른 무료 또는 감면액, 연구용환자에 대한 진료비감면액을 차감하여 계상한다. 기타의료수익은 건강진단, 수탁검사, 직원급식, 제증명료, 구급차운영, 기타의료활동 따른 의료수익에서 발생한 것으로 기표한다.

2) 의료비용 의료비용 중 인건비는 근로에 대한 대가로 지급하는 일체의 급여, 제수당 등과 퇴직급여를 포함하는데 의사급여ㆍ간호직급여ㆍ약무직급여ㆍ의료기사급여ㆍ영양직급여ㆍ사무직급여ㆍ기술직급여ㆍ기능직급여ㆍ보조직급여 등으로 나누어 계상한다.
재료비는 재고자산의 약품과 진료재료 소모분을 원가로 계상하는 것과 급식재료비를 포함한다.
관리운영비는 복리후생비, 여비교통비, 통신비, 전기수도료, 세금과공과, 보험료, 환경관리비, 지급임차료, 지급수수료, 수선비, 차량유지비, 교육훈련비, 도서인쇄비, 접대비, 행사비, 연료비, 선교비, 의료사회사업비, 소모품비, 자체연구비, 감가상각비, 무형자산상각비, 임차자산개량상각비, 광고선전비, 대손상각비, 피복침구비, 외주용역비, 잡비 및 의료분쟁비용 등으로 구분하고, 의료분쟁비용은 의료사고 보상금, 의료사고 처리수수료 등으로 구분하여 세부내역을 주석으로 기재하여야 한다.

3) 의료외수익 의료외수익은 의료부대수익, 이자수익, 배당금수익, 임대료수익, 단기매매증권처분이익, 단기매매증권평가이익, 연구수익, 외환차익, 외화환산이익, 투자자산처분이익, 유형자산처분이익, 대손충당금환입, 기부금수익, 잡이익, 자산수증이익, 채무면제이익 및 보험차익 등을 기표한다.
의료부대수익은 주차장직영수익, 매점직영수익, 일반식당직영수익, 영안실직영수익 및 기타 시설직영수입 등으로 구분하며, 세부내역을 주석으로 기재하여야 한다. 임대료수익은 임대한 병원시설에 따라 영안실임대수익 및 매점임대수익 등으로 구분할 수 있으며, 연구수익은 연구가 1년 이상 진행되는 경우 진행기준에 따라 인식한다.

4) 의료외비용 의료외비용은 의료부대비용, 이자비용, 기타의 대손상각비, 기부금, 단기매매증권처분손실, 단기매매증권평가손실, 연구비용, 외환차손, 외화환산손실, 투자자산처분손실, 유형자산처분손실, 재고자산감모손, 고유목적사업비, 잡손실 및 재해손실 등으로 구분한다.
의료부대비용은 주차장직영비용, 매점직영비용, 일반식당직영비용, 영안실직영비용 및 기타 시설직영비용 등으로 구분하고 세부내역을 주석으로 기재하여야 한다. 의료부대사업에 직접 소요된 인건비, 재료비, 관리운영비 등은 의료비용과 구분하여 기재해야 하고, 의료비용과 공통으로 발생하는 인건비, 재료비, 관리운영비는 은 의료기관의 특성을 고려하여 합리적인 기준에 따라 배분한다. 이 경우 공통인건비는 인력 수, 총 급여 및 투입시간 등의 기준으로 배분하고, 공통재료비는 재료의 투입량, 직접재료비, 사용면적(병실수), 사용인원 등의 기준으로 배분하는 한편, 공통관리운영비는 매출액, 점유면적, 서비스시간, 사용인원, 관련 유형자산 가액 등을 기준으로 배분한다.

5) 법인세비용(소득세등) 법인세비용은 법인세 등에 의거 당기 과세소득에 대해 당기 부담할 법인세 및 부가되는 세액합계에 당기이연법인세변동액을 가감하여 산출된 금액으로 계상한다. 한편, 개인이 운영하는 종합병원의 경우에는 당기 부담할 소득세 부담액과 부가되는 세액합계액을 기표한다.

6) 고유목적사업준비금 전입액과 환입액 법인의 고유목적사업인 연구용진료ㆍ건물증축ㆍ의료장비구입ㆍ대학운영 등을 위하여 준비금을 설정하여 결산서에 반영한 경우 준비금 전입액으로 의료비용 및 의료외비용과는 별도로 구분하여 표시하고, 고유목적사업준비금의 세부사용내역을 주석으로 기재하여야 한다. 환입액은 고유목적사업준비금 미사용분 및 의료발전준비금환입액을 기표한다.

(4) 기본금변동계산서와 현금흐름표 기본금변동계산서는 일반기업회계기준의 자본변동표와 유사한 재무제표로 기본금, 자본잉여금, 기타포괄손익누계액, 이익잉여금(결손금), 이익잉여금처분액 및 차기이월이익잉여금(결손금)으로 구분하여 표시하도록 하고 있다.
병원회계의 현금흐름표은 일반기업회계기준의 현금흐름표와 양식이 동일하며 영업활동으로 인한 현금흐름, 투자활동으로 인한 현금흐름, 재무활동으로 인한 현금흐름, 현금의 증가, 기초의 현금 및 기말의 현금으로 구분하도록 하고 있다. 현금흐름표상의 현금은 별다른 규정은 없으나 재무상태표상의 현금 및 현금성자산으로 보아야 한다.
03 의료기관의 세무
(1) 상속세 및 증여세 납세의무 「의료법」에 따른 의료법인이 운영하는 사업은 공익법인 등에 해당한다. 따라서 상속재산 중 공익법인이 상속인이나 피상속인으로부터 출연받은 재산가액 또는 출연자로부터 공익법인이 무상으로 출연받은 재산의 가액은 상속세 또는 증여세 과세가액 불삽입하여 상속세 및 증여세납세의무가 없다.
예컨대, 공익법인에 해당하는 의료법인이 재산을 출연받아 그 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업에 사용하는 경우 증여세가 과세되지 아니하는 것이다. 이 경우 직접 공익목적사업에 사용하는 것은 당해 공익법인의 정관상 고유목적사업에 사용하거나, 직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 당해 재산을 수익사업용 또는 수익용으로 운용하는 것을 말한다.(서면인터넷방문상담4팀－4210, 2006.12.28.)
개인의료기관을 운영하는 자가 의료기관의 전재산을 무상으로 출연하여 의료법인을 설립하는 경우 같은 법 제48조의 규정에 의하여 증여세가 과세되지 아니하는 것이나, 출연재산 중 양도소득세 과세대상 재산에 담보된 채무를 의료법인이 인수하는 경우 당해 채무액에 상당하는 부분은 「소득세법」 제88조의 규정에 의하여 양도소득세가 과세된다.(재산상속46014－41, 2000.1.13.)

(2) 법인세 납세의무 「의료법」 제50조는 "의료법인에 대하여 이 법에 규정된 것 외에는 「민법」 중 재단법인에 관한 규정을 준용한다."라고 규정하고 있고, 「의료법 시행령」 제20조는 "의료법인과 법 제33조 제2항 제4호에 따라 의료기관을 개설한 비영리법인은 의료업(법 제49조에 따라 의료법인이 하는 부대사업을 포함한다)을 할 때 공중위생에 이바지하여야 하며, 영리를 추구하여서는 아니 된다" 라고 규정하고 있어, 영리성이 없음에도 불구하고 법인세법에서는 의료업에서 발생한 소득에 대하여 과세를 하고 있는 입장이다.
즉, 의료법인은 특별법에 따라 설립된 비영리법인이며 동 비영리법인이 한국표준사업분류에 의한 각 사업 중에서 수입이 발생하는 것은 사업소득으로 과세를 하고 있으며, 기타 일시 우발적으로 발생하는 이자소득, 배당소득, 고정자산으로 인하여 생기는 수입 등 열거된 소득에 대하여 법인세 납세의무가 있다.
만약 사회복지법인이 영위하는 의료업이 사회복지사업법에 의한 사회복지사업에 해당하지 아니하는 경우에는 「법인세법 시행령」 제2조 제1항 제4호의 규정에 의한 ‘비영리법인의 비수익사업’에 해당하지 않는다.(서면인터넷방문상담2팀－1651, 2004.8.9.)

1) 수익사업소득의 범위 의료법인의 의료업과 부대사업에서 발생하는 소득에 대하여는 수익사업소득으로 법인세 납세의무가 있으나 업무와 관계없이 타인으로부터 무상으로 받은 자산의 가액에 대하여는 비수익사업소득에 속하여 법인세 납세의무가 없다. 따라서 손익계산서의 의료외수익 중 기부금수익, 자산수증이익에 대하여는 비수익사업으로 보아 법인세 납세의무가 없는 것으로 보아야 한다. 다만, 수익사업과 관련하여 부수적으로 발생하는 부수수익에 대하여는 법인세 납세의무가 있는 바 보험차익 중 수익사업용 자산의 멸실 등으로 생긴 것, 채무면제이익 중 수익사업과 발생한 채무에 대한 것이 이에 해당한다 할 수 있다. 즉, 「의료법」에 의한 의료법인이 업무와 직접 관계없이 타인으로부터 무상으로 받은 자산의 가액은 비수익사업에 속한다.(법인세과－1035, 2011.12.28.)
한편, 국고보조금을 국가 또는 지방자치단체로부터 용역제공 등에 대한 대가 관계없이 무상으로 지원받고 이를 기부금으로 처리하고 이를 수익사업에 사용하였다면 의료법인의 고유목적사업인 의료업이 수익사업이기 때문에 과세대상 수익사업으로 보아야 할 것이다.

2) 국고보조금을 수령한 경우 의료기관이 국고보조금을 국가 또는 지방자치단체로부터 용역제공 등에 대한 대가와 관계없이 무상으로 지원받고 이를 기부금으로 처리한 후 수익사업에 사용하였다면 의료법인의 고유목적사업인 의료업이 수익사업이기 때문에 과세대상 수익사업으로 보아야 할 것이다. 즉, 비영리법인이 국가 등으로부터 출연금품의 형태로 지원받는 보조금 등을 「법인세법」 제3조 제2항의 비영리법인의 수익사업에 해당하지 않는 고유목적사업의 수행에 사용한 경우에는 당해 출연금품은 비영리법인의 수익사업 소득에 해당되지 아니하는 것이나, 국가 등으로부터 지원받는 출연금품을 「법인세법」 제3조 제2항의 수익사업의 수행에 사용된 경우에는 수익사업소득에 해당한다.(서면인터넷방문상담2팀－1188, 2006.6.22.)
한편, 의료업을 영위하는 비영리법인이 「응급의료에 관한 법률」 제27조의 규정에 의하여 설치된 ‘응급의료정보센터’를 보건복지부로부터 위탁받아 운영하면서 국가 등으로부터 같은 법 제15조의 규정에 따라 ‘정보센터 운영비’로 지급받는 보조금은 정보센터의 고유업무에 속하는 자금으로서 법인세 과세 대상이 아니므로 당해 비영리법인의 수익 및 비수익사업 회계와는 별도로 구분경리하여야 한다. 다만, 당해 비영리법인이 같은 법 제17조 및 「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」의 규정에 의하여 ‘응급의료기관 지원비’ 등의 명목으로 국가 등으로부터 지원받는 국고보조금은 동 비영리법인의 회계에 속하는 자금으로서 「법인세법 시행령」 제2조의 규정에 의한 수익사업에서 발생된 소득에 해당하지 아니하는 것이며, 이 경우 당해 국고보조금을 수익사업 회계로 전출ㆍ사용하고 자본의 원입으로 경리한 의료기기 등 고정자산에 대하여는 「법인세법 시행령」 제26조의 규정에 의해 계산한 감가상각비를 손금에 산입할 수 있다.(서면인터넷방문상담2팀－472, 2006.3.7.)
특별법에 의해 설립된 의료법인이 의료기기의 취득에 소요된 차관(OECF)의 원금 및 이자를 상환하기 위해 국가 등으로부터 받은 국고보조금은 「법인세법」 제3조 제2항 제1호에서 규정하는 ‘수익사업에서 생기는 소득’으로 보지 아니하므로 당해 국고보조금에 대해서는 법인세가 과세되지 않는다.(법규과－345, 2006.1.27.)

3) 고유목적사업준비금 특례 「법인세법」 제29조에서는 이자와 배당소득 등에 대하여 100%, 기타 수익사업소득에 대하여 50%를 한도로 고유목적준비금을 설정할 수 있도록 하고 있다. 다만, 다음에서 정하는 지역에 「의료법」에 의한 의료기관을 개설하여 의료업을 영위하는 비영리내국법인에 대하여는 2019년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」 제29조를 적용하는 경우 그 법인의 수익사업에서 발생한 소득의 100% 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.(「조세특례제한법」 제74조 제4항)
경기도 동두천시, 오산시, 이천시, 안성시, 김포시, 광주시, 양주시, 포천시, 여주군, 연천군, 가평군, 양평군
강원도 강릉시, 동해시, 태백시, 속초시, 삼척시, 홍천군, 횡성군, 영월군, 평창군, 정선군, 철원군, 화천군, 양구군, 인제군, 고성군, 양양군
충청북도 제천시, 청원군, 보은군, 옥천군, 영동군, 증평군, 진천군, 괴산군, 음성군, 단양군
충청남도 공주시, 보령시, 아산시, 서산시, 논산시, 계룡시, 금산군, 연기군, 부여군, 서천군, 청양군, 홍성군, 예산군, 태안군, 당진군
전라북도 군산시, 정읍시, 남원시, 김제시, 완주군, 진안군, 무주군, 장수군, 임실군, 순창군, 고창군, 부안군
전라남도 목포시, 여수시, 순천시, 나주시, 광양시, 담양군, 곡성군, 구례군, 고흥군, 보성군, 장흥군, 강진군, 해남군, 영암군, 무안군, 함평군, 영광군, 장성군, 완도군, 진도군, 신안군
경상북도 김천시, 안동시, 영주시, 상주시, 문경시, 경산시, 군위군, 의성군, 청송군, 영양군, 영덕군, 청도군, 고령군, 성주군, 칠곡군, 예천군, 봉화군, 울진군, 울릉군
경상남도 진해시, 통영시, 사천시, 밀양시, 거제시, 의령군, 함안군, 창녕군, 고성군, 남해군, 하동군, 산청군, 함양군, 거창군, 합천군
제주도 서귀포시

4) 고유목적사업준비금의 사용 병원 건물 및 부속토지를 취득하기 위하여 지출하는 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보는 것이나, 병원 건물 신축(증축)용 토지 및 주차장용 토지를 취득하기 위해 지출하는 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보지 않는다.(법인세과－498, 2009.4.24.) 또한, 의료법인이 병원건물에 해당되지 아니하는 직원 기숙사 및 연수원을 취득하기 위하여 지출하는 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액에 해당되지 아니하는 것으로 보고 있다.(법인세과－1121, 2010.11.30.)
한편, 의료업을 영위하는 비영리내국법인이 「조세특례제한법」 제7조(중소기업에 대한 특별세액감면)을 적용받는 경우에는 고유목적사업준비금을 손금에 산입하지 아니한다.(법인세과－1317, 2009.11.27.)

(3) 부가가치세 납세의무 1) 의료보건 용역의 면세 의료보건 용역은 부가가치세가 면세된다. 따라서 「국민건강보험법」 제41조 제4항에 따라 요양급여의 대상에서 제외되는 용역을 제외한 「의료법」에 따른 의사, 치과의사, 한의사, 조산사 또는 간호사가 제공하는 용역은 부가가치세가 면세된다.

2) 의료부대수익의 부가가치세 과세여부 의료외수익 중 의료부대수익에 대하여는 부가가치세가 과세되는 경우가 있는데 이에 대하여 살펴보면 다음과 같다.

가. 장례식장에서 제공하는 장의용역
장례식장업자가 장례식장을 방문한 문상객에게 음식용역을 제공하는 것은 부가가치세가 과세되는 용역이었다. 그러나 2013년 6월 28일 대법원 판결에 의하여 장례식장에서의 음식물 제공용역의 공급은 일반인이 아니라 특정 조문객만을 대상으로 빈소 바로 옆 공간이라는 제한된 장소에서 이루어지는 것이 일반적인 점 등에 비추어 보면, 거래의 관행상 장례식장에서의 음식물 제공용역의 공급이 부가가치세 면세 대상인 장의용역의 공급에 통상적으로 부수되고 있음이 인정되었다.(대법원2013두932, 2013.6.28.) 따라서 국세청 예규도 변경되어 예규 변경일 이후 공급하는 분부터 장례식장 영업자가 장례식장을 방문한 문상객에게 음식용역을 제공하는 경우 동 음식용역은 「부가가치세법」 제26조 제2항의 규정에 따라 면세되는 용역에 통상적으로 부수되는 용역으로 보고 있다.(부가가치세제과－640, 2013.10.30.)

한편, 장의업을 영위하는 사업자가 병원으로부터 장례식장(영안실)을 임차하여 장의용역을 제공하는 경우에는 부가가치세가 면제되는 것이나, 당해 병원의 부동산 임대용역에 대하여는 부가가치세가 과세된다.(부가46015－1118, 1998.5.26.)

또한, 지방공사 ○○병원이 병원 부대시설인 장례식장(영안실)을 직영하면서 제공하는 장의용역(빈소설치, 장례식 거행, 시신의 보관 및 염습 등)에 필수적으로 부수되는 장의용품(관, 수의, 상복 등)을 함께 제공하고 받는 대가에 대하여는 부가가치세가 면제된다.(부가46015－2029, 1996.9.25.) 즉, 장의업자가 제공하는 장의용역은 부가가치세를 면제하는 것이고, 동 장의용역의 제공에 필수적으로 부수되는 장의용품을 함께 공급하는 경우 그 용품의 공급도 부가가치세를 면제하는 것이나, 장의업자가 장의용역의 제공에 필수적으로 부수되지 아니하는 장의용품을 공급하는 경우 또는 장의용품만을 별도로 공급하는 때에는 그러하지 않는다. 이 경우 장의용품의 공급이 장의용역의 제공에 필수적으로 부수되는지 여부는 거래관행과 거래주체간의 공급의도ㆍ목적 등 행위 또는 거래의 사실관계를 종합적으로 고려하여 개별적으로 판단할 사항이다.(서면인터넷방문상담3팀－25, 2006.1.4.)

나. 병원 구내식당이 공급하는 용역
의료보건용역을 공급하는 사업자가 환자에게 직접공급(직영구내식당)하는 음식물은 의료보건용역에 필수적으로 부수되는 것으로 부가가치세가 면제되나 임차경영자가 독립적으로 공급하는 경우에는 부가가치세가 과세된다.(부가1265－105, 1980.1.17.)
또한, 외래환자 및 환자의 보호자와 다른 사업자에게 제공하는 음식물은 부가가치세가 과세된다.(부가46015－1626, 2000.7.10.)

다. 병원 주차장용역
종합병원 및 종합대학교에서 부설주차장을 설치ㆍ운영하고 징수하는 주차료는 면세되는 의료용역 및 교육용역에 필수적으로 부수되는 용역에 해당되지 않으므로 부가가치세가 과세된다.(부가46015－1744, 1994.8.26.)
즉, 법인인 종합병원에서 부가가치세가 면제되는 의료업과 관련하여 진료 및 병문안차 내방하는 차량의 주차를 위해 주차장을 설치, 운영하면서 일정기준에 의해 일부 주차에 대하여 주차료 징수시 당해 주차장 운영수입에 대하여는 부가가치세가 과세되는 것이다.(부가 46015－1458, 1997.6.28.)

라. 임상시험용역
「약사법」 제34조의 2에 따른 임상시험실시기관이 같은 법 제2조 제15호에 따른 임상시험 용역을 의약품 제조업자 등에게 공급하는 경우 「부가가치세법」 제26조 제1항 제5호 및 같은 법 시행령 제35조에 따른 의료보건용역의 공급에 해당하지 않으며, 같은 법 시행령 제42조 제2호 및 같은 법 시행규칙 제32조에 따른 새로운 이론ㆍ방법ㆍ공법 또는 공식 등에 관한 연구용역의 공급에 해당하지 아니한다.(기획재정부 부가가치세제과－236, 2014.3.17.)

의료기관이 제약사에게 공급하는 임상시험용역에 대한 부가가치세 과세는 2014.3.17. 이후 최초로 임상시험용역계약을 체결하여 공급하는 분부터 적용하는 것이며, 2014.3.17. 이전에 체결된 임상시험용역계약의 일부를 위임하는 계약과 공급이 2014.3.17. 이후인 경우에는 부가가치세 과세대상이다.(기획재정부 부가가치세제과－236, 2014.3.17.)

(4) 지방세 과세특례 1) 의료법인에 대한 지방세 감면 「의료법」 제48조에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지는 100분의 50를 경감하고, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지 재산세를 100분의 50을 경감한다. 다만, 특별시ㆍ광역시 및 도청소재지인 시 지역에서 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지는 「지방세법」 제11조 제1항의 세율에서 1천분의 10을 경감한다.(「지방세특례제한법」 제38조 제1항)

2) 종교단체가 의료기관을 개설하는 경우 지방세 감면 종교단체(「민법」에 따라 설립된 재단법인으로 한정한다)가 「의료법」에 따른 의료기관 개설을 통하여 의료업에 직접 사용할 목적으로 취득하는 부동산에 대해서는 2018년 12월 31일까지 취득세의 100분의 40의 범위에서 조례로 정하는 율을 경감한다. 다만, 특별시ㆍ광역시 및 도청 소재지인 시 지역에서 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 20의 범위에서 조례로 정하는 율을 경감한다. 또한, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지는 100분의 50의 범위에서 조례로 정하는 율을 경감한다.(「지방세특례제한법」 제38조 제4항)

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